5 results on '"Roland Akakpo"'
Number of results to display per page
Search Results
2. Molecular basis of African yam domestication: analyses of selection point to root development, starch biosynthesis, and photosynthesis related genes
- Author
-
Roland Akakpo, Nora Scarcelli, Hana Chaïr, Alexandre Dansi, Gustave Djedatin, Anne-Céline Thuillet, Bénédicte Rhoné, Olivier François, Karine Alix, and Yves Vigouroux
- Subjects
Domestication ,Dioscorea spp. ,Adaptation ,Population genomics, selection ,Root development ,Starch biosynthesis ,Biotechnology ,TP248.13-248.65 ,Genetics ,QH426-470 - Abstract
Abstract Background After cereals, root and tuber crops are the main source of starch in the human diet. Starch biosynthesis was certainly a significant target for selection during the domestication of these crops. But domestication of these root and tubers crops is also associated with gigantism of storage organs and changes of habitat. Results We studied here, the molecular basis of domestication in African yam, Dioscorea rotundata. The genomic diversity in the cultivated species is roughly 30% less important than its wild relatives. Two percent of all the genes studied showed evidences of selection. Two genes associated with the earliest stages of starch biosynthesis and storage, the sucrose synthase 4 and the sucrose-phosphate synthase 1 showed evidence of selection. An adventitious root development gene, a SCARECROW-LIKE gene was also selected during yam domestication. Significant selection for genes associated with photosynthesis and phototropism were associated with wild to cultivated change of habitat. If the wild species grow as vines in the shade of their tree tutors, cultivated yam grows in full light in open fields. Conclusions Major rewiring of aerial development and adaptation for efficient photosynthesis in full light characterized yam domestication.
- Published
- 2017
- Full Text
- View/download PDF
3. PPILOW: innovations for improving animal welfare and human well-being in low-input outdoor and organic poultry and pig production systems
- Author
-
Lucia Rocchi, Anne Collin, Giuditta Meloni, Claire Bonnefous, Martina Re, Laura van Vooren, An Jamart, Jarkko Niemi, Minna Väre, Katja Lähtinen, Tuyttens, Frank A. M., Mirjan Thys, Evelien Graat, Charlotte Vanden Hole, Tb (bas) Rodenburg, Saskia Kliphuis, Mona Giersberg, Antoine Roinsard, Olivia Tavares, Brieuc Desaint, Sanna Steenfeldt, Pedersen, Lene J., Engberg, Ricarda M., Isam Almadani Mohamad, Riccardo Carelli, Marlene Sciarretta, Andrea Rosati, Guilloteau, Laurence A., Sophie Réhault-Godbert, Joël Gautron, Elisabeth Le Bihan-Duval, Sandrine Mignon-Grasteau, Cécile Berri, Alexandre Barbin, Elodie Guettier, Elisabeth Baéza, Pascal Chartrin, Thierry Bordeau, Emilie Raynaud, Nathalie Couroussé, Estelle Cailleau-Audouin, Sabine Crochet, Pauline Bodin, Léa Tourneur, Adrien Guichaoua, Henry van den Brand, Bas Kemp, Cesare Castellini, Maxime Reverchon, Daniel Guemene, Michel Sourdioux, Sophie Brard-Fudulea, Roland Akakpo, Frédérique Renard-Dewinter, Ninfa Rangel Pedersen, Brunsgaard Grete, Rene Schepens, Maria Almind, Stefaan Depraetere, Katia Grenier, David Dubuc, Marie-Véronique Le Lann, Raffaella Ponzio, Marina Mainardi, Caterina Accotto, Monica Coletta, Vanessa Guesdon, Hélène Leruste, Bérangère Billiard, Vitor Hugo Bessa Ferreira, Keith Walley, Patricia Parrott, Shelley Allan, Lisa Baldinger, Helen Pluschke, Elsa Delanoue, Florence Macherez, Warin Laura, Jonathan Hercule, Marion Pertusa, Mathilde Stomp, Angelique Travel, Isabelle Bouvarel, Karine Germain, Laure Ravon, Ludovic Calandreau, Valérie Labas, Armelle Prunier, Elodie Merlot, Céline Tallet, Marie-Hélène Perruchot, Isabelle Louveau, Milgen, Jaap J., Frederic Dessauge, Caroline Clouard, Marie-Christine Meunier-Salaün, Bénédicte Lebret, Lucile Montagne, Justine Faure, Anna Zuliani, Pietro Venezia, Canario, Laurianne L., Stéphane Ferchaud, Vasile Cozma, Marina Spinu, Mihai Horia Bǎieş, Valérie Courboulay, Christine Roguet, Didier Gaudré, Patrick Chevillon, Laurent Alibert, Virginie Decruyenaere, Sophie Herremans, José Wavreille, Pia Vanggaard, Jan Bro Vanggaard, Cristina Micheloni, Petra Thobe, Università degli Studi di Perugia = University of Perugia (UNIPG), Biologie des Oiseaux et Aviculture (BOA), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Associazione Italiana per l'Agricoltura Biologica (AIAB), Scuela Santa Anna (SSSA), Scuola Universitaria Superiore Sant'Anna [Pisa] (SSSUP), BioForum Vlaanderen, Natural Resources Institute Finland (LUKE), Research Institute for Agricultural, Fisheries and Food (ILVO), Utrecht University [Utrecht], Institut Technique de l'Agriculture Biologique (ITAB), Aarhus University [Aarhus], Thuenen Institute of Farm Economics, European Association for Animal Production (EAAP), Les instituts techniques agricoles (Acta), Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (SYSAAF), Fermentation Experts, Circular Organics, Équipe Micro et nanosystèmes HyperFréquences Fluidiques (LAAS-MH2F), Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT), Équipe DIagnostic, Supervision et COnduite (LAAS-DISCO), Slow Food Biodiversity, JUNIA (JUNIA), Université catholique de Lille (UCL), Harper Adams University, Thuenen-Institute of Organic Farming, ITAVI, Institut de l'élevage (IDELE), Elevage Alternatif et Santé des Monogastriques (UE EASM), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), SIVtro VSF Italia, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Expérimentale Elevages Porcins Innovants (GenESI), USAMV Cluj-Napoca, Institut du Porc (IFIP), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Vanggaard Staldmontage, The PPILOW project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under grant agreement N°816172., One Welfare CIC, PPILOW, and European Project: 816172,H2020-EU.3.2.1.1. - Increasing production efficiency and coping with climate change, while ensuring sustainability and resilience ,PPILOW (2019)
- Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences ,[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics ,[SCCO]Cognitive science ,[SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology ,[SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition ,[SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,[SHS]Humanities and Social Sciences - Abstract
International audience
- Published
- 2021
4. Retrotranspositional landscape of Asian rice revealed by 3000 genomes
- Author
-
Olivier Panaud, Ernandes Manfroi, Yue-Ie C. Hsing, Eric Lasserre, Fu-Jin Wei, Christel Llauro, Marie-Christine Carpentier, Hshin-Ping Wu, Emilie Debladis, and Roland Akakpo
- Subjects
0301 basic medicine ,Transposable element ,Retroelements ,Science ,Plant genetics ,Datasets as Topic ,General Physics and Astronomy ,Retrotransposon ,02 engineering and technology ,Biology ,Genome ,Article ,General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology ,Domestication ,Evolution, Molecular ,03 medical and health sciences ,Phylogenetics ,Genetic variation ,lcsh:Science ,Genetic Association Studies ,Phylogeny ,Genetic diversity ,Multidisciplinary ,Genetic Variation ,food and beverages ,Oryza ,Genomics ,General Chemistry ,021001 nanoscience & nanotechnology ,030104 developmental biology ,Evolutionary biology ,lcsh:Q ,0210 nano-technology ,Genome, Plant - Abstract
The recent release of genomic sequences for 3000 rice varieties provides access to the genetic diversity at species level for this crop. We take advantage of this resource to unravel some features of the retrotranspositional landscape of rice. We develop software TRACKPOSON specifically for the detection of transposable elements insertion polymorphisms (TIPs) from large datasets. We apply this tool to 32 families of retrotransposons and identify more than 50,000 TIPs in the 3000 rice genomes. Most polymorphisms are found at very low frequency, suggesting that they may have occurred recently in agro. A genome-wide association study shows that these activations in rice may be triggered by external stimuli, rather than by the alteration of genetic factors involved in transposable element silencing pathways. Finally, the TIPs dataset is used to trace the origin of rice domestication. Our results suggest that rice originated from three distinct domestication events., Transposable elements (TE) are the dominant constituent of plant genomes. Here the authors develop a tool to analyze TE insertion sites in 3000 rice genomes and provide evidence for recent TE activity during cultivation and that external, rather than genetic, stimuli trigger most activations.
- Published
- 2019
5. Molecular basis of African yam domestication: analyses of selection point to root development, starch biosynthesis, and photosynthesis related genes
- Author
-
Anne-Céline Thuillet, Karine Alix, Alexandre Dansi, Nora Scarcelli, Olivier François, Bénédicte Rhoné, Roland Akakpo, Yves Vigouroux, Gustave Djedatin, Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), University of Abomey Calavi (UAC), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Biologie Computationnelle et Mathématique (TIMC-IMAG-BCM), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), BID, Agence Nationale de la Recherche [ANR-13-BSV7-0017], ANR-13-BSV7-0017,AfriCrop,Etude de l'histoire évolutive des plantes domestiquées africaines(2013), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Université Grenoble Alpes (UGA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université d’Abomey-Calavi = University of Abomey Calavi (UAC), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) ( GQE-Le Moulon ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Diversité, adaptation, développement des plantes ( DIADE ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Université d'Abomey Calavi, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales ( UMR AGAP ), Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Grenoble-Alpes, Akapo, Roland, Scarcelli, Nora, and Vigouroux, Yves
- Subjects
0301 basic medicine ,Starch ,Population genomics selection ,Métabolisme des glucides ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,Biosynthèse ,Dioscorea rotundata ,Plant Roots ,F50 - Anatomie et morphologie des plantes ,F30 - Génétique et amélioration des plantes ,Système racinaire ,Domestication ,chemistry.chemical_compound ,Génétique des populations ,Photosynthesis ,2. Zero hunger ,biology ,Dioscorea ,Domestication des plantes ,Genomics of domestication ,food and beverages ,F70 - Taxonomie végétale et phytogéographie ,Starch biosynthesis ,Sucrose synthase ,Amidon ,Population genomics, selection ,Research Article ,Développement biologique ,Biotechnology ,Dioscorea spp ,lcsh:QH426-470 ,F60 - Physiologie et biochimie végétale ,lcsh:Biotechnology ,selection ,Genes, Plant ,Evolution, Molecular ,03 medical and health sciences ,lcsh:TP248.13-248.65 ,Botany ,Plant development ,Genetics ,Selection, Genetic ,Adaptation ,Phototropism ,[ SDV ] Life Sciences [q-bio] ,fungi ,Genetic Variation ,Population genomics ,Root development ,15. Life on land ,biology.organism_classification ,lcsh:Genetics ,030104 developmental biology ,chemistry ,biology.protein - Abstract
Background After cereals, root and tuber crops are the main source of starch in the human diet. Starch biosynthesis was certainly a significant target for selection during the domestication of these crops. But domestication of these root and tubers crops is also associated with gigantism of storage organs and changes of habitat. Results We studied here, the molecular basis of domestication in African yam, Dioscorea rotundata. The genomic diversity in the cultivated species is roughly 30% less important than its wild relatives. Two percent of all the genes studied showed evidences of selection. Two genes associated with the earliest stages of starch biosynthesis and storage, the sucrose synthase 4 and the sucrose-phosphate synthase 1 showed evidence of selection. An adventitious root development gene, a SCARECROW-LIKE gene was also selected during yam domestication. Significant selection for genes associated with photosynthesis and phototropism were associated with wild to cultivated change of habitat. If the wild species grow as vines in the shade of their tree tutors, cultivated yam grows in full light in open fields. Conclusions Major rewiring of aerial development and adaptation for efficient photosynthesis in full light characterized yam domestication. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s12864-017-4143-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.
- Published
- 2017
Catalog
Books, media, physical & digital resources
Discovery Service for Jio Institute Digital Library
For full access to our library's resources, please sign in.