Introdução: Alterações autonômicas e distúrbios do humor têm sido reportados em pacientes com apneia obstrutiva do sono (AOS). O objetivo do estudo foi avaliar os efeitos do treinamento físico (TF) na modulação autonômica cardíaca, sensibilidade barorreflexa espontânea (BRE) e no perfil da escala de humor (POMS) em pacientes com AOS moderada a grave. Métodos: Quarenta e quatro pacientes com AOS (índice de apneia e hipopneia = 48 ± 28 eventos por hora de sono), idade = 52 ± 7 anos, índice de massa corporal = 30 ± 3 kg/m2) foram randomizados em grupo controle e grupo treinamento. A frequência cardíaca (eletrocardiograma), pressão arterial (PORTAPRES) batimento a batimento foram coletados durante 5 minutos em repouso. Simultaneamente a frequência respiratória foi coletada respiração a respiração. O consumo de oxigênio no pico do exercício (VO2 pico) foi avaliado pela ergoespirometria. A modulação autonômica cardíaca foi avaliada a partir das flutuações espontâneas da série temporal proveniente do intervalo RR (iRR) do eletrocardiograma. A análise foi realizada no domínio do tempo e no domínio da frequência. Os segmentos estacionários dos iRR no domínio da frequência foi analisada por meio de análise espectral pelo método não paramétrico da transformada rápida de Fourier. A BRE foi analisada pelo método de sequencia. O perfil de humor foi avaliado pela escala de perfil de estados de humor POMS (Profile of Mood States) através das 6 categorias: tensão, depressão, hostilidade, vigor, fadiga, confusão. O TF consistiu de 72 sessões totais com 3 sessões semanais (atingido em 40 ± 3,9 semanas). Cada sessão de exercício físico incluiu exercício aeróbio, exercícios resistidos e flexibilidade. Resultados: Os grupos foram semelhantes no início do estudo em relação ao índice de massa corporal, VO2 pico, parâmetros do sono, parâmetros da modulação autonômica cardíaca e estados de humor (P > 0,05). O TF aumentou o VO2 pico (P < 0,05), reduziu o índice de despertares total somente no grupo treinamento (P < 0,05). Houve uma maior redução no delta de índice de apneia hipopneia (IAH), dessaturação total de O2 e nos despertares totais no grupo treinamento quando comparado ao grupo controle (P < 0,05). Com relação à modulação autonômica cardíaca, foi observado maiores valores de iRR e BRE (P < 0,05) no gupo treinado quando comparado ao grupo controle no período pós intervenção. Análise de delta mostrou uma diferença significativa no iRR e BRE entre os gupos. Após a intervenção também foi observado uma redução significativa no item fadiga da escala de POMS (P < 0,05) somente no grupo treinamento. Houve uma correlação positiva (r = 0,60, P = < 0,02) entre o item fadiga da escala de POMS e o IAH. Conclusões: O TF melhora a modulação autonômica cardíaca, melhora a fadiga mental e parâmetros do sono em pacientes com AOS. Esses efeitos estão associados a uma melhora na gravidade do sono, fadiga e menor risco de eventos cardiovasculares nos pacientes com AOS moderada a grave Autonomic changes and mood disorders have been reported in patients with obstructive sleep apnea (OSA). The aim of the study was to evaluate the effects of physical training (ET) on cardiac autonomic modulation, spontaneous baroreflex sensitivity (SBR) and mood scale profile (POMS) (Profile of Mood States) in patients with moderate to severe OSA. Methods: Forty-four OSA patients (apnea and hypopnea index = 48 ± 28 events per hour of sleep), age = 52 ± 7 years, body mass index = 30 ± 3 kg / m2) were randomized to a control group and exercise-trained group. Heart rate (electrocardiogram), blood pressure (PORTAPRES) beat-to-beat were collected during 5 minutes at rest. Simultaneously the respiratory rate was collected breath by breath. Peak oxygen uptake (VO2 peak) was assessed by ergospirometry. Cardiac autonomic modulation was assessed from the spontaneous fluctuations of the time series from the electrocardiogram RR interval (iRR). The analysis was performed in time domain and frequency domain. The frequency domain iRR stationary segments were analyzed by spectral analysis by the nonparametric Fourier fast transform method. SBR was assessed by sequence method. Mood profile was assessed by the POMS mood profile scale across the 6 categories: tension, depression, hostility, vigor, fatigue, confusion. ET consisted of 3 weekly sessions of aerobic exercise, resisted exercises and flexibility (72 sessions, achieved in 40±3.9 weeks). Results: The groups were similar at baseline regarding body mass index, VO2 peak, sleep parameters, cardiac autonomic modulation parameters and mood states (P > 0.05). ET increased peak VO2 (P < 0.05), reduced total arousal index only in the trained group (P < 0.05). Analysis of delta changes showed that AHI, arousal index, O2 desaturation events in the exercise group was significantly greater than that observed in the control group (P < 0.05). Regarding cardiac autonomic modulation, higher values of iRR and SBR were observed in the trained group when compared to the control group in the post-intervention period (P < 0.05). Delta analysis showed a significant difference in iRR and SBR between the groups. After the intervention, a significant reduction in the POMS fatigue item (P < 0.05) was also observed only in the trained group. There was a positive correlation (r = 0.60, P = < 0.02) between fatigue item and AHI. Conclusions: TF improves cardiac autonomic modulation, improves mental fatigue and sleep parameters in OSA patients. These effects are associated with improved sleep severity, fatigue and lower risk of cardiovascular events in patients with moderate to severe OSA