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Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Biológica (área de especialização em Tecnologia Química e Alimentar), Hoje em dia as exigências dos consumidores em relação aos produtos que consomem têm vindo a aumentar, por isso mesmo, a indústria dos lacticínios, compromete-se a oferecer produtos com qualidade. Visto que as alterações normalmente observadas no leite são devido à atividade microbiana, um dos parâmetros mais importantes para a avaliação da qualidade do leite, é a contagem de microrganismos, que pode ser realizada pela contagem padrão em placas. Apesar de este método ser um método muito simples, é muito moroso, por isso mesmo as empresas começam a apostar em métodos mais automatizados e com resultados mais rápidos, como por exemplo a citometria de fluxo. Com o presente trabalho pretendeu-se potenciar a aplicabilidade do equipamento DCount ®, que já tinha sido adquirido pela Lactogal para a avaliação da qualidade do leite. O trabalho foi dividido em três partes onde em cada parte foi avaliada uma diferente aplicação para o equipamento. Na primeira parte, o objetivo era o estudo da aplicação do D-Count® na avaliação da higiene de superfícies, onde foram analisadas varias superfícies pelo D-Count® e em paralelo pelo método de referência e verificou-se a correlação entre os dois métodos. O coeficiente de correlação estimado foi de 0,92 e em média, as contagens pelo D-Count® foram 3,55 vezes maiores do que na contagem padrão em placa. Na segunda parte do presente trabalho, avaliouse a aplicação do D-Count® na quantificação de microrganismos termorresistentes, como o Bacillus cereus. O coeficiente de correlação entre o método de referência e o equipamento DCount ® foi elevado (0,9039 e 0,9899) e os valores do D-count® foram cerca de 10 vezes mais baixos do que os valores obtidos pela contagem padrão em placa. A última parte, focou-se na aplicação do D-Count® na quantificação de Escherichia coli, onde mais uma vez se verificou a correlação entre o método de referência e o equipamento D-Count®. Além disso, foi analisada a curva de crescimento da Escherichia coli de modo a perceber qual o tempo mínimo de incubação para a deteção deste microrganismo no leite. O coeficiente de correlação estimado entre os dois métodos foi de 0,9968 e em média, as contagens pelo D-Count® foram 3,31 vezes maiores do que na contagem padrão em placa. Quanto ao tempo de incubação, do leite, necessário para a deteção deste microrganismo, pelo D-Count®, deve ser de 4 h. Em conclusão, é possível afirmar que o D-Count® pode ser utilizado como um método alternativo à contagem padrão em placa, para a avaliação higiénica de superfícies e para a quantificação de Escherichia coli. No caso do Bacillus cereus, o D-Count® funciona como um método mais qualitativo do que quantitativo., Nowadays, there is an increase on consumer demands about the products they buy, therefore dairy industry is committed to offering quality products. Knowing that microbiological activity is responsible for the changes observed in milk, one of the most important parameters to evaluate the quality of milk is microorganisms counting, that can be performed by standard plate count. Despite being a simple method, it takes a lot of time, so companies are starting to use automated methods with faster results, including flow cytometry. The objective of this project was to enhance the applications of the equipment D-Count®, that had been already acquired by Lactogal, to evaluate the quality of milk. This project had three parts, in which a different application of the equipment was assessed. In the first part we studied its application in the surfaces hygiene evaluation, analyzing several surfaces with D-Count® and the gold standard method. Correlation coefficient was 0,92 and D-Count® counts were in average 3,55 times higher than counts using the gold standard method. In the second part we analyzed D-Count® application on quantification of heat resistant microorganisms, like Bacillus cereus. Correlation coefficient between the gold standard and D-Count® was (0,9039 and 0,9899) and DCount ® values were nearly 10 times lower than those obtained by the classical method. In the last part of the project we assessed the application of D-Count® in Escherichia coli quantification, assessing the correlation between D-Count® and the gold standard method. Moreover we analyzed the growth curve of this microorganism, to estimate which was the minimum incubation time to detect Escherichia coli on milk samples. Correlation coefficient was 0,9968 and D-Count® counts were in average 3,31 times higher than counts using the gold standard. Using D-Count® we found that we needed 4 hours to detect E. coli. In conclusion, D-Count® can be used as an alternative method for surfaces hygiene evaluation and for Escherichia coli quantification. Concerning Bacillus cereus quantification, DCount ® can be used as an qualitative method.