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En Méditerranée, des campagnes de surveillance sont mises en oeuvre tous les 3 ans depuis 2006 pour répondre aux objectifs de surveillance des eaux côtières et de transition. Ce rapport présente en détail les résultats des campagnes de suivi de l’état des macrophytes dans les masses d’eau de transition (MET) lagunaires, réalisées en 2016, 2017 et 2018, intégrées à l’état des lieux DCE 2018.

Avis portant sur la compatibilité du projet de mise en place de filières de captage de moules avec les enjeux de dissémination de l'algue invasive Gracilaria vermiculophylla dans l'étang de Berre

OBJECTIF DU PROGRAMME - L’objectif de ce projet sur la réimplantation d’herbiers de phanérogames est d’étudier la faisabilité technique et la définition des conditions optimales de réimplantation des herbiers, à petite échelle dans un premier temps (14 m2par site). Les conclusions de cette étude permettront d’étudier la pertinence de poursuivre sur une seconde phase à plus grande échelle. Trois lagunes, caractérisées par un niveau d’eutrophisation compatible avec la réimplantation d’herbiers, ont été sélectionnées pour le projet : l’étang d’Ingril, l’étang de Thau et l’étang de Bages-Sigean .

Dans le cadre du Réseau de Suivi Lagunaire, des images vidéo géoréférencées par caméra tractée ont été réalisées dans trois lagunes de Méditerranée : Thau, Leucate et Ingril avec la collaboration de l'équipe d'Ifremer/Toulon qui assure le développement technique de l'outil d'acquisition d'images dans le cadre du projet « Prisme ». L'objectif est de déterminer la faisabilité technique en lagune puis d'optimiser l'exploitation des données. Ce rapport présente les résultats de la mise en œuvre de la caméra tractée, du rejeu des images et de la représentation cartographique des données sous SIG. Ces expérimentations ont permis de définir une typologie d'utilisation de la vidéo tractée en lagune: - Recouvrement végétal, - Cartographie d'herbier, - Grand type de peuplement. Des propositions d'améliorations pour l'acquisition des images et l'exploitation des données sont élaborées à l'issue de ce travail.

In the first volume dystrophie crisis in the Thau lagoon since 1969 are described. In the second volume, meteorological parameters (temperature, wind, atmospheric pressure) are compared during the dystrophie crisis to show if either one or several parameters could explain the emergence of these phenomena . It seems that only a mathematical model could be able to give explanation., Le tome 1 décrivait les malaïgues observées dans l'étang de Thau depuis 1969. Dans le tome 2 sont analysés différents paramètres météorologiques (températures, vents, pressions atmosphériques) au moment de l'apparition des malaïgues dans le but de mettre en évidence un ou plusieurs paramètres susceptibles d'expliquer l'apparition de ces crises dystrophiques. Les méthodes employées ne permettent de faire ressortir aucun facteur particulier. Seul un modèle mathématique pourrait apporter des éclaircissements.

The Thau Lagoon, from time to time is the area of crisis locally called « malaïgues ». The characteristics of these « malaïgues » are the lack of oxygen interesting all the water column and the white color of the waters during the phenomena. The result of this anoxy is the death of cultivated molluscs. From 1969 to 2000 nine « malaïgues » have been observed. They occur during the Summer period but in different locations. The surface of the areas concerned are very different according the year. Different means of struggle have been tried and are described., L’étang de Thau est, certaines années, le siège de crises appelées localement « malaïgues ». Ce phénomène est caractérisé par une anoxie pouvant intéresser toute la tranche d’eau. Ces eaux peuvent alors prendre une couleur blanche. Cette absence d’oxygène entraîne une mortalité plus ou moins importante des coquillages en élevage. Les « malaïgues » recensées et décrites sont au nombre de 9. Elles se produisent toutes en été mais n’ont pas la même localisation ni la même importance. Différents moyens de lutte ont été expérimentés et sont décrits.

La densité d'élevage des mollusques est un des facteurs importants qui conditionnent la qualité de la production. Dans le bassin de Thau, une réflexion est actuellement en cours pour mettre en place un schéma des structures encadrant les pratiques conchylicoles de manière à améliorer et régulariser la qualité des huîtres. L'objectif de ce travail est de proposer, sur la base de données les plus objectives possibles, des recommandations en terme de densité d'élevage qui permettraient d'éviter une surcharge aussi bien locale que globale sur le bassin. Une première étude a consisté à réaliser une expérience, à l'échelle d'une table d'élevage, pour tester l'influence de la densité de population sur la croissance et la qualité de l'huître creuse (Crassostrea gigas) élevée en suspension par collage sur cordes dans le bassin de Thau. Les résultats ont montré que la croissance pondérale des huîtres et les indices de condition, choisis pour représenter la qualité des huîtres, étaient affectés pat· le nombre de cordes : ralentissement de la croissance et huîtres moins "pleines" avec un nombre croissant de cordes. En revanche, nous n'avons pas mis en évidence d'effet significatif du nombre d'huîtres par corde sur la croissance et la qualité des huîtres durant l'expérience. Cette étude permet de proposer, pour cette table particulière, des mesures de limitation de densité en termes de nombre de cordes par table, charge et longueur de ces cordes, de manière à obtenir une qualité optimale des huîtres en élevage. L'extension des recommandations à l'échelle de l'ensemble du bassin a nécessité l'utilisation de résultats issus d'études complémentaires : estimation de la qualité de la production in silu et commercialisée par les ostréiculteurs, évaluation des stocks en élevage et de la variabilité spatiale de la croissance. De plus, la nécessité de prévention des crises anoxiques a conduit à moduler certaines recommandations. Une description de la qualité des huîtres produites dans le bassin de Thau a montré des disparités en fonction des techniques d'élevage et des zones de production. Les indices de qualité des huîtres détroquées ou "en pignes" sont en moyenne inférieurs à ceux des huîtres collées. Une extension des élevages d'huîtres collées devrait améliorer la qualité globale des huîtres du bassin. La qualité des huîtres aussi bien en taux de remplissage qu'en qualité de coquille est en moyenne inférieure en zone de Bouzigues. La qualité de coquille est affectée par un phénomène de chambrage à gélatine est caractéristique d'une pollution par les peintures antisalissures au tributylétain (TBT). Ce chambrage est d'autant plus important que le port de Sète est proche. Les problèmes de qualité en terme de taux de remplissage pourraient en revanche provenir d'une surcharge des élevages, particulièrement en zone de Bouzigues. Ces résultats confirment la nécessité de réguler les densités d'élevage. L'ensemble des éléments dont nous disposons à l'heure actuelle permet de préconiser des mesures de limitation de densité pour l'ensemble du bassin et pour les diverses techniques d'élevage. Elles concernent le nombre de cordes par tables, leur charge et leur longueur.

We grew Pacific oysters (Crassostrea gigas) in a French Mediterranean coastal breeding area, the Thau lagoon, to examine the influence of stocking density on their growth and quality (i.e. condition index and biochemical composition). Oysters were reared on ropes suspended on a culture table for 15 months between March 1999 to June 2000 at 8 different densities involving two cross factors: the number of ropes per square (NR, i.e. 30, 50,65 and 100 ropes) and the number of oysters per rope (NO, i.e. 78 and 120 oysters). Environmental variables (temperature, salinity, dissolved O2) and trophic conditions (chlorophyll a, suspended particulate matter) were estimated fortnightly to characterise conditions prevailing inside as well as around the experimental table. Growth in total wet mass, shell mass, and wet and dry flesh mass was negatively affected by the number of ropes per square (NR), but not by NO. Condition index (Walne & Mann's index, AFNOR) were also influenced by the stocking density, i.e. the number of ropes per square (NR). Oysters exhibited a lower condition index at high (65 and 100 ropes per square) than at low NR (30 and 50). But, the growth in oyster shell lenght and their biochemical composition (carbohydrate, lipid and protein contents) did not change among the density treatments. Water temperature, salinity, dissolved O2 were found to be homogeneous around the experimental table. The available food for oysters, however, varied significantly around the experimental table which may account for the increasing growth gradient observed between the NW and the SE position on the table. We provide evidence for small-scale patterns of density-dependent growth and quality of C. gigas in Thau. But further predictions of density effects at the basin-scale are still needed. A population dynamics model for the bivalves cultivated in Thau is presently tested and will be useful to assess density effects at the scale of the whole basin culture. Our results, however, suggest that shellfish producers who are concerned about the quality of oysters in Thau should limit the rearing density to preserve and optimise the Mediterranean oyster production., Nous avons réalisé une expérience pour tester l'influence de la densité de population sur la croissance et la qualité de l'huître creuse (Crassostrea gigas) élevée en suspension par collage sur cordes dans le bassin de Thau. Des huîtres ont été mises en élevage pendant 15 mois, de mars 1999 à juin 2000, sur une table expérimentale située dans une zone du bassin habituellement qualifiée de "moyenne" en terme de performances de croissance. Sur cette table divisée en 20 carrés de 5 m de côté, huit densités d'élevage par carré ont été testées, en faisant varier le nombre de cordes par carré (NC = 30, 50, 65 et 100 cordes) et le nombre d'huîtres par corde (NH = 78 et 120 huîtres). Un suivi de croissance des huîtres a été couplé à l'enregistrement bimensuel des caractéristiques physicochimiques et trophiques régnant autour et à l'intérieur de la table expérimentale. Les résultats ont montré que la croissance pondérale des huîtres (poids de chair humide et sèche, poids total humide et poids de coquille) était affectée par le nombre de cordes par carré (NC) et ralentissait avec un nombre croissant de cordes. Par ailleurs, la croissance des huîtres, quelle que soit la variable utilisée pour la caractériser, n'était pas homogène d'un endroit à l'autre de la table. Elle s'est révélée meilleure au large (position SE de la table) qu'à terre (position NW) selon un gradient conforme aux disparités observées dans la répartition de la ressource trophique (seston principalement) autour de la table expérimentale. Les deux indices de condition, choisis pour représenter la qualité des huîtres (indices de Walne et Mann et indice Afnor), ont également été affectés par le nombre de cordes par carré: à forte densité (nombre élevé de cordes par carré), les huîtres se sont révélées moins "pleines" qu'à faible densité. En revanche, la composition biochimique des huîtres (teneur en protéines, lipides, glycogène et sucres totaux de la chair d'huîtres) n'a pas varié avec la densité d'élevage. Enfin, nous n'avons pas pu mettre en évidence d'effet significatif du nombre d'huîtres par corde (NH) sur la croissance et la qualité des huîtres durant l'expérience. Cette étude a permis de vérifier et de quantifier l'influence de la densité d'élevage en terme de nombre de cordes par carré au niveau d'une table conchylicole du bassin de Thau. Elle montre qu'à l'échelle d'une table d'élevage, il est important de contrôler la densité (nombre de cordes par carré) pour éviter qu'elle n'ait des effets négatifs sur la croissance et la qualité des huîtres. Ce résultat devrait constituer un point important pour l'établissement d'une politique de maîtrise de la charge en élevage à Thau. Par ailleurs, grâce aux outils de modélisation actuellement mis au point et avec des données complémentaires sur les performances de croissance des huîtres dans les différentes zones conchylicoles, il devrait être possible de prévoir l'effet de la densité à l'échelle du bassin d'élevage.

Synthèse des travaux antérieurs : Depuis 1970, l’I.S.T.P.M. puis l'IFREMER (Equipe Diversification Conchylicole en Mer Ouverte, puis Laboratoire Conchylicole de Méditerranée) ont effectué de nombreux travaux pour tenter de développer la culture locale de l'huître plate. La problématique de cette filière d'élevage, pour laquelle existe une demande importante, se situe à deux niveaux : l'approvisionnement en naissain et la mortalité durant l'élevage dans l'étang de Thau. Pendant la période 1982-1991 : les études ont porté essentiellement sur l'approvisionnement en naissain, avec l'évaluation du potentiel offert par le captage naturel. Une attention particulière a été également portée à la définition des structures et des supports les mieux adaptés aux conditions méditerranéennes. Cependant, l'exploitation de cette filière s'est révélée décevante, avec des résultats aléatoires et des rendements utiles souvent faibles, induisant des coûts de main d'œuvre et de moyens à la mer trop élevés. Le captage naturel ne semble pas intégrable dans une stratégie d'exploitation commerciale autrement que comme un complément. De 1990 à 1993 : les objectifs ont été de s'affranchir des aléas du captage naturel en appliquant à cette espèce la technique du télécaptage, déjà utilisée pour l'huître creuse. Faute de trouver les larves œillées nécessaires en production commerciale, des installations expérimentales d'écloserie et d'élevage larvaire ont été réalisées à la Station IFREMER de Palavas. Le bilan de ces trois années d'expérimentation fait ressortir la faisabilité du télécaptage sur l'huître plate, malgré des rendements à la fixation faibles (l0 à 20 %) et l'impossibilité de fournir des larves viables sur une partie de l'année. Parallèlement à ces études, les efforts ont porté sur la définition d'un parcours d'élevage optimal, permettant de combiner les possibilités offertes par la mer ouverte et l'étang de Thau. En 1994 et 1995 : les expérimentations ont porté sur la maîtrise du calendrier des émissions larvaires, à partir d'un stock de géniteurs conservé à basse température et en alimentation réduite, dans le but de ralentir leur métabolisme et de bloquer la maturation sexuelle. Les lots d'animaux conditionnés ensuite par remontée progressive de la température et du niveau de rationnement alimentaire, selon un calendrier programmé de mars à novembre, ont permis d'obtenir des larves viables présentant un niveau de réserves biochimiques considéré comme compatible avec un élevage. A partir de 1996 : le problème de la mortalité des élevages a été abordé au travers du suivi de 4 lots d'huîtres plates mis en place sur des tables de production réparties dans les trois zones conchylicoles. Les premiers résultats ont mis en évidence une infestation par Bonamia, parasite spécifique de l'huître plate, dans des proportions différentes selon les sites, ainsi qu'une relation des pics de mortalité avec les variations brutales de la température. Programme de recherche des causes de mortalité : L'étude menée en 1997-1998 dans le cadre du programme diversification des élevages en Languedoc Roussillon a permis de mieux cerner les causes de mortalité et de proposer une stratégie d'élevage pour cette espèce. L'hypothèse de l'influence des brusques montées en température, à un moment du cycle où les huîtres sont fragilisées par l'effort de reproduction, semble confirmée, alors que le parasite Bonamia n'aurait qu'un rôle secondaire. Un parcours d'élevage mixte mer-étang est proposé pour éviter les conditions défavorables de l'étang de Thau en été. Un test sur différentes souches d'huîtres plates a montré que la souche locale de Méditerranée est mieux adaptée aux conditions environnementales de Thau. Ces travaux laissent donc penser qu'une production de naissain d'écloserie à partir de cette souche fournirait un matériel favorable à la production d'huîtres plates en Languedoc Roussillon.

L'expérimentation mise en œuvre dans l'étang de Thau a permis de comparer, à une échelle la plus proche possible de celle des exploitations commerciales, les performances zootechniques d'une population d'huîtres triploïdes à celles d'une population témoin diploïde d'écloserie ainsi qu'à celles d'une population issue du captage naturel. Le gain moyen de poids total sur 6 mois entre février et septembre 1998 est respectivement de 100, 70 et 62 g pour les huîtres triploïdes, diploïdes témoins d'écloserie et diploïdes naturelles, confirmant la nette supériorité de croissance des huîtres triploïdes. Du point de vue de la qualité de la chair, le taux de remplissage des triploïdes est resté moyen (indice AFNOR de 8 à 10) comparable à celui des diploïdes témoins et intérieur à celui des huîtres de captage. La maturation sexuelle des triploïdes a été réduite et leur taux de glycogène est resté supérieur à celui des autres populations durant la période estivale. Les résultats d'une analyse sensorielle effectuée en été, au moment où les huîtres diploïdes sont en gamétogenèse avancée, montrent que les huîtres triploïdes se sont révélées plus présentables et plus goûteuses que les huîtres diploïdes. Ces résultats confirment l'intérêt de ces huîtres en production complémentaire, sur le marché estival local, sous réserve de quelques aménagements des calendriers d'élevage. Il ressort également de cette étude que des travaux complémentaires seraient à mener, notamment en ce qui concerne l'amélioration de la qualité de la coquille.

Depuis 1991, différents aspects de l'élevage de l'huître plate Ostrea edulis ont été étudiés dans le cadre des programmes de Diversification Conchylicole de la Station IFREMER de Palavas. Après avoir abordé successivement le potentiel du captage naturel, la technique du télécaptage, la mise au point d'un parcours d'élevage mixte mer-étang et le cycle de reproduction de cette espèce dans le milieu naturel, les travaux ont porté, en 1994, sur le contrôle de la maturation en captivité et la maîtrise du calendrier des émissions larvaires. Les mêmes expérimentations, répétées en 1995, ont été complétées par des essais portant sur la compression du cycle de reproduction. Une installation thermorégulée de conditionnement en circuit fermé a permis d'obtenir un décalage retard des émissions larvaires jusqu'en novembre, sans dégradation des caractéristiques biométriques et biochimiques des larves. Les élevages larvaires de validation ont permis de démontrer la viabilité des larves émises tardivement, mais ont mis en évidence la difficulté de maîtriser la technique d'élevage larvaire en s'affranchissant des conditions environnementales. La compression du cycle de reproduction, basée sur le raccourcissement de la période de reconstitution des produits gonadiques par vernalisation des géniteurs, n'a pas donné de résultats probants.

Afin de vérifier sur un site régional la présence d'une qualité d'eau de mer permettant la réalisation d'élevages larvaires d'huîtres creuses Crassostrea gigas (et/ou d'huîtres plates Ostrea edulis) sur une base régulière tout au long de l'année, une série d'élevages comparatifs a été réalisée à la Station IFREMER de Palavas, de mars 1995 à septembre 1995. Le matériel biologique nécessaire à cette comparaison est constitué de larves d'huîtres creuses Crassostrea gigas et en algues unicellulaires provenant de l'éc1oserie commerciale de la SATMAR. Les résultats obtenus démontrent la capacité de l'eau de mer du site étudié sur Leucate à supporter la production de larves d'huîtres creuses compétentes à se métamorphoser et à se fixer. Cette étude s'inscrit dans la démarche de la Région Languedoc-Roussillon et du CEPRALMAR visant à favoriser l'implantation d'une écloserie de production de Mollusques Bivalves sur le littoral méditerranéen.

Depuis 1991, différents aspects de l’élevage de l’huître plate Ostrea edulis ont été étudiés dans le cadre des programmes de Diversification Conchylicole de la Station IFREMER de Palavas. Après avoir abordé successivement le potentiel du captage naturel, la technique du télécaptage, la mise au point d'un parcours d’élevage mixte mer-étang et le cycle de reproduction de cette espèce dans le milieu naturel, les travaux ont porté, en 1994, sur le contrôle de la maturation en captivité et la maîtrise du calendrier des émissions larvaires.Ces travaux se sont déroulés dans le cadre d’un contrat de recherche, établi pour 1994 et 1995, entre IFREMER et la Région LANGUEDOC-ROUSSILLON (CEPRALMAR).Une installation thermorégulée de conditionnement en circuit fermé a permis d’obtenir un décalage retard des émissions larvaires jusqu’en novembre, sans dégradation des caractéristiques biométriques et biochimiques des larves. Les élevages larvaires de validation ont permis de démontrer la viabilité des larves émises tardivement, mais ont mis en évidence la difficulté de maîtriser la technique d’élevage larvaire en s’affranchissant des conditions environnementales.

This fifth part of the polyploidisation program reports the experiments that were conducted in 1993 and that were devoted to : - monitoring growth performance of Ostrea edulis diploids and triploids in La Trinité sur Mer and Palavas - monitoring growth performance of Crassostrea gigas diploids and triploids in Port en Bessin, Marennes Oleron (2 locations), Arcachon and Palavas - comparative study of gametogenesis for C. gigas diploids and triploids - comparative study of C. gigas diploids and triploids using sensorial analysis At the end of fifth year, it was clear that triploids are advantageous although such a statement must be moderated according to locations. The gametogenesis stydy showed that triploidy is associated with partial to complete sterility. The inconclusive results of the sensorial analysis still have to be confirmed, Cinquième volet du programme de polyploïdisation de mollusques bivalves, ce rapport présente les actions et les résultats de l'année 1993 qui a été consacrée: - au suivi des performances de croissance de populations diploïdes et triploïdes d'Ostrea edulis à La Trinité sur Mer et à Palavas - au suivi des performances de croissance de populations di et triploïdes de Crassostrea gigas à Port en Bessin, Marennes Oléron (en claire et sur estran), à Arcachon et à Palavas - à l'étude de la gamétogenèse comparée de diploïdes et de triploïdes de C. gigas - à l'étude comparée par analyse sensorielle de diploïdes et de triploïdes de C. gigas Au terme de cette cinquième année d'étude, les différences de performances entre les diploïdes et les triploïdes apparaissent de façon nette, la supériorité des triploïdes est variable selon les localités. L'étude de la gamétogénèse montre que la triploïdie s'accompagne d'une stérilité partielle à totale. Les résultats, non concluants, de l'analyse sensorielle demandent à être confirmés ou infirmés sur des huîtres plus âgées.

The feasability of the flat oyster Ostrea edulis culture development in the Languedoc-Roussillon Region has been studied at the Ifremer Station of Palavas, and aimed to diversify the cultured species and techniques commonly used in this region. Natural spat collection and the remote-setting technique were assessed as possible spat supply sources. The further steps of the cultivation cycle were carried out either on off-shore bottom culture facilities for nursery., La possibilité de développer l'élevage de l'huître plate Ostrea edulis dans la Région Languedoc-Roussillon a été étudiée à la Station Ifremer de Palavas, dans un objectif de diversification des espèces et des techniques conchylicoles utilisées dans cette région. Le problème de l'approvisionnement en naissains a été abordé sous le double aspect du captage naturel et de l'utilisation de la technique du télécaptage. Le reste du parcours d'élevage a été réalisé, soit en mer ouverte pour la nurserie.

This fourth part of the polyploidisation program reports the experiments that were conducted in 1992 and that were devoted to : - the acquiring of a new method using an epifluroescent microscope - the development o a new technique for inducing polyploidy - the triploidy induction for the Europena clam Ruditapes decussatus - the settlement of performance controls conducted on diploid and triploid populations of Ostrea edulis - results of performance controls conducted on diploid and triploid populations of Crassostrea gigas and Ruditapes philippinarum, Quatrième volet du programme de polyploïdisation de mollusques bivalves, ce rapport présente les actions et les résultats de l'année 1992 qui a été consacrée à : - l'acquisition d'une technique de microscopie à épifluorescence - la mise au point d'une nouvelle technique d'induction de la polyploïdie - l'induction de la triploïdie chez la palourde indigène Ruditapes decussatus - la mise en place du contrôle de performances pour les populations diploïdes et triploïdes d'Ostrea edulis - les résultats des contrôles de performances pour les populations diploïdes et triploïdes de Crassostrea gigas et Ruditapes philippinarum

Cette réunion des membres du Réseau Génétique Mollusques avait pour objet de faire un bilan provisoire des actions en cours et surtout de mettre en place les protocoles et les calendriers du début de l'année 1994. La première demi-journée a été réservée à un exposé de Yamama NACIRI sur les bases de la Génétique Quantitative et ses applications dans le cadre des programmes de sélection des mollusques.La deuxième demi-journée a été consacrée au bilan des actions de 1993. Les représentants de chaque site, intervenant dans une opération du réseau en 1993, ont fait une présentation orale de leurs résultats. Un résumé de chaque intervention vous est fourni dans ce document. Il est important de souligner que tous ces bilans sont provisoires, en premier lieu parce que toutes les analyses biochimiques et les contrôles de ploïdie par imagerie numérique ne sont pas achevés, et que d'autre part, les contrôles des performances des populations diploïdes et triploïdes doivent se poursuivre en 1994. En conséquence, il serait hasardeux de statuer sur les avantages ou les inconvénients de la triploïdie sans avoir un suivi complet sur deux années. Actuellement seul le site d'Arcachon, où l'impact de la reproduction a été le plus fort, présente dès la première année des différences significatives entre diploïdes et triploïdes. Ces observations ne sont pas surprenantes puisque les performances des triploïdes ne deviennent théoriquement supérieures à celles des diploïdes, qu'après une réelle période de reproduction. Rappelons que selon Héral & Deslous-Paoli (1989), le poids des gamètes représente 7% de celui de la chair pour l'huître de 1 an, 60% pour celle de 2 ans et 80% à 3 ans. Les présentations ont portées sur: • Bilan des expériences réalisées dans le cadre du programme sélection huître plate Ostrea edulis. • Bilan des expériences réalisées dans le cadre du programme CEE-AIR1 sur l'induction de la triploïdie par rétention du premier ou du deuxième globule polaire. • Recherche de marqueurs génétiques: ~ Clonage et identification de marqueurs génétiques hypervariables (microsatellites) chez Ostrea edulis. ~ Déterminisme génétique du polymorphisme de la pigmentation chez Ruditapes philippinarum. . • Bilan de l'acclimatation et des essais d'hybridation de Crassostrea virginica. • Le prégrosssissement de juvéniles en nurserie intensive. • Bilan de l'acclimatation et des essais d'hybridation de Crassostrea virginica. • L'influence de la polyploïdisation sur les performances de l'huître creuse élevée à différents niveaux trophiques. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître plate Ostrea edulis en site profond. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître creuse Crassostrea gigas en site profond. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître creuse Crassostrea gigas sur estran. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître creuse Crassostrea gigas en claire et sur estran. • Bilan des expériences réalisées dans le cadre du programme sélection huître plate Ostrea edulis. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître plate Ostrea edulis en site profond. • Contrôle des performances biologiques de populations diploïdes et triploïdes d'huître creuse Crassostrea gigas sur estran. Après un tour de table destiné à faire le bilan du matériel biologique encore vivant dans chaque site, la troisième demi-journée a été consacrée à l'élaboration du calendrier et des protocoles pour l'année 1994.

Mud blisters related to the Parasite worm Polydora or to the presence of TBT in the Thau Basin waters depreciate the market value of the oysters produced in this lagoon. A solution to this problem was searched by immersing during 1 to 3 months the oysters in the open sea before being marketed, this shell improvment operation being called "affinage en mer". The objective or this study carried out over 2,5 months in automn '1991 was to quantify possible differences, biometrical or biochemical, between oyster immersed for "affinage" on bottom open-sea structures, or remained for a normal cultivation .in the Thau lagoon. No significant differences were measured, although the external aspect of shells was modified for open sea oysters. Complementary studies at other seasons of the year should be necessary to assess the possible interest of this operation., L'existence de chambrages liés au ver Polydora ou à la présence de TBT dans l'étang de Thau constitue pour la production ostréicole de ce bassin un argument commercial défavorable. Une solution à ce problème a été recherchée en soumettant, avant leur commercialisation, des huîtres élevéës dans l'étang de Thau à une immersion de 1 à 3 mois en mer ouverte, dénommée "affinage en mer". Au cours de cette étude réalisee sur 2,5 mois à l'automne 1991, il n'a pas été possible de quantifier de différences significatives au niveau de la biométrie et de la biochimie entre un lot d'huîtres affinées en pleine mer et un lot équivalent normalement élevé en étang. L'aspect extérieur des coquilles est cependant modifié en pleine mer, et il serait souhaitable de reprendre cette étude à d'autres périodes de l'année plus propices à révéler les possibles avantages de l'affnage en mer

To meet the demand of the Region Languedoc-RoussiIlon for developing the culture of the european flat oyster Ostrea edulis as a diversification of traditional and off-shore bivalve molluscs cultivation techniques, a first series of experiments on the remote-setting of this species was conducted at the IFREMER Station of Palavas. The objective was to adapt this technique, mainly utilized with the cupped oyster Crassoslrea gigas, to the flat oyster in the Mediterraean conditions, and to assess the growtfi performances of the spats and juveniles supplied through this method. The trials concerned the production of pediveligers, the settlement in controlled conditions, the nursery and pre-growing stages performed on off-shore culture bottom containers, yielding juveniles further grown-out either with the traditional suspension technique in coastal lagoons, or on off-shore bottom facilities., Pour répondre à la volonté régionale en Languedoc-Roussillon de développer l'élevage de l'huître plate en diversification des techniques utilisées en mer ouverte ou dans les étangs côtiers, une première série d'études sur le thème du télécaptage d'Ostrea edulis a été réalisée à partir de 1991 à la Station Ifremer de Palavas. L'objectif était d'adapter cette technique du télécaptage, pratiquée essentiellement sur l'huître creuse Crassostrea gigas, à l'huître plate dans les conditions méditerranéennes, et d'établir les performances de cette méthode d'approvisionnement en naissains et juvéniles aux différentes étapes du cycle d'élevage effectué soit en mer ouverte, soit en étang. Les essais ont porté sur les techniques d'obtention de pédivéligères, sur la fixation en conditions contrôlées sur différents types de collecteurs, sur l'étape de nurserie en mer conduisant à l'opération de détroquage, enfin sur la phase de prégrossissement permettant d'obtenir un produit utilisable pour la poursuite de l'élevage en grossissement sur structures de fond en mer, ou en culture traditionnelle en suspension en étang.

Le programme de sélection de l'huître plate a été initié en 1985 par des pathologistes de la Tremblade. La sélection ne portait que sur le seul critère de tolérance des huîtres plates au parasite Bonamia ostreae et correspondait plus à un outil pour étudier divers aspects de la parasitose qu'un un programme d'amélioration génétique visant la relance de la culture de l'huître plate. Dans le cadre du réseau REGEMO, ce programme a ensuite été repris par les généticiens de l'Ifremer : 1) rappel historique et définition d'un vocabulaire commun à l'ensemble des membres du réseau REGEMO. 2) Inventaire et bilan des opération menées ou en cours ( sur la dernière génération de sélection produite ne 1995, sur le matériel issu de cette génération et produit en 1997. 3) Définition des actions à mettre en oeuvre pour la suite du programme (gestion des cheptels en sélection, plans de croisement et actions de recherche)

Dans le contexte de la mise en œuvre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) dans les lagunes méditerranéennes, un diagnostic de la qualité des peuplements de macrophytes est effectué tous les trois ans. Certaines lagunes du bassin Rhône Méditerranée et Corse sont caractérisées par des profondeurs importantes, qui peuvent constituer une limite naturelle au développement des espèces de référence, dont les herbiers de zostères et de cymodocées représentent la part la plus importante en terme de recouvrement. L’objectif de ce rapport est d’analyser les diagnostics des macrophytes et l’impact des stations profondes de plus de 5 mètres sur la qualité des diagnostics pour les étangs de Ponant, Diana, Urbino, Thau et Berre. Cette analyse est complétée par des références bibliographiques sur le recouvrement des herbiers dans ces lagunes. L’analyse des diagnostics DCE des macrophytes et des données issues de la bibliographie permet de proposer des évolutions dans la stratégie spatiale d’échantillonnage des macrophytes pour les étangs de Diana, Urbino et Berre.

Guide de reconnaissance et de suivi des principales espèces de macrophytes dans les lagunes du Languedoc-Roussillon. Les lagunes du Languedoc-Roussillon sont étudiées depuis plusieurs années par le laboratoire Ifremer de Sète dans le cadre du RSL (Réseau de Suivi Lagunaire; http://rsl.cepralmar.com). Plusieurs compartiments (chimique et biologique) sont suivis pour étudier la principale pression qui s’exerce sur les lagunes : l’eutrophisation. Les peuplements de macrophytes présents dans les lagunes sont un bon indicateur de la qualité du milieu vis à vis de l’eutrophisation. Une méthode de suivi par les macrophytes est développée, qui nécessite la reconnaissance des espèces. Le guide de reconnaissance des macrophytes, destiné aux techniciens et aux gestionnaires des lagunes, a pour vocation d’être un support d’aide à la reconnaissance des espèces. Il s’inscrit dans une série de 3 guides (avec la note technique sur les flux d’azote et de phosphore en sortie de station d’épuration et le guide eutrophisation) réalisés pour valoriser les connaissances acquises dans le cadre des suivis du RSL. Le guide comporte deux parties : • Un chapitre de connaissance générale sur les macrophytes, leur biologie, leur écologie et les différentes méthodes de suivi des macrophytes. • 41 fiches de description des espèces de macrophytes parmi les plus fréquentes dans les lagunes. Les fiches de description des espèces sont illustrées de photos sous-marines, de photos de détails illustrant les éléments importants et de photos microscope quand cela est nécessaire à la reconnaissance.

Increased nitrogen and phosphorus inputs from watersheds, especially since the 1960s with the increased anthropogenic activities is recognized as a major cause of environmental degradation of coastal ecosystems. On the Mediterranean coast, lagoons are particularly affected by the eutrophication leading to significant changes in ecosystem structure, functioning and services. Since 2000, the “Région Languedoc-Roussillon”, the “Agence de l’Eau Rhône Mediterranée & Corse” and Ifremer developed a lagoon monitoring network (RSL) focusses upon eutrophication to assess and monitor status of 24 lagoons of Languedoc-Roussillon and Corsica. Many actions on watershed led to a significant reduction of nutrient inputs. However, the time required to restore these degraded environments to achieve good ecological status under the Water Framework Directive (WFD) is unknown. Coastal restoration is characterized by a hysteresis, i.e. a partial or complete restoration involving different processes and generally longer than the rapid degradation mechanisms. This hysteresis is due to a complex ecosystem functioning involving all physical, chemical and biological processes that play a role in the matter cycles. In a lagoon, the recovery time will depend on: - the structure and functioning of the communities - the release of nitrogen and phosphorus implicated as the internal load - the ability to export the excess nitrogen and phosphorus to the open areas. Aims of the study : - to characterize and quantify the main nutrient flows participating in the reduction of internal nitrogen and phosphorus content in Mediterranean lagoons - to improve the parametrization of mathematical models - to define dynamic restoration scenarios of eutrophised Mediterranean lagoons

Le Réseau de Suivi Lagunaire (RSL), qui permettait d’évaluer l’état vis-à-vis de l’eutrophisation des lagunes du Languedoc-Roussillon, a pris fin en 2013. Une campagne DCE d’évaluation de l’état des masses d’eau côtières et de transition de la façade méditerranéenne est programmée en 2015. Ce rapport rend compte des suivis réalisés par Ifremer en 2014 sur 22 masses d’eau lagunaires du bassin Rhône-Méditerranée et Corse (financement AERMC). Un diagnostic de l’état des masses d’eau, intégrant l’état physico-chimique de la colonne d’eau et l’état du phytoplancton est établi pour les 22 masses d’eau (dont 4 oligo-mésohalines), à partir des données acquises sur la période 2009-2014, selon les critères et les grilles DCE. Trois masses d’eau (Thau, Palavasiens-Ouest et Ponant) font également l’objet d’un diagnostic de l’état des macrophytes selon les méthodes DCE. En complément à ces diagnostics, des prélèvements de sédiments ont été réalisés sur la lagune de Thau afin d’évaluer les teneurs en azote total, phosphore total et en matière organique. Les diagnostics établis selon les grilles DCE pour les lagunes poly-euhalines méditerranéennes, permettent de qualifier deux tiers des 18 masses d’eau suivies en « bon » ou « très bon » état pour le compartiment « phytoplancton » sur les périodes estivales de 2009 à 2014. Les paramètres physico-chimiques « de soutien » mesurés dans la colonne d’eau pour les 18 masses d’eau poly-euhalines sur la période 2009-2014 sont plus déclassants, avec seulement 8 masses d’eau au-dessus du seuil du bon état. Les états du phytoplancton et des paramètres physico-chimiques des quatre masses d’eau oligo-mésohalines (Campignol, Vendres, Bagnas et Marette), interprétés à titre indicatif au regard des grilles de diagnostic DCE en vigueur pour les lagunes poly-euhalines, conduisent à qualifier ces lagunes en état médiocre à mauvais. Les évolutions à venir des outils de diagnostic des lagunes oligo-mésohalines permettront de mieux situer la qualité de ces masses d’eau par rapport à l’objectif de bon état DCE. Une étude Onema/Ifremer/Tour du Valat/UM doit fournir, pour fin 2015, des indicateurs et grilles de diagnostic pour la colonne d’eau et le phytoplancton adaptés à ce type de masses d’eau lagunaires. L’état du compartiment « macrophytes », évalué en 2014 au regard des critères DCE permet de mettre en évidence une tendance à l’amélioration sur les Palavasiens-Ouest et sur Thau par rapport au diagnostic précédent. Les deux masses d’eau affichent encore un état moyen du compartiment macrophytes en 2014, mais le bon état sur Thau est quasiment atteint. En revanche, l’état des macrophytes sur Ponant est qualifié de médiocre au regard des grilles DCE et les suivis ne permettent pas de mettre en évidence d’amélioration depuis le diagnostic de 2010.

L'herbier de Ruppia cirrhosa a connu des périodes de fortes régressions et de reprises dans la lagune de Canet-St-Nazaire. Pour mieux comprendre ces fluctuations, une étude bibliographique de la physiologie de la phanérogame Ruppia cirrhosa est réalisée, associée à l'analyse des données disponibles dans la lagune de Canet (acquises notamment dans le cadre du Réseau de Suivi Lagunaire). Les éléments influant sur le développement ou la régression de Ruppia cirrhosa sont étudiés à la lumière des connaissances bibliographiques. L'eutrophisation et la contamination chimique, associées à des paramètres environnementaux parfois défavorables ont pu contribuer au déclin de l'herbier après 2002. Les conditions qui ont permis la reprise de l'herbier à partir de 2011 ne sont pas clairement explicitées. Des suivis réguliers des peuplements végétaux associés aux suivis de certains éléments ciblés seraient nécessaires pour une meilleure compréhension du fonctionnement de l'herbier de Ruppia cirrhosa dans la lagune de Canet St-Nazaire.

The Mediterranean benthic network proposes an integrated approach in term of scientific research and monitoring networks dealing with benthic biocenosis in the Mediterranean Sea (French part) ; it gives a state of the art as well as future needs, regarding regulatory aspects and data storage., L’avant projet sommaire du REBENT Méditerranée propose une approche intégrée des recherches et surveillances portant sur les biocénoses benthiques en Méditerranée ; il dresse un état de l’art des connaissances en la matière ainsi que des besoins futurs, en ciblant sur l’écoute de la demande sociétale et des cadres de gestion, ainsi que la bancarisation des données