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7. First cases of Omicron in France are exhibiting mild symptoms, November 2021–January 2022

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Andrieu, A., Broustal, O., Chene, S., Chent, S., Fougère, E., Gbaguidi, G., Hamidouche, M., Lamy, A., Mano, Q., Mastrovito, B., Mercier, A., Modenesi, G., Picard, G., Prudhomme, J., Rapilly, F., Riondel, A., Rivière, M., Villegas Ramirez, B., Zhu-Soubise, A., Zurbaran, M., Amzert, A., Andreoletti, L., Bal, A., Beaurepere, R., Behillil, S., Belec, L., Bernard, C., Bocket, L., Bouri, L., Bourlet, T., Bressollette-Bodin, C., Brichler, S., Brugerolles, C., Cado, S., Calvez, V., Capron, N., Castelain, S., Castro-Alvarez, J., Chaix, M.-L., Charpentier, C., Che, D., Chillou, C., Colson, P., Coudene, P., Crinquette, A., De Rougemont, A., Delagrèverie, H., Delamare, C., Denecker-Berardino, T., Descamps, D., Desroches, M., Destras, G., Dos Santos, G., Ducancelle, A., Ducreux, S., Duret, T., Enouf, V., Fafi-Kremer, S., Felici, C., Fourati, S., Fournier, P.-E., Gaudy, C., Germain, H., Giordanengo, V., Gorge, O., Haim-Boukobza, S., Henquell, C., Holstein, A., Houhamdi, L., Izopet, J., Jacomo, V., Jacques, A., Jaffar-Bandjee, M.-C., Jimenez, M., Josset, L., Kemeny, S., Lafon, M.-E., Le Bars, A., Le Corguille, G., Lepiller, Q., Levasseur, A., Leveque, N., Lina, B., Madelaine, C., Malabat, C., Marque-Juillet, S., Martin-Dunavit, T., Mavingui, P., Merens, A., Messak, I., Morand-Joubert, L., Naudot, X., Neybecker, P., Pawlotsky, J.-M., Pilorge, L., Plantier, J.-C., Poggi, C., Pretet, M., Ragot, C., Raoul, H., Rogez, S., Roque-Afonso, A.-M., Roquebert, B., Rousset, D., Rozenberg, F., Sagot, C., Sahnoune, S., Salgado, D., Sand, O., Saudemont, C., Schvoerer, E., Simon-Loriere, E., Stephan, R., Sudour, J., Thibault, V., Tuaillon, E., Vabret, A., Vallee, E., Van Der Werf, S., Van Helden, J., Verdurme, L., Vignola, A., Wilkinson, D., Yazdanpanah, Y., Maisa, A., Spaccaferri, G., Fournier, L., Schaeffer, J., Deniau, J., Rolland, P., and Coignard, B.

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2022
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8. First cases of Omicron in France are exhibiting mild symptoms, November 2021–January 2022

Author

Maisa, A., primary, Spaccaferri, G., additional, Fournier, L., additional, Schaeffer, J., additional, Deniau, J., additional, Rolland, P., additional, Coignard, B., additional, Andrieu, A., additional, Broustal, O., additional, Chene, S., additional, Chent, S., additional, Fougère, E., additional, Gbaguidi, G., additional, Hamidouche, M., additional, Lamy, A., additional, Mano, Q., additional, Mastrovito, B., additional, Mercier, A., additional, Modenesi, G., additional, Picard, G., additional, Prudhomme, J., additional, Rapilly, F., additional, Riondel, A., additional, Rivière, M., additional, Villegas Ramirez, B., additional, Zhu-Soubise, A., additional, Zurbaran, M., additional, Amzert, A., additional, Andreoletti, L., additional, Bal, A., additional, Beaurepere, R., additional, Behillil, S., additional, Belec, L., additional, Bernard, C., additional, Bocket, L., additional, Bouri, L., additional, Bourlet, T., additional, Bressollette-Bodin, C., additional, Brichler, S., additional, Brugerolles, C., additional, Cado, S., additional, Calvez, V., additional, Capron, N., additional, Castelain, S., additional, Castro-Alvarez, J., additional, Chaix, M.-L., additional, Charpentier, C., additional, Che, D., additional, Chillou, C., additional, Colson, P., additional, Coudene, P., additional, Crinquette, A., additional, De Rougemont, A., additional, Delagrèverie, H., additional, Delamare, C., additional, Denecker-Berardino, T., additional, Descamps, D., additional, Desroches, M., additional, Destras, G., additional, Dos Santos, G., additional, Ducancelle, A., additional, Ducreux, S., additional, Duret, T., additional, Enouf, V., additional, Fafi-Kremer, S., additional, Felici, C., additional, Fourati, S., additional, Fournier, P.-E., additional, Gaudy, C., additional, Germain, H., additional, Giordanengo, V., additional, Gorge, O., additional, Haim-Boukobza, S., additional, Henquell, C., additional, Holstein, A., additional, Houhamdi, L., additional, Izopet, J., additional, Jacomo, V., additional, Jacques, A., additional, Jaffar-Bandjee, M.-C., additional, Jimenez, M., additional, Josset, L., additional, Kemeny, S., additional, Lafon, M.-E., additional, Le Bars, A., additional, Le Corguille, G., additional, Lepiller, Q., additional, Levasseur, A., additional, Leveque, N., additional, Lina, B., additional, Madelaine, C., additional, Malabat, C., additional, Marque-Juillet, S., additional, Martin-Dunavit, T., additional, Mavingui, P., additional, Merens, A., additional, Messak, I., additional, Morand-Joubert, L., additional, Naudot, X., additional, Neybecker, P., additional, Pawlotsky, J.-M., additional, Pilorge, L., additional, Plantier, J.-C., additional, Poggi, C., additional, Pretet, M., additional, Ragot, C., additional, Raoul, H., additional, Rogez, S., additional, Roque-Afonso, A.-M., additional, Roquebert, B., additional, Rousset, D., additional, Rozenberg, F., additional, Sagot, C., additional, Sahnoune, S., additional, Salgado, D., additional, Sand, O., additional, Saudemont, C., additional, Schvoerer, E., additional, Simon-Loriere, E., additional, Stephan, R., additional, Sudour, J., additional, Thibault, V., additional, Tuaillon, E., additional, Vabret, A., additional, Vallee, E., additional, Van Der Werf, S., additional, Van Helden, J., additional, Verdurme, L., additional, Vignola, A., additional, Wilkinson, D., additional, and Yazdanpanah, Y., additional

Published
2022
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12. HIV-1 integrase variability and relationship with drug resistance in antiretroviral-naive and -experienced patients with different HIV-1 subtypes

Author

Reigadas, S., Marcelin, A. G., Houssaïni, A., Yerly, S., Descamps, D., Plantier, J. C., Ruffault, A., Amiel, C., Trabaud, M. A., Flandre, Philippe, Fleury, H., Masquelier, B., Roussel, C., Alloui, C., Leguillou-Guillemette, H., Bettinger, D., Pallier, C., Descamps, D., Brun-Vezinet, F., Peytavin, G., Masquelier, B., Pinson, P., Reigadas, S., Vallet, S., Poveda, J. D., Mirand, A., Krivine, A., Auvray, C., de Rougemont, A., Yerly, S., Signori-Schmuck, A., Bocket, L., Rogez, S., Tamalet, C., Schneider, V., Amiel, C., Bouvier-Alias, M., Montes, B., Schvoerer, E., Ferré, V., Chaix, M. L., Guinard, J., Haim-Boukobza, S., Soulié, C., Marcelin, A. G., Flandre, P., Assoumou, L., Calvez, V., Maillard, A., Morand-Joubert, L., Chaplain, C., Delaugerre, C., Bourlet, T., Bertsch, S., Plantier, J. C., Raymond, S., and Marque-Juillet, S.

Published
2013
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13. Cross-resistance to elvitegravir and dolutegravir in 502 patients failing on raltegravir: a French national study of raltegravir-experienced HIV-1-infected patients

Author

Fourati, Slim, Charpentier, Charlotte, Amiel, Corinne, Morand-Joubert, Laurence, Reigadas, Sandrine, Trabaud, Mary-Anne, Delaugerre, Constance, Nicot, Florence, Rodallec, Audrey, Maillard, Anne, Mirand, Audrey, Jeulin, Hélène, Montès, Brigitte, Barin, Francis, Bettinger, Dominique, Le Guillou-Guillemette, Hélène, Vallet, Sophie, Signori-Schmuck, Anne, Descamps, Diane, Calvez, Vincent, Flandre, Philippe, Marcelin, Anne-Genevieve, Lagier, E., Roussel, C., Le Guillou, H., Alloui, C., Bettinger, D., Pallier, C., Fleury, H., Reigadas, S., Bellecave, P., Recordon-Pinson, P., Payan, C., Vallet, S., Vabret, A., Henquell, C., Mirand, A., Bouvier-Alias, M., de Rougemont, A., Dos Santos, G., Morand, P., Signori-Schmuck, A., Bocket, L., Rogez, S., Andre, P., Tardy, J. C., Trabaud, M. A., Tamalet, C., Delamare, C., Montes, B., Schvoerer, E., Ferre, V., André-Garnier, E., Cottalorda, J., Guinard, J., Guiguon, A., Descamps, D., Brun-Vézinet, F., Charpentier, C., Visseaux, B., Peytavin, G., Krivine, A., Si-Mohamed, A., Avettand-Fenoel, V., Marcelin, A. G., Calvez, V., Lambert-Niclot, S., Soulié, C., Wirden, M., Morand-Joubert, L., Delaugerre, C., Chaix, M. L., Amiel, C., Schneider, V., Giraudeau, G., Brodard, V., Maillard, A., Plantier, J. C., Chaplain, C., Bourlet, T., Fafi-Kremer, S., Stoll-Keller, F., Schmitt, M. P., Barth, H., Yerly, S., Poggi, C., Izopet, J., Raymond, S., Barin, F., Chaillon, A., Marque-Juillet, S., Roque-Afonso, A. M., Haïm-Boukobza, S., Flandre, P., Grudé, M., Assoumou, L., Costagliola, D., Allegre, T., Schmit, J. L., Chennebault, J. M., Bouchaud, O., Magy-Bertrand, N., Delfraissy, J. F., Dupon, M., Morlat, P., Neau, D., Ansart, S., Jaffuel, S., Verdon, R., Jacomet, C., Lévy, Y., Dominguez, S., Chavanet, P., Piroth, L., Cabié, A., Leclercq, P., Ajana, F., Cheret, A., Weinbreck, P., Cotte, L., Poizot-Martin, I., Ravaud, I., Christian, B., Truchetet, F., Grandidier, M., Reynes, J., May, T., Goehringer, F., Raffi, F., Dellamonica, P., Prazuck, T., Hocqueloux, L., Yéni, P., Landman, R., Launay, O., Weiss, L., Viard, J. P., Katlama, C., Simon, A., Girard, P.M., Meynard, J. L., Molina, J. M., Pialoux, G., Hoen, B., Goeger-Sow, M. T., Lamaury, I., Beaucaire, G., Jaussaud, R., Rouger, C., Michelet, C., Borsa-Lebas, F., Caron, F., Khuong, M. A., Lucht, F., Rey, D., Calmy, A., Marchou, B., Gras, G., Greder-Belan, A., Vittecoq, D., and Teicher, E.

Published
2015
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14. Modeling SARS-CoV-2 viral kinetics and association with mortality in hospitalized patients from the French COVID cohort

Author

Néant, N. (Nadège), Lingas, G. (Guillaume), Le Hingrat, Q. (Quentin), Ghosn, J. (Jade), Engelmann, I. (Ilka), Lepiller, Q. (Quentin), Gaymard, A. (Alexandre), Ferré, V. (Virginie), Hartard, C. (Cédric), Plantier, J-C. (Jean-Christophe), Thibault, V. (V.), Marlet, J. (Julien), Montes, B. (Brigitte), Bouiller, K. (Kevin), Lescure, F-X. (François-Xavier), Timsit, J-F. (Jean-François), Faure, E. (Emmanuel), Poissy, J. (Julien), Chidiac, C. (Christian), Raffi, F. (François), Kimmoun, A. (Antoine), Etienne, M. (Manuel), Richard, J-C. (Jean-Christophe), Tattevin, P. (Pierre), Garot, D. (Denis), Le Moing, V. (Vincent), Bachelet, D. (Delphine), Tardivon, C. (Coralie), Duval, X. (Xavier), Yazdanpanah, Y. (Yazdan), Mentré, F. (France), Laouénan, C. (Cédric), Visseaux, B. (Benoit), Guedj, J. (Jérémie), plantier, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de Microbiologie [CHRU Lille], Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement (LCPME), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), CHU Pontchaillou [Rennes], Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service d'anesthésie - réanimation chirurgicale [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Lyon] (hôpital de la Croix-Rousse), Hôpital de la Croix-Rousse [CHU Lyon], Centre d’Investigation Clinique de Nantes (CIC Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique (DCAC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Cardiovascular and Renal Clinical Trialists [Vandoeuvre-les-Nancy] (INI-CRCT), Institut Lorrain du Coeur et des Vaisseaux Louis Mathieu [Nancy], French-Clinical Research Infrastructure Network - F-CRIN [Paris] (Cardiovascular & Renal Clinical Trialists - CRCT ), Service de Réanimation Médicale [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital Charles Nicolle, Rouen], Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modeling & analysis for medical imaging and Diagnosis (MYRIAD), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), ARN régulateurs bactériens et médecine (BRM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de Médecine Intensive et Réanimation [Tours], Département Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Universitaire, Montpellier, France, Département d’Epidémiologie, de Biostatistique et de Recherche Clinique [AP-HP Hôpital Bichat - Claude Bernard] (DEBRC), Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique (CIC 1425), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), The study has received financial support from the National Research Agency (ANR) through the ANR-Flash call for COVID-19 (Grant ANR-20-COVI-0018) and the Bill and Melinda Gates Foundation under Grant Agreement INV-017335. The French cohort was supported by the REACTing consortium and by a grant from the French Ministry of Health (Grant PHRC 20-0424). The funders had no role in the study design, in the collection, analysis, and interpretation of data, in the writing of the report, and in the decision to submit the article for publication., ANR-20-COVI-0018,TheraCoV,Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales(2020), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), HAL UR1, Admin, Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales - - TheraCoV2020 - ANR-20-COVI-0018 - COVID-19 - VALID, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université de Paris (UP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Université de Lille, CNRS, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)], Pathogenèse virale du diabète de type 1 - ULR 3610, Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) [CEF2P / CARCINO], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon [CHRU Besançon], Centre hospitalier universitaire de Nantes [CHU Nantes], Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement [LCPME], Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites [MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ], CHU Montpellier, Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) [LCE], Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL], Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF) - UMR 8576, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 [UGSF], Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Centre d’Investigation Clinique de Nantes [CIC Nantes], Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique [DCAC], Cardiovascular and Renal Clinical Trialists [Vandoeuvre-les-Nancy] [INI-CRCT], French-Clinical Research Infrastructure Network - F-CRIN [Paris] [Cardiovascular & Renal Clinical Trialists - CRCT ], Service des maladies infectieuses et tropicales [Rouen], Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé [CREATIS], ARN régulateurs bactériens et médecine [BRM], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours [CHRU Tours], Département d'épidémiologie, biostatistique et recherche clinique, and Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique [CIC 1425]

Subjects
Male, 0301 basic medicine, Medical Sciences, viruses, MESH: Hospitalization, Antibodies, Viral, 0302 clinical medicine, Risk Factors, MESH: Risk Factors, Nasopharynx, Epidemiology, MESH: COVID-19, Prospective Studies, 030212 general & internal medicine, MESH: Models, Theoretical, Prospective cohort study, MESH: Aged, education.field_of_study, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Multidisciplinary, MESH: Kinetics, Mortality rate, Biological Sciences, Viral Load, Prognosis, viral dynamics, 3. Good health, Hospitalization, Survival Rate, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, MESH: RNA, Viral, Cohort, RNA, Viral, Female, France, MESH: Viral Load, Viral load, medicine.medical_specialty, MESH: Survival Rate, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), Population, MESH: Prognosis, 03 medical and health sciences, Internal medicine, medicine, Humans, MESH: SARS-CoV-2, education, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Survival rate, Aged, MESH: Humans, SARS-CoV-2, business.industry, COVID-19, Models, Theoretical, mortality, MESH: Male, MESH: Nasopharynx, MESH: Prospective Studies, MESH: France, Kinetics, 030104 developmental biology, business, MESH: Female, MESH: Antibodies, Viral, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

Significance A detailed characterization of viral load kinetics and its association with disease evolution is key to understand the virus pathogenesis, identify high-risk patients, and design better treatment strategies. We here analyze the mortality and the virological information collected in 655 hospitalized patients, including 284 with longitudinal measurements, and we build a mathematical model of virus dynamics and survival. We predict that peak viral load occurs 1 d before symptom onset, on average, and that dynamics of decline after peak is slower in older patients. Viral load dynamics after hospital admission is an independent predictor of the risk of death, suggesting that prolonged viral shedding of high quantities of virus is associated with poor outcome in this population., The characterization of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) viral kinetics in hospitalized patients and its association with mortality is unknown. We analyzed death and nasopharyngeal viral kinetics in 655 hospitalized patients from the prospective French COVID cohort. The model predicted a median peak viral load that coincided with symptom onset. Patients with age ≥65 y had a smaller loss rate of infected cells, leading to a delayed median time to viral clearance occurring 16 d after symptom onset as compared to 13 d in younger patients (P < 10−4). In multivariate analysis, the risk factors associated with mortality were age ≥65 y, male gender, and presence of chronic pulmonary disease (hazard ratio [HR] > 2.0). Using a joint model, viral dynamics after hospital admission was an independent predictor of mortality (HR = 1.31, P < 10−3). Finally, we used our model to simulate the effects of effective pharmacological interventions on time to viral clearance and mortality. A treatment able to reduce viral production by 90% upon hospital admission would shorten the time to viral clearance by 2.0 and 2.9 d in patients of age

Published
2021
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16. National sentinel surveillance of transmitted drug resistance in antiretroviral-naive chronically HIV-infected patients in France over a decade: 2001–2011

Author

Descamps, Diane, Assoumou, Lambert, Chaix, Marie-Laure, Chaillon, Antoine, Pakianather, Sophie, de Rougemont, Alexis, Storto, Alexandre, Dos Santos, Georges, Krivine, Anne, Delaugerre, Constance, Montes, Brigitte, Izopet, Jacques, Charpentier, Charlotte, Wirden, Marc, Maillard, Anne, Morand-Joubert, Laurence, Pallier, Coralie, Plantier, Jean-Christophe, Guinard, Jérôme, Tamalet, Catherine, Cottalorda, Jacqueline, Marcelin, Anne-Geneviève, Desbois, Delphine, Henquell, Cecile, Calvez, Vincent, Brun-Vézinet, Françoise, Masquelier, Bernard, Costagliola, Dominique, Lagier, E., Roussel, C., Le Guillou-Guillemette, H., Alloui, C., Bettinger, D., Anies, G., Reigadas, S., Bellecave, P., Pinson-Recordon, P., Fleury, H., Masquelier, B., Vallet, S., Leroux, M., Dina, J., Vabret, A., Poveda, J. D., Mirand, A., Henquell, C., Bouvier-Alias, M., Noel, C., De Rougemont, A., Dos Santos, G., Yerly, S., Gaille, C., Caveng, W., Chapalay, S., Calmy, A., Signori-Schmuck, A., Morand, P., Pallier, C., Bocket, L., Mouna, L., Ranger-Rogez, S., André, P., Tardy, J. C., Trabaud, M. A., Tamalet, C., Delamare, C., Montes, B., Schvoerer, E., André-Garnier, E., Férré, V., Cottalorda, J., Guigon, A., Guinard, J., Descamps, D., Charpentier, C., Peytavin, G., Brun-Vézinet, F., Haim-Boukobza, S., Roques, A. M., Soulié, C., Lambert-Niclot, S., Malet, I., Wirden, M., Fourati, S., Marcelin, A. G., Calvez, V., Flandre, P., Assoumou, L., Costagliola, D., Morand-Joubert, L., Delaugerre, C., Schneider, V., Amiel, C., Giraudeau, G., Maillard, A., Plantier, J. C., Fafi-Kremer, S., Schmitt, M. P., Raymond, S., Izopet, J., Chaillon, A., Barin, F., and Marque Juillet, S.

Published
2013
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21. Increasing prevalence of transmitted drug resistance mutations and non-B subtype circulation in antiretroviral-naive chronically HIV-infected patients from 2001 to 2006/2007 in France

Author

Descamps, Diane, Chaix, Marie-Laure, Montes, Brigitte, Pakianather, Sophie, Charpentier, Charlotte, Storto, Alexandre, Barin, Francis, Dos Santos, Georges, Krivine, Anne, Delaugerre, Constance, Izopet, Jacques, Marcelin, Anne-Geneviève, Maillard, Anne, Morand-Joubert, Laurence, Pallier, Coralie, Plantier, Jean-Christophe, Tamalet, Catherine, Cottalorda, Jacqueline, Desbois, Delphine, Calvez, Vincent, Brun-Vezinet, Françoise, Masquelier, Bernard, Costagliola, Dominique, Alloui, C., Bettinger, D., Anies, G., Masquelier, B., Vallet, S., Henquell, C., Bouvier-Alias, M., DosSantos, G., Signori-Schmuck, A., Rogez, S., André, P., Tardy, J. C., Trabaud, M. A., Tamalet, C., Montes, B., Cottalorda, J., Descamps, D., Brun-Vézinet, F., Charpentier, C., Chaix, M. L., Desbois, D., Fourati, S., Marcelin, A. G., Calvez, V., Flandre, P., Morand-Joubert, L., Delaugerre, C., Ruffault, A., Maillard, A., Plantier, J. C., Bourlet, T., Saoudin, H., Izopet, J., and Barin, F.

Published
2010
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27. Les infections SIV chez les primates et le risque de zoonoses

Author

Müller-Trutwin, M.C., primary, Plantier, J.-C., additional, Diop, O.M., additional, Makuwa, M., additional, Souquière, S., additional, Kornfeld, C., additional, Guèye, A., additional, Ploquin, M., additional, Roques, P., additional, Nerrienet, E., additional, Barré-Sinoussi, F., additional, and Simon, F., additional

Published
2003
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30. Which ocular dominance should be considered for monocular Augmented reality devices?

Author

Bayle, E. (author), Guilbaud, E. (author), Hourlier, S. (author), Lelandais, S. (author), Leroy, L. (author), Plantier, J. (author), Neveu, P. (author), Bayle, E. (author), Guilbaud, E. (author), Hourlier, S. (author), Lelandais, S. (author), Leroy, L. (author), Plantier, J. (author), and Neveu, P. (author)

Abstract

A monocular augmented reality device allows the user to see information that is superimposed on the environment. As it does not stimulate both eyes in the same way, it creates a phenomenon known as binocular rivalry. The question therefore arises as to whether monocular information should be displayed to a particular eye and if an ocular dominance test can determine it. This paper contributes to give a better understanding of ocular dominance by comparing nine tests. Our results suggest that ocular dominance can be divided into sighting and sensorial dominance. However, different sensorial dominance tests give different results, suggesting that it is composed of distinct components that are assessed by different tests. There is a need for a comprehensive test that can consider all of these components, in order to identify on which eye monocular information should be directed to when using monocular augmented reality devices.

Published
2019

31. HIV-1 integrase variability and relationship with drug resistance in antiretroviral-naive and -experienced patients with different HIV-1 subtypes

Author

Reigadas, S., Marcelin, A. G., Houssaïni, A., Yerly, S., Descamps, D., Plantier, J. C., Ruffault, A., Amiel, C., Trabaud, M. A., Flandre, Philippe, Fleury, H., Masquelier, B., Roussel, C., Alloui, C., Leguillou-Guillemette, H., Bettinger, D., Pallier, C., Brun-Vezinet, F., Peytavin, G., Pinson, P., Vallet, S., Poveda, J. D., Mirand, A., Krivine, A., Auvray, C., de Rougemont, A., Signori-Schmuck, A., Bocket, L., Rogez, S., Tamalet, C., Schneider, V., Bouvier-Alias, M., Montes, B., Schvoerer, E., Ferré, V., Chaix, M. L., Guinard, J., Haim-Boukobza, S., Soulié, C., Flandre, P., Assoumou, L., Calvez, V., Maillard, A., Morand-Joubert, L., Chaplain, C., Delaugerre, C., Bourlet, T., Bertsch, S., Raymond, S., and Marque-Juillet, S.

Published
2017

32. ANRS 12168 - Dynam-O study, comparing the immuno-virological and clinical responses to HAART between HIV-1 group O and group M-infected patients : results at 96 weeks

Author

Kouanfack, C., Vray, M, Kfutwah, A, Aghokeng, A, Mougnutou, R, Unal, G., Le Fouler, L, Schaeffer, L., Noumsi, N, Alessandri-Gradt, E, Delaporte, E., Simon, F., Plantier, J.-C, Hôpital Central de Yaoundé [Yaoundé], Institut de Recherche pour le Développement (IRD en Occitanie) (IRD (Occitanie)), Institut Pasteur [Paris], Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut de Recherches Médicales et d'Etudes des Plantes Médicinales (IMPM), Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Centre IRD de Montpellier (IRD), Institut de Recherches Médicales et d’Études des Plantes Médicinales [Yaoundé, Cameroon] (IMPM), Site ANRS du Cameroun Hôpital Central Yaoundé, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut Pasteur [Paris] (IP), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016

33. Analyse génétique comparée de 19 formes recombinantes VIH-1 inter-groupes M et O et impact évolutif

Author

Moisan, A, De Oliveira, F, Cappy, P, Ngoupo, P, Vessiere, A, Lemée, V, Mourez, T., Alessandri-Gradt, E, Plantier, J, Mzembaba, Sandy, Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Architecture et Réactivité de l'ARN (ARN), Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre for Tropical Medicine and Global Health [Oxford, UK], Nuffield Department of Medicine [Oxford, UK] (Big Data Institute), and University of Oxford [Oxford]-University of Oxford [Oxford]

Subjects
[SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016

34. Antiretroviral-naive and -treated HIV-1 patients can harbour more resistant viruses in CSF than in plasma

Author

Soulié, Cathia, Descamps, Diane, Ronique Schneider, Vé, Trabaud, Mary-Anne, Morand-Joubert, Laurence, Delaugerre, Constance, Montes, Brigitte, Barin, Francis, Ferré, Virginie, Maillard, Anne, Vallet, Sophie, Roussel, Catherine, Assoumou, Lambert, Calvez, Vincent, Flandre, Philippe, Ve, Anne-Geneviè, Jeulin, H., Guigon, A., Lagier, E., Le Guillou, H., Alloui, C., Bettinger, D., Pallier, C., Fleury, H., Reigadas, S., Bellecave, P., Recordon-Pinson, P., Payan, C., Vabret, A., Henquell, C., Mirand, A., Bouvier-Alias, M., de Rougemont, Alexis, dos Santos, G., Morand, P., Signori-Schmuck, A., Bocket, L., Rogez, S., Andre, P., Tardy, J., Tamalet, C., Delamare, C., Schvoerer, E., André-Garnier, E., Cottalorda, J., Guinard, J., Guiguon, A., Brun-Vezinet, F., Charpentier, C., Visseaux, B., Peytavin, G., Krivine, A., Si-Mohamed, A., Avettand-Fenoel, V., Marcelin, A.-G., Lambert-Niclot, S., Wirden, M., Chaix, M., Amiel, C., Schneider, V., Giraudeau, G., Brodard, V., Plantier, J., Chaplain, C., Bourlet, T., Fafi-Kremer, S., Stoll-Keller, F., Schmitt, M., Barth, H., Yerly, S., Poggi, C., Izopet, Jacques, Raymond, S., Chaillon, A., Marque-Juillet, S., Roque-Afonso, A., Haim-Boukobza, S., Grude, Maxime, Costagliola, D., Allegre, T., Schmit, J., Chennebault, J., Bouchaud, O., Magy-Bertrand, N., Delfraissy, J., Dupon, M., Morlat, P., Neau, D., Ansart, S., Jaffuel, S., Verdon, R., Jacomet, C., Levy, Y., Dominguez, S., Chavanet, P., Piroth, L., Cabié, A., Leclercq, P., Ajana, F., Cheret, A., Weinbreck, P., Cotte, L., Poizot-Martin, I., Ravaud, I., Christian, B., Truchetet, F., Grandidier, M., Reynes, J., May, T., Goehringer, F., Raffi, F., Dellamonica, P., Prazuck, T., Hocqueloux, L., Yeni, P., Landman, R., Launay, O., Weiss, L., Viard, J., Katlama, C., Simon, A., Girard, Pascal, Meynard, J., Molina, J., Pialoux, G., Hoen, B., Goeger-Sow, M., Lamaury, I., Beaucaire, G., Jaussaud, R., Rouger, C., Michelet, C., Borsa-Lebas, F., Caron, F., Khuong, M., Lucht, F., Rey, D., Calmy, A., Marchou, B., Gras, G., Greder-Belan, A., Vittecoq, D., Teicher, E., Epidémiologie, stratégies thérapeutiques et virologie cliniques dans l'infection à VIH, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Virologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de bactériologie-virologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Génétique et Ecologie des Virus, Génétique des Virus et Pathogénèse des Maladies Virales, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre national de référence du VIH INSERM U966, Université de Tours (UT), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), CHU Pontchaillou [Rennes], Laboratoire de Parasitologie et Mycologiede [CHRU Brest], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Service de bactériologie-virologie [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Modélisation mathématique, calcul scientifique (MMCS), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Virologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Neuroimagerie cognitive (LCogn), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Laboratoire de Virologie Humaine et Moléculaire [Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Faculté de médecine et pharmacie, CHU Clermont-Ferrand, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), UFR des Sciences de Santé (Université de Bourgogne), Université de Bourgogne (UB), Centre National de Référence des virus entériques [CHU de Dijon] (CNR virus entériques), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Laboratoire de sérologie-virologie (CHU de Dijon), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte (UVHCI), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Limoges, Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique (LINA), Mines Nantes (Mines Nantes)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'électronique, optoélectronique et microsystèmes (LEOM), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôtel-Dieu de Nantes, Service de chirurgie pédiatrique [Hôpital Lapeyronie-Arnaud de Villeneuve], Hôpital Lapeyronie [Montpellier] (CHU), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AP-HP - Hôpital Cochin Broca Hôtel Dieu [Paris], Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Equipe de Recherche en Physico-Chimie et Biotechnologie (ERPCB), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Interactions et dynamique des environnements de surface (IDES), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Virologie [Strasbourg], Interaction virus-hôte et maladies du foie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Environment and Sustainable Development Programme, European Commission - DG Research and Innovation, Centre Hospitalier Intercommunal de Toulon - La Seyne-sur-Mer, Laboratoire de Virologie [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Magnétisme et Diffusion Neutronique (MDN), Modélisation et Exploration des Matériaux (MEM), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre Hospitalier du Pays d'Aix, CHU Bordeaux [Bordeaux], Fédération des Maladies Infectieuses [Bordeaux], CHU de Bordeaux Pellegrin [Bordeaux], Service de médecine interne 2 et maladies infectieuses, Unité de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Caen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), CHU Dijon, Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHRU Montpellier], Bell Labs (BELL), Lucent Technologies, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes], CIC - Biotherapie - AP-HP (cochin - Pasteur), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut d’Electronique et des Systèmes (IES), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service de Médecine interne, Maladies Infectieuses et Immunologie Clinique [Reims], Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 (IEMN), Centrale Lille-Institut supérieur de l'électronique et du numérique (ISEN)-Université de Valenciennes et du Hainaut-Cambrésis (UVHC)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF), CHU Saint-Etienne, CHU Strasbourg, Geneva University Hospital (HUG), Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Hôpital Bicêtre, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, CHU Besançon, Université de Franche-Comté (UFC), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Clermont Auvergne (LMGE), Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Orléans, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Service de Virologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Service de microbiologie [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), University of Applied Sciences Kaiserslautern, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Hopital l'Archet, Centre d'Information et de Soins de I'Immunodéficience Humaine (CISIH). Hôpital l'Archet 1, Hôpital l'Archet, REseau national d'Investigation clinique en VACcinologie (REIVAC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de Gestion des Essais de Produits de Santé (CeNGEPS), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Pitié-Salpêtrière], Estación Experimental de Pastos y Forrajes 'Indio Hatuey', Société Ragt 2N, Service des maladies infectieuses et tropicales [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), University Hospital and University Jean Monnet, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Bicêtre, CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Camille Jordan (ICJ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Virologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université de Tours, Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG), Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Mines Nantes (Mines Nantes)-Université de Nantes (UN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Laboratoire de virologie, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon, Université Grenoble Alpes (UGA), Station de recherches sur la vache laitière, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Hôpital Arnaud de Villeneuve, T2, Laboratoire Matériaux Optiques, Photonique et Systèmes (LMOPS), CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL)-CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie (IEMN) - UMR 8520 (IEMN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-Ecole Centrale de Lille-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-Institut supérieur de l'électronique et du numérique (ISEN), and de ROUGEMONT, Alexis

Subjects
Male, Drug Resistance, HIV Infections, medicine.disease_cause, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Antiretroviral Therapy, Highly Active, Genotype, Pharmacology (medical), 030212 general & internal medicine, Viral, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, ddc:616, 0303 health sciences, Mutation, medicine.diagnostic_test, Proteolytic enzymes, virus diseases, Pharmacology and Pharmaceutical Sciences, Viral Load, Middle Aged, 3. Good health, ANRS Resistance AC11 Group, Infectious Diseases, Medical Microbiology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, HIV/AIDS, ARV, Female, Infection, Viral load, Microbiology (medical), Adult, Anti-HIV Agents, Antiretroviral Therapy, CSF, Microbial Sensitivity Tests, Biology, [SDV.MP.PRO]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Protistology, Microbiology, Virus, resistance, 03 medical and health sciences, Clinical Research, Drug Resistance, Viral, medicine, Genetics, Humans, Highly Active, Gene, Pharmacology, 030306 microbiology, Lumbar puncture, Neurosciences, HIV, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Reverse transcriptase, Immunology, HIV-1, Antimicrobial Resistance, Nervous System Diseases
Abstract

International audience; Objectives: The neurological disorders in HIV-1-infected patients remain prevalent. The HIV-1 resistance in plasma and CSF was compared in patients with neurological disorders in a multicentre study. Methods: Blood and CSF samples were collected at time of neurological disorders for 244 patients. The viral loads were .50 copies/mL in both compartments and bulk genotypic tests were realized. Results: On 244 patients, 89 and 155 were antiretroviral (ARV) naive and ARV treated, respectively. In ARV-naive patients, detection of mutations in CSF and not in plasma were reported for the reverse transcriptase (RT) gene in 2/89 patients (2.2%) and for the protease gene in 1/89 patients (1.1%). In ARV-treated patients, 19/152 (12.5%) patients had HIV-1 mutations only in the CSF for the RT gene and 30/151 (19.8%) for the protease gene. Two mutations appeared statistically more prevalent in the CSF than in plasma: M41L (P ¼ 0.0455) and T215Y (P ¼0.0455). Conclusions: In most cases, resistance mutations were present and similar in both studied compartments. However, in 3.4% of ARV-naive and 8.8% of ARV-treated patients, the virus was more resistant in CSF than in plasma. These results support the need for genotypic resistance testing when lumbar puncture is performed.

Published
2015
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35. Epidémie d'hépatite A aiguë parmi des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH) Caractéristiques cliniques et épidémiologiques des cas diagnostiqués au CHU de Rouen

Author

Lemée, V, Nicolay, N, Roque, A, Goria, O, Brunel, V., Alessandri-Gradt, E, Mourez, T., Izquierdo, L, Montialoux, H., Delbos, V., Leporrier, J, Plantier, J, Riachi, G., Mzembaba, Sandy, Laboratoire de virologie [Rouen], Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Cellule d'intervention de Santé Publique France en région Normandie, Physiopathologie et traitement des maladies du foie, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'Hépato-Gastroentérologie [CHU Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Laboratoire de biochimie générale [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre hospitalier universitaire de Rouen, and Service des maladies infectieuses et tropicales [Rouen]

Subjects
[SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

36. Circulation of Multiple Patterns of Unique Recombinant Forms B/CRF02_AG in France

Author

Leoz, M, Chaix, M, Delaugerre, C., Rivoisy, C, Meyer, L, Rouzioux, C, Simon, F, Plantier, J, Laboratoire de virologie [Rouen], Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Infections à Vih, Réservoirs, Pharmacologie des Antirétroviraux et Prévention de la Transmission Mère Enfant, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Epidemiology and Population Health, Epidemiology of HIV and STI Team (U1018 Inserm ), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Mzembaba, Sandy, Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], and Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
[SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2011

38. First Evidence of a HIV-1 M/O Recombinant Form Circulating Outside Cameroon

Author

Leoz, M, Vessiere, A, Brodard, V, Strady, C., Depatureaux, A, Lemee, V, Plantier, J, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), and Mzembaba, Sandy

Subjects
[SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2009

39. Utilisation du Raltegravir chez des patients infectés par HIV-1 group O

Author

Depatureaux, A, Leoz, M, Le Moal, G., Pathe, J, Pavie, J., Simon, F, Plantier, J C, Mzembaba, Sandy, Hôpital Charles Nicolle [Rouen], Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Laboratoire de virologie [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène, Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Centre Hospitalier Eure-Seine - Hôpital d'Evreux - Vernon (Evreux), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)

Subjects
[SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2009

40. POLYMORPHISME DES VIH-O ET INHIBITEURS DE L'INTEGRASE

Author

Leoz, M, Depatureaux, A, Vessiere, A, Roquebert, B, Damond, F, Rousset, D, Simon, F., Plantier, J, Hôpital Charles Nicolle [Rouen], Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Mzembaba, Sandy, Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN)

Subjects
[SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract

+ le groupe RES-O; International audience

Published
2008

41. Diversité génétique et antigénique des VIH-1 du groupe O

Author

Leoz, M, Depatureaux, A, Descamps, D., Collin, G., Roques, P, Lemée, V, Gueudin, M, Simon, F, Plantier, J-C, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), and Mzembaba, Sandy

Subjects
[SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2007

42. Prevalence of HIV-1 drug resistance in treated patients with viral load >50 copies/mL: a 2014 French nationwide study.

Author

Assoumou, L., Charpentier, C., Recordon-Pinson, P., Grudé, M., Pallier, C., Morand-Joubert, L., Fafi-Kremer, S., Krivine, A., Montes, B., Ferré, V., Bouvier-Alias, M., Plantier, J.-C., Izopet, J., Trabaud, M.-A., Yerly, S., Dufayard, J., Alloui, C., Courdavault, L., Guillou-Guillemette, H. Le, and Maillard, A.

Subjects
DRUG resistance, VIRAL load, ANTIRETROVIRAL agents, REVERSE transcriptase, INTEGRASE inhibitors, ANTI-HIV agents, REVERSE transcriptase inhibitors, DRUG resistance in microorganisms, GENES, HIV, HIV infections, PROTEINS, PROTEOLYTIC enzymes, RNA, HIGHLY active antiretroviral therapy, TREATMENT effectiveness, SEQUENCE analysis, GENOTYPES, THERAPEUTICS
Abstract

Background: Surveillance of HIV-1 resistance in treated patients with a detectable viral load (VL) is important to monitor, in order to assess the risk of spread of resistant viruses and to determine the proportion of patients who need new antiretroviral drugs with minimal cross-resistance.Methods: The HIV-1 protease and reverse transcriptase (RT) and integrase genes were sequenced in plasma samples from 782 consecutive patients on failing antiretroviral regimens, seen in 37 specialized centres in 2014. The genotyping results were interpreted using the ANRS v24 algorithm. Prevalence rates were compared with those obtained during a similar survey conducted in 2009.Results: The protease and RT sequences were obtained in 566 patients, and the integrase sequence in 382 patients. Sequencing was successful in 60%, 78%, 78% and 87% of patients with VLs of 51-200, 201-500, 501-1000 and >1000 copies/mL, respectively. Resistance to at least one antiretroviral drug was detected in 56.3% of samples. Respectively, 3.9%, 8.7%, 1.5% and 3.4% of patients harboured viruses that were resistant to any NRTI, NNRTI, PI and integrase inhibitor (INI). Resistance rates were lower in 2014 than in 2009. Resistance was detected in 48.5% of samples from patients with a VL between 51 and 200 copies/mL.Conclusion: In France in 2014, 90.0% of patients in AIDS care centres were receiving antiretroviral drugs and 12.0% of them had VLs >50 copies/mL. Therefore, this study suggests that 6.7% of treated patients in France might transmit resistant strains. Resistance testing may be warranted in all treated patients with VL > 50 copies/mL. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2017
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43. Experimental study of a ZnO modulator using guided wave resonance.

Author

Persegol, D., Pic, E., and Plantier, J.

Subjects
ELECTRONIC modulators, WAVEGUIDES, RESONANCE, ZINC oxide
Abstract

Provides information on a study which described a novel type of electro-optic modulator using guided wave resonance in a planar zinc-oxide waveguide. Methods; Results; Discussion.

Published
1987
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48. Multicenter Quality Control of Hepatitis C Virus Protease Inhibitor Resistance Genotyping

Author

Vallet, S., primary, Larrat, S., additional, Laperche, S., additional, Le Guillou-Guillemette, H., additional, Legrand-Abravanel, F., additional, Bouchardeau, F., additional, Pivert, A., additional, Henquell, C., additional, Mirand, A., additional, Andre-Garnier, E., additional, Giordanengo, V., additional, Lagathu, G., additional, Thibault, V., additional, Scholtes, C., additional, Schvoerer, E., additional, Gaudy-Graffin, C., additional, Maylin, S., additional, Trimoulet, P., additional, Brochot, E., additional, Hantz, S., additional, Gozlan, J., additional, Roque-Afonso, A.-M., additional, Soussan, P., additional, Plantier, J.-C., additional, Charpentier, C., additional, Chevaliez, S., additional, Colson, P., additional, Mackiewicz, V., additional, Aguilera, L., additional, Rosec, S., additional, Gouriou, S., additional, Magnat, N., additional, Lunel-Fabiani, F., additional, Izopet, J., additional, Morand, P., additional, Payan, C., additional, and Pawlotsky, J.-M., additional

Published
2013
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