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As infeções por Salmonella enterica são uma das causas mais frequentes de gastroenterite aguda em todo o mundo. Entre 2014 e 2017 foram recebidas no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Departamento de Doenças Infeciosas do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) 1124 estirpes de Salmonella isoladas de doentes portugueses provenientes de várias zonas do país. Foram identificados 68 serotipos diferentes, sendo os mais frequentes S. 4,5:i:- (n=372; 33,1%), S. Enteritidis (n=335; 29,8%), S. Typhimurium (n=208; 18,5%), S. Rissen (n=28; 2,5%), S. Typhi (n=25; 2,2%) e S. Stanley (n=12; 1,1%). Os serotipos de Salmonella identificados no período entre 2014 e 2017 acompanham a tendência europeia, nomeadamente no que se refere à diminuição de S. 4,5:i:- e aumento de S. Enteritidis. A serotipagem e a utilização de metodologias moleculares são fundamentais para a monitorização das salmoneloses humanas, particularmente na deteção de surtos e identificação de estirpes resistentes. Neste contexto, é fundamental manter e promover a colaboração entre os diversos serviços de saúde nacionais e internacionais, de forma a garantir a vigilância e controlo das infeções gastrintestinais em geral e por Salmonella spp em particular. Salmonella enterica infections are one of the most frequent causes of gastrointestinal disease around the world. Between 2014 and 2017, 1124 Salmonella strains isolated from Por tuguese patients, from several areas of the countr y, were sent to the National Reference Laborator y for Gastrointestinal Infections of the Institute of Health Dr Ricardo Jorge of Por tugal for serot yping. Six t y eight dif ferent serot ypes were identif ied, and S. 4,5:i:- (n=372; 33,1%), S. Enteritidis (n=335; 29,8%), S. Typhimurium (n=208; 18,5%), S. Rissen (n=28; 2,5%), S. Typhi (n=25; 2,2%) and S. Stanley (n=12; 1,1%) were the most frequently detected. Salmonella serot ypes identif ied in Por tugal between 2014 and 2017 are in line with the European trend, namely with regard to the decrease of S. 4,5: i: - and increase of S. Enteritidis. Serot yping and molecular t yping are fundamental for salmonellosis monitoring, par ticularly outbreak and resistance detection. In this contex t, it is ex tremely impor tant to maintain and promote the collaboration of several national and international health ser vices, in order to ensure gastrointestinal infections control and vigilance, par ticularly Salmonella spp. infections. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Em Portugal, a shigelose é uma gastroenterite pouco frequente. Com este estudo pretendeu-se descrever os serotipos de Shigella spp. identificados no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) entre 2015 e 2017. Foram analisadas estirpes isoladas de 53 doentes, que foram enviadas a nível nacional ao INSA para serotipagem. A suscetibilidade aos antimicrobianos foi realizada segundo as recomendações do European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Os serotipos mais frequentemente encontrados foram Sh. sonnei (n=37; 69,8%), Sh. flexneri 2 (n=7; 13,2%), Sh. flexneri 3 (n=3; 5,7%). Foi observada uma elevada percentagem de resistência à tetraciclina (47/53; 88,7%). Em 2017, todas as estirpes apresentaram resistência à ampicilina e a percentagem de estirpes com resistência à ciprofloxacina aumentou consideravelmente, de 5,0% em 2015 para 62,5% em 2017. Cerca de 50% das estirpes apresentaram resistência à azitromicina durante o período em análise. Foram detetados 4 casos de Shigella spp. multirresistentes em homens que fazem sexo com homens (HSH). O aumento de resistências aos antibióticos observados nestes dois anos alerta para a importância de uma vigilância ativa das mesmas e impõe uma articulação efetiva entre os diversos serviços de saúde envolvidos. Shigella is a rare cause of gastrointestinal disease in Portugal. This study describes Shigella serotypes identified in National Reference Laboratory for Gastrointestinal Diseases of National Institute of Health Doutor Ricardo Jorge (INSA) from 2015 to 2017. We analysed the strains isolated from fifty three patients. Antimicrobial susceptibility testing wasperformed according to the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). The most frequent serotypes were Sh. sonnei (n=37; 69.8%), Sh. flexneri 2 (n=7; 13.2%), Sh. flexneri 3 (n=3; 5.7%). We observed a high frequency of resistance to tetracycline (47/53; 88.7%). In 2017, all strains presented resistance to ampicillin and the percentage of strains resistant to ciprofloxacin increased from 5.0% in 2015 to 62.5% in 2017. About 50% of the strains were resistant to azithromycin. We detected four cases of multiresistant Shigella spp. in men who have sex with men (MSM). The increase of resistant strains observed in these two years alerts to the importance of an active vigilance and to the need of an effective articulation of the several health services involved. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Although the number of Salmonella Enteritidis has been declining in Europe in recent years due to successful control measures implemented in poultry industry, it remains the most commonly detected serovar of human non-typhoidal salmonellosis. Here, we reported the first Salmonella Enteritidis outbreak investigated by the Portuguese Reference Laboratory for Salmonella where traditional typing data was reinforced by Whole Genome Sequencing (WGS) data. In July 2016 the National Reference Laboratory for Gastrointestinal Diseases of the National Institute of Health Doutor Ricardo Jorge received 10 strains of Salmonella from a suspected human outbreak in Lisbon and Tagus Valley region. Serotyping was performed according to Kauffman-White-Le Minor scheme and antimicrobial susceptibility was tested according to EUCAST recommendations. Isolates were characterized by Multilocus Sequence Typing (MLST), Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis (MLVA) and WGS. All strains were identified as S. Enteritidis ST11. Nine of them had the MLVA profile 3-11-5-4-1 and another strain had a rather different MLVA profile (2-10-9-2-2). This strain had also a different antibiotic resistance profile (being resistant only to sulphametoxazole while related MLVA 3-11-5-4-1 strains were resistant only to nalidixic acid), which reinforces that this isolate is very likely not associated with the outbreak. WGS analysis of four outbreak-related strains confirmed that these strains share the same serotype (Enteritidis) and MLST profile (ST11), allowed the in silico prediction of the same ribotype (rST 1425), and confirmed the genetic relatedness at whole-genome level. Unfortunately, no strains from any potential food sources were obtained. MLVA is traditionally used for Salmonella Enteritidis surveillance in Europe, since it is a rapid and reproducible high-resolution typing technique that allows detection of national and multinational outbreaks. However, WGS is progressively replacing the traditional geno- and phenotyping techniques for routine surveillance and outbreak investigation. This report is a good example not only that WGS provides an optimal discriminatory power for outbreak resolution, but also that allows performing several subtyping tests (ST determination, in silico serotyping and ribotyping) from a single assay. N/A

Food-borne salmonellosis is an important public health concern worldwide. This study aimed to characterize the epidemiological patterns and resistance profile of clinical Salmonella enterica strains sent to the National Reference Laboratory for Gastrointestinal Infections of the National Institute of Health Doutor Ricardo Jorge (INSA), between January 2014 and November 2017. During the four-year period of study, 1082 clinical isolates were sent to INSA from several Portuguese hospitals and laboratories. Serotyping was performed according to Kauffman-White-Le Minor scheme and antimicrobial susceptibility was tested according to EUCAST recommendations. Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis (MLVA) and Whole Genome Sequencing (WGS) was performed for outbreaks identification. Among the 1082 isolates received, 83.0% were isolate in faeces, 10.8% in blood, 2.1% in faeces and blood, and 4.1% in other biological products. Fifty-five serotypes were identified. The top five most frequent serotypes, Salmonella 4,5:i:- (33.6%), Salmonella Enteritidis (29.3%), Salmonella Typhimurium (18.4%), Salmonella Rissen (2.3%) and Salmonella Typhi (2.3%), accounted for 85.9% of fully serotyped isolates. All cases of S. Typhi were acquired in endemic zones. Antibiotic susceptibility was tested in 943 isolates (2015-2017). Rates of resistance to at least one antibiotic and to ≥ 4 antibiotics were observed in 56.7% and 1.7% isolates, respectively, in either the more frequent serotypes, S. 4,5:i:- and S. Typhimurium, and the more uncommon, S. Brandenburg and S. Infantis. MLVA and WGS allowed the identification of national and multinational outbreaks of S. Enteritidis. Although overall incidence rates of Salmonella did not change over time, trends and epidemiological factors differed remarkably by serotype. Indeed, there was a significantly increase of S. Enteritidis isolates during this period (2014 – 15.9%; 2015 - 25.0%; 2016 - 31.6%; 2017 - 37.1%). Continued surveillance of susceptibility is important due to the risk of resistance, particularly to fluoroquinolones and 3th and 4th generation cephalosporin’s. A better understanding of Salmonella epidemiology will assist in responding to this disease and in planning and implementing prevention activities. N/A

Shigella spp. é uma enterobactéria altamente infeciosa e transmitida de pessoa-a-pessoa. As infeções por Shigella são um importante problema de Saúde Pública, em particular nos países em desenvolvimento. Em Portugal, a shigelose é uma causa rara de gastroenterite. A Sh.sonnei é mais frequente na Europa e EUA e a espécie flexneri na Ásia e África. O aparecimento de espécies multirresistentes tem sido referido mundialmente, com destaque para a resistência às fluoroquinolonas e cefalosporinas. Com este estudo pretendeu-se descrever os serotipos de Shigella identificados no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) entre 2015 e novembro de 2017. Foram analisadas 53 estirpes clínicas, isoladas a nível nacional e enviadas ao INSA para serotipagem. A suscetibilidade aos antimicrobianos foi realizada segundo as recomendações da EUCAST. Os serotipos mais frequentes foram Sh. sonnei (69,8%), Sh. flexneri 2 (13,2%), Sh. flexneri 3 (5,6%), Sh. flexneri 1 (3,8%), Sh. boydii 5 (3,8%), Sh. boydii 2 (1,9%) e Sh.dysenteriae 3 (1,9%). A idade dos pacientes variou entre os 1 e os 66 anos. Todas as estirpes foram resistentes a pelo menos um antibiótico. Foi observada uma elevada percentagem de resistência à tetraciclina (88,7%). O perfil de resistência mais frequente (77,4%) foi tetraciclina – trimetoprim - sulfametoxazole. A resistência às fluoroquinolonas e às cefalosporinas de 3ª e 4ª geração foi observada em, respetivamente, 22,6% e 1,9% das estirpes. Foi detetado um caso de Sh. sonnei multirresistente à ampicilina – tetraciclina – cefotaxime – ceftriaxone - ciprofloxacina - ácido nalidixico - trimetoprim-sulfametoxazole, num homem que faz sexo com homens (HSH). O serotipo mais frequente no período entre 2015 e novembro de 2017 foi Sh.sonnei, o que está de acordo com a tendência europeia. Apesar de não terem sido detetados muitos casos de resistência às fluoroquinolonas e cefalosporinas, estas não devem ser descuradas, uma vez que a sua emergência é evidente, em particular no caso dos HSH. Neste contexto, é fundamental manter e promover a colaboração entre os diversos Serviços de Saúde nacionais. N/A

As infeções por Salmonella enterica são uma das causas mais frequentes de gastroenterite aguda em todo o mundo. A transmissão ocorre principalmente através da ingestão de água ou alimentos contaminados, mas também pode ocorrer por contacto direto com animais. Os sintomas são na maioria dos casos ligeiros, embora algumas formas invasivas de salmonelose possam conduzir a situações clínicas graves. Com este estudo pretendeu-se descrever os serotipos de S. enterica que foram identificados no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) entre 2014 e novembro de 2017. Foram analisadas 1082 estirpes clínicas, isoladas a nível nacional e enviadas ao INSA para serotipagem, de acordo com o esquema de classificação Kauffmann-White-de Minor. A suscetibilidade aos antimicrobianos foi realizada segundo as recomendações da EUCAST. Sempre que necessário, nomeadamente para identificação de surtos, foram utilizadas metodologias de MLVA e NGS. Das estirpes recebidas, 83,0% foram isoladas a partir de fezes, 10,8% de sangue, 2,1% de fezes e sangue e 4,1% de outros produtos biológicos. Foram identificados 55 serotipos. Os cinco mais frequentes foram S.4,5:i:- (33,6%), S.Enteritidis (29,3%), S.Typhimurium (18,4%), S.Rissen (2,3%), e S.Typhi (2,3%), representando 85,9% dos isolados estudados. Todos os casos de S.Typhi foram adquiridos em zonas endémicas. A resistência a antimicrobianos foi observada tanto nos serótipos mais frequentes (S.4,5:i:-, S.Typhimurium) como nos serótipos raros (S.Brandenburg, S.Infantis). A resistência a pelo menos um antibiótico foi observada em 56,7% estirpes e a quatro ou mais antibióticos em 1,7%. A utilização de MLVA e NGS permitiu a identificação de surtos de S.Enteritidis. Globalmente, os serotipos identificados mantiveram o perfil anteriormente observado e acompanham a tendência mundial. No entanto, houve um aumento significativo do número de casos de infeção por S.Enteritidis durante este período (2014-15,9%; 2015-25,0%; 201-31,6%; 2017-37,1%). A serotipagem e a utilização mais alargada das metodologias moleculares já disponíveis são fundamentais para a monitorização das salmoneloses humanas, nomeadamente na identificação de serotipos raros ou nunca detetados, de estirpes resistentes e de surtos. Neste contexto, é fundamental manter e promover a colaboração entre os diversos Serviços de Saúde nacionais. N/A

Caracterização fenotípica e genotípica de isolados de Salmonella enterica recebidos no INSA entre 2014 e 2016 N/A

Caracterização fenotípica de isolados de Shigella spp. entre 2015 e 2016 N/A

Caracterização molecular e suscetibilidade aos antimicrobianos de isolados de L. monocytogenes na região de LVT em 2015. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Listeria monocytogenes é o agente causal da listeriose, uma doença grave considerada de vigilância prioritária a nível europeu, com taxas de hospitalização (98,9%) e de letalidade (15,0%) elevadas. Este estudo teve como objetivo a caraterização das estirpes de L. monocytogenes recebidas no Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge em 2015. A serotipagem foi realizada por PCR multiplex, a tipagem por PFGE e também foi estudada a suscetibilidade aos antimicrobianos. O serotipo mais comum foi IVb (85,7%). A maioria das estirpes é sensível aos antimicrobianos em apreciação, com exceção de uma estirpe que apresentou resistência ao meropenemo e outra que apresentou resistência à eritromicina e ao trimetoprim/sulfametoxazol. Existe uma grande heterogeneidade de perfis de PFGE entre os isolados estudados, tendo sido detetados alguns clusters. A utilização de sequenciação de genoma completo para caraterização de estirpes, nomeadamente de L. monocytogenes está a ganhar terreno a nível mundial, vindo substituir as técnicas goldstandard. A sua aplicação no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais permitiu em 2015 a confirmação laboratorial de um surto. Listeria monocytogenes is the listeriosis agent, a serious disease under priority surveillance in Europe, with high mortality (15.0%) and hospitalization rates (98.9%). This study aims to characterize the Listeria monocytogenes strains received in the National Reference Laboratory of Gastrointestinal Infections of the National Institute of Health Dr. Ricardo Jorge in 2015. Serotyping was accomplished by multiplex PCR, typing by PFGE and the antimicrobial susceptibility was evaluated. The most common serotype was IVb (85.7%). Most strains are sensitive to the antimicrobials under consideration, with the exception of a strain that was resistant to meropenem and other that was resistant to erythromycin and trimethoprim/sulfamethoxazole. There is great heterogeneity between the PFGE profiles of the isolates under study, and some clusters have been detected. The use of whole sequencing for the characterization of strains namely L. monocytogenes surveillance is gaining ground worldwide, replacing the goldstandard techniques. Its application in the National Reference Laboratory of Gastrointestinal Infections allowed the effective resolution of an outbreak in 2015.

RESUMO - A infeção por Vírus do Papiloma Humano (HPV) constitui uma das infeções de transmissão sexual mais comuns em mulheres adolescentes e jovens sexualmente ativas, sendo responsável por 99,7% dos casos de cancro do colo do útero (CCU). O desenvolvimento de duas vacinas de segurança e eficácia comprovadas e a introdução da vacinação contra os HPV 6, 11, 16 e 18 nos programas de imunização de diversos países constituiu um marco muito importante para a investigação no âmbito do conhecimento das populações nesta temática. O presente trabalho de projeto teve como objetivo geral avaliar o conhecimento dos adolescentes/jovens entre os 15 e os 19 anos acerca da infeção genital por HPV. Foi efetuado um estudo piloto cuja amostra foi constituída por 20 jovens, género feminino, que acorreram à Consulta de Obstetrícia e Ginecologia do Adolescente dos Serviços de Assistência Médico-Social do Sindicato dos Bancários do Sul e Ilhas, acompanhadas dos respetivos encarregados de educação. Foi-lhes solicitado o consentimento informado e entregue um questionário de caráter anónimo e confidencial com questões para avaliação do conhecimento geral acerca da infeção por HPV, formas de transmissão, manifestações clínicas, prevenção, relação entre HPV e CCU e necessidades de informação. Este estudo piloto poder-se-á revelar útil na aferição de resultados quando aplicado em larga escala, para posterior avaliação comparativa do conhecimento no âmbito do HPV. Pode igualmente ser útil no desenvolvimento de mensagens apropriadas que acompanham os programas de rastreio nesta coorte, no futuro, com vista ao aumento da literacianos jovens. ABSTRACT - Infection with Human Papillomavirus (HPV) is one of the most common sexually transmitted infections in sexually active adolescents and young women and it is a risk factor for approximately 99,7% of all cases of cervical cancer globally. The recent development of two safe and clinically effective vaccines against HPV’s 6, 11, 16 e 18 and the introduction of this vaccines in the immunity programs of many countries was a promising step for investigation in this area. The aim of this project work was to assess adolescents/young people knowledge of HPV genital infection. A pilot study was conducted in a sample of 20 adolescents/young people aged 15 – 19 years seen at the Obstetric and Ginecology Adolescent Consulting at Medico-Social Assistant Services at Sindicato dos Bancários do Sul e Ilhas (bank workers syndicate). A self-administered anonymous questionnaire covered general knowledge about HPV infection, transmission, prevention, HPV relationship with cervical cancer and identifying problems with information provision. This study pilot could be helpful in benchmarking HPV related knowledge and could be used in the development of appropriate educational messages to accompany the screening programs in this cohort in the future, with a goal of increasing healt literacy in young people.

Submitted by Agostinho Macau (arm@lisboa.ucp.pt) on 2012-05-11T09:07:48Z No. of bitstreams: 1 tese margarida bernardino.pdf: 754040 bytes, checksum: c532bb0773637d0ff8b8485165d39162 (MD5) Approved for entry into archive by Agostinho Macau(arm@lisboa.ucp.pt) on 2012-05-11T09:08:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tese margarida bernardino.pdf: 754040 bytes, checksum: c532bb0773637d0ff8b8485165d39162 (MD5) Made available in DSpace on 2012-05-11T09:08:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese margarida bernardino.pdf: 754040 bytes, checksum: c532bb0773637d0ff8b8485165d39162 (MD5) Previous issue date: 2011

Tese de mestrado, Biologia (Microbiologia Aplicada), 2009, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências Nível de preservação: critical, Criado em: 2010-03-19 18:30:05, Criado por: creator:LSARAM, Alterado em: 2010-03-23 15:45:47, Modificado por: super:LSARAM Made available in DSpace on 2010-07-28T16:13:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 21619_ulfc080739_tm.pdf: 552592 bytes, checksum: fba67112671446680bcce20f34020a99 (MD5) 21619.xml: 9805 bytes, checksum: 035f4fe18da522cb23a34475d1092a06 (MD5) Previous issue date: 2009

Tese de mestrado. Biologia (Biologia Molecular Humana). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2009 Submitted by Lurdes Saramago (lurdes.saramago@fc.ul.pt) on 2011-05-12T16:56:01Z No. of bitstreams: 1 ulfc_tm_rita_ferreira.pdf: 1545688 bytes, checksum: e0655d8d377ac4eff561d2497c028ffb (MD5) Made available in DSpace on 2011-05-12T16:56:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc_tm_rita_ferreira.pdf: 1545688 bytes, checksum: e0655d8d377ac4eff561d2497c028ffb (MD5) Previous issue date: 2009

Tese de mestrado, Biologia (Biologia Humana e Ambiente), 2009, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências Nível de preservação: critical, Criado em: 2010-01-06 14:19:53, Criado por: creator:LSARAM, Alterado em: 2010-01-06 15:32:17, Modificado por: super:LSARAM Made available in DSpace on 2010-07-27T08:58:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 20672_ulfc080616_tm.pdf: 2310213 bytes, checksum: 166cbf7a1509b016cd294ddabe71b689 (MD5) 20672.xml: 8440 bytes, checksum: f50416ef6a807d9f8ad15d5c2ff7b779 (MD5) Previous issue date: 2009