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We present a genome assembly from an individual male Coelopa pilipes (kelp fly; Arthropoda; Insecta; Diptera; Coelopidae). The genome sequence is 263.0 megabases in span. Most of the assembly is scaffolded into 7 chromosomal pseudomolecules, including the X and Y sex chromosomes. The mitochondrial genome has also been assembled and is 16.86 kilobases in length.

Abstract Genomic structural variants (SVs) are now recognized as an integral component of intraspecific polymorphism and are known to contribute to evolutionary processes in various organisms. However, they are inherently difficult to detect and genotype from readily available short‐read sequencing data, and therefore remain poorly documented in wild populations. Salmonid species displaying strong interpopulation variability in both life history traits and habitat characteristics, such as Atlantic salmon (Salmo salar), offer a prime context for studying adaptive polymorphism, but the contribution of SVs to fine‐scale local adaptation has yet to be explored. Here, we performed a comparative analysis of SVs, single nucleotide polymorphisms (SNPs) and small indels (

Le CRTA de Bobo-Dioulasso (Burkina Faso) a procédé durant quatre années à une campagne de lutte intégrée contre les glossines dans une zone pastorale de 300000 ha avec la pose de 7200 écrans insecticides durant la saison sèche, suivie de lâchers de mâles irradiés en saison des pluies. Après divers essais, trois barrières contre les glossines riveraines, constituées soit de pièges de capture, soit de pièges ou d'écrans insecticides (deltaméth r ine CE) espacés de 100 m, ont été mises en place. L'observation régulière durant plus de trois ans a montré la grande efficacité de ces systèmes dont le coût d'installation et de fonctionnement la première année a été d'environ 200000 francs CFA par kilomètre avec les pièges de capture (non imprégnés), 190000 avec les pièges insecticides et 150000 avec les écrans insecticides. Les années suivantes, les frais de maintenance ont été respectiv ement de 70000, 85000 et 64000 francs CFA par kilomètre et par an. Dans cette zone climatique et pour ce type de rivières et de galeries, l'étanchéité est obtenue avec 7 km de pièges insecticides ou 10 km de pièges de capture vis-à-vis G. tachinoides et G. p. gambiensis . Une utilisation mixte pièges-écrans pourrait constituer une formule intéressante. Le quadrillage d'une zone de passage de G. m. morsitans s'est révélé efficace mais d'un prix d'installation et d'entretien assez élevé; il sera vraisemblablemen t abaissé par l'emploi d'attractifs odorants.

La comparaison des urines de Zébu et de Baoulé comme attractif ayant montré la supériorité de l'urine de Baoulé pour Glossina tachinoides, le fractionnement de cette urine est réalisé et les différentes fractions sont testées en les comparant à l'urine brute. La fraction phénolique donne les résultats les plus proches de ceux obtenus avec l'urine brute.

Après des études préliminaires menées sur l’attractivité de composés phénoliques dérivés des urines pour Glossina tachinoides Westwood, 1850, les recherches ont porté sur l’association de ces dérivés avec d’autres produits ; un mélange efficace est testé dans un diffuseur de longue durée permettant un emploi pratique dans le cadre d’une campagne de lutte. L’association M-Crésol l-Octen-3-01 dans un rapport de 3 pour 1, diffusée au moyen d’un tube de polyéthylène souple de 4 ml de contenance, semble répondre à cet objectif et être en mesure d’améliorer les techniques de piégeage pour une glossine du sous-genre Nemorhina. Pendant au moins 10 semaines, les captures de Glossina tachinoides sont multipliées par 2,5 avec l’emploi du piège biconique Challier-Laveissière. Le coût de ce diffuseur est de 230 francs CFA en juin 1988. Les différences avec les résultats obtenus par d’autres équipes de recherche sont discutées. L’impossibilité d’employer comme attractif, au Burkina Faso, l’urine elle-même est soulignée.

Des expériences étudiant le comportement de Glossina tachinoides vis­à-vis des couleurs bleue et blanche ont été réalisées au Burkina Faso. La comparaison de l’apport respectif, pour un écran bleu, du tissu blanc et de fine moustiquaire noire, a été faite. Les résultats montrent que le bleu est plus attractif que le blanc pour Glossina tachinoides, mais que cette dernière couleur incite davantage les glossines à se poser. La moustiquaire noire, invisible pour les glossines, intercepte plus de mouches qu’il ne s’en pose sur le blanc. II y a une modification du sex-ratio en faveur des femelles. On note une forte variabilité saisonnière de l’efficacité et une perte progressive du blanc due à la dégradation du colorant. Une comparaison avec les résultats obtenus sur d’autres espèces de glossines est faite.

Des expériences destinées à mettre en évidence, pour une glossine du groupe palpalis, Glossina tachinoides, l'existence éventuelle d'attractifs olfactifs ont été entreprises au Burkina Faso. Un homme, un porc domestique et un bovin Baoulé ont montré tous trois un pouvoir attractif. L'attractivité s'est accrue avec le nombre de bovins. L'utilisation d'un filtre à charbon actif a prouvé que le gaz carbonique n'est pas le seul composant chimique en cause. Cette expérimentation permet d'envisager, pour cette espèce, l'identification et l'utilisation d'attractifs olfactifs, de la même manière que pour les espèces du groupe morsitans

Dans la perspective de l'étude des attractifs olfactifs des glossines du groupe palpalis, il est important de connaître le rôle joué par le dioxyde de carbone. Pour l'une des espèces de ce groupe, Glossina tachinoides, les captures avec des pièges biconiques ont augmenté régulièrement d'un facteur allant jusqu'à 3,2 en libérant du dioxyde de carbone aux doses de 0,5 à 20 l/min au pied des pièges

Des expériences étudiant le comportement de G. morsitans submorsitans vis-à-vis d'écrans de différentes couleurs ont été faites, à l'aide de grilles électrifiées, au Burkina-Faso. L'attractivité des couleurs bleue et noire, seules ou associées entre elles ou avec du blanc, a été observée. Chaque écran testé l'était également avec l'adjonction de panneaux en fine moustiquaire noire, invisible pour les glossines. Les resultats ont montré une nette supériorité de l'association bleu/noir par rapport à toutes les autres couleurs ou association de couleurs essayées, en particulier le bleu et le noir pris séparément, qui ne présentaient entre eux qu'une faible différence. L'apport de la moustiquaire noire a toujours été positif. Une étude du sex-ratio a été faite pour chaque leurre.Au total, l'écran bleu/noir avec moustiquaire a eu une efficacité plus de deux fois supérieure à celle de l'écran bleu utilisé habituellement en Afrique de l'ouest

Avant la campagne de lutte contre les glossines dans la zone pastorale d'accueil de Sidéradougou (3000 km2), une prospection méthodique a été réalisée en vue d'établir la carte de répartition des espèces de glossines présentes et de leur densité apparente. Menée en 9 mois grâce aux pièges Challier-Laveissière et à la création d'un important réseau de pistes, elle a intéressé près de 900 km de rivières et 250 km de transects en savane. Après photo-interprétation, une carte entomologique a été dressée à l'échelle 1/50000, présentée en 4 feuilles d'utilisation aisée

La lutte intégrée menée par le CRTA contre les glossines dans la zone pastorale de Sidéradougou (Burkina), repose sur l'application alternée, suivant les saisons, d'écrans insecticides et de lâchers de mâles irradiés. Une première évaluation est faite sur le coût de la fabrication, de la pose et du retrait de 7204 écrans au cours de la première saison sèche (1983) et de 4053 écrans lors de la deuxième saison sèche (1984). Le prix de revient au kilomètre de galeries forestières traité varie beaucoup suivant la création ou non d'un réseau de pistes d'accès dont l'opportunité est discutée. Celui-ci permettrait à l'entomologiste de superviser le bon déroulement de la campagne, en particulier au niveau des formations végétales atypiques qui risquent d'en contrarier les résultats

Des lâchers expérimentaux par voie aérienne de mâles stériles de Glossina p. gambiensis et G. tachinoides ont été expérimentés dans une zone de savane guinéenne de plus de 3000 km2. L'ULM à deux places utilisé pour ces lâchers a donné d'excellents résultats. Le coût de cette méthode de lâcher se compare favorablement à celui des lâchers par voie terrestre. Cette méthode peut donc être recommandée pour des programmes futurs

Le pouvoir attractif du 1-octen-3-ol (octenol) et de l'acétone ayant été montré au Zimbabwe pour G. pallidipes et G. m. submorsitans au Burkina Faso. Les essais, faits successivement en saison des pluies puis en saison sèche, ont été réalisés selon le protocole des carrés latins. L'analyse des résultats obtenus en saison des pluies a mis en évidence un accroissement significatif des captures de 6, 7 fois lorsque les deux produits étaient associés au piège. L'augmentation était de 5, 9 fois pour les mâles et 7, 5 fois pour les femelles. Les résultats de saison sèche étaient également significatifs, quoique inférieurs du fait de la plus grande attractivité visuelle du piège. Cette importante augmentation des captures de G. m. submorsitans par un piège lorsque des attractifs olfactifs y sont associés permet d'envisager une réduction du nombre de pièges actuellement utilisés dans les opérations de lutte au Burkina Faso de 33 à 5 ou 6/km2.

Pour permettre le développement de l'élevage sur 240000 ha de la zone pastorale de Sidéradougou, le CRTA est intervenu sur 300000 ha. L'éli minatin de G. p. gambiensis et de G. tachinoides sur 600 km de gale ries forestières a reposé sur l'alternance de 2 méthodes non pollu antes utilisées en intégration : écrans insecticides et lâchers de mâles stériles. Après une phase préparatoire de 2 années (ouverture de pistes, prospection, barrières, etc.), le CRTA a mis en place 7204 écrans insecticides pendant la saison sèche 1983 suivis par les lâchers en saison des pluies, tous les 14 jours, à des points équi distants de 2 km sur le réseau hydrographique, de 379000 mâles irra diés. En 1984, 1/3 de la surface a été retraité avec des écrans, puis 467000 mâles irradiés ont été lâchés selon le même protocole. Le bon comportement des mâles irradiés et leur forte domination numé rique ont abouti à l'élimination des populations résiduelles, l'im pact de la lutte génétique étant suivi par l'examen des images ovaroutérines des femelles capturées. Les facteurs favorables et défavora bles au projet sont discutés, en particulier l'absence d'une législa tion pastorale devant l'afflux des troupeaux. Cette zone abrite ac tuellement entre 50000 et 70000 têtes de bétail.

Une campagne de lutte contre Glossina tachinoides et Glossina palpalis gambiensis a été effectuée au Burkina, au cours de la saison sèche 1983, à l'aide d'écrans imprégnés de deltaméthrine. Les résultats obtenus sur 580 km de rivières desservant 3 000 km2 de pâturages sont très intéressants. Les densités de glossines sont abaissées de 92, 54 p. 100 pour Glossina tachinoides et de 88, 11 p. 100 pour Glossina palpalis gambiensis. Les auteurs discutent les avantages et les inconvénients de cette méthode dans les conditions locales, climatiques et hydrologiques et notamment de son association avec les lâchers de mâles stériles utilisés en saison des pluies, qui permet d'envisager enfin sérieusement l'éradication des glossines

Des expériences destinées à identifier les produits qui, dans l’odeur animale, sont attractifs pour Glossina tachinoides ont été entreprises par le CRTA de Bobo-Dioulasso, Burkina Faso. Des dérivés phénoliques ont partiellement simulé l’effet de l’odeur de bovin. L’adjonction d’octenol, pourtant inefficace seul, a potentialisé ce pouvoir attractif. Cela permet d’espérer, à moyen terme, la possibilité d’utiliser le piégeage avec attractif pour les glossines riveraines.

La différence, entre Zébu et Baoulé, d’attractivité olfactive pour les glossines, a été étudiée afin de savoir si cela pouvait être l’un des facteurs de la trypanotolérance. Si l’urine de Baoulé est plus attractive que celle de Zébu, le résultat est inverse avec l’odeur globale lorsque des poids identiques d’animaux sont utilisés. La faible différence observée (25 %) ne permet pas d’apporter de conclusion sur l’importance de ce facteur dans l’épidémiologie de la trypanosomose.

Mitral valve prolapse is a common disease affecting 2 to 3% of the population, characterized by a myxomatous mitral valve disease (MVD). In 2007, the first causal mutation in the FLNA gene (FLNA-P637Q), was associated with MVD. The FlnA-P637Q KI rat model was recently generated. As early as 3 weeks (D21), the presence of MVD was confirmed and was associated with transcriptomic signature of chemotaxis and immune cells migration. This study aims at delineating the role of the recruitment and activation of macrophages in the pathophysiology of MVD. KI and WT animals were phenotyped at birth (D0), day 2 (D2), and day 7 (D7). Morphological alterations of the MV were evaluated by anatomopathological score (D7). Cell proportions were analyzed by flow cytometry (D7 and D21), and molecular phenotyping was done by bulk RNAseq (D7). WT and KI MVs were also dissociated for valvular interstitial cells (VICs) primary culture and subsequent in vitro studies. Flow cytometry at D21 revealed a 2-fold increase proportion of myeloid cells in KI MV compared to WT (13 vs. 7%). Interestingly, although no morphological differences were seen at D0 an D2, we observed a remodeling of the MV characteristic of the presence of MVD at D7. Accordingly, histological score was significantly higher in KI rats (7 vs. 4, P < 0.001). This was consistent with the transcriptomic analysis of D7 MV that revealed enrichment of GO-Terms (P < 0.05) related to ECM-receptor interaction, cell adhesion, proteoglycans and extracellular space. Of note, pathways related to chemotaxis were also enriched (P < 0.05), but flow cytometry at D7 revealed no difference in myeloid cell proportions (7% in WT and KI). The in vitro modulation of mechanical stresses imposed to VICs (i.e. stiffness or laminar flow) induced an increased expression of monocytes adhesion molecules ICAM1 and GITRL in KI compared to WT VICs (all P < 0.05). MVD is observed from day 7 in FLNA-KI rats and is associated to pro-inflammatory signature enrichment but no increase in macropahges proportions. The response of VICs to in vitro mechanical stresses suggest that FlnA-KI VICs are more susceptible to express monocytes adhesion molecules which could explain the increased proportion of macrophages seen at D21 in FlnA-KI rats. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Calcific aortic valve stenosis (CAVS) affects more than 10% of the population over 75 years old and aortic valve replacement is the only option. Biological prostheses are largely used in this context but have a limited durability with the development of structural bioprosthetic degeneration (SVD) post implantation. Lipid factors such as proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 (PCSK9), Lipoprotein (a) and LDL-cholesterol have been recently associated with SVD, even if the underlying mechanisms remain unknown. We aim at evaluating the impact of hypercholesterolemia and/or PCSK9 on the early processes leading to SVD. To study bioprosthetic tissue degradation, subcutaneous implantation of this tissue was performed in wild type (WT), PCSK9 knock-out (KO) and PCSK9 overexpressing mice for 28 days. A qualitative anatomopathological score based on cell density, infiltration, and matrix degradation was developed. Immunochemistry was performed to characterize immune cells infiltration, with a focus on anti- (i.e. CD163+) and pro-inflammatory (i.e. F4/80+) macrophages, lymphocytes (CD3+) and polynuclear eosinophils (i.e. EPX+). Histological analysis of explanted punches revealed an infiltration of mononuclear cells into the biological matrix among the 3 groups, with a significant increase in mice overexpressing PCSK9 compared to WT and KO. The anatomopathological score was significantly higher in overexpressing mice compared to the WT and KO mice (median value 7.0 [4.1–8.4] versus 4.0 [3.0–4.5] and 2.8 [2.0–3.9], respectively; P = 0.008). The macrophages (both CD163+ and F4/80+) and polynuclear eosinophils were the most abundant cell types, even if few lymphocytes were also observed. Interestingly, polynuclear eosinophils were more abundant in mice overexpressing PCSK9 compared to WT and KO (P = 0.01 and P = 0.002, respectively). Hypercholesterolemia and/or high circulating PCSK9 level enhance the response against the bioprosthetic tissue. Macrophages are the most abundant cell types invading the tissue. Hypercholesterolemia/high PCSK9 potentiate the infiltration of polynuclear eosinophils, which point out for a direct impact on the inflammatory response post implantation. Deeper molecular analyses will provide mechanistic evidence linking hypercholesterolemia and PCSK9 to the early inflammation processes leading to SVD. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Myxomatous valve dystrophy (MVD) is characterized by an elongated, and thickened mitral valve (MV) with extracellular matrix (ECM) accumulation. Using the FilaminA P637Q Knock-In (FLNA-KI) rat model of MVD, we previously demonstrated that it recapitulates the human pathology. RNA-Seq analysis revealed important contribution of immune cells. Cytometry experiments showed increase proportion of macrophages at D21 in KI valves. The objective is to decipher how macrophages contribute to the development of MVD. Seven days, two days and newborn FLNA-KI rats (D7, D2 and D0) were phenotyped through a quantitative histological analysis. Cytometry, to assess valvular macrophages population, as well as qPCR for expression of the key molecular targets was performed. At D7, FLNA-KI rats exhibit thickened and elongated mitral valve leaflets, and presented a higher histological score as compared to WT rats (P = 0.0007). qPCR experiments revealed dysregulation of genes involved in ECM regulation (HAS1 FC = 8 and HYAL1 FC = 0.63 vs. WT, both P < 0.01) and endothelial dysfunction (ESM1 FC = 2.2 vs. WT, P = 0.005) concordant with the results at D21. Preliminary results at D0 and D2 showed upregulation of genes related to ECM remodeling (HAS1 FC = 2.6 and 3.2 vs. WT, respectively, P < 0.01). Morphological analysis at D0 and D2 is still ongoing. Although a pro-inflammatory environment was present at D7 (CCL7 FC = 2.6 and S100A8 FC = 4.2 vs. WT, P < 0.5), no changes in the proportion of macrophages was detected by cytometry (6% in both WT and KI MV, P > 0.5). The expression of inflammatory cytokines was not different at D0 and D2 in KI rats' mitral valves (all P > 0.5). Our study indicates that MVD is present in KI as soon as birth. The ECM remodeling is probably a basis for the pro-inflammatory environment that promotes macrophages recruitment in the valvular leaflets. This suggests that macrophages infiltration is not causal of MVD but rather participates to the evolution of the disease. Further investigations are ongoing to understand how macrophages contribute to the pathophysiology of MVD. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Calcific aortic valve stenosis (CAVS) is one of the most frequent cardiovascular diseases affecting more than 10% of the population over 70 years old. There is currently no pharmacological treatment to stop this process, and the only solution remains to replace the diseased valve with a prosthesis. A shift toward the use of biological prosthesis occurred in the last 10 years, as these protheses presented better hemodynamic profile without lifelong anticoagulation treatment. However, the main disadvantage of the bioprostheses is their limited durability overtime, with the development of a gradual structural bioprosthetic degeneration (SVD) in the following years post intervention. Our objective is to test the role of hypercholesterolemia and/or PCSK9, a well-know modulator of the cholesterol metabolism, on the early process leading to SVD. As the currently gold standard technic to test calcification potential of biological tissue from bioprosthetic valve, we implanted subcutaneously 5 mm punches of biological matrix from bovine pericardium, in 3 groups of mice: PCSK9 KO, WT and overexpressing hepatic PCSK9 (with AAV injection). After 28 days, punches werehandled and analyzed. Histology and molecular screening were performed. As compared to WT, KO PCSK9 mice presented a 25% to 50% reduction in cholesterol, and mice overexpressing hepatic PCSK9 a 2-time higher circulating cholesterol over the course of the protocol (all P < 0.003). PCSK9 circulating level was not detectable in KO and was significantly increased in mice overexpressing hepatic PCSK9 (fold change > 10 vs. WT; all P < 0.001). Preliminary histological analysis of explanted punches after 28 days revealed an important infiltration of mononuclear cells into the pericardial matrix, consistent over the 3 groups of mice. However, the quantity and degree of infiltration of these cells appeared to be exacerbated in mice overexpressing hepatic PCSK9. Further molecular screening is ongoing. We successfully developed an animal model allowing us the investigation of PCSK9 and hypercholesterolemia roles in SVD. Preliminary analyses suggest that high PCSK9 and/or cholesterol can potentiate cell infiltration post-implantation of bovine pericardial matrix. Further molecular analyses will provide key elements to decipher the mechanisms related to PCSK9 and cholesterol in the development of SVD. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Mitral Valve Dystrophy (MVD) is an outgrowing disease, however little is known regarding the involved pathophysiological mechanisms. We have generated a unique knock-in (KI) animal model for the P637Q mutation on the FLNA gene, the first causal gene associated with MVD identified by our team. We established the relevance of this model to study MVD by confirming the presence of the disease in 3-week-old (D21) KI rats. The molecular phenotyping at this time highlighted specific biological processes such as immune cell recruitment, extracellular matrix remodeling or response to molecular stress, as central players in the development of MVD. The aim of the present study was to analyze earlier time point (7-day post-natal; D7) and the specific role of endothelial, interstitial and immune cells in the onset and the progression of MVD. D7 and D21 WT and KI rats were studied. Classical histology was performed at D7 to evaluate the valve remodeling. Cytometry was performed to determine the nature and the proportion of cell subpopulation at each time-points. Following cell sorting, qPCR experiments allowed the characterization of the molecular signature for each subpopulation. The MV phenotyping at D7 confirmed the presence of MVD, but no difference was observed in myeloid cell proportion at this age (6% vs 6% for WT and KI animals, respectively; P = 0.63). However, concordant with the RNA-seq data at D21, cytometry experiments revealed a 2-fold increase in the proportion of myeloid cells in MV from KI animals compared to WT (13% vs 7% respectively; P < 0.05). CD45+ leukocytes and CD206+ developmental macrophages were located in the medial third and atrial border of the MV leaflet in WT rats, and more diffusely observed in KI animals at D21. Transcript levels of typical inflammatory markers (Esm1 + 4.3x in KI VECs vs WT, n = 4; P = 0.05), ECM markers (Cspg4 + 1.90x in KI VICs vs WT, n = 5; P = 0.008), and cellular activation confirmed the pro-inflammatory environment and the activation of interstitial cells in KI animals. Our results revealed a specific role of myeloid cells in the progression of MVD rather than the onset of the disease. Furthermore, preliminary results on the cell-specific activity shows an activation of myeloid cells, endothelial and interstitial cells in MVD. Cellular cross-talk needs to be further studied to decipher the molecular mechanisms leading to MVD. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Catchment studies on water quality started in the 1960s, when scientists identified long-term environmental impacts and realized the complexity involved in environmental degradation and recovery. Since scientists need to understand biogeochemical and hydrological processes in detail, long-term observatories have been established over time, particularly in the field of catchment hydrology and biochemistry. The AgrHyS (for “AgroHydroSystem”) observatory comprises two small catchments in Brittany (France) and this article unfolds the evolution over 50 years of the scientific questions and related observations and studies in one of them, the Kervidy-Naizin catchment. While a well-defined set of variables was monitored since the beginning (the “basic observatory basket”), the research topics and additional monitored variables were much broader. The first 25 years focused on hydrological and biogeochemical processes, while the next 25 years focused on more integrated issues related to soil ecology and landscape biogeochemical cycles. The AgrHyS observatory has succeeded in fostering interdisciplinary research. The current challenge is the engagement of the observatory in international networks to enable inter-comparison of hydro-systems response to gradients of different land use and environmental conditions.

The article presents a reflection on the specificity of the painting of landscapes in the 17th century through the analysis of the work of French painter Nicolas Poussin. Topics include a description of hierarchical ranking of different specialties in painting at this period, poetic reference in the painting of landscapes, and evolution of the poetic conception of landscape in the work of Poussin. Poussin's way of spreading a landscape around a subject is examined, as it is what he himself called a novelty in the art of painting.