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5. Immunophénotypage à grande échelle pour des approches de génétique

Author

Rogel Gaillard, Claire, Blanc, Fany, Calenge, Fanny, Estelle Fabrellas, Jordi, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Bed'Hom, Bertrand, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, and Université Paris Saclay (COmUE)

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

6. D'un cadre conceptuel à un programme expérimental pour la gestion intégrée de la santéchez les monogastriques

Author

Lamothe, Laurence, Combes, Sylvie, Balmisse, Elodie, Brachet, Mathilde, Collin, Anne, Ferchaud, Stéphane, Germain, Karine, Girard, Agnès, Guilloteau, Laurence, Gunia-Jaquot, Mélanie, Méda, Bertrand, Montagne, Lucile, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Savietto, Davi, Schouler, Catherine, Le Floc'h, Nathalie, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], UE 1322 Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL), Elevage Alternatif et Santé des Monogastriques (UE EASM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), UE 1372 Génétique, Expérimentation et Système Innovants, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique, Expérimentation et Système Innovants (GenESI), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Unité de Recherches Avicoles (URA), Génétique, Expérimentation et Système Innovants (GenESI), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT)

Subjects
animal health, santé animale, [SDV]Life Sciences [q-bio], integrated management, poulet, système d'élevage, robustesse, gestion intégrée de la santé animale, mécanisme physiologique, gestion intégrée, animal, lapin, administration de médicament, monogastrique, porc
Abstract

D'un cadre conceptuel à un programme expérimental pour la gestion intégrée de la santéchez les monogastriques. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018)

Published
2018

7. Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé

Author

Yon, Jérémy, Bareille, Nathalie, Bed'Hom, Bertrand, Berthelot, Xavier, Combes, Sylvie, Dameron, Olivier, Foucras, Gilles, Journaux, Alexandre, Launay, Frédéric, Le Bail, Pierre-Yves, Le Floc'h, Nathalie, Martignon, Mélanie, Nédellec, Claire, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Quillet, Edwige, Meunier-Salaün, Marie-Christine, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale ( BIOEPAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences ( Dyliss ), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA_D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ), Domaine expérimental animal du Pin ( SEA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers ( UEARF ), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] ( MaIAGE ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers (UEARF), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Domaine Expérimental du Pin (DEP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)

Subjects
animal health, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], santé animale, maladie animale, caractère phénotypique, [SDV]Life Sciences [q-bio], production animale, livestock farms, symptôme, ontology, symptom, ontologie
Abstract

un poster présenté; L'ontologie des caractères phénotypiques ATOL, est un outil dédié aux productions animales, permettant uneannotation des bases de données phénotypiques (http://www.atol-ontology.com/). Sur l’ensemble des finalitésciblées dans l’ontologie, les caractères liés à la santé ont été initialement renseignés uniquement dans la finalité Bien-Etre. Le projet P-AHOL, soutenu par le métaprogramme GISA, avait pour objectif de compléter ces caractères en créant une finalité «santé» avec l'ensemble des troubles détectés en élevage et susceptibles de pénaliser les autres finalités (croissance, nutrition, reproduction, production de lait, d’oeufs et foie gras, bien-être). Une démarche de co-construction a été ainsi réalisée sur la standardisation des troubles de santé, par leur dénomination et leur définition, et leur caractérisation, par leur hiérarchisation et avec une attention sur les symptômes. Le travail s’est appuyé sur quatre groupes d'experts du domaine de la santé, pluridisciplinaires (immunologie, virologie, bactériologie, …) et multi-espèces (ruminants, oiseaux, poissons, porc-lapin et cheval) et sur un réseau plus large incluant des scientifiques des départements Santé Animale, Génétique Animale et PHASE, et des porteurs d’enjeu au coeur des questions de santé animale (responsables d’installations expérimentales et de R&D). Pour le choix des maladies retenues, la démarche de co-construction s’est appuyée sur la liste des maladies identifiées dans le système d’informations Sicpa sanitaire et un document ANSES sur les poissons. Pour leur caractérisation, nous nous sommes appuyés sur des ontologies existantes telles que l’ontologie SNOMED CT pour les symptômes et l’ontologie NCBI Taxonomy pour les organismes. Le projet décrit la finalité santé avec 3 branches principales : les maladies classées en fonction de leur type (infectieux, génétique, métabolique, physique, psychologique, chronique) et de leur voie de transmission (horizontale, verticale, vectorielle), les symptômes et les organismes. La branche «organisme» correspond aux classes des agents pathogènes (virus, bactéries, champignons, parasites) et des espèces atteintes. De plus, des propriétés ont été créées pour développer la sémantique entre les différents classes (est pathogène de, a comme symptôme, affecte). En perspective, l’objectif du programme ATOL vise à une utilisation de l’ontologie par différents acteurs impliqués dans les programmes de phénotypage, ainsi que pour l’évaluation du statut sanitaire des animaux et des troupeaux. Aussi le travail va se poursuivre avec la création de liens entre les données du SICPA Sanitaire et l’ontologie ATOL. En parallèle un travail d’enrichissement sera mis en place (1) sur les propriétés entre les finalitésde l’ontologie pour renseigner leurs interactions, (2) sur l’apport de nouveaux caractères ou de liens sur desméthodes de mesures en utilisant des méthodes de text-mining appliquées à la bibliographie ou à des bases de données.

Published
2018

8. Approches intégratives pour prédire la réponse vaccinale

Author

Rogel Gaillard, Claire, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Blanc, Fany, Estelle Fabrellas, Jordi, Bed'Hom, Bertrand, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), and European Project: 633184,H2020,H2020-SFS-2014-2,SAPHIR(2015)

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

9. Livestock genome annotation: transcriptome and chromatin structure profiling in cattle, goat, chicken and pig

Author

Foissac, Sylvain, Djebali, Sarah, Munyard, Kylie, Vialaneix, Nathalie, Rau, Andrea, Muret, Kévin, Esquerré, Diane, Zytnicki, Matthias, Derrien, Thomas, Bardou, Philippe, Blanc, Fany, Cabau, Cédric, CRISCI, Elisa, Dhorne-Pollet, Sophie, Drouet, Françoise, González, Ignacio, Goubil, Adeline, Lacroix-Lamandé, Sonia, Laurent, Fabrice, Marthey, Sylvain, Marti-Marimon, Maria, Momal-Leisenring, Raphaëlle, Mompart, Florence, Quéré, Pascale, Robelin, David, San Cristobal, Magali, Tosser-Klopp, Gwenola, Vincent-Naulleau, Silvia, Fabre, Stéphane, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Klopp, Christophe, Tixier-Boichard, Michele, ACLOQUE, Hervé, Lagarrigue, Sandrine, Giuffra, Elisabetta, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Curtin University [Perth], Planning and Transport Research Centre (PATREC), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), iRCM, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Livestock, Hi-C, [SDV]Life Sciences [q-bio], Functional annotation, [INFO]Computer Science [cs], ATAC-seq, RNA-seq, [MATH]Mathematics [math]
Abstract

Article publié dans BMC Biology. Disponible ici : https://prodinra.inra.fr/record/491694; Functional annotation of livestock genomes is a critical step to decipher the genotype-to-phenotype relationship underlying complex traits. As part of the Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) action, the FR-AgENCODE project aims at profiling the landscape of transcription (RNA-seq) and chromatin accessibility and conformation (ATAC-seq and Hi-C) in four livestock species representing ruminants (cattle, goat), monogastrics (pig) and birds (chicken), using three target samples related to metabolism (liver) and immunity (CD4+ and CD8+ T cells). Standardized protocols were applied to produce transcriptome and chromatin datasets for the four species. RNA-seq assays allowed to considerably extend the available catalog of protein-coding and non-coding transcripts. Gene expression profiles were consistent with known metabolic/immune functions and revealed differentially expressed transcripts with unknown function, including new lncRNAs in syntenic regions. The majority of ATAC-seq peaks of chromatin accessibility mapped to putative regulatory regions, with an enrichment of predicted transcription factor binding sites in differentially accessible peaks. Hi-C provided the first set of genome-wide maps of three-dimensional interactions across livestock and showed consistency with results from gene expression and chromatin accessibility in topological compartments of the genomes. We report the first multi-species and multi-assay genome annotation results obtained by a FAANG pilot project. The global consistency between gene expression and chromatin structure data in these four livestock species adds up to previous findings in model animals. Overall, these results emphasize the value of FAANG for the research on domesticated animals and strengthen the importance of future meta-analyses of the reference datasets being generated by this community on different species.

Published
2018
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11. Panel discussion 2: user needs and applications

Author

Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene and Van Milgen, Jacob

Subjects
approche multidisciplinaire, production animale, durabilité de l'élevage
Abstract

Panel discussion and interaction with participants on the needs of stakeholders with respect to the complexity (and thus the multidisciplinarity) of livestock production and animal-derived products and the way research can respond to these needs.

Published
2018

12. A conceptual framework to promote integrated health management in monogastrics

Author

Lamothe, Laurence, Combes, Sylvie, Balmisse, Elodie, Collin, Anne, Ferchaud, Stéphane, Germain, Karine, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Schouler, Catherine, Le Floc'h, Nathalie, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], UE 1322 Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL), Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UE 1372 Génétique, Expérimentation et Système Innovants, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique, Expérimentation et Système Innovants (GenESI), Elevage Alternatif et Santé des Monogastriques (UE EASM), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Unité de Recherches Avicoles (URA), Génétique, Expérimentation et Système Innovants (GenESI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
animal health, santé animale, [SDV]Life Sciences [q-bio], integrated management, système d'élevage, gestion intégrée, approche systémique, monogastrique, traitement antimicrobien, pratique d'élevage
Abstract

Rimel; Reduce the use of antimicrobial compounds in livestock production is necessary to limit antimicrobial resistance development and to protect the health of animals, humans and ecosystems. This complex task may only be accomplished via the implementation of a systemic approach, which takes into account the management of animal health as a whole, avoiding simplistic strategies. To that purpose, 15 scientists working on different domestic monogastric species (pig, poultry, rabbit) formed the consortium ‘RIMEL’. We propose an interdisciplinary conceptual framework for the evaluation and management of animal health. This conceptual framework listed 11 fundaments of animal health organized in two main dimensions. The first one, physical health, refers to the association of barriers (skin, mucosae and microbiota) and defenses (innate and acquired immunity, and nervous and endocrine systems). The second one considers the psycho-social health (mother-young interactions or amongst relatives, the expression of the innate behavioral repertoire, and the respect of circadian rhythm). We identified critical periods for health in each species related to the maturation dynamics of each fundament. Then, we associate these fundaments with various indicators of health status (zootechnical performance, behavior, metabolic or hormonal markers, etc.). Finally, the framework takes into account more than 30 practices applied in the long- or in the short-term to drive health in livestock systems (genetics, reproduction strategy and renewal management, feeding, hygiene and prophylaxis, living environment, etc.). We organized all the elements to describe the biological relays, to distinguish levers and risks, and to build a representation that took into account the lag between actions and results on a targetedpopulation. This framework is a tool to (1) help and structure research on integrated management of animal health (2) characterize and analyze existing systems, (3) design and evaluate innovative practices and systems. Our ultimate goal is to support the transition of animal production towards systems with low antimicrobial inputs.

Published
2017

13. Profiling the landscape of transcription, chromatin accessibility and chromosome conformation of cattle, pig, chicken and goat genomes [FAANG pilot project]

Author

Foissac, Sylvain, Djebali Quelen, Sarah, ACLOQUE, Hervé, Bardou, Philippe, Blanc, Fany, Cabau, Cédric, Derrien, Thomas, Drouet, Françoise, Esquerre, Diane, Fabre, Stéphane, Gaspin, Christine, GONZALEZ, Ignacio, Goubil, Adeline, Klopp, Christophe, Laurent, Fabrice, Marthey, Sylvain, Marti-Marimon, Maria, Mompart, Florence, Munyard, Kylie, Muret, Kévin, Pollet, Sophie, Quéré, Pascale, Rau, Andrea, Robelin, David, San Cristobal, Magali, Tixier-Boichard, Michele, Tosser-Klopp, Gwenola, Villa-Vialaneix, Nathalie, Vincent-Naulleau, Silvia, Zytnicki, Matthias, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Lagarrigue, Sandrine, Giuffra, Elisabetta, Institut National de la Recherche Agronomique - INRA (FRANCE), Institut National Polytechnique de Toulouse - INPT (FRANCE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), FR-AgENCODE, Institut National Polytechnique de Toulouse - Toulouse INP (FRANCE), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours

Subjects
multispecies, Hi-C, [SDV]Life Sciences [q-bio], Multispecies, Biologie animale, Functional annotation of animal genome (FAANG), functional annotation of animal genome (FAANG), ATAC-seq, RNA-seq
Abstract

Functional annotation of livestock genomes is a critical and obvious next step to derive maximum benefit for agriculture, animal science, animal welfare and human health. The aim of the Fr-AgENCODE project is to generate multi-species functional genome annotations by applying high-throughput molecular assays on three target tissues/cells relevant to the study of immune and metabolic traits. An extensive collection of stored samples from other tissues is available for further use (FAANG Biosamples ‘FR-AGENCODE’). From each of two males and two females per species (pig, cattle, goat, chicken), strand-oriented RNA-seq and chromatin accessibility ATAC-seq assays were performed on liver tissue and on two T-cell types (CD3+CD4+&CD3+CD8+) sorted from blood (mammals) or spleen (chicken). Chromosome Conformation Capture (in situ Hi-C) was also carried out on liver. Sequencing reads from the 3 assays were processed using standard processing pipelines. While most (50–70%) RNA-seq reads mapped to annotated exons, thousands of novel transcripts and genes were found, including extensions of annotated protein-coding genes and new lncRNAs (see abstract #69857). Consistency of ATAC-seq results was confirmed by the significant proportion of called peaks in promoter regions (36–66%) and by the specific accumulation pattern of peaks around gene starts (TSS) v. gene ends (TTS). Principal Component Analyses for RNA-seq (based on quantified gene expression) and ATAC-seq (based on quantified chromatin accessibility) highlighted clusters characterised by cell type and sex in all species. From Hi-C data, we generated 40kb-resolution interaction maps, profiled a genome-wide Directionality Index and identified from 4,100 (chicken) to 12,100 (pig) topologically-associating do- mains (TADs). Correlations were reported between RNA-seq and ATAC-seq results (see abstract #71581). In summary, we present here an overview of the first multi-species and -tissue annotations of chromatin accessibility and genome architecture related to gene expression for farm animals.

Published
2017

14. Analysis of the genomic regions associated to response to coccidiosis caused by Eimeria maxima in broiler chickens

Author

Bed'Hom, Bertrand, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Hawken, Rachel, HAMZIC, Edin, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Cobb-Vantress Inc, and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
animal structures, Disease resilience, Coccidiosis, animal diseases, [SDV]Life Sciences [q-bio], education, parasitic diseases, food and beverages, Genome-wide Association, Chicken
Abstract

Analysis of the genomic regions associated to response to coccidiosis caused by Eimeria maxima in broiler chickens. 36. Conference of the International Society for Animal Genetics (ISAG)

Published
2017

15. Deciphering host responses to Eimeria infections for implementing integrated breeding strategies for improved resistance to coccidiosis

Author

Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech

Subjects
disease resistance, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, chicken, breeding strategy, coccidiosis
Abstract

In the context of intensification and specialization of poultry production, animal health issues are of increasing importance to the breeding sector because of huge related production losses caused for ex. by coccidiosis. Because of the multiple factors controlling host responses to Eimeria infections, most effective disease control strategies should be developed in an integrated animal health management approach, including prevention, cure, environment control and breeding for disease resistance. Yet, traits like resistance to coccidiosis are scarcely selected for because of a lack of easy measurable and relevant phenotypes and associated genetic markers which could be integrated in running breeding programs.Therefore, our objectives are the identification of useable phenotypes and, using major advances in animal genomics, genes, gene products and regulatory networks involved in host pathogen interactions with a twofold goal: their use in selection and a better understanding of their functions and the underlying mechanisms.We performed an experimental infection with 2024 commercial broilers and measured phenotypes of animals’ response (body weight gain (BWG), temperature, lesions and many blood parameters). Animals were genotyped using a 580K SNP panel, and the genome-wide association study evidenced genomic regions (22 SNPs) highly significantly associated to BWG, plasma colour and plasma β2-globuline concentration. Three SNPs associated with BWG explained 7,5% of the total variance for BWG in challenged birds. In parallel, transcriptomics analysis of liver and spleen was performed. The analysis of biological functions of genes showed the major role played by biological pathways of metabolism and some innate immune parameters. Interactions analysis showed very significant networks centred on tissue repair or cardiovascular functions, i.e. general robustness related functions. The genetic markers identified can be used now in selection programmes. Next step is to investigate how this can be applied to breeding in combination with novel vaccination.

Published
2017

16. Analyse fonctionnelle des régions génomiques associées à la réponse à la coccidiose à Eimeria maxima chez des poulets de chair

Author

HAMZIC, Edin, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Buitenhuis, Bart, Hawken, Rachel, Bed'Hom, Bertrand, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Center for Quantitative Genetics & Genomics, Department of Molecular Biology & Genetics, Aarhus University [Aarhus], Cobb-Vantress Inc, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Aarhus University

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Coccidiosis is a parasitic disease caused by species from Eimeria genus, widespread in poultry farming, leading to important losses by its direct impact on production and the associated control measures. The integrative management against this disease should lead to include new parameters of animal’s response to coccidiosis in selection schemes. Our goal was to study the variability of broilers’ response to coccidiosis caused by Eimeria maxima, to identify associated genomic regions and to understand underlying biological mechanisms. We performed an experimental infection with 2 024 animals and measured phenotypes of animals’ response (body weight, temperature, lesions and many blood parameters). Animals have been genotyped using a 580K SNP panel, and the genome-wide association study has revealed genomic regions highly significantly associated to body weight gain, plasma colour and plasma β2-globuline concentration. The analysis of biological functions of genes has shown the major role played by biological pathways of metabolism and some innate immune parameters. The analysis of interactions has shown very significant networks centred on gut repair or cardiovascular functions. The genetic markers identified during this study can be used in selection programmes.; La coccidiose est une parasitose intestinale causée par des espèces du genre Eimeria, très répandue dans les élevages avicoles à l’origine de pertes importantes par son impact direct sur la production et les mesures de lutte associées. La gestion intégrée de cette pathologie devrait conduire à inclure dans les programmes de sélection des critères relatifs à la réponse des animaux à la coccidiose. Notre objectif a donc été d’étudier la variabilité de la réponse de poulets de chair à Eimeria maxima et d’identifier les régions génomiques associées, puis de comprendre les mécanismes biologiques sous-jacents. Pour cela, nous avons réalisé une infection expérimentale sur 2 024 animaux et mesuré des phénotypes (poids, température, lésions et de nombreux paramètres sanguins) de la réponse des animaux. Afin de comprendre les bases génétiques de cette réponse, ces animaux ont été génotypés à l’aide d’un panel de 580K marqueurs SNP. L’étude d’association génomique a permis d’identifier des régions du génome très significativement associées avec le gain de poids, la coloration plasmatique ou le taux plasmatique de β2-globuline. Une analyse des fonctions biologiques des gènes a révélé la grande importance des voies biologiques de métabolisme énergétique et de certains paramètres de réponse innée. Une analyse des interactions a identifié des réseaux très significatifs centrés sur des fonctions de réparation intestinale ou cardiovasculaires.Les marqueurs génétiques identifiés lors de cette étude peuvent être utilisés dans des programmes de sélection.

Published
2017

17. Serum IL-10, a novel diagnostic biomarker of resistance in the domestic chicken to coccidiosis

Author

Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, HAMZIC, Edin, Boulton, Kay, Psifidi, Androniki, Kaiser, Pete, Tomley, Fiona M., Abrahamsen, Mitchel S, Hawken, Rachel J, Blake, Damer, Hume, David A, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, University of Edinburgh, Royal Veterinary College - University of London, and Cobb-Vantress Inc

Subjects
Disease resistance, animal structures, Coccidiosis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biomarker, Chicken
Abstract

Serum IL-10, a novel diagnostic biomarker of resistance in the domestic chicken to coccidiosis. 14. Avian Immunology Research Group (AIRG) Meeting 2016

Published
2016

18. Genome-wide association study of the Eimeria maxima response in Cobb500 broilers

Author

HAMZIC, Edin, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Buitenhuis, A.J., Hawken, Rachel, Bed'Hom, Bertrand, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, QGC, Department of Molecular Biology and Genetics, Aarhus University [Aarhus], QGG, Department of Molecular Biology and Genetics, and Cobb-Vantress Inc

Subjects
broilers, coccidiose, animal diseases, chicken, [SDV]Life Sciences [q-bio], parasitic diseases, genomics, food and beverages, sélection génomique, coccidiosis, poulet de chair, genomic selection
Abstract

Genome-wide association study of the [i]Eimeria maxima[/i] response in Cobb500 broilers. 67. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP)

Published
2016

19. Strengthening Animal Production and Health ​​through the Immune Response

Author

Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, and European Project: 633184

Subjects
animal diseases, [SDV]Life Sciences [q-bio], bacteria, chemical and pharmacologic phenomena, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition
Abstract

Strengthening Animal Production and Health ​​through the Immune Response. Veterinary Vaccinology Network Conference 2016

Published
2016

20. Pig’s gut microbiota: composition, and links with host genetic parameters, immunity and production traits

Author

Estellé, Jordi, Mach Casellas, Nuria, RAMAYO CALDAS, Yuliaxis, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, INRA-Denmark-BGI Consortium, ., Rogel Gaillard, Claire, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), and International Livestock Research Institute (ILRI).

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2015

21. How to select the laying hen of the future?

Author

Loyau, Thomas, Zerjal, Tatiana, Rodenburg, T.B., Fablet, Julien, Tixier-Boichard, Michele, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Mignon-Grasteau, Sandrine, Unité de Recherches Zootechniques (URZ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Wageningen University and Research Centre (WUR), Institut de Sélection Animale - Hendrix genetics company (ISA), Unité de Recherches Avicoles (URA), and Gallus Futurus

Subjects
stress thermique, système de production, [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], poule pondeuse, robustesse, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2015

22. Genome-wide association study for response to [i]Eimeria maxima[/i] challenge in broilers

Author

HAMZIC, Edin, Bed'Hom, Bertrand, Herault, Frédéric, Juin, Herve, Hawken, Rachel J, Abrahamsen, Mitchell S, Elsen, Jean Michel, Servin, Bertrand, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Elevage Alternatif et Santé des Monogastriques (UE EASM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Cobb-Vantress Inc, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

absent

Published
2015

23. Volailles : les chercheurs veillent au grain

Author

Duclos, Michel, Beaumont, Catherine, Berri, Cécile, Collin, Anne, Coustham, Vincent, Duval, Elisabeth, Grasteau, Sandrine, Guilloteau, Laurence, Lessire, Michel, Narcy, Agnès, Blesbois, Elisabeth, Calandreau, Ludovic, Froment, Pascal, Govoroun, Marina, Leterrier, Christine, Denesvre, Caroline, Doublet, Benoît, Lalmanach, Anne-Christine, Marc, Daniel, Schouler, Catherine, Silvestre, Anne, Le Bourhis, Maria-Céleste, Fernandez, Xavier, Pitel, Frederique, Vignal, Alain, Bed'Hom, Bertrand, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Tixier-Boichard, Michele, Zerjal, Tatiana, Le Roy, Pascale, Germain, Karine, GUERIN, Jean-Luc, Paul, Mathilde, Engel, Erwan, Jondreville, Catherine, Magras, Catherine, Guillou, Sandrine, Fortané, Nicolas, Malher, Xavier, and Bouvarel, Isabelle

Published
2015

24. Large-scale investigation of response to [i]Eimeria Maxima[/i] challenge in broilers

Author

HAMZIC, Edin, Bed'Hom, Bertrand, Juin, Herve, Hawken, R, Abrahamsen, M. S., Elsen, Jean Michel, Servin, Bertrand, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Demeure, Olivier, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Department of Molecular Biology and Genetics (DMBG), Aarhus University [Aarhus]-Research Centre Flakkebjerg, Elevage Alternatif et Santé des Monogastriques (UE EASM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Cobb-Vantress Inc, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
broilers, disease indicators, [SDV]Life Sciences [q-bio], parasitic diseases, Eimeria maxima, coccidiosis, large-scale study
Abstract

Coccidiosis, a parasitic disease of the intestinal tract caused by members of the genera Eimeria and Isospora, is one of the most common and costly diseases in chicken. The aims of this study were to assess the effect of the challenge and level of variability of measured parameters in chickens during the challenge with Eimeria maxima. Furthermore, this study aimed to investigate which parameters are the most relevant indicators of the health status. Finally, the study also aimed to estimate accuracy of prediction for traits that cannot be measured on large scale (such as intestinal lesion score and fecal oocyst count) using parameters that can easily be measured on all animals. The study was performed in two parts: a pilot challenge on 240 animals, followed by a large-scale challenge on 2,024 animals. In both experiments, animals were challenged with 50,000 Eimeria maxima oocysts at 16 days of age. In the pilot challenge all animals were measured for BW gain, plasma coloration, hematocrit and rectal temperature and in addition a subset of 48 animals was measured for oocyst count and the intestinal lesion score. All animals from the second challenge were measured for BW gain, plasma coloration and hematocrit whereas a subset of 184 animals were measured for intestinal lesion scores, fecal oocyst count, blood parameters, plasma protein content and composition. Most of the parameters measured were significantly affected by the challenge. Lesion scores for duodenum and jejunum (P

Published
2015
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25. Major Histocompatibility Complex plays a role in survival kinetics of chicken infected by Marek’s disease virus

Author

Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Bed'Hom, Bertrand, Bruneau, Nicolas, Chazara, Olympe, Besbes, Badi, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Department of Pathology, University of Cambridge [UK] (CAM), and Food and Agriculture Organization

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Chantier qualité spécifique "Auteurs Externes" département de Génétique animale : uniquement liaison auteur au référentiel HR-Access; absent

Published
2014

26. Heritability of body surface temperature measured by infra-red thermography in laying hens exposed to high temperature conditions

Author

Grasteau, Sandrine, Moreri, Utlwanang, Fablet, Julien, Tixier-Boichard, Michele, David, Jérémie, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Rodenburg, T.B., Zerjal, Tatiana, Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Sélection Animale, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Clermont Université-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Behavioural Ecology Group, Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Projet Gallus Futurus, Hendrix Genetics, Unité de Recherches Avicoles (URA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, and Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Animal biology, stress thermique, sélection génétique, héritabilité, thermographie infrarouge, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, laying hens, temperature, effet thermique, poule pondeuse, thermography, Agricultural sciences, chaleur, Biologie animale, heat, genetics, température, Sciences agricoles
Abstract

Improving the adaptation of poultry to heat stress by selection requires having measures that are easy to obtain and that are heritable. Internal body temperature is used to quantify heat stress but is long to obtain and lacks precision. We tested the possibility of infrared thermography to record body temperature (BT) in two commercial lines of laying hens between 28 and 72 wk, submitted cyclically to periods at neutral or high ambient temperatures (19.6°C and 28.4°C, resp.). Mean BT were estimated for the wing, comb and shank areas (N=4465-4481 in line A, 7279-7311 in line B, depending on the trait). During hot periods, mean BT increased by 29.5-32.6% on the wing, by 20.6-22.5% on the shank and by 28.9-29.8% on the comb. Heritability of the mean BT was estimated in both lines. It was very low for the wing (0.03) consistently with the fact that wing BT is mainly linked to environmental temperature and to feather coverage. Heritability of the shank and the comb BT was also low but significantly different from zero (0.08-0.14), which indicates that the capacity of animals to dissipate heat is partly under genetic control. Heritability of the shank BT was the most consistent between the two lines, probably reflecting a higher precision of the measure of this part, the easiest to distinguish from environment. Using infrared thermography in chicken experimentation seems promising but a higher degree of precision is required in order to increase the heritability of these traits.

Published
2014

27. Use of health data for research

Author

Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Animal health issues are of increasing importance to all animal breeding sectors, by raising health and welfare issues and causing major production costs, but also to citizens, by affecting possibly their own health and lifestyle choices. So far, traditional selective breeding approaches have been applied successfully to enhance production and reproduction traits; but the inclusion of animal health related traits are scarcely considered because of a clear lack of easy measurable and relevant health phenotypes and associated genetic markers which could be integrated in running breeding programs. Though, there have been numerous studies in the past showing evidence of genetic variability of responses to various diseases of economic interest. New opportunities have been arising thanks to major advances in animal genomics and related technologies. Most research strategies are now developed, combining structural, population and functional genomics approaches. The objectives of this research studies using health data are two-fold: 1-identification of genes, gene products and regulatory networks involved in host pathogen interactions which could be used in selection and 2- better understanding their functions and the underlying mechanisms. Applications of such research using health data may cover areas like vaccine development, improved diagnosis and treatment, epidemiology, in addition to breeding. Likely, integrated strategies using several approaches will be more successful to combat diseases. Thus, research and development aiming at understanding health related mechanisms and implementing integrated strategies for improved health of livestock requires large use of recorded health data, collaborative multidisciplinary programs and efficient technology transfer between research and industry. Improving recording systems of health data would benefit both research and industry in an ultimate goal of breeding more “robust” animals for a sustainable production.

Published
2013

28. Breeding for disease resistance

Author

Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, and World's Poultry Science Association (WPSA). INT.

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

In the context of intensification and specialization of poultry production, next to welfare regulation on animal breeding, animal health issues are of increasing importance to the breeding sector because of the huge related production losses. But animal health and welfare issues are also of importance to the consumers because of potential effects on their own health and their lifestyle choices. Most effective disease control strategies should be developed in an integrated animal health management approach, including prevention, cure, environment control and breeding for disease resistance. Until recently, selective breeding approaches have been applied successfully by poultry breeders to enhance production and reproduction traits; but the inclusion of animal health related traits are scarcely considered because of a clear lack of easy measurable and relevant phenotypes and associated genetic markers which could be integrated in running breeding programs. Though, there have been numerous studies in the past showing evidence of genetic variability of responses to various diseases of economic interest, like parasitic, bacterial or viral diseases. New opportunities have been arising thanks to major advances in animal genomics and related technologies. Most research strategies are now developed, combining structural, population and functional genomics approaches. The objectives are the identification of genes, gene products and regulatory networks involved in host pathogen interactions which could be used in selection and a better understanding of their functions and the underlying mechanisms. Also, there is a growing interest in deciphering genetic parameters underlying the immune response (innate and adaptive) of chickens and how this can be applied to breeding in combination with vaccination. Thus, research and development aiming at understanding and implementing host genetic variation in disease resistance require large use of field data, collaborative multidisciplinary programs and can only be hopefully applied if efficient technology transfer between research and industry is occurring.

Published
2013

30. Breeding for genetic resistance to disease

Author

Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Animal health issues are of increasing importance to all animal breeding sectors, including poultry, by raising health and welfare issues and causing major production costs, but also to citizens, by affecting possibly their own health and lifestyle choices. So far, traditional selective breeding approaches have been applied successfully by poultry breeders to enhance production and reproduction traits; but the inclusion of animal health related traits are scarcely considered because of a clear lack of easy measurable and relevant phenotypes and associated genetic markers which could be integrated in running breeding programs. Though, there have been numerous studies in the past showing evidence of genetic variability of responses to various diseases of economic interest, like parasitic, bacterial or viral diseases. New opportunities have been arising thanks to major advances in animal genomics and related technologies. Most research strategies are now developed, combining structural, population and functional genomics approaches. The objective of the running studies is two-fold: 1-identification of genes, gene products and regulatory networks involved in host pathogen interactions which could be used in selection and 2- better understanding their functions and the underlying mechanisms. Also, there is a growing interest in deciphering genetic parameters underlying the immune response (innate and adaptive) of chickens and how this can be applied to breeding. Thus, research and development aiming at understanding and implementing host genetic variation in disease resistance requires large use of field data, collaborative multidisciplinary programs and efficient technology transfer between research and industry. But breeding for disease resistance will be always a balancing act, the ultimate goal being “robust” animals for a sustainable production in fluctuating environments.

Published
2012

31. Ruminant genetic resources and their resistance/tolerance to parasitic diseases

Author

Gauly, M, Besbes, Badi, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Hoffmann , Irene, Greeff, J., Thevenon, S., Baker, L., Tibbo, M., Bishop, S.C., Mugambi, J., DEMPFLE, L., Sidibe, I., Mandonnet, Nathalie, Amarande, A.F.T., Miller, J.E., Department of Animal Science, Livestock Production Group, University of Goettingen, Food and Agriculture Organization, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Department of Agriculture and Food Western Australia, Trypanosomes de l'Homme, des Animaux et des Plantes (Cirad-EMVT-UPR 17 Trypanosomes), Département Elevage et médecine vétérinaire (EMVT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), International Center for Agricultural Research in the Dry Areas (ICARDA), The Roslin Institute, Veterinary research Centre, Kenya Agricultural Research Institute, Department of Animal Science, Technische Universität München [München] (TUM), Centre International de Recherche Développement sur l'Elevage en Zone Subhumide (CIRDES), Unité de Recherches Zootechniques (URZ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho [São José do Rio Preto] (UNESP), Louisiana State University (LSU), University of Göttingen - Georg-August-Universität Göttingen, Département Elevage et médecine vétérinaire (Cirad-EMVT), International Center for Agricultural Research in the Dry Areas [Syrie] (ICARDA), Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), and Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho = São Paulo State University (UNESP)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

absent

Published
2010

32. Genome-wide association study and biological pathway analysis of the Eimeria maxima response in broilers.

Author

Hamzić, Edin, Buitenhuis, Bart, Hérault, Frédéric, Hawken, Rachel, Abrahamsen, Mitchel S., Servin, Bertrand, Elsen, Jean-Michel, Pinard - van der Laan, Marie-Helene, and Bed'Hom, Bertrand

Subjects
COCCIDIOSIS, POULTRY diseases, PROTOZOA, SINGLE nucleotide polymorphisms, FUNCTIONAL analysis, PREVENTION
Abstract

Background: Coccidiosis is the most common and costly disease in the poultry industry and is caused by protozoans of the Eimeria genus. The current control of coccidiosis, based on the use of anticoccidial drugs and vaccination, faces serious obstacles such as drug resistance and the high costs for the development of efficient vaccines, respectively. Therefore, the current control programs must be expanded with complementary approaches such as the use of genetics to improve the host response to Eimeria infections. Recently, we have performed a large-scale challenge study on Cobb500 broilers using E. maxima for which we investigated variability among animals in response to the challenge. As a follow-up to this challenge study, we performed a genome-wide association study (GWAS) to identify genomic regions underlying variability of the measured traits in the response to Eimeria maxima in broilers. Furthermore, we conducted a post-GWAS functional analysis to increase our biological understanding of the underlying response to Eimeria maxima challenge. Results: In total, we identified 22 single nucleotide polymorphisms (SNPs) with q value <0.1 distributed across five chromosomes. The highly significant SNPs were associated with body weight gain (three SNPs on GGA5, one SNP on GGA1 and one SNP on GGA3), plasma coloration measured as optical density at wavelengths in the range 465-510 nm (10 SNPs and all on GGA10) and the percentage of β2-globulin in blood plasma (15 SNPs on GGA1 and one SNP on GGA2). Biological pathways related to metabolic processes, cell proliferation, and primary innate immune processes were among the most frequent significantly enriched biological pathways. Furthermore, the network-based analysis produced two networks of high confidence, with one centered on large tumor suppressor kinase 1 (LATS1) and 2 (LATS2) and the second involving the myosin heavy chain 6 (MYH6). Conclusions: We identified several strong candidate genes and genomic regions associated with traits measured in response to Eimeria maxima in broilers. Furthermore, the post-GWAS functional analysis indicates that biological pathways and networks involved in tissue proliferation and repair along with the primary innate immune response may play the most important role during the early stage of Eimeria maxima infection in broilers. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2015
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33. On the need for combining complementary analyses to assess the effect of a candidate gene and the evolution of its polymorphism: the example of the Major Histocompatibility Complex in chicken.

Author

Loywyck V, Pinard-van der Laan MH, Goldringer I, and Verrier E

Subjects
Analysis of Variance, Animals, Antibody Formation genetics, Gene Frequency, Genetic Variation, Genotype, Models, Genetic, Numerical Analysis, Computer-Assisted, Chickens genetics, Evolution, Molecular, Major Histocompatibility Complex genetics, Polymorphism, Genetic
Abstract

The aim of this paper is to combine different but complementary approaches to check the neutrality of a given locus in a selected population. Analysis was undertaken through the polymorphism's evolution compared with that predicted under the effect of drift and through the analysis of the variance components of the measured traits, considering the effect of the locus as either a fixed or a random effect. This study deals with the case of the MHC locus, using both data from experimental lines of chicken selected for three different criteria of immune response, and frequencies of the genotyped haplotypes over time. Both the evolution of the polymorphism and the variance components approach have led to the conclusion that the MHC locus has an effect on the trait affecting antibody production against the Newcastle disease virus. Results have also highlighted the interest in using various methods in the case of low allelic frequencies. However, none of the common hypotheses, overdominance or frequency-dependent selection, was sufficient to explain the observed variation of the MHC polymorphism, which was displayed by the temporal variation of the allelic frequencies.

Published
2006
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