Search

Studies in vertebrate genomics require sampling from a broad range of tissue types, taxa, and localities. Recent advancements in long-read and long-range genome sequencing have made it possible to produce high-quality chromosome-level genome assemblies for almost any organism. However, adequate tissue preservation for the requisite ultra-high molecular weight DNA (uHMW DNA) remains a major challenge. Here we present a comparative study of preservation methods for field and laboratory tissue sampling, across vertebrate classes and different tissue types. We find that no single method is best for all cases. Instead, the optimal storage and extraction methods vary by taxa, by tissue, and by down-stream application. Therefore, we provide sample preservation guidelines that ensure sufficient DNA integrity and amount required for use with long-read and long-range sequencing technologies across vertebrates. Our best practices generated the uHMW DNA needed for the high-quality reference genomes for Phase 1 of the Vertebrate Genomes Project (VGP), whose ultimate mission is to generate chromosome-level reference genome assemblies of all ∼70,000 extant vertebrate species.

De ekologiska lantbrukarna i Sverige har under lång tid utfört olika typer av utvecklingsarbete på gårdsnivå (Wivstad, 1999). I den fortsatta utvecklingen av ekologiskt lantbruk är det viktigt att ta tillvara dessa erfarenheter och kunskaper. Deltagardriven forskning är en förändringsprocess (Ullmark, 1998) där aktiva lantbrukare, rådgivare och forskare arbetar i grupp utifrån gemensamma intresseområden. Syftet är att knyta ihop forskarnas, rådgivarnas och lantbrukarnas teoretiska och praktiska kunskaper och erfarenheter. Alla som medverkar i processen är lika viktiga och alla parter som berörs av resultaten har möjlighet att påverka gruppens arbete och utveckling (Ullmark, 1998). Tillsammans identifierar gruppen problem och använder/utvecklar för lantbrukaren relevanta försöks- och forskningsmetoder som kan bidra till att lösa de praktiska problem som lantbrukaren faktiskt ställs inför. Genom deltagardriven forskning kan lantbrukarna även få möjlighet till att påverka var och hur forskning bedrivs. Forskningsfrågorna kan hämtas från lantbrukssystemets olika delar samt göra gruppen medveten om hur olika delar påverkar helheten (Wivstad, 1999; Eksvärd et al, 2001). I förlängningen kan deltagarna bli informatörer och överföra idéer till andra lantbrukare (Ullmark, 1998). Centrum för uthålligt lantbruk, CUL, placerat vid SLU, har sedan 1998 ansvarat för det tvärvetenskapliga projektet ”Deltagardriven forskning” som ett verktyg för regional utveckling av det ekologiska lantbruket. Det övergripande målet har varit att öka kunskapen om hur man kan åstadkomma uthålliga lantbrukssystem. Projektet startade med sex delgrupper inriktade på följande områden: grönsaker – friland, grönsaker – växthus, höns, växtodling, biogas samt grisproduktion. Därefter har några tillkommit och några avslutats. För aktuell information se hemsidan: www.cul.slu.se. Ytterligare beskrivning kan fås i ”Deltagardriven forskning – forskningsinriktad aktörssamverkan för svenskt lantbruk” (Eksvärd, i tryck).