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El género Zanthoxylumtiene distribución pantropical y México es considerado un centro de diversificación para este género. Por tal motivo, se llevó a cabo un análisis de trazos con el programa Trazos 2004® y se realizaron 2 análisis de parsimonia de endemismos (PAE, por sus siglas en inglés), uno de áreas y otro con los tipos de vegetación donde habitan las especies. Se obtuvieron 21 trazos individuales y 2 trazos generalizados en la Zona de Transición Mexicana de Montaña y Neotropical. Se obtuvieron 3 nodos, 2 se ubican en la transición de las provincias de la Sierra Madre Oriental, Golfo de México y Oaxaca y el otro se ubica en la provincia del Golfo de México. El análisis de simplicidad de endemismos (PAE) agrupa a las provincias de la Costa del Pacífico, el Eje Neovolcánico, el Golfo de México, Oaxaca, Depresión del Balsas y la Sierra Madre del Sur, en un conjunto de clados sucesivamente anidados, sustentados por Zanthoxylum aguilarii, Z. culantrillo, Z. liebmannianumy Z. purpusiien diferentes ramas. Con el análisis de vegetación se obtuvo un cladograma, en donde los tipos de vegetación de las zonas templadas (bosque mesófilo de montaña, bosque de Quercusy Coníferas) forman un clado reciente sustentado por Z. elegantissimum, Z. foliolosumy Z. melanorhachis.