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37 results on '"Petit, Morgane"'

4. Comparison of imputation accuracy using different SNPs densities and SNP selection strategies based on a physical map or on a genetic map

Author

Petit, Morgane, Larroque, Helene, Astruc, Jean-Michel, Chassier, Marjorie, Servin, Bertrand, Moreno-Romieux, Carole, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut de l'élevage (IDELE), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], genomic, sheep, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], selection, [INFO]Computer Science [cs], [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [INFO] Computer Science [cs], genetic
Abstract

International audience; The imputation is a robust approach to infer genotypes at un-genotyped loci based on known genotypes of loci in the vicinity. It allowed to predict genotypes of thousands of SNPs with a low-density array, which is less expensive and thus can improve the genomic selection, while maintaining good genotyping information. In Sheep, 4 SNPs arrays exists and the markers were chosen according to regular physical distances between them and the highest SNP Minor Allele Frequency (MAF). In this paper, we test this hypothesis by exploiting a recently published sheep recombination map. To do so, we virtually created low-density SNP panels where SNPs were either selected from physical or genetic distance information, and of varying density: 16,000 SNPs (16K), 10,000 SNPs (10K), 3,000 SNPs (3K) and 300 SNPs (300). The 10K or 3K SNPs set based on the genetic distances instead of physical distances improves the imputation accuracy, especially at the extremities of the chromosomes, where recombination events are more concentrated. For the 300 SNPs and 16K SNPs set, whatever the selection with genetic or physical distances, the imputation accuracy is very similar.

Published
2018

5. Etude des patrons de recombinaison, de leur déterminisme génétique et de leurs impacts en sélection génomique en race ovine Lacaune

Author

Petit, Morgane, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Carole Moreno-Romieux, and Bertrand Servin

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], carte génétique, déterminisme génétique, crossing-over, ovin, point chaud, recombinaison génétique, variation de la recombinaison, lacaune
Abstract

La recombinaison génétique est un processus biologique fondamental, ayant lieu au cours de la méiose et assurant la bonne ségrégation des chromosomes, ainsi que le maintien de la variabilité génétique grâce au brassage intrachromosomique. La recombinaison a été étudiée dans de nombreuses espèces, en particulier chez les Mammifères et les animaux d’élevage, comme les bovins, les porcs ou les ovins. Dans tous les cas, une variation du taux de recombinaison a été observée entre les individus et il a été démontré qu’elle était héritable et sous déterminisme génétique. Dans certaines espèces, des cartes génétiques ont également été construites, ce qui a permis de localiser les crossing-overs et de détecter de très petites zones du génome où la recombinaison était importante : les points chauds. En race ovine Lacaune, de nombreuses données de génotypages sont disponibles, notamment grâce à l’existence de deux puces : une de moyenne densité avec 54 000 marqueurs et une de haute densité avec 600 000 marqueurs. Deux jeux de données étaient donc disponibles ; un jeu de données familial avec près de 6 000 individus apparentés et génotypés pour les 54 000 marqueurs et un jeu de données comportant 70 Lacaune non apparentés et génotypés pour les 600 000 marqueurs. Des cartes génétiques ont donc été créées pour ces deux jeux de données. Avec les animaux non apparentés, environ 50 000 points chauds ont été détectés. Le jeu de données familial a permis d’observer des motifs de distribution de la recombinaison communs aux autres Mammifères. Enfin, la combinaison des deux jeux de données a révélé la présence de signatures de sélection et a permis de créer une carte génétique de haute densité. De plus, une variation du taux de recombinaison a été observée entre les individus et a pu être liée à l’existence de 2 QTLs majeurs sur les chromosomes 6 et 7. Des gènes candidats plus ou moins bien connus ont pu être proposés, voire étudiés : RNF212 et HEI10. De plus, une comparaison avec une autre population ovine a permis de montrer que les cartes de recombinaison étaient quasiment identiques, mais que le taux de recombinaison individuel était soumis à un déterminisme génétique différent. Il a également été possible de proposer une application concrète pour l’utilisation des cartes génétiques en sélection génomique, grâce à la création de puces basse densité pouvant être utilisées pour l’imputation des reproducteurs et donc favoriser le génotypage et la sélection génomique à moindre cout.

Published
2017

6. Study of recombination patterns, their genetic determinism and their impacts in genomic selection in the Lacaune sheep breed

Author

Petit, Morgane, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Carole Moreno-Romieux, and Bertrand Servin

Subjects
recombinaison génétique, crossing-over, carte génétique, point chaud, variation de la recombinaison, déterminisme génétique, ovin, lacaune, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Autre (Sciences du Vivant)
Abstract

La recombinaison génétique est un processus biologique fondamental, ayant lieu au cours de la méiose et assurant la bonne ségrégation des chromosomes, ainsi que le maintien de la variabilité génétique grâce au brassage intrachromosomique. La recombinaison a été étudiée dans de nombreuses espèces, en particulier chez les Mammifères et les animaux d’élevage, comme les bovins, les porcs ou les ovins. Dans tous les cas, une variation du taux de recombinaison a été observée entre les individus et il a été démontré qu’elle était héritable et sous déterminisme génétique. Dans certaines espèces, des cartes génétiques ont également été construites, ce qui a permis de localiser les crossing-overs et de détecter de très petites zones du génome où la recombinaison était importante : les points chauds. En race ovine Lacaune, de nombreuses données de génotypages sont disponibles, notamment grâce à l’existence de deux puces : une de moyenne densité avec 54 000 marqueurs et une de haute densité avec 600 000 marqueurs. Deux jeux de données étaient donc disponibles ; un jeu de données familial avec près de 6 000 individus apparentés et génotypés pour les 54 000 marqueurs et un jeu de données comportant 70 Lacaune non apparentés et génotypés pour les 600 000 marqueurs. Des cartes génétiques ont donc été créées pour ces deux jeux de données. Avec les animaux non apparentés, environ 50 000 points chauds ont été détectés. Le jeu de données familial a permis d’observer des motifs de distribution de la recombinaison communs aux autres Mammifères. Enfin, la combinaison des deux jeux de données a révélé la présence de signatures de sélection et a permis de créer une carte génétique de haute densité. De plus, une variation du taux de recombinaison a été observée entre les individus et a pu être liée à l’existence de 2 QTLs majeurs sur les chromosomes 6 et 7. Des gènes candidats plus ou moins bien connus ont pu être proposés, voire étudiés : RNF212 et HEI10. De plus, une comparaison avec une autre population ovine a permis de montrer que les cartes de recombinaison étaient quasiment identiques, mais que le taux de recombinaison individuel était soumis à un déterminisme génétique différent. Il a également été possible de proposer une application concrète pour l’utilisation des cartes génétiques en sélection génomique, grâce à la création de puces basse densité pouvant être utilisées pour l’imputation des reproducteurs et donc favoriser le génotypage et la sélection génomique à moindre cout.

Published
2017

7. Insights on the genetic determinism and evolution of recombination rates by combining multiple genome-wide datasets in the Sheep

Author

Petit, Morgane, Fabre, Stéphane, Sarry, Julien, Moreno-Romieux, Carole, Servin, Bertrand, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], ProdInra, Archive Ouverte, École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Notice à Reprendre après le Congres; Insights on the genetic determinism and evolution of recombination rates by combining multiple genome-wide datasets in the Sheep. 68. Annual Meeting of the European Associationfor Animal Production (EAAP)

Published
2017

8. Study of recombination rate in Lacaune sheep informs its evolution in Soay sheep

Author

Petit, Morgane, Moreno-Romieux, Carole, Servin, Bertrand, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], ProdInra, Archive Ouverte, École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], sheep, [SDV]Life Sciences [q-bio], lacaune, genetic
Abstract

Study of recombination rate in Lacaune sheep informs its evolution in Soay sheep. XVI Gordon Research Conference : Quantitative Genetics & Genomics

Published
2017

10. Finse-scale recombination maps in the Sheep

Author

Petit, Morgane, Moreno-Romieux, Carole, Servin, Bertrand, ProdInra, Archive Ouverte, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], sheep, nervous system, fine-scale, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, food and beverages, genetic
Abstract

Finse-scale recombination maps in the Sheep. XXIV PAG - Plant and Animal Genome Conference

Published
2016

16. Fine-scale recombination maps in the Sheep

Author

Petit, Morgane, Moreno-Romieux, Carole, Servin, Bertrand, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], Quantitative Biology::Biomolecules, sheep, Nonlinear Sciences::Exactly Solvable and Integrable Systems, fine-scale, [SDV]Life Sciences [q-bio], Physics::Medical Physics, Quantitative Biology::Populations and Evolution, Nonlinear Sciences::Pattern Formation and Solitons
Abstract

Fine-scale recombination maps in the Sheep. XV Gordon meeting

Published
2015

17. Detection of lethal mutations in sheep : research for homozygous chromosome segments with high density molecular information (54 000 SNPs)

Author

Petit, Morgane, Fritz, Sebastien, Astruc, Jean-Michel, Saintilan, Romain, Moreno-Romieux, Carole, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut de l'élevage (IDELE), Institut de l'Elevage, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], sheep, nervous system, [SDV]Life Sciences [q-bio], detection, snp, genetic, mutation
Abstract

Detection of lethal mutations in sheep : research for homozygous chromosome segments with high density molecular information (54 000 SNPs). 23. Plant and Animal Genome (PAG)

Published
2015

18. Quick and reliable UV spectroscopy-based free phenol quantification in lignosulfonates

Author

Broussard, Orianne, Petit, Morgane, Silioc, Christelle, Baumberger, Stéphanie, Arnaud, Alix, Ducrot, Paul Henri, ALLAIS, Florent, Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Saint-Gobain Recherche, Agro-Biotechnologies Industrielles (ABI), AgroParisTech, and American Chemical Society (ACS). USA.

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

25. Monitoring of free phenol content in lignosulfonates by ClO2 titration and UV difference spectroscopy.

Author

Broussard, Orianne, Petit, Morgane, Elie, Nicolas, Baumberger, Stéphanie, Arnaud, Alix, Ducrot, Paul-Henri, and Allais, Florent

Subjects
*PHENOL in soils, *LIGNOSULFONATES, *CHLORINE dioxide, *VOLUMETRIC analysis, *ULTRAVIOLET spectroscopy
Abstract

Lignosulfonates (LS) are water-soluble polyphenolic macromolecules derived from lignins and common industrial additives in plasticizers and dispersants. A key feature for a more efficient utilization of modified LS is the monitoring of their free phenol (OHphen) content during various reactions as these phenols govern a large part of their chemical reactivity. Against this background, the UV difference spectroscopy (Δεi method) and ClO2 titration have been revisited. Synthetic LS model compounds with a SO3H group on their benzylic position and H, G, and S aromatic rings were synthesized and used to assess the suitability of both the ClO2 titration and the Δεi method on LS. The methodology combining the two analytical methods was then used to determine the molar extinction coefficient of a given LS allowing the calibration of the Δεi method for a convenient and rapid monitoring of OHphen in the course of LS reactions involving the OHphen groups. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2016
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30. Organocatalysis

Author

McCort-Tranchepain, Isabelle, primary, Petit, Morgane, additional, and Dalko, Peter I., additional

Published
2010
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34. Drug reaction with eosinophilia and systemic symptoms (DRESS) induced by imatinib in chronic myeloid leukemia.

Author

Vatel, Orlane, Aumont, Cedric, Mathy, Vincent, Petit, Morgane, Feriel, Joffrey, Sloma, Ivan, Bennaceur-Griscelli, Annelise, and Turhan, Ali G.

Subjects
EOSINOPHILIA, CHRONIC myeloid leukemia, IMATINIB, KINASE inhibitors, TYROSINE
Abstract

The article discusses the drug reaction with eosinophilia and systemic symptoms in the chronic myeloid leukemia induced by Imatinib. It cites that the use of tyrosine kinase inhibitors (TKI) has changed the natural history of chronic myeloid leukemia and prolonged survival. The article also cites that Imatinib mesylate is the first TKI for clinical use.

Published
2017
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35. Enantioselective Synthesis of 2,3-Disubstituted Piperidines

Author

Calosso, Michael, Wagner, Mathieu, Gendrineau, Thomas, Petit, Morgane, Kadouri-Puchot, Catherine, and Dechoux, Luc

Abstract

Chiral derivative 3 has been recognized as a precursor of enantiopure 2,3-disubstituted piperidines. A study concerning the chemoselective reduction, using BH3.Me2S, of highly functionalised compounds 6 and N-BOC aminoacid 12 is reported.

Published
2007

36. Rapid Detection and Characterization of Carbapenemases in Enterobacteraleswith a New Modified Carbapenem Inactivation Method, mCIMplus

Author

Petit, Morgane, Caméléna, François, Cointe, Aurélie, Poncin, Thibaut, Merimèche, Manel, Bonacorsi, Stéphane, Birgy, André, and Berçot, Béatrice

Abstract

The worldwide emergence and spread of antimicrobial resistance in Gram-negative bacteria are severely limiting therapeutic options and thus constitute a major public health threat. The timely accurate detection of carbapenemase producers and the determination of carbapenemase class according to the Ambler classification can guide antimicrobial therapy and facilitate infection control measures. A modified version of the carbapenemase inactivation method (CIM), mCIM, was described and approved by the CLSI in 2017.

Published
2020
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