27 results on '"Raffinot M"'
Search Results
2. Changement climatique : quels défis pour le Sud ?
- Author
-
Aubertin Catherine, Méral, Philippe, Raffinot, M., Bidaud, C., Reinert, M., Janicot, Serge (ed.), Aubertin, Catherine (ed.), Bernoux, Martial (ed.), Dounias, Edmond (ed.), Guégan, Jean-François (ed.), Lebel, Thierry (ed.), Mazurek, Hubert (ed.), Sultan, Benjamin (ed.), Sokona, Y. (pref.), and Moatti, Jean-Paul (pref.)
- Published
- 2015
3. Climate change : what challenges for the South ?
- Author
-
Aubertin Catherine, Méral, Philippe, Raffinot, M., Bidaud, C., Reinert, M., Janicot, Serge (ed.), Aubertin, Catherine (ed.), Bernoux, Martial (ed.), Dounias, Edmond (ed.), Guégan, Jean-François (ed.), Lebel, Thierry (ed.), Mazurek, Hubert (ed.), Sultan, Benjamin (ed.), Sokona, Y. (pref.), and Moatti, Jean-Paul (pref.)
- Published
- 2015
4. Les fonctionnaires du Sud entre deux eaux : sacrifiés ou protégés ?
- Author
-
Raffinot, M. (ed.) and Roubaud, François (ed.)
- Subjects
SECTEUR PRIVE ,SURREMUNERATION ,REFORME ADMINISTRATIVE ,FISCALITE ,REVENU ,CADRE ,AJUSTEMENT STRUCTUREL ,SYSTEME DE REPRESENTATIONS ,LIBERALISATION ECONOMIQUE ,STATUT SOCIOECONOMIQUE ,FONCTION PUBLIQUE ,SAGE FEMME ,ETAT ,BUREAUCRATIE ,SALAIRE ,SECTEUR PUBLIC ,CORRUPTION ,FONCTIONNAIRE ,SOCIOLOGIE DES ORGANISATIONS ,QUALIFICATION PROFESSIONNELLE ,GOUVERNANCE ,NIVEAU DE VIE ,PRESSION FISCALE ,ECONOMIE POLITIQUE ,CLIENTELISME ,DOUANE ,POLITIQUE DE L'EMPLOI ,SOCIOLOGIE DU TRAVAIL ,ADMINISTRATION PUBLIQUE ,DEMOCRATISATION - Published
- 2001
5. High similarity sequence comparison in clustering large sequence databases.
- Author
-
Dudoignon, L., Glemet, E., Heus, H.C., and Raffinot, M.
- Published
- 2002
- Full Text
- View/download PDF
6. Mali.
- Author
-
Dante, I., Gautier, J., Marouani, M.A., and Raffinot, M.
- Subjects
POVERTY ,GOVERNMENT policy - Abstract
In Mali the process of preparing a PRSP was relatively long–drawn–out, partly because of the way it interacted with the timetable of political change in the country. This article explains how this had some benefits in terms of a maturing of government, NGO and donor attitudes in a nation that has been both highly aid–dependent and the focus of DAC–led efforts to improve aid co–ordination. It is argued, however, that significant constraints remain to transforming this good will into effective anti–poverty action, including weak policy–making capacities and incentives in government service, the slowness of public finance reform and the uneven progress in eliminating supply–driven aid and lending, and the use of parallel funding channels. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2003
- Full Text
- View/download PDF
7. Asymptotic estimation of the average number of terminal states in DAWGs
- Author
-
Raffinot, M.
- Published
- 1999
- Full Text
- View/download PDF
8. High similarity sequence comparison in clustering large sequence databases
- Author
-
Dudoignon, L., primary, Glemet, E., additional, Heus, H.C., additional, and Raffinot, M., additional
- Full Text
- View/download PDF
9. « Motiver » et « chicoter » : l'économie politique de la pression fiscale en Afrique subsaharienne
- Author
-
Marc Raffinot, Raffinot, M. (ed.), and Roubaud, François (ed.)
- Subjects
FISCALITE ,ADMINISTRATION FISCALE ,BUDGET DE L'ETAT ,General Medicine ,FONCTIONNAIRE ,AGENT DE RECOUVREMENT ,AJUSTEMENT STRUCTUREL ,PRESSION FISCALE ,ECONOMIE POLITIQUE ,NEGOCIATION ,CONCEPT ,LIBERALISATION ECONOMIQUE ,DOUANE ,COLLECTE DE TAXES ,RECETTES PUBLIQUES ,PRELEVEMENT ,ADMINISTRATION PUBLIQUE ,IMPOT ,SALAIRE ,TRESOR PUBLIC - Abstract
La pression fiscale depend pour une part non negligeable du systeme d’incitation des agents charges du recouvrement des impots et taxes. L’existence, en Afrique subsaharienne, d’une tres forte asymetrie d’information entre les dirigeants et les agents de recouvrement explique que le gouvernement en soit souvent reduit a negocier avec les agents un montant forfaitaire de taxes qui seront reversees au Tresor. Il en resulte que les previsions de recettes realisees par les regies financieres ne sont pas forcement plus mauvaises que celles qui sont realisees sur la base de methodes macroeconomiques sophistiquees. Cela explique aussi que les reformes introduites par les programmes d’ajustement structurel n’aient pas reussi a produire une augmentation significative et durable des taux de pression fiscale. Ces reformes portent en effet surtout sur le dispositif fiscal en tant que tel sans prendre en compte de maniere adequate le systeme incitateur des services fiscaux et douaniers.
- Published
- 2001
10. Les fonctionnaires vietnamiens dans la transition
- Author
-
Nolwen Henaff, Raffinot, M. (ed.), and Roubaud, François (ed.)
- Subjects
SECTEUR PUBLIC ,TRANSITION ECONOMIQUE ,POUVOIR LOCAL ,General Medicine ,FONCTIONNAIRE ,ENTREPRISE PUBLIQUE ,REVENU ,CADRE ,NIVEAU DE VIE ,STATUT SOCIOECONOMIQUE ,ECONOMIE DE MARCHE ,ETAT ,FORMATION PROFESSIONNELLE ,ADMINISTRATION PUBLIQUE ,TRANSITION ,EMPLOI ,SALAIRE - Abstract
Dans le Viet-nam independant puis reunifie, les cadres du Parti ont remplace les cadres coloniaux. Le passage progressif a un systeme de marche, dans lequel les cadres locaux ont joue un role souvent determinant, a entraine des bouleversements fondamentaux dans les effectifs, les statuts et les niveaux de vie des employes du secteur public. Alors que la transition s’acheve sur le marche du travail, pour lequel les problemes a resoudre sont de plus en plus proches de ceux que connaissent d’autres pays a faibles niveaux de revenu, elle est loin d’etre terminee dans la fonction publique. Les fonctionnaires vietnamiens sont pris dans un faisceau d’interets contradictoires. Leurs interets, en tant qu’individus, membres d’un corps constitue et representants de l’Etat ne sont pas denues d’ambiguite, d’autant que l’Etat semble eprouver des difficultes croissantes a refleter les aspirations d’une population dont le dot moi a permis de liberer les diverses expressions.
- Published
- 2001
11. Le nouveau partenariat pour le développement de l'Afrique (NEPAD) : trois éléments de critique
- Author
-
Sandrine Mesplé-Somps, Fisette, J. (dir.), and Raffinot, M. (dir.)
- Subjects
Battle ,COOPERATION REGIONALE ,INVESTISSEMENT ETRANGER ,SYSTEME FINANCIER ,DEVELOPPEMENT ECONOMIQUE ,DECENTRALISATION ,media_common.quotation_subject ,DEMOCRATIE ,REFORME ,Development ,Public administration ,PAUVRETE ,FINANCEMENT ,DEVELOPPEMENT REGIONAL ,INEGALITE SOCIALE ,INVESTISSEMENT ,ETAT ,MILIEU URBAIN ,media_common ,INVESTISSEMENT PUBLIC ,INVESTISSEMENT PRIVE ,Poverty ,EPARGNE ,POLITIQUE DE DEVELOPPEMENT ,Investment (macroeconomics) ,GOUVERNANCE ,CROISSANCE ECONOMIQUE ,LUTTE CONTRE LA PAUVRETE ,STRATEGIE DE DEVELOPPEMENT ,Geography ,General partnership ,INEGALITE ECONOMIQUE ,Ethnology ,ETUDE CRITIQUE ,SCOLARISATION ,MILIEU RURAL ,ADMINISTRATION PUBLIQUE ,Strategic development - Abstract
The New Partnership for Africa's Development (better known as NEPAD) is a strategic development framework for the African continent. This article examines the document's relevance as well as the policies advocated. Criticisms focus on the document's economic content. This paper argues that (1) the issue of investment financing is handled rather awkwardly and the investment options are not adequately ranked, (2) policies to battle poverty are insuficiently developed, and (3) the project is based on an excessively minimalist approach to the role of governments in Africa.
- Published
- 2010
12. Gouvernance des réseaux et accès des pauvres à l'eau potable dans les villes d'Afrique subsaharienne
- Author
-
Sylvy Jaglin, Réseaux, Institutions, Territoires (RIT), Laboratoire Techniques, Territoires et Sociétés (LATTS), Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and FISETTE J., RAFFINOT M. (dirs)
- Subjects
non précisé ,[SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography - Published
- 2010
13. Les fonctionnaires du Sud entre deux eaux : sacrifiés ou protégés ?
- Author
-
Jean Copans, Raffinot, M. (ed.), and Roubaud, François (ed.)
- Subjects
SECTEUR PUBLIC ,CORRUPTION ,General Medicine ,INSTITUTION POLITIQUE ,FONCTIONNAIRE ,AJUSTEMENT STRUCTUREL ,ECONOMIE POLITIQUE ,FONCTION PUBLIQUE ,HISTOIRE POLITIQUE ,ETAT ,BUREAUCRATIE ,SOCIOLOGIE ,ANTHROPOLOGIE POLITIQUE ,SOCIOLOGIE DE L'ORGANISATION ,SITUATION SOCIALE - Abstract
Il s’agit d’expliquer le paradoxe qui veut qu’avec la multiplicite des theories concernant l’Etat en Afrique noire, le bilan des etudes empiriques consacrees a la fonction publique et a l’administration comme aux fonctionnaires soit tres pauvre, quelle que soit la tradition disciplinaire ou nationale des sciences sociales. En devenant un objet purement politique, surtout apres les periodes d’ajustement, de crise et de democratisation, l’Etat semble avoir perdu sa qualite de corps social bureaucratique. Apres un examen rapide des quelques elements disponibles pour une sociologie des fonctionnaires (tant au niveau global que local ou sectoriel), nous examinons les causes possibles de ce desinteret: la dynamique de l’approche du « politique par le bas » au cours des annees 1980-2000, l’absence de sociologie de l’organisation appliquee ou extrapolee aux Etats africains et le decrochage thematique qui s’en est suivi. Les travaux plus recents sur la corruption (notamment en matiere de developpement) ou sur la privatisation des fonctions de l’Etat ne solutionnent pas le probleme. Pourtant, l’existence sociologique des appareils d’Etat necessite une approche empirique et une perspective aussi bien historique que comparatiste.
- Published
- 2001
14. Les fonctionnaires du Sud entre deux eaux : sacrifiés ou protégés ?
- Author
-
Javier Herrera, Raffinot, M. (ed.), and Roubaud, François (ed.)
- Subjects
SECTEUR PRIVE ,SURREMUNERATION ,REFORME ADMINISTRATIVE ,SECTEUR PUBLIC ,TEMPS DE TRAVAIL ,ECONOMETRIE ,General Medicine ,FONCTIONNAIRE ,ETHNIE ,DISCRIMINATION ,FEMME ,ETUDE COMPARATIVE ,ENQUETE ,FONCTION PUBLIQUE ,SECTEUR INFORMEL ,MARCHE DU TRAVAIL ,HOMME ,SALAIRE ,MENAGE ,DONNEES STATISTIQUES - Abstract
L’existence d’une surremuneration des travailleurs du secteur public peruvien par rapport aux travailleurs du secteur prive est examinee a partir d’une analyse de l’enquete Enaho, la derniere disponible en matiere de l’emploi. Apres avoir constate qu’une comparaison des niveaux moyens de revenu donnait un avantage tres large aux salaries du secteur public, on met en evidence que ces differences etaient largement dues aux caracteristiques particulieres des travailleurs du secteur public, en moyenne plus âges, plus qualifies que leurs homologues du secteur prive. L’analyse econometrique effectuee confirme les resultats deja obtenus pour le Perou avec l’enquete LSMS de 1985-1986 par Stelcner, Van der Gaag et Vijverberg en 1988. Les salaries du secteur public recoivent une remuneration inferieure a celle des travailleurs du secteur prive ayant les memes caracteristiques. D’autres facteurs, davantage lies a la discrimination ethnique et a la protection dans l’emploi, apparaissent comme ayant autant sinon plus d’importance que l’appartenance au secteur public dans l’equation de gains.
- Published
- 2001
15. Réforme de l'Etat et politique d'emploi public en Colombie
- Author
-
Gros, J.B., Raffinot, M. (ed.), and Roubaud, François (ed.)
- Subjects
POLITIQUE ECONOMIQUE ,REFORME ADMINISTRATIVE ,SECTEUR PUBLIC ,FEMME ,BUDGET DE L'ETAT ,ETAT ,FONCTIONNAIRE ,POLITIQUE DE L'EMPLOI ,CONSTITUTION ,QUALIFICATION PROFESSIONNELLE ,EMPLOI ,SALAIRE - Published
- 2001
16. Les fonctionnaires du Sud entre deux eaux : sacrifiés ou protégés ?
- Author
-
Giorgio Blundo, Raffinot, M. (ed.), and Roubaud, François (ed.)
- Subjects
FISCALITE ,ABSENTEISME ,BENEVOLAT ,FONCTION PUBLIQUE ,SECTEUR INFORMEL ,ETAT ,BUREAUCRATIE ,IMPUNITE ,PERSONNEL SUPPLETIF ,POLITIQUE ,CORRUPTION ,USAGER ,General Medicine ,FONCTIONNAIRE ,SOCIOLOGIE DES ORGANISATIONS ,NEGOCIATION ,JUSTICE ,DOUANE ,INTERMEDIAIRE ,COLLECTEUR ,PRIVATISATION INFORMELLE ,VACATION ,ADMINISTRATION PUBLIQUE ,ETAT CIVIL ,IMPOT ,COURTAGE - Abstract
Fonde sur des materiaux issus d’une recherche comparative en cours sur les mecanismes et les representations de la « petite » corruption en Afrique de l’Ouest, l’article analyse les principales figures du courtage administratif au sein de la justice, de la douane et des services fiscaux locaux senegalais. Un personnel vacataire, benevole ou informel, pallie les difficultes d’acces aux institutions bureaucratiques, tout en pouvant servir de courroie de transmission des transactions corruptrices. Genere par une administration opaque, sous-equipee, peu controlee et aux pouvoirs discretionnaires demesures, ce personnel suppletif contribue au fonctionnement quotidien de l’Etat senegalais « post-ajustement » et a son contournement. A travers une ethnographie des relations entre services publics et usagers, l’article decrit les grandes logiques de fonctionnement de l’administration locale – qui font le lit aux pratiques d’intermediation et de courtage – et evoque l’emergence de formes de privatisation informelle inedites et la progressive institutionnalisation de l’informel comme mode de gestion de l’Etat au quotidien.
- Published
- 2001
17. Les fonctionnaires du Sud entre deux eaux : sacrifiés ou protégés ?
- Author
-
Jean-Pierre Olivier de Sardan, Raffinot, M. (ed.), and Roubaud, François (ed.)
- Subjects
SERVICE DE MATERNITE ,COLLECTIVITE LOCALE ,CORRUPTION ,General Medicine ,PAUVRETE ,QUALIFICATION PROFESSIONNELLE ,MODELE ,CLIENTELISME ,ETUDE COMPARTIVE DOUANIERE ,DOUANE ,CATEGORIE SOCIOPROFESSIONNELLE ,CULTURE PROFESSIONNELLE LOCALE ,SAGE FEMME ,CULTURE BUREAUCRATIQUE PRIVATISEE ,HOPITAL ,SOCIOLOGIE DU TRAVAIL ,COMPORTEMENT SOCIAL ,ADMINISTRATION PUBLIQUE ,VIOLENCE ,SALAIRE - Abstract
Les professions de sage-femme et de douanier, apparemment aux antipodes, sont pourtant unanimement decriees et offrent, selon les representations populaires, quelques similitudes dans leur mepris envers les « usagers anonymes » (en contraste avec l’attention ou la complaisance envers les usagers recommandes) ou le « racket » auquel elles se livrent a leurs depens, meme si les revenus illicites qu’elles procurent sont tres differents. On peut, de cette comparaison, deduire un « modele exploratoire » qui tente de degager certaines composantes des « normes pratiques » qui, loin des normes officielles, reglent les comportements des agents de l’Etat en Afrique: d’un cote, des cultures professionnelles locales, propres a chaque metier, ou se melangent des bribes de savoirs appris en formation et des savoir-faire et attitudes appris sur le tas; de l’autre cote, une culture bureaucratique privatisee, commune a tous, avec son « privilegisme », ses « ventes a l’acte », son improductivite, son clientelisme, sa conjonction de deshumanisation et de surpersonnalisation.
- Published
- 2001
18. Les fonctionnaires du Sud entre deux eaux : sacrifiés ou protégés ?
- Author
-
Anne Vaugier-Chatterjee, Raffinot, M. (ed.), and Roubaud, François (ed.)
- Subjects
SECTEUR PRIVE ,REFORME ADMINISTRATIVE ,ORDRE PUBLIC ,EFFECTIF ,SECTEUR PUBLIC ,DECENTRALISATION ,REFORME ECONOMIQUE ,General Medicine ,MILIEU DEFAVORISE ,ADMINISTRATION COLONIALE ,AJUSTEMENT STRUCTUREL ,MODERNISATION ,ELITE ,LIBERALISATION ECONOMIQUE ,HISTOIRE COLONIALE ,BUREAUCRATIE ,SOCIOLOGIE DU TRAVAIL ,ADMINISTRATION PUBLIQUE ,DEMOCRATISATION ,EMPLOI - Abstract
L’administration indienne, heritage de la colonisation, est aujourd’hui en proces. Si elle a fait ses preuves durant les quatre premieres decennies de construction nationale, sa resistance aux reformes en fait aujourd’hui le bouc emissaire de l’echec des politiques d’ajustement structurel et de l’insertion de l’Inde dans le systeme-monde. Faut-il reinventer l’administration indienne ? L’empire des Babus semble a la croisee des chemins. Il connait aujourd’hui de profondes mutations tant dans sa composition que dans son fonctionnement avec l’ouverture de l’Inde au marche mondial depuis 1991. L’heure est aux reformes mais ces dernieres n’ont fait que s’amorcer.
- Published
- 2001
19. Les fonctionnaires du Sud entre deux eaux : sacrifiés ou protégés ?
- Author
-
François Roubaud, Mireille Razafindrakoto, Raffinot, M. (ed.), and Roubaud, François (ed.)
- Subjects
REFORME ADMINISTRATIVE ,EFFECTIF ,ABSENTEISME ,CORRUPTION ,General Medicine ,INSTITUTION POLITIQUE ,FONCTIONNAIRE ,PAUVRETE ,AJUSTEMENT STRUCTUREL ,CLIENTELISME ,EVALUATION ,AIDE PUBLIQUE INTERNATIONALE ,FONCTION PUBLIQUE ,ETAT ,SANCTION ,SOCIOLOGIE ,PLITISATION ,ADMINISTRATION PUBLIQUE ,DEMOCRATISATION ,SALAIRE ,EMPLOI - Abstract
A l’instar de la majorite des pays africains, Madagascar s’est engagee depuis deux decennies dans une succession de reformes de la fonction publique. Cet article se propose d’en dresser le bilan. La these centrale de l’etude est que les reformes de la fonction publique ont non seulement ete un echec mais qu’elles ont paradoxalement contribue a la degradation des services publics africains qu’elles etaient censees rendre plus efficaces. Apres avoir mis en lumiere les principaux dysfonctionnements de l’administration, a l’origine d’une veritable crise de confiance des usagers, a partir d’indicateurs objectifs et subjectifs, les auteurs se penchent sur les facteurs qui ont conduit a une telle situation. Ils mettent l’accent sur l’impact des politiques adoptees, notamment en termes d’emplois et de remunerations. Pour finir, ils s’interrogent sur l’economie politique de la reforme afin de degager quelques pistes pour l’avenir.
- Published
- 2001
20. Les fonctionnaires du Sud entre deux eaux : sacrifiés ou protégés ?
- Author
-
Dominique Darbon, Darbon, Dominique, Raffinot, M. (ed.), Roubaud, François (ed.), Sciences Po Bordeaux - Institut d'études politiques de Bordeaux (IEP Bordeaux), Les Afriques dans le monde (LAM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Bordeaux Montaigne-Institut d'Études Politiques [IEP] - Bordeaux-Sciences Po Bordeaux - Institut d'études politiques de Bordeaux (IEP Bordeaux)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Subjects
REFORME ADMINISTRATIVE ,compétences ,050204 development studies ,management public ,PRATIQUE SOCIALE ,fonctionnaires ,administration ,[SHS]Humanities and Social Sciences ,ADMINISTRATION COLONIALE ,MODELE ,SYSTEME DE REPRESENTATIONS ,0502 economics and business ,050602 political science & public administration ,FONCTION PUBLIQUE ,ETAT ,BUREAUCRATIE ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,réforme ,05 social sciences ,General Medicine ,FONCTIONNAIRE ,[SHS.SCIPO]Humanities and Social Sciences/Political science ,0506 political science ,agents publics ,CATEGORIE SOCIOPROFESSIONNELLE ,[SHS] Humanities and Social Sciences ,[SHS.SCIPO] Humanities and Social Sciences/Political science ,ADMINISTRATION PUBLIQUE - Abstract
Le fonctionnaire des Afriques est mal connu et fait l’objet d’un ensemble d’appreciations non validees. En depit de leur incertitude, de nombreux elements permettent cependant de dresser des images globales de ces agents publics mal identifiables et fortement affectes par l’echec des Etats developpementalistes et l’importance des reformes engagees dans le cadre des reformes de l’Etat. Chaque fonction publique poursuit ses propres dynamiques mais partout le modele colonial du fonctionnaire montre ses limites tandis que l’image d’un professionnel de l’action publique supposant une relecture complete des rapports entre l’Etat, les bailleurs de fonds et la societe commence a apparaitre.
- Published
- 2001
21. Introduction. Recherche fonctionnaires désespérément !
- Author
-
François Roubaud, Marc Raffinot, Raffinot, M. (ed.), and Roubaud, Francois (ed.)
- Subjects
AIDE AU DEVELOPPEMENT ,INTERVENTION DE L'ETAT ,CORRUPTION ,General Medicine ,FONCTIONNAIRE ,AJUSTEMENT STRUCTUREL ,CLIENTELISME ,LIBERALISATION ECONOMIQUE ,Political science ,FONCTION PUBLIQUE ,STATUT SOCIOPROFESSIONNEL ,ETAT ,MONDIALISATION ,SOCIOLOGIE ,ADMINISTRATION PUBLIQUE ,SALAIRE - Published
- 2001
22. Easy identification of generalized common and conserved nested intervals.
- Author
-
de Montgolfier F, Raffinot M, and Rusu I
- Subjects
- Algorithms, Computational Biology methods, Genomics methods, Multigene Family
- Abstract
In this article we explain how to easily compute gene clusters, formalized by classical or generalized nested common or conserved intervals, between a set of K genomes represented as K permutations. A b-nested common (resp. conserved) interval I of size |I| is either an interval of size 1 or a common (resp. conserved) interval that contains another b-nested common (resp. conserved) interval of size at least |I|-b. When b=1, this corresponds to the classical notion of nested interval. We exhibit two simple algorithms to output all b-nested common or conserved intervals between K permutations in O(Kn+nocc) time, where nocc is the total number of such intervals. We also explain how to count all b-nested intervals in O(Kn) time. New properties of the family of conserved intervals are proposed to do so.
- Published
- 2014
- Full Text
- View/download PDF
23. On the identification of conflicting contiguities in ancestral genome reconstruction.
- Author
-
Ouangraoua A and Raffinot M
- Subjects
- Algorithms, Computational Biology, Models, Genetic, Evolution, Molecular, Genomics statistics & numerical data
- Abstract
In computional biology, up-to-date homology-based methods for the reconstruction of ancestral gene orders usually rely on two phases. First, potential ancestral co-localizations of some genomic markers are detected from homologies between extant species. Next, the assembling phase mainly consists in resolving the conflicts between the potential ancestral features. This can be done using many methods, but one of the most advanced solutions is to identify and discard from the set of potential features those that belong to inclusivewise minimal conflicting sets of features. It relies on the consecutive ones property (C1P), and the notion of minimal conflicting set (MCS), widely used in physical mapping problems. Let C be a finite set of n elements and R= {r(1)‚ r(2)‚ . . . ‚ r(m)} a family of m subsets of C. A subset X of R satisfies the C1P if there exists a permutation P of C such that each r(i) in X is an interval of P. An MCS S ⊆ R is a subset of R that does not satisfy the C1P, but such that any of its proper subsets does. In this article, we present a new simpler and faster algorithm to decide if a given element r ∈ R belongs to at least one MCS. Our algorithm runs in O(n(2)m(2) + nm(7)), largely improving upon the current O(m(6)n(5)(m + n)(2) log(m + n)) fastest algorithm. The new algorithm is based on an alternative approach considering minimal forbidden induced subgraphs of interval graphs instead of Tucker matrices.
- Published
- 2014
- Full Text
- View/download PDF
24. Identification of genomic features using microsyntenies of domains: domain teams.
- Author
-
Pasek S, Bergeron A, Risler JL, Louis A, Ollivier E, and Raffinot M
- Subjects
- Chromosomes, Bacterial genetics, Databases, Protein, Protein Structure, Tertiary genetics, Bacterial Proteins genetics, Genome, Bacterial, Gram-Negative Bacteria genetics, Sequence Analysis, Protein methods, Synteny
- Abstract
The detection, across several genomes, of local conservation of gene content and proximity considerably helps the prediction of features of interest, such as gene fusions or physical and functional interactions. Here, we want to process realistic models of chromosomes, in which genes (or genomic segments of several genes) can be duplicated within a chromosome, or be absent from some other chromosome(s). Our approach adopts the technique of temporarily forgetting genes and working directly with protein "domains" such as those found in Pfam. This allows the detection of strings of domains that are conserved in their content, but not necessarily in their order, which we refer to as domain teams. The prominent feature of the method is that it relaxes the rigidity of the orthology criterion and avoids many of the pitfalls of gene-families identification methods, often hampered by multidomain proteins or low levels of sequence similarity. This approach, that allows both inter- and intrachromosomal comparisons, proves to be more sensitive than the classical methods based on pairwise sequence comparisons, particularly in the simultaneous treatment of many species. The automated and fast detection of domain teams, together with its increased sensitivity at identifying segments of identical (protein-coding) gene contents as well as gene fusions, should prove a useful complement to other existing methods.
- Published
- 2005
- Full Text
- View/download PDF
25. Approximate matching of structured motifs in DNA sequences.
- Author
-
El-Mabrouk N, Raffinot M, Duchesne JE, Lajoie M, and Luc N
- Subjects
- Consensus Sequence, Sequence Homology, Amino Acid, Algorithms, Artificial Intelligence, Pattern Recognition, Automated methods, RNA, Transfer genetics, Sequence Alignment methods, Sequence Analysis, DNA methods, Sequence Analysis, RNA methods
- Abstract
Several methods have been developed for identifying more or less complex RNA structures in a genome. All these methods are based on the search for conserved primary and secondary sub-structures. In this paper, we present a simple formal representation of a helix, which is a combination of sequence and folding constraints, as a constrained regular expression. This representation allows us to develop a well-founded algorithm that searches for all approximate matches of a helix in a genome. The algorithm is based on an alignment graph constructed from several copies of a pushdown automaton, arranged one on top of another. This is a first attempt to take advantage of the possibilities of pushdown automata in the context of approximate matching. The worst time complexity is O(krpn), where k is the error threshold, n the size of the genome, p the size of the secondary expression, and r its number of union symbols. We then extend the algorithm to search for pseudo-knots and secondary structures containing an arbitrary number of helices.
- Published
- 2005
- Full Text
- View/download PDF
26. Gene teams: a new formalization of gene clusters for comparative genomics.
- Author
-
Luc N, Risler JL, Bergeron A, and Raffinot M
- Subjects
- Algorithms, Conserved Sequence genetics, Genes, Bacterial genetics, Genome, Bacterial, Models, Genetic, Software, Genomics methods, Multigene Family genetics
- Abstract
This paper describes an efficient algorithm based on a new concept called gene team for detecting conserved gene clusters among an arbitrary number of chromosomes. Within the clusters, neither the order of the genes nor their orientation need be conserved. In addition, insertion of foreign genes within the clusters are permitted to a user-defined extent. This algorithm has been implemented in a publicly available TEAM software that proves to be an efficient tool for systematic searches of conserved gene clusters. Examples of actual biological results are provided. The software is downloadable from http://www-igm.univ-mlv.fr/ approximately raffinot/geneteam.html.
- Published
- 2003
- Full Text
- View/download PDF
27. Fast and simple character classes and bounded gaps pattern matching, with applications to protein searching.
- Author
-
Navarro G and Raffinot M
- Subjects
- Algorithms, Information Storage and Retrieval, Computational Biology methods, Pattern Recognition, Automated, Proteins chemistry, Proteins classification
- Abstract
The problem of fast exact and approximate searching for a pattern that contains classes of characters and bounded size gaps (CBG) in a text has a wide range of applications, among which a very important one is protein pattern matching (for instance, one PROSITE protein site is associated with the CBG [RK] - x(2,3) - [DE] - x(2,3) - Y, where the brackets match any of the letters inside, and x(2,3) a gap of length between 2 and 3). Currently, the only way to search for a CBG in a text is to convert it into a full regular expression (RE). However, a RE is more sophisticated than a CBG, and searching for it with a RE pattern matching algorithm complicates the search and makes it slow. This is the reason why we design in this article two new practical CBG matching algorithms that are much simpler and faster than all the RE search techniques. The first one looks exactly once at each text character. The second one does not need to consider all the text characters, and hence it is usually faster than the first one, but in bad cases may have to read the same text character more than once. We then propose a criterion based on the form of the CBG to choose a priori the fastest between both. We also show how to search permitting a few mistakes in the occurrences. We performed many practical experiments using the PROSITE database, and all of them show that our algorithms are the fastest in virtually all cases.
- Published
- 2003
- Full Text
- View/download PDF
Catalog
Discovery Service for Jio Institute Digital Library
For full access to our library's resources, please sign in.