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102 results on '"Perronne, Rémi"'

8. Can amino acids be used to inhibit germination or deplete the soil seedbank of Phelipanche ramosa(L.) Pomel?

Author

Gibot-Leclerc, Stéphanie, Dessaint, Fabrice, Connault, Manon, and Perronne, Rémi

Abstract

Phelipanche ramosais a weed holoparasite which became a major agronomic problem for several crops in France. The yield and quality losses may be complete and lead to the abandonment of crops in the most infested fields. Chemical weed control using synthetic herbicides does not have a direct effect on this weed because the first half of its reproductive cycle occurs on the root system of its host. The aim of this study is to contribute to the definition of an integrated weed management program of P. ramosa, especially focusing on the use of the possible direct effect of amino acids on seed of broomrapes as a potential biocontrol solution. We studied a set of 14 amino acids in in vitro conditions to investigate whether some amino acids can have an inhibitory effect on the germination of the P. ramosaseeds, whether this effect may be permanent after the removal of the amino acid, and whether some amino acids can cause a high dormancy or seed mortality rate. Our main results showed (1) a strong inhibitory effect of four amino acids on the seed germination concerning arginine, lysine, phenylalanine and tryptophan, and (2) that this effect appeared temporary for arginine and lysine, but permanent for phenylalanine and tryptophan. Our study thus highlighted the interest of phenylalanine and tryptophan as they caused both high inhibition of germination and high seed mortality of P. ramosa. Based on these results, we suggest three options for the use of these amino acids that could provide concrete answers to farmers.

Published
2024
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11. Des céréales à paille compétitives vis-à-vis des adventices

Author

Lever, Laetitia, Rolland, Bernard, Chauvel, Bruno, Cordeau, Stéphane, Perronne, Rémi, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, EL Mjiyad, Noureddine, Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], sélection phénotypique, trait, [SDV]Life Sciences [q-bio], mauvaise herbe, compétition, génotype
Abstract

National audience; Contexte -Réduire le recours au désherbage chimique ou/et mécanique, tous deux questionnés pour des raisons environnementales, nécessite d’activer des leviers de régulationbiologique des plantes adventices. Lesquels ?Ceux misant sur la capacité de compétition de la culture. Couvrir le sol, occuper l’espace,limiter la disponibilité en lumière à différents stades de développement de la culture, autantde caractéristiques à rechercher aujourd’hui.¾ étude - L’article propose un bilan des connaissances concernant les principauxcaractères impliqués dans la compétitivité ou/et la tolérance des variétés de céréales àpaille vis-à-vis des adventices, les corrélations connues entre ces caractères, ainsi que leslimites et pistes d’amélioration de l’évaluation de ces caractères.Afin d’améliorer la compétitivité des variétés de céréales à paille vis-à-vis des adventices, ilsemble important d’adapter les schémas de sélection actuels afin d’intégrer la mesure dedavantage de caractères en début de cycle cultural et de reconsidérer les objectifs de sé-lection en fonction des itinéraires culturaux des agriculteurs

Published
2022

13. Caractères variétaux associés à la compétition des génotypes de céréales à paille vis-à-vis des adventices et pistes pour leur sélection : une revue bibliographique

Author

Lever, Laetitia, Rolland, Bernard, Chauvel, Bruno, Cordeau, Stéphane, Perronne, Rémi, MILLOT, Dominique, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Agroécologie [Dijon], and Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon

Subjects
traits fonctionnels, varietal characters, literature review, revue bibliographique, [SDV]Life Sciences [q-bio], céréales à paille, straw cereal, caractères variétaux, schéma de sélection, [SDV] Life Sciences [q-bio], arable weeds, weed-crop competition, breeding scheme, compétition, functional traits, adventices
Abstract

Weed management is a major issue in straw cereals in order to transition the French agriculture towards agroecology. The choice of varieties with a high ability to utcompete weeds has been the subject of little investment and produced few convincing results, especially due to methodological difficulties. Based on an exhaustive review of the literature, our study (1) specifies the main characters of interest (synonym of traits in functional ecology) associated with the competitive capacity of varieties and the existing correlations between them, (2) identifies the main limits to the evaluation of these characters, and (3) suggests some ways to improve the breeding scheme, taking into account the notion of ideotypes including these characters., La gestion des adventices constitue une problématique majeure en céréales à paille afin de mener la transition agroécologique de l’agriculture française. Le choix de variétés ayant une capacité de compétition élevée vis-à-vis des adventices a fait l’objet de peu d’investissements et généré peu de résultats probants, notamment du fait de difficultés méthodologiques. Sur la base d’une revue exhaustive de la littérature, notre étude (1) précise les principaux caractères d’intérêt (synonyme de traits en écologie fonctionnelle) associés à la capacité de compétition des variétés et les corrélations existantes entre eux, (2) identifie les principales limites à l'évaluation de ces caractères, et (3) propose quelques pistes d'amélioration du schéma de sélection, en tenant compte de lanotion d'idéotypes incluant ces caractères.

Published
2022

17. Évolution de la diversité cultivée du blé tendre en France

Author

Perronne, Rémi, Vidal, Tiphaine, Du Cheyron, Philippe, Enjalbert, Jérôme, Goldringer, Isabelle, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ARVALIS - Institut du végétal [Paris], Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Christian Lannou, Dominique Roby, Virginie Ravigné, Mourad Hannachi, Benoit Moury, Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

18. Low Incidence Of Fusarium In Organic Farming On Bread Wheat Grains Over A 13-Year Period

Author

Rolland, Bernard, Perronne, Rémi, Auzanneau, Jérôme, Deffains, Denise, Delarue, Patrick, Gilles, Stéphane, Helleisen, Jean-Christophe, Le Campion, Antonin, Monnier, Alain, Morlais, Jean-Yves, Navier, Hélène, Pichard, Alexandre, Trottet, Maxime, and Walczak, Patrice

Subjects
Crop health, quality, protection, Biodiversity and ecosystem services, food and beverages
Abstract

Organic farming has been questioned about its ability to manage Fusarium infestation compared with conventional farming. In this study, we monitored, over a 13-year period in several sites in France, the fungal incidence of four genera of fungi on bread wheat grains from organic farming. We collected samples immediately after harvest in conditions of natural contamination on a list of winter wheat varieties from 2006 to 2018 in several sites in France. From each sample, 100 kernels were surface disinfected, plated on potato dextrose agar, and colonies were identified at the genus level, and at the species level for Fusarium graminearum. The fungal incidence observed on kernels over the period was on average 88 ± 16% (i.e. mean ± standard-deviation). Kernels were mainly infected by fungal species of the genus Alternaria (71 ± 25%), while the incidence of Fusarium graminearum is usually very low in our context (1 ± 2%), with the exception of year 2008 (49 ± 12% and 17 ± 9%, respectively in the two sites studied), which is confirmed by the highly significant effect of the year and the ‘year × site’ interaction. To conclude, in our study, Fusarium graminearum appeared not to be a major concern for wheat production in organic farming systems.

Published
2021

22. Du mauvais côté de la barrière.

Author

Perronne, Rémi

Subjects
DU mauvais cote de la barriere (Poem), PERRONNE, Remi
Abstract

The poem "Du mauvais cote de la barriere" by Remi Perronne is presented. First Line: j'etais d'une engeance qui connalt son destin, Last Line: Pion interchangeable, un parmi un millier.

Published
2024

23. Co-design and multi-criteria assessment of wheat variety mixtures for organic farming systems

Author

Forst, Emma, Goldringer, Isabelle, Borg, Julie, Gauffreteau, Arnaud, Paix, Bastien, Perronne, Rémi, and Enjalbert, Jérôme

Subjects
variety mixtures, animal diseases, organic farming systems, ideotyping, participatory research, multi-criteria assessment tool, winter wheat
Abstract

co-design of assembly rules for organic farming systems and locally adapted wheat variety mixtures - on-farm assessment of the mixtures - development of a multicriteria assessment tool

Published
2019
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24. Crop competition in winter wheat has a higher potential than farming practices to regulate weeds

Author

Gaba, Sabrina, Caneill, Jacques, Nicolardot, Bernard, Perronne, Rémi, Bretagnolle, Vincent, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and LTSER Zone Atelier Alpes

Subjects
azote, dynamique des communautés, Plant population and community dynamics, agroécologie, régulation biologique, dynamique des populations et des communautés végétales, interactions plantes-plantes, diversité des espèces, contrôle des mauvaises herbes, Nitrogen, Biodiversité et Ecologie, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, food and beverages, Biological regulation, respiratory system, Agroécologie, Weed control, Biodiversity and Ecology, dynamique des populations, Plant-plant interactions, Agroecology, Dominance, Species diversity
Abstract

International audience; Management of biotic interactions has been recognized as a potential substitute for costly agrochemical inputs. Competition is one of the most important biotic interactions known to regulate populations and govern species assemblages. However, although theoretical and empirical work has been produced on competition, in situ experimental evidence is much scantier, mainly because of the difficulty of manipulating competition in the field. Arable weeds offer an outstanding opportunity to meet this challenge, because of the relative ease of in situ experimental manipulation and because of the urgent need to find sustainable weed management strategies. Here, we assess the importance of crop competition and two main conventional farming practices (N fertilizer and weed control) on weed species richness, abundance, and biomass. We set up an experiment with a design with two factors, presence/absence of crops and presence/absence of N fertilizer and weed control, in working farm fields with winter cereals as the target crop. We found that the crop competition reduced weed biomass production by almost 65%, as a result of the crop's competitive advantage from its greater ability to take up N, while the effect on weed species richness was less important. Our results also show that the effect of crop competition on the weed assemblage was much stronger than the effect of N fertilizer and weed control. The decrease in weed abundance and biomass mainly resulted from a strong effect of the crop on the dominant species, while the abundance of intermediate species tended to be much less affected, a result consistent with studies in grasslands where the removal of the dominant species provides a competitive release for subordinate ones. Our results further give experimental support for crop competition as a way to reduce costly agricultural inputs for weed control. Conducting experiments with farmers in their field is a valuable approach to generate knowledge for the future delivery of sustainable management.

Published
2018

25. A stronger influence of past rather than present landscape structure on species richness of plant communities in road-field boundaries

Author

Chaudron, Clémence, Perronne, Rémi, Di Pietro, Francesca, Cités, Territoires, Environnement et Sociétés (CITERES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours (UT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours, and Chaudron, Clémence

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

26. An experimental design to test the effect of wheat variety mixtures on biodiversity and ecosystem services

Author

Dubs, Florence, Le Roux, X., Allard, Vincent, Andrieu, B., Barot, S., Cantarel, A., Vallavielle-Pope, C. De, Gauffreteau, A., Goldringer, I., Montagnier, C., Pommier, T., Porcher, E., Saint-Jean, Sébastien, Borg, J., Bourdet-Massein, S., Carmignac, D., Duclouet, A., Forst, E., Galic, N., Gerard, L., Hugoni, M., Hure, A., Larue, A., Lata, J-C., Lecarpentier, C., Leconte, M., Saux, E. Le, Viol, I. Le, L'hote, P., Lusley, P., Mouchet, M., Niboyet, A., Perronne, Rémi, Pichot, E., Pin, S., Salmon, S., Tropée, D., Vergnes, A., Vidal, Thierry, Enjalbert, J., Dubs, Florence, Le Roux, X., Allard, Vincent, Andrieu, B., Barot, S., Cantarel, A., Vallavielle-Pope, C. De, Gauffreteau, A., Goldringer, I., Montagnier, C., Pommier, T., Porcher, E., Saint-Jean, Sébastien, Borg, J., Bourdet-Massein, S., Carmignac, D., Duclouet, A., Forst, E., Galic, N., Gerard, L., Hugoni, M., Hure, A., Larue, A., Lata, J-C., Lecarpentier, C., Leconte, M., Saux, E. Le, Viol, I. Le, L'hote, P., Lusley, P., Mouchet, M., Niboyet, A., Perronne, Rémi, Pichot, E., Pin, S., Salmon, S., Tropée, D., Vergnes, A., Vidal, Thierry, and Enjalbert, J.

Abstract

Website: https://www6.inra.fr/wheatamix The present document details how the Wheatamix consortium, inspired by ecological experiments exploring relationships between plant biodiversity and ecosystem functioning (e.g. the Jena experiment Weisser et al. 2017), selected bread wheat (Triticum aestivum L.) lines, phenotyped them across a range of functional traits and used this information to set up an experimental design able to unravel the effects of variety number and of the functional diversity and identity within variety mixtures for evaluating the impact of intraspecific crop diversity on a range of ecosystem services. Wheat line selection The Wheatamix project investigates the potential benefits of variety mixtures in the Paris basin wheat supply chain, and therefore focuses on varieties and lines adapted to the local climate. A consensus list of 57 wheat lines (Table 1) was thus settled on these grounds and to meet the expectations of agronomists, geneticists, phytopathologists and ecophysiologists of the group. This list is composed of i) 32 elite bread wheat varieties registered in the French catalogue, selected for their high yields under conventional farming, ii) 5 modern varieties bred for organic farming (OF), iii) 10 landraces resulting from farmers' mass-selection, cultivated in France in the early 1900es, and iv) 11 lines from an INRA-MAGIC multiparental and highly recombinant population (Thepot et al., 2015), adapted to Northern France. Due to the heterogeneity of information available for each variety and line, various criteria were used for this selection. The 32 elite bread wheat varieties were chosen on the basis of their wide use in the Paris Basin, and to ensure representativeness of the diversity for earliness, disease resistance or bread-making quality, using the available information in the variety

Published
2018

27. Studying community assembly using the trait-based null model approach: synthesis and main results on grassland communities

Author

Perronne, Rémi, Munoz, François, Borgy, Benjamin, Reboud, Xavier, Pottier, Julien, Gaba, Sabrina, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut Français de Pondichéry (IFP), Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères (MEAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Montpellier (UM), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, pâturage, prairie tempérée, prairie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, modèle, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2017

28. Weed cohort succession as a main driver of weed diversity dynamic throughout winter cereal cropping season in both presence and absence of crop species

Author

Mahaut, Lucie, Perronne, Rémi, Fried, Guillaume, Gaba, Sabrina, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), ProdInra, Archive Ouverte, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Société Française d'Ecologie (SFE). FRA., Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations ( CBGP ), and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro )

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, food and beverages, respiratory system, human activities
Abstract

EAGESTAD INRA; Ecological succession theory predicts that soon after disturbance, community diversity results from species colonization while competitive interaction plays an increasing influential with time since disturbance. While weeds species in arable fields face frequent disturbances, they also face intense competition for light as they are over-dominated by the crop species. Thus, both colonization and competition may shape weeds community diversity in arable fields. Using a semi-experimental approach, we analysis the evolution of weed diversity throughout time in 56 winter cereal cropping seasons. We use the crop sowing date as proxy of the last disturbance. We predict that in the absence of the crop species, weed diversity increases with time since crop sowing date until arable field’s carrying capacity is reached. Conversely, in the presence of the crop, we expect competition for light to prevent the establishment of late germinating species and select for shade tolerant species so that weed diversity showed a hump-shaped relationship with time since crop sowing date. We found a hump-shaped relationship between weed diversity and time since crop sowing date both in presence of absence of the crop species. A functional diversity analysis revealed that the hump-shaped curve results from the succession of autumn and spring germinating weed species. However, weed richness was always higher in the absence of the crop, revealing that crop competition structure weed diversity since crop sowing date. This analysis suggests that competition may occur in early successional stage plant community as long as species colonization is not limiting.

Published
2017

29. Relative influence of cropping systems, injury profiles and institutional determinants on the spatio-temporal structure of bread wheat diversity in France

Author

Perronne, Rémi, Makowski, David, Schott, Céline, Hannachi, Mourad, Goffaux, Robin, Montalent, Pierre, Aubertot, Jean-Noel, Cellier, Vincent, Lemarié, Stephane, Fugeray-Scarbel, Aline, Pope de Vallavieille, Claude, Leconte, Marc, Enjalbert, Jerome, Goldringer, Isabelle, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Agronomie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt (ASTER Mirecourt), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Fondation pour la recherche sur la Biodiversité (FRB), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Domaine expérimental d'Époisses - UE0115 U2E (DIJ EPOISSES), Laboratoire d'Economie Appliquée de Grenoble (GAEL), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN). Paris, FRA., Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, triticum aestivum L, [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages, genetic diversity, respiratory system, spatial structure, cropping system, pathogen pressure, temporal change, institutional determinant of the formal wheat sector, [SHS]Humanities and Social Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], varietal diversity, [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SHS] Humanities and Social Sciences, preceding crop, human activities
Abstract

National audience; In the current context of increasingclimate instabilities and new pest pressures, in situ crop diversity has been recognized as a relevant way to avoid crop failure, ensure yield inter-annual stability while reducing the use of synthetic inputs. However, before implementing any future deployment of within-crop diversity, a detailed nowledge of the main drivers affecting this diversity appears necessary. The temporal evolution of in situ genetic diversity of bread wheat has been previously shown to be spatially structured among regions in France over the period 1980-2006. Our study was carried out to identify the main drivers of this spatio-temporal structure of crop diversity at a fine spatio-temporal scale. We conducted a series of statistical analyses and expert surveys to identify the effects of three main catergories of drivers : agricultural systems, pathogen pressures and institutional determinants of the formal wheat sector. We hypothesized that this set of drivers could have a higher explanatory power of the varietal diversity - i.e. based only on the varietal denomination which allows varietal choice by drivers - the cultivation area of bread wheat, the nature and the diversity of the preceding crops, and the pressure of some pathogens - explained the spatio-temporal structure of varietal diversity more than the genetic one. We highlighted a correlation between bread wheat varietal and genetic diversity and a greater diversity of preceding crops, suggesting that more diversified agroecsystems seemed also promoted a higher within-crop diversity.

Published
2017

30. Relative influence of agricultural systems, pathogen pressures and soci-economic drivers on spatio-temporal changes of cultivated bread wheat varietal and genetic diversity over recent decades in France

Author

Perronne, Rémi, Makowski, David, Schott, Céline, Hannachi, Mourad, Goffaux, Robin, Montalent, Pierre, Aubertot, Jean-Noel, Cellier, Vincent, Lemarié, Stephane, Fugeray-Scarbel, Aline, Pope De Vallavieille, Claude, Leconte, Marc, Enjalbert, Jerome, Stetzler, Marie, Diguet, Solène, Poulain, Nicolas, Goldringer, Isabelle, Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agronomie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt (ASTER Mirecourt), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Fondation pour la recherche sur la Biodiversité (FRB), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Domaine expérimental d'Époisses - UE0115 U2E (DIJ EPOISSES), Laboratoire d'Economie Appliquée de Grenoble (GAEL), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), European Association for Research on Plant Breeding (EUCARPIA). NLD., and Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])

Subjects
varietal diversity, bread wheat diversity, agrictultural system, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, genetic diversity, pathogen, crop system, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

National audience

Published
2017

31. Différences de capacités d’induction de la germination de deux pathovars d’orobanche rameuse sur une gamme d’hôtes des familles des brassicacées et fabacées

Author

Perronne, Rémi, Gibot-Leclerc, Stéphanie, Dessaint, Fabrice, Reibel, Carole, Le Corre, Valérie, UR 0874 Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP)-Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques (EFPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Association Française de Protection des Plantes (AFPP). FRA., Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], log odds ratio, taux de germination, "hemp" pathovar, [SDV]Life Sciences [q-bio], pathovar "colza", pathovar "chanvre", germination rate, Phelipanche ramosa, "oilseed rape" pathovar
Abstract

Branched broomrape (Phelipanche ramosa (L.) Pomel) is a holoparasite weed causing significant yield losses on several crops, especially in France on winter oilseed rape fields. The ability to induce germination of seeds of branched broomrape, variable between host species, represent an important information to identify the status of weed species present in the crop (host or non-host). In this study, conducted in in vitro conditions, we focused on two botanical families and two dominant pathovars of branched broomrape in France. We show that the host species is the only important explanatory factor of seed germination rate, the latter being not affected by the pathovar. Among the species studied, the birdsfoot trefoil (Lotus corniculatus L.) induce a mean germination rate of almost 90% and could be an interesting candidate as intercrop species in infested plots., L'orobanche rameuse (Phelipanche ramosa (L.) Pomel) est une adventice holoparasite obligatoire causant d'importantes pertes de rendement dans différentes cultures, et notamment en France dans les parcelles de colza d’hiver. Le taux de germination des graines d'orobanche rameuse, variable entre espèces hôtes, constitue une information importante afin d'identifier le statut des espèces adventices présentes dans la culture (hôte ou non-hôte). Dans cette étude, réalisée en conditions in vitro, nous nous sommes focalisés sur deux familles botaniques et deux pathovars d'orobanche rameuse dominants en France. Nous montrons que l’espèce hôte constitue le principal facteur explicatif du taux de germination des graines et que ce taux n’est pas affecté par le pathovar. Parmi les espèces étudiées, le lotier corniculé (Lotus corniculatus L.) induit un taux de germination moyen de près de 90% et pourrait représenter un candidat intéressant comme espèce d'interculture dans les parcelles infestées.

Published
2016

34. Évaluation du signal phylogénétique de la capacité de germination de l'orobanche rameuse sur une gamme d’hôtes de la famille des Fabacées

Author

Gibot-Leclerc, Stéphanie, Perronne, Rémi, Dessaint, Fabrice, Reibel, Carole, Le Corre, Valérie, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, UR 0874 Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP)-Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques (EFPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Université de Picardie Jules Verne (UPJV). FRA.

Subjects
agroecology, biotic interactions, parasitic plant, branched broomrape, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], oilseed rape, [SDV]Life Sciences [q-bio], phylogenetic signal, pathovars
Abstract

SPEGESTADAGROSUPINRA; L’Orobanche rameuse (Phelipanche ramosa (L.) Pomel.) est une plante holoparasite obligatoire se développant sur une gamme très large d’hôtes sauvages et cultivés. En France, elle présente différents types génétiques (pathovars) caractérisés par une divergence génétique associée préférentiellement à une espèce cultivée d’hôte (notamment le colza, le tabac et le chanvre). L’Orobanche rameuse peut aussi se développer sur plusieurs dizaines d’espèces caractéristiques de la flore adventice des grandes cultures, et ainsi se maintenir au sein d’une parcelle, même en l’absence de la culture hôte durant plusieurs années. Connaitre la sensibilité de la communauté adventice à cette plante parasite pourrait permettre d’anticiper les risques associés à la présence de l’Orobanche rameuse. Plusieurs études récentes ont mis en évidence l’existence d’un signal phylogénétique pour différents traits caractérisant les hôtes d’un parasite au sein d’un groupe d’espèces ; les espèces apparentées présentant des valeurs de traits plus similaires que le simple hasard. L’existence d’un signal de ce type, lié à la sensibilité à l’Orobanche, pourrait constituer un prédicteur potentiel du risque d’infestation d’une communauté[1]. Dans le but d’évaluer cette hypothèse, nous avons étudié 2 pathovars (associé au colza et au chanvre) en vue de caractériser la capacité de l’hôte à induire la germination des graines d’Orobanche rameuse, en nous intéressant à 12 espèces de la famille des Fabacées. Pour chaque pathovar, nous avons évalué le taux de germination des graines d’Orobanche rameuse induit par chaque espèce hôte. Ensuite, en nous appuyant sur un arbre phylogénétique construit sur la base des séquences d'ADN (gènes rbcL et matK), nous avons recherché l’existence d’un signal phylogénétique via l’indice K* de Blomberg[2], les espèces d’hôtes étant réparties dans différentes tribus relativement éloignées sur l’arbre phylogénétique.

Published
2016

35. Importance de la variabilité fonctionnelle intraspécifique des adventices en réponse aux pratiques culturales et aux conditions climatiques

Author

Perronne, Rémi, Borgy, Benjamin, Kohler, C., Grison, A. L., Amiaud, B., Gaba, Sabrina, ProdInra, Archive Ouverte, Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), ECOVEG., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) ( GQE-Le Moulon ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] ( EEF ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL )

Subjects
agroecology, Sonchus asper, [SDV] Life Sciences [q-bio], Polygonum persicaria, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], écologie fonctionnelle, [SDV]Life Sciences [q-bio], weed-crop competition, crop sequence, adventices, functional diversity, Chenopodium album
Abstract

EAGESTADCT1; Importance de la variabilité fonctionnelle intraspécifique des adventices en réponse aux pratiques culturales et aux conditions climatiques. Ecologie des Communautés Végétales (ECOVEG 12)

Published
2016

40. Spatiotemporal evolution of pathogen stresses in bread wheat in France: study of rusts and septoria coexistence

Author

Perronne, Rémi, Stetzler, Marie, Enjalbert, Jérôme, Cellier, Vincent, Goldringer, Isabelle, Turenne, Nicolas, Aubertot, Jean-Noël, Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Domaine expérimental d'Époisses (DIJ EPOISSES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire Interdisciplinaire Sciences, Innovations, Sociétés (LISIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-ESIEE Paris-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Biorad, Domaine expérimental d'Époisses - UE0115 U2E (DIJ EPOISSES), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). Gif-sur-Yvette, FRA. Université Paris Sud - Paris 11 (UP11), FRA. AgroParisTech, FRA. Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). Institut de Recherche pour le Développement (IRD)., and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
spatiotemporal evolution, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, wheat, digestive, oral, and skin physiology, food and beverages, septoria, rust, RésOPest, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

Spatiotemporal evolution of pathogen stresses in bread wheat in France: study of rusts and septoria coexistence. 7. journée IDEEV

Published
2015

41. Relationships between in situ genetic diversity of wheat and crop sequences profiles in France between 1980 and 2006

Author

Perronne, Rémi, Goldringer, Isabelle, Schott, Céline, Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt (ASTER Mirecourt), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR LabEx BASC : ANR-11-LABX-0034, and Institut Diversité Ecologie et Evolution du Vivant (IDEEV). FRA.

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], bread wheat, crop sequence, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, temporal change, crop diversity, genetic diversity, farming system, cropping system, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

National audience

Published
2015

42. Caractérisation de la structure fonctionnelle des communautés adventices dans les agroécosystèmes

Author

Perronne, Rémi, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Bourgogne, Sabrina Gaba, Valérie Le Corre, Valérie Le Corre 'co-encadrant', and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, adventices, traits fonctionnels, biodiversité, stratégies écologiques, phénologie, assemblage des communautés, structure fonctionnelle, compétition, culture, agroécologie, weeds, functional traits, biodiversity, ecological strategies, phenology, community assembly, functional structure, competition, crop, agroecology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Culture, Stratégies écologiques, Crop, Adventices, Ecological strategies, Traits fonctionnels, Structure fonctionnelle, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Community assembly, Biodiversity, Agroécologie, Assemblage des communautés, Phenology, [SDE]Environmental Sciences, Compétition, Weeds, Biodiversité, Phénologie, Agroecology, Functional traits, Functional structure
Abstract

L’un des enjeux majeurs de la gestion agroécologique de la flore adventices est de préserver la biodiversité des plantes adventices, espèces à la base des réseaux trophiques des agroécosystèmes, tout en maintenant la production agricole. Pour y répondre, il apparait indispensable de mieux comprendre les mécanismes à l’origine de cette biodiversité. Dans cette perspective, la caractérisation de la diversité fonctionnelle des communautés, résultant des différences de réponses des espèces et des individus aux facteurs d’origine biotique, abiotique ou anthropique, constitue un précieux outil, la valeur d’un trait fonctionnel ayant l’avantage de représenter une mesure indirecte de la valeur sélective d’un individu. L’objectif de cette thèse a été d’identifier et de comprendre les mécanismes à la base de la structure fonctionnelle des plantes adventices dans les agroécosystèmes. Dans un premier temps, une revue de la littérature nous a permis de proposer un cadre d’analyse général des mécanismes d’assemblage à l’origine de la diversité fonctionnelle. Sa confrontation aux choix méthodologiques réalisés lors de l’application d’une approche statistique dites ‘modèle nul’, nous a permis de fournir une grille de lecture proposant des combinaisons pertinentes de choix en fonction des mécanismes étudiés. Un premier jeu de données nous a permis de poser l’hypothèse qu’un filtrage environnemental abiotique associé au type de culture prédomine à échelle parcellaire. Nous avons constaté, au contraire, que des processus stochastiques régissent généralement l’assemblage des espèces adventices en communautés. Seuls les traits phénologiques constituent de bons indicateurs permettant de distinguer les communautés adventices entre types de culture. Cette spécificité du filtrage environnemental en parcelle agricole peut s’expliquer par la promotion d’espèces se caractérisant par une période d’émergence adaptée au cycle développement de la culture. La comparaison de la diversité fonctionnelle des plantes adventices en plein champ et en interface (zone entre le bord de champ et le premier rang de la culture) d’une parcelle agricole a par ailleurs permis d’identifier deux stratégies de développement complémentaires en interface, les stratégies d’évitement et de tolérance à l’ombrage. Leur coexistence explique le maintien d’une flore fonctionnellement plus diversifiée dans ce compartiment. A l’intérieur du champ, les interactions biotiques compétitives entre la plante cultivée et la communauté adventice promeuvent une unique stratégie d’évitement de l’ombrage. Ceci se traduit, à l’échelle individuelle, par un ‘mimétisme fonctionnel’, expliquant qu’une large part de la biomasse produite par une plante adventice s’explique par sa similarité fonctionnelle avec la culture. La compétition de la plante cultivée semble par ailleurs favoriser la présence d’adventices à phénologie décalée en fin de cycle cultural, pouvant correspondre à des germinations tardives d’individus sous couvert de la culture. En l’absence de ce compétiteur dominant, l’assemblage s’avère largement aléatoire. Les études réalisées ont apporté de nouveaux éléments de compréhension de l’influence des facteurs abiotiques et biotiques sur la structure fonctionnelle des communautés adventices. Le filtrage environnemental apparait dépendre à la fois de la date de semis et de l’application herbicide, tandis que la compétition avec la plante cultivée promeut une unique stratégie de développement d’évitement de l’ombrage., One of the major challenges of agroecological weed management is to sustain crop production while promoting weed biodiversity, given their key role in maintaining biodiversity by providing resources for granivorous and pollinators. Meeting this challenge requires a better understanding of the mechanisms underlying weed diversity. The functional diversity provides a valuable tool to investigate the responses of species and individuals to biotic, abiotic and anthropic factors, the trait value impacting individual fitness indirectly via its effects on performance traits. The aim of this PhD was to identify and understand the mechanisms underlying the functional structure of weeds in agroecosystems. In order to identify these mechanisms, we first proposed a general analytical framework of community assembly mechanisms. The outcome of this framework was compared to the main methodological choices made in the existing literature using a statistical approach called ‘null model’. We then provide guidelines to choose the relevant methodological choices, depending on the mechanisms studied. Based on a first dataset, we investigated the hypothesis that abiotic environmental filtering predominates at the field scale and is associated with the crop type. On the contrary, we found that stochastic processes generally govern weed community assembly. Only phenological traits represent relevant indicators for distinguishing weed communities between crop types. The specificity of environmental filtering in arable fields may be explained by the promotion of some species characterized by an adequate time of emergence compared to the crop cycle. Comparison of functional diversity between field elements of arable fields has allowed identifying two complementary ecological strategies in crop edge, i.e. the narrow linear area outside the field where the soil is tilled but uncultivated: shade-tolerance and shade-avoidance strategies. Their coexistence explains the higher functional diversity highlighted in this field element. Within the field, competitive interactions between crop and weed community promote a sole shade-avoidance strategy. At the plant level, this results in a 'functional mimicry' pattern, besides explaining that a significant proportion of the weed biomass is due to its functional similarity with the crop. The crop competition appears also associated with the presence of a significant proportion of phenologically less developed weed plants at the end of the crop cycle, which could be caused by later emergences. In the absence of this dominant competitor, community assembly appears in accordance with those expected under the random assembly hypothesis. The studies have brought new understanding of the influence of abiotic and biotic filters on the functional structure of weed communities. Environmental filtering appears to depend on both sowing period and herbicide application, while crop competition promotes a sole shade-avoidance strategy.

Published
2014

43. Analyse des processus écologiques d'assemblage des communautés : vers une conceptualisation de l'approche 'modèle nul'

Author

Perronne, Rémi, Borgy, Benjamin, Reboud, Xavier, Munoz, François, Gaba, Sabrina, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). USC Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (1369)., Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive ( CEFE ), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 ( UM3 ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations ( UMR AMAP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, assemblage des communautés, métrique fonctionnelle, pool d'espèces, algorithme de randomisation, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, test de significativité, modèle nul
Abstract

Communication orale, résumé SPE EA ECOLDUR GEAPSI équipe CAPACommunication orale, résumé SPE EA ECOLDUR GEAPSI équipe CAPA; Comprendre les processus écologiques structurant la biodiversité dans l'espace et le temps reste une question centrale en écologie. Au cours de la dernière décennie, la signature de ces processus a été le plus souvent recherchée en évaluant la déviation d'une mesure de diversité fonctionnelle par rapport à un modèle nul au moyen d'un algorithme de randomisation. Le principe repose sur la comparaison de la structure fonctionnelle d'une communauté 'locale' avec un ensemble de communautés générées aléatoirement à partir d'un 'pool régional' d'espèces. L'usage a été notamment de rechercher dans quelle mesure les espèces d'une communauté sont fonctionnellement plus ou moins similaires qu'attendu sous l'hypothèse d'un assemblage aléatoire, révélant l'influence de facteurs environnementaux. Cependant les processus façonnant l'assemblage des communautés agissent à des échelles variées et leur influence combinée sur la diversité fonctionnelle peut être délicate à interpréter. Une difficulté majeure est la définition d'un canevas d'analyse intégrant l'ensemble des choix méthodologiques tels que l'échelle d'échantillonnage, le pool d'espèces de référence, l'algorithme de randomisation ou la métrique fonctionnelle appliquée. La validité des conclusions est directement affectée par la pertinence de cet ensemble de choix. Nous proposons ici un cadre conceptuel permettant d'orienter ces choix méthodologiques en fonction des hypothèses sur les processus d'assemblage en jeu. L'application de ce cadre à l'analyse de 90 articles publiés entre 2000 et 2014 montre qu'aucun choix méthodologique seul ne permet d'expliquer la détection d'un ou plusieurs processus. Ainsi, une combinaison pertinente de choix méthodologiques prenant en compte la dimension spatio-temporelle des processus étudiés s'avère indispensable.

Published
2014

44. Weed-DATA Base de données ‘Traits’ des plantes adventices des agroécosystèmes

Author

Gaba , Sabrina, Strbik , Florence, Gaujour , Etienne, Bretagnolle , François, Coffin , Arnaud, cordeau , Stéphane, Dessaint , Fabrice, Fried , Guillaume, GARD , Benjamin, Gardarin , Antoine, Gibot-Leclerc , Stéphanie, Guillemin , Jean-Philippe, Matejicek , Annick, Moreau , Delphine, Louviot , Gilles, Perronne , Rémi, Reboud , Xavier, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Santé des Végétaux ( LSV ), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Agronomie, and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech

Subjects
traits de réponse, diversité fonctionnelle, traits d'effet, systèmes de culture, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], agroécologie, services écosystémiques
Abstract

SPEEAECOLDURGEAPSIéquipe CAPA; absent

Published
2014

45. Assemblage des communautés adventices: apports de l'approche fonctionnelle

Author

Perronne, Rémi, ProdInra, Migration, Agroécologie [Dijon], and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement

Subjects
stratégies écologiques, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, traits fonctionnels, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, règles d'assemblage, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, variabilité intraspécifique, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, adventices, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2014

46. Weed-DATA Base de données ‘Traits’ des plantes adventices des agroécosystèmes

Author

Gaba, Sabrina, Biju-Duval, Luc, Strbik, Florence, Gaujour, Etienne, Bretagnolle, François, Coffin, Arnaud, cordeau, Stéphane, Dessaint, Fabrice, Fried, Guillaume, GARD, Benjamin, Gardarin, Antoine, Gibot-Leclerc, Stéphanie, Guillemin, Jean-Philippe, Matejicek, Annick, Moreau, Delphine, Louviot, Gilles, Perronne, Rémi, Reboud, Xavier, ProdInra, Archive Ouverte, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Agronomie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
traits de réponse, [SDV] Life Sciences [q-bio], traits d'effet, diversité fonctionnelle, systèmes de culture, [SDV]Life Sciences [q-bio], agroécologie, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, services écosystémiques
Abstract

SPEEAECOLDURGEAPSIéquipe CAPA; absent

Published
2014

47. Colonisation des paysages agricoles par les espèces des bordures adjacentes : apports de l’approche fonctionnelle

Author

Perronne, Rémi, Chaudron, Clemence, Le Corre, Valérie, Di Pietro, Francesca, Isselin-Nondedeu, Françis, ProdInra, Migration, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Université Francois Rabelais [Tours]

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, assemblage des communautés, [SDV]Life Sciences [q-bio], dispersion, traits fonctionnels, [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, écologie des métapopulations, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, filtres
Abstract

National audience; Une crainte avancée par les agriculteurs repose sur l’hypothèse qu’une gestion plus raisonnée des bordures adjacentes aux champs cultivés pourrait, par relâchement de la pression de fauche, favoriser l’entrée de nouvelles espèces, bisannuelles ou pérennes, dans les parcelles agricoles. Afin de répondre à cette interrogation, notre objectif a été de proposer un cadre conceptuel théorique associant plusieurs champs disciplinaires de l’écologie. En comparaison des études précédemment réalisées, notre apport réside en la prise en compte des traits fonctionnels favorisant la dispersion à courte et longue distance, ainsi que des traits expliquant le maintien de populations viables de ces espèces, colonisatrices potentielles des parcelles agricoles. Pour se faire, (i) le modèle de filtres successifs proposé par Belyea & Lancaster (1999), associé à une approche fonctionnelle, nous fournit tout d’abord un cadre d’analyse des mécanismes d’assemblage de la flore. Il repose sur l’hypothèse que les communautés observées résultent de l’action de différents filtres biotiques et abiotiques triant la flore régionale de manière relativement distincte entre compartiments d’un champ. Si les conditions locales façonnent l’assemblage des espèces en communautés, (ii) la seule observation d’une espèce dans un compartiment n’assure cependant pas son maintien sous forme de populations viables. En effet, sa présence peut être alimentée par des phénomènes de dispersion favorisés par la proximité spatiale d’un habitat potentiellement plus favorable. Seule une étude de sa performance dans les conditions environnementales locales, couplée à l’étude de sa dynamique de dispersion entre compartiments, est à même de différencier les espèces inaptes au maintien de populations viables en champ cultivé, d’autres espèces, colonisatrices potentielles. Une fois établie en parcelle agricole, (iii) il est important de qualifier le risque de dispersion de chaque nouvelle espèce à l’échelle paysagère afin d’identifier les espèces pouvant devenir problématiques dans les prochaines années pour les exploitants de la région agricole. Ce diagnostic nécessite la prise en compte des différents modes de dispersion connus pour cette espèce, qu’ils soient primaires et/ou secondaires, via des échanges inter-bordures et/ou inter-parcelles. S’appuyant sur ce schéma conceptuel, nous proposons une liste de caractéristiques fonctionnelles permettant d’effectuer un premier tri des espèces observées dans la bordure, entre flore stricte des bordures et adventices en devenir, dans l’objectif d’identifier les principales stratégies tout en tenant compte des systèmes de culture. Cette approche conceptuelle constitue un premier pas afin d’adapter les pratiques de gestion des bordures tout en tenant compte des interrogations des acteurs. Références : Beleya LR, Lancaster J (1999) Assembly rules within a contingent ecology. O ikos 86: 402–416.

Published
2014

49. Trait distribution within winter wheat fields can partly be explained by disturbances and competition for resources

Author

Perronne, Rémi, Le Corre, Valérie, Gaba, Sabrina, Cadet, Emilie, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, European Weed Research Society (EWRS). GBR., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, disturbance, blé d'hiver, perturbation, [SDV]Life Sciences [q-bio], winter wheat, [SDV] Life Sciences [q-bio], traits, [SDE]Environmental Sciences, weeds, field elements, compétition, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, adventices, compartiments d'un champ cultivé, competition
Abstract

International audience; Weed species are not homogeneously distributed into field elements (Cordeau et al. 2012)*.In a field, weed species are mainly competing with the crop and constrained by management practice (i.e.disturbances). In the crop edge, less unfavorable conditions for weed development (i.e.absence of direct crop competition,l ess frequent disturbances could explain the greater diversity of weeds.To understand this observation, a functional approach base dont raits known to respond both to disturbances and to competitive or facilitative interactions can be used.Our assumptions are that(i)the crop edge is likely to all owawi derrange of ecological strategies thus promoting species coexistence while (ii) in the field, disturbances should lead to are duction in the range of ecological strategies.

Published
2013

50. Variabilité fonctionnelle intraparcellaire des adventices en culture de blé d’hiver: rôle des perturbations et de la compétition associées à chaque compartiment

Author

Perronne, Rémi, Le Corre, Valérie, Cadet, Emilie, Gaba, Sabrina, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). Tours, FRA., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, stratégies écologiques, traits fonctionnels, plein champ, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, adventices
Abstract

National audience; Un champ cultivé est subdivisé en un ensemble de compartiments : l’interface (zone labourée mais non semée), le bord de champ (premiers rangs de la culture) et le plein champ. L’interface est connue pour présenter une diversité taxonomique plus élevée et se caractérise par des filtres environnementaux moins contraignants : faible perturbation (fauche essentiellement) et faible compétition pour les ressources (lumière notamment). Afin de mieux comprendre l’effet de filtrage des différents compartiments d’un champ sur la structuration des communautés adventices, une approche fonctionnelle a été privilégiée. Dans cette étude, nous nous sommes intéressés à : (i) connaître la variabilité intraspécifique, une importante composante de la diversité fonctionnelle permettant d’expliquer le maintien d’une espèce dans différentes conditions environnementales, (ii) identifier les stratégies de développement au sein de chaque compartiment afin d’étudier l’unicité ou la complémentarité de réponses d’un ensemble d’espèces dues aux filtres environnementaux. Des traits de réponse connus pour être influencés par les perturbations et la compétition pour la lumière (surface foliaire spécifique, hauteur de canopée et biomasse aérienne) ont été mesurés pour sept espèces fréquentes, à phénologie proche et se développant dans l’ensemble des compartiments. L’échantillonnage a été effectué mi-juin sur un maximum de 10 individus en fin de croissance végétative, pour chaque espèce dans chaque compartiment de quatre parcelles de blé d’hiver en Côte-d’Or. Des mesures de la dissimilarité fonctionnelle entre espèces et entre compartiments ont permis de conclure : (i) qu’une même espèce présentait des valeurs de traits significativement distinctes entre compartiments, soulignant l’important potentiel adaptatif des adventices dû à une importante variabilité intraspécifique et (ii) qu’en interface, les stratégies d’évitement (caractérisée par une hauteur élevée) et de tolérance à l’ombrage (caractérisée par une surface foliaire spécifique élevé) semblent coexister tandis que sous couvert de la culture, seule la tolérance à l’ombrage est privilégiée.

Published
2013

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