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58 results on '"Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP)"'

1. The reliable, automatic classification of neonates in first-tier maldi-ms screening for sickle cell disease

Author: Marven El Osta, Olivier Grunewald, Pierre Naubourg, Gilles Renom, Patrick Ducoroy, Jean Marc Perini, CHU Lille, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] [CLIPP], Lille Neurosciences & Cognition - U 1172 [LilNCog], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] [CHRU Lille], Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lille Neurosciences & Cognition - U 1172 (LilNCog), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), and Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)
Subjects: 0301 basic medicine, Decision support system, Maldi ms, Computer science, Sample (statistics), Disease, automatic classification, computer.software_genre, Article, MALDI-MS, high-throughput SCD screening, beta-thalassemia, 03 medical and health sciences, Software, Immunology and Microbiology (miscellaneous), [INFO.INFO-AU]Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, [SDV.MHEP.PED]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pediatrics, 030102 biochemistry & molecular biology, business.industry, software, lcsh:RJ1-570, Obstetrics and Gynecology, lcsh:Pediatrics, [SDV.MHEP.HEM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hematology, Management information systems, 030104 developmental biology, Sample classification, Pediatrics, Perinatology and Child Health, β-thalassemia, sickle cell disease, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Data mining, Laboratory Information Management System (LIMS), Abnormal results, business, computer
Abstract: Previous research has shown that a MALDI-MS technique can be used to screen for sickle cell disease (SCD), and that a system combining automated sample preparation, MALDI-MS analysis and classification software is a relevant approach for first-line, high-throughput SCD screening. In order to achieve a high-throughput &ldquo, plug and play&rdquo, approach while detecting &ldquo, non-standard&rdquo, profiles that might prompt the misclassification of a sample, we have incorporated various sets of alerts into the decision support software. These included &ldquo, biological alert&rdquo, indicators of a newborn&rsquo, s clinical status (e. g., detecting samples with no or low HbA), and &ldquo, technical alerts&rdquo, indicators for the most common non-standard profiles, i.e., those which might otherwise lead to sample misclassification. We evaluated these alerts by applying them to two datasets (produced by different laboratories). Despite the random generation of abnormal spectra by one-off technical faults or due to the nature and quality of the samples, the use of alerts fully secured the process of automatic sample classification. Firstly, cases of &beta, thalassemia were detected. Secondly, after a visual check on the tagged profiles and reanalysis of the corresponding biological samples, all the samples were correctly reclassified without prompting further alerts. All of the samples for which the results were not tagged were well classified (i.e., sensitivity and specificity = 1). The alerts were mainly designed for detecting false-negative classifications, all the FAS samples misclassified by the software as FA (a false negative) were marked with an alert. The implementation of alerts in the NeoScreening&reg, Laboratory Information Management System&rsquo, s decision support software opens up perspectives for the safe, reliable, automated classification of samples, with a visual check solely on abnormal results or samples. It should now be possible to evaluate the combination of the NeoSickle&reg, analytical solution and the NeoScreening&reg, Laboratory Information Management System in a real-life, prospective study of first-line SCD screening.
Published: 2019
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2. Specific enrichment of 2-arachidonoyl-lysophosphatidylcholine in carotid atheroma plaque from type 2 diabetic patients

Author: Damien Denimal, Anne Athias, Nicolas Abello, David Masson, Laurent Lagrost, Jean-Michel Petit, Jean Paul Pais de Barros, Laurent Martin, Benjamin Kretz, Caroline Truntzer, Louise Ménégaut, Patrick Ducoroy, Eric Steinmetz, Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Lipidomique [Dijon] (LAP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), CH Colmar, Centre de ressources biologiques Ferdinand Cabanne [Dijon] (CRB Ferdinand Cabanne), CHU de Dijon (projet CALISCA), ANR-11-LABX-0021,Lipstic,Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du(2011), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plateforme Lipidomique [Dijon] ( LAP ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ) -IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Centre de ressources biologiques Ferdinand Cabanne [Dijon] ( CRB Ferdinand Cabanne ), and ANR-11-LABX-0021/11-LABX-0021,Lipstic,Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du ( 2011 )
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Endothelial lipase, Pathology, medicine.medical_treatment, Coronary Artery Disease, Carotid endarterectomy, 030204 cardiovascular system & hematology, Cohort Studies, Coronary artery disease, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Endarterectomy, Carotid, Lysophosphatidylcholine, Diabetes, Middle Aged, [ SDV.MHEP.CSC ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Prognosis, Lipids, Plaque, Atherosclerotic, 3. Good health, Stroke, Cholesterol, Arachidonic acid, Cholesteryl ester, Female, lipids (amino acids, peptides, and proteins), Cardiology and Cardiovascular Medicine, medicine.medical_specialty, Context (language use), Biology, 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Diabetes mellitus, Internal medicine, medicine, Humans, Aged, Lysophosphatidylcholines, Lipase, Atherosclerosis, medicine.disease, 030104 developmental biology, Atheroma, Endocrinology, Diabetes Mellitus, Type 2, chemistry, Multivariate Analysis, Eicosanoids
Abstract: IF 3.942; International audience; Background and aims: Diabetic patients are at high risk of stroke and coronary artery disease. Recent data suggest that arachidonic acid metabolism is altered in diabetic conditions and that these alterations contribute to accelerated atherosclerosis. Little is known about how these alterations affect the metabolism and the proportions of different lipid species within the atherosclerotic plaque. The aim of our study was to perform a targeted lipidomic analysis of human atherosclerotic lesions, with a specific focus on PUFA-containing lipid species, to reveal differences in the fatty-acid composition of plaque in diabetic patients compared with non-diabetic controls.Methods: Carotid atheroma plaque samples were obtained from 31 diabetic and 48 non-diabetic patients undergoing carotid endarterectomy. Targeted lipidomic analysis was then performed to determine the fatty acid composition of major glycerophospholipids and cholesteryl ester species by liquid chromatography-tandem mass spectrometry.Results: Atheroma plaques from diabetic patients were significantly enriched with 2-arachidonoyl-lysophosphatidylcholine (2-AA-LPC) (2.3 +/- 0.8% Vs. 1.8 +/- 0.6% p = 0.0002). Multivariable logistic regression showed that an increased 2-AA-LPC level was independently associated with diabetes. Finally, a positive relationship was found between 2-AA-LPC and HbA1c levels. Interestingly, endothelial lipase and calcium independent PLA2 gamma which could account for the production of 2-AA-LPC were detected in carotid plaques by immunohistochemistry.Conclusions: 2-AA-LPC stands at the crossroads of major metabolic pathways that lead to the synthesis of bioactive molecules such as AA-derived eicosanoids, 2-AA-lysophosphatidic acid and 2-AA-glycerol. 2-AA-LPC therefore appears to be a promising molecule to investigate in the context of diabetes. (C) 2016 Elsevier Ireland Ltd. All rights reserved.
Published: 2016
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3. A Multicentre Pilot Study of a Two-Tier Newborn Sickle Cell Disease Screening Procedure with a First Tier Based on a Fully Automated MALDI-TOF MS Platform

Author: Patrick Ducoroy, Marven El Osta, Jean-Marc Périni, Gilles Renom, David Rageot, Pierre Naubourg, Olivier Grunewald, CHU Lille, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] [CLIPP], Plateforme Lipidomique [Dijon] [LAP], Lille Neurosciences & Cognition - U 1172 [LilNCog], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] [CHRU Lille], Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: MALDI-TOF, Pediatrics, medicine.medical_specialty, thalassemia, [SDV]Life Sciences [q-bio], Sample (statistics), 01 natural sciences, Article, 03 medical and health sciences, Immunology and Microbiology (miscellaneous), prevention, medicine, Disease Screening Procedure, 030304 developmental biology, mass spectrometry, 0303 health sciences, Newborn screening, business.industry, sickle cell disease, newborn screening, 010401 analytical chemistry, lcsh:RJ1-570, Obstetrics and Gynecology, Data interpretation, lcsh:Pediatrics, 0104 chemical sciences, Matrix-assisted laser desorption/ionization, Fully automated, Sickle haemoglobin, Pediatrics, Perinatology and Child Health, Sample collection, business
Abstract: The reference methods used for sickle cell disease (SCD) screening usually include two analytical steps: a first tier for differentiating haemoglobin S (HbS) heterozygotes, HbS homozygotes and β-thalassemia from other samples, and a confirmatory second tier. Here, we evaluated a first-tier approach based on a fully automated matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) platform with automated sample processing, a laboratory information management system and NeoSickle® software for automatic data interpretation. A total of 6701 samples (with high proportions of phenotypes homozygous (FS) or heterozygous (FAS) for the inherited genes for sickle haemoglobin and samples from premature newborns) were screened. The NeoSickle® software correctly classified 98.8% of the samples. This specific blood sample collection was enriched in qualified difficult samples (premature newborns, FAS samples, late and very late samples, etc.). In this study, the sensitivity of FS sample detection was found to be 100% on the Lille MS facility and 99% on the Dijon MS facility, and the specificity of FS sample detection was found to be 100% on both MS facilities. The MALDI-MS platform appears to be a robust solution for first-tier use to detect the HbS variant: it is reproducible and sensitive, it has the power to analyze 600–1000 samples per day and it can reduce the unit cost of testing thanks to maximal automation, minimal intervention by the medical team and good overall practicability. The MALDI-MS approach meets today’s criteria for the large-scale, cost-effective screening of newborns, children and adults.
Published: 2019
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4. Immune classifications with cytotoxic CD8+ and Th17 infiltrates are predictors of clinical prognosis in glioblastoma

Author: Julie Vincent, Walid Farah, Emeric Limagne, Valentin Derangère, François Ghiringhelli, Aurélie Bertaut, Coureche Kaderbhai, Caroline Truntzer, Marie Hélene Aubriot-Lorton, Romain Boidot, Rachid Madkouri, Sylvain Ladoire, Service de neurochirurgie [CHU de Dijon], Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Département d'oncologie médicale [Centre Georges-François Leclerc], Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER, Épidémiologie / biostatistiques - Département d’Information Médicale (DIM), CGFL, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Pathologie [CHU de Dijon], Plateforme de transfert en biologie cancérologique [Dijon], Centre d'épidémiologie des populations (CEP), Université de Bourgogne (UB)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Université de Bourgogne (UB)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d'épidémiologie des populations ( CEP ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] ( LNC ), and Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
Subjects: 0301 basic medicine, Oncology, medicine.medical_specialty, Angiogenesis, Immunology, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, chemical and pharmacologic phenomena, CD8+ T cells, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immune system, Internal medicine, medicine, Immunology and Allergy, Cytotoxic T cell, RC254-282, Th17 T cells, business.industry, glioblastoma, Neoplasms. Tumors. Oncology. Including cancer and carcinogens, FOXP3, RC581-607, immune infiltrate, 3. Good health, 030104 developmental biology, 030220 oncology & carcinogenesis, Cohort, Immunohistochemistry, Immunologic diseases. Allergy, business, CD163, CD8
Abstract: IF 7.719; International audience; Background: Interest is growing on immune cells involvement in central nervous system tumors such as glioblastoma. Even if a few reports highlighted that immune classifications could have a prognostic value, no paradigm has been clearly yet established on large and homogeneous cohorts. The aim of our study was to analyze the prognostic role of the in situ immune response of cytotoxic T cells (i.e., CD8(+)), Foxp3 cells, Th17 and tumor-associated macrophages in glioblastoma on two independent large and homogeneous cohorts.Methods: We worked on two large homogenous cohorts of patients having glioblastoma who underwent standard radiochemotherapy. The first cohort of 186 patients was analyzed using IHC procedures (CD8(+), IL-17A, FoxP3 and CD163) of surgery pieces. We next worked with transcriptomic data available online and used metagene strategy analysis for the second cohort of 525 patients.Results: Cytotoxic CD8(+) lymphocytes and Foxp3 cells were associated with a good prognosis, while Th17 were associated with a poor clinical outcome. These data were confirmed with transcriptomic analysis. Moreover, we showed for the first time a strong link between angiogenesis and Th17 metagenes expressions in glioblastoma.Conclusions: Our study shows that glioblastoma bearing patients can be classified on the immune infiltrate aspects. Beyond this prognostic role of immune biomarkers, subsequent classifications could definitely help clinicians to handle targeted therapy administration and immunotherapeutic interventions.
Published: 2017
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5. Cholesterol metabolism and glaucoma: Modulation of Muller cell membrane organization by 24S-hydroxycholesterol

Author: Ségolène Gambert, Elodie Masson, Arthur Vannier, Géraldine Lucchi, Arthur Ferrerro, Delphine Pecqueur, Clément Gendrault, Laurent Leclere, Méline Lachot, Lucy Martine, Stéphane Grégoire, Caroline Truntzer, Alain M. Bron, Elise Léger-Charnay, Pierre-Henry Gabrielle, Catherine Creuzot-Garcher, Lionel Bretillon, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Ophtalmologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), OEil, nutrition et signalisation cellulaire [CSGA], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Cell, Ependymoglial Cells, Biochemistry, Retinal ganglion, Cell membrane, 24S-hydroxycholesterol, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Muller cells, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine, Animals, Rats, Long-Evans, Molecular Biology, Lipid raft, Cells, Cultured, Retina, Raft microdomain, Organic Chemistry, Cell Membrane, Retinal, Glaucoma, Cell Biology, Hydroxycholesterols, Cell biology, Rats, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Cholesterol, chemistry, Gliosis, lipids (amino acids, peptides, and proteins), sense organs, medicine.symptom, Sphingomyelin, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Glaucoma is a progressive and irreversible blinding neuropathy that is characterized by the loss of retinal ganglion cells (RGCs). Muller Glial Cell (MGC) activation is induced in retinal gliosis. MGCs are the most numerous glial cells in the retina and one of their roles is to sustain cholesterol homeostasis. 24S-hydroxycholesterol (24S-OHC) is one of the form of cholesterol elimination from the retina and is overexpressed during glaucoma. The objective of this study was to determine whether 24S-OHC triggers MGC membrane dynamics involving lipid rafts and contributes to gliosis at early and late time points. A proteomic analysis was carried out by nanoLC-MS/MS in raft and non-raft fractions from MGCs after treatment with 24S-OHC (10μM). The expression of structural and functional proteins was further analyzed by Western-blotting, as well as the levels of GM3 ganglioside by LC-MS. Cholesterol, sphingomyelin, saturated fatty acids and ganglioside GM3 are enriched in the rafts fractions in MGCs. Caveolin-1, flotillin-1, connexin-30 and -43 are localized in the MGCs rafts. Proteins implicated in adhesion or oxidative stress pathways in raft fractions were up and down-regulated by the treatment. Our data showed that 24S-OHC induced early changes in protein distribution in raft microdomains; however, further studies are needed to better characterize the surrounded mechanisms.
Published: 2017
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6. Serum Gp96 is a chaperone of complement-C3 during graft-versus-host disease

Author: Seignez, Antoine, Joly, Anne-Laure, Chaumonnot, Killian, Hazoumé, Adonis, Sanka, Michel, Marcion, Guillaume, Boudesco, Christophe, Hammann, Arlette, Seigneuric, Renaud, Jégo, Gaetan, Ducoroy, Patrick, Delarue, Patrice, Senet, Patrick, Castilla-Llorente, Cristina, Solary, Eric, Durey, Marie-Agnès, Rubio, Marie-Thérèse, Hermine, Olivier, Kohli, Evelyne, Garrido, Carmen, Laboratoire d'Excellence : Lipoprotéines et Santé : prévention et Traitement des maladies Inflammatoires et du Cancer (LabEx LipSTIC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École pratique des hautes études (EPHE)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] (EFS [Bourgogne-France-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université de Montpellier (UM), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne [Dijon] (LICB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Gustave Roussy (IGR), Hématopoïèse normale et pathologique, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Service d'Immunologie Clinique, Hôpital Européen Georges Pompidou, Paris, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service d'hématologie clinique et de thérapie cellulaire [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Cytokines, hématopoïèse et réponse immune (CHRI), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL), Laboratoire d'Excellence : Lipoprotéines et Santé : prévention et Traitement des maladies Inflammatoires et du Cancer ( LabEx LipSTIC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ) -Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] ( EFS [Bourgogne-France-Comté] ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) ( FEMTO-ST ), Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne [Dijon] ( LICB ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Gustave Roussy ( IGR ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Centre de Recherche Saint-Antoine ( CR Saint-Antoine ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Cytokines, hématopoïèse et réponse immune ( CHRI ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-Université de Montpellier (UM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS BFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne (ICB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Saint-Antoine (UMRS893), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École pratique des hautes études (EPHE), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-Université de Montpellier (UM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Montpellier (UM), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Service d'Hématologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Ingénierie Moléculaire et Physiopathologie Articulaire (IMoPA), and Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Adult, Inhibitor, Adolescent, Cell Transplantation, Shock-Protein Gp96, Graft vs Host Disease, Mice, Young Adult, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Animals, Humans, Gata-1, Erythropoiesis, Complement Activation, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Component C3, Membrane Glycoproteins, Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Complement C3, Middle Aged, Differentiation, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Therapy, Glycoprotein 96, In-Vivo, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Research Article, Molecular Chaperones
Abstract: International audience; Better identification of severe acute graft-versus-host disease (GvHD) may improve the outcome of this life-threatening complication of allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. GvHD induces tissue damage and the release of damage-associated molecular pattern (DAMP) molecules. Here, we analyzed GvHD patients (n = 39) to show that serum heat shock protein glycoprotein 96 (Gp96) could be such a DAMP molecule. We demonstrate that serum Gp96 increases in gastrointestinal GvHD patients and its level correlates with disease severity. An increase in Gp96 serum level was also observed in a mouse model of acute GvHD. This model was used to identify complement C3 as a main partner of Gp96 in the serum. Our biolayer interferometry, yeast two-hybrid and in silico modeling data allowed us to determine that Gp96 binds to a complement C3 fragment encompassing amino acids 749-954, a functional complement C3 hot spot important for binding of different regulators. Accordingly, in vitro experiments with purified proteins demonstrate that Gp96 downregulates several complement C3 functions. Finally, experimental induction of GvHD in complement C3-deficient mice confirms the link between Gp96 and complement C3 in the serum and with the severity of the disease.
Published: 2017
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7. Symplekin, a polyadenylation factor, prevents MOZ and MLL activity on HOXA9 in hematopoietic cells

Author: Patrick Ducoroy, Géraldine Lucchi, Romain Aucagne, Anne Largeot, Laurent Delva, Jean-Noël Bastie, Jérôme Paggetti, Julien Broséus, Romain Z. Martin, Brice Lagrange, Ronan Quéré, Jean Berthelet, Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Laboratory of Experimental Cancer Research [LIH], Luxembourg Institute of Health (LIH), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Hématologie Clinique (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), ANR-11-LABX-0021,Lipstic,Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du cancer(2011), UL, NGERE, Laboratoires d'excellence - Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du cancer - - Lipstic2011 - ANR-11-LABX-0021 - LABX - VALID, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), ANR-11-LABX-0021,Lipstic,Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du(2011), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Luxembourg Institute of Health ( LIH ), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux ( NGERE ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Lorraine ( UL ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), and ANR-11-LABX-0021/11-LABX-0021,Lipstic,Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du ( 2011 )
Subjects: MLL, Scaffold protein, Polyadenylation, Hematopoietic System, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cell Line, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, hemic and lymphatic diseases, Gene expression, Transcriptional regulation, Humans, RNA, Messenger, Promoter Regions, Genetic, Symplekin, HSF1, neoplasms, Molecular Biology, Histone Acetyltransferases, 030304 developmental biology, Homeodomain Proteins, mRNA Cleavage and Polyadenylation Factors, 0303 health sciences, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], biology, Nuclear Proteins, Histone-Lysine N-Methyltransferase, HOXA9, Transcription regulation, Cell Biology, Histone acetyltransferase, MOZ, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Protein Transport, RUNX1, chemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, Histone methyltransferase, Cancer research, biology.protein, Myeloid-Lymphoid Leukemia Protein, Protein Binding
Abstract: International audience; MOZ and MLL encoding a histone acetyltransferase and a histone methyltransferase, respectively, are targets for recurrent chromosomal translocations found in acute myeloblastic or lymphoblastic leukemia. We have previously shown that MOZ and MLL cooperate to activate HOXA9 gene expression in hematopoietic stem/progenitors cells. To dissect the mechanism of action of this complex, we decided to identify new proteins interacting with MOZ. We found that the scaffold protein Symplekin that supports the assembly of polyadenylation machinery was identified by mass spectrometry. Symplekin interacts and co-localizes with both MOZ and MLL in immature hematopoietic cells. Its inhibition leads to a decrease of the HOXA9 protein level but not of Hoxa9 mRNA and to an over-recruitment of MOZ and MLL onto the HOXA9 promoter. Altogether, our results highlight the role of Symplekin in transcription repression involving a regulatory network between MOZ, MLL and Symplekin.
Published: 2013
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8. Influence of a Thiolate Chemical Layer on GaAs (100) Biofunctionalization: An Original Approach Coupling Atomic Force Microscopy and Mass Spectrometry Methods

Author: Maxime-Jean Chaudon, Delphine Pecqueur, Nicolas Gremaud, Thérèse Leblois, Céline Elie-Caille, Alex Bienaime, Patrick Ducoroy, Marven El Osta, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), and Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: self-assembled thiolate monolayers, Materials science, Analytical chemistry, proteins grafting, 02 engineering and technology, 010402 general chemistry, Mass spectrometry, lcsh:Technology, 01 natural sciences, Article, Gallium arsenide, GaAs, AFM, MALDI-TOF MS, chemistry.chemical_compound, Monolayer, Molecule, Microelectronics, General Materials Science, [SPI.NANO]Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, lcsh:Microscopy, lcsh:QC120-168.85, lcsh:QH201-278.5, lcsh:T, business.industry, 021001 nanoscience & nanotechnology, 0104 chemical sciences, Matrix-assisted laser desorption/ionization, chemistry, Chemical engineering, lcsh:TA1-2040, Docking (molecular), lcsh:Descriptive and experimental mechanics, [ SPI.NANO ] Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, lcsh:Electrical engineering. Electronics. Nuclear engineering, lcsh:Engineering (General). Civil engineering (General), 0210 nano-technology, business, lcsh:TK1-9971, Biosensor
Abstract: International audience; Widely used in microelectronics and optoelectronics; Gallium Arsenide (GaAs) is a III-V crystal with several interesting properties for microsystem and biosensor applications. Among these; its piezoelectric properties and the ability to directly biofunctionalize the bare surface, offer an opportunity to combine a highly sensitive transducer with a specific bio-interface; which are the two essential parts of a biosensor. To optimize the biorecognition part; it is necessary to control protein coverage and the binding affinity of the protein layer on the GaAs surface. In this paper; we investigate the potential of a specific chemical interface composed of thiolate molecules with different chain lengths; possessing hydroxyl (MUDO; for 11-mercapto-1-undecanol (HS(CH2)11OH)) or carboxyl (MHDA; for mercaptohexadecanoic acid (HS(CH2)15CO2H)) end groups; to reconstitute a dense and homogeneous albumin (Rat Serum Albumin; RSA) protein layer on the GaAs (100) surface. The protein monolayer formation and the covalent binding existing between RSA proteins and carboxyl end groups were characterized by atomic force microscopy (AFM) analysis. Characterization in terms of topography; protein layer thickness and stability lead us to propose the 10% MHDA/MUDO interface as the optimal chemical layer to efficiently graft proteins. This analysis was coupled with in situ MALDI-TOF mass spectrometry measurements; which proved the presence of a dense and uniform grafted protein layer on the 10% MHDA/MUDO interface. We show in this study that a critical number of carboxylic docking sites (10%) is required to obtain homogeneous and dense protein coverage on GaAs. Such a protein bio-interface is of fundamental importance to ensure a highly specific and sensitive biosensor.
Published: 2013
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9. Bayesian inference for biomarker discovery in proteomics: an analytic solution

Author: Patrick Ducoroy, Bruno Lacroix, Laurent Gerfault, Melita Hadzagic, Pascal Roy, Jean-Philippe Charrier, Pierre Grangeat, Audrey Giremus, Jean-François Giovannelli, Noura Dridi, Caroline Truntzer, Laboratoire de l'intégration, du matériau au système ( IMS ), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Recherche Technologique, bioMerieux SA, BIOMERIEUX, Laboratoire d'Electronique et des Technologies de l'Information ( CEA-LETI ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Grenoble Alpes [Saint Martin d'Hères], Biomérieux Lyon, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de l'intégration, du matériau au système (IMS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Biostatistiques santé, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Service de Biostatistiques [Lyon], Hospices Civils de Lyon (HCL), and Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Proteomics, Optimal decision, Variable selection, Computer science, Posterior probability, Bayesian probability, Feature selection, Bayesian inference, Machine learning, computer.software_genre, Model selection, 01 natural sciences, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 010104 statistics & probability, 03 medical and health sciences, Lasso (statistics), [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], 0101 mathematics, Biomarker discovery, Evidence, Covariance matrix, business.industry, Research, Bayesian approach, Biomarker, Computer Science Applications, Computational Mathematics, 030104 developmental biology, [ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Artificial intelligence, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business, computer, Algorithm, Hierarchical model
Abstract: International audience; This paper addresses the question of biomarker discovery in proteomics. Given clinical data regarding a list of proteins for a set of individuals, the tackled problem is to extract a short subset of proteins the concentrations of which are an indicator of the biological status (healthy or pathological). In this paper, it is formulated as a specific instance of variable selection. The originality is that the proteins are not investigated one after the other but the best partition between discriminant and non-discriminant proteins is directly sought. In this way, correlations between the proteins are intrinsically taken into account in the decision. The developed strategy is derived in a Bayesian setting, and the decision is optimal in the sense that it minimizes a global mean error. It is finally based on the posterior probabilities of the partitions. The main difficulty is to calculate these probabilities since they are based on the so-called evidence that require marginalization of all the unknown model parameters. Two models are presented that relate the status to the protein concentrations, depending whether the latter are biomarkers or not. The first model accounts for biological variabilities by assuming that the concentrations are Gaussian distributed with a mean and a covariance matrix that depend on the status only for the biomarkers. The second one is an extension that also takes into account the technical variabilities that may significantly impact the observed concentrations. The main contributions of the paper are: (1) a new Bayesian formulation of the biomarker selection problem, (2) the closed-form expression of the posterior probabilities in the noiseless case, and (3) a suitable approximated solution in the noisy case. The methods are numerically assessed and compared to the state-of-the-art methods (t test, LASSO, Battacharyya distance, FOHSIC) on synthetic and real data from proteins quantified in human serum by mass spectrometry in selected reaction monitoring mode.
Published: 2017
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10. Associations between food consumption patterns and saliva composition: Specificities of eating difficulties children

Author: Gilles Feron, Martine Morzel, Florian Nicod, Caroline Truntzer, Géraldine Lucchi, Hélène Brignot, Patrick Ducoroy, Eric Neyraud, Cécile Canlet, Sophie Nicklaus, Ségolène Gaillard, Noël Peretti, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, CIC 1407, Hospices Civils de Lyon ( HCL ), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition ( CarMeN ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Hospices Civils de Lyon (HCL), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Saliva, [SDV]Life Sciences [q-bio], carbonic anhydrase, Behavioral Neuroscience, Tandem Mass Spectrometry, alimentation de l'enfant, Surveys and Questionnaires, human feeding, Amylase, Food science, Child, protéome, Carbonic Anhydrases, 2. Zero hunger, biology, comportement alimentaire, Haptoglobin, Food selectivity, salivation, Child, Preschool, food consumption, Female, alimentation humaine, consommation alimentaire, Experimental and Cognitive Psychology, food habits, Feeding and Eating Disorders, 03 medical and health sciences, Food Preferences, salivary biomarkers, composition de la salive, Multiple factor analysis, Humans, anhydrase carbonique, métabolome, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Nutritional epidemiology, Food Consumption Patterns, Feeding Behavior, dietary behavior, 030104 developmental biology, Saliva composition, proteome Metabolome Salivary biomarkers, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, biology.protein, Muramidase, Energy Intake, diet, sécrétion salivaire
Abstract: Identifying objective markers of dietwould be beneficial to research fields such as nutritional epidemiology. As a preliminary study on the validity of using saliva for this purpose, and in order to explore the relationship between saliva and diet, we focused on clearly contrasted groups of children: children with eating difficulties (ED) receiving at least 50% of their energy intake through artificial nutrition vs healthy controls (C). Saliva of ED and C children was analyzed by various methods (targeted biochemical analyses, 2-D electrophoresis coupled to MS, 1H NMR) and their diet was characterized using food frequency questionnaires, considering 148 food items grouped into 13 categories. Complete datasets were obtained for 16 ED and 16 C subjects (median age 4.7 y and 5.0 y, respectively) and the statistical link between salivary and dietary characteristics was studied by Multiple Factor Analysis (MFA). Overall, ED children showed as expected lower consumption frequency scores and higher food selectivity. The two groups of children differed in “diet/saliva” associations. Some distinctive salivary variables were common to both groups of children. For example, carbonic anhydrase 6 and the consumption frequency of biscuits & sweets and drinks were positively associated with the MFA axis 1 in C children, but oppositely associated in ED children. Specifically for ED children, abundant salivary proteins (cystatins, amylase, amylase fragments) and some metabolites (amino acids, galactose, lactate) correlated with axis 1, together with the consumption frequency of sauces & seasonings, bread & cereal products, ready-to-eat meals, fish, biscuits & sweets, drinks and potatoes. Specifically for C children, several proteins (serum albumin, haptoglobin, Igκ, apolipoprotein A-1, α-1 antitrypsin) correlated with axis 1, together with the consumption frequency of biscuits & sweets, milk & dairy products, drinks, fruit, meat and vegetables. This study demonstrates that the qualitative aspect of diet is linked to saliva composition, and that the associations between dietary consumption and salivary composition differ between groups of subjects with contrasted diets.
Published: 2017
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11. Blood baseline neutrophil count predicts bevacizumab efficacy in glioblastoma

Author: Valentin Derangère, Klaus Luc Mourier, François Ghiringhelli, Bruno Chauffert, Caroline Truntzer, Rachid Madkouri, Wahlid Farah, Julie Vincent, Aurélie Bertaut, Coureche Kaderbhai, Marie Hélene Aubriot-Lorton, Romain Boidot, Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service de neurochirurgie [CHU de Dijon], Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Centre hospitalier universitaire d'Amiens ( CHU Amiens-Picardie ), CHU Amiens-Picardie, Service de Pathologie [CHU de Dijon], Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0301 basic medicine, Oncology, Male, Vascular Endothelial Growth Factor A, genetic structures, Neutrophils, medicine.medical_treatment, Angiogenesis Inhibitors, Biomarkers, Pharmacological, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Leukocyte Count, 0302 clinical medicine, Antineoplastic Combined Chemotherapy Protocols, Granulocyte Colony-Stimulating Factor, Endothelial Growth-Factor, prognostic factor, Neoadjuvant therapy, Randomized Controlled Trials as Topic, Neovascularization, Pathologic, Brain Neoplasms, Colony-Stimulating Factor, Age Factors, Chemoradiotherapy, Middle Aged, Prognosis, Neoadjuvant Therapy, 3. Good health, Treatment Outcome, 030220 oncology & carcinogenesis, To-Lymphocyte Ratio, Absolute neutrophil count, Female, medicine.drug, medicine.medical_specialty, Bevacizumab, Malignant Glioma, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, bevacizumab, Disease-Free Survival, 03 medical and health sciences, Internal medicine, medicine, Humans, Pretreatment Neutrophil, Karnofsky Performance Status, Single-Agent Bevacizumab, Retrospective Studies, Newly-Diagnosed Glioblastoma, Recurrent Glioblastoma, business.industry, [ SDV.BC ] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Gene Expression Profiling, glioblastoma, Cancer, Retrospective cohort study, Lomustine, medicine.disease, Phase-Ii Trial, eye diseases, Surgery, Irinotecan, 030104 developmental biology, prognosistic factor, Brain-Tumors, sense organs, Clinical Research Paper, Neoplasm Recurrence, Local, business, Follow-Up Studies
Abstract: // Aurelie Bertaut 1 , Caroline Truntzer 2 , Rachid Madkouri 3 , Coureche Guillaume Kaderbhai 4 , Valentin Derangere 5 , Julie Vincent 4 , Bruno Chauffert 6 , Marie Helene Aubriot-Lorton 7 , Wahlid Farah 3 , Klaus Luc Mourier 3 , Romain Boidot 5,8 and Francois Ghiringhelli 4,5,8,9 1 Biostatistics unit Georges Francois Leclerc Cancer Center, Dijon, France 2 CLIPP, Research Center, University of Burgundy, Dijon, France 3 Department of Neurosurgery, CHU, Dijon, France 4 Department of Medical Oncology, Georges Francois Leclerc Cancer Center, Dijon, France 5 Platform of Transfer in Cancer Biology Genetic and histology, Georges Francois Leclerc Cancer Center, Dijon, France 6 Department of Medical Oncology, University Hospital Amiens, Amiens, France 7 Department of Pathology, CHU, Dijon, France 8 INSERM U866, Dijon, France 9 University of Bourgogne Franche-Comte, Dijon, France Correspondence to: Francois Ghiringhelli, email: // Keywords : glioblastoma, bevacizumab, prognostic factor Received : April 11, 2016 Accepted : July 10, 2016 Published : July 28, 2016 Abstract Bevacizumab is used to treat glioblastoma; however, no current biomarker predicts its efficacy. We used an exploratory cohort of patients treated with the radiochemotherapy then bevacizumab or chemotherapy at recurrence ( N = 265). Bevacizumab use increased median overall survival (OS) 18.7 vs 11.3 months, p = 0.0014). In multivariate analysis, age, initial surgery, neutrophil count, Karnofsky status >70% and bevacizumab administration were independent prognostic factors of survival. We found an interaction between bevacizumab use and baseline neutrophil count. The cut-off value for the neutrophil count was set at 6000/mm 3 . Only patients with a high neutrophil count benefited from the bevacizumab treatment (17.3 vs 8.8 months p < 0.0001). We validated this result using data from the TEMAVIR trial, which tested the efficacy of neoadjuvant bevacizumab plus irinotecan versus radiochemotherapy in the first-line treatment of glioblastoma. Transcriptomic data from TCGA underlined that CSF3 expression , the gene encoding G-CSF, the growth factor for neutrophils, correlated with VEGF-A-dependent angiogenesis. In another independent cohort (BELOB trial), which compared lomustine versus lomustine plus bevacizumab at recurrence, bevacizumab only benefited patients with high CSF3 expression in the tumor. These data suggest that only patients with a high peripheral neutrophil count before bevacizumab treatment benefited from this therapy.
Published: 2016
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12. Children with eating disorders secondarily to artificial nutrition in the neonatal period have specific food preferences and saliva composition

Author: Martine Morzel, Eric Neyraud, Géraldine Lucchi, Hélène Brignot, Patrick Ducoroy, Aline Jeannin, Caroline Truntzer, Cécile Canlet, Marie Tremblay-Franco, Christophe Hirtz, Ségolène Gaillard, Gilles Feron, Noël Peretti, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Comité Lapin Interprofessionnel pour la Promotion des Produits Français (CLIPP), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Hospices Civils de Lyon (HCL), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), French National Research Agency (grant ANR-10-ALIA-001 ORALISENS)., European Society for Paediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition (ESPGHAN). USA., Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Comité Lapin Interprofessionnel pour la Promotion des Produits Français ( CLIPP ), ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier ( CHU Montpellier ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition ( CarMeN ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, saliva, children, oral disorder, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Objectives and studyIn the neonatal period, some severe digestive diseases require the cessation of oral feeding and the use of enteral or parenteral nutrition for prolonged periods. In some cases, this by-pass of the oral cavity during the early stages of feeding results in the development of so-called oral disorders (OD). Oral disorders may persist for years after healing of the causal disease, and are expressed for example by an exacerbated gag reflex, difficulties in chewing and swallowing and high food selectivity.The aim of this study were to describe the consequences on oral physiology of oral by-pass and enteral nutrition in a population of 21 children who suffered oral disorder (OD) compared to a healthy control population (NOD, n=23). - MethodsThe two populations were followed during one year with three saplings and compared regarding 1) their food sensitivity (consisting to measured feeding difficulties, food preferences and food habits with a questionnaire approach); and 2) their salivary composition .Proteome analyses were performed with different methods. First, spots of interest on 2D gel electrophoresis were manually excised and after tryptic digestion, MALDI-TOF/TOF acquisitions lead to identifications. SELDI-TOF MS profiling with ProteinChips arrays was also carried out.Peptidome profiling by label-free MALDI-TOF allows to detect potential markers, identification of discriminant peaks was attempted by MALDI-TOF-TOF and nanoLC-ESI MS-MS.Metabolome analyses were performed by 1H NMR. Following statistical analysis, discriminant buckets were assigned to metabolites using reference spectra from reference databases.- ResultsWe included 21 children who suffered oral disorder (OD) and 23 age- and sex-matched healthy controls 1) On feeding difficulty aspects, OD children were separated significantly on 6 dimensions reflecting eating difficulties (oral tactile sensitivity, appetite and interest for food, sensitivity to food texture, sensitivity to the tastes, sensitivity to temperature). Moreover, consumption frequency, number of consumed foods and liking were lower for the OD compared to the controls children for specific food groups.2) On salivary composition, despite heterogeneity within the groups (age, pathology, medication, etc.), the three spectral methods (MALDI-TOF, SELDI-TOF, 1H NMR) allowed discriminating OD and controls, confirming that oral stimulation by food intake plays a role in shaping the composition of saliva. Saliva of OD patients exhibited a lower antioxidant status and lower levels of the salivary protease inhibitors cystatins. Other discriminant features (IgA1, dimethylamine) may relate to modified oral and/or intestinal microbial ecology. Finally, salivary profiles of OD patients were partly comparable to those of subjects with exacerbated gustatory sensitivities, in particular with reduced abundance of cystatin SN and higher abundance of zinc-alpha-glycoprotein. - ConclusionDespite heterogeneity within the groups in terms of age/developmental stage and initial pathology in the patients group, feeding preferences such as salivary profiles specifically associated to oral disorders were identified. Whether this translates taste hypersensitivity and contributes to the eating difficulties deserves further attention.
Published: 2016

13. Obesogen effects after perinatal exposure of 4,4′-sulfonyldiphenol (Bisphenol S) in C57BL/6 mice

Author: T. Truntzer, Marie-Christine Chagnon, Isabelle Niot, Philippe Besnard, Roger Rahmani, Patrick Rouimi, L. Ivry del Moral, Jean-François Merlin, Ludovic Le Corre, Hélène Poirier, Physiologie de la Nutrition et Toxicologie (NUTox) (U866, Lipides et nutrition, équipe 7) (NUTox), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Génotoxicité & Signalisation (ToxAlim-GS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), This work was funded by a grant from the Endocrine Disruptor National Research Program supported by the 'Ministere de l'Ecologie, du Developpement Durable et de l'Energie', Physiologie de la Nutrition et Toxicologie (NUTox) (U866, Lipides et nutrition, équipe 7) ( NUTox ), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), and Le Corre, Ludovic
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Leptin, Bisphenol S, [ SDV.TOX ] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Adipose tissue, 010501 environmental sciences, Toxicology, urologic and male genital diseases, 01 natural sciences, Polyethylene Glycols, Mice, chemistry.chemical_compound, Pregnancy, Induced Obesity, Hyperinsulinemia, période perinatale, Obesogen, Sulfones, 2. Zero hunger, High-Fat Diet, santé humaine, Lipids, Energy-Balance, 3. Good health, Safe Alternatives, obésité, Adipose Tissue, Prenatal Exposure Delayed Effects, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, bisphénol s, Female, hormones, hormone substitutes, and hormone antagonists, medicine.medical_specialty, Offspring, Diet, High-Fat, 03 medical and health sciences, Insulin resistance, Phenols, Internal medicine, medicine, Animals, homéostasie lipidique, Obesity, RNA, Messenger, Triglycerides, 0105 earth and related environmental sciences, Dose-Response Relationship, Drug, Adiponectin, Triglyceride, Insulin-Resistance, Body Weight, Overweight, medicine.disease, bisphenol S, food contaminant, perinatal exposure, low dose, obesogen, Perinatal exposure, Mice, Inbred C57BL, Food contaminant, 030104 developmental biology, Endocrinology, contaminant chimique, Low dose, Glucose, Metabolism, Gene Expression Regulation, chemistry, In-Vitro, Analogs
Abstract: International audience; Bisphenol A were removed from consumer products and replaced by chemical substitutes such as Bisphenol S (BPS). Based on their structural similarity, BPS may be obesogen like Bisphenol A in mice. Our objective was to determine the impact of BPS on lipid homeostasis in C57B1/6 mice after perinatal and chronic exposure. Pregnant mice were exposed to BPS via the drinking water (0.2; 1.5; 50 mu g/kg bw/d). Treatment began at gestational day 0 and continued in offspring up to 23-weeks old. Then, offspring mice were fed with a standard or high fat diet. The body weight, food consumption, fat mass and energy expenditure were measured. A lipid load test was performed to check the postprandial triglyceridemia. Plasma parameters and mRNA gene expression in adipose tissues were also analysed. BPS induced overweight in male mice offspring fed with a HFD at the two highest doses. There was no change in food intake and energy expenditure. The overweight was correlated to the fat mass, hyperinsulinemia and hyperleptinemia. The plasma triglyceride clearance was significantly increased with BPS and tyloxapol (R) (triglyceride clearance inhibitor) reversed this phenomenon. BPS induced alteration in mRNA expression of marker genes involved in adipose tissue homeostasis: hormone sensitive lipase, PPAR gamma, insulin receptor, SOCS3 and adiponectin. This is the first time that BPS is described as obesogenic at low doses and after perinatal and chronic exposure in male mice. BPS potentiated the obesity induced by a HFD by inducing the lipid storage linked to faster lipid plasma clearance. (C) 2016 Elsevier Ireland Ltd. All rights reserved.
Published: 2016
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14. eClims: An Extensible and Dynamic Integration Framework for Biomedical Information Systems

Author: Pierre Naubourg, Eric Leclercq, Marinette Savonnet, Laboratoire Electronique, Informatique et Image ( Le2i ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Electronique, Informatique et Image [UMR6306] (Le2i), Université de Bourgogne (UB)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, [ MATH ] Mathematics [math], Proteomics, Databases, Factual, Computer science, Management-Systems, Master data, Ontology (information science), computer.software_genre, semantic annotation, Data modeling, 03 medical and health sciences, Health Information Management, Unified Modeling Language, Architecture, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, proteomic platform, Humans, ontology, Electrical and Electronic Engineering, [MATH]Mathematics [math], [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Data Curation, computer.programming_language, Scientific-Data, Context model, Information retrieval, [ INFO.INFO-IM ] Computer Science [cs]/Medical Imaging, Ontology-based data integration, Integration framework, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Computer Science Applications, Semantics, 030104 developmental biology, Domain knowledge, computer, Medical Informatics, Biotechnology, Data integration
Abstract: International audience; Biomedical information systems (BIS) require consideration of three types of variability: data variability induced by new high throughput technologies, schema or model variability induced by large scale studies or new fields of research, and knowledge variability resulting from new discoveries. Beyond data heterogeneity, managing variabilities in the context of BIS requires extensible and dynamic integration process. In this paper, we focus on data and schema variabilities and we propose an integration framework based on ontologies, master data, and semantic annotations. The framework addresses issues related to: 1) collaborative work through a dynamic integration process; 2) variability among studies using an annotation mechanism; and 3) quality control over data and semantic annotations. Our approach relies on two levels of knowledge: BIS-related knowledge is modeled using an application ontology coupled with UML models that allow controlling data completeness and consistency, and domain knowledge is described by a domain ontology, which ensures data coherence. A system build with the eClims framework has been implemented and evaluated in the context of a proteomic platform.
Published: 2015
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15. Multi-omics profiling reveals that eating difficulties developed consecutively to artificial nutrition in the neonatal period are associated to specific saliva composition

Author: Aline Jeannin, Ségolène Gaillard, Cécile Canlet, Martine Morzel, Hélène Brignot, Marie Tremblay-Franco, Christophe Hirtz, Noël Peretti, Caroline Truntzer, Patrick Ducoroy, Géraldine Lucchi, Eric Neyraud, Gilles Feron, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Toxicologie Alimentaire ( UTA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Cellules souches normales et cancéreuses, Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Montpellier ( UM ), CIC CHU Lyon (inserm), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition ( CarMeN ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), the French National Research Agency (grant ANR-10-ALIA-001 ORALISENS), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (CSGA), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institute of Research in Biotherapy, Laboratory of Biochemistry and Clinical Proteomics, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), CHU Saint-Eloi, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CIC 1407, Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Projet ORALISENS, ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier ( CHU Montpellier ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Lyon (COMUE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Morzel, Martine
Subjects: Male, Proteomics, Saliva, Taste, Parenteral Nutrition, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Biophysics, Ingénierie des aliments, Physiology, Stimulation, Biology, 01 natural sciences, Biochemistry, Enteral administration, Profiling, Children, Feeding difficulties, Tube feeding, 03 medical and health sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Food and Nutrition, Food engineering, Humans, Feeding and Eating Disorders of Childhood, Glycomics, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, 010401 analytical chemistry, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Infant, Newborn, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Omics, 0104 chemical sciences, 3. Good health, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Parenteral nutrition, Saliva composition, Immunology, Alimentation et Nutrition, Multi omics, Female, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Prolonged enteral or parenteral nutrition in neonatal periods sometimes results in eating difficulties persisting for years, with reduced food intake through the oral route and thereby reduced stimulation of the oral cavity. Aiming at describing the consequences on oral physiology, saliva of 21 children with eating difficulties (ED) was compared to that of 23 healthy controls, using various omics and targeted methods. Overall, despite heterogeneity within the groups (age, medication etc.), the three spectral methods (MALDI-TOF, SELDI-TOF, (1)H NMR) allowed discriminating ED and controls, confirming that oral stimulation by food intake plays a role in shaping the composition of saliva. Saliva of ED patients exhibited a lower antioxidant status and lower levels of the salivary protease inhibitors cystatins. Other discriminant features (IgA1, dimethylamine) may relate to modified oral and/or intestinal microbial ecology. Finally, salivary profiles of ED patients were partly comparable to those of subjects with exacerbated gustatory sensitivities, in particular with reduced abundance of cystatin SN and higher abundance of zinc-alpha-2-glycoprotein. Whether this translates taste hypersensitivity and contributes to the eating difficulties deserves further attention.
Published: 2015
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16. Consequences of a high sugar/high fat maternal diet on protein expression in young rat submandibular glands

Author: Morzel, Martine, Lucchi, Géraldine, Ducoroy, Patrick, Brignot, Hélène, Canivenc-Lavier, Marie-Chantal, PAILLE, Vincent, Parnet, Patricia, Nicklaus, Sophie, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Physiologie des Adaptations Nutritionnelles ( PhAN ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Nantes ( UN ), Projet SWEET-LIP-KID, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie des Adaptations Nutritionnelles (PhAN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Nantes (UN), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Physiologie des Adaptations Nutritionnelles [UMR_A1280] (PhAN)
Subjects: [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, stomatognathic system, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Consequences of a high sugar/high fat maternal diet on protein expression in young rat submandibular glands. Congrès français de Spectrométrie de Masse et d'Analyse Protéomique (SMAP 2015)
Published: 2015

17. VARIABLE SELECTION FOR NOISY DATA APPLIED IN PROTEOMICS

Author: L. Gerfaut, Patrick Ducoroy, Pierre Grangeat, Catherine Mercier, Pascal Roy, Jean-Philippe Charrier, Jean-François Giovannelli, Audrey Giremus, Noura Dridi, Caroline Truntzer, Laboratoire de l'intégration, du matériau au système ( IMS ), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de l'Accélérateur Linéaire ( LAL ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Electronique et des Technologies de l'Information ( CEA-LETI ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Grenoble Alpes [Saint Martin d'Hères], Bio-Mérieux [Marcy l'Etoile], BIOMERIEUX, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service de Biostatistique des Hospices Civils de Lyon, Hospices Civils de Lyon ( HCL ), DRIDI, Noura, Laboratoire de l'intégration, du matériau au système (IMS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Biostatistiques santé, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de l'Accélérateur Linéaire (LAL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB)
Subjects: 0209 industrial biotechnology, business.industry, Computer science, Instrumental variable, Posterior probability, Bayesian probability, Pattern recognition, Feature selection, 02 engineering and technology, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Logistic regression, 01 natural sciences, 010104 statistics & probability, 020901 industrial engineering & automation, Cohort, Probability distribution, Bayesian hierarchical modeling, Artificial intelligence, 0101 mathematics, business, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, Selection (genetic algorithm), [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing
Abstract: International audience; The paper proposes a variable selection method for pro-teomics. It aims at selecting, among a set of proteins, those (named biomarkers) which enable to discriminate between two groups of individuals (healthy and pathological). To this end, data is available for a cohort of individuals: the biological state and a measurement of concentrations for a list of proteins. The proposed approach is based on a Bayesian hierarchical model for the dependencies between biological and instrumental variables. The optimal selection function minimizes the Bayesian risk, that is to say the selected set of variables maximizes the posterior probability. The two main contributions are: (1) we do not impose ad-hoc relationships between the variables such as a logistic regression model and (2) we account for instrumental variability through measurement noise. We are then dealing with indirect observations of a mixture of distributions and it results in intricate probability distributions. A closed-form expression of the posterior distributions cannot be derived. Thus, we discuss several approximations and study the robustness to the noise level. Finally, the method is evaluated both on simulated and clinical data. Index Terms— Model and variable selection, Bayesian approach, biological et technological variability, Gaussian mixture, proteomics.
Published: 2014

18. Salivary markers and oral sensitivity to food: a prospective study on children expressing oral disorders

Author: Gilles Feron, Hélène Brignot, Patrick Ducoroy, Ségolène Gaillard, Aline Jeannin, Anna-Louise Le Déaut, Geraldine Lucchi, Martine Morzel, Eric Neyraud, Sophie Nicklaus, Florian Nicod, Pascal Schlich, Caroline Truntzer, Michel Visalli, Noël Peretti, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Lyon, the French National Research Agency (grant ANR-10-ALIA-001 ORALISENS)., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), and Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Alimentation et Nutrition, digestive, oral, and skin physiology, Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Introduction and objective: In Human, the oral sphere is the first and main place where sensory stimuli are released and perceived. The phenomena occurring during food breakdown and sensory perception are complex and in this system saliva plays a major role. Over the last ten years, the increasing research on human saliva revealed the extreme complexity of this biological fluid, in terms of protein and small molecules composition. As such, saliva may carry the biological signature of an individual. Related to food, a fundamental question is to understand whether this biological signature is established during early oral exposition to food and whether it reflects the future oral sensitivity of an individual to food. A mean to prove this concept is to follow children who had an oral by - pass during critical phases of early food behavior development that results in the development of so - called oral disorders. Oral disorders are expressed for example by an exacerbated gag reflex, difficulties in chewing and swallowing and high food selectivity and may persist for years after oral by - pass ending. Methods: In this context a population of 21 children who suffered from oral disorders (OD) was compared to a healthy control population (NOD, n=23). The two populations were followed during one year (three samplings over the year) and compared regarding their sensitivity to food (feeding difficulties, food preferences and food habits measured through questionnaires) on one side and their salivary composition (measured with targeted and non - targeted approaches) on the other side. Results: On feeding difficulty aspects, OD children were separated significantly on 6 dimensions reflecting eating difficulties, oral tactile sensitivity, appetite and interest for food, sensitivity to food texture, sensitivity to tastes, sensitivity to temperature. Moreover, liking, consumption frequency and number of consumed foods were lower for the OD compared to the NOD children for some specific food groups. On saliva, some components identified by biochemical, proteomic, peptidomic and metabolomic analyses were associated specifically to oral disorder. Conclusion: Despite a large heterogeneity within the groups, this study permitted to discriminate clearly between the two populations on both their food sensitivity and their salivary composition. Further analyses of the data are ongoing in order to identify the relationships between salivary markers and food sensitivity.
Published: 2014

19. The atypical diet of children affected by oral disorders is associated to specific salivary patterns

Author: Martine Morzel, Eric Neyraud, Sophie Nicklaus, Florian Nicod, Caroline Truntzer, Patrick Ducoroy, Ségolène Gaillard, Noël Peretti, Gilles Feron, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Evaluation et modélisation des effets thérapeutiques, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), The French National Research Agency (grant ANR - 10 - ALIA - 001 ORALISENS)., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), CIC 1407 - CNRS, UMR5558, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Lyon (COMUE), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition ( CarMeN ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL )
Subjects: [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, stomatognathic diseases, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, digestive, oral, and skin physiology, Alimentation et Nutrition, Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: The atypical diet of children affected by oral disorders is associated to specific salivary patterns. 3. international conference on Food oral processing: physics, physiology and psychology of eating
Published: 2014

20. The specific salivary composition of children affected by oral disorders

Author: Martine Morzel, Eric Neyraud, Caroline Truntzer, Patrick Ducoroy, Ségolène Gaillard, Noël Peretti, Gilles Feron, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), CIC 1407, Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Lyon (COMUE), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition ( CarMeN ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, stomatognathic diseases, fluids and secretions, stomatognathic system, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, education, Alimentation et Nutrition, Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, humanities
Abstract: The specific salivary composition of children affected by oral disorders. 10. european symposium on Saliva
Published: 2014

21. Nutri-metabolomics applied to taste perception phenotype: Human subjects with high and low sensitivity to taste of fat differ in salivary response to oleic acid

Author: Géraldine Lucchi, Eric Neyraud, Marie Tremblay-Franco, Gilles Feron, Martine Morzel, Cécile Canlet, Hélène Brignot, Patrick Ducoroy, Rana Mounayar, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Toxicologie Alimentaire ( UTA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (CSGA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB)
Subjects: Male, EXPRESSION, STIMULATION, Taste, Saliva, HUMAN WHOLE, PROTEIN PROFILES, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, FLOW, HEALTHY-SUBJECTS, Stimulation, Biology, Biochemistry, SERUM, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Eating, 0302 clinical medicine, Metabolomics, MARKERS, PAROTID-SALIVA, Genetics, Metabolome, Humans, Food science, Molecular Biology, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Mouth, Fatty acid, Taste Perception, [ SDV.BIO ] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Phenotype, Dietary Fats, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Oleic acid, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, chemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, Molecular Medicine, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Biotechnology, Oleic Acid
Abstract: Saliva has different functions in the mouth and is involved, for example, in taste perception. Saliva composition can also be modified rapidly by taste stimulation. It remains unclear, however, whether the perceived intensity of a tastant may modulate this response. Based on increasing evidence that fat can be perceived by the taste system and that fat taste perception may be associated with fat intake, the aim of this work was to study if stimulation by a fatty acid (oleic acid) modifies saliva composition differently in subjects highly (sensitive+) or weakly (sensitive-) sensitive to that taste. For that purpose, saliva of two groups of subjects was collected after stimulation by either a control emulsion or an emulsion containing 5.61 mM oleic acid. Saliva was analyzed by 2D electrophoresis and (1)H NMR spectroscopy. The results show that sensitive+ and sensitive- subjects differ in their salivary response in terms of proteome and metabolome composition. Oppositely to sensitive- subjects, sensitive+ subjects responded to oleic acid by increased abundance of polymeric immunoglobulin receptor, rab GDP dissociation inhibitor beta, and organic acids, and decreased abundance of metabolites characteristic of mucins. The results highlight that modification of saliva composition by taste stimulation may be modulated by taste perception.
Published: 2014
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22. Salivary markers of taste sensitivity to oleic acid: a combined proteomics and metabolomics approach

Author: Hélène Brignot, Marie Tremblay-Franco, Rana Mounayar, Patrick Ducoroy, Martine Morzel, Cécile Canlet, Géraldine Lucchi, Eric Neyraud, Gilles Feron, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Burgundy Regional Council, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Toxicologie Alimentaire ( UTA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), and Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Taste, Saliva, Proteome, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Clinical Biochemistry, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Butyrate, Biology, Biochemistry, Oleic acid, Metabolomics, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Metabolome, Isoleucine, Leucine, Fat taste, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; Saliva is a biological fluid playing numerous roles in the oral cavity and increasingly considered as a source of markers. The role of saliva in sensory perception has been known for years but it is only recently that its potential role in oral fatty acids (FA) perception has been suggested. The aim of the present work was to study the relationships between taste sensitivity to oleic acid and the salivary proteome (2D electrophoresis) and metabolome (H-1 NMR). This was achieved by comparing saliva from two groups of subjects, highly (sensitive+) and weakly sensitive (sensitive-) to the taste of oleic acid. Partial least squares-discriminant analyses (PLS-DA) were used to model the relationship between sensitivity to C18:1, and the proteome and metabolome data. The two groups could be discriminated by ten spots. In particular, cystatin SN, cystatin D, zinc-alpha-2-glycoprotein and carbonic anhydrase 6 were overexpressed in the sensitive+ group. The latter result was confirmed by ELISA. The overexpression of these proteins, which have been associated to taste perception, supports the argument that C18: 1 is perceived by the taste system. The two groups could also be discriminated on the basis of eight metabolites, with FA, FA/proline, lysine and FA/pyruvate overexpressed in the sensitive+ group and acetate, leucine/isoleucine and butyrate overexpressed in the sensitive-group. The overexpression of these metabolites suggests a higher bacterial load in this group which could be implicated in perception of FAs.
Published: 2014
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23. Automated Cancer Marker Characterization in Human Plasma Using SUrface PLASMON Resonance in Array combined with Mass Spectrometry (SUPRA-MS)

Author: Marven El Osta, Thérèse Leblois, Géraldine Lucchi, Patrick Ducoroy, Sophie Bellon, Rabah Zeggari, Wilfrid Boireau, Fabien Remy-Martin, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), HORIBA Jobin Yvon SAS [Chili Mazarin], HORIBA Scientific [France], Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Proteomics, Chemistry(all), Immuno-sensor, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Mass spectrometry, biosensor, 01 natural sciences, Mass Spectrometry, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, 03 medical and health sciences, chip, SUPRA-MS, Surface plasmon resonance, [SPI.NANO]Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, 030304 developmental biology, Cancer marker, 0303 health sciences, Chromatography, Chemistry, Immuno sensor, 010401 analytical chemistry, General Medicine, Biomarker, Surface Plasmon Resonance, 0104 chemical sciences, 3. Good health, Biomarker (cell), Characterization (materials science), Human plasma, Chemical Engineering(all), "Surface Plasmon Resonance, [ SPI.NANO ] Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, Biosensor, chip"
Abstract: International audience; The combination of Surface Plasmon Resonance technology with Mass Spectrometry becomes a key method for the characterization of targeted proteins in the fields of diagnosis and functional proteomics. We demonstrated in this work the ability of our SPRi-chip to capture targeted protein in biological fluids and in situ analyze by MS and MS/MS modes through automated procedure to go beyond classical immunoassays. Here, we established a proof of concept of SUPRA-MS for the detection, the identification and the characterization of a potential breast cancer marker.
Published: 2012
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24. Surface plasmon resonance imaging in arrays coupled with mass spectrometry (SUPRA-MS): proof of concept of on-chip characterization of a potential breast cancer marker in human plasma

Author: Fabien Remy-Martin, S. Bellon, Patrick Ducoroy, Thérèse Leblois, M. El Osta, Géraldine Lucchi, Rabah Zeggari, Wilfrid Boireau, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), HORIBA Jobin Yvon SAS [Chili Mazarin], HORIBA Scientific [France], Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), and Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Proteomics, "Surface plasmon resonance, Molecular Sequence Data, Breast Neoplasms, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Computational biology, Mass spectrometry, 01 natural sciences, Biochemistry, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Analytical Chemistry, [SPI.MAT]Engineering Sciences [physics]/Materials, 03 medical and health sciences, Surface plasmon resonance, medicine, Biomarkers, Tumor, Humans, Amino Acid Sequence, Biomarker discovery, Proteomics", [SPI.NANO]Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, 030304 developmental biology, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], 0303 health sciences, Chromatography, medicine.diagnostic_test, Chemistry, Immuno sensor, 010401 analytical chemistry, Biomarker, 0104 chemical sciences, Biomarker (cell), Characterization (materials science), Proof of concept, Immunoassay, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, [ SPI.NANO ] Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, Female
Abstract: International audience; Protein biomarker discovery and validation are crucial for diagnosis, prognosis, and theranostics of human pathologies; "omics" approaches bring new insights in this field. In particular, the combination of immuno-sensors in array format with mass spectrometry efficiently extends the classical immunoassay format and includes molecular characterization. Here, we coupled surface plasmon resonance imaging (SPRi) with MALDI-TOF mass spectrometry in a hyphenated technique which enables multiplexed quantification of binding by SPRi and molecular characterization of interacting partners by subsequent MS analysis. This adds specificity, because MS enables differentiation of molecules that are difficult to distinguish by use of antibodies, for example truncation variants or protein isoforms. Proof of concept was established for detection, identification, and characterization of a potential breast cancer marker, the LAG3 protein, at ~1 μg mL(-1), added to human plasma. The analytical performance of this new method, dubbed "SUPRA-MS", was established, particularly its specificity (S/N &gt 10) and reliability (100 % LAG3 identification with high significant mascot score &gt87.9). The adjusted format for rapid, collective, and automated on-chip MALDI-MS analysis is robust at the femtomole level and has numerous potential applications in proteomics.
Published: 2012
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25. Salivary protein profiles and sensitivity to the bitter taste of caffeine

Author: Olivier Palicki, Marie-Christine Chagnon, Géraldine Lucchi, Martine Morzel, Micheline Dsamou, Patrick Ducoroy, Chantal Septier, Claire Chabanet, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Burgundy Regional Council, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon )
Subjects: Immunoglobulin A, Male, Saliva, Physiology, medicine.medical_treatment, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, perception, bitterness, in-vivo, Behavioral Neuroscience, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Taste receptor, phenolic astringent stimuli, Amylase, 0303 health sciences, whole saliva, biology, periodontitis patients, Middle Aged, Sensory Systems, mucosal pellicle, Taste, Taste Threshold, Cystatin, Caffeine, immunoglobulin-a, cystatins, Adult, medicine.medical_specialty, proteolysis, proteome, Serum albumin, 03 medical and health sciences, stomatognathic system, Physiology (medical), Internal medicine, medicine, Humans, Salivary Proteins and Peptides, cystatin, 030304 developmental biology, saliva, Protease, alpha-amylase, 030206 dentistry, Endocrinology, chemistry, two-dimensional, electrophoresis, biology.protein, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, healthy-subjects
Abstract: WOS: 000298381900008; International audience; The interindividual variation in the sensitivity to bitterness is attributed in part to genetic polymorphism at the taste receptor level, but other factors, such as saliva composition, might be involved. In order to investigate this, 2 groups of subjects (hyposensitive, hypersensitive) were selected from 29 healthy male volunteers based on their detection thresholds for caffeine, and their salivary proteome composition was compared. Abundance of 26 of the 255 spots detected on saliva electrophoretic patterns was significantly different between hypo- and hypersensitive subjects. Saliva of hypersensitive subjects contained higher levels of amylase fragments, immunoglobulins, and serum albumin and/or serum albumin fragments. It also contained lower levels of cystatin SN, an inhibitor of protease. The results suggest that proteolysis occurring within the oral cavity is an important perireceptor factor associated to the sensitivity to the bitter taste of caffeine.
Published: 2012
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26. Reconstitution of a protein monolayer on thiolates functionalized gaas surface

Author: Géraldine Lucchi, Céline Elie-Caille, Patrick Ducoroy, Thérèse Leblois, Alex Bienaime, Wilfrid Boireau, Virginie Blondeau-Patissier, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Materials science, Bioengineering, Nanotechnology, 02 engineering and technology, Substrate (electronics), 010402 general chemistry, 01 natural sciences, [SPI.AUTO]Engineering Sciences [physics]/Automatic, Gallium arsenide, chemistry.chemical_compound, [ SPI.AUTO ] Engineering Sciences [physics]/Automatic, Monolayer, General Materials Science, Electrical and Electronic Engineering, Self-assembled monolayer, 021001 nanoscience & nanotechnology, Condensed Matter Physics, 0104 chemical sciences, Computer Science Applications, chemistry, Surface modification, 0210 nano-technology, Biosensor, Layer (electronics), Biotechnology, Microfabrication
Abstract: International audience; In the aim to realize an efficient resonant biosensor, gallium arsenide (GaAs) presents many advantages. In addition to its properties of transduction, GaAs is a crystal for which microfabrication processes were developed, conferring the possibility to miniaturize the device and integrate electronic circuit. Moreover, the biofunctionalization could be realized on the crystalline surface without layer deposition, constituting a real advantage to perform reusable sensor. The functionalization of GaAs surface was engaged in order to immobilize a protein monolayer on this substrate. Functionalization was done using a mixed self assembled monolayer of thiolate molecules. Characterizations at micro and nanoscale were performed to control the surface state, the establishment of thiolates self-assembled monolayer, the surface atomic composition and the topography of the GaAs substrate at the different steps of the process. Protein immobilization on thiolates modified GaAs was revealed through a detailed AFM study and in situ MALDI-TOF MS and MS/MS modified surface interrogations.
Published: 2012

27. Substrate specificity overlap and interaction between Adrenoleukodystrophy protein (ALDP/ABCD1) and Adrenoleukodystrophy-related protein (ALDRP/ABCD2)

Author: Catherine Gondcaille, Philippe Gambert, Stéphane Savary, Anne Athias, Flore Geillon, Doriane Trompier, Emmanuelle Génin, Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the European Association Against Leukodystrophies (ELA Foundation, Nancy, France) and the regional council of Burgundy, ProdInra, Archive Ouverte, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Savary, Stéphane, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), and Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities, endocrine system diseases, ATP-binding cassette transporter, membrane proteins, Biology, ATP Binding Cassette Transporter, Subfamily D, Biochemistry, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, abc transporter, Cell Line, Tumor, medicine, Animals, [SDV.NEU] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Molecular Biology, Beta oxidation, fatty acid oxidation, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, adrenoleukodystrophy, fatty acid, peroxisomes, Fatty Acids, Neurosciences, Wild type, Fatty acid, nutritional and metabolic diseases, Cell Biology, Peroxisome, medicine.disease, Lipids, Rats, chemistry, Membrane protein, [ SDV.NEU ] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Neurons and Cognition, ATP-Binding Cassette Transporters, Adrenoleukodystrophy, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Oxidation-Reduction, 030217 neurology & neurosurgery, Polyunsaturated fatty acid
Abstract: X-linked adrenoleukodystrophy (X-ALD) is a neurodegenerative disorder caused by mutations in the ABCD1 gene, which encodes a peroxisomal member of the ATP-binding cassette (ABC) transporter subfamily D called ALDP. ALDP is supposed to function as a homodimer allowing the entry of CoA-esters of very-long chain fatty acids (VLCFA) into the peroxisome, the unique site of their β-oxidation. ALDP deficiency can be corrected by overexpression of ALDRP, its closest homolog. However, the exact nature of the substrates transported by ALDRP and its relationships with ALDP still remain unclear. To gain insight into the function of ALDRP, we used cell models allowing the induction in a dose-dependent manner of a wild type or a mutated non-functional ALDRP-EGFP fusion protein. We explored the consequences of the changes of ALDRP expression levels on the fatty acid content (saturated, monounsaturated, and polyunsaturated fatty acids) in phospholipids as well as on the levels of β-oxidation of 3 suspected substrates: C26:0, C24:0, and C22:6n-3 (DHA). We found an inverse correlation between the fatty acid content of saturated (C26:0, C24:0) and monounsaturated (C26:1, C24:1) VLCFA and the expression level of ALDRP. Interestingly, we obtained a transdominant-negative effect of the inactive ALDRP-EGFP on ALDP function. This effect is due to a physical interaction between ALDRP and ALDP that we evidenced by proximity ligation assays and coimmunoprecipitation. Finally, the β-oxidation assays demonstrate a role of ALDRP in the metabolism of saturated VLCFA (redundant with that of ALDP) but also a specific involvement of ALDRP in the metabolism of DHA.
Published: 2011
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28. Predictive toxicology: the paths of the future

Author: Detilleux, Ph, Vallier, L, Legallais, C, Leclerc, E, Prot J, M, Choucha, L, Baudoin, R, Dufresne, M, Gautier, A, Carpentier, B, Mansuy, D, Pery, Alexandre R.R., Brochot, C, Manivet, Ph, Rabilloud, Thierry, Spire, C, Coumoul, Xavier, Junot, Ch, Laprevote, O, Le Pape, A, Tourneur, E, Ben Mkaddem, S, Chassin, C, Aloulou, M, Goujon J, M, Hertif, A, Ouali, N, Vimont, S, Monteiro, R, Rondeau, E, Elbim, C, Werts, C, Vandewalle, A, Pedruzzi, E, Coant, N, Bens, M, Cluzeaud, F, Ogier-Denis, E, Pongnimitprasert, N, Babin-Chevaye, C, Fay, M, Bernard, M, Dupuy, C, Ei Benna, J, Gougerot-Pocidale M, A, Braut-Boucher, F, Pinton, Philippe, Lucioli, Joelma, Tsybulskyy, D, Joly, Baptiste, Laffitte, J, Bourges-Abella, N, Oswald, Isabelle P., Kolf-Clauw, Martine, Pierre, St, Bats A, S, Chevalier, Aline, Bui L, Ch, Ambolet-Camoit, A, Garlatti, M, Aggerbeck, M, Barouki, R, Al Khansa, I, Blanck, O, Guillouzo, A, Bars, R, Rouas, C, Bensoussan, H, Suhard, D, Tessier, C, Grandcolas, L, Pallardy, M, Gueguen, Y, Sparfel, L, Pinel-Marie M, L, Boize, M, Koscielny, S, Desmots, S, Fardel, O, Alvergnas, M, Rouleau, A, Lucchi, G, Mantion, G, Heyd, B, Richert, L, Ducoroy, P, Martin, H, Val, St, Martinon, L, Cachier, H, Yahyaoui, A, Marfaing, H, Baeza-Squiban, A, Martin-Chouly, Corinne, Bonvallet, M, Morzadec, C, Vernhet, L, Baverel, G, El Hage, M, Nazaret, R, Conjard-Duplany, A, Ferrier, B, Martin, G, Legendre, A, Lecomte, Anthony, Froment, P, Habert, R, Lemazurier, E, Robinel, F, Dupont, O, Sanfins, E, Dairou, J, Chaffotte A, F, Busi, F, Rodrigues Lima, F, Dupret J, M, Mayati, A, Le Ferrec, Eric, Levoin, N, Paris, H, Uriac, Ph, N'Diaye, M, Lagadic-Gossmann, D, Assemat, E, Boublil, L, Borot M, C, Marano, F, Martiny V, Y, Moroy, G, Badel, A, Miteva M, A, Hussain, S, Ferecatu, I, Borot, C, Andreau, K, Boland, S, Leroux, M, Zucchini-Pascal, Nathalie, Peyre, L, Rahmani, Roger, Buron, N, Porcedou, M, Fromenty, B, Borgne-Sanchez, A, Rogue, A, Claude, N, Le Guével, Rémy, Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Laboratoire pharmaceutique Biologie Servier, Biologie Servier, Pharmacologie, toxicologie et signalisation cellulaire (U747), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Faculté de Médecine Xavier Bichat, Centre de recherche biomédicale Bichat-Beaujon (CRB3), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de recherche Pharmacologie-Toxicologie (UPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toxicité environnementale, cibles thérapeutiques, signalisation cellulaire (T3S - UMR_S 1124), Cytokines, chimiokines et immunopathologie, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de biostatistique et d'épidémiologie (SBE), Direction de la recherche clinique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Fonctions et dysfonctions épithéliales - UFC (EA 4267) (FDE), Université de Franche-Comté (UFC), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] (LSCE), Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cellules Souches et Radiations (SCSR (U967 / UMR-E_008)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Laboratoire Bioprojet, Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA (UMR_8251 / U1133)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Mitologics SAS, Hôpital Robert Debré, Biomécanique et Bioingénierie (BMBI), Université de Technologie de Compiègne (UTC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de radiotoxicologie expérimentale (IRSN/DRPH/SRBE/LRTOX), Service de RadioBiologie et d'Epidémiologie (IRSN/DRPH/SRBE), Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN)-Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stabilité génétique, Cellules Souches et Radiations (SCSR (U_967)), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université d'Angers (UA), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques ( INERIS ), Physiologie Cellulaire des Regulations Hormonales, Nutritionnelles et Pharmacologiques, Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de recherche biomédicale Bichat-Beaujon ( CRB3 ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Unité de recherche Pharmacologie-Toxicologie ( UPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Toxicologie, Pharmacologie et Signalisation Cellulaire ( U1124 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de biostatistique et d'épidémiologie ( SBE ), Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ), Institut de recherche, santé, environnement et travail ( Irset ), Université d'Angers ( UA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] ( EHESP ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ) -Université des Antilles ( UA ), Fonctions et dysfonctions épithéliales - UFC (EA 4267) ( FDE ), Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) ( FEMTO-ST ), Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] ( LSCE ), Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Cellules Souches et Radiations ( SCSR - U 967 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut des Sciences Chimiques de Rennes ( ISCR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie Fonctionnelle et Adaptative ( BFA ), and Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2010

29. Méthodes multivariées combinant ondelettes et analyse en composantes principales pour le débruitage de données issues de spectrométrie de masse

Author: Elise Mostacci, Caroline Truntzer, Hervé Cardot, Patrick Ducoroy, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Institut de Mathématiques de Bourgogne [Dijon] ( IMB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Institut de Mathématiques de Bourgogne [Dijon] (IMB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB), and Sfds-Hal, Conférence
Subjects: [STAT.TH] Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [STAT.TH]Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [MATH.MATH-ST] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [ STAT.TH ] Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH]
Abstract: International audience; L'identification de nouveaux biomarqueurs diagnostiques ou pronostiques est un des objectifs majeurs en recherche clinique. L'utilisation des technologies à haut débit comme la spectrométrie de masse est prometteuse pour l'identification de tels marqueurs. A partir d'un prélèvement de sang ou de tumeur par exemple, cette technologie permet de traduire sous forme de spectres le profil protéique des individus. Le signal biologique observé dans les spectres est masqué par différentes sources de variabilités techniques, qu'une phase préalable de prétraitement doit permettre de retirer. La méthode classique permettant de retirer le bruit aléatoire de mesure de ce signal combine la méthodologie des ondelettes et un seuillage, ceci spectre à spectre. L'utilisation des ondelettes permet la séparation du bruit aléatoire (coefficients de détail) et du signal biologique (coefficients d'approximation). Le seuillage des coefficients de détails permet ensuite d'annuler un certain nombre d'entre eux. Nous proposons dans ce travail d'améliorer le débruitage classique des données en tenant compte de la structure commune des signaux. Nous avons pour cela adapté aux données spectrométriques deux méthodes de débruitage qui combinent les ondelettes, le seuillage et les analyses en composantes principales classique ou creuse. Les méthodes proposées ont été évaluées et comparées à la méthode de seuillage univariée classique, ceci pour des données réelles et simulées. Il a été montré que l'ajout d'une étape de réduction de la dimension sur les approximations par une analyse en composantes principales en plus d'un seuillage classique sur les détails améliore le débruitage.
Published: 2010

30. Technological innovation around protein and cell biochip for diagnosis: a translational research from nanoworld to patient

Author: Celine Elie-Caille, Alain Rouleau, Benoit Simon, Céline Heu, Geraldine Lucchi, Wilfrid Boireau, Patrick Ducoroy, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Elie-Caille, Céline, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Simon, Benoît
Subjects: [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, [ SDV.BBM.BP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, atomic force microscopy, nanostructuration, diagnosis, biochip, [SDV.BBM.BP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, surface functionalization, mass spectrometry
Abstract: International audience; A great challenge in biosensors and diagnosis devices relies on the way to reconstitute relevant biological mechanisms on surface of the biochips and which analytical tools are convenient to provide accurate and rapid information on the structures and function of molecules attached to this surface. A better control in the realization of biochips can be obtained in combining different complementary approaches while always keeping in mind the biological key point. Researches in CLIPP are focused towards this objective. Conception, realization and characterization of protein and cell chips are presented. We detail different strategies of materials engineering1,2,3, chemical functionalizations and biomolecular graftings4, molecular and cellular characterization in physiological conditions5,6, which lead to the optimization of “biorecognitions events” at the surface of the chip. We present herein an original interdisciplinary approach, consisting to carry out in parallel a micro-scale analysis (SPR, fluorescence microscopy) and nano-scale characterizations (AFM, XPS, TOF-SIMS). Concerning protein interfaces, we demonstrated in particular that the molecular orientation in a protein monolayer can be determined based on the specific fragment ions from the protein in TOF-SIMS spectra7. These developments have also contributed to the establishment of a new biomolecular interaction analysis/mass spectrometry (BIA-MS) combination based on an entire “on-a-chip” procedure8. We report a low-cost approach combining Biacore 2000 analysis with homemade chips and MS and MS/MS identification directly onto the chips without elution step. Using this technique, identification of protein complexes were routinely obtained giving the opportunity to the “on-a-chip” processing to complete the BIA-MS approach in the discovery and analysis of protein complexes in biological fluids. Our interest is also focused on cell/surface interaction. The cell biochips we are developing consist either of circulating or adherent cells, that we characterized in terms of cell capture on biofunctionalized surface or growth with substrate dependency respectively. Parameters such as cell spreading, growth, morphology, and topography are particularly investigated and controlled by atomic force microscopy in physiological conditions6. With the aim to increase the throughput of analysis, we are currently working on cell and protein micro-arrays. Our expertise in cell and protein biochip preparation, and competences in micro- to nanoscale characterization in liquid conditions, represents precious assets enabling a relevant clinical proteomic research, thanks to deeply controlled steps of biosensor development and use.
Published: 2009

31. Revisited BIA-MS combination: Entire 'on-a-chip' processing leading to the proteins identification at low femtomole to sub-femtomole levels

Author: Géraldine Lucchi, Patrick Ducoroy, Alain Rouleau, Wilfrid Boireau, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BIA-MS project, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), and Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: In situ, MALDI-TOF, Analyte, [ SDV.BBM.BP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, Biomedical Engineering, Biophysics, Analytical chemistry, SPR, Biosensing Techniques, Mass spectrometry, 01 natural sciences, Sensitivity and Specificity, 03 medical and health sciences, Protein Interaction Mapping, Electrochemistry, Nanotechnology, BIA-MS, Biochip, Chromatography, High Pressure Liquid, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Chromatography, protein complexes, Elution, Chemistry, Microchemistry, 010401 analytical chemistry, Ms analysis, Reproducibility of Results, General Medicine, Equipment Design, Microfluidic Analytical Techniques, 0104 chemical sciences, Equipment Failure Analysis, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, Matrix-assisted laser desorption/ionization, SAM, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, Biotechnology
Abstract: International audience; We present the results of a study in which biomolecular interaction analysis (BIA, Biacore 2000) was combined with mass spectrometry (MS) using entire "on-a-chip" procedure. Most BIA-MS studies included an elution step of the analyte prior MS analysis. Here, we report a low-cost approach combining Biacore analysis with homemade chips and MS in situ identification onto the chips without elution step. First experiments have been made with rat serum albumin to determine the sensitivity and validation of the concept has been obtained with an antibody/antigen couple. Our "on-a-chip" procedure allowed complete analysis by MS-MS of the biochip leading to protein identifications at low femtomole to sub-femtomole levels. Using this technique, identification of protein complexes were routinely obtained giving the opportunity to the "on-a-chip" processing to complete the BIA-MS approach in the discovery and analysis of protein complexes
Published: 2008
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32. Analytical combinations to evaluate the macromolecular composition of extracellular substances (ECS) from Lactobacillus plantarum cell culture media

Author: Dominique Champion, Peio Elichiry-Ortiz, Christian Coelho, Pauline Maes, Stéphanie Weidmann, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)
Subjects: Proteomics, Hydrolases, Macromolecular Substances, Nitrogen, Polymers, Size-exclusion chromatography, Carbohydrates, Cell Culture Techniques, 02 engineering and technology, Polysaccharide, 01 natural sciences, Biochemistry, Mass Spectrometry, Analytical Chemistry, Cell wall, Bacterial Proteins, Spectroscopy, Fourier Transform Infrared, Hydrolase, Extracellular, LC-MS/MS, chemistry.chemical_classification, Principal Component Analysis, Proteins identification, biology, Extraction and quantification, 010401 analytical chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, biology.organism_classification, Carbon, Culture Media, 0104 chemical sciences, Molecular Weight, chemistry, Composition (visual arts), Physicochemical characterization, Sugars, 0210 nano-technology, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Lactobacillus plantarum, Extracellular substances, Macromolecule
Abstract: International audience; Sugar-enriched media are used to produce extracellular substances (ECS) by Lactobacillus plantarum WCSF1, with a focus on growing stages and carbon source substrates. Combination of size exclusion chromatography and ATR-FTIR spectroscopy provides physicochemical patterns of bulk ECS produced along culture growing time. Secreted biopolymers present polydisperse and high molecular weight distributions, with significant amounts of carbohydrates and proteins. Results, supported by a multivariate statistical analysis, enable to differentiate the macromolecular content of bacterial ECS along the growing stages regardless of the growing media, highlighting a higher production of proteinaceous materials compared to polysaccharides. At the end of the exponential phase, common exoproteins were present in all the tested sugar-enriched media such as transglycosylases between 20 and 35 kDa, a muropeptidase at 36.9 kDa and a cell wall hydrolase. Additionally, L. plantarum WCFS1 secretes ECS with a greater diversity of proteins, when growing in the sucrose-enriched media. Graphical abstract.
Published: 2020
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33. Restoring anti-sarcoma immune response through Vanin-1-mediated metabolic reprogramming

Author: Miallot, R., Millet, V., Roger, A., Fenouil, R., Charbonnier, G., Vannier, T., Tardivel, C., Grange, M., Luche, H., Martin, J. C., Shintu, L., Berchard, P., Brouilly, N., Richard, F., Souza, Lanza J., Nguyen, T. T., Galland, F., Dutour, A., Sandrine HENRI, Ugolini, S., Bertucci, F., Blay, J. Y., Naquet, P., COMBE, Isabelle, Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie Pharmaceutique Albert Lespagnol (ICPAL), Université de Lille, Droit et Santé, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fonctions et dysfonctions épithéliales - UFC (EA 4267) (FDE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Inconnu, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), and yEFIS
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology
Abstract: International audience
Published: 2022

34. Peroxisomal ATP-binding cassette transporters form mainly tetramers

Author: Quentin Raas, Alexandre M.M. Dias, Catherine Gondcaille, Géraldine Lucchi, Flore Geillon, Caroline Truntzer, Doriane Trompier, Stéphane Savary, Pierre Falson, Patrick Ducoroy, Delphine Pecqueur, Laboratoire Bio-PeroxIL. Biochimie du peroxysome, inflammation et métabolisme lipidique [Dijon] (BIO-PEROXIL), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie moléculaire et biochimie structurale / Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (MMSB), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon
Subjects: 0301 basic medicine, Carcinoma, Hepatocellular, Green Fluorescent Proteins, protein assembly, ATP-binding cassette transporter, Calcium-Transporting ATPases, Plasma protein binding, fatty-acid transport, Biology, ATP Binding Cassette Transporter, Subfamily D, ATP Binding Cassette Transporter, Subfamily D, Member 1, Biochemistry, Mass Spectrometry, Cell Line, Protein–protein interaction, protein-protein interaction, Mice, 03 medical and health sciences, Adenosine Triphosphate, Tandem Mass Spectrometry, Chlorocebus aethiops, Protein Interaction Mapping, Peroxisomes, Animals, peroxisome, Calcium Signaling, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Protein Structure, Quaternary, Molecular Biology, Peroxisomal targeting signal, 030102 biochemistry & molecular biology, Liver Neoplasms, Cell Biology, Peroxisome, Rats, Transport protein, Protein Transport, 030104 developmental biology, COS Cells, Protein Structure and Folding, ATP-Binding Cassette Transporters, Protein quaternary structure, ABC transporter, Protein Binding
Abstract: International audience; ABCD1 and its homolog ABCD2 are peroxisomal ATP-binding cassette (ABC) half-transporters of fatty acyl-CoAs with both distinct and overlapping substrate specificities. Although it is established that ABC half-transporters have at least to dimerize to generate a functional unit, functional equivalents of tetramers (i.e. dimers of full-length transporters) have also been reported. However, oligomerization of peroxisomal ABCD transporters is incompletely understood but is of potential significance because more complex oligomerization might lead to differences in substrate specificity. In this work, we have characterized the quaternary structure of the ABCD1 and ABCD2 proteins in the peroxisomal membrane. Using various biochemical approaches, we clearly demonstrate that both transporters exist as both homo- and heterotetramers, with a predominance of homotetramers. In addition to tetramers, some larger molecular ABCD assemblies were also found but represented only a minor fraction. By using quantitative co-immunoprecipitation assays coupled with tandem mass spectrometry, we identified potential binding partners of ABCD2 involved in polyunsaturated fatty-acid metabolism. Interestingly, we identified calcium ATPases as ABCD2-binding partners, suggesting a role of ABCD2 in calcium signaling. In conclusion, we have shown here that ABCD1 and its homolog ABCD2 exist mainly as homotetramers in the peroxisomal membrane.
Published: 2017
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35. Proteomic characterization of the mucosal pellicle formed in vitro on a cellular model of oral epithelium

Author: Alessandra Olianas, Gianluigi Cabiddu, Pauline Maes, Martine Morzel, Franck Hyvrier, Francis Canon, Hélène Brignot, Barbara Manconi, Tiziana Cabras, Department of Life and Environmental Sciences, University of Cagliari, Université de Cagliari, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and French National Research Agency (MUFFIN N° 14-20–0001CE-01). Regione Autonoma della Sardegna (P.O.R. F.S.E. 2014–2020) and the European Union ERASMUS+ programme provided financial support for Gianluigi Cabiddu
Subjects: Proteomics, 0301 basic medicine, Saliva, TR146/MUC1 cells, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biophysics, Plunc, Biochemistry, Epithelium, 03 medical and health sciences, Tandem Mass Spectrometry, medicine, Humans, Dental Pellicle, Salivary Proteins and Peptides, proteomic, MUC1, Mucosal pellicle, 030102 biochemistry & molecular biology, Chemistry, Mucin, Trypsin, In vitro, Transmembrane protein, Cellular model of oral mucosa, 030104 developmental biology, Proteome, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, medicine.drug
Abstract: The oral mucosal pellicle is a thin lubricating layer generated by the binding of saliva proteins on epithelial oral cells. The protein composition of this biological structure has been to date studied by targeted analyses of specific salivary proteins. In order to perform a more exhaustive proteome characterization of pellicles, we used TR146 cells expressing or not the transmembrane mucin MUC1 and generated pellicles by incubation with human saliva and washing to remove unbound proteins. A suitable method was established for the in vitro isolation of the mucosal pellicle by "shaving" it from the cells using trypsin. The extracts, the washing solutions and the saliva used to constitute the pellicles were analyzed by LC MS/MS (data are available via ProteomeXchange with identifier PXD017268). Comparison of pellicle and saliva compositions evidenced the adsorption of proteins not previously reported as pellicle constituents such as proteins of the PLUNC family. Pellicles formed on TR146 and TR146/MUC1 were also analyzed and compared by protein label-free quantification. The two types of samples appeared as distinct clusters in multivariate analyses, but the discriminant proteins (Welch test p .05, FDR 0.1) were cellular rather than salivary proteins. SIGNIFICANCE: The oral mucosal pellicle is made of salivary proteins tightly bound to oral epithelial cells. It is essential to oral health, with biological functions depending largely on its protein constituents. Characterizing its proteome is difficult due to the intimate association of this protein layer to cell membranes. In this work, we report a trypsin "shaving" protocol which enabled to sample the pellicle formed on an in vitro cellular model of oral epithelium. Analyzing such samples by high-resolution mass spectrometry provided novel information on the mucosal pellicle composition. This work is therefore a good starting point for further characterization of this biological structure.
Published: 2020
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36. Linear MALDI-ToF simultaneous spectrum deconvolution and baseline removal

Author: Picaud, Vincent, Giovannelli, Jean-Francois, Truntzer, Caroline, Charrier, Jean-Philippe, Giremus, Audrey, Grangeat, Pierre, Mercier, Catherine, Laboratoire d'analyse des données et d'intelligence des systèmes (LADIS), Département Métrologie Instrumentation & Information (DM2I), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Laboratoire de l'intégration, du matériau au système (IMS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Biomérieux SA - R&D Proteom, bioMérieux SA, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-BLAN-0313,BHI-PRO,Inversion hiérarchique bayésienne dédiée à la spectrométrie de masse. Application à la découverte et la validation de nouveaux marqueurs protéiques.(2010), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Mass spectrometry, Deconvolution, lcsh:Computer applications to medicine. Medical informatics, lcsh:Biology (General), [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, Baseline, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, lcsh:R858-859.7, Peak picking, Artifacts, lcsh:QH301-705.5, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], Algorithms, [MATH.MATH-NA]Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA], Research Article
Abstract: International audience; BackgroundThanks to a reasonable cost and simple sample preparation procedure, linear MALDI-ToF spectrometry is a growing technology for clinical microbiology. With appropriate spectrum databases, this technology can be used for early identification of pathogens in body fluids. However, due to the low resolution of linear MALDI-ToF instruments, robust and accurate peak picking remains a challenging task. In this context we propose a new peak extraction algorithm from raw spectrum. With this method the spectrum baseline and spectrum peaks are processed jointly. The approach relies on an additive model constituted by a smooth baseline part plus a sparse peak list convolved with a known peak shape. The model is then fitted under a Gaussian noise model. The proposed method is well suited to process low resolution spectra with important baseline and unresolved peaks.ResultsWe developed a new peak deconvolution procedure. The paper describes the method derivation and discusses some of its interpretations. The algorithm is then described in a pseudo-code form where the required optimization procedure is detailed. For synthetic data the method is compared to a more conventional approach. The new method reduces artifacts caused by the usual two-steps procedure, baseline removal then peak extraction. Finally some results on real linear MALDI-ToF spectra are provided.ConclusionsWe introduced a new method for peak picking, where peak deconvolution and baseline computation are performed jointly. On simulated data we showed that this global approach performs better than a classical one where baseline and peaks are processed sequentially. A dedicated experiment has been conducted on real spectra. In this study a collection of spectra of spiked proteins were acquired and then analyzed. Better performances of the proposed method, in term of accuracy and reproductibility, have been observed and validated by an extended statistical analysis.
Published: 2018
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37. Toward the Identification of Two Glycoproteins Involved in the Stomatal Deregulation of Downy Mildew–Infected Grapevine Leaves

Author: Christelle Guillier, Delphine Pecqueur, Marielle Adrian, Patrick Ducoroy, Marie-Claire Héloir, Caroline Truntzer, Magdalena Gamm, Géraldine Lucchi, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Bourgogne (UB), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Conseil Regional de Bourgogne, Bureau Interprofessionnel des Vins de Bourgogne (BIVB), International Society for Horticultural Science (ISHS). INT., and ProdInra, Migration
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, Proteomics, Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], stomata, Molecular Sequence Data, Plant Epidermis, Fungal Proteins, Cell wall, Plasmopara, Plasmopara viticola, chemistry.chemical_compound, Cell Wall, Botany, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Computer Simulation, Vitis, Amino Acid Sequence, Pathogen, Abscisic acid, Phylogeny, proteomic, Glycoproteins, Plant Diseases, Plant Proteins, plant-microbe interaction, Fungal protein, Sequence Homology, Amino Acid, biology, fungi, Plant Stomata, food and beverages, General Medicine, Chromatography, Ion Exchange, biology.organism_classification, Apoplast, [SDV] Life Sciences [q-bio], Plant Leaves, Oomycetes, Biochemistry, chemistry, Vitis vinifera, Host-Pathogen Interactions, [SDE]Environmental Sciences, Downy mildew, guard cell, Agronomy and Crop Science
Abstract: SPE Pôle IPM UB; International audience; Stomata remain abnormally opened and unresponsive to abscisic acid in grapevine leaves infected by downy mildew. This deregulation occurs from 3 days post inoculation and increases concomitantly with leaf colonization by the pathogen. Using epidermal peels, we demonstrated that the active compound involved in this deregulation is located in the apoplast. Biochemical assays showed that the active compound present in the apoplastic fluids isolated from Plasmopara viticola infected grapevine leaves (IAF) is a CysCys bridge-independent, thermostable and glycosylated protein. Fractionation guided assays based on chromatography / stomatal response and proteomic analysis allowed the identification of both plant and pathogen proteins in the active fraction obtained from IAF. Further in silico analysis and discriminant filtrations based on the comparison between predictions and experimental indications lead to the identification of two V. vinifera proteins as candidates for the observed stomatal deregulation
Published: 2015
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38. Saracatinib impairs maintenance of human T-ALL by targeting the LCK tyrosine kinase in cells displaying high level of lipid rafts

Author: Géraldine Lucchi, Benjamin Uzan, Françoise Pflumio, Anne Buffière, Laurent Delva, Jean-Noël Bastie, Ronan Quéré, Paola Ballerini, Laetitia Saint-Paul, Théo Accogli, Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire d'Excellence : Lipoprotéines et Santé : prévention et Traitement des maladies Inflammatoires et du Cancer (LabEx LipSTIC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Montpellier (UM), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Laboratoire de Recherche sur les Cellules Souches Hématopoiétiques et Leucémiques (LSHL), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'hématologie-immunologie-oncologie pédiatrique [CHU Trousseau], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service d'Hématologie Clinique (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École pratique des hautes études (EPHE)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] (EFS [Bourgogne-France-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université de Montpellier (UM), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP]-Sorbonne Université (SU), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-Université de Montpellier (UM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-Université de Montpellier (UM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS BFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: 0301 basic medicine, Cancer Research, Reactive oxygen species metabolism, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Antineoplastic Agents, Precursor T-Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Preclinical research, Mice, Membrane Microdomains, Cell Line, Tumor, Animals, Humans, Acute lymphocytic leukaemia, Benzodioxoles, Lipid raft, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Membrane potential, Membrane Potential, Mitochondrial, Saracatinib, Chemistry, Hematology, Xenograft Model Antitumor Assays, Disease Models, Animal, 030104 developmental biology, Oncology, Cell culture, Lymphocyte Specific Protein Tyrosine Kinase p56(lck), Cancer research, Neoplastic Stem Cells, Quinazolines, Reactive Oxygen Species, Tyrosine kinase
Abstract: International audience
Published: 2017
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39. Prise en compte de la technologie dans la quantification des biomarqueurs

Author: Mercier, C., Klich, A., Truntzer, C., Picaud, Vincent, Giovannelli, J.F., Ducoroy, P., Grangeat, P., Maucort-Bouch, D., Roy, P., Savelli, Bruno, BLANC - Inversion hiérarchique bayésienne dédiée à la spectrométrie de masse. Application à la découverte et la validation de nouveaux marqueurs protéiques. - - BHI-PRO2010 - ANR-10-BLAN-0313 - BLANC - VALID, Hospices Civils de Lyon (HCL), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'analyse des données et d'intelligence des systèmes (LADIS), Département Métrologie Instrumentation & Information (DM2I), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Laboratoire de l'intégration, du matériau au système (IMS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and ANR-10-BLAN-0313,BHI-PRO,Inversion hiérarchique bayésienne dédiée à la spectrométrie de masse. Application à la découverte et la validation de nouveaux marqueurs protéiques.(2010)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV]Life Sciences [q-bio], bioinformatics, spectrum analysis, signal processing, mass spectrometry, MALDI, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology
Abstract: International audience; Part de la variance technologique dans la quantification des biomarqueurs. Exemple en protéomique avec la technologie MALDI-TOF
Published: 2016

40. Pea in the genomic era

Author: Burstin, Judith, Alves Carvalho, Susete, Aluome, Christelle, Tayeh, Nadim, Brochot, Anne-Lise, Carrere, Sebastien, Kreplak, Jonathan, Klein, Anthony, Lecomte, Christophe, Bourion, Virginie, Delaitre, Catherine, Falque, Matthieu, Cruaud, Corinne, Salloignon, Pauline, Truntzer, Caroline, Moreau, Sandra, Balzergue, Sandrine, Lejeune-Henaut, Isabelle, Gamas, Pascal, Gouzy, Jerome, Wincker, Patrick, Le Paslier, Marie-Christine, Brunel, Dominique, Aubert, Gregoire, Duc, Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université d'Artois (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: pois, [SDV]Life Sciences [q-bio], pea
Abstract: BAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
Published: 2015

41. Pea in the genomic era

Author: Burstin, Judith, Alves Carvalho, Susete, Aluome, Christelle, Tayeh, Nadim, Brochot, Anne-Lise, Carrere, Sebastien, Kreplak, Jonathan, Klein, Anthony, Lecomte, Christophe, Bourion, Virginie, Delaitre, Catherine, Falque, Matthieu, Cruaud, Corinne, Salloignon, Pauline, Truntzer, Caroline, Moreau, Sandra, Balzergue, Sandrine, Lejeune-Henaut, Isabelle, Gamas, Pascal, Gouzy, Jerome, Wincker, Patrick, Le Paslier, Marie-Christine, Brunel, Dominique, Aubert, Gregoire, Duc, Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université d'Artois (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: pois, [SDV]Life Sciences [q-bio], pea
Abstract: BAP Pôle GeapsiBAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
Published: 2015

42. Pea in the genomic era

Author: Burstin, Judith, Alves Carvalho, Susete, Aluome, Christelle, Tayeh, Nadim, Brochot, Anne-Lise, Carrere, Sebastien, Kreplak, Jonathan, Klein, Anthony, Lecomte, Christophe, Bourion, Virginie, Delaitre, Catherine, Falque, Matthieu, Cruaud, Corinne, Salloignon, Pauline, Truntzer, Caroline, Moreau, Sandra, Balzergue, Sandrine, Lejeune-Henaut, Isabelle, Gamas, Pascal, Gouzy, Jerome, Wincker, Patrick, Le Paslier, Marie-Christine, Brunel, Dominique, Aubert, Gregoire, Duc, Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université d'Artois (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: pois, [SDV]Life Sciences [q-bio], pea
Abstract: BAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
Published: 2015

43. Pea in the genomic era

Author: Burstin, Judith, Alves Carvalho, Susete, Aluome, Christelle, Tayeh, Nadim, Brochot, Anne-Lise, Carrere, Sebastien, Kreplak, Jonathan, Klein, Anthony, Lecomte, Christophe, Bourion, Virginie, Delaitre, Catherine, Falque, Matthieu, Cruaud, Corinne, Salloignon, Pauline, Truntzer, Caroline, Moreau, Sandra, Balzergue, Sandrine, Lejeune-Henaut, Isabelle, Gamas, Pascal, Gouzy, Jerome, Wincker, Patrick, Le Paslier, Marie-Christine, Brunel, Dominique, Aubert, Gregoire, Duc, Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université d'Artois (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: pois, [SDV]Life Sciences [q-bio], pea
Abstract: BAP Pôle GeapsiBAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
Published: 2015

44. Pea in the genomic era

Author: Burstin, Judith, Alves Carvalho, Susete, Aluome, Christelle, Tayeh, Nadim, Brochot, Anne-Lise, Carrere, Sebastien, Kreplak, Jonathan, Klein, Anthony, Lecomte, Christophe, Bourion, Virginie, Delaitre, Catherine, Falque, Matthieu, Cruaud, Corinne, Salloignon, Pauline, Truntzer, Caroline, Moreau, Sandra, Aubourg-Balzergue, Sandrine, Lejeune-Henaut, Isabelle, Gamas, Pascal, Gouzy, Jerome, Wincker, Patrick, Le Paslier, Marie-Christine, Brunel, Dominique, Aubert, Gregoire, Duc, Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Artois (UA)-Institut Supérieur d'Agriculture, and Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV)
Subjects: pois, [SDV]Life Sciences [q-bio], pea
Abstract: BAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
Published: 2015

45. Pea in the genomic era

Author: Burstin, Judith, Alves Carvalho, Susete, Aluome, Christelle, Tayeh, Nadim, Brochot, Anne-Lise, Carrere, Sebastien, Kreplak, Jonathan, Klein, Anthony, Lecomte, Christophe, Bourion, Virginie, Delaitre, Catherine, Falque, Matthieu, Cruaud, Corinne, Salloignon, Pauline, Truntzer, Caroline, Moreau, Sandra, Aubourg-Balzergue, Sandrine, Lejeune-Henaut, Isabelle, Gamas, Pascal, Gouzy, Jerome, Wincker, Patrick, Le Paslier, Marie-Christine, Brunel, Dominique, Aubert, Gregoire, Duc, Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Artois (UA)-Institut Supérieur d'Agriculture, and Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV)
Subjects: pois, [SDV]Life Sciences [q-bio], pea
Abstract: BAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
Published: 2015

46. Pea in the genomic era

Author: Burstin , Judith, Alves Carvalho , Susete, Aluome , Christelle, Tayeh , Nadim, Brochot , Anne-Lise, Carrere , Sebastien, Kreplak , Jonathan, Klein , Anthony, Lecomte , Christophe, Bourion , Virginie, Delaitre , Catherine, Falque , Matthieu, Cruaud , Corinne, Salloignon , Pauline, Truntzer , Caroline, Moreau , Sandra, Aubourg-Balzergue , Sandrine, Lejeune-Henaut , Isabelle, Gamas , Pascal, Gouzy , Jerome, Wincker , Patrick, Le Paslier , Marie-Christine, Brunel , Dominique, Aubert , Gregoire, Duc , Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes ( IGEPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Interactions plantes-microorganismes et santé végétale, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) ( GQE-Le Moulon ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] ( GENOSCOPE ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche en Horticulture et Semences ( IRHS ), Université d'Angers ( UA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 ( ICV ), Université d'Artois ( UA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université du Littoral Côte d'Opale ( ULCO ) -Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, and Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux ( EPGV )
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], pois, pea
Abstract: BAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
Published: 2015

47. Pea in the genomic era

Author: Burstin, Judith, Alves Carvalho, Susete, Aluome, Christelle, Tayeh, Nadim, Brochot, Anne-Lise, Carrere, Sebastien, Kreplak, Jonathan, Klein, Anthony, Lecomte, Christophe, Bourion, Virginie, Delaitre, Catherine, Falque, Matthieu, Cruaud, Corinne, Salloignon, Pauline, Truntzer, Caroline, Moreau, Sandra, Balzergue, Sandrine, Lejeune-Henaut, Isabelle, Gamas, Pascal, Gouzy, Jerome, Wincker, Patrick, Le Paslier, Marie-Christine, Brunel, Dominique, Aubert, Gregoire, Duc, Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université d'Artois (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: pois, [SDV]Life Sciences [q-bio], pea
Abstract: BAP Pôle GeapsiBAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
Published: 2015

48. Pea in the genomic era

Author: Burstin, Judith, Alves Carvalho, Susete, Aluome, Christelle, Tayeh, Nadim, Brochot, Anne-Lise, Carrere, Sebastien, Kreplak, Jonathan, Klein, Anthony, Lecomte, Christophe, Bourion, Virginie, Delaitre, Catherine, Falque, Matthieu, Cruaud, Corinne, Salloignon, Pauline, Truntzer, Caroline, Moreau, Sandra, Aubourg-Balzergue, Sandrine, Lejeune-Henaut, Isabelle, Gamas, Pascal, Gouzy, Jerome, Wincker, Patrick, Le Paslier, Marie-Christine, Brunel, Dominique, Aubert, Gregoire, Duc, Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Artois (UA)-Institut Supérieur d'Agriculture, and Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV)
Subjects: pois, [SDV]Life Sciences [q-bio], pea
Abstract: BAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
Published: 2015

49. Understanding food behaviour in child through his salivary composition. A prospective study on children expressing oral disorders

Author: Gilles Feron, Hélène Brignot, Patrick Ducoroy, Ségolène Gaillard, Aline Jeannin, Anna-Louise Le Déaut, Géraldine Lucchi, Martine Morzel, Eric Neyraud, Sophie Nicklaus, Florian Nicod, Pascal Schlich, Caroline Truntzer, Michel Visalli, Noël Peretti, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Femme Mère Enfant, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, French National Research Agency (grant ANR-10-ALIA-001 ORALISENS)., European Project: 245012,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2009-3,HABEAT(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ProdInra, Archive Ouverte, and Determining factors and critical periods in food habit formation and breaking in early childhood: a multidisciplinary approach - HABEAT - - EC:FP7:KBBE2010-01-01 - 2014-04-30 - 245012 - VALID
Subjects: [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Alimentation et Nutrition, digestive, oral, and skin physiology, Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: In Human, the oral sphere is the first and main place where sensory stimuli are released and perceived. The phenomena occurring during food breakdown and sensory perception are complex and in this system saliva plays a major role. Over the last ten years, the increasing research on human saliva revealed the extreme complexity of this biological fluid, in terms of protein and small molecules composition. As such, saliva may carry the biological signature of an individual. Related to food, a fundamental question is to understand whether this biological signature is established during early oral exposition to food and whether it reflects the future oral sensitivity of an individual to food. A mean to prove this concept is to follow children who had an oral by-pass during critical phases of early food behavior development that results in the development of so-called oral disorders. Oral disorders are expressed for example by an exacerbated gag reflex, difficulties in chewing and swallowing and high food selectivity and may persist for years after oral by-pass ending. In this context a population of 21 children who suffered from oral disorders (OD) was compared to a healthy control population (NOD, n=23). The two populations were followed during one year (three samplings over the year) and compared regarding their sensitivity to food (feeding difficulties, food preferences and food habits measured through questionnaires) on one side and their salivary composition (measured with targeted and non-targeted approaches) on the other side. On feeding difficulty aspects, OD children were separated significantly on 6 dimensions reflecting eating difficulties, oral tactile sensitivity, appetite and interest for food, sensitivity to food texture, sensitivity to tastes, sensitivity to temperature. Moreover, liking, consumption frequency and number of consumed foods were lower for the OD compared to the NOD children for some specific food groups. On saliva, some components identified by biochemical, proteomic, peptidomic and metabolomic analyses were associated specifically to oral disorder. Despite a large heterogeneity within the groups, this study permitted to discriminate clearly between the two populations on both their food sensitivity and their salivary composition. Further analyses of the data are ongoing in order to identify the relationships between salivary markers and food sensitivity.
Published: 2014

50. Optimization of the preanalytical steps of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry identification provides a flexible and efficient tool for identification of clinical yeast isolates in medical laboratories

Author: Alain Bonnin, Patrick Ducoroy, Marianne Goyer, O. Vagner, Géraldine Lucchi, Frédéric Dalle, Mycology-Parasitology Department, Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Microbiology (medical), Microbiological Techniques, Time Factors, medical laboratories, [SDV]Life Sciences [q-bio], clinical yeast isolates, Matrix assisted laser desorption ionization time of flight, Mycology, Mass spectrometry, Specimen Handling, flight mass spectrometry, 03 medical and health sciences, Yeasts, Humans, ionization-time, 030304 developmental biology, Molecular identification, 0303 health sciences, Chromatography, 030306 microbiology, Chemistry, Yeast, Culture Media, Identification (information), Mycoses, matrix-assisted laser, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, [SDE]Environmental Sciences, identification
Abstract: We report here that modifications of the preanalytical steps of matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) identification of yeasts, with regard to the original protocol provided by the manufacturers, appear to be efficient for the reliable routine identification of clinical yeast isolates in medical laboratories. Indeed, when one colony was sampled instead of five and the protein extraction protocol was modified, the performance of MALDI-TOF MS was superior to that of the API ID 32C method (discrepancies were confirmed by using molecular identification), allowing the correct identification of 94% of the 335 clinical isolates prospectively tested. We then demonstrated that the time for which the primary cultures were preincubated on CHROMagar did not impact the identification of yeasts by MALDI-TOF MS, since 95.1 and 96.2% of the 183 clinical yeast isolates prospectively tested were correctly identified after 48 and 72 h of preincubation, respectively.
Published: 2012
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