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Orientador: Vera Nisaka Solferini Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: Tomoplagia reticulata (Diptera: Tephritidae) é um fitófago especialista em Eremanthus glomerulatus (Asteraceae). Os adultos ovipõem nas inflorescências da planta hospedeira, onde as larvas se desenvolvem. O histórico de coletas de T. reticulata mostra uma grande variação na quantidade de insetos infestando cada indivíduo de E. glomerulatus. A fim de verificar se a variação no número de herbívoros nas populações do hospedeiro é associada a alguma característica química e/ou genética deste, comparamos as variabilidades genética e química entre indivíduos de E. glomerulatus com diferentes níveis de infestação por T. reticulata (cap. 1). Eremanthus glomerulatus tem baixa variabilidade genética, provavelmente associada à distribuição restrita desta espécie. Apesar da distribuição fragmentada, há pouca estruturação entre as populações desta planta, explicada pelo maior fluxo gênico entre ambientes fragmentados em espécies anemocóricas. As características genéticas e químicas de E. glomerulatus não explicam a variação no nível de herbivoria das populações do hospedeiro. No capítulo 2, testamos a hipótese de que fitófagos especialistas apresentam maior diferenciação genética e menor diversidade do que generalistas, comparando o nível de variabilidade e estrutura genética de T. reticulata com o de outros fitófagos com diferentes amplitudes de hospedeiro. As populações de T. reticulata apresentaram baixa variabilidade e grande estruturação genética, o que é associado à distribuição fragmentada da planta hospedeira, que restringe a distribuição das pequenas populações do inseto. No capítulo 3, caracterizamos a composição genética das populações de Tomoplagia reticulata e de T. pallens, uma espécie irmã. Ambas as espécies parasitam E. glomerulatus; T. reticulata ocorre em MG e T. pallens em GO. Há uma zona de contato entre as espécies no Sul de MG, onde elas hibridizam. Ocasionalmente T. pallens chega ao centro de MG (Santana do Riacho), região mais fria. Esta migração provavelmente está associada a anos excepcionalmente quentes. Abstract: Tomoplagia reticulata (Diptera: Tephritidae) is a phytophagous insect which is specialist on Eremanthus glomerulatus (Asteraceae). Adults oviposit in flower heads, where larvae develop. Sampling records for T. reticulata show that there is great variation in the number of insects parasitizing each plant. To verify if this variation is associated with chemical or genetic characteristics of the host plant, we assayed E. glomerulatus' genetic and chemical variability and compared between individuals with different levels of infestation by T. reticulata (chapter 1). Eremanthus glomerulatus has low genetic variability, probably related to its narrow geographic distribution. There is low genetic structure among populations despite its fragmented distribution, due to enhance gene flow in fragmented habitats in anemocoric species. E. glomerulatus' chemical and genetic characteristics don't explain variation in herbivory. In chapter 2, we tested the hypothesis that herbivorous insect species with narrow diet breadth are expected to be more prone to genetic differentiation and lower genetic diversity than insect species with a wider diet breadth, comparing T. reticulata's genetic variability and structure with other phytophagous with different host ranges. Tomoplagia reticulata has low genetic variability and great genetic structure, which is associated with its host fragmented distribution that restricts the distribution of insect populations. In chapter 3, we described genetic composition of Tomoplagia reticulata and T. pallens, a sister species. Both of them parasitize E. glomerulatus; T. reticulata occurs in MG and T. pallens in GO. There is a contact zone between them in southern MG, where they hybridize. Occasionally, T. pallens arrives in the center of MG (Santana do Riacho), a colder region. This migration is probably associated with extremely hot years. Doutorado Genética Animal e Evolução Doutor em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Shirley Maria Recco Pimentel, Anete Pereira de Souza Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: Muitas espécies de anfíbios estão entre as mais ameaçados de extinção, e no entanto, informações sobre a variabilidade genética e a estruturação genética das suas populações são ainda limitadas. No presente trabalho, a variabilidade genética de populações da espécie Physalaemus cuvieri foi analisada utilizando microssatélites como marcadores moleculares. Considerando-se sua ampla distribuição geográfica, variação morfológica interpopulacional e variação intra- e interpopulacional em algumas características citogenéticas, espécimes de dez populações de P. cuvieri foram amostradas, em São Pedro da Água Branca (MA), Urbana Santo (MA), Porto Nacional (TO), Uberlândia (MG), Vitória Brasil (SP), Palestina (SP), Nova Itapirema (SP), Chapada dos Guimarães (MT), Vitória da Conquista (BA) e Passo Fundo (RS). Dez locos de microssatélites de P. cuvieri foram isolados a partir de uma biblioteca enriquecida em repetições (CA)8 e (GT)8. A amplificação desses locos em 160 indivíduos de P. cuvieri revelou uma média de 5,7 alelos por loco e uma heterozigosidade esperada variando de 0,30 a 0,85. Embora a maior parte da variação genética esteja dentro das populações, o valor global do FST encontrado indica uma alta diferenciação entre essas populações. O baixo fluxo gênico encontrado sugere baixa capacidade dispersiva, no padrão de escala geográfica usado neste trabalho, e condiz com o comportamento filopátrico atribuído aos anuros. Nesse estudo foi ainda verificado que não existe correlação entre distância geográfica e distância genética das populações amostradas, sugerindo uma alta fidelidade dessa espécie aos seus locais de desova. Os resultados indicam que a distância geográfica sozinha não explica a variabilidade genética dessas populações. Duas populações, São Pedro da Água Branca (MA) e Nova Itapirema (SP), possivelmente passaram por efeito de gargalo populacional (bottleneck), que pode ser resultado, entre outros fatores, da destruição de habitat levando à fragmentação da população. Dos dez locos de microssatélites desenvolvidos para P. cuvieri, nove foram utilizados para verificar a possibilidade de amplificação e sua aplicabilidade no estudo da estrutura genética de duas outras espécies do grupo cuvieri muito proximamente relacionadas à P. cuvieri. Essas espécies são: P. ephippifer (15 indivíduos) e P. albonotatus (11). As duas populações estudadas ficaram isoladas das cinco de P. cuvieri, mostrando um alto grau de diferenciação genética, e indicando claramente sua condição de espécie distinta de P. cuvieri. A população de Crateús - CE agrupou com Urbano Santos - MA (ambas P. cuvieri). Este resultado corrobora os resultados de estudos citogenéticos. As populações de Porto Nacional (TO) e Passo Fundo (RS) formaram dois grupos de indivíduos cada uma. Parte dos indivíduos de Porto Nacional agrupou com a população de Uberlândia (MG) de P. cuvieri, e o restante dos indivíduos não mostrou nenhum agrupamento com qualquer outra população e espécies analisadas neste trabalho. Resultados semelhantes foram obtidos com a população de Passo Fundo, que não mostrou agrupamento com nenhuma outra população analisada. Estudos adicionais dessas populações serão necessários para melhor compreender esses dados. O conhecimento do padrão de dispersão da variabilidade genética de P. cuvieri, avaliada por microssatélites, somado ao conhecimento acumulado, obtido por meio de outras metodologias, poderá contribuir para a definição de estratégias de conservação e contribuir para o delineamento entre as fronteiras taxonômicas dessa espécie. Abstract: Even though many amphibian species are among the most endangered animals, the knowledge about their genetic variability and population genetic structure is still limited. In the present work, natural populations of the barker frog Physalaemus cuvieri were analyzed for genetic variability and differentiation using microsatellites, considering its wide geographic distribution, interpopulational morphological variation and cytogenetic intra- and interpopulational variation. Analyzes comprised specimens from ten P. cuvieri populations sampled in the following regions of Brazil: São Pedro da Água Branca (MA), Urbano Santo (MA), Porto Nacional (TO), Uberlândia (MG), Vitória Brasil (SP), Palestina (SP), Nova Itapirema (SP), Chapada dos Guimarães (MT), Vitória da Conquista (BA) and Passo Fundo (RS). Ten microsatellite loci were isolated for P. cuvieri from a library enriched in (CA)8 and (GT)8 repeats. In 160 P. cuvieri individuals, the average number of alleles per locus was 5.7 and the expected heterozygosity ranged from 0.30 to 0.85. Although most of the genetic variation was found within populations, the overall FST value indicated high genetic differentiation among the populations. The low gene flow among populations suggested low dispersion capability within the geographic scale pattern used in this work, which is compatible with the anuran philopatric behavior. In addition, there was no correlation between geographic and genetic distances of these populations, suggesting fidelity of P. cuvieri populations to their spawning place. These results indicated that the geographic distance alone does not explain the genetic variability observed among these populations. The data also indicated that the populations from São Pedro da Água Branca (MA) and Nova Itapirema (SP), respectively in the Northeast and Southeast regions of Brazil, have likely gone through a recent population bottleneck effect. Destruction of natural habitats leading to population fragmentation could be a major cause of this suggested bottleneck effect. Of the ten microsatellite loci developed for P. cuvieri, nine were used to investigate cross-amplification and suitability for population genetic structure studies in two other species of the cuvieri group closely related to P. cuvieri. These species are: P. ephippifer (15 specimens) and P. albonotatus (11 specimens). These two populations remained isolated from all populations of P. cuvieri, demonstrating its high genetic differentiation, pointing that these two species are distinct from P. cuvieri. The Crateús (CE) population was grouped with Urbano Santos (MA) population (both P. cuvieri). This result corroborated previous cytogenetic results. The Porto Nacional (TO) and Passo Fundo (RS) populations were divided in two sets of individuals each one. Part of Porto Nacional individuals were clustering with P. cuvieri from Uberlândia (MG), and the remaining did not show any grouping with none of other analyzed species. Similar results were found to Passo Fundo population, which also did not show any group with the analyzed species. The knowledge of the dispersion pattern of the P. cuvieri genetic variability evaluated by microsatellites, in addition to the genetic variability data obtained using other methodologies, will contribute for the development of future ecological and conservation strategies and to improve the taxonomy of this species. Doutorado Biologia Celular Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientadores: Sérgio Furtado dos Reis, Sergio Ivan Perez Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: Mudanças climáticas são fenômenos responsáveis por influenciar dinâmicas de populações ao longo da história evolutiva das espécies. Quando mudanças no clima ocorrem de maneira abrupta suas consequências podem ser refletidas na distribuição, no tamanho e na persistência das populações sob o efeito destas mudanças. O Quaternário foi uma época caracterizada por mudanças climáticas rápidas e intensas. Estimar a demografia histórica de populações nesta escala de tempo é uma forma de avaliar como flutuações no clima influenciaram populações ancestrais. Dados genéticos nos permitem recuperar informação sobre o tamanho populacional em escalas de tempo amplas e buscar associações entre flutuações no tamanho das populações e variações no clima. A demografia histórica de populações do peixe de água doce Poecilia vivipara habitantes da planície Quaternária do norte do Rio de Janeiro foi estimada com o objetivo de avaliar se fenômenos em escalas de tempo ancestrais deixaram uma assinatura no genoma dos indivíduos de populações contemporâneas. Subsequentemente, foi avaliado se as assinaturas genéticas são reflexo de respostas populacionais às variações climáticas intensas ocorridas no Quaternário. Para estimar a demografia histórica de P. vivipara, utilizou-se o método Skyline-Plot Bayesiano (BSP), sendo o gene mitocondrial citocromo b o marcador molecular analisado. A dinâmica populacional ancestral de P. vivipara revelou uma mudança de regime nos últimos 75 mil anos, que pode estar associada direta ou indiretamente às variações climáticas do Quaternário. Flutuações no nível do mar, geradas pelas mudanças climáticas do Quaternário, podem estar relacionadas com as flutuações no tamanho populacional de P. vivipara. Estudos incluindo outras regiões do genoma e com maior detalhamento sobre variações climáticas locais podem contribuir para gerar estimações mais confiáveis da história populacional de P. vivipara e sua potencial relação com eventos climáticos Abstract: Paleoclimatic changes are responsible to influence population dynamics through the evolutionary history of species. When climatic changes occur suddenly its consequences can be reflected in the distribution, size and persistence of populations. The Quaternary was a time of massive climatic changes. The estimation of the demographic history of populations at such timescales allows the assessment of how climatic fluctuations have influenced ancestral populations. Genetic data are available and allow recovering information about population sizes in wide timescales and searching for associations between population size fluctuations and climatic change. The historical demography of freshwater fish Poecilia vivipara populations inhabiting the Rio de Janeiro Northern Quaternary Plain was estimated aiming to evaluate if phenomena in ancestral timescales leaves a signature in the genomes of its modern representatives. Subsequently, we evaluate if the genetic signatures are the result of population responses to massive climatic changes occurred in Quaternary. The Bayesian Skyline-Plot (BSP) was utilized to estimate the demographic history of P. vivipara, with the mitochondrial gene cytochrome b as molecular marker. The ancestral population dynamics of P. vivipara revealed a regime change in the last 75,000 years, which can be direct or indirectly associated to Late Quaternary climatic variations. Sea level fluctuations, generated by Quaternary climatic changes, could be related to population size fluctuations of P. vivipara. Studies including other genome regions and with more details about local climatic variations can create more reliable estimations of the P. vivipara population history and its potential relationship with climatic events Mestrado Biodiversidade Animal Mestra em Biologia Animal

Orientador: Vera Nisaka Solferini Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: A floresta atlântica semidecídua, um dos principais tipos de formações vegetais constituintes da Mata Atlântica Brasileira, estende-se ao longo das regiões central e sudeste do interior do país. A sua destruição tem resultado na eliminação de muitas populações e, potencialmente, na erosão da diversidade genética de diversas espécies. A área originalmente coberta pela Mata Atlântica era de cerca de 15% do território nacional, indo do atual Estado do Rio Grande do Norte até o Rio Grande do Sul, estendendo-se, nas regiões sul e sudeste, do litoral brasileiro até a Argentina e o Paraguai. Desde então, a Mata Atlântica tem sido devastada principalmente devido à exploração predatória dos recursos florestais, causando sua redução a 7,3% de sua área original, distribuídos de forma fragmentada pelo território brasileiro. No estado de São Paulo a Mata Atlântica está reduzida a menos de 5% de sua área original e em Campinas, ocupa apenas 2,42% da área municipal. O agravamento da fragmentação florestal causado pela ação humana podem alterar os fluxos de vento, radiação e água ao longo da paisagem, bem como os padrões de migração e dispersão de animais, pólen e sementes. Uma vez que a maior parte da Mata Atlântica se apresenta hoje distribuída em fragmentos descontínuos, é fundamental estudar os efeitos desta nova situação ecológica sobre os atributos genéticos das populações vegetais. Neste trabalho, foi estudada a variabilidade e estruturação genéticas de Metrodorea nigra e Astronium graveolens com síndrome de dispersão autocórica e anemocárica, respectivamente. Foram coletados 47 indivíduos adultos e 113 jovens de M. Nigra e 28 adultos e 84 jovens de A. graveolens em dois fragmentos de mata atlântica localizados na Área de Proteção Ambiental de Souzas e Joaquim Egídeo no município de Campinas, São Paulo. Os indivíduos adultos, devido ao seu longo tempo de vida, refletem um evento reprodutivo menos influenciados pelos processos de fragmentação, quando em comparação com os indivíduos jovens. Através da comparação entre jovens e adultos, esperava-se verificar o efeito da fragmentação sobre a variabilidade de espécies com síndromes de dispersão distintas. Ambas as espécies apresentaram deficiência de heterozigottos. M. nigra apresentou coeficiente de endogamia (f) médio de 0,64 ; enquanto A. graveolens apresentou f de 0,21. O alto valor de f para M. nigra é uma conseqüência da síndrome de dispersão autocórica e do comportamento de forrageio dos polinizadores preferenciais desta espécie. O grupo de indivíduos jovens de A. graveolens apresentaram heterozigozidade (HO) maior que os adultos, indicando uma redução na incidência de acasalamentos entre indivíduos aparentados. Esta redução provavelmente está relacionada à maior eficiência da dispersão anemocórica desta espécie após a degradação ambiental dos fragmentos. Em A. graveolens a estruturação genética entre os grupos de jovens foi maior que entre os grupos de adultos; indicando uma menor eficiência na dispersão de pólen após a fragmentação. Os resultados indicam que a fragmentação, acompanhada da degradação ambiental dentro dos fragmentos, pode reduzir o número de cruzamentos endogâmicos em espécies com sementes dispersas pelo vento. Já em espécies com dispersão autocórica de sementes, a fragmentação tem efeitos menos evidentes sobre os atributos genéticos. Entretanto, o fluxo de pólen pode ser reduzido pelo dificultamento do vôo de insetos entre os fragmentos. Para uma maior compreensão do atual estado genético das populações arbóreas da Mata Atlântica, são necessários novos estudos envolvendo maior número de fragmentos florestais, espécies arbóreas com diferentes características biológicas; assim como o estudo dos efeitos da fragmentação sobre as espécies polinizadoras. Abstract: The Semideciduous Forest is one of the major formations of the Brazilian Atlantic Forest. It extends along the central and southeast regions of the country's interior. Its destruction has resulted in the elimination of many populations and the erosion of genetic diversity in different species. The Atlantic Forest originally covered about 15% of the national territory, ranging from the current state of Rio Grande do Norte to Rio Grande do Sul, and from the brazilian coast to Argentina and Paraguay. Since then, the Atlantic Forest has been devastated mainly due to the predatory exploitation of forest resources, causing a reduction to 7.3% of its original area, distributed in fragmented remnants through brazilian territory. In the state of São Paulo, the Atlantic Forest is reduced to less than 5% of its original area. In Campinas, occupies only 2.42% of the municipal area. The forest fragmentation increase caused by human action can change the flow of the wind, the solar irradiation and the water along the landscape, as well as patterns of migration and dispersal of animals, pollen and seeds. As most of the Atlantic Forest is today distributed in discontinued fragments, it is essential to study the effects of this new ecological situation on the genetic attributes of plant populations. In this work, we studied the genetic structure and variability of Metrodorea nigra and Astronium graveolens wich have explosive dehiscence and wind-mediated seed dispersion mechanisms, respectively. Forty seven adults and 113 young individuals of M. nigra were collected; while for A. graveolens this number were of 28 adults and 84 young. The field studies were conducted in two diferent remnants of Atlantic Forest in the reserve of Souzas and Joaquim Egídeo (Área de Proteção Ambiental de Souzas e Joaquim Egídeo) in Campinas, São Paulo. We also made a comparison between young and adult specimens of each species. The adults, due to their long lifetime, preserves information of a reproductive event less influenced by fragmentation processes compared to young individuals. Trougth this comparison, it was expected to detect differential fragmentation influences on the diversity of species with distinct seeds dispersion mechanisms. The two species showed heterozigosity deficience in both populations. M. nigra had a mean endogamy coefficiente (f) of 0,64; while A. graveolens had 0,21. The high value of f in M. nigra is an consequence of its autocoric seed dispersion machanism and also of its polinators behavior. The group of young individuals of A. graveolens showed heterozigosity (HO) higher than the adults; suggesting a lower incidence of endogamy after the fragmentation. This could be probabily ralated to the better eficience os wind-mediated seed dispersion of this species after the enviromental degradation in those remnants. Also in A. graveolens the genetic structure between the two young groups was higher than between the adults, suggesting a lower eficience in the pollen dispersion after fragmentation. The results sugests that the fragmentation, accompanied by environmental degradation in the fragments, may reduce inbreding in wind dispersed species. In autochoric dispersed species, fragmentation has a lighter effect on the genetic attributes. However, the flow of pollen can be reduced by hindering the flight of insects between the fragments. To better understand the current genetic status of tropical tree populations, new studies involving more forest fragments are required, as well as tree species with different biological characteristics and the study of the effects of fragmentation on the pollinating species. Mestrado Genética Vegetal e Melhoramento Mestre em Genética e Biologia Molecular

The diversity of cultivated species results from a series of domestication events, gene flow between wild and cultivated compartments, effects of natural adaptive selection and also on human selection and diffusion dynamics at large scales, often over long periods. The impact of these processes on diversity depends not only on the biology of the species but is also strongly related to social context and human practices. This thesis contributes to the understanding of the influence of human on the dynamics of almond diversity in situ. The approach followed uses population genetics and anthropology to study the structuring of the genetic diversity of this allogamous perennial fruit species, grown in Lebanon. This study consists of three parts:In the first part, we sought to understand the processes of continuous diversification of cultivated almond trees based on evidence from archeology, history and evolutionary biology of almond trees in the Mediterranean Basin. We used a population genetics approach with many individuals representing each cultivar collected in Lebanon. Intensive sampling of Lebanese cultivars was compared to a large number of in situ grown trees from different Mediterranean regions. The results allowed us to distinguish the impact of different diffusion periods on the structure of genetic diversity.The second part assessed the cultural importance of the almond tree grown in Lebanon and identified its intraspecific diversity as perceived by the informants. Our results show heterogeneity of informants' knowledge that led to a flexible local taxonomy. The flexibility of local taxonomy is revealed by the presence of inclusive categories and the complexity of the nomenclature system.In the third part, we assessed the effect of the change in propagation practices on the structuration and dynamics of genetic diversity between two varieties and within each of the varieties studied.Our results show that the traditional cultivar, sexually propagated, is geographically structured. The introduction of clonal propagation mode by grafting was gradually adopted. At first, farmers maintained some genetic diversity through occasional sexual multiplication of the introduced cultivar. In contrast, introduction after grafting has reduced intra-varietal genetic diversity in recent orchards.This thesis shows how human knowledge and decisions at different spatial and temporal scales influence the structure and dynamics of the diversity of this species.; La diversité des espèces cultivées résulte d’une série d’évènements de domestication, de flux de gènes entre compartiments sauvages et cultivés, d’effets de la sélection adaptative naturelle et aussi de la sélection humaine et des dynamiques de diffusion à de larges échelles, souvent sur de longues périodes. L’impact de ces processus sur la diversité dépend non seulement de la biologie de l’espèce, mais elle est aussi fortement liée au contexte social et aux pratiques humaines. Cette thèse contribue à la compréhension de l’influence de l’Homme sur la dynamique de la diversité de l’amandier in situ. La démarche suivie fait appel à la génétique des populations et à l’anthropologie pour étudier la structuration de la diversité génétique de cette espèce fruitière pérenne allogame, cultivée au Liban. Cette étude comprend trois parties:Dans la première partie, nous avons cherché à comprendre les processus de diversification continue de l’amandier cultivée en se basant sur des évidences tirées de l'archéologie, de l'histoire et de la biologie évolutive de l’amandier dans le Bassin Méditerranéen. Nous avons utilisé une approche de génétique des populations avec de nombreux individus représentant chaque cultivar collecté auLiban. L'échantillonnage intensif de cultivars libanais a été comparé à un grand nombre d’arbres cultivés in situ provenant de différentes régions méditerranéennes. Les résultats nous ont permis de distinguer l’impact des différents périodes de diffusion sur la structure de la diversité génétique.La deuxième partie, a permis d’évaluer l’importance culturelle de l’amandier cultivé au Liban, et d’identifier sa diversité intra-spécifique telle qu’elle est perçue par les informateurs. Nos résultats montrent une hétérogénéité des connaissances des informateurs qui a mené à une taxonomie locale flexible. La flexibilité de la taxonomie locale est révélée par la présence de catégories englobantes et par la complexité du système de nomenclature.Dans la troisième partie, nous avons évalué l’effet du changement de pratiques de propagation sur la structuration et dynamique de la diversité génétique entre les variétés et à l’intérieur de chacune des deux variétés étudiées. Nos résultats montrent que le cultivar traditionnel, multiplié par semis, est structuré géographiquement. L’introduction du mode de propagation clonal par greffage a été adoptée graduellement. Au début, les agriculteurs ont maintenu une certaine diversité génétique par la multiplication sexuée occasionnelle du cultivar introduit. Par contre, l’introduction après l’adoption du greffage a réduit la diversité génétique intra-variétale dans les vergers récents.Cette thèse montre comment les connaissances et les décisions de l’Homme à différents échelles spatiales et temporelles influencent la structure et la dynamique de la diversité de cette espèce.

History and environment shape crop biodiversity, particularly in areas with vulnerable human communities and ecosystems. Tracing crop biodiversity over time helps understand how rural societies cope with anthropogenic or climatic changes. Exceptionally well preserved ancient DNA of quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) from the cold and arid Andes of Argentina has allowed us to track changes and continuities in quinoa diversity over 18 centuries, by coupling genotyping of 157 ancient and modern seeds by 24 SSR markers with cluster and coalescence analyses. Cluster analyses revealed clear population patterns separating modern and ancient quinoas. Coalescence-based analyses revealed that genetic drift within a single population cannot explain genetic differentiation among ancient and modern quinoas. The hypothesis of a genetic bottleneck related to the Spanish Conquest also does not seem to apply at a local scale. Instead, the most likely scenario is the replacement of preexisting quinoa gene pools with new ones of lower genetic diversity. This process occurred at least twice in the last 18 centuries: first, between the 6th and 12th centuries?a time of agricultural intensification well before the Inka and Spanish conquests?and then between the 13th century and today?a period marked by farming marginalization in the late 19th century likely due to a severe multidecadal drought. While these processes of local gene pool replacement do not imply losses of genetic diversity at the metapopulation scale, they support the view that gene pool replacement linked to social and environmental changes can result from opposite agricultural trajectories. Fil: Winkel, Thierry. Université de Montpellier; Fil: Aguirre, María Gabriela. Universidad Nacional de Tucumán; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Laboratorio de Geoarqueología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; Argentina Fil: Arizio, Carla Marcela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación de Recursos Naturales. Instituto de Recursos Biológicos; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Aschero, Carlos Alberto. Universidad Nacional de Tucumán; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto Superior de Estudios Sociales. Universidad Nacional de Tucumán. Instituto Superior de Estudios Sociales; Argentina Fil: Babot, Maria del Pilar. Universidad Nacional de Tucumán; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto Superior de Estudios Sociales. Universidad Nacional de Tucumán. Instituto Superior de Estudios Sociales; Argentina Fil: Benoit, Laure. Université de Montpellier; Fil: Burgarella, Concetta. Amélioration Génétique Et Adaptation Des Plantes Méditerranéennes Et Tropicales (agap); Fil: Costa Tártara, Sabrina María. Universidad Nacional de Luján; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación de Recursos Naturales. Instituto de Recursos Biológicos; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Dubois, Marie-Pierre. Université de Montpellier; Fil: Gay, Laurène. Amélioration Génétique Et Adaptation Des Plantes Méditerranéennes Et Tropicales (agap); Fil: Hocsman, Salomón. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto Superior de Estudios Sociales. Universidad Nacional de Tucumán. Instituto Superior de Estudios Sociales; Argentina Fil: Jullien, Margaux. Amélioration Génétique Et Adaptation Des Plantes Méditerranéennes Et Tropicales (agap); Fil: Lopez Campeny, Sara Maria Luisa. Universidad Nacional de Tucumán; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto Superior de Estudios Sociales. Universidad Nacional de Tucumán. Instituto Superior de Estudios Sociales; Argentina Fil: Manifesto, Maria Marcela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires; Argentina Fil: Navascués, Miguel. Faculte de Medecine Universite Montpellier 1; . Montpellier Supagro; Fil: Oliszewski, Nurit. Universidad Nacional de Tucumán; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto Superior de Estudios Sociales. Universidad Nacional de Tucumán. Instituto Superior de Estudios Sociales; Argentina Fil: Pintar, Elizabeth Lucia. Austin Community College; Estados Unidos Fil: Zenboudji, Saliha. Université de Montpellier; Fil: Bertero, Hector Daniel. Universidad de Buenos Aires; Argentina Fil: Joffre, Richard. Université de Montpellier

Orientadores: Maria Imaculada Zucchi, Tederson Luiz Galvan Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: A broca-da-cana-de-açúcar ou broca-do-colmo-do-milho (Diatraea spp.) é um inseto polífago, considerada inseto-praga de culturas importantes como milho, sorgo e cana-de-açúcar. Prejuízos originados pelo ataque de espécies de Diatraea spp. têm se constituído em um sério problema, podendo acarretar perdas de 0,25% de açúcar, 0,20% de álcool e 0,77% de peso a cada 1% de infestação para a cultura da cana-de-açúcar e de até 21% na produção de milho. No Brasil, existem duas espécies principais desta praga: Diatraea saccharalis (Fabricius, 1794) e Diatraea flavipennella (Box, 1931) (Lepidoptera: Crambidae). Atualmente existem poucas informações sobre a presença de outras espécies causando injúria nas culturas da cana-de-açúcar e do milho. Além disso, pouco se sabe sobre a diversidade e estrutura genética e os padrões de dispersão desta espécies. Desta forma, os objetivos do presente trabalho foram identificar espécies de Diatraea que acarretam danos e prejuízos as culturas da cana-de-açúcar e do milho no Brasil, além de avaliar a estrutura genética de populações de D. saccharalis para realizar inferências sobre a dispersão da espécie no continente americano. A identificação das espécies foi realizada pela caracterização morfológica dos órgãos reprodutivos e do polimorfismo do gene mitocondrial citocromo c oxidase subunidade I (COI). Os padrões de estrutura e diversidade genética foram avaliados com marcadores microssatélites (SSR) e polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNP). Basedo na análise de 95 indivíduos coletados nas principais regiões produtoras do território brasileiro é possível afirmar que D. saccharalis e Diatraea impersonatella (Walker, 1863) são as únicas espécies responsáveis pelos ataques observados nestas culturas. Os resultados obtidos utilizando marcadores microsatelites demonstraram baixa conexão genética entre as populações, revelando uma estruturação geográfica e preferência em relação ao hospedeiro em populações de D. saccharalis. Estes resultados mostram um processo de fragmentação entre as regiões produtoras e consequente interrupção do fluxo gênico e aumento da endogamia intrapopulacional. Utilizando marcadores SNPs obtidos por genotipagem por sequenciamento (GBS) foi possível sugerir, com os resultados obtidos, duas hipóteses sobre a dispersão de D. saccharalis no continente Americano, ambas influenciadas pelas migrações humanas em dois momentos distintos da história. Os resultados obtidos com o presente projeto de pesquisa permitem refinar o entendimento sobre aspectos evolutivos de D. saccharalis a fim de se desenvolver práticas de manejo populacional mais eficaz e sustentável. Os resultados fornecem também informações importantes sobre a relação de espécies de Diatraea que ocorrem nas culturas agrícolas Abstract: The Sugarcane borer or Corn Stalk borer, Diatraea spp. is a polyphagous insect pest of many important crops such as corn, sorghum and sugarcane. Losses arising from the attack of of Diatraea spp. have constituted a serious problem which may cause loss of 0.25% for sugar, 0.20% for alohol, and 0.77% of body weight every 1% of infestation in sugar cane plantations and up to 21 % in corn production. In Brazil, there are two major species of this pest: Diatraea saccharalis (Fabricius, 1794) and Diatraea flavipennella (Box, 1931) (Lepidoptera: Crambidae). Currently little information exists about the presence of other species causing injury to sugarcane and corn plantations. Moreover, little is known about the diversity and genetic structuring and dispersion patterns of Diatraea species. In this way, the objectives of the present work were to identify the species of Diatraea which cause damage in sugarcane and corn plantations in Brazil, as well as evaluating the genetic diversity and structuring of D. saccharalis populations to make inferences about the species¿ dispersion in the Americas. The species identification was performed through morphological characterization of the reproductive organs and the polymorphism of the mitochondrial gene cytochrome oxidase subunit I (COI). The patterns of genetic diversity and structuring were evaluated with microsatellite markers (SSR) and single nucleotide polymorphisms (SNP). Based on the analysis of 95 individuals collected in the main sugarcane and corn producing regions of Brazil, D. saccharalis and Diatraea impersonatella (Walker, 1863) are the only species responsible for the observed attacks on these crops. The results obtained using microsatellite markers demonstrated a low connection among populations, revealing a geographic structuring and preference in relation to the hosts in populations of D. saccharalis. These results clearly show a process of fragmentation among producing regions and consequent disruption of gene flow, which increases intrapopulation endogamy. Using SNP markers obtained with genotyping-by-sequencing (GBS) it was possible to suggest two hypothesis about the dispersion of D. saccharalis in the American continent, both influenced by human migrations in two different historical moments. The results obtained with the present research project allow understanding the evolutionary aspects of D. saccharalis in order to develop more effective and sustainable population management practices. The results also provide important information on the relationship of species of Diatraea occurring in the agricultural crops involved in this research Doutorado Genética Vegetal e Melhoramento Doutor em Genética e Biologia Molecular CAPES FAPESP 2011/50296-8

Para entendermos como as características da paisagem afetam espacialmente a estrutura genética populacional, propomos a criação de superfícies de resistência utilizando uma abordagem de Modelagem Orientada pelo Padrão da divergência genética (FST) entre as populações de baru (Dipteryx alata), uma árvore amplamente distribuída na região do Cerrado do Brasil Central. Para compor as superfícies de resistência, utilizamos camadas de uso da terra na área em que as 25 populações de baru em estudo estão inseridas. Geramos 10 mil superfícies de resistência com valores de custo aleatorizados entre 0 e 100 em intervalos de 1. Usamos essas superfícies para calcular matrizes de resistência efetiva par-a-par com o circuitscape, um programa que calcula os valores de resistência fazendo uma analogia entre a conectividade elétrica e os dados genéticos da espécie em estudo. Calculamos testes de Mantel e suas variações entre o FST e cada uma das matrizes de resistências. A correlação do FST par-a-par com a distância geográfica, foi de 0,48. Para a correlação entre FST par a par e as matrizes de resistência, os testes de Mantel resultaram em coeficientes de correlação variando entre r = -0,2019 e r = 0,6736. Usamos a regressão múltipla de matrizes para seleção dos melhores modelos pelo critério de Akaike (AIC). Três modelos foram selecionados como sendo os que contém os parâmetros que melhor explicam a divergência genética pelo critério de Akaike com ΔAIC menor que 3. Os valores ΔAIC foram usados para calcular o peso do AIC em cada modelo (wi) e foram utilizados para avaliar a contribuição individual de cada parâmetro nas superfícies selecionadas. Modelos selecionados sugerem que as áreas com menor resistência são as caracterizadas por Cerrado de Savana Arbóreo Densa (cerradão) e Savana Gramíneo Lenhosa (campo limpo). As estradas, grandes rios e áreas agrícolas do Cerrado causam maior resistência. To understand how landscape features spatially affect the genetic structure of a population , we propose the creation of resistance surfaces using an approach Pattern Oriented Modeling of genetic divergence (FST parwise) among baru populations (Dipteryx alata). To compose the resistance surface, we employed land use layers in an area of 25 baru populations, generating 10000 resistance surfaces with randomized cost values between 0 and 100. We use these surfaces to calculate matrices pairwise effective resistance to the circuitscap. Mantel test and its variations revealed a correlation of FST parwise with geographical distance of 0.48. The correlation between FST pairwise and the resistance matrices ranged between r = -0.2019 and r= 0.6736. We used multiple regression matrices to select the best (most satisfactory) models through Akaike (AIC). Three models were selected to contain the parameters that best explain the genetic divergence with ΔAIC below three. The ΔAIC values were used to calculate the AIC-weight (WI) and evaluate the individual contribution of each parameter in the selected surfaces. The selected models suggest that the areas with lower resistance are characterized as Savanna Arboreo Dense and Savanna Grassy Woody. Roads, big rivers, and agricultural lands cause higher resistance. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Orientador: Mônica Barbosa de Melo Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: Embora a anemia falciforme (AF) resulte da homozigose de uma única mutação, na posição 6 do locus da ?-hemoglobina, fenotipicamente, é uma doença muito heterogênea, de modo que diferentes pacientes apresentam evoluções clínicas significativamente distintas. Praticamente todos os órgãos podem ser afetados pela oclusão vascular, merecendo destaque o Sistema Nervoso Central (SNC), onde são observados acidentes isquêmicos transitórios, infartos e hemorragia cerebral, os quais acometem aproximadamente 25% dos pacientes com AF. As complicações neurológicas são graves, podendo ser fatais em até 15% dos casos. A identificação precoce de pacientes com anemia falciforme suscetíveis ao Acidente Vascular Cerebral (AVC) poderia diminuir os riscos, possivelmente prevenir a recorrência de infartos e potencialmente reduzir sua incidência. Portanto, estudos que visem identificar novos grupos de risco para o desenvolvimento de AVC em pacientes com anemia falciforme seriam fundamentais para otimizar o controle clínico desta enfermidade, sendo uma dessas vias a abordagem molecular deste grupo de pacientes. Desta forma, propusemos a investigação da presença de variação no número de cópias alélicas ou "Copy Number Variation" (CNV), utilizando-se lâminas de alta densidade (microarrays), com o objetivo de identificar regiões do genoma, potencialmente envolvidas com o risco aumentado de AVC em pacientes com anemia falciforme. Este trabalho propôs ainda avaliar os aspectos populacionais relativos à população brasileira. É de grande interesse nos estudos de genética humana entender a manifestação de dado fenótipo em populações distintas, e se a associação de variantes em uma população pode ser extrapolada para outras. A anemia falciforme fornece um modelo nesse intento, passível de ser extrapolado para doenças complexas dado ser um grupo de origem bem conhecida, exemplo clássico de seleção balanceada em humanos, primeira doença a ter base molecular desvendada e ser de herança mendeliana. Observou-se marcante diferença na ancestralidade de indivíduos afetados por AF brasileiros em relação a norte-americanos, tanto no genoma geral, quanto no cromossomo 11. Chegou-se a uma listagem de regiões com variações no número de cópias potencialmente associadas ao AVC em ambas as populações Abstract: Although sickle cell anemia results from homozygosity for a single mutation at position 6 of gamma-hemoglobin locus, this disease presents high heterogenity in phenotype, so that different patients may have significantly different clinical outcomes. Virtually all organs may be affected by vascular occlusion, with emphasis on the Central Nervous System (CNS), where are observed transient ischemic attacks, stroke and cerebral hemorrhage, which affect approximately 25% of patients with SCA. Neurological complications are serious and can be fatal in up to 15% of cases. Early identification of patients with sickle cell anemia, susceptible to stroke (CVA) could reduce the risk, possibly preventing the recurrence of heart attacks and potentially reduce their incidence. Therefore, studies aimed at identifying new risk groups for development of stroke in sickle cell patients would be essential to optimize the clinical management of this disease, one of these pathways the molecular approach of this group of patients. Thus, we propose to investigate the presence of copy number variation in allele or "Copy Number Variation" (CNV), using high density microarray in order to identify genomic regions potentially involved in the increased risk of stroke in sickle cell patients. The present work also proposes to assess the Brazilian population genetic aspects. It is highly desirable in human genetics to unveil the manifestation of a given phenotype in distinct populations, as well as whether an association identified on a specific population may hold to other populations. Sickle cell anemia provides a model for this purpose, and may be extrapolated to complex diseases given its well known geographical region, and for being a classic case of balanced selection in humans, the first disease to have its molecular mechanism unraveled, and a Mendelian trait. Ancestral components markedly differ in Brazilian SCA patients compared to the United States subjects on both the genomic landscape and the local ancestry on chromosome 11. Here we present a list of CNV events potentially associated to stroke on both populations Doutorado Genética Animal e Evolução Doutor em Genética e Biologia Molecular FAPESP 140967/2012-5 CNPQ 2012/06438-5

Orientadores: Maria Imaculada Zucchi, Pedro Henrique Santin Brancalion Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: Diversas iniciativas locais e globais têm sido criadas para reduzir impactos humanos no meio ambiente, reduzindo a perda de habitats com a criação de unidades de conservação, e aumentando a área florestada por meio da restauração florestal. Podemos citar como exemplos dessas iniciativas acordos internacionais como "The New York Declaration on Forests", que tem como meta restaurar 350 milhões de hectares até 2030, e locais, como o Pacto pela Restauração da Mata Atlântica, que visa recuperar 15 milhões de hectares de floresta até 2050. A restauração ecológica requer que, além da cobertura vegetal restabelecida no reflorestamento, também seja recuperada uma comunidade funcional, com populações capazes de sobreviver e se adaptar a mudanças ambientais. Esses grandes investimentos em restauração ressaltam a importância da disponibilidade de informações taxonômicas, ecológicas e genéticas sobre espécies nativas. Entretanto, tanto a composição florística das florestas, como características ecológicas e genéticas de espécies nativas ainda são pouco conhecidas, especialmente em florestas tropicais. Além disso, informações sobre diversidade genética ainda são pouco utilizadas no planejamento de projetos de restauração. Então, este trabalho foi desenvolvido com o intuito de descrever o sistema reprodutivo e a diversidade genética de uma espécie arbórea da Mata Atlântica, comumente utilizada em projetos de restauração florestal, Centrolobium tomentosum, e avaliar o sucesso na recuperação da diversidade genética em áreas de restauração. Além disso, desenvolvemos um modelo para compreender os impactos de diferentes níveis de diversidade genética em populações plantadas em áreas de restauração na viabilidade populacional. Nossos resultados indicam que C. tomentosum é uma espécie alógama, com limitações na dispersão de semente e grande capacidade de dispersão de pólen. A espécie tem um pequeno potencial de colonização natural de novas áreas, graças à baixa probabilidade de dispersão de sementes a longas distâncias, mas a grande capacidade de dispersão de pólen permite que populações de fragmentos vizinhos sejam funcionalmente conectadas. Ao comparar populações de remanescentes naturais com populações de áreas de restauração, observamos que a restauração é capaz de recuperar diversidade genética, principalmente se as sementes usadas para o plantio forem coletadas de um grande número árvores, reduzindo o efeito fundador. O modelo desenvolvido indicou que a diversidade genética inicial tem efeito sobre a viabilidade populacional, principalmente quando o tamanho da área de restauração e o tamanho populacional inicial são pequenos. As simulações podem ser feitas com espécies com diferentes características e os resultados podem ser utilizados para subsidiar o planejamento de projetos de restauração ecológica. Os estudos genéticos realizados neste trabalho mostraram-se eficazes para obter um diagnóstico de populações de áreas restauradas sem planejamento quanto à diversidade genética e podem subsidiar o planejamento de novos projetos para a reintrodução de populações em áreas de restauração Abstract: Many local and global initiatives have been created to reduce human impacts on environment, reducing habitat loss with delimitation of protected areas, and increasing forest areas with forest restoration. International agreements as The New York Declaration on Forests that has a goal to restore 350 million hectares of forests by 2030, and local initiatives as The Atlantic Forest Restoration Pact that aims to restore 15 million hectares by 2050 are examples of these initiatives. Ecological restoration requires the recovery of both forest cover, which is reestablished in forest restoration, and a functional community, with populations able to survive and to adapt to environmental changes. These large investments in restoration highlights the importance of information about tanoxomy, ecology and genetics of native species. However, neither forest species composition nor ecological and genetics characteristics of native species are well known, especially in tropical forests. In addition, information about genetic diversity is underused in restoration projects planning. Thus, this study was developed to describe the mating system and genetic diversity of an Atlantic Forest tree species widely used for forest restoration, Centrolobium tomentosum, and to evaluate the success of ecological restoration to recover genetic diversity. We also developed a model to assess the impacts of different initial levels of genetic diversity on the viability of populations planted in restoration areas. Our results indicated that C. tomentosum is an allogamous species, with limited seed dispersal, and large capacity of pollen dispersal. This species has a small potential to colonize new areas, due to the low probability of long distance seed dispersal, but the high potential to long distance pollen dispersal enables functional connectivity of neighbour fragments. Comparing populations from natural remnants to populations from restoration areas, we observed that it is possible to recover genetic diversity with ecological restoration, especially if the seed pool used for the plantation were collected from a large number of seed-trees, reducing the founder effect. The model developed indicated that the initial genetic diversity has a significant effect on population viability, especially in small the restoration area and small initial population size. The simulations can be performed with different species and the results can be used to support planning of ecological restoration projects. Genetic studies presented here have been effective for a diagnosis of populations from areas restored without accounting for genetic diversity and can support planning of new projects for the reintroduction of populations in restoration areas Doutorado Genética Vegetal e Melhoramento Doutora em Genética e Biologia Molecular CAPES FAPESP 2012/03246-8, 2014/01364-9 CNPQ

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:22:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-21. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:28:27Z : No. of bitstreams: 1 000851764.pdf: 2050790 bytes, checksum: 7e9ce71e56aca3f8626c05f19a371268 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus) é uma espécie considerada vulnerável à extinção em consequência, especialmente, da perda do seu habitat e do intenso tráfico ilegal. O número estimado de indivíduos em vida livre no Brasil é de 6.500 animais, distribuídos em três regiões: no Pará, no nordeste do país e no Pantanal Matogrossense, onde se encontra a maioria dos exemplares de A. hyacinthinus. Informações sobre a biologia, ecologia e variabilidade genética dessa espécie são fundamentais para subsidiar e elaborar estratégias de conservação de suas populações naturais e cativas. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo principal avaliar a estrutura genética de diferentes populações de A. hyacinthinus e investigar a dinâmica populacional entre as áreas de distribuição da espécie. Amostras de DNA foram obtidas de 100 exemplares de diferentes localidades e análises genéticas associadas ao primeiro domínio da região controladora do DNA mitocondrial foram realizadas em todos os indivíduos. Um segmento de 498 pares de bases desta região de DNA mitocondrial foi utilizado para caracterizar a estrutura genética populacional dos espécimes de A. hyacinthinus amostrados. As análises evidenciaram a existência de diferenciação genética significativa entre amostras do Pantanal Norte e as demais regiões de distribuição da espécie. Menor grau de diferenciação genética, embora significativo, foi evidenciado entre Pantanal Sul e Pará, Pantanal Sul e Nordeste e entre Nordeste e Pará. O nível de diversidade genética encontrado para a espécie estudada se mostrou similar ao descrito em trabalhos anteriores para A. hyacinthinus e mais baixo do que valores reportados para outras espécies de psitacídeos não ameaçados. A rede haplotípica gerada, em formato de estrela, sugere que a espécie tem passado por expansão recente, cenário também apontado pela curva unimodal obtida para... Hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus) is considered as a threatened species, classified as vulnerable, especially due to the habitat loss and intense illegal trade. The total estimated number of wild individuals in Brazil is around 6,500 animals, distributed in three regions: Pará State, Northeast Brazil, and Pantanal of Mato Grosso and Pantanal of Mato Grosso do Sul, where most of the hyacinth macaws can be found. Data about the biology, ecology, and genetic variability of this species are fundamental to support and develop conservation strategies of its natural populations. Therefore, the present study primarily aimed to analyze the genetic structure of different populations of A. hyacinthinus and examine the population dynamics among the distribution areas of the species. DNA samples were obtained from 100 individuals from distinct areas and genetic analyses associated to the first domain of the mitochondrial control region were performed for all samples. A segment of 498 base pairs of this mitochondrial DNA region was used to characterize the genetic population structure of the sampled hyacinth macaws. The analyses showed the existence of a significant genetic differentiation between samples of North Pantanal and the other distribution regions. A low differentiation level, although also significant, was evidenced between South Pantanal and Pará, between South Pantanal and Northeast, and between Northeast and Pará regions. The genetic diversity index for the studied species was similar to reported data in previous studies of hyacinth macaw and lower than those values described for other non-threatening species of parrots. The generated haplotype network, with a star shape, indicates a recent population expansion, a scenery that was also evidenced by the unimodal shape of the populations from Pará and Northeast. However, the obtained bimodal curve for the populations from North Pantanal and South Pantanal suggests that they ...

The genus Hypochaeris has a recent evolutionary history caused by long-distance dispersal in conjunction with adaptive radiation in the South American continent. Hypochaeris lutea is a perennial herb that grows mostly at altitudes of around 1000 m in cold swamps of the southern regions of Brazil. We investigated the amplified fragment length polymorphism (AFLP) in 270 individuals representing 11 Brazilian populations of H. lutea to elucidate the population genetic structure of this species. The frequencies of polymorphic loci and gene diversity ranged from 83.42% to 91.66% and from 0.26 to 0.34, respectively. Analysis of molecular variance revealed that most of the genetic variability was found within (76.67%) rather than among (23.3%) populations, agreeing with the pattern of genetic distribution within and among populations observed in other allogamous species of Hypochaeris. A Mantel test showed no correlation between genetic and geographic distances when all populations were considered. Simulations performed using a Bayesian approach consistently identified two clusters with different admixture proportions of individuals, as also revealed by a UPGMA dendrogram of populations. The pattern of genetic structure observed in H. lutea is consistent with a process of successive colonization events by long-distance dispersal resembling the rapid and recent radiation that has been proposed to explain the origin of the South American species of Hypochaeris. Fil: Alves Rodrigues, Luana. Universidade Estadual de Londrina; Brasil Fil: Ruas, Eduardo Augusto. Universidade Estadual de Londrina; Brasil Fil: Ruas, Paulo Maurício. Universidade Estadual de Londrina; Brasil Fil: Reck, Maikel. Universidade Estadual de Londrina; Brasil Fil: Gianetti Fiorin, Fernando. Universidade Estadual de Londrina; Brasil Fil: Ortiz, María Ángeles. Universidad de Sevilla; España Fil: Urtubey, Estrella. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Botánica Darwinion. Academia Nacional de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Botánica Darwinion; Argentina Fil: Matzenbacher, Nelson Ivo. Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Brasil Fil: Ruas, Claudete Fátima. Universidade Estadual de Londrina; Brasil

Eugenia dysenterica é uma espécie de planta nativa do Cerrado que apresenta ampla distribuição ao longo do bioma. Estudos anteriores revelam que populações naturais da espécie apresentam alta estruturação genética, sugerindo que mudanças históricas na distribuição geográfica e a fragmentação do habitat podem ter afetado o padrão de diferenciação genética da espécie. Nesse contexto, estudos filogeográficos e de genética da paisagem se fazem necessários para entender os fatores responsáveis pela distribuição da diversidade genética da espécie. No primeiro capítulo foi utilizada a filogeografia estatística integrada às análises de paleomodelagem para acessar a história demográfica da espécie e compreender como as mudanças climáticas do Quaternário influenciaram sua distribuição geográfica e estrutura genética. No segundo capítulo, procura-se responder como a perda de habitat e fragmentação pode influenciar a diversidade genética e conectividade das populações da espécie no Cerrado. Os resultados apresentam evidências de que a origem de dispersão dos haplótipos analisados se deu na região central do bioma e que mudanças ocorridas durante o Pleistoceno, provavelmente, resultaram no padrão de distribuição da diversidade genética observado. Além disso, indicam que a fragmentação do habitat pode estar relacionada com o aumento da diferenciação e diminuição da diversidade genética nas populações estudadas. Eugenia dysenterica is a plant species from Cerrado that is widely distributed throughout the biome. Previous studies showed that natural populations of species have a high genetic structure, suggesting that historical changes in the geographic distribution and habitat fragmentation may have affected its genetic differentiation. In this context, studies of phylogeographic and landscape genetics are needed to understand which factors influence the distribution of genetic diversity of the species. In the first chapter we used the statistical phylogeography integrated to modeling analysis to reconstruct the demographic history and dispersal routes of E. dysenterica lineages and investigated the Quaternary climate change effects on its spatial pattern of genetic diversity. In the second chapter, we evaluated if habitat loss and fragmentation affect genetic diversity and connectivity in the species. Our results suggest that the central region of the Cerrado biome is probably the center of distribution of E. dysenterica and the spatial pattern of its genetic diversity may be the outcome of population stability through periods of the Quaternary. Moreover, also indicate that habitat fragmentation may be related to the increase in differentiation and a decrease of genetic diversity in these populations. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Human serum paraoxonase (PON1) is an esterase associated with high density lipoproteins (HDLs) in the plasma and may confer protection against coronary artery disease. Serum PON1 levels and activity vary widely among individuals and populations of different ethnic groups, such variations appearing to be related to two coding region polymorphisms (L55M and Q192R). Several independent studies have indicated that the polymorphism at codon 192 (the R form) is a significant risk factor for cardiovascular disease in some populations, although this association has not been confirmed in other populations. Given the possible associations of these mutations with heart diseases and the fact that little or nothing is known of their prevalence in Amerindian populations, we investigated the variability of both polymorphisms in ten Amazonian Indian tribes and compared the variation found with that of other Asian populations in which both polymorphisms have been investigated. The results show that the LR haplotype is the most frequent and the MR haplotype is absent in all Amerindians and Asian populations. We also found that South America Amerindians present the highest frequency of the PON1192*R allele (considered a significant risk factor for heart diseases in some populations) of all the Amerindian and Asian populations so far studied.

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:43Z : No. of bitstreams: 1 000866312.pdf: 1513735 bytes, checksum: ebc1a9c4c91be977c085b13a32f3b8b4 (MD5) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) A crescente exploração pesqueira de diversas espécies de tubarões nas últimas décadas tem se tornado um assunto de preocupação internacional. Tal situação tem determinado a realização de levantamentos sobre o estado atual das populações, tornando urgente a disponibilização de informações que auxiliem no estabelecimento de planos de conservação. Dentre as espécies mais exploradas, o tubarão martelo Sphyrna zygaena está classificado mundialmente como Vulnerável, já tendo sido incluída na lista de restrições de comércio internacional da Comissão Internacional para o Comércio de Espécies Ameaçadas. Assim, dada a urgente necessidade da formulação de programas de controle sustentável da pesca, este estudo busca caracterizar a estrutura genética populacional da espécie S. zygaena no Oceano Atlântico utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial. Neste trabalho apresentam-se os resultados sobre a estrutura genética populacional do tubarão-martelo, Sphyrna zygaena, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial de espécimes capturados em diversas regiões do Oceano Atlântico (191) e em pontos dos oceanos Índico (21) e Pacífico (39). A análise realizada em 733 nucleotídeos de 251 indivíduos resultou na identificação de nove haplótipos pela combinação de sete sítios polimórficos. Os índices de variabilidade genética da espécie, considerando a totalidade das amostras, foi de 0,00177 para diversidade nucleotídica e 0,519 para diversidade haplotípica. Na estimativa de diferenciação genética pelo método de Análise de Variância Molecular observa-se que há forte estruturação populacional (FST = 0.78149) e baixo fluxo gênico da espécie entre o Oceano Atlântico e a região do Indo-Pacífico, caracterizando estoques genéticos distintos. Entre os grupos amostrais do Atlântico, onde o maior número de amostras possibilitou análises em fina escala, não foram...

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-18Bitstream added on 2015-05-14T16:59:00Z : No. of bitstreams: 1 000822497.pdf: 618015 bytes, checksum: 10e49b7cf4610742761f400fa33c5d06 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus), maior psitacídeo do mundo, é uma espécie considerada em vulnerabilidade de extinção (IUCN) principalmente devido à perda de habitat e ao tráfico ilegal. Para estabelecer estratégias que visem a conservação da espécie considerar a composição genética de suas populações é muito importante. Comumente para o estudo da diversidade genética e estrutura genética populacional são utilizados marcadores moleculares que podem ser prospectados no genoma, dentre os quais destacam-se os locos microssatélites. Atualmente, entretanto, não há locos microssatélites polimórficos espécie-específícos identificados em A. hyacinthinus. Esta espécie pode ser encontrada em três regiões possivelmente isoladas, o que evidencia a necessidade de medidas de manejo integradas para a preservação do pool gênico da espécie. Assim, os objetivos principais desse trabalho foram: (i) desenvolver primers para locos microssatélites em A. hyacinthinus, e (ii) analisar a diversidade e a estrutura genética populacional da espécie. Como resultado seis locos espécie-específicos foram prospectados (AnH6, AnH10, AnH17, AnH33, AnH23 e AnH34), dos quais cinco mostraram-se polimórficos em A. hyacinthinus. Além disso, os seis pares de primers mostraram potencial aplicabilidade para estudos populacionais em outras sete espécies de psitacídeos neotropicais. Nas análises populacionais, A. hyacinthinus apresentou um baixo índice de variabilidade genética em comparação à reportada para outros psítacídeos. Esse resultado indica que a baixa variabilidade encontrada não deve ter relação com a utilização restrita de locos heterólogos em trabalhos anteriores, pois foram utilizados tanto locos espécie-específicos quanto locos heterólogos nas análises do presente estudo, sugerindo que esta é uma característica intrínseca da espécie. Além disso, considerando-se a análise de estruturação ... Hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus), the largest parrot in the world, is considered vulnerable to extinction (IUCN) mainly due to habitat loss and illegal trade. To establish strategies for the conservation of the species must be regarded the genetic makeup of their populations. Commonly for the study of genetic diversity and population genetic structure are used molecular markers, highlighting specially the microsatellite loci, which in turn need to be isolated for population studies. However, currently there is no polymorphic microsatellite loci identified in A. hyacinthinus. Additionally, the species is distributed in three apparently isolated areas, thus requiring integrated management in order to preserve the gene pool of the species. Thus, the main objectives of this study were: (i) the development of primers for microsatellite loci in Anodorhyncus hyacinthinus, and (ii) the analysis of the diversity and population genetic structure of all areas of occurrence of the species. Six loci species-specific prospected were obtained (AnH6, AnH10, AnH17, AnH23, AnH33 and AnH34) and five of these primers proved to be polymorphic. In addition, these six pairs of primers showed potential applicability for population studies after they were tested in seven Neotropical parrot species. Regarding the population analyzes using both specific and heterologous loci, A. hyacinthinus presented a low level of genetic variability compared to other parrots, thereby indicating that the low variability found should not be related to the use of only heterologous loci in previous studies, suggesting that this is an intrinsic characteristic of this species. Moreover, considering in the analysis of genetic structure by Bayesian clustering of microsatellite data it could not be found genetic structure between subpopulations of four regions [North Pantanal (NP), South Pantanal (SP), Para (PA) and northeast (NE)]. In contrast, Rst indices indicated ...

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-25Bitstream added on 2015-03-03T12:07:17Z : No. of bitstreams: 1 000811896.pdf: 967104 bytes, checksum: 63037b124f0b61a187940925ad4979e2 (MD5) A pouco mais de uma década a bactéria Xylella fastidiosa passou de um organismo pouco conhecido a uns dos mais conhecidos, ao menos em termos de genômica. No Brasil esta bactéria afeta culturas de importância econômica como citros, causando a clorose variegada dos citros (CVC) e café, na qual causa a requeima da folha do cafeeiro (RFC), também conhecida como atrofia do ramo do cafeeiro (ARC). Em laranjeiras a bactéria acarreta os maiores danos econômicos, na ordem de 100 milhões de dólares anuais. Em relação às plantas de café, estudos demonstraram que a cada 1% de aumento na severidade da doença há perdas de rendimento de 1,22 a 1,34 sacos de 60kg por hectare. Ambas as culturas são afetadas pela Xylella fastidiosa subsp. pauca e transmitida pelos mesmo vetores, porém ainda são incertas as informações se o isolado que causa a CVC pode colonizar cafeeiros e causar doença e vice-versa. Além do mais, em contraste com os diversos estudos já realizados sobre populações de X. fastidiosa infectando laranjeiras, não se tinha informações sobre a diversidade genética e estrutura populacional deste patógeno quando infectando cafeeiros. Um total de 618 estirpes de X. fastidiosa foi isolado de laranjeiras e cafeeiros de quatro regiões geográficas distintas do estado de São Paulo. Esses isolados foram genotipados através de 14 marcadores microssatélites. A alta diversidade genotípica e genética, os altos índices de clonalidade, o forte desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nas populações de X. fastidiosa amostradas de cafeeiros são consistentes com predominância de um modo de reprodução clonal. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica encontrada entre as populações, indicando as populações da região Noroeste e Central como as prováveis fundadoras. Também realizamos ensaios de inoculações recíprocas ... A little over a decade the bacterium Xylella fastidiosa has gone from a little-known body to the most popular ones, at least in terms of genomics. In Brazil this bacterium affects economically important crops such as citrus, which causes citrus variegated chlorosis (CVC) and coffee, causing coffee leaf scorch (CLS), also known as coffee stem atrophy (CSA). In orange this bacteria causes major economic losses in the order of 100 million dollars annually. Regarding the coffee plants, studies have shown that every 1% increase in the severity of disease cause loss of 1.22 to 1.34 bags of 60kg per hectare. Both cultures are affected by subsp. pauca of X. fastidiosa and are transmitted by the same vectors, but informations are still uncertain if isolated causing CVC can colonize and cause disease in coffee plants and vice versa. Moreover, in contrast of many previous work on study about population of X. fastidiosa infecting orange, we had no information about genetic diversity and population structure of this pathogen infecting coffee plants. Thus a total of 618 strains of X. fastidiosa was isolated from orange and coffee in four distinct geographic regions (Central, Northwestern, Center-western and Eastern) of the São Paulo State. These isolates were typed by fourteen microsatellite markers. The high genotypic and genetic diversity, high levels of clonality, strong gametic disequilibrium, and the population subdivision found in X. fastidiosa population are consistent with the predominance of mode of clonal reproduction. The subdivision levels observed could be explained by the asymmetric historical migration between populations, indicating the populations of Central and Northwestern region as the probable founders. We also performed tests of reciprocal inoculations among isolates from orange and coffee plants under controlled conditions. The 99 isolates from orange and 127 isolates from coffee through Bayesian analysis, were grouped on ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2015-01-26T13:30:19Z : No. of bitstreams: 1 000799160.pdf: 880064 bytes, checksum: 14ae5d673f01845508368f93f576c2fa (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Níveis de diversidade e estruturação genética, assim como a investigação de eventos de hibridação interespecífica ou introgressiva em populações selvagens, estão entre as principais análises a serem consideradas em projetos de conservação. A hibridação entre espécies nativas de peixes, principalmente quando decorrente de ações humanas, tem levado a taxas crescentes de cruzamentos não naturais entre diferentes taxa, o que pode ocasionar impactos ecológicos e genéticos. As espécies de bagres Neotropicais, Pseudoplatystoma reticulatum e Pseudoplatystoma corruscans, têm sido afetadas pela produção induzida de híbridos na aquicultura e pelo contato destes híbridos com suas populações. Neste estudo foram desenvolvidos diferentes marcadores genéticos (genes e microssatélites) com o intuito de identificar a ocorrência de hibridação e introgressão em rios da América do Sul e para acessar a diversidade genética intra e interpopulacional destas espécies. Marcadores dos genes nucleares EF1 e 18S foram completamente diagnósticos na identificação das espécies e seus híbridos. Através de um pirosequenciamento Roche 454, foram desenvolvidos e caracterizados 16 microssatélites para P. reticulatum, os quais apresentaram 100% de transferabilidade em P. corruscans e alto polimorfismo para a maioria dos loci estudados. As análises populacionais utilizando estes microssatélites revelaram alta variabilidade para ambas espécies em todos os rios das bacias hidrográficas do Paraguai e Paraná. A diferenciação genética interpopulacional destas espécies dentro da bacia do Paraguai foi baixa ou inexistente, revelando um alto fluxo gênico e a possível existência de uma população panmítica resultante da migração e reprodução entre indivíduos de rios próximos. Porém, diferenças genéticas significativas foram observadas entre rios distantes geograficamente e entre bacias hidrográficas ... Levels of genetic diversity and structure, as well as the investigation of interspecific and introgressive hybridization events in wild populations, are amongst the major analyzes to be considered in conservation projects. Hybridization between native fish species, especially when caused by human actions, has led to increasing rates of non natural crosses between different taxa, which may cause ecological and genetic impacts. The Neotropical catfish species, Pseudoplatystoma reticulatum and Pseudoplatystoma corruscans, have been affected by the induced production of hybrids in aquaculture and by the contact of these hybrids with their populations. In this study, different genetic markers were developed (genes and microsatellites), in order to identify the occurrence of hybridization and introgression in South American rivers and to access the intra and inter populational genetic diversity of these species. EF1 and 18S nuclear gene markers were completely diagnostics in the identification of the species and their hybrids. Through a Roche 454 pyrosequencing, were developed and characterized 16 microsatellite loci for P. reticulatum, which presented 100% of transferability in P. corruscans and high polymorphism for the majority of the loci. Population analysis using these microsatellites revealed high variability for the both species in all rivers from Paraguay and Paraná hydrographic basins. The interpopulational genetic differentiation of these species within the Paraguay basin was low or absent, revealing a high gene flow and the possible existence of a panmitic population, resulting from the migration and reproduction of individuals from closely rivers. However, significant genetic differences were observed between geographically distant rivers and distinct hydrographic basins. In P. reticulatum, genetic differentiation was found between the Cuiabá and Miranda Rivers (Paraguai basin), and between Paraguay and Lower Paraná ... FAPESP: 09/18326-4

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:51Z : No. of bitstreams: 1 000823249_20160226.pdf: 321622 bytes, checksum: 13d4329bc1bf2a468d357433e7c47727 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-26T14:03:50Z: 000823249_20160226.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-26T14:04:47Z : No. of bitstreams: 1 000823249.pdf: 1158257 bytes, checksum: 26b0b4dbe3120dc0624caa0518cc7cfb (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) A intensificação do uso de recursos aquáticos tem produzido um grande impacto sobre as comunidades de peixes. Dentre as ações antrópicas mais impactantes destacamse a construção de barragens, a sobrepesca, o mau uso do solo na agricultura, o descarte de esgoto sem tratamento prévio nos rios, a construção de hidrovias e a introdução de espécies exóticas. O futuro das populações selvagens depende grandemente da variação genética das populações naturais. A variação genética dentro de uma espécie é um conceito fundamental para a genética aplicada à ecologia e diversos autores sugerem pelo menos três razões biológicas para a preservação da variabilidade genética das populações naturais como objetivos da biologia da conservação: a perda da variabilidade pode aumentar a probabilidade de extinção através de um declínio na fecundidade e viabilidade; populações com baixos níveis de variação genética, sobre as quais a seleção natural pode operar, podem ter oportunidades reduzidas para futuras adaptações frente a mudanças evolutivas; e a preservação da variabilidade genética pode ter papel chave na identificação de unidades evolutivas significativas para a formulação de programas de conservação. Assim, o estudo da variação genética é fundamental para o desenvolvimento de projetos de manejo sustentável. Um dos marcadores moleculares mais eficazes para o estudo populacional são os microssatélites e a região controladora da DNA mitocondrial (D-loop), que tem revelado diferenças significativas mesmo entre populações separadas por pequenas distâncias geográficas. Neste contexto, o presente estudo, teve como objetivo caracterizar a diversidade genética de populações de curimbatá coletados ao longo da Bacia do Prata (Prochilodus lineatus) e da Bacia Amazônica (Prochilodus nigricans) utilizando esses marcadores moleculares. Com base nos resultados obtidos, a ...

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-27Bitstream added on 2014-08-13T18:00:53Z : No. of bitstreams: 1 000750761.pdf: 697080 bytes, checksum: d41443497b35d1c9e1731e35f82b3583 (MD5) A ordem Characiformes reúne aproximadamente 1.670 espécies de água doce, das quais pelo menos 1.300 ocorrem no Brasil. Até o momento relativamente poucos estudos genéticos foram realizados com espécies desse grupo, particularmente na Amazônia. Uma questão importante para o momento atual é saber se há algum isolamento entre populações locais separadas por corredeiras ou rápidos na Amazônia, dado o potencial hidrelétrico estimado para esses ambientes. Nesse sentido, no presente estudo, conduzido no âmbito do Programa de Conservação da Ictiofauna da Santo Antônio Energia, foram avaliadas duas populações locais de duas espécies: Pygocentrus nattereri e Potamorhina latior. Empregamos sequências da região controle (D-loop) do DNA mitocondrial, pela maior taxa de mutação que esse gene apresenta em relação aos demais genes. As amostras foram tomadas a montante e a jusante da antiga cachoeira de Teotônio visando testar a hipótese de que essa cachoeira servia de barreira para essas espécies. Foram analisados 54 espécimes de P. nattereri (25 montante e 29 jusante) e 45 de P. latior (25 montante e 20 jusante). Os resultados mostraram que os espécimes da montante de P. nattereri apresentam maior variabilidade genética (haplótipos = 5, Hd = 0,607, π = 0,00105) que os da jusante (haplótipos = 2, Hd = 0,379, π = 0,00046), No caso de P. latior, esses valores foram similares tanto a montante (haplótipos = 23, Hd = 0,993, π = 0,01232) como a jusante (haplótipos = 17, Hd = 0,984, π = 0,01865). Ambas as espécies apresentaram haplótipos compartilhados nas duas localidades. A divergência genética entre as localidades de P. nattereri (0,1%) foi menor que em P. latior (1,9%). A análise de variância molecular revelou diferenças significativas entre as localidades de P. nattereri (Φst = 0,11448, P = 0,018) e P. latior (Φst = 0,16408, P = 0,000). Os resultados sugerem que entre as duas localidades amostradas existia uma ... The order Characiformes gathers approximately 1,670 freshwater species, of which at least 1,300 occur in Brazil. To date relatively few genetic studies have been conducted with species of this group, particularly in the Amazon. An important question for the moment is whether there is some isolation between local populations separated by rapids or fast in the Amazon, given the hydroelectric potential estimated for these environments. Accordingly, in this study, conducted under the Conservation Program Ichthyofauna of Santo Antônio Energia, were evaluated two local populations of two species: Pygocentrus nattereri and Potamorhina latior. We employ sequences of the control region (D-loop) of the mitochondrial DNA, the higher rate of this gene mutation present in relation to other genes. The samples were taken upstream and downstream of the old waterfall Teotônio to test the hypothesis that this waterfall served as a barrier for these species. Were examined 54 specimens of P. nattereri (25 upstream and 29 downstream) and 45 of P. latior (25 upstream and 20 downstream). The results showed that the amount of specimens of P. nattereri have greater genetic variability (Haplotypes = 5, Hd = 0607, π = 0.00105) that the downstream (Haplotypes = 2, Hd = 0379, π = 0.00046). In the case of P. latior, these values were similar both upstream (Haplotypes = 23, Hd = 0993, π = 0.01232) and downstream (Haplotypes = 17, Hd = 0.984, π = 0.01865). Both species have shared haplotypes in the two localities. The genetic divergence between the localities of P. nattereri (0.1%) was lower than in P. latior (1.9%). The analysis of molecular variance revealed significant differences between the localities of P. nattereri (Φst = 0.11448, P = 0.018) and P. latior (Φst = 0.16408, P = 0.000). The results suggest that a possible population structure existed between the two localities sampled both by differences in genetic variability as well as by allelic ...

Introduction: In spite nearly 40% of the variability in blood pressure can be explained by genetic factors, the identification of genes associated to essential high blood pressure is difficult in populations where individuals have different genetic precedents; in these circumstances it is necessary to determinate whether the population is sub-structured because this can bias studies associated with this disease. Objectives: To determine the genetic structure of the population in Bucaramanga from genetic polymorphisms associated with the regulation of blood pressure: 448G>T, 679C>T y 1711C>T from the gene kinase 4 of the dopaminergic receptor linked to the protein G and Glu298Asp, -786T>C and the VNTR of the intron 4 of the gene of endothelial nitric oxide. Methodology: A sample of 552 unrelated individuals was studied through analysis of Restriction fragment length polymorphism. The allelic, haplotypic and genotypic frequencies were calculated, the Hardy-Weinberg equilibrium was determined and a molecular analysis of variance was performed to determine the genetic structure. Results: 38 Haplotypes were identified, with GCCTG4b as the most frequent (21.2%). The most diverse polymorphism was 448G>T with a frequency of 49.9% for heterozygous. The six polymorphisms were found in genetic equilibrium and genetic structure of populations was not evidenced (FST = 0,0038). Conclusion: The population studied does not present a genetic sub-structure and the polymorphisms analyzed were found in genetic equilibrium, this indicates that the population mixes randomly and there are no sub-groups capable of affecting the results of the association studies. Introducción: A pesar que cerca del 40% de la variabilidad en la presión arterial es explicada por factores genéticos, la identificación de genes asociados a la hipertensión arterial esencial es difícil en poblaciones constituidas por individuos con antecedentes genéticos diferentes; en esta circunstancia se debe determinar si la población está sub-estructurada porque esto puede sesgar los estudios de asociación con esta enfermedad. Objetivo: Determinar la estructura genética de la población de Bucaramanga a partir de polimorfismos genéticos asociados con la regulación de la presión arterial: 448G>T, 679C>T y 1711C>T del gen de la quinasa 4 del receptor dopaminérgico acoplado a proteína G y Glu298Asp, -786T>C y el VNTR del intrón 4 del gen de la sintasa de óxido nítrico endotelial. Metodología: Se estudió una muestra de 552 individuos no relacionados mediante análisis de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción. Se calcularon las frecuencias alélicas, haplotípicas y genotípicas, se determinó el equilibrio de Hardy-Weinberg y se realizó un análisis molecular de varianza para determinar la estructura genética. Resultados: Se identificaron 38 haplotipos siendo GCCTG4b el más frecuente (21.2%). El polimorfismo más diverso fue el 448G>T con una frecuencia de heterocigotos del 49.9%. Los seis polimorfismos se encontraron en equilibrio genético y no se evidenció estructura genética poblacional (FST = 0,0038). Conclusión: La población estudiada no presenta subestructura genética y los polimorfismos analizados se encontraron en equilibrio genético, lo que indica que la población se mezcla aleatoriamente y no existen subgrupos que puedan afectar los resultados de estudios de asociación.

Orientador: Maria do Carmo Estanislau do Amaral Dissertação (mestrado) - Universidade EStadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: O cerrado, uma formacao vegetal tipica do Brasil central, e um dos biomas com maior biodiversidade de especies, sendo classificado como um "hotspot". Atualmente, a acao antropogenica no cerrado tem causado muito desmatamento, ameacando a existencia de muitas especies. Kielmeyera Mart. & Zucc. (Clusiaceae s.l./Calophyllaceae) e um genero com aproximadamente 50 especies, das quais varias ocorrem no cerrado. Morfologicamente o genero e caracterizado por apresentar flores vistosas com corola contorta e numerosos estames, ovario trilocular e capsulas lenhosas com numerosas sementes aladas. Um dos elementos mais conspicuos do cerrado e Kielmeyera coriacea Mart. & Zucc., uma especie altamente variavel morfologicamente. A especie apresenta a maior amplitude ecologica para o genero e sua distribuicao geografica coincide, em maior parte, com a distribuicao do cerrado. K. coriacea e facilmente reconhecida por apresentar suber espesso, folhas verdes caducas e aglomeradas nos apices dos ramos, padrao de venacao caracteristico e flores alvas e odoriferas. Na ultima revisao realizada para o genero Kielmeyera (Saddi 1982), a circunscricao de K. coriacea foi alterada, mas permaneceu problematica. Visando organizar a variacao, o autor propoe o reconhecimento de duas subespecies e sete variedades, formando o que e conhecido atualmente como "complexo K. coriacea". Faz parte desse complexo tambem a especie K. grandiflora (Wawra) Saddi, considerada antes uma variedade de K. coriacea. Para estudar o complexo o presente trabalho utilizou abordagens taxonomicas convencionais, a anatomica e a genetica. Foram realizadas observacoes de material de herbario e cortes das regioes marginais e medianas de folhas adultas de cinco populacoes, sendo: duas de K. coriacea subsp. coriacea, duas de K. coriacea subsp. tomentosa e uma de K. grandiflora, constituidas por dois individuos cada populacao. Para estudos de genetica populacional foram utilizados 12 pares de primers previamente desenvolvidos a partir de uma biblioteca enriquecida de microssatelites. Os marcadores foram amplificados em 27 populacoes com 20-30 individuos cada. A anatomia estrutural apresentou dois padroes claramente distintos e a genetica populacional indicou grande semelhanca entre os taxons pertencentes ao complexo. Os resultados nao corroboram a proposta de Saddi para taxonomia da espécie Abstract: The Cerrado, a savanna-like vegetation typical of Central-Brazil, is one of the most species rich biomes of the world. It was classified as a "Biodiversity Hotspot". It is suffering strong anthropogenic pressures of different sources, and quite a number of species is seriously threatened. Kielmeyera Mart. & Zucc. (Clusiaceae s.l./ Calophyllaceae) is a genus of nearly 50 spp., several of which occur in the cerrado. Morphologically, the genus is characterized by large flowers with a contorted corolla and numerous stamens, a 3- locular ovary, and septicidal woody capsules with numerous winged seeds. One of the most common elements of the cerrado is Kielmeyera coriacea Mart. & Zucc., a morphologically highly variable species. It shows the widest ecological amplitude within the genus and its geographical distribution largely coincides with the cerrado biome. This species can be easily recognized by the thick corky bark, green coriaceous caducous leaves crown-like condensed at the end the branches, a characteristic venation and odoriferous, white flowers. In the last revision of the genus Kielmeyera (Nagib Saddi, 1982), the circumscription of K. coriacea remained problematic. To cope with a high variability, Saddi proposed two subspecies and seven varieties. The species is taxonomically so problematic that it is usually referred to as the "K. coriacea complex", to which also belongs K. grandiflora (Wawra) Saddi, formerly included as a variety in K. coriacea. To help with the taxonomic study of this complex, the study was done with taxonomy work, population genetics and structural anatomy of the leaves. For anatomy, two populations from each subspecies of K. coriacea and one population of K. grandiflora, consisting of 2 plants, were sampled. For genetics studies twelve primers pairs were selected between the ones previously developed from an enriched library of K. coriacea . Two patterns were found according to the structural anatomy and taxonomy observations suggest that there are two or more species in the complex. According to genetics, the banding pattern varies from one to eight bands per individual. K. grandiflora showed a similar banding pattern. For our study we treated each subspecies of K. coriacea as one group and Kielmeyera grandiflora as a third. We sampled at least 5 populations for each group and 20-30 plants to represent each population. The results show how genetically similar individuals of K. coriacea are. They do not corroborate most of Saddi's ideas for a subdivision of the K. coriacea complex, but suggest that K. grandiflora and K. coriacea are distinct species (as proposed by Saddi) and that possibly the two subspecies of K. coriacea actually represent two distinct species Mestrado Biologia Vegetal Mestre em Biologia Vegetal

National audience; The melon aphid, Aphis gossypii, is a major pest of many crops. Molecular markers have revealed a host race organization of the species and 8 microsatellite markers have allowed the identification of 21 multilocus genotypes (MLGs) among clones collected into colonies on Cucurbits. Aphid resistance have been identified in several melon accessions; it is controlled by a major gene, Vat, and some quantitative trait loci (QTLs). We built melon populations combining different loci of resistance, in a homogenous genetic background. They were cultivated in melon producing areas with contrasted aphid populations. Then, we showed a significant effect of the Vat gene on aphid density but non effect of the QTLs. One hundred and two MLGs were attributed to 2596 collected in trials, 54 MLGs were observed only once, five MLGs were only observed in the French West Indies, 19 MLGs were observed both in South eastern and South western France. Nevertheless, we did not observe a significant effect of the resistance loci on the diversity index of Shanon. Among clones collected into 125 colonies, we only identified 10 MLGs, five out of them were identified in clones collected on Vat-melon. The resistance loci might have an effect on the diversity of the South-eastern populations.; Aphis gossypii, puceron ravageur majeur des cultures, est structuré en race d’hôtes. Huit marqueurs microsatellite ont permis d’identifier 21 génotypes multilocus (MLG)parmi les individus développant des colonies sur les Cucurbitacées. De nombreuses sources de résistance ont été identifiées chez le melon, la résistance est contrôlée par un gène majeur, Vat, et des loci à effet quantitatif (QTL). Nous avons construit des populations de melon combinant différemment ces loci dans un fond génétique homogène. Elles ont été cultivées en plein champ dans trois zones de production du melon présentant des populations de pucerons très contrastées. Sur la densité des populations, nous avons observé un effet significatif du gène Vat mais aucun effet des QTL. Parmi les 2596 pucerons collectés dans les essais, 102 MLG ont été identifiées, dont 54 une seule fois. Dix-neuf MLG ont été observés dans le Sud-est et le Sud-ouest ; seulement cinq MLG ont été observés aux Antilles (non identifiées en métropole). On n'observe pas d’effet significatif du gène Vat et des QTL sur l’indice de diversité de Shanon. Parmi 125 clones échantillonnés dans des colonies, nous avons identifié seulement 10 MLG dont 5 dans des clones échantillonnées sur des melons porteurs du gène Vat. L’effet du gène Vat et des QTL sur la diversité des populations serait restreint à la région Sud-est.

National audience; The melon aphid, Aphis gossypii, is a major pest of many crops. Molecular markers have revealed a host race organization of the species and 8 microsatellite markers have allowed the identification of 21 multilocus genotypes (MLGs) among clones collected into colonies on Cucurbits. Aphid resistance have been identified in several melon accessions; it is controlled by a major gene, Vat, and some quantitative trait loci (QTLs). We built melon populations combining different loci of resistance, in a homogenous genetic background. They were cultivated in melon producing areas with contrasted aphid populations. Then, we showed a significant effect of the Vat gene on aphid density but non effect of the QTLs. One hundred and two MLGs were attributed to 2596 collected in trials, 54 MLGs were observed only once, five MLGs were only observed in the French West Indies, 19 MLGs were observed both in South eastern and South western France. Nevertheless, we did not observe a significant effect of the resistance loci on the diversity index of Shanon. Among clones collected into 125 colonies, we only identified 10 MLGs, five out of them were identified in clones collected on Vat-melon. The resistance loci might have an effect on the diversity of the South-eastern populations.; Aphis gossypii, puceron ravageur majeur des cultures, est structuré en race d’hôtes. Huit marqueurs microsatellite ont permis d’identifier 21 génotypes multilocus (MLG)parmi les individus développant des colonies sur les Cucurbitacées. De nombreuses sources de résistance ont été identifiées chez le melon, la résistance est contrôlée par un gène majeur, Vat, et des loci à effet quantitatif (QTL). Nous avons construit des populations de melon combinant différemment ces loci dans un fond génétique homogène. Elles ont été cultivées en plein champ dans trois zones de production du melon présentant des populations de pucerons très contrastées. Sur la densité des populations, nous avons observé un effet significatif du gène Vat mais aucun effet des QTL. Parmi les 2596 pucerons collectés dans les essais, 102 MLG ont été identifiées, dont 54 une seule fois. Dix-neuf MLG ont été observés dans le Sud-est et le Sud-ouest ; seulement cinq MLG ont été observés aux Antilles (non identifiées en métropole). On n'observe pas d’effet significatif du gène Vat et des QTL sur l’indice de diversité de Shanon. Parmi 125 clones échantillonnés dans des colonies, nous avons identifié seulement 10 MLG dont 5 dans des clones échantillonnées sur des melons porteurs du gène Vat. L’effet du gène Vat et des QTL sur la diversité des populations serait restreint à la région Sud-est.

Aphis gossypii, puceron ravageur majeur des cultures, est structuré en race d’hôtes. Huit marqueurs microsatellite ont permis d’identifier 21 génotypes multilocus (MLG)parmi les individus développant des colonies sur les Cucurbitacées. De nombreuses sources de résistance ont été identifiées chez le melon, la résistance est contrôlée par un gène majeur, Vat, et des loci à effet quantitatif (QTL). Nous avons construit des populations de melon combinant différemment ces loci dans un fond génétique homogène. Elles ont été cultivées en plein champ dans trois zones de production du melon présentant des populations de pucerons très contrastées. Sur la densité des populations, nous avons observé un effet significatif du gène Vat mais aucun effet des QTL. Parmi les 2596 pucerons collectés dans les essais, 102 MLG ont été identifiées, dont 54 une seule fois. Dix-neuf MLG ont été observés dans le Sud-est et le Sud-ouest ; seulement cinq MLG ont été observés aux Antilles (non identifiées en métropole). On n'observe pas d’effet significatif du gène Vat et des QTL sur l’indice de diversité de Shanon. Parmi 125 clones échantillonnés dans des colonies, nous avons identifié seulement 10 MLG dont 5 dans des clones échantillonnées sur des melons porteurs du gène Vat. L’effet du gène Vat et des QTL sur la diversité des populations serait restreint à la région Sud-est., The melon aphid, Aphis gossypii, is a major pest of many crops. Molecular markers have revealed a host race organization of the species and 8 microsatellite markers have allowed the identification of 21 multilocus genotypes (MLGs) among clones collected into colonies on Cucurbits. Aphid resistance have been identified in several melon accessions; it is controlled by a major gene, Vat, and some quantitative trait loci (QTLs). We built melon populations combining different loci of resistance, in a homogenous genetic background. They were cultivated in melon producing areas with contrasted aphid populations. Then, we showed a significant effect of the Vat gene on aphid density but non effect of the QTLs. One hundred and two MLGs were attributed to 2596 collected in trials, 54 MLGs were observed only once, five MLGs were only observed in the French West Indies, 19 MLGs were observed both in South eastern and South western France. Nevertheless, we did not observe a significant effect of the resistance loci on the diversity index of Shanon. Among clones collected into 125 colonies, we only identified 10 MLGs, five out of them were identified in clones collected on Vat-melon. The resistance loci might have an effect on the diversity of the South-eastern populations.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico According to the literature, it isn't common that the natural hybridization rate in Glycine max exceeds the value 1%. With the arrival of transgenic cultivars, new researches has been done in order to investigate the allogamy of these cultivars. For seed producers for marketing is important to know this aspect of the cultivars, because genetic purity is the assurance of your product. Researches show that the fact of growing genetically modified to not change the existing expectation of cross-fertilization. In the knowledge that genetic purity is required for any variety, the objetctive was to assess the rate of reciprocal cross-fertilization involving two soybean cultivars, one conventional and one GM. Previously, we attempted to adjust methods of bioassay for the detection of soybean seeds of GM crops, and reflect the gene flow of soybean from the perspective of population genetics. From the adjustment of the methods of bioassays: i) seed germination in a substrate containing glyphosate, and ii) presoaking of seeds with the herbicide, followed by germination test, we obtained efficient protocols for detecting and quantification of GM soybean seeds of the soybean seeds. The method of wetting the substrate with germination herbicide solution, 0.03% of its acid equivalent at a ratio of 3 times the weight of dry paper was selected for the testing of natural hybridization. Faced with the prospect of population genetics, it was concluded that the chance of fixation of an allele in the gene pool of a population after gene flow is, among other factors, because of its relevance to the fitness of their bearers. In addition, the selection against a dominant allele needs only one generation to eliminate it from the gene pool of the population and that the dilution effect should be used for the dissemination of natural hybridization rates found in studies of this type. In the study of reciprocal cross-fertilization, different methods for the verification of natural hybridization, examining the color of the flower field, examining the color of the hypocotyls in a greenhouse, the spraying of seedlings with the herbicide in greenhouses, and the germination of seeds in contact with the herbicide in the laboratory seed analysis showed that the rates of outcrossing population were 0.05, 0.10, 0.39 and 0.22% respectively. Based on these results, it was found that the rate of natural hybridization reverse is not the same in both directions and that the application of the dilution effect is indispensable to present the results of studies on gene flow, since the population values are lower than those found in the rows studied. Conforme a literatura, não é comum que a taxa de hibridação natural em Glycine max ultrapasse o valor de 1%. Com a chegada das cultivares transgênicas, novas pesquisas foram realizadas no intuito de investigar a alogamia dessas cultivares. Para os produtores de sementes para comercialização é importante conhecer este aspecto das cultivares, pois pureza genética é a garantia de qualidade do seu produto. Pesquisas demonstram que o fato da cultivar ser modificada geneticamente não altera a expectativa existente de fecundação cruzada. Na consciência de que pureza genética é requerida para qualquer variedade, o objetivo deste trabalho foi avaliar a taxa de fecundação cruzada recíproca envolvendo duas cultivares de soja, uma convencional e outra GM. Anteriormente, buscou-se ajustar metodologias de bioensaios para a detecção de sementes de soja de cultivar GM, e refletir o fluxo gênico em soja sob a perspectiva de genética de populações. A partir do ajuste das metodologias dos bioensaios: i) germinação de sementes em substrato umedecido com o glifosato, e, ii) pré-embebição de sementes em solução do herbicida, seguida de teste de germinação, obteve-se protocolos eficientes para a detecção e quantificação de sementes de soja GM entre sementes de soja convencional. O método do umedecimento do substrato de germinação com solução do herbicida, a 0,03% do seu equivalente ácido, na proporção de 3 vezes o peso do papel seco foi escolhida para os testes de detecção de hibridação natural. Diante às perspectivas de genética de populações, concluiu-se que a chance de fixação de um alelo no pool gênico de uma população após o fluxo gênico é, entre outros fatores, função de sua relevância para a aptidão de seus portadores. Além disso, que a seleção contra um alelo dominante precisa de apenas uma geração para eliminá-lo do pool gênico da população e que o efeito diluição deve ser utilizado para a divulgação das taxas de hibridação natural encontradas em estudos desta natureza. No estudo de fecundação cruzada recíproca, os diferentes métodos para a verificação da hibridação natural, na verificação da cor da flor em campo, na verificação da cor do hipocótilo em casa de vegetação, na pulverização de plântulas com solução do herbicida em casas de vegetação, e, na germinação de sementes em contato com o herbicida em laboratório de análise de sementes, demonstraram que as taxas de fecundação cruzada populacionais foram 0,05, 0,10, 0,39 e 0,22 %, respectivamente. Com base nestes resultados, verificou-se que a taxa de hibridação natural recíproca não é a mesma em ambos os sentidos e que a aplicação do efeito diluição é indispensável para apresentar os resultados de estudos sobre o fluxo gênico, já que os valores populacionais são inferiores àqueles encontrados para as fileiras estudadas.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-08-09T13:23:57Z No. of bitstreams: 1 Oscar Felipe Falcao Raposo.pdf: 947805 bytes, checksum: 8fe5720f628d5178eea9572acc985b50 (MD5) Made available in DSpace on 2016-08-09T13:23:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oscar Felipe Falcao Raposo.pdf: 947805 bytes, checksum: 8fe5720f628d5178eea9572acc985b50 (MD5) Previous issue date: 2006-10-24 Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq We investigate the evolution of asexual populations subject to a large supply of deleterious mutations such that Muller’s ratchet operates. In this regime, the accumulation of deleterious mutations takes place continuously with the resulting loss of the least-loaded class of individuals. In the current work, we study the effect of the supply of beneficial mutations on the ratchet’s speed. We also examine how the rate of substitution of favorable mutations as well as the mean selective effect of favorable mutations that reach fixation is compared to those assuming a population at equilibrium. We observe that under Muller’s ratchet, the rate of fixation of advantageous mutations is higher than that predicted for an equilibrium population. The difference between the rate supposing an equilibrium regime and that for the non-equilibrium case becomes larger as we increase the rate of deleterious mutations. On the other hand, the mean selective effect of beneficial mutations that reach fixation is smaller than the expected value for the equilibrium situation. Nós investigamos a evolução das populações assexuadas sujeita à ocorrência de um fluxo contínuo de mutações deletérias, onde a Catraca de Muller opera. Neste regime, a acumulação de mutações deletérias ocorre continuamente com a conseqüente perda da classe de indivíduos mais adaptados. Na nossa dissertação nós estudamos o efeito das mutações benéficas na velocidade da catraca. Nós examinamos como a taxa de substituição das mutações benéficas como também o efeito seletivo médio das mutações favoráveis que alcançam a fixação é comparada àquelas que supõem uma população em equilíbrio. Nós observamos que sob o regime de não-equilíbrio, a taxa de fixação das mutações vantajosas é mais elevada do que aquela estimada para uma população em equilíbrio. A diferença entre a taxa que supõe um regime de equilíbrio e aquela para um regime de não-equilíbrio torna-se maior quando aumentamos a taxa de mutações deletérias. Por outro lado, o efeito seletivo médio das mutações benéficas que alcançam a fixação é menor do que o valor previsto para a situação de equilíbrio.

O araticunzeiro (Annona crassiflora Mart.) é uma espécie de árvore frutífera nativa do bioma Cerrado com elevado potencial de utilização econômica. A forte degradação desse bioma, aliada ao extrativismo predatório a que a espécie vem sendo submetida, justifica a necessidade de desenvolvimento de pesquisas que subsidiem a sua conservação. Objetivando obter informações que indiquem o status genético dessa espécie e orientem futuras estratégias de conservação, 82 indivíduos provenientes de 11 populações naturais foram analisados geneticamente. A análise do polimorfismo presente em seqüências da região trn-L do genoma cloroplastidial e posterior aplicação dos modelos associados à teoria da coalescência permitiram a detecção de elevados níveis de diversidade genética para a espécie. Os resultados obtidos indicam que, embora as populações amostradas tenham demonstrando elevada similaridade genética entre si, há uma incipiente, mas significativa, diferenciação genética entre elas, que tende a aumentar progressivamente devido ao efeito do isolamento geográfico e à força da deriva. O coeficiente de diferenciação genética entre as populações analisadas foi de 7,3%. A análise de divergência entre as populações amostradas não evidenciou a existência de associação significativa dos padrões de diferenciação genética com a distância geográfica entre elas. As informações obtidas pela análise baseada no modelo de coalescência permitiram a identificação de diferentes cenários evolutivos para as populações estudadas. Dentre as populações amostradas, foram identificadas desde populações em bom estado de conservação até populações com baixíssimos níveis de diversidade genética. Os resultados obtidos pela utilização do modelo coalescente para se inferir o tempo de divergência entre as populações sugeriram que as populações se A. crassiflora até há muito pouco tempo se constituíam em um grande contínuo populacional, sendo a baixa diversidade encontrada entre as populações atribuída ao pequeno tempo de divergência entre elas. The araticunzeiro (Annona crassiflora Mart.) is a tropical fruit tree species from the Cerrado (Brazilian Savannah) with high economic potential. The strong degradation of the Cerrado, allied to the predatory extractivism that threatens the species, points out to the necessity of development of research to support future conservation programs. With the aim to furnish information about the genetic status of this species and to guide future conservation strategies, 82 individuals from 11 natural populations were submitted to genetic analysis. The coalescent based analysis of the polymorphism present in the trn-L cpDNA allowed the detection of high levels of genetic diversity in the species. In spite of the high level of genetic similarity among different populations the results produced suggested that, , there is an incipient, but statistically significant, increasing differentiation process taking place due to current status of geographical isolation and genetic drift. The genetic differentiation coefficient estimated was equal to 7.3%. The spatial genetic divergence analyses suggested that the genetic distances are not associated to geographical distances between populations, evidencing the absence of current gene flow between adjacent populations. The coalescent based approach allowed the identification of different evolutionary scenes to the investigated populations. Among sampled populations cases from well conserved status to dangerous low levels of genetic diversity were detected. Results obtained by the use of coalescent models to infer the divergence time between populations suggested that natural populations of A. crassiflora were, until recently, part of a great regional continuum. These findings suggest that the low levels of genetic diversity among different populations must be due to the small time since isolation.

U okvirima ekologije i socijalne ekologije središnje teme čine zagađivanje okoline, zdravi i održivi razvoj, kontrola rizika. Mnogo se raspravlja i o nestajanju brojnih biljnih i životinjskih vrsta. Istodobno, nije odgovoreno na jednako značajno pitanje: kako sačuvati desetke različitih etničkih skupina koje upravo zauvijek nestaju s tla Zemlje, koju su nastanjivali milijunima godina? Genetičari su kao nadomjestak ponudili projekte očuvanja genetičke građe nestajućih naroda i zajedno s njima projekte utvrđivanja objektivnih razlika/varijacija među rasama. Taj pokušaj koincidira sa činjenicom da se ove, 1995., godine navršava punih 200 godina od objavljivanja djela "De generis humani varietete natura". To je djelo izvršilo golem znanstveni utjecaj, uglavnom negativan, na modernu antropologiju, sociologiju, ekologiju populacija i genetiku. Jednako kao što je Carl Linne (Linneus), učinio identičnu taksonomiju biologijskog svijeta i time utjecao na formiranje čitavog epistemološkog polja rasprava o metodama klasifikacije i hijerarhizacije živog svijeta, tako je i Blumenbachova taksonomija i klasifikacija ljudske vrste, koja paradigmatično i temporalno odgovara Linneovoj taksonomiji, utjecala na stvaranje pogrešnih predodžbi o rasama i rasnim razlikama. U čemu je bila bit tog »pionirskog« Blumenbachova taksonomijskog pokušaja u području klasifikacije rasa? Cilj mu je bio razvijanje populacijske taksonomije koja u svojim premisama ima teoriju i ideju čistog rasnog tipa/čiste rase. Mnoge od tih teorijskih pretpostavki prepoznajemo u aktualnim genetičkim projektima istraživanja rasnih razlika/varijacija i u praksi kontrole etničkih manjinskih skupina na osnovi kontrole genskog materijala., Within the ecology and social ecology the central topics are environmental pollution, sustainable development, risk management and alike. The extinction of numerous plant and animal species is also being extensively discussed. At he same time, it has not been answered to equally important question: how to preserve dozens of different ethnic groups that are just now disappearing for the surface of the Earth. Geneticists have started projects of the genetic material conservation of the dying nations, as well as projects aiming to establish objective differences (variations) among races. That attempt coincides with the fact that this year, 1995, full 200 years passes form the publication of the book ŁDe generis humani varietate naturať. The book has made an enormous influence, mainly negative, on modern anthropology, sociology, populations ecology, and genetics. Blumenbach's taxonomy and human species classification has influenced the creation of wrong ideas on races and racial differences (equally as Carl Linne, with his taxonomy of the biological world, has influenced the entire epistemological field of disputes on the classification methods and hierarchization of the living world). What was the essence of that "pioneering" Blumenbach's attempt in the field of classification of races? Its goal was the development of populations taxonomy that is based on the theory and idea of pure racial type (pure race). Many of these theoretical assumptions can be recognized in contemporary genetic projects researching racial differences (variations), as well as in the practice of the ethnic minority groups control on the basis of genetic material control., Im Rahmen der Ökologie und Sozialökologie bilden die Umweltverschmutzung, umweltfreundliche und nachhaltige Entwicklung, sowie die Risikokontrolle zentrale Themen des wissenschaftlichen Interesses. Auerdem wird in vielen Abhandlungen das Aussterben zahlreicher Pflanzen- und Tierarten erörtert. Zugleich bleibt aber eine ebenso wichtige Frage ohne Antwort: Wie sollen Dutzende verschiedener ethnisher Gruppen vor dem drohenden Untergang bewahrt werden? Als Ersatz für deren effektiven Schutz haben die Genetiker Projekte zur Aufbewahrung genetischen Materials der im Schwinden begriffenen Völker erarbeitet, zusammen mit einem umfassenden Forschungsprogramm zur Feststellung objektiver Rassenunterschiede bzw. Rassenvarietäten. Dieser Versuch fällt mit der 200-Jahr-Feier der Veröffentlichung vom Werk ŁDe generis humani varietete naturať zusammen. Dieses Werk hatte einen groen, meistens negativen Einflu auf viele Wissenschaften ausgeübt, wie z.B. auf die moderne Anthropologie, Soziologie, Bevölkerungsökologie und Genetik. Genauso wie Carl Linné (Linneus), der mit seiner Taxonomie der Pflanzen und Tiere ein epistemologisches Feld geschaffen hatte, in dem sich alle späteren Abhandlungen über Methoden der Klassifizierung und Einordnung von Lebewesen bewogen, hat auch Blumenbachs Taxonomie und Klassifizierung der Menschenarten, die paradigmatisch und zeitlich der von Linné entspricht, die Entwicklung falscher Vorstellungen von Rassen und Rassenunterschieden beeinflut. Worin lag die Bedeutung von Blumebach als Pionier einer neuen Entwicklung im Bereich der Rassenklassifizierung? Sein Ziel war die Erarbeitung einer Taxonomie der Bevölkerungsgruppen, deren Grundlagen die Theorie und Idee eines reinen Rassentyps und einer reinen Rasse bilden. Viele dieser theoretischen Grundlagen können in zeitgenössischen genetischen Forschungsprojekten der Rassenunterschiede bzw. Rassenvarietäten, sowie in der Überwachung ethnischer Minderheiten durch die Kontrolle deren gentischen Materials aufgedeckt werden.