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Ce volume regroupe les textes issus du programme Casdar « Semence et Sélection Variétale » finalisés en 2015, 2017 et 2019. Le numéro a été coordonné par le Comité Scientifique du Comité Technique Permanent de la Sélection des plantes cultivées (CTPS).Qualité sanitaire des semences et plants; 'Candidatus Liberibacter solanacearum' (Lso) is the phloem bacterium responsible for the "Zebra Chip"disease in the USA. In France, it was reported for the first time in 2012 on seed carrots. The CaLisoproject validated a Lso detection method and thus made the health quality of carrot seeds reliable andguaranteed the same reliability for potato plants. In France, our large-scale surveys show that the LsoDand LsoE haplotypes are present in the majority of Apiaceae production areas, and that Bactericeratrigonica is the main psyllid species present on these crops. This psyllid is probably the main vector ofLso in France. In addition, Lso was not detected on potatoes, especially those produced near Apiaceaecrops, which underlines the very low risk of Lso transmission from carrots to potatoes. The studies carried out improved our knowledge of this pathosystem. Lso does not seem to be emerging on Apiaceae inFrance. The major threat for Solanaceae would probably be an introduction of the potato psyllid, B.cockerelli, in Europe.; ‘Candidatus Liberibacter solanacearum’ (Lso) est la bactérie du phloème responsable de la maladie du« Zebra Chip » aux USA. En France, elle a été signalée pour la première fois en 2012 sur carotte portegraine. Le projet CaLiso a permis de valider une méthode de détection de Lso et donc de fiabiliser laqualité sanitaire des semences de carotte et de garantir celle des plants de pomme de terre. En France,les prospections à grande échelle montrent que les haplotypes LsoD et LsoE sont présents dans lamajorité des zones de productions d’apiacées et que Bactericera trigonica est la principale espèce depsylles présente sur ces cultures. Ce psylle constitue probablement le principal vecteur de Lso en France.De plus, Lso n’a pas été détectée sur pommes de terre, notamment celles produites à proximité decultures d’apiacées, ce qui souligne le très faible risque de transmission de Lso de la carotte vers lapomme de terre. Les études menées ont permis de mieux connaitre ce pathosystème. Lso ne semblepas émergente sur apiacées en France mais pourrait l’être sur solanacées (haplotypes A et B) en casd’introduction du psylle de la pomme de terre, B. cockerelli, en Europe.

Presentation on the results of the international Proficiency Test for the diagnosis of Xylella fastidiosa organised in the framework of the projects: POnTE, XF-ACTORS and PROMODE

Proficiency test (PT) is a way in which the performance and competence of laboratories are evaluated and assessed. In proficiency testing, standardized samples are prepared with known status regarding thepresence of the target pathogen(s). These are sent out to participating laboratories that analyze them usingtheir own methods, equipment and reagents, and send results back to the Organizer(s). The Organizer(s)analyzes the results and provides a report detailing all participants’ results in confidential manner togetherwith actual sample status.The current proficiency test aimed to evaluate the performance (efficiency and accuracy) of laboratoriesinvolved in the diagnosis of Xylella fastidiosa by using molecular and serological methods. Thisinterlaboratory comparison is part of the research activities on the implementation of surveillance andmonitoring program for X. fastidiosa, within the framework of the following ongoing European projects: - Euphresco project (2015-F-146) “Harmonized protocol for monitoring and detection of Xylellafastidiosa in its host plants and its vectors” - H2020 “POnTE – Pest Organisms Threatening Europe (635646)” - H2020 “XF-ACTORS - Xylella fastidiosa Active Containment Through a multidisciplinary-Oriented Research Strategy (727987)”.&nbsp

Ce numéro comprend les articles correspondant aux présentations du Colloque Casdar 2018.; Bacterial canker of kiwifruit, Pseudomonas syringae pv. actinidiae, has caused severe damages inFrance since 2010 and has spread throughout nearly all the kiwifruit production areas. A 3-yearresearch project began in 2012, fruit of cooperation between one institute (Ctifl), two researchlaboratories (ANSES, INRA), and three regional partners (Sefra, Invenio and Fredon Aquitaine).Partners were able to acquire knowledge on the development and the behavior of this bacterium as wellas to develop a series of tests (an official detection method, pathogenicity tests, a varietal susceptibilitytest) and to assess different control strategies.; La bactériose du kiwi, Pseudomonas syringae pv. actinidiae, sévit depuis 2010 en France et concernemaintenant la quasi-totalité des aires de production. Un programme de recherche a vu le jour en 2012pour 3 années, fruit d’un partenariat entre un institut (Ctifl), deux laboratoires (Anses, Inra) et troiscollaborateurs régionaux (Sefra, Invenio, Fredon Aquitaine). Il a permis aux partenaires i) d’acquérir desconnaissances quant au développement et au comportement de cette bactérie ; ii) de mettre au pointun certain nombre de test (méthode officielle de détection, tests de pathogénicité, test de sensibilitévariétale) ; et iii) d’évaluer différentes stratégies de protection. Beaucoup de données et d’informationsont ainsi été générées, et sont maintenant disponibles pour les producteurs.

National audience

La bactériose du kiwi, Pseudomonas syringae pv. actinidiae, sévit depuis 2010 en France et concerne maintenant la quasi-totalité des aires de production. Un programme de recherche a vu le jour en 2012 pour 3 années, fruit d’un partenariat entre un institut (Ctifl), deux laboratoires (Anses, Inra) et trois collaborateurs régionaux (Sefra, Invenio, Fredon Aquitaine). Il a permis aux partenaires i) d’acquérir des connaissances quant au développement et au comportement de cette bactérie ; ii) de mettre au point un certain nombre de test (méthode officielle de détection, tests de pathogénicité, test de sensibilité variétale) ; et iii) d’évaluer différentes stratégies de protection. Beaucoup de données et d’informations ont ainsi été générées, et sont maintenant disponibles pour les producteurs., Bacterial canker of kiwifruit, Pseudomonas syringae pv. actinidiae, has caused severe damages in France since 2010 and has spread throughout nearly all the kiwifruit production areas. A 3-year research project began in 2012, fruit of cooperation between one institute (Ctifl), two research laboratories (ANSES, INRA), and three regional partners (Sefra, Invenio and Fredon Aquitaine). Partners were able to acquire knowledge on the development and the behavior of this bacterium as well as to develop a series of tests (an official detection method, pathogenicity tests, a varietal susceptibility test) and to assess different control strategies.

International audience; In conjunction with the emergence of Xylella fastidiosa (Xf) in Europe, several interceptions of coffee plants contaminated with Xf occurred in France. Different XF subspecies and sequence-types (ST) were identified: fastidiosa (ST75), sandyi (ST72 and ST76) and pauca (ST53 and ST74). Since the discovery of a focus of Polygala myrtifolia (Pm) in natural settings in 2015 in Corsica and the French Riviera, this pathogen has been detected on thirty plant species with a validated method based on real time PCR (Harper et al, 2010) associated with a DNA extraction kit (BioNobile). Characterization of isolates directly on plants, or for strains isolated on modified PWG medium is performed according to multilocus sequence typing (MLST) (http://ubmlst.org/xfastidiosa/). Following EPPO protocol PM 7/24, isolates were mostly allocated to sequence types ST6 and ST7 (subspecies multiplex). Mixed infection by ST6 and ST7 was demonstrated by isolation of both strains from one Pm. Modifications to a proposed amplification protocol revealed infections linked to the subspecies pauca, sandyi, one recombinant and some mixed infections. The EPPO protocol MLST confirmed identification of four Pm contaminated with subsp pauca but not the identification of other contaminants. These contaminations were not observed again in the immediate environment after plant eradication. Subspecies assignation directly from plant material is not always successfully linked to PCR inhibitors depending of host plants. This study confirms the diversity of subspecies of Xf in France, but the subspecies multiplex was found to greatly predominate..

International audience; The xylem-limited bacterium Xylella fastidiosa is the causal agent of diseases on a large host range of plants. It has been observed in Americas since the XIXth century causing notably Pierceís disease of grape (Vitis vinifera) in North America, citrus variegated chlorosis on orange tree (Citrus sinensis) in South America and diseases on fruit trees (Prunus dulcis, P. domestica, P. persica, etc.), ornamentals (Coffea spp., Nerium oleander, Platanus occidentalis, etc.) and forest trees (Quercus spp., Ulmus spp., etc.). X. fastidiosa is a quarantine pest for the European Union and as such is listed on the directive 2000/29/EC and the introduction of many plants into the European Union is regulated. A risk of introduction is still pending due to the high number of non-regulated plant hosts which are imported from contaminated areas and to the presence of asymptomatic contaminated plants.

La production de tomate est sérieusement menacée depuis quelques années dans les départements français d'Amérique (Guadeloupe, Martinique et Guyane), et plus récemment à la Réunion, par des maladies à bégomovirus transmises par l'aleurode Bemisia tabaci. Dans les départements français d'Amérique, des bégomovirus à génome bipartite ont été identifiés. À la Réunion, le Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) est seul responsable des dépérissements pour l'instant (article à suivre). Des études moléculaires ont permis d'identifier le Potato yellow mosaic virus (PYMV) en Guadeloupe et Martinique, et devraient permettre de caractériser les bégomovirus isolés en Guyane. Diverses stratégies de lutte ont été mises en place par les organismes de recherche, de contrôle et de développement des départements d'Outre-Mer (DOM). Dans les départements français d'Amérique, la vulgarisation des règles de prophylaxie est en cours mais leur application est techniquement difficile; il y a des essais d'efficacité de produits chimiques pour lutter contre le vecteur ; la demande de lutte génétique par variétés résistantes est très forte. La recherche de nouvelles sources de résistance plus efficaces ainsi que l'identification des stratégies de lutte intégrée les plus adaptées aux conditions locales restent l'enjeu des projets à venir, en collaboration inter-DOM, mais également à travers des coopérations régionales.

La Tristeza des Agrumes, occasionnée par le CTV, Citrus Tristeza Virus, provoque une des maladies de dégénérescence les plus destructrices des agrumes. Parmi les espèces potentiellement hôtes du virus (Rutacées et Passifloracées), les Citrus représentent le réservoir principal de l'agent pathogène. Transmis par l'homme (outils de greffage, de taille) ou par puceron, en particulier le puceron brun des agrumes, Toxoptera citricida Kirkaldy, le virus peut se propager très rapidement dans un verger ou une zone géographique pour atteindre une contamination maximale. A ce jour, quasiment toutes les îles de la Caraïbe signalent la présence du CTV et du puceron brun des agrumes. Suite à la mise en évidence définitive de la présence du virus de la Tristeza des agrumes en Martinique en 1996, il s'avérait nécessaire de connaître l'ampleur de l'infestation de l'île. Pour cela, dès 1998, une campagne de détection du virus a été mise en place en Martinique par le CIRAD-FLHOR (Centre de coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - productions Fruitières, Légumières et Horticoles) en collaboration avec le SPV (Service de Protection des Végétaux) et la FDGDEC (Fédération Départementale des Groupements de Défense contre les Ennemis des Cultures). Par la suite, ces trois organismes ont mené une étude épidémiologique de la Tristeza des agrumes afin d'évaluer le développement de cette maladie dans le contexte martiniquais.

Résultats d'une enquête menée en 1998 par le CIRAD-FLHOR, le SPV et la FDGDEC sur 3 % des arbres de la Martinique. Le taux de contamination global est de 21 %. La région Sud Caraïbe est la plus touchée. Il est difficile d'observer une tendance quant à l'effet de l'âge des arbres sur le taux de contamination. Les agrumes les plus sensibles sont les limes, et parmi elles la lime mexicaine (ou antillaise), le citron et le combava. Il ne semble pas y avoir d'effet significatif de la nature du plant (greffé, marcotte, semis) sur le taux de contamination par la tristeza. Les arbres greffés sur porte-greffe Citrange Carrizo sont plus atteints que ceux greffés sur Poncirus "Flying Dragon". Le porte-greffe Citrus Volkameriana parait intéressant pour limiter la contamination. Le parasite, bien que relativement répandu, ne semble pas avoir de graves conséquences sur la production

Les plantations d'agrumes dans la Caraïbe, l'Amérique centrale et le Mexique sont soumises à de nombreuses maladies ou ravageurs dont la tristeza . La tristeza des agrumes est causée par un closter -virus (Citrus tristeza virus ou CTV ) et est la plus importante virose des agrumes dans le monde. Le vecteur le plus important du CTV est le puceron brun des agrumes. La dispersion récente de ce puceron dans l'ensemble des pays de la zone Caraïbe représente une sérieuse menace pour environ 185 millions d'arbres greffés sur bigaradier, porte-greffe sensible à la tristeza . Cet article se propose, après une information sur la maladie, de décrire les travaux qui ont permis d'identifier la virose et de chiffrer le pourcentage d'infestation des vergers en Martinique

La culture des agrumes dans la Caraïbe, l'Amérique centrale et le Mexique couvre plus de 1,1 million d'hectares. Ces plantations sont soumises à de nombreuses maladies dont la tristeza, causée par un closterovirus et transmise par un puceron. La Martinique, longtemps indemne de la maladie et de son vecteur, devrait faire l'objet d'une attention particulière de la part des organismes de recherche. Les derniers travaux effectués en 1997 ont permis d'identifier la virose et de chiffrer le pourcentage d'infestation des vergers martiniquais; celui-ci dépassant les 20%. Les perspectives de lutte contre cette virose sont énoncées en fonction de la sévérité de la souche

A la Martinique, comme à la Guadeloupe, Alpinia purpurata est victime d'un dépérissement de type jaunisse nécrosante. Pendant cette mission plusieurs plantations, situées dans différentes zones "climato-écologi ques" et cultivées de différentes manières ont été prospectées. Les résultats de ces visites et des tests réalisés en laboratoire ont montré qu'il n'y a probablement pas "un" dépérissement de l'alpinia à la Martinique, mais différentes causes de mortalité possibles

Le Virus Tristeza des agrumes (CTV) a été détecté pour la première fois à la Martinique en juillet 1996. Le CIRAD-FLHOR, le service de Protection des Végétaux (SPV) et la FDGDEC ont mis leurs moyens en commun pour effectuer une enquête la plus large possible sur l'état de diffusion de la Tristeza dans les vergers d'agrumes de l'île. Cette prospection devrait permettre de donner une image globale de l'extension de la maladie et ensuite de suivre son épidémiologie. L'enquête a débuté en janvier 1997 et se poursuit actuellement. On prévoit d'échantillonner environ 4000 arbres. La méthode de détection, utilisée sur les échantillons, a été celle de l'immuno-empreinte, assortie d'une enquête sur la variété, l'origine des plants, leur âge et de divers renseignements agronomiques. En fin février les surfaces prospectées représenteraient environ 142 ha sur lesquels ont été prélevés 854 échantillons soit 3% des arbres. La révélation des empreintes a montré que 25% des échantillons étaient positifs. Géographiquement la répartition est très inégale sur l'île. Les vergers les plus atteints ont 100% des arbres infectés. En conclusion, la Martinique longtemps restée indemne de CTV doit dorénavant adapter sa stratégie agrumicole et en particulier ses multiplications de matériel végétal à la présence de cette maladie.