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Diesel oil is a compound derived from petroleum, consisting primarily of hydrocarbons. Poor conditions in transportation and storage of this product can contribute significantly to accidental spills causing serious ecological problems in soil and water and affecting the diversity of the microbial environment. The cloning and sequencing of the 16S rRNA gene is one of the molecular techniques that allows estimation and comparison of the microbial diversity in different environmental samples. The aim of this work was to estimate the diversity of microorganisms from the Bacteria domain in a consortium specialized in diesel oil degradation through partial sequencing of the 16S rRNA gene. After the extraction of DNA metagenomics, the material was amplified by PCR reaction using specific oligonucleotide primers for the 16S rRNA gene. The PCR products were cloned into a pGEM-T-Easy vector (Promega), and Escherichia coli was used as the host cell for recombinant DNAs. The partial clone sequencing was obtained using universal oligonucleotide primers from the vector. The genetic library obtained generated 431 clones. All the sequenced clones presented similarity to phylum Proteobacteria, with Gammaproteobacteria the most present group (49.8 % of the clones), followed by Alphaproteobacteira (44.8 %) and Betaproteobacteria (5.4 %). The Pseudomonas genus was the most abundant in the metagenomic library, followed by the Parvibaculum and the Sphingobium genus, respectively. After partial sequencing of the 16S rRNA, the diversity of the bacterial consortium was estimated using DOTUR software. When comparing these sequences to the database from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), a strong correlation was found between the data generated by the software used and the data deposited in NCBI. O óleo diesel é um composto derivado do petróleo, constituído basicamente por hidrocarbonetos. Condições precárias no processo de transporte e armazenagem desse produto contribuem significativamente para derrames acidentais, ocasionando sérios problemas ecológicos no solo e água, alterando assim toda a diversidade microbiológica do ambiente. A estratégia de clonagem e sequenciamento do gene 16S rRNA é uma das técnicas moleculares que permitem estimar e comparar a diversidade microbiana de diferentes amostras ambientais, sejam elas impactadas ou não. O objetivo deste trabalho foi estimar a diversidade de microrganismos pertencentes ao domínio Bacteria em um consórcio degradador de óleo diesel por meio de sequenciamento parcial do gene 16S rRNA. Após extração do DNA metagenômico, o material foi amplificado por reação de PCR com oligonucleotídeos iniciadores específicos para o gene 16S rRNA. Os produtos da reação de PCR foram clonados em vetor pGEM T Easy (Promega) e transformados em células competentes de Escherichia coli. O sequenciamento parcial dos clones foi feito com oligonucleotídeos universais do vetor. A biblioteca obtida gerou 431 clones. Todos os clones mostraram similaridade com o filo Proteobacteria, onde as Gammaproteobacteria compreenderam o grupo de maior representatividade, com 49,8 % dos clones, seguida das Alphaproteobacteira, com 44,8 %, e das Betaproteobacteria, com 5,4 %. O gênero Pseudomonas destacou-se como representante com maior frequência de clones na biblioteca, seguido pelos gêneros Parvibaculum e Sphingobium. Após o sequenciamento parcial do gene 16S rRNA, a diversidade bacteriana do consórcio foi estimada utilizando-se o software DOTUR. Essas sequências, quando comparadas com as do banco do National Center for Biotechnology Information (NCBI), mostraram grande correlação entre os dados gerados pelo software utilizado e aqueles depositados no NCBI.

Embora estudos recentes relatem a utilização de RCPC (Rizobactérias Promotoras de Crescimento de Plantas) no Brasil, raríssimos trabalhos avaliam a presença natural dessas espécies bacterianas no solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de RPCP em duas amostras de solo sob diferentes tipos de manejo, através da construção e do seqüenciamento de bibliotecas de DNA metagenômico. Utilizaram-se oligonucleotídeos específicos para amplificação da região hipervariável do espaço intergênico dos genes ribossomais 16S-23S de DNA extraído de diferentes solos, sob Eucalyptus sp. e sob mata. Os fragmentos obtidos foram inseridos em vetor e clonados. As bibliotecas geraram 495 clones, que foram seqüenciados e identificados através de comparações realizadas pelo software Blast. O solo sob Eucalyptus sp. apresentou maior número de RPCP do que sob mata. Os filos Actinobacteria e Proteobacteria eram maiores no solo sob Eucalyptus sp., estando o filo Firmicutes ausente no solo sob mata. Somente oito espécies diferentes de RPCP foram detectadas: Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium sp., Frankia sp., Pseudomonas fluorescens e Pseudomonas gladioli. O trabalho forneceu valiosos dados sobre a presença de RPCP em solos com espécies florestais e sua possível utilização em reflorestamentos, assim como para o melhor conhecimento desses microrganismos nos solos do Brasil. Although new studies describe the use of PGPR (Plant Growth-Promoting Rhizobacteria) in Brazil, they rarely evaluate the natural existence of these bacterial species in the soil. The objective of this study was to evaluate PGPR in two samples under different use types, one with native forest and the other with eucalyptus, through construction and sequencing of a metagenomic DNA library. Using specific probes from the internally transcribed region of 16S-23S rRNA genes, fragments of PCR products were inserted into the vector and cloned. The library generated 495 clones, which were sequenced and identified using Blast software. A greater number of PGPR was found in the soil under eucalyptus than under forest. Actinobacteria and Proteobacteria phyla were more abundant in Eucalyptus sp soil, and the phylum Firmicutes was not found in forest soil. Only eight different species were detected: Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium sp., Frankia sp., Pseudomonas fluorescens and Pseudomonas gladioli. This study provided valuable information about PGPR in soils under forest species and their possible used in reforestation, as well as for a more detailed understanding of these microorganisms in Brazilian soils.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-14Bitstream added on 2014-06-13T18:44:27Z : No. of bitstreams: 1 pereira_rm_dr_jabo.pdf: 415712 bytes, checksum: 3a2847df5213880b53630ad700a376be (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Diversos estudos com bactérias fixadoras de nitrogênio buscam identificar genes responsáveis pela fixação de nitrogênio, nodulação e simbiose, assim como conhecer seu genoma e compreender melhor o metabolismo delas. No entanto ainda há poucos trabalhos sobre o genoma de Bradyrhizobium elkanii, bactéria importante no contexto da produção de alimentos e de utilização comercial. Esse é o primeiro estudo a comparar 2654 genes de Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, com as bactérias Bradyrhizobium japonicum LGM 6138, Azorhizobium caulinodans LGM 6465, Mesorhizobium huakuii LGM 14107, Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii LGM 8820 e Sinorhizobium meliloti LGM 6133 através da comparação de genomas por hibridização (CGH) usando Microarray. Portanto o objetivo deste trabalho foi realizar uma taxonomia molecular através da comparação de genomas por hibridização DNA-DNA, utilizando a tecnologia de microarranjos de DNA (CGH Microarray), para buscar novos genes que possam ser úteis na classificação filogenética de rizóbios. A técnica de CGH Microarray permitiu encontrar sessenta e cinco genes comuns entre todas as bactérias analisadas, após realizar comparação e classificação de todos genes encontrados em comum entre elas. Os resultados obtidos ao se comparar três árvores filogenéticas baseadas em diferentes genes, confirmaram que alterar a quantidade e as sequências nas análises, causa variação nas árvores filogenéticas como já observado em outros microrganismos... Diverse studies with fixing nitrogen bacteria search to identify responsible genes for the nitrogen fix, nodulation and symbiosis, as well as knowing its genome and understanding the metabolism of them better. However still has few works about genome of Bradyrhizobium elkanii, important bacterium in the context of the production of foods and commercial use. This is the first study to compare 2654 genes of Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, with the bacteria Bradyrhizobium japonicum LGM 6138, Azorhizobium caulinodans LGM 6465, Mesorhizobium huakuii LGM 14107, Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii LGM 8820 and Sinorhizobium meliloti LGM 6133 through the CGH Microarray. Therefore aim of this work was to carry a molecular taxonomy through the comparison of genomes for hybridization DNA-DNA, being used the technology of microarrangements of DNA (CGH Microarray), to search new genes that can be useful in the phylogenetic classification of rhizobia. The technique of CGH Microarray allowed to find sixty and five orthologs genes between all the analyzed bacteria, after to carry through comparison and classification of all genes in common between them. The results gotten to if comparing three established phylogenetic trees in different genes, had confirmed that to modify the amount and the sequences in the analyses, cause variation in the phylogenetic trees as already observed in other microorganisms. The results suggest that how much bigger will be the number of used ortholog genes in the phylogeny, more trustworthy will be the gotten phylogenetic trees ...(Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-09-30Bitstream added on 2014-06-13T19:55:48Z : No. of bitstreams: 1 pereira_rm_me_jabo.pdf: 566981 bytes, checksum: 088ad2e32ed1c30b35e3ce3731bb840a (MD5) Os métodos tradicionais de isolamento e cultivo para análise da diversidade microbiana do meio ambiente são limitados, pois poucos microrganismos são cultiváveis. Grandes avanços na ecologia microbiana molecular ocorreram através da construção de bibliotecas metagenômicas, fornecendo análises dos microrganismos não-cultiváveis. O solo, que é o mais importante habitat para os microrganismos, principalmente procariotos, sofre contínuas alterações. Devido à prática agrícola intensiva, parte da diversidade de microrganismos do solo pode ser alterada, antes de se tornar conhecida. Este trabalho teve por objetivo estimar a diversidade das comunidades bacterianas pela extração direta de DNA do solo em duas áreas (área de agricultura intensiva e área de floresta nativa) no município de Guaíra-SP, ilustrando o impacto da agricultura na microbiota. Utilizando oligonucleotídeos iniciadores específicos e seqüenciamento parcial do gene 16S rDNA, fragmentos dos produtos de PCR (~1.5kb) foram clonados em vetor pGEMR-T e transformados em Escherichia coli, linhagem DH5a. Para cada biblioteca foram coletados e seqüenciados 240 clones. As seqüências obtidas foram submetidas à análise de similaridade com seqüências depositadas no banco de dados GenBank. As análises revelaram extensiva diversidade em ambos os solos, assim como características distintas das comunidades bacterianas, sendo que a área sob floresta apresentou maior diversidade em relação à área sob agricultura intensiva. Os resultados obtidos demonstram que as práticas agrícolas promoveram aumento quantitativo das comunidades bacterianas pertencentes aos filos Proteobacteria e Firmicutes, ao passo que causaram uma diminuição nas comunidades pertencentes aos filos Acidobacteria e Verrucomicrobia, corroborando estudos anteriores. Traditional methods of isolation and cultivation to analyze the microbial diversity of environment are very limited, because few microorganisms are cultivable. Advances in molecular microbial ecology has occurred through the construction of metagenomic libraries, providing analysis of uncultured microorganisms. The soil, which is the most important habitat to microorganisms, principally prokaryotes, suffers continuous alteration. Due to intensive agricultural practices, part of the diversity of the soil microbial diversity could be reduced, even before being known. The aim of this work was to assess the diversity of bacterial community, through direct extraction of DNA of microorganisms from two conditions soil, (intensive agriculture and native forest) Guaíra- SP, to show the impact of agriculture in bacterial community. Using specific primers and partial sequencing of 16S rDNA gene, fragments from PCR (~1.5kb) were cloned in a vector pGEMR-T and transformed into Escherichia coli, strain DH5a. To each library 240 clones were collected and sequenced. The sequences obtained were compared against the GenBank database. The analysis showed extensive diversity in both soils, as well as distinct characteristics of bacterial community. Also, the forest field showed greater diversity than the intensive agriculture. The results obtained showed that agricultural practices promote quantitative grow of bacterial community that inhere the phyla Proteobacteria and Firmicutes, as well as generate one diminution in communities inhere the phyla Acidobacteria and Verrucomicrobia, as previously reported.

Submitted by Alison Souza (alisonsouza@ufgd.edu.br) on 2020-01-22T15:32:18Z No. of bitstreams: 1 JulioHenriqueFerreiradeSaQueiroz.pdf: 1712013 bytes, checksum: dc6e86f8bbd76d81a737511a8ff7fe49 (MD5) Made available in DSpace on 2020-01-22T15:32:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JulioHenriqueFerreiradeSaQueiroz.pdf: 1712013 bytes, checksum: dc6e86f8bbd76d81a737511a8ff7fe49 (MD5) Previous issue date: 2019-03-07 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do Estado de Mato Grosso do Sul (FUNDECT) A incidência de sífilis tem aumentado de forma preocupante nas últimas décadas, com uma estimativa de 6 milhões de novos casos por ano no mundo. O diagnóstico da sífilis continua um desafio, devido à dificuldade de cultivo in vitro do Treponema pallidum. Nos últimos anos, novos testes treponêmicos têm sido desenvolvidos, utilizando antígenos recombinantes de T. pallidum. Esta abordagem conferiu uma maior especificidade e sensibilidade para a triagem dos pacientes com sífilis. No entanto, a busca por novos antígenos é fundamental para desenvolvimeno de um diagnóstico sorológico mais eficiente para detecção do T. pallidum. O objetivo desse estudo foi a produção dos antígenos recombinantes para diagnóstico sorológico da sífilis. A seleção dos antígenos foi baseada em estudos proteômicos com auxílio dos programas de bioinformática. Três genes que codificam para as proteínas Tp0684, Tp0750 e Tp0792 foram selecionados e submetidos síntese química, clonados no vetor pAE; as proteínas foram expressas em E. coli BL21 StarTM e purificadas por cromatografia de afinidade. A antigenicidade das proteínas recombinantes rTp0684, rTp0750 e rTp0792 foram avaliadas através da técnica de Western blot e ELISA com soros de pacientes com sífilis primária (n = 6), sífilis latente (n = 34) e soros controles não infectados (n = 10). As três proteínas recombinantes foram reconhecidas pelos soros de pacientes com sífilis primária e sífilis latente nas técnicas Western blot e ELISA, demonstrando serem antigênicas. Estes resultados indicam que os antígenos produzidos têm potencial para serem utilizados no desenvolvimento de testes sorológicos para a triagem de pacientes com sífilis. Além disso, a estratégia de utilização de proteínas recombinantes pode garantir um incremento na especificidade dos testes sorológicos reduzindo a ocorrência de resultados falsos positivos. Por outro lado possibilita um estudo racional de alvos com alta sensibilidade, diminuindo de forma significativa resultados falsos negativos e positivos. The incidence of syphilis has increased alarmingly in recent decades, with an estimated 6 million new cases per year in the world. The diagnosis of syphilis remains a challenge, due to the difficulty of Treponema pallidum in vitro culture. In recent years, new treponemal tests have been developed using recombinant T. pallidum antigens. This approach confers greater specificity and sensitivity for the screening of patients with syphilis. This study aimed to the production of recombinant antigens for the development of a more efficient serological diagnosis for the detection of T. pallidum. The selection of antigens was based on proteomic studies with the aid of bioinformatics programs. Three genes coding for the Tp0684, Tp0750 and Tp0792 proteins were selected and submitted to chemical synthesis, cloned in the pAE vector; the proteins were expressed in E. coli BL21 Star™ and purified by affinity chromatography. The antigenicity of recombinant proteins rTp0684, rTp0750 and rTp0792 were evaluated by Western blot and ELISA with sera from patients with primary syphilis (n = 6), latent syphilis (n = 34) and uninfected control sera (n = 10). The three recombinant proteins were recognized by sera from patients with primary syphilis and latent syphilis in Western blot and ELISA, demonstrating be antigenic. These results indicate that the antigens produced have the potential to be used in the development of serological tests for the screening of patients with syphilis. In addition, the strategy of using recombinant proteins can ensure an increase in the specificity of serologic tests reducing the occurrence of false positive results. On the other hand, enables a rational study targets with high sensitivity, decreasing significantly negative and false positive results.

Submitted by Alison Souza (alisonsouza@ufgd.edu.br) on 2019-05-13T13:37:40Z No. of bitstreams: 1 AnaClaudiaTerumiAbe.pdf: 407311 bytes, checksum: eebf94226c606561bf850a7743148ebf (MD5) Made available in DSpace on 2019-05-13T13:37:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaClaudiaTerumiAbe.pdf: 407311 bytes, checksum: eebf94226c606561bf850a7743148ebf (MD5) Previous issue date: 2011-08-31 Conselho Nacional de Pesquisas (CNPq) O objetivo da presente pesquisa foi avaliar os efeitos de algodão geneticamente modificado resistente a insetos sobre a comunidade fúngica do solo. O experimento foi conduzido em área agrícola da Universidade Federal da Grande Dourados, onde foram cultivadas duas variedades de algodão (Gossypium hirsutum L.), uma expressando o gene de Bacillus thurigiensis (Bt) e outra convencional, sem o gene exógeno. Os dados foram coletados mensalmente, durante todo o ciclo da cultura, de dezembro de 2009 a maio de 2010. A quantidade de fungos presentes no solo foi obtida pelo método de cultivo em placas de Petri, em triplicata, utilizando-se o meio de cultura de Martin e diluições seriadas de solo. Os isolados obtidos foram morfoespeciados e identificados através de amplificação e sequenciamento da região ITS (Internal Transcribed Spacer - espaço interno transcrito) do rDNA. Foi utilizada a abordagem metagenômica para detectar diferenças na comunidade fúngica do solo. A quantidade de unidades formadoras de colônias fúngicas do solo não foi diretamente influenciada pelo tipo de algodão cultivado e nem pelas diferentes épocas de cultivo. Ambas as técnicas revelaram maior riqueza de espécies no solo sob algodão Bt. The aim of this study was to evaluate the effects of genetically modified cotton resistant to insects on the soil fungal community. The experiment was conducted in the agricultural area of Universidade Federal da Grande Dourados, where they were planted two varieties of cotton (Gossypium hirsutum L.), one expressing a gene from Bacillus thuringiensis (Bt) and the other conventional, without the foreign gene. The data were collected monthly throughout the crop cycle, from December 2009 to May 2010. The amount of fungi in the soil was obtained by the method of cultivation in Petri dishes, in triplicate, using the culture medium of Martin and serial dilutions of soil. From the isolates were obtained morphospecies that were identified by amplification and sequencing of the ITS (Internal Transcribed Spacer) region of rDNA. Metagenomics approach was used to detect differences in soil fungal community. The amount of fungal colony-forming units of the soil was not directly influenced by the type of cotton grown and not by the different growing seasons. Both techniques showed greater species richness in soil under Bt cotton.