Search

Background: Although many pathological changes have been associated with ischemic heart disease (IHD), molecular-level alterations specific to the ischemic myocardium and their potential to reflect disease severity or therapeutic outcome remain unclear. Currently, diagnosis occurs relatively late and evaluating disease severity is largely based on clinical symptoms, various imaging modalities, or the determination of risk factors. This study aims to identify IHD-associated signature RNAs from the atrial myocardium and evaluate their ability to reflect disease severity or cardiac surgery outcomes. Methods and Results: We collected right atrial appendage (RAA) biopsies from 40 patients with invasive coronary angiography (ICA)-positive IHD undergoing coronary artery bypass surgery and from 8 patients ICA-negative for IHD (non-IHD) undergoing valvular surgery. Following RNA sequencing, RAA transcriptomes were analyzed against 429 donors from the GTEx project without cardiac disease. The IHD transcriptome was characterized by repressed RNA expression in pathways for cell-cell contacts and mitochondrial dysfunction. Increased expressions of the CSRNP3, FUT10, SHD, NAV2-AS4, and hsa-mir-181 genes resulted in significance with the complexity of coronary artery obstructions or correlated with a functional cardiac benefit from bypass surgery. Conclusions: Our results provide an atrial myocardium-focused insight into IHD signature RNAs. The specific gene expression changes characterized here, pave the way for future disease mechanism-based identification of biomarkers for early detection and treatment of IHD. publishedVersion

Modern DNA sequencing technologies have opened up new possibilities to study bacteria. These methods have not only enabled the characterization of the genetic capacities of bacteria at previously unseen scale but have also provided a wealth of information about bacterial transcriptomes. In this thesis, sequencing and subsequent analysis approaches were applied to study Lactobacillus crispatus and Propionibacterium freudenreichii. Specifically, the aim was to uncover how these two Gram-positive species of human relevance can live in and interact with their environments. L. crispatus is a prominent member of the human vaginal flora and important for urogenital health. In this thesis, an annotated genome sequence was produced for L. crispatus ST1 and analyzed in conjunction with publicly available genome sequences of nine vaginal L. crispatus isolates. The common ortholog groups of the ten isolates captured approximately 57% of the ortholog groups of each isolate and provided a good estimation of the final set of core features of this central urogenital species. Notably, several of the detected L. crispatus core features were of putative relevance to vaginal health. Among these features was a previously characterized adhesin, which was in this thesis identified as a likely antagonist to the harmful vaginal bacterium Gardnerella vaginalis. Altogether, the study revealed a notable functional similarity between the L. crispatus strains and established the role of L. crispatus core proteins in maintaining vaginal health. P. freudenreichii, in turn, is an industrially important dairy culture. In this thesis, the cheese starter P. freudenreichii ssp. shermanii JS was subjected to transcriptome and genome sequencing to gain a deeper understanding of the role of this bacterium in industrial cheese ripening. The genome of strain JS encoded several enzymes and metabolic pathways involved in the formation of flavor compounds and was highly similar to those of the other P. freudenreichii strains. Transcriptome analysis of industrial cheese samples revealed nearly 15% of the 2,377 protein-coding genes of strain JS to be significantly differentially expressed between the warm and cold room ripening of cheese. Several of the flavor-associated genes exhibited higher expression levels in the warm compared to the cold room samples, corroborating the hypothesis that P. freudenreichii contributes more to the cheese flavor development during warm than cold room ripening. Automated function prediction of bacterial protein sequences greatly facilitated the genomics investigations of L. crispatus and P. freudenreichii in this thesis, providing functional descriptions for a majority of the predicted coding sequences of strains ST1 and JS. Moreover, re-annotation of the coding sequences of the nine publicly available vaginal L. crispatus isolates significantly increased the portion of the L. crispatus coding sequences with functional descriptions in the comparative genomics study of L. crispatus. The different methods varied in their prediction capabilities and were often complementary, supporting the use of more than one function prediction method in a bacterial genome project. Moreover, extremely strict thresholds in the homology searches were noted to unnecessarily restrict the pool of hits available for annotation transfer, hampering both the annotation quality and the fraction of coding sequences with a functional classification. Taken together, the utilized sequencing approaches coupled with suitable downstream analyses proved effective in deciphering the physiology of lactobacilli and propionibacteria and offered novel insights into the health-promoting properties of L. crispatus and flavor-forming capabilities of P. freudenreichii. Laktobasillit ja propionibakteerit ovat elintarvikkeiden hapattamisessa yleisesti käytettyjä ja luontaisesti ihmiselimistössä eläviä Gram-positiivisia bakteereja. Niitä on käytetty vuosisatoja esimerkiksi juustojen valmistuksessa ja niiden on viime aikoina huomattu vaikuttavan jopa ihmisterveyteen. Tämän väitöskirjatyön tavoitteena on ollut parantaa tietämystämme näistä kahdesta merkittävästä bakteeriryhmästä etenkin perimänluentamenetelmiä sekä laskennallisen biologian työkaluja hyödyntämällä. Erityisesti väitöskirjatyössä on keskitytty selvittämään emätinterveydelle merkittävän Lactobacillus crispatus -bakteerin perimän monimuotoisuutta sekä teollisuudessa käytetyn Propionibacterium freudenreichii -hapatebakteerin toimintaa juustokypsytyksen eri vaiheissa. L. crispatus -lajin perimän monimuotoisuutta selvitettiin kartoittamalla L. crispatus ST1 -kannan perimä ja analysoimalla se yhdessä yhdeksän muun julkisesti saatavilla olevan L. crispatus -lajiin kuuluvan kannan perimän kanssa. Kaikki analysoidut perimät olivat hyvin samankaltaisia ja keskimäärin noin 57% yksittäisen kannan geeniperheistä oli läsnä kaikissa muissa perimissä. Kaikille kymmenelle perimälle yhteisten geeniperheiden todettiin kuvaavan edustavasti tälle lajille ominaisia perimäjaksoja ja selittävän lajiin liitettyjä emätinterveyttä edistäviä vaikutuksia. Tutkimuksessa myös osoitettiin erästä tällaista yhteisen geenin ilmenemistuotetta vastaan tuotettujen vasta-aineiden pystyvän estämään emätinterveydelle haitallisena pidetyn Gardnerella vaginalis -bakteerin kiinnittymistä ihmissoluihin. Nämä löydökset viittaavat emätinterveyttä edistävien toimintamekanismien olevan tyypillisiä L. crispatus -lajille ja voivat luoda uusia mahdollisuuksia emättimen bakteeritasapainon häiriöiden hoitoon. Teollisesti merkittävää juustohapatebakteeria puolestaan tutkittiin kartoittamalla P. freudenreichii ssp. shermanii JS -kannan perimä ja selvittämällä löydettyjen 2377 geenin aktiivisuus teollisen juustokypsytyksen kahdessa eri vaiheessa. Tutkitun kannan perimä osoittautui hyvin samankaltaiseksi aiemmin julkaistujen P. freudenreichii -kantojen perimien kanssa ja siitä tunnistettiin useita juuston maun kehityksen kannalta olennaisia geenejä. Useaa näistä makugeeneistä ilmennettiin voimakkaammin juuston lämpöisessä tapahtuneen esikellaroinnin kuin sitä seuranneen viileässä tapahtuneen kellaroinnin aikana. Nämä tulokset valottavat P. freudenreichii -bakteerin roolia juustokypsytyksessä ja korostavat erityisesti sen esikellaroinnin aikaisten toimintojen merkitystä juuston maulle. Yllä kuvatuissa perimäanalyyseissä hyödynnettiin laskennallisia menetelmiä ennustettujen geenien toiminnan luokittelemisessa. Näiden menetelmien avulla oli mahdollista ennustaa valtaosalle ST1- ja JS-kantojen geeneistä toimintakuvaus. Tämän lisäksi laskennallisen biologian menetelmiä hyödyntämällä pystyttiin tuottamaan tutkimukseen sisällettyjen julkisten L. crispatus -bakteerien perimien sisältämille geeneille aiempaa korkealaatuisempia toimintakuvauksia. Koska käytetyt laskennalliset menetelmät tuottivat usein toisiaan täydentäviä toimintakuvauksia, parhaat tulokset saavutettiin hyödyntämällä useaa menetelmää ja yhdistelemällä menetelmien tuloksia. Lisäksi käyttämällä löyhempiä kynnysarvoja sekvenssivertailutuloksien käsittelyssä pystyttiin luokittelemaan suurempi joukko geenejä kuin tiukkoja kynnysarvoja käyttämällä ilman että kuvausten laatu merkittävästi heikkeni. Tässä väitöskirjatyössä käytetyt menetelmät osoittautuivat tehokkaiksi ja käytännöllisiksi työkaluiksi laktobasillien ja propionihappobakteerien tutkimuksessa. Lisäksi esitetyt tutkimustulokset edistävät huomattavasti tietämystämme L. crispatus -bakteerin emätinterveydelle merkittävistä ominaisuuksista ja P. freudenreichii -bakteerin toiminnasta juuston valmistuksessa.