Neotropical deer have important functions for the sustainability and health of their ecosystem. The investigation of pathological processes and the respective etiologic agents is a critical part of the conservation programs involving these species. In addition, wild animals and in particular deer, play an important role in the transmission and spread of infectious agents, some of them relevant to human health, companion animals and livestock health. The present study describes gross and histological lesions of brown brocket deer BBD (Mazama gouazoubira) and marsh deer MD (Blastocerus dichotomus) from São Paulo state (Brazil), collected during a 21-year period (1995-2015). Major causes of death in MD were respiratory (53.3% 40/75), alimentary (4.0%; 3/75), nutritional (4.0%; 3/75), trauma (4.0%; 3/75) and euthanasia (4.0%; 3/75). In BBD, the main causes of death were respiratory (25.2% 33/131), euthanasia (12.2%; 16/131) and trauma (9.2%; 12/131). This study shows the importance of respiratory disturbances in these two species of South American deer. In this work, despite no etiologic agents were identified, histopathological findings suggest the presence of infectious etiologies including bacterial, viral and fungal. We have described characterized and evaluated pathological processes in function with biological and epidemiological aspects. Os cervídeos neotropicais desempenham funções de importância para a sustentabilidade e sanidade dos ecossistemas que habitam, e a investigação dos processos patológicos, assim como dos agentes causais envolvidos, é uma parte crítica dos trabalhos de conservação envolvendo estes animais. Além disso, os animais selvagens em geral, e em especial os cervídeos, têm um papel importante na transmissão e disseminação de agentes infecciosos, alguns deles relevantes à saúde humana, para os animais de companhia e de produção. O presente estudo descreveu as características macroscópicas e histológicas dos processos patológicos de duas espécies de cervídeos brasileiros: cervo do pantanal (Blastocerus dichotomus) e veado catingueiro (Mazama gouazoubira) no estado de São Paulo por um período de 21 anos (1995-2015). As principais causas de morte identificadas em cervo do pantanal foram classificadas como: respiratória 53,3% (40/75), nutricional (4,0%; 3/75), trauma (4,0%; 3/75) e eutanásia (4,0%; 3/75). Já em veado catingueiro foram identificadas as seguintes causas: respiratória (25,2%; 33/131), eutanásia (12,2%; 16/131) e trauma (9,2%; 12/131). O presente trabalho detalha a importância do sistema respiratório nestas duas espécies de cervídeos brasileiros. É importante destacar que apesar de não ter identificado agentes etiológicos, os achados histopatológicos são altamente sugestivos de etiologias bacteriana, viral e fúngica. O presente trabalho fornece informações sobre a ocorrência de diversos processos patológicos nestas duas espécies de cervídeos, e sua correlação com o grupo etário, gênero e condição corpórea dos espécimes analisados.