Dissertação de mestrado em Ecologia, Nos ecossistemas marinhos e costeiros, a proliferação de espécies não indígenas (ENI) encontra-se entre as cinco principais causas da perda de biodiversidade. O transporte marítimo é o principal meio de introdução de ENI marinhas e tem vindo a aumentar globalmente. Desta forma é essencial prevenir a entrada de ENI e detetar precocemente a sua presença nos locais mais suscetíveis, como é o caso dos portos e das marinas. As ENI marinhas são sobretudo invertebrados, cuja identificação com base na morfologia é muitas vezes desafiante, e exige um elevado grau de conhecimento a nível taxonómico das espécies, um processo que se pode tornar muito moroso. Por outro lado, técnicas moleculares, que usam como base o ADN na identificação de espécies, como o DNA metabarcoding, poderão ser mais rápidas e eficazes na deteção precoce de ENI, dada a sua elevada sensibilidade que permite a deteção das espécies em qualquer estádio do seu ciclo de vida e quando presentes em densidades muito baixas. O presente estudo teve como objetivo a otimização de ferramentas moleculares para a monitorização de ENI de invertebrados marinhos em regiões costeiras do Norte de Portugal. Numa primeira fase, foi compilada e auditada uma biblioteca de referência de ENI de invertebrados marinhos que ocorrem em Portugal continental, uma vez que constitui a base para uma identificação taxonómica eficaz das sequências geradas por DNA metabarcoding. A lista de ENI de invertebrados marinhos consistiu em 68 espécies, com dominância dos filos Arthropoda: Crustacea, Chordata: Ascidiacea e Mollusca. Para 58 ENI foram encontradas sequências do marcador COI na base de dados BOLD. Após auditoria verificou-se que apenas 18% das ENI foram classificadas com níveis que indicam concordância (A e B), em que um BIN (Barcode Index Number) foi atribuído apenas a uma morfoespécie. No entanto, 59% das espécies foram classificadas com nível E, que indica discordância taxonómica. Uma inspeção pormenorizada revelou que a discordância se deveu a identificações incorretas (38%) e a classificações sinónimas (11%), mas para 51% dos casos não foi possível perceber a sua origem. Numa segunda fase do estudo foram avaliados os efeitos sazonal (primavera, outono e inverno), do método de amostragem (substratos duros e artificiais, zooplâncton e eDNA) e do uso de diferentes marcadores genéticos (COI e 18S) na recuperação de ENI por DNA metabarcoding, na marina Porto Atlântico, localizada no porto de Leixões. No global, foram identificadas 626 espécies de invertebrados marinhos por DNA metabarcoding pertencentes a 22 filos distintos, com dominância dos filos Arthropoda:Crustacea, Chordata:Ascidiacea e Mollusca. O maior número de espécies foi registado no zooplâncton e no outono. Ambos os fatores (o método de amostragem e a estação do ano) afetaram significativamente a composição das comunidades de invertebrados marinhos recuperadas por DNA metabarcoding, para ambos os marcadores moleculares. No global, foram detetadas 31 ENI por DNA metabarcoding na marina Porto Atlântico, 7 das quais são invasoras e 7 são presumíveis novos registos em Portugal continental. No entanto, apenas 4 ENI foram detetadas por ambos os marcadores. A amostragem de zooplâncton e o inverno foram, respetivamente, o método e a estação do ano em que foi detetado um maior número de ENI, no entanto o número máximo só foi atingido quando reunidos os resultados de todos os métodos de amostragem., In marine and coastal ecosystems, the proliferation of non-indigenous species (NIS) is among the top five causes of biodiversity loss. Shipping is the main vector of introduction of marine NIS and is increasing globally. Thus, it is essential to prevent the entrance of NIS and detect their presence as early as possible at the most susceptible locations, such as ports and marinas. Marine NIS are mainly invertebrates, whose identification based on morphology is often challenging, and requires a high degree of taxonomic knowledge of the species, a process that can become very time consuming. On the other side, molecular techniques that use DNA-based species identification, such as DNA metabarcoding, may be faster and more effective in the early detection of NIS. Its high sensitivity allows the detection of species at any stage of their life cycle and when present at very low densities. This study aimed to optimize molecular tools for monitoring marine invertebrate NIS in coastal regions of northern Portugal. Initially, a reference library of NIS of marine invertebrates occurring in mainland Portugal was compiled and audited, as it constitutes the basis for an effective taxonomic identification of sequences generated through DNA metabarcoding. The list of NIS of marine invertebrates consisted in 68 species, with dominance of the following phyla: Arthropoda: Crustacea, Chordata: Ascidiacea and Mollusca. For 58 NIS, COI marker sequences were found in the BOLD database. After auditing it was found that only 18% of the NIS were classified with levels indicating concordance (A and B), where a BIN (Barcode Index Number) is assigned to only one morphospecies. However, 59% of the species were classified with level E, which indicates taxonomic disagreement. A detailed inspection revealed that the disagreement was due to incorrect identifications (38%) and synonymous classifications (11%), but for 51% of the cases it was not possible to understand their origin. In a second stage of the study, the seasonal effects (spring, autumn and winter), the sampling method (hard and artificial substrates, zooplankton and eDNA) and the use of different genetic markers (COI and 18S) were evaluated in the recovery of NIS by DNA metabarcoding in the marina Porto Atlântico, located in the port of Leixões. Overall, 626 species of marine invertebrates were identified through DNA metabarcoding belonging to 22 distinct phyla, with dominance of the phyla Arthropoda: Crustacea, Chordata: Ascidiacea and Mollusca. A higher number of species was recovered in zooplankton and in autumn. Both factors (sampling method and season) significantly affected the composition of marine invertebrate communities recovered through DNA metabarcoding, for both molecular markers. Overall, 31 NIS were detected through DNA metabarcoding at Porto Atlântico marina, 7 of which are invasive and 7 are presumed new records in mainland Portugal. However, only 4 NIS were detected with both markers. Zooplankton sampling and winter were, respectively, the method and the season where the highest number of NIS was detected, but the maximum number was only attained when pooling the results from all sampling methods., Este trabalho foi realizado no âmbito do projeto "NIS-DNA: Deteção precoce e monitorização de espécies não-indígenas (NIS) em ecossistemas costeiros baseadas em ferramentas de sequenciação de alto débito" (PTDC/BIA-BMA/29754/2017), financiado por fundos nacionais através da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.