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A Embrapa, desde sua criação em 1973, tem se posicionado como grande impulsora da modernização da agricultura brasileira. De fato, foi concebida com essa missão e, para tanto, implementou modelos de gestão que possibilitassem maior eficiência em seu foco de atuação, ou seja, a pesquisa agropecuária. Assim, a Empresa foi adaptando seu modelo de gestão de P&D aos diferentes desafios e transformações, acompanhando o aumento da complexidade com que se tratam os problemas atualmente. Inicialmente, a pesquisa tinha o foco de atuação centrado nos problemas da produção, o elo mais frágil das cadeias de produção agropecuária. Em um segundo momento, foi necessário considerar os problemas das cadeias produtivas em sua totalidade, incluindo os segmentos de insumos, de processamento até o consumidor final. Em uma terceira etapa, novos ajustes abrigaram a gestão de projetos desenvolvidos em rede, buscando soluções interdisciplinares e multi-institucionais. Em sua mais recente versão, a gestão está centrada em redes de projetos, ampliando as possibilidades de concertações transdisciplinares, para a solução de problemas cada dia mais complexos, exigindo, portanto, soluções integradas. Este trabalho apresenta uma avaliação dos diferentes sistemas ou modelos de gestão, de sua evolução e oferece uma análise crítica da gestão de P&D na Embrapa.