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Objetivo Determinar el impacto de la inclusión de la vacuna pentavalente en las coberturas de terceras dosis de los nińos menores de un ańo, entre 2000 y 2003, por niveles de agregación geográfica. Materiales y métodos Es un estudio ecológico que utiliza como unidades de análisis al departamento, provincia, municipio y ciudad capital. Compara cobertura de terceras dosis, índice de deserción, número de localidades con coberturas de mayores de 80 % y número de nińos vacunados, antes y después de la introducción. Compara poblaciones y número de unidades geográficas con necesidades básicas insatisfechas, conflicto armado o categoría municipal con coberturas mayores de 80 %. Resultados El incremento de la cobertura estuvo entre 23 y 36,5 %, mayor para Hib3 La deserción en el 2000 fue 9,3 a 31,7 % y 0,3 % en el 2003 De 265 municipios con coberturas Hib3 mayores de 80 % en el 2000 se avanzó a 627 en el 2003. En el 2000 se aplicaron 462 a 584 mil terceras dosis y en el 2003 entre 805 y 813 mil. Se evidenció aumento en el número de municipios con coberturas superiores a 80 % que tenían altas necesidades insatisfechas, bajos ingresos socioeconómicos, población urbana o conflicto armado. Conclusiones La introducción de la vacuna tuvo efectos sobre las coberturas. Es recomendable asegurar la financiación de esta vacuna y la realización de estudios para introducir nuevas vacunas o combinaciones. Objective Determining the impact of including pentavalent vaccine in third-dose immunisation coverage for children aged less than 1 (2002 and 2003) by geographic cluster. Materials and methods This was an ecologic study using department, province, municipality and capital city as analysis units. It compared third-dose coverage, desertion index, number of places having more than 80 % immunisation coverage and the number of children being immunised before and after vaccination was introduced. Having more than 80 % immunisation coverage was compared to the number of children or places having unsatisfied basic needs, the presence of armed conflict or municipal category. Results Immunisation coverage increased from 23 % to 26 %, mainly for Hib3. Desertion index was 9,3-31,7 % in 2000 and 0,3 % in 2003. The number of municipalities having more than 80 % immunisation coverage increased from 265 in 2000 to 627 in 2003. 462 000-584 000 third-doses were applied in 2000 and 805 000-813 000 in 2003. More municipalities having more than 80 % coverage had high unsatisfied basic needs, low socioeconomic income or conflict. Conclusions The introduction of the vaccine affected immunisation coverage. Financing should be sought for the vaccine to ensure its continuity and to implement studies for new vaccines or introducing combination vaccines.