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Actinia equina, the beadlet sea anemone, is a very labile species, displaying variable colour patterns, broad habitat choice and diverse modes of reproduction. Historically, studies using genetic markers such as allozymes and differences in habitat choice lead several authors to propose that different colour morphs could represent different species. One of the species defined was A. fragacea. In this paper, the relationships between brown, red and green colour morphs of A. equina and A. fragacea were studied, using two DNA fragments (one mitochondrial and one nuclear). Individuals were sampled from three different areas in Portugal separated by a maximum distance of 500 km. This is the first study applying direct sequencing of selected gene fragments to approach the validity of Actinia morphs as different genetic entities. The results show that, at least in the Portuguese coast, these colour morphs do not correspond to the two valid species recognized in the literature. The existence of cryptic species is discussed. Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT), Eco-Ethology Research Unit, Parcialmente financiado pela FEDER.

Submitted by Joana Pipa (jpipa@ispa.pt) on 2014-12-06T13:40:49Z No. of bitstreams: 1 JFB_85_25SEP2014.pdf: 733441 bytes, checksum: 6546cb111a93f58152430406e3ceb3ce (MD5) Made available in DSpace on 2014-12-06T13:40:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JFB_85_25SEP2014.pdf: 733441 bytes, checksum: 6546cb111a93f58152430406e3ceb3ce (MD5) Previous issue date: 2014 Iceland through the EEA Financial Mechanism; Liechtenstein through the EEA Financial Mechanism; Norway through the EEA Financial Mechanism; Norwegian Financial Mechanism; Project MarinERA 'Marine phylogeographic structuring during climate change: the signature of leading and rear edge of range shifting populations'; National Museum of Natural Sciences Project; Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia (FCT); FEDER

The phylogenetic relationships among theNorth Atlantic Gaidropsarus and between the three Gaidropsarinae genera Gaidropsarus, Ciliata and Enchelyopus are reviewed with the hitherto most comprehensive taxonomic sampling of this group. Phylogenetic results (maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference) based on nuclear (rhodopsin) and concatenated mitochondrial (12s, 16s and cytb)markers clearly support this subfamily. For the north-eastern Atlantic species of Gaidropsarus, two previously unreported clades were strongly supported, clarifying the relationships within the genus, and revealing fewer distinct taxa in the north Atlantic Gaidropsarus than previously stipulated. The data challenge the specific status of Gaidropsarus mediterraneus and Gaidropsarus guttatus and raise doubts concerning the distinctiveness of other species. A taxonomic revision of the genus is suggested. This study was funded by the Eco-Ethology Research Unit Strategic Plan (PEst-OE/MAR/UI0331/2011) – Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT; partially FEDER funded). S.M.F.was supported by an FCT grant (SFRH/BPD/84923/2012). IMAR-Univ Azores was funded through the pluriannual and programmatic funding scheme as research unit #531 and associate laboratory LARSyS #9, with financial support from OE and COMPETE, through FCT and DRCTC/GovAzores. S.S. was a researcher contracted by MAR/DOP under the Ciência 2007 recruitment programme funded by FCT and is now a research fellow supported by the Marie Curie grant cofunded by the EU under the FP7-People-2012-COFUND; Co-funding of Regional, National and International Programmes, GA n.600407 and the Bandiera Project RITMARE.

In this paper, we compare the populations of the Lusitanian toadfish Halobatrachus didactylus along the Portuguese shore, using a putative fragment of the mitochondrial control region and the first intron of the S7 ribosomal protein gene. This demersal species ranges from the tropical West African coast to the Iberian Peninsula and the Mediterranean, having its northern limit in the Tagus River. For the putative control region, a single haplotype occurs in all fish from Tagus and Sado (the location immediately to the south) with a clear increase in diversity to the South, peaking at Algarve (south Portugal). The data seem to point to a very recent Holocenic colonization of Tagus and Sado from the South (possibly Algarve). We suggest that even small oscillations in sea surface temperature (SST) may cause local extinctions and subsequent recolonizations in populations of thermophilic fish that are at the cold limit of their distributions.

Submitted by Joana Pipa (jpipa@ispa.pt) on 2012-05-09T20:08:03Z No. of bitstreams: 1 EBF 87 123-124.pdf: 208228 bytes, checksum: 3bf60439d61ada6a69a678179cfa13df (MD5) Made available in DSpace on 2012-05-09T20:08:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 EBF 87 123-124.pdf: 208228 bytes, checksum: 3bf60439d61ada6a69a678179cfa13df (MD5) Previous issue date: 2010

Submitted by Joana Pipa (jpipa@ispa.pt) on 2012-05-16T20:05:17Z No. of bitstreams: 1 EBF 86(4) 457-458.pdf: 84917 bytes, checksum: 65f94e5a761f3f8e6dbf6a195d017e78 (MD5) Made available in DSpace on 2012-05-16T20:05:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 EBF 86(4) 457-458.pdf: 84917 bytes, checksum: 65f94e5a761f3f8e6dbf6a195d017e78 (MD5) Previous issue date: 2009

Larval development of Gobius xanthocephalus with descriptions of the ontogeny of the main structures, changes in pigmentation patterns and allometric relationships are presented for the first time.No previous descriptions of G. xanthocephalus larvae are available and therefore field collected larvae were compared with larvae obtained under controlled conditions. The DNA of adults, juveniles and larvae was compared in order to validate identifications. The overall developmental sequence obtained agreeswiththose described for other gobies.Pigmentation patternswere, however, distinct from those of other sympatric Gobiidae allowing a clear identification of G. xanthocephalus larvae. Otolith microstructure analysis revealed a linear age and body length relationship, with an estimated larval growth rate of 0.28 mm day-1.

Tese de doutoramento apresentada à Faculdade de Ciências, Universidade do Porto Os peixes anteriormente incluídos no género Chondrostoma (Cyprinidae: Leuciscinae) distribuem-se pelo Sul e Centro da Europa, desde o Oceano Atlântico até ao Mar Cáspio e desde o Mediterrâneo até ao Báltico. Estes peixes encontram-se ainda presentes na Ásia Menor, Cáucaso e Mesopotâmia. O número de espécies incluídas neste grupo tem variado de acordo com os autores, devido ao uso de diferentes critérios de diagnose (i.e. morfológicos e osteológicos ou moleculares). Os estudos anteriores sobre a filogenia molecular deste grupo tinham originado politomias não resolvidas, embora alguns ciados monofíléticos e estatisticamente robustos tenham sido identificados: toxostoma, lemmingii, polylepis, arcasii, nasus, soetta e genei. A presente tese propôs-se atingir um conjunto de objectivos numa multiplicidade de escalas. Numa escala macroevolutiva, propõs-se resolver com mais taxa e fragmentos de um número maior de genes a filogenia dos peixes tradicionalmente incluídos no género Chondrostoma. Ao mesmo tempo, procurou-se contribuir para a compreensão da diversificação deste grupo na Península Ibérica. Entre os principais resultados destacam-se os seguintes. Elaborou-se uma filogenia estatisticamente robusta dos peixes que constituíam o género Chondrostoma, que mostrou que as politomias anteriormente obtidas resultavam de amostragem insuficiente quanto ao número de taxa e/ou quantidade de fragmentos de ADN. O mapeamento dos caracteres morfológicos na filogenia obtida mostrou que caracteres anteriormente considerados como diagnósticos do género eram homoplásicos, pelo que se impôs uma revisão do género Chondrostoma. Desta revisão resultou a restrição do género Chondrostoma às espécies do grupo nasus e a criação dos novos géneros: Pseudochondrostoma, Parachondrostoma, Ibero chondrostoma, Áchondrostoma e Protochondrostoma (que correspondem respectivamente às linhagens polylepis, toxostoma, lemmingii, arcasii e genei). Os eventos ciado genéticos que deram origem à formação destas linhagens parecem ter tido lugar há cerca de 11 milhões de anos, excluindo portanto a hipótese da difusão e VII Resumo diversificação do grupo ter ocorrido durante a fase oligohalina do Mediterrâneo (Lago Maré) no fim do Messiniano. Fica assim excluída a aplicação para estes peixes do modelo de dispersão proposto por Bianco. Três dos seis géneros definidos neste trabalho são endémicos da Península Ibérica e um quarto género tem a maioria das espécies na península com uma pequena extensão em França. Estes dados e as cronologias estimadas para a diversificação dentro destes géneros sugerem que grande parte da radiação do grupo se deu na Península Ibérica muito antes do final do Miocénico parecendo, no que se refere a este grupo, que os contactos entre a península e o resto da Europa em períodos mais recentes foram muito reduzidos, limitando-se a trocas entre o nordeste de Espanha e a França. Na península os géneros Achondrostoma, Iberochondrostoma e Parachondrostoma têm distribuições disjuntas, mas adjacentes, que sugerem que processos de vicariância podem ter tido um papel fundamental na sua diferenciação. Pseudochondrostoma apresenta grande número de semelhanças (e.g. boca ínfera e dotada de estojo córneo, tamanho comparativamente grande, migrações pré-reprodutoras) com os géneros Parachondrostoma e Chondrostoma. Discute-se a possibilidade destas semelhanças resultarem de convergência ou de episódios de hibridação antigos. A análise fiíogenética do género Achondrostoma permitiu mostrar que este género inclui duas linhagens separadas já desde o Miocénico. A. arcasii revelou-se polifilético incluindo peixes das duas linhagens acima referidas, sendo urgente uma revisão da sua taxonomia. Esta informação fiíogenética combinada com dados morfológicos permitiu identificar uma nova espécie no sudoeste da área de distribuição do género Achondrostoma, endémica do distrito de Lisboa e considerada Criticamente Em Perigo {Achondrostoma occidentale). Por o nome se encontrar indisponível foi necessário renomear Achondrostoma macrolepidotum, para A. oligolepis. A análise da filogeografia profunda do género Iberochondrostoma levou à proposta de um modelo de especiação em que uma grande espécie central, Iberochondrostoma lemmingii, originou na sua periferia e em diferentes períodos geológicos, diversas espécies de distribuição mais restrita. Este modelo de especiação do tipo peripátrico, suportado por dados de ADN nuclear e mitocondrial, parece consistente com a história geológica da Península Ibérica no Terciário. Procedeu-se à análise filogeográfica das populações de uma das espécies deste género, /. lusitanicum, tendo-se identificado ESUs distintas que impõem a descrição, o mais breve VIII possível, de uma nova espécie e fornecem informações importantes para o delineamento de estratégias de conservação desta espécie Criticamente Em Perigo. O estudo do comportamento reprodutor de /. lusitanicum bem como o estudo do comportamento agonístico de Pseudochondrostoma polylepis forneceram elementos etológicos relevantes para a conservação destes ciprinídeos. Do mesmo modo, o estudo da expansão de Alburnus alburnus na Península ibérica, que se tem acelerado de forma muito acentuada nos últimos anos, traz igualmente informações importantes para o delineamento de estratégias de conservação dos ciprinídeos nativos, cujas potenciais interacções ecológicas com esta exótica se encontram totalmente inexploradas. O desenvolvimento deprimers que permitem amplificar eficazmente um fragmento de mais de 900 bases do gene nuclear da beta-actina foi fundamental em quase todos os estudos genéticos referidos acima. Para além de contribuir para os estudos filogenéticos e filo geográficos já referidos, permitiu esclarecer a natureza do ancestral paterno de Squalius albumoides uma espécie hibridogenética que resultou de cruzamentos entre fêmeas de Squalius pyrenaicus e machos filogeneticamente muito próximos, mas distintos, de Anaecypris hispânica. O facto de peixes dos géneros Alburnus e Squalius híbridarem facilmente e a proximidade filogenética entre Alburnus,, Anaecypris e uma das linhagens que integra S. albumoides leva a considerar com grande preocupação a expansão de Alburnus alburnus cujo grande potencial de hibridação com peixes do género Squalius é conhecido e que pode bibridar e descaracterizar várias espécies endémicas da península. Finalmente desenvolveu-se e validou-se um novo método que permite atribuir as diferentes bases presentes nos cromatogramas de ADN diplóide ou polipióide a cada uma das cadeias constitutivas tirando partido de artefactos da sequenciação induzidos na vizinhança de indels em heterozigotia. Este método é útil tanto na análise de múltiplos SNP's no mesmo fragmento, como na identificação das sequências de ADN presentes em híbridos e na distinção de vários típos de políplóides. ------ABSTRACT ------ Fishes formeríy included in the genus Chondrostoma (Cyprínidae: Leuciscinae) are distributed through South and Central Europe, from the Atlantic to the Caspian and from the Mediterranean to the Baltic. They are also found in Ásia Minor, the Caucasus and Mesopotamia. The number of species included in the group has varied according with the authors due to the use of different diagnostic críteria (í.e, morphological and osteological or molecular). Previous molecular phylogenetic studies of this group yielded unresolved polytomies although some monophyletic and statistically well supported clades were identifíed: toxostoma, lemmingii, polylepis, arcasii, nasus, soetta e genei, The present thesis aimed to achieve several objectives at various leveis. At a macroevolutionary scale this study attempted to solve the phyiogeny of the fish traditionally included ín Chondrostoma with a broader sample of taxa and more DNA fragments. At the same time the study aimed to clarify the diversification of this group in the Iberian Península. The main results can be summarized as follows. A statistically robust phyiogeny of the fish formeríy included in the genus Chondrostoma was obtained. The former polytomies were solved which indicates that they were likeiy due to insufficient taxon sampiing or scarcity of molecular data. Mapping of morphological characters on the inferred phyiogeny showed that several traits considered to be diagnostic of the genus were homoplasic. Thus a revison of the genus Chondrostoma was undertaken. This revision restricted the genus Chondrostoma to the nasus lineage and gave rise to the new genera Pseudochondrostoma, Par achondrostoma, Iberochondrostoma, Achondrostoma and Protochondrostoma (corresponding to the lineages polylepis, toxostoma, lemmingii, arcasii and genei, respectivefy). The cladogenetíc events that gave rise to these lineages seem to have occurred 11 million years ago, excluding the hypothesis of diffusion and diversification during the oligohaline Lago Maré phase of the Mediterranean, near the end of the Messinian. Thus the model of dispersai proposed by Bianco does not hold for this group of fish. XI Sitmmary Three of the six genera defmed in this work are endemic of the Iberian Península and another one has the majority of its species in the península, with a little extension to France. These data and the chronology estimated for the diversifícation inside these genera suggest that most of the radiation in this group occurred ín the Iberian Península long before the end of the Miocene. It seems that in this group the contacts between the península and the rest of Europe were, ín recent times, very scarce, and limited to connectíons between northeast Spain and France. In the Iberian Peninsula the genera Achondrostoma, Iberochondrostoma and Parachondrostoma have disjunct but adjacent distribution áreas which suggests that vicariant processes may have played a fundamenta! role in their differentiation. Pseudochondrostoma shows several resemblances with the genera Parachondrostoma and Chondrostoma (e.g. inferior mouth with a horny blade, comparably large size and pre-reproductive migrations) with the genera Parachondrostoma and Chondrostoma. The hypotheses of these resemblances being the result of convergent evolution or ancient hybridization events are discussed. The phylogenetic analysis of the genus Achondrostoma showed that this genus inciudes two lineages separated since the Miocene. A. arcasii is polyphyletic and includes físh from the two lineages referred above, thus a revision of its taxonomy is urgently needed. This phyíogenetic information, combined with morphological data, allowed the identification of a new species in the southwest of the distribution área of the genus Achondrostoma, Achondrostoma occidentale. This new species is endemic of the Lisbon district and it is considered Critically In Danger. As the name macrolepidotum was unavailable it was necessary to rename Achondrostoma macrolepidotum to A. oligolepis. The analysis of the deep phyiogeography of the genus Iberochondrostoma resulted in the proposal of a model of speciation in which a large central species, Iberochondrostoma lemmingii, originated in its períphery and at different geological times, diverse species with small distribution áreas. This peripatric speciation model is supported by mitochondrial and nuclear DNA and it seems consistent with the geological history of the Iberian Peninsula in the Tertiary. The phyíogeographic analysis of the populations of Iberochondrostoma lusitanicum aliowed the identification of distinct ESUs, which in turn impose the description of a new species, as soon as possible, as well as reveaiing importam informatíon to the conservation strategies of this Critically in Danger species. XII Summary The studies on the reproductive behaviour of / lusitanicum, and on the agonistic behaviour of Pseudochondrostoma polylepis revealed some ethologícal patterns relevant to the conservation of the species. It was also the case with the study on the expansíon of Albumus âlburnus in the Iberian Península, a species which has spread very quickly in recent years. The development of primers that allowed the amplifícation of a fragment of more than 900 base pairs of the nuclear beta actin gene was fundamental to almost ali genetic studies referred above. Beside its contribution to these studies, it allowed the recognition of the paternal ancestor of Squalius alburnoides an hybridogenetic species which resuited from crossings between S. pyrenaicus females and males phylogenetically very close to but distinct from Anaecypris hispânica. The fact that species of the genera Albumus and Squalius hybridize easily and the phylogenetic proximity between Alburnus, Anaecypris and one of the lineages that integrates S. alburnoides, brings great concerns about the expansion of Albumus âlburnus. The high potential of hybridization recorded between this last species and fishes of the genus Squalius is well known and may result in the genetic descaracterization of several species endemic to the Iberian Península. Finally, a new method was developed and validated, that allows the attribution of different bases present in the DNA chromatograms of diploid or polyploidy fishes to each one of the constitutive chains, taking advantage of artefacts of the sequencing process induced in the vicinity of heterozygous indels. This method is useful in the analysis of multiple SNP's in the same fragment, in the Identification of DNA sequences present in hybrids and in the distinction of several kinds of polyploids.

Submitted by Joana Pipa (jpipa@ispa.pt) on 2012-06-18T19:18:28Z No. of bitstreams: 1 MPE 39(1) 276-281.pdf: 227175 bytes, checksum: 626a9333013dcb0262ef47209da52b74 (MD5) Made available in DSpace on 2012-06-18T19:18:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MPE 39(1) 276-281.pdf: 227175 bytes, checksum: 626a9333013dcb0262ef47209da52b74 (MD5) Previous issue date: 2006

Submitted by Joana Pipa (jpipa@ispa.pt) on 2012-06-04T19:38:15Z No. of bitstreams: 1 IEF 16(1) 47-48.pdf: 43234 bytes, checksum: 3fad335c8d4406976d2d3af762a50f27 (MD5) Made available in DSpace on 2012-06-04T19:38:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 IEF 16(1) 47-48.pdf: 43234 bytes, checksum: 3fad335c8d4406976d2d3af762a50f27 (MD5) Previous issue date: 2005

Submitted by Joana Pipa (jpipa@ispa.pt) on 2012-06-20T19:51:43Z No. of bitstreams: 1 Graellsia 61(1) 19-29.pdf: 259952 bytes, checksum: 2ca07a5a225907c7d4350d892dc1e40d (MD5) Made available in DSpace on 2012-06-20T19:51:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Graellsia 61(1) 19-29.pdf: 259952 bytes, checksum: 2ca07a5a225907c7d4350d892dc1e40d (MD5) Previous issue date: 205

In this paper we describe a simple approach using double peaks in chromatograms generated as artefacts in the vicinity of heterozygous indels, to identify the specific sequences present in individual strands of a given DNA fragment. This method is useful to assign bases in individuals that are heterozygous at multiple sites. In addition, the relative sizes of the double peaks help to determine the ploidy level and the relative contribution of the parental genomes in hybrids. Our interpretation was confirmed with the analysis of artificial mixtures of DNA of two different species. Results were robust with varying PCR and sequencing conditions. The applicability of this method was demonstrated in hybrids of the Squalius alburnoides complex and in heterozygotes of Chondrostoma oligolepis. Far from being limited to these fish models and the gene where it was tested (betaactin), this sequence reconstruction methodology is expected to have a broader application.

In this paper we describe for the first time the occurrence of agonistic behaviour in Chondrostoma polylepis (Pisces: Cyprinidae) in captivity. In this species agonistic behaviour was present in adults of both sexes and juveniles, during spring and summer, well after the end of the breeding season. Qualitative observations revealed the presence of a similar pattern of agonistic behaviour in Chondrostoma duriensis. Despite intense observation effort, no signs of agonistic behaviour were detected in three other Chondrostoma species of the same geographical area, C. macrolepidotus, C. lemmingii and C. lusitanicum. It is hypothesized that agonistic behaviour in C. polylepis and C. duriensis may be functionally linked to their feeding ecology.

In this paper we describe, for the first time, the reproductive behaviour of the rare Iberian cyprinid fish Chondrostoma lusitanicum, endemic to Portugal. The species is an egg broadcaster releasing adhesive eggs. Spawning aggregations may involve large numbers of fish but within a group, short sequences of courtship and spawning typically involve one female and one or a few males. Males follow females touching them frequently and at spawning press the female body against the available objects. Males perform circles that may help to retain a female in a given area. A special behaviour is described for females with the likely function of attracting males and initiating courtship.

In this paper we present ACTUS2, the second version of ACTUS (Analysis of Contingency Tables Using Simulation). ACTUS2 has many new features, including analysis of data in which dependencies that make some combinations of properties impossible are hypothesized. Because ACTUS2 explicitly simulates such hypotheses, it can be used without loss of accuracy to analyze small amounts of data in large tables with many zeros or very low frequencies. We illustrate these features with two studies of animal behavior: interactions of male individuals with other individuals in groups of captive, mature Triturus marmoratus pygmaeus (newts); and agonistic interactions between pairs of male juvenile Diplodus sargus (the sparid fish, white sea-bream). Both significantly frequent, and significantly infrequent, co-occurrences that had biologically meaningful interpretations were revealed.

Dissertação de Mestrado em Etologia Descrevem-se os comportamentos sociais observados em grupos mistos de T. marmoratus da Serra de Sintra, mantidos num cativeiro de grandes dimensões durante várias semanas. Reconhecem-se padrões de comportamento descritos para esta espécie e para outras do género Triturus. Descrevem-se, aparentemente pela primeira, vez os seguintes comportamentos: Walk I, Land-over, Stand-on, Show, Erect-body, Yawn, Circle e Dig. As fêmeas parecem ter um papel mais activo na côrte do que se considera habitualmente, nomeadamente através de iniciativas como Walk I, Land-over e Show. As frequências dos comportamentos para cada sexo e as principais interacções entre os indivíduos, foram analisadas utilizando uma estatística de simulação. Alguns padrões, habitualmente classificados como comportamentos sexuais masculinos, ocorrem em ambos os sexos e têm possivelmente outras funções sociais. Alguns comportamentos desencadeiam respostas diferentes de acordo com o sexo dos indivíduos intervenientes na interacção.

Dissertação de Mestrado apresentada no ISPA – Instituto Universitário para obtenção de grau de Mestre na especialidade de Biologia Marinha e Conservação. A classe Chondrichthyes apresenta diversas espécies cujas características da história de vida faz com que os indivíduos sejam bastante suscetíveis à sobre-exploração. Atualmente, diversos representantes deste grupo estão presentes em cativeiro. O estudo de indivíduos nestes locais é extremamente importânte, pois contribui para o aumento de conhecimentos destes espécimes, possibilitando assim o seu mantimento em cativeiro, mas, também, auxilia a sua conservação e preservação no habitat natural. A presente revisão visa compreender e analisar todas as técnicas existentes que atualmente permitem a recolha de dados zoométricos em elasmobrânquios e, posteriormente, prever qual a que melhor se adapta a cativeiro. Para tal, foram analisados 46 artigos cujas metodologias correspondessem às delimitações implementadas. Após a análise foi possível encontrar cinco técnicas de medição; fotogrametria utilizando a distância até ao indivíduo, fotogrametria com barra, fotogrametria com lasers, stereo-DOV e stereo-BRUV. Observou-se que as técnicas utilizadas atualmente, são ótimas alternativas a métodos que envolvam a captura ou a morte dos indivíduos, pois são práticas simples de utilizar, pouco invasivas e bastante precisas. Relativamente à adaptação em cativeiro, referiu-se que o stereo-DOV era a técnica que melhor se apropriava a este propósito. Escolheu-se esta, atendendo a que é fácil de manobrar nestes locais, permite a amostragem de espécies bentónicas e pelágicas e, se bem realizada, apresenta um erro bastante reduzido. The Chondrichthyes class has several species whose life history characteristics make the individuals very susceptible to overexploitation. Currently, several representatives of this group are present in captivity. The study of individuals in these places is extremely important, as it contributes to increase the knowledge of these specimens, therefore enabling them to be kept in captivity, but it also helps their conservation and preservation in the natural habitat. The present review aims to understand and analyse all existing techniques that currently allow the collection of zoometric data in elasmobranchs and, later, to predict which one is the best one to adapt in captivity. To this end, 46 articles were analysed whose methodologies corresponded to the implemented delimitations. After the analysis it was possible to find five measurement techniques; photogrammetry using the distance to the individual, photogrammetry with bar, photogrammetry with lasers, stereo-DOV and stereo-BRUV. It was observed that the techniques currently used are great alternatives to methods that involve the capture or death of individuals, as they are practical, simple to use, little invasive and very accurate. Regarding the adaptation in captivity, it was chosen that the stereo-DOV was the technique that is best suited for this purpose. This one was chosen because it is easy to maneuver in these places, it allows the sampling of benthic and pelagic species and, if well done, it presents a very small manger error.

Dissertação de Mestrado apresentada no ISPA – Instituto Universitário para obtenção de grau de Mestre na especialidade de Biologia Marinha e Conservação Com o tempo, o homem tem vindo a tomar cada vez mais consciência da grande importância da proteção, preservação e recuperação do meio ambiente, assim como das espécies ameaçadas. Aliadas à missão de conservação estão várias entidades que, diariamente, trabalham com intuito de manter populações saudáveis e autossustentáveis. Este estudo apresenta os resultados da análise demográfica e genética da população do Leão-marinho-da-califórnia [Zalophus californianus (Lesson, 1828)], espécie gerida no âmbito de Programa ex situ da EAZA (EEP). Realizou-se um questionário que foi enviado a diversas instituições, com o objetivo de criar um Plano de Gestão a Longo Prazo para a espécie, através de um bom controlo do tamanho da sua população. Os dados desta população encontram-se registados no seu Studbook desde 1991, dados estes que são essenciais para monitorizar e gerir o estabelecimento e o crescimento de populações mantidas em cativeiro, facilitando o desenvolvimento de uma população viável e ajudando a maximizar a diversidade genética e a estabilidade demográfica. Através da atualização e correção de erros do Studbook foi possível aumentar a percentagem de pedigree conhecido. Para a análise demográfica e genética da população utilizou-se o software PMx. Os resultados mostram que a população do EEP se encontra em crescimento, demostrando parâmetros demográficos positivos, tais como: taxa instantânea de crescimento (r =0,039); taxa de crescimento populacional (λ = 1,040) e; taxa líquida de reprodução (Ro = 1,605). Relativamente aos parâmetros genéticos, a diversidade genética da população é alta e tem potencial para aumentar, o que indica um bom estado genético. Over time, man has become increasingly aware of the great importance of protecting, preserving, and recovering the environment, as well as threatened species. Allied to the conservation mission are several entities that work daily in order to maintain healthy and self-sustainable populations. This study presents the results of the demographic and genetic analysis of the population of the California Sea Lion [Zalophus californianus (Lesson, 1828)], a species managed under the EAZA Ex situ Programme (EEP). A questionnaire was prepared and sent to several institutions, with the aim of creating a long-term management plan for the species, through good control over the size of its population. This population's data has been recorded in a Studbook since 1991. This data is essential to monitor and manage the establishment and growth of populations kept in captivity, facilitating the development of a viable population, and helping to maximize genetic diversity and demographic stability. By updating and correcting Studbook errors, it was possible to increase the percentage of pedigree known. For the demographic and genetic analysis of the population, the PMx software was used. The results show that the population of the EEP is growing, showing positive demographic parameters, such as: instantaneous growth rate (r = 0.039); population growth rate (λ = 1,040); net reproductive rate (Ro = 1.605). Regarding genetic parameters, the genetic diversity of the population is high and has the potential to increase, which indicates a good genetic status.

Dissertação de Mestrado apresentada no ISPA – Instituto Universitário para obtenção de grau de Mestre na especialidade em Biologia Marinha e Conservação A pata-roxa Scyliorhinus canicula é o membro mais abundante da família Scyliorhinidae nas águas costeiras do Oceano Atlântico Nordeste. Embora seja um elasmobrânquio bastante abundante e uma espécie acessória de diferentes pescarias, existe pouca informação acerca da sua biologia nas águas de Portugal continental. A necessidade de melhorar o conhecimento desta espécie motivou o estudo da idade e crescimento de indivíduos capturados na costa portuguesa recorrendo, para tal, às suas vértebras. Foram amostrados 116 indivíduos (69 machos e 47 fêmeas) com comprimentos totais entre 222 e 571 mm. De modo a possibilitar a contagem dos pares de bandas foram testadas duas técnicas de limpeza das vértebras e três técnicas de enaltecimento das bandas de crescimento. A combinação que produziu melhores resultados foi a limpeza com imersão em NaClO e o enaltecimento através da descalcificação das vertebras com HNO3 (a 5%). As idades máximas estimadas para machos e fêmeas foram de 12 e 11 anos, respetivamente. Foram ajustados três modelos de crescimento: von Bertalanffy, von Bertalanffy com L0 fixo e Gompertz. Todos os modelos sugerem que o crescimento das fêmeas e dos machos é significativamente diferente. Este estudo providencia estimativas dos parâmetros de crescimento de pata-roxa para as águas de Portugal continental, o que constitui um importante contributo para a avaliação do estado da sua população. ABSTRACT: The lesser-spotted dogfish Scyliorhinus canicula is the most abundant specie of the Scyliorhinidae family in the Northeast Atlantic Ocean coastal waters. Although it is an abundant elasmobranch and bycatch specie of different fisheries, little information exists about its biology in Portuguese continental waters. The need to improve the knowledge of this specie led to the age and growth study of individuals captured in the Portuguese coast, through vertebrae. In this work 116 specimens were sampled (69 males and 47 females) between 222 and 571 mm total length. To enable the counting of the band pairs in the vertebra centra, two cleaning techniques and three band enhancement techniques were tested. The combination that showed the best results was cleaning with NaClO and band enhancement through nitric acid decalcification. The maximum ages estimated for males and females were 12 and 11 years, respectively. Three growth models were adjusted in order to quantify the growth rate of this specie: von Bertalanffy, von Bertalanffy with fixed L0 and Gompertz. All the models suggest that the growth of females and males has significant differences. This study provides growth parameters estimations of lesser spotted dogfish to Portuguese continental waters, which is an important contribution to the assessment of the population condition.

Tese de doutoramento, Biologia (Biologia Marinha e Aquacultura), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2018 Submitted by Amelia Janeiro (ajaneiro@reitoria.ul.pt) on 2018-10-19T16:13:17Z No. of bitstreams: 1 ulsd732347_td_Catarina_Henriques.pdf: 1907693 bytes, checksum: 81f1f220110ba32ee7aae733d294e666 (MD5) Made available in DSpace on 2018-10-22T14:55:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulsd732347_td_Catarina_Henriques.pdf: 1907693 bytes, checksum: 81f1f220110ba32ee7aae733d294e666 (MD5) Previous issue date: 2018

Tese de Doutoramento em Ciências Veterinárias na Especialidade de Sanidade Animal Despite the high risk of extinction of the Iberian leuciscids, the impact of bacterial diseases on their conservation is unknown. A comprehensive knowledge of the interaction between these species and pathogens, such as mesophilic Aeromonas, as well as the development of biosafety measures for ex situ programs, are considered essential for the success of their conservation. The main objectives of this thesis are the evaluation of the epidemiology of mesophilic Aeromonas in Iberochondrostoma lusitanicum, as well as the characterization of their antimicrobial resistance and virulence profiles, the detection of differences in the diversity of Aeromonas spp. of I. lusitanicum and Squalius pyrenaicus, the evaluation of the potential of biosecurity measures in the control of Aeromonas spp. in ex situ programs and testing the effect of climate change on Aeromonas spp. The results showed that I. lusitanicum presented lower general health status in the dry season, varying with location. Aeromonas communities varied between seasons and locations, while their pathogenic potential increased in the dry season. Relevant resistance phenotypes (carbapenems and fluoroquinolones) were detected. Furthermore, I. lusitanicum and S. pyrenaicus showed different levels of skin lesions, with S. pyrenaicus being the most affected species. Aeromonas communities differed between the two fish species. Additionally, the use of biosecurity measures suggests a decrease in the prevalence of Aeromonas spp. in ex situ programs, as well as its pathogenicity to fish, while an increase in antimicrobial resistance was observed throughout the program. Finally, climate change predicted by the International Panel on Climate Change for water temperature and pH influenced the growth, biofilm production and antimicrobial resistance profiles of Aeromonas spp. The current results clarify the epidemiology of mesophilic Aeromonas in threatened Iberian leuciscids and contribute to the establishment of adequate conservation measures. RESUMO - Apesar do elevado risco de extinção dos leuciscídeos ibéricos, desconhece-se o impacto das doenças bacterianas na sua conservação. Um conhecimento abrangente sobre a interação entre estas espécies e agentes patogénicos, como Aeromonas mesofílicas, bem como o desenvolvimento de medidas de biossegurança para programas ex situ, são considerados essenciais para o sucesso da sua conservação. Os principais objetivos desta tese são a avaliação da epidemiologia de Aeromonas mesofílicas em Iberocondrostoma lusitanicum, bem como a caracterização dos seus perfis de resistência antimicrobiana e virulência, a deteção de diferenças na diversidade de Aeromonas spp. de I. lusitanicum e Squalius pyrenaicus, a avaliação do potencial de medidas de biossegurança no controlo de Aeromonas spp. em programas ex situ e a testagem do efeito de alterações climáticas em Aeromonas spp. Os resultados mostraram que I. lusitanicum apresentaram estado geral de saúde inferior na época seca, variando com a localização. As comunidades de Aeromonas variaram entre épocas e localizações, enquanto o seu potencial patogénico aumentou na época seca. Foram detetados fenótipos de resistência relevantes (carbapenemos e fluroquinolonas). Além disso, I. lusitanicum e S. pyrenaicus apresentaram diferentes níveis de lesões cutâneas, sendo S. pyrenaicus a espécie mais afetada. As comunidades de Aeromonas diferiram entre as duas espécies de peixes. Adicionalmente, o uso de medidas de biossegurança sugere uma diminuição na prevalência de Aeromonas spp. em programas ex situ, bem como da sua patogenicidade para peixes, enquanto foi observado um aumento da resistência antimicrobiana ao longo do programa. Finalmente, as alterações climatéricas previstas pelo Painel Internacional sobre Mudanças Climáticas para a temperatura e pH da água influenciaram o crescimento, a produção de biofilme e os perfis de resistência antimicrobiana de Aeromonas spp. Os resultados atuais esclarecem sobre a epidemiologia de Aeromonas mesofílicas em leuciscídeos ibéricos ameaçados e contribuem para o estabelecimento de medidas de conservação adequadas N/A