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Since the beginning of the industrial revolution, atmospheric carbon dioxide (CO2) concentrations have risen steadily and have induced a decrease of the averaged surface ocean pH by 0.1 units, corresponding to an increase in ocean acidity of about 30 %. In addition to ocean warming, ocean acidification poses a tremendous challenge to some marine organisms, especially calcifiers. The need for long-term oceanic observations of pH and temperature is a key element to assess the vulnerability of marine communities and ecosystems to these pressures. Nearshore productive environments, where a large majority of shellfish farming activities are conducted, are known to present pH levels as well as amplitudes of daily and seasonal variations that are much larger than those observed in the open ocean. Yet, to date, there are very few coastal observation sites where these parameters are measured simultaneously and at high frequency. To bridge this gap, an observation network was initiated in 2021 in the framework of the CocoriCO(2) project. Six sites were selected along the French Atlantic and Mediterranean coastlines based on their importance in terms of shellfish production and the presence of high- and low-frequency monitoring activities. At each site, autonomous pH sensors were deployed, both inside and outside shellfish production areas, next to high-frequency CTD (conductivity-temperature-depth) probes operated through two operating monitoring networks. pH sensors were set to an acquisition rate of 15 min, and discrete seawater samples were collected biweekly in order to control the quality of pH data (laboratory spectrophotometric measurements) as well as to measure total alkalinity and dissolved inorganic carbon concentrations for full characterization of the carbonate system. While this network has been up and running for more than 2 years, the acquired dataset has already revealed important differences in terms of pH variations between monitored sites related to the in

The spatial and temporal variability of macrophyte sampling in polyhaline lagoons (with an annual average salinity of >18 PSU) in the context of the EU's Water Framework Directive is well estimated. However, there is a need to better define the variability of in-situ observations (evaluating coverage) between and among team members. This Inter-Laboratory Comparison (ILC) is based on in situ observations and was conducted with service providers with whom we usually perform our diagnostics, while implementing the specific DCE macrophyte protocol for poly-euhaline lagoons., La variabilité spatiale et temporelle des prélèvements de macrophytes réalisés sur les lagunes poly-euhalines (salinité moyenne annuelle >18 PSU) dans le cadre de la DCE est bien estimée. En revanche, la variabilité, entre agent d'une même équipe et inter-équipe, liée aux observations réalisées in situ (évaluation du recouvrement) reste à préciser. Cette Comparaison Inter Laboratoire (CIL) s’appuie sur des observations in situ et a été réalisée avec les prestataires avec qui nous réalisons habituellement nos diagnostics en mettant en oeuvre le protocole DCE macrophyte spécifique aux lagunes poly-euhalines

Ces fiches habitats (partie 2 - projet CHAMILA) reprennent les caractéristiques principales des 15 groupes d’habitats décrits dans les milieux lagunaires méditerranéenns français des habitats. Ceux-ci sont réprésentés dans l’Atlas cartographique des habitats (partie 3 - projet CHAMILA). Ces fiches s’accompagnent d’un guide décrivant le contexte et les méthodes utilisées pour définir les habitats ainsi qu’une analyse des données de distribution de ces habitats (partie 1 - projet CHAMILA).

Ce projet INPOLAG (2019-2023) s’inscrit dans le contexte réglementaire de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) et vise à développer un indicateur "poissons DCE-compatible" adapté au contexte français. Sur la base du travail mené au cours de ce projet, ce rapport présente la méthodologie préconisée pour l’évaluation de ce compartiment dans les masses d’eau lagunaires méditérranéennes françaises. L'interpréation des données collectées entre 2019 et 2021 est présenté dans le rapport final du projet.

Le projet INPOLAG (2019-2023) s’inscrit dans le contexte réglementaire de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) et vise à développer un indicateur "poissons DCE-compatible" adapté au contexte français. Basé sur un échantillonnage à deux saisons (printemps et automne) de 122 stations réparties sur un panel de 8 lagunes, ce travail a permis de décrire les peuplements de poissons, principalement les juvéniles ou les espèces peu mobiles, en parallèle des conditions environnementales. Les données collectées mettent en évidence les variabilités spatiale (entre habitats) et saisonnière (printemps vs. automne) de la densité et de la composition des peuplements. L’analyse spatio-temporelle des communautés bentho-démersales a montré néanmoins une influence relativement limitée de la saison dans nos données (2% de l’effet temporelle pour 18% de l’effet spatial de la lagune) avec cependant des différences marquées dans les captures au printemps avec l’arrivée d’espèces marines migrantes telles que Sparus aurata, Liza ramada et Solea solea. L'occurrence et la diversité des poissons dans les habitats lagunaires seraient donc fortement influencée par la saisonnalité du recrutement, la dynamique des populations et les schémas de migration comme cela a pu être démontré dans des études antérieures. Au terme de ce travail, de nombreuses métriques de diversité ont été calculées mais aujourd'hui il n'est pas possible de définir un indicateur "poissons DCE-compatible" en raison du faible nombre de couple de données Métrique-Pression. Ce travail a permis néanmoins de valider une stratégie d'acquisition et de traitement des données qui pourra être appliquée à large échelle dans les lagunes méditerranéennes françaises.

Mediterranean coastal lagoons are now recognized as complex ecosystems whose functional richness is due in part to the mosaic of habitats. Phase 2 of the CHAMILA (Cartographie des HAbitats en MIlieu LAgunaire méditerranéen) project consolidates the first available cartographic results by providing new habitat maps (level 6 including biology) for all 36 French Mediterranean lagoons covered by the WFD, and by making these maps more reliable in terms of methods and uncertainties. The results of this project are the subject of (1) this report (context, summary of methods and data, analysis of the distribution of the main habitats on a façade scale), (2) a cartographic atlas on a lagoon scale and (3) a description of the 15 main habitats of French Mediterranean lagoons. The new version of the lagoon habitat typology includes salinity, temperature, substrate type, biological zone, hydrodynamics, trophic richness and biology. Based on updated data for the period 2016-2022, 169 habitats are now described (compared to 224 habitats in the previous version) across all French coastal Mediterranean lagoons, with 1 to 22 different habitats per lagoon. Analysis of these results highlights the uniqueness of lagoon habitats across the entire coastline, with 148 of them present in just one lagoon. Poly-euhaline habitats covered with sparse vegetation and poly-euhaline habitats whose plant cover is dominated by macro-algae appear to be in the majority on the scale of the French Mediterranean coast, in terms of surface area, the number of different habitats and the number of lagoons in which these habitats are described. This new knowledge constitute an important management and spatial planning tool on both a local and regional scale., Les lagunes côtières méditerranéennes sont aujourd’hui reconnues comme des écosystèmes complexes dont la richesse fonctionnelle résulte en partie de la mosaïque des habitats qu’elles abritent. La phase 2 du projet CHAMILA (Cartographie des HAbitats en MIlieu LAgunaire méditerranéen) vient ici consolider les premiers résultats cartographiques disponibles en mettant à disposition de nouvelles cartes d’habitats de niveau 6 (incluant la biologie) sur l’ensemble des 36 lagunes méditerranéennes françaises concernées par la DCE et en fiabilisant en termes de méthodes et d’incertitudes ces cartographies. Les résultats de ce projet font l’objet (1) du présent rapport (éléments de contexte, résumé des méthodes et des données, analyse de la distribution des principaux habitats à l’échelle de la façade), (2) d’un atlas cartographique à l’échelle de la lagune et (3) d’une description des 15 principaux habitats des lagunes méditerranéennes françaises. La nouvelle version de la typologie d’habitat lagunaire inclut la salinité, la température, la nature du substrat, la zone biologique, l’hydrodynamisme, le niveau trophique et la biologie. Sur la base de données actualisées sur la période 2016-2022, 169 habitats sont aujourd’hui décrits (contre 224 habitats dans la version précédente) sur l'ensemble des lagunes méditerranéennes côtières françaises, avec 1 à 22 habitats différents par lagune. L’analyse de ces résultats soulignent l’unicité des habitats lagunaires à l’échelle de la façade où 148 d’entre eux ne sont présents que dans une seule lagune. Les habitats poly-euhalins couverts d’une végétation éparses et les habitats poly-euhalins dont la couverture végétale est dominée par des macro-algues apparaissent comme largement majoritaires à l’échelle de la façade méditerranéenne française, tant en terme de surface, du nombre d’habitats différents et du nombre de lagune dans lesquelles ces habitats sont décrits. Ces nouvelles connaissances constituent un outil important de gestion et

Cet atlas cartographique (partie 3 - projet CHAMILA) s’accompagne de 15 fiches décrivant les caractéristiques des principaux habitats (partie 2 - projet CHAMILA), et d’un guide reprenant le contexte, les méthodes utilisées pour définir les habitats ainsi qu’une analyse des données de distribution de ces habitats (partie 1 - projet CHAMILA).

Le changement climatique joue un rôle considérable dans la modification des conditions environnementales qui contrôlent la répartition et la survie des écosystèmes. A ce jour, les principaux changements attendus au sein des lagunes méditerranéennes seraient une augmentation de la température moyenne et du niveau moyen de la mer ainsi qu’une augmentation de la fréquence et de l’intensité des Évènements Climatiques Extrêmes (ECEs) tels que les vagues de chaleur, les périodes de sécheresse et de crues. Dans ce contexte, ce document présente un outil d’observation, résolument centré aujourd’hui sur la température et les herbiers de phanérogames, permettant d’interpréter les changements structurels et fonctionnels observés dans les lagunes méditerranéennes françaises en lien avec les évolution du climat. Cet observatoire couvrira 21 lagunes de la façade méditerranéenne française et débutera en avril 2022.

L'objectif du projet OBSLAG Pesticides est de dresser un état des lieux de la problématique des pesticides dans les lagunes Méditerranéennes au regard du risque chronique (individuel et/ou conjoint) qu'ils occasionnent vis-à-vis des organismes vivants de ces écosystèmes. Douze pointssuivis par échantillonnage intégratif au cours de 3 campagnes réalisées pendant l’année hydrologique 2020-21 caractérisent l’exposition de 10 lagunes aux pesticides. 75 matières actives et produits de dégradation ont été recherchés à l'aide d'échantillonneurs intégratifs passifs (POCIS) et d'échantillons d'eau ponctuels. En parallèle de cette acquisition de données, le travail de mise à jour bibliographique des données écotoxicologiques les plus récentes concernant les pesticides a été réalisé de manière à mettre en œuvre le Quotient de Risque (QR). Il s’agit d’un indicateur de risque chronique basé sur les effets cumulés des substances et dérivé du concept toxicologique de l'Addition des Concentrations (AC). 93% des échantillons réalisés présentent au moins un pesticide dépassant sa valeur seuil. Les dépassements individuels tendent toutefois à diminuer en 2020-21 par rapport aux suivis précédents. 13 substances sont en cause et aucune n’est une substance prioritaire DCE. Parmi ces « drivers du risque » 2020-21, le métolachlor-total- et son métabolite OA, l’atrazine-2-hydroxy et la carbendazim présentent un risque généralisé, pour l'ensemble des legs et sur plus de 50% des prélèvements réalisés. Le glyphosate, peu retrouvé dans les lagunes (freq de détection < 10%), dépasse sa valeur seuil dans l’étang de Canet. Parmi les autres drivers figurent aussi les herbicides hexazinone, flazasulfuron, nicosulfuron et chlortoluron, les insecticides imidacloprid et carbofuran, les fongicides propiconazole et azoxystrobin, et les produits de transformation, métolachlor ESA et atrazine-deséthyl (DEA). Outre les effets individuels, toutes les lagunes suivies présentent un risque chronique fort lié à

Les lagunes méditerranéennes sont aujourd’hui décrites comme des habitats essentiels au cycle de vie de nombreuses espèces de poissons côtiers qu’elles soient sédentaires ou migratrices. Ces masses d’eau, relativement confinées, présentes en effet des caractéristiques environnementales permettant de maximiser la croissance des juvéniles et d’optimiser la survie des adultes (abondance en nourriture, température plus élevée, prédation limitée…) mais celles-ci varient spatialement et temporellement au sein même d’une lagune sous l’influence de facteurs naturels et anthropiques. Comprendre le lien entre les habitats et les poissons nécessite donc de qualifier et quantifier ces interactions à ces échelles de temps et d’espace afin d’être en mesure d’adapter in fine la gestion de ces milieux pour renforcer leurs rôles dans le cycle de vie des espèces de poissons lagunaires et côtiers. Au stade juvénile, l’attractivité des habitats lagunaires variraient selon l’espèce et le stade de vie, aussi bien pour les juvéniles des espèces migratrices que pour ceux des espèces résidentes. La présence de macrophytes et en particulier de macroalgues sur le fond jouerait un rôle essentiel en structurant d’une part les habitats pour les juvéniles (zone de refuge, abrits de proies) et en contribuant d’autre part au régime trophique de manière directe ou indirecte. Ces résultats permettent de mieux définir la notion de nurserie en considérant une mosaïque d’habitats qui assure des fonctions complémentaires pour les juvéniles de poissons. Au stade adulte, la dynamique spatiale de trois espèces modèle (Dicentrarchus labrax, Salpa salpa et Sparus aurata) en relation avec les habitats que ces lagunes suivie par télémétrie acoustique illustre le rôle clés de ces habitats lagunaire probablement en fournissant un habitat d’alimentation répondant à leurs besoins en termes de croissance. Pour ces trois espèces, un effet saisonnier important dans sa fréquentation, essentiellement durant la phase hiv

En Méditerranée, des campagnes de surveillance sont mises en oeuvre tous les 3 ans depuis 2006 pour répondre aux objectifs de surveillance des eaux côtières et de transition. Ce rapport présente en détail les résultats des campagnes de suivi de l’état des macrophytes dans les masses d’eau de transition (MET) lagunaires, réalisées durant le deuxième cycle de gestion entre 2016 et 2021.

The aim of the present work was to test the influence of juvenile oyster culture on benthic-pelagic coupling in the French Mediterranean Thau Lagoon. Although the period of juvenile growth induces the introduction of millions of juvenile oysters in the lagoon over a short duration, the effects on the water-column and on the benthic ecosystem are poorly known. Using a multiple ecological approach, water column parameters, sedimentation rates, sediment characteristics and benthic fluxes were monitored on three occasions during the oyster pre-growth period, from October to December, at two sites inside the farming area and two sites outside the farming area that served as reference. In the water column, results showed a significant lower ratio between total phytoplankton biomass (chlorophyll-a) and degraded pigments (pheopigment), a significant increase in the contribution of phytoplankton containing chlorophyll-b (ie chlorophytes) to total phytoplankton biomass and a significant decrease in the contribution of phytoplankton containing chlorophyll-c (mainly diatoms) to the total phytoplankton biomass at farm sites, attributed to the grazing pressure caused by juvenile oysters on large particles, as described for adult oysters. No significant effect was observed at the benthic interface during this period, due to the dispersion of the small quantities of biodeposit produced by juveniles in the low water temperature conditions. A multivariate approach supported the effect of juvenile oysters on the water column and revealed a trend in benthic conditions with farm sites being distinct from the reference ones. The long farming history of the lagoon could have shaped sediment properties such that farming areas maintain different benthic conditions.

Future climate predictions place the Mediterranean region and its lagoons at the heart of the social and environmental discussion on climate change. The projected increase in water temperature, sea level rise, and the intensification of extreme climate events (storms, precipitations, heat waves) are identified today, by the IPCC, as major pressures on lagoon ecosystems. Through a systematic review followed by a meta-analysis based on articles published over the period 1975-2020 and indexed in "Web of Science", this work focused on understanding the effects of climate change and extreme climate events on lagoon environements. The question of these effects was first approached at a global scale (lagoon environments), then centered on the four species of marine angiosperms living in French poly-euhaline Mediterranean lagoons, namely Zostera marina, Zostera noltei, Cymodocea nodosa and Ruppia cirrhosa. Only 62 articles deal with the question of the effects of climate change on lagoon environments on a global scale. These articles are mainly based on modeling work and laboratory experiments. In situ observations are not common and there are no studies based on in situ experimentation. According to our results, increasing temperature is the most studied climate change pressure. This would favor phyto-plankton communities, the most studied biotic compartment to date. At the level of Mediterranean lagoons, no scientific article deals with the question of the effect of climate change on seagrass beds. By extending the research to the impact of climate change on Zostera marina, Zostera noltei and Cymodocea nodosa meadows in coastal environments, 36, 14 and 15 articles were respectively analyzed. However, no studies are available for Ruppia cirrhosa. Based mainly on laboratory and mesocosm experiments, the increase in temperature would have an overall negative effect on Zostera marina and Zostera noltei but positive for Cymodocea nodosa. Heat waves would have a negative effect, Les prédictions sur le climat futur placent la région méditerranéenne et ses lagunes au coeur de la problématique sociale et environnementale du changement climatique. L’augmentation de la température de l’eau, l’élévation du niveau de la mer, et l’intensification des événements climatique extrêmes (tempête, précipitations, chaleur) sont identifiées aujourd’hui, par le GIEC, comme des pressions majeures sur les écosystèmes lagunaires . A travers une revue systématique puis d’une méta-analyse basées sur les articles publiés sur la période 1975-2020 et indexé dans «Web of Science », ce travail s’est focalisé sur la compréhension des effets du changement climatique et des événements climatique extrêmes sur les milieux lagunaires. La question de ces effets a été abordée de manière générale (milieux lagunaires), puis centrée sur les quatre espèces d’angiospermes marines inféodées aux lagunes méditerranéennes françaises poly-euhalines, à savoir Zostera marina, Zostera noltei, Cymodocea nodosa et Ruppia cirrhosa. Seuls 62 articles traitent de la question des effets du changement climatique sur les milieux lagunaires à l’échelle mondiale. Ces articles se basent principalement sur des travaux de modélisation et d’ expérimentations en laboratoire. L’observation in situ est très en retrait et aucune étude n’est basée sur de l’expérimentation in situ. D’après nos résultats, l’augmentation de la température est la pression la plus étudiée. Celle-ci favoriserait les communautés phytoplanctoniques, compartiment biotique le plus étudié à ce jour. À l’échelle des lagunes méditerranéennes, aucun article scientifique ne traite de la question de l’effet du changement climatique sur les herbiers. En élargissant la recherche à l’impact du changement climatique sur les herbiers de Zostera marina, Zostera noltei et Cymodocea nodosa en milieu côtier, 36, 14 et 15 articles ont pu respectivement être analysés. Aucune étude n’est en revanche disponible pour Ruppia cirrhosa. Sur la base majorit

Ce rapport présente les fiches descriptives des 32 unités d’habitats de niveau 3 (biocénose) et 119 unités de niveau 4 (faciès et associations) de la typologie des biocénoses benthiques de Méditerranée version 2, pour servir d’outil d’aide à l’identification et la conservation des habitats. Les habitats ont été décrits sur la base des descriptions existantes dans d’autres typologies complétées par les connaissances disponibles. Ce travail a également permis de mettre à jour la typologie pour suivre les évolutions taxonomiques des espèces caractéristiques, clarifier des libellés d’unité et supprimer un faciès. Toutes les fiches descriptives sont également disponibles en ligne sur les pages habitats de l’INPN.

Afin de répondre aux attentes de la DCE concernant l'évaluation de l'état écologique des masses d'eau de transition dont les lagunes font parties, l'Ifremer pilote le projet INPOLAG (2019-2021). Ce projet a pour objectif de développer un des indicateurs manquants aux exigences de la DCE : l'indicateur "Poisson en lagunes" adapté au contexte français. Pour cela, trois campagnes de terrain sont prévues pour la définition de cet indicateur. Ce rapport fait l'objet de l'analyse de la première campagne de terrain qui s'est déroulée en Automne 2019.

By the end of the 20th century, many of the coastal lagoons along the French Mediterranean coast showed insufficient water quality and degraded ecosystem states due to anthropogenic impacts. Among these, nutrient over-enrichment, resulting in eutrophication, has been a major concern. The EU Water Framework Directive (WFD) has initiated public action to improve their water quality and ecosystem state using an approach rooted in restoration ecology. Here we analyze how this has been applied for the coastal lagoons in South France, considering eutrophication as an example of ecosystem degradation and oligotrophication as the corresponding trajectory for ecological restoration of the eutrophied coastal lagoons. Oligotrophication trajectories, initiated by the reduction of external nutrient loading, have resulted in a quick recovery (i.e., within 3 years) of integrative water column variables (Chlorophyll a, total N and P) and phytoplankton. Starting from hypertrophic systems, the oligotrophication trajectory is described by a sequence of three ecosystem states dominated respectively by (i) phytoplankton with bare non-vegetated sediments, (ii) opportunistic macroalgae, (iii) angiosperm and perennial macroalgae, punctuated by regime shifts between these ecosystem states. Nevertheless, the latter regime shift has not been observed for the most degraded ecosystems after 10-years oligotrophication. The N and P accumulated in sediments during eutrophication may also retard the ecological restoration. In shallow freshwater lakes, the phytoplankton-dominated and the angiosperm-dominated states are also characteristic for highly degraded and fully restored ecosystems states, respectively. In contrast, opportunistic macroalgae do not bloom in these systems. Hence, the alternative stable state model, used successfully for these lakes, cannot be applied straightforwardly for coastal lagoons. To be successful, ecological restoration should consider the legislative and societal quest

Thau lagoon is a large Mediterranean coastal lagoons and it supports traditional shellfish farming activities. It has been subject to eutrophication leading to major anoxic events associated with massive mortalities of shellfish stocks. Since the 1970s, improvements have been made to wastewater treatment systems, which have gradually led to oligotrophication of the lagoon. The aim of our study was to determine how the decrease in nutrient inputs resulted in major ecological changes in Thau lagoon, by analysing five decades of time-series (1970–2018) of observations on pelagic and benthic autotrophic communities. We were able to identify two periods during the oligotrophication process. Period 1 (1970–1992) was considered a eutrophic period, characterised by the shift from seagrass dominance to dominance of red macroalgae. Period 2 (1993–2018), characterised by improved eutrophication status, was further divided into three: a transition phase (1993–2003) during which the water column continued to recover but the benthic community lagged behind in recovery and in partial resilience; a regime shift (2003–2006), after which the water column became oligotrophic and seagrass began to recover (2007–2018). Considering anoxia crises as indicators of ecosystem resilience and resistance, we used a generalised linear model to analyse meteorological and environmental data with the aim of identifying the triggers of summer anoxia over the study period. Among the meteorological variables studied, air temperature had the strongest positive effect, followed by the period and wind intensity (both negative effects) and by rainfall in July (positive effect). The risk of triggering anoxia was lower in period 2, evidence for the increasing resistance of the ecosystem to climatic stress throughout the oligotrophication process. At the ecosystem scale and in the long term perspective, the ecological gains related to oligotrophication are especially important in the context of climate chang

Shellfish aquaculture has the potential to alter benthic assemblage composition with subsequent modifications of ecosystem functioning. While the impacts of aquaculture on the taxonomic structure of macro- and — to a lesser extent — meiofauna, have been widely studied, the functional changes of these communities remain relatively unknown. The recent development of biological trait analysis (BTA) has made it possible to produce information about how ecosystem functioning could change across specific terrestrial or aquatic system. In the present study, we used a BTA in parallel with standard taxonomic analysis to evaluate how well the two approaches detected the potential influence of juvenile oyster culture on the benthic community in the French Mediterranean Thau Lagoon. Two sites were sampled under farm structures and compared with two reference sites beyond the influence of farming. This study is the first detailed parallel description of macro- and meiofauna (nematodes). A total of 118 and 41 taxa were determined for macrofauna and nematodes respectively. Some taxa were more abundant or exclusively observed under farm structures such as Chaetozone gibber and Neanthes acuminata for macrofauna and Daptonema fallax and Anticoma eberthi for nematodes. Overall, our results indicate that biological traits and functional indices both detected the impact of shellfish culture on benthic assemblages, whereas macrofauna taxonomic indices revealed no difference. Our results thus suggest that trophic and ecological groups are particularly good indicators of the effects of shellfish culture. This study confirms the relevance of the functional approach, and more generally of multi-index approaches, to detect the influence of aquaculture on benthic communities. Further work is required to test multiple traits in different regions and under different systems, but this work paves the way for environmental impact assessment using a trait based approach.

Seagrass meadows are currently known to be subjected to huge physical disturbances including boat moorings in shallow bays. We aimed to identify the impact of permanent swing mooring on the fast-growing seagrass Zostera marina in a mega-tidal area. Coupling the hydrodynamic MARS3D model to simulate mooring chain movements and in situ measurements of plant traits, we analyzed the structural responses of the eelgrass bed to scraping disturbance in the western English Channel (France). A comparison of the results with a reference site without any permanent swing boat mooring showed a significant impact on eelgrass structure (shoot density, leaf size, leaf dry weight), depending on the direction and distance from the mooring. Zostera marina was absent close to the mooring fixation point in three out of the four directions we evaluated. Beyond 5 m, the canopy height remained lower than in the reference site, most likely due to regular disturbances by mooring chains. Conversely, shoot density beyond 5 m was higher than in the reference site. This adaptive response counter-balanced the decrease in canopy height at these distances. The fluctuations of the structure of the eelgrass cover (number of shoots, leaf length) at a small spatial scale was clearly in accordance with the scraping intensity simulated by the MARS3D model. The tidal currents coupled to tidal amplitude variability imply a small-scale heterogeneous effect of permanent mooring on the benthic compartment, previously undetected by an aerial survey. The present results highlight the interest of coupling approaches so as to understand how physical pressure influences fast-growing species traits. The resulting important modifications could imply a more functional impact such as biodiversity loss and carbon sequestration, which is beyond the scope of the present paper.

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2018 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival en 2018 du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2013-2018 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; (2) appliquer des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la variabilité de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2018 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2013-2018 pour 7 masses d’eau en ce qui concerne les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau et pour 4 masses d’eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton. Quatre masses d’eau atteignent le bon état pour les deux compartiments colonne d’eau et phytoplancton (La Palme, Bages-Sigean, Ayrolle et Thau). L’application de méthodes statistiques adaptées (bootstrap, tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis) sur les données acquises de 2013 à 2018 ont permis : · d’évaluer la confiance accompagnant les diagnostics DCE des masses d’eau, · de mettre en évidence une tendance à l’augmentation des concentrations en nutriments sur 4 masses d’eau et une tendance à la diminution sur deux masses d’eau, · de mettre en évidence une tendance à l’augmentation des

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2016 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2011-2016 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; (2) construire un ou des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la variabilité de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2016 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2011-2016 pour 4 masses d’eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton et pour 7 masses d’eau en ce qui concerne les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau. L’application de méthodes statistiques (bootstrap, tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis) sur les données de biomasse phytoplanctonique acquises de 2000 à 2016 sur les étangs Palavasiens a permis de montrer l’intérêt du développement d’indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE. La méthode de boostrap proposée est pertinente pour évaluer la confiance accompagnant le diagnostic DCE. Par ailleurs, les tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis sont efficaces et complémentaires pour détecter précocement des tendances d’évolution et des années particulières au sein des plans de gest