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This Ph.D thesis explores the complex dynamics of Central African rainforest ecosystems, focusing on the gene flow and insect pollination of canopy-emergent timber tree species such as Cylicodiscus gabunensis Harms and other important timber species. These selected species represent a wide range of flower types, indicative of diverse pollination syndromes. Additionally, some have been the subject of previous genetic research, providing insights into pollen dispersal distances. Special attention is given to C. gabunensis due to its significant importance and the challenges it faces, including low population density and limited natural regeneration within dense forests. Data on gene dispersal within its population are scarce, highlighting the need for immediate attention in developing sustainable management strategies.The first step was focused on developing 24 polymorphic microsatellite markers to study the genetic diversity, structure, and gene flow within C. gabunensis populations. This toolkit subsequently enabled an in-depth exploration of the complex interactions influencing regeneration in C. gabunensis, including human activities, mating systems, and seed/pollen dispersal processes. Spatial and genetic analyses provided insight into population-specific characteristics, highlighting the necessity for context-specific and nuanced management strategies to ensure the long-term sustainability of the species.The focus then shifts to the often-overlooked role of insect-mediated pollination in tropical canopy trees. Exploring insect pollination within African canopy-emergent tree species using camera observations, the subsequent section offers insights into a diverse range of floral traits and pollination syndromes. This chapter challenges conventional assumptions regarding flower size, pollinator size, and pollen dispersal distances while also indicating that cross- pollination is not expected to be limited under selective logging based on extensive estimates of poll, Doctorat en Sciences, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les mécanismes épigénétiques médient les interactions entre les gènes et l’environnement en intégrant des stimuli environnementaux dans des changements de l'expression génique (et du phénotype), sans altérer l'ADN. Par conséquent, ils sont essentiels au développement de plusieurs phénotypes distincts à partir d’un même génotype (plasticité phénotypique).Les Hyménoptères sociaux illustrent particulièrement bien ce phénomène. Ils vivent en sociétés composées de groupes d'individus qui diffèrent par leur morphologie, leur physiologie et leur comportement - les castes (reines et ouvrières). Les reines, de grande taille, vivent plusieurs années et monopolisent la reproduction, tandis que les ouvrières, plus petites, ne vivent que quelques mois et assurent les tâches logistiques nécessaires à l’essor de la colonie. Malgré leurs différences phénotypiques, les reines et les ouvrières partagent généralement le même génome, qui est exprimé différentiellement en fonction des conditions environnementales lors de leur développement. Les mécanismes épigénétiques sont donc des candidats de choix pour réguler le phénotype chez les Hyménoptères sociaux.Cette thèse a exploré le rôle de la méthylation de l'ADN, une marque épigénétique, sur certains traits de caractère liés à l'organisation sociale des Hyménoptères sociaux :1) la taille des ouvrières, 2) la durée de vie des ouvrières et 3) le vieillissement du sperme chez les mâles.Dans le Chapitre 1, nous avons démontré que la méthylation de l'ADN influence la taille des ouvrières chez deux espèces de fourmis monomorphes. Le traitement de larves ouvrières avec un agent pharmacologique hypométhylant a induit une augmentation de leur taille adulte et est associé à un accroissement de la méthylation du gène de croissance egfr. Cette relation ayant également été démontrée chez une fourmi polymorphe, certains mécanismes moléculaires régissant la taille des ouvrières apparaissent dès lors conservés chez les fourmis.Dans le Chapitre 2, nous, Doctorat en Sciences, info:eu-repo/semantics/nonPublished

The present work aimed to highlight the chemical composition of coffee plants by providing a detailed metabolomic study of three different coffee species: Coffea arabica L. (ARA), Coffea canephora Pierre ex A. Froehner (Rubiaceae - CAN) and Coffea anthonyi Stoff. & F. Anthonyi (ANTH). The plants have grown in greenhouses and they originally came from Africa. While ARA and CAN originate from Congo, ANTH originate from Cameroun. Among these three species, only ANTH is not yet marketed all over the world. The chemical composition of its fruits and leaves are not well known as those of ARA and CAN. This means that despite the availability of this wild fruiting coffee species, the coffee industries still focus only on ARA and CAN. This work mainly focuses on the secondary metabolites present in the leaves, in the fruits and in the phloem sap of ARA, CAN and ANTH by using different metabolomic approaches. More specifically, LC-MS and LC-MS/MS techniques were employed. Firstly, an untargeted metabolomic approach performed by LC-MS was used to extract the entire metabolome of the leaves, fruits and phloem sap of coffee plants. This first approach provided preliminary information about the main discriminant metabolites which could be detected in the samples. Moreover, an overview of several tools useful to display metabolomic data has been provided. Both unsupervised and supervised statistical analysis have been performed and hierarchical clustering applied to heatmaps was used. The use of the most recent algorithms for detecting significant molecular signatures from omics data was also shown. Then, a targeted metabolomic approach was used by performing LC-MS/MS analysis. This strategy was useful to get a clear annotation of the metabolites. Indeed, the data obtained through these analyses have been used to build molecular networks (MN). Thanks to this bioinformatic approach the identity of the metabolites which were previously detected has been confirmed. Additionally, more, Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Pharmacie), info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les plantes médicinales ligneuses constituent l’un des principaux produits écosystémiques fournit par la forêt claire du Haut˗Katanga (R.D. Congo). La déforestation rapide dans cette région impacte négativement les superficies forestières et la disponibilité des plantes médicinales ligneuses. Dans le même temps, la demande en produits de ces espèces augmente avec la croissance démographique, car plus de 80% de la population utilise les plantes pour se soigner et plus de 90% utilisent le bois comme principale source d’énergie. Dans ce contexte, la domestication des plantes permettrait de réduire la pression sur les populations sauvages et de garantir l’approvisionnement. Cependant, la domestication de plantes peut se heurter à des multiples contraintes, notamment le manque d’informations relatives aux différentes techniques de propagation ;l’adaptation de plantes aux conditions ex-situ ;une forte plasticité phénotypique ainsi que les problèmes relatifs à la variabilité qualitative et quantitative de métabolites secondaires produits par les plantes en conditions ex-situ. Les espèces du genre Vitex (Lamiaceae) sont très connues pour leurs utilisations en médecine traditionnelle dans le traitement de différentes maladies (diabète, diarrhée, asthme, parasitoses gastro-intestinales, etc.). Cette étude, vise à :(i) optimiser les techniques de propagation de ces espèces ;(ii) tester l’effet de la fertilisation sur la survie et la croissance de plantes en champ ;(iii) tester l’effet de la culture sur la plasticité phénotypique et (iv) tester l’effet de la culture sur la variabilité de profil phytochimique.Les tests de germination ont été réalisés sur des graines ayant subies différents prétraitements de levée de dormance dans un dispositif factoriel. Le bouturage de racines et de tiges ainsi que le marcottage aérien ont été conduits suivant un dispositif en blocs randomisés. Les plantes produites en pépinière ont été transférées en plein champ suivant aussi un dispositif en, Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique, info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Le but du projet était d'acquérir des connaissances plus approfondies sur les mécanismes impliqués dans l'absorption et l'accumulation des éléments traces métalliques (ETM) par les plantes et dans la résistance à leurs effets toxiques. Arabidopsis halleri, peut vivre sur des sols fortement pollués par des ETM et a la capacité d'accumuler des concentrations extraordinairement élevées de ces métaux dans les tissus aériens. A. halleri est utilisée comme espèce modèle pour étudier les mécanismes biologiques et moléculaires impliqués dans la tolérance et l'accumulation de fortes concentrations de métaux dans le sol. Cette espèce est caractérisée par une tolérance élevée à de fortes concentrations de Cd et Zn. Elle est également capable d'accumuler de très grandes quantités de Zn dans les pousses, appelées hyperaccumulateurs de Zn, et également de Cd dans certaines populations, appelées hyperaccumulateurs de Cd. Arabidopsis arenosa, une espèce étroitement liée à A. halleri, montre également une tolérance élevée aux deux métaux mais est signalée comme non-hyperaccumulatrice. Dans le sud de la Pologne, les deux espèces peuvent être observées sur les mêmes sites pollués. Les expériences ont été conçues pour étudier la variabilité inter et intra spécifique entre les populations métallisées (M) et non métallisées (NM) d'A. halleri et A. arenosa afin d'identifier les paramètres physiologiques et les gènes responsables du comportement contrasté de leur adaptation à la contamination métallique. L'accumulation des ETM, l'activité de l'appareil photosynthétique et le contenu pigmentaire ont été analysés dans les populations M et NM d'A. halleri et A. arenosa, poussant dans leur habitat naturel. Des expériences hydroponiques ont également été réalisées afin de déterminer les différences physiologiques entre les populations étudiées dans des conditions contrôlées. De plus, le niveau d'expression des gènes impliqués dans l'absorption des métaux, le transport radial, la translocation e, Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Miombo woodlands are vast wooded savannas covering 2 million km2 in East and Southern Africa. The main feature of these landscapes with closed but not overly dense canopy is the dominance of Brachystegia, Isoberlina, and Julbernardia legume trees genera. The timing of the onset of such vegetation, mainly understood through pollen fossils remains unclear. Dated molecular phylogeny calibrated with fossils for the aforementioned genera has the potential to provide details regarding the origin of species that nowadays dominate the current woodlands and possibly of miombo vegetation as a whole. The Brachystegia is a taxonomically complex genus and is compared to the other aforementioned genera, rich in species with 21 savanna species and eight species in the African Guineo-Congolian rain forests. We aim through the thesis to identify the diversification history of Brachystegia using dated phylogenies.We first reconstruct the Brachystegia phylogeny using nearly full plastome sequences in addition to ribosomal DNA sequences. Both sequences were obtained using a genome- skimming approach. In plastid phylogeny, species represented by multiple specimens appear rarely monophyletic while plastid clades display strong geographical structuring, independently of the species. Ribosomal phylogeny conversely allowed to identify morphological clades, but the lack of DNA polymorphism prevents the reconstruction of a well-resolved Brachystegia phylogeny. The strong spatial structure detected in plastid phylogeny suggests hybridization among the different species leading to recurrent chloroplast captures. Plastomes proved very informative for tracking the past dynamics of the genus and suggest a historical westwards expansion of miombo Brachystegia during the Plio-Pleistocene. We subsequently reconstructed the evolutionary history of the genus using targeted enrichment sequencing. Phylogenetic inferences were conducted using supermatrix and summary-method approaches on a dataset encompas, Doctorat en Sciences, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Secondary metabolites are essential for plant survival and reproduction. Wild undomesticated and tropical plants are expected to harbor highly diverse metabolomes. We investigated the metabolomic diversity of two morphologically similar trees of tropical Africa, Erythrophleum suaveolens and E. ivorense, known for particular secondary metabolites named the cassaine-type diterpenoids. To assess how the metabolome varies between and within species, we sampled leaves from individuals of different geographic origins but grown from seeds in a common garden in Cameroon. Metabolites were analyzed using reversed phase LC-HRMS(/MS). Data were interpreted by untargeted metabolomics and molecular networks based on MS/MS data. Multivariate analyses enabled us to cluster samples based on species but also on geographic origins. We identified the structures of 28 cassaine-type diterpenoids among which 19 were new, 10 were largely specific to E. ivorense and five to E. suaveolens. Our results showed that the metabolome allows an unequivocal distinction of morphologically-close species, suggesting the potential of metabolite fingerprinting for these species. Plant geographic origin had a significant influence on relative concentrations of metabolites with variations up to eight (suaveolens) and 30 times (ivorense) between origins of the same species. This shows that the metabolome is strongly influenced by the geographical origin of plants (i.e. genetic factors)., SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published

The aim of this PhD study was to gain new insights into the evolutionary history of the Central African rainforests, which are among the most complex and diverse ecosystems on earth. Even today, many questions regarding the underlying dynamics and evolutionary processes shaping that remarkable diversity remain unanswered, since relatively few studies have focused on the vast tropical forests growing in the Congo Basin. Therefore, we applied various molecular approaches to study the levels of genetic diversity and patterns of differentiation within and between population of the tropical tree species Scorodophloeus zenkeri, Staudtia kamerunensis and Prioria balsamifera. In Chapter 2, we conducted a phylogeographic study on the widespread tropical tree Scorodophloeus zenkeri to assess the impact of past forest fragmentation in Central African lowland forests. By applying Bayesian clustering methods, we revealed six intraspecific genetic clusters within the species. The observed genetic discontinuities most likely result from forest fragmentation during the glacial periods of the Pleistocene. Populations in Lower Guinea appeared differentiated from those in Congolia, and both bioregions harboured distinct genetic clusters.In Chapter 3, we developed 16 highly polymorphic microsatellite primers (SSRs) for Staudtia kamerunensis, a timber species for which species-specific genetic markers were lacking. By validating the developed markers in three populations, we demonstrated their usefulness to study gene flow, population structure and spatial distribution of genetic diversity in S. kamerunensis.In Chapter 4, we applied the newly developed SSRs, two nuclear gene markers and a chloroplast marker to search for evolutionary lineages in Staudtia kamerunensis, a species with a complex taxonomical history. Our analyses reveal multiple genetic discontinuities among populations throughout Central Africa, probably resulting from ancient rainforest fragmentation during cold and dry p, Doctorat en Sciences, info:eu-repo/semantics/nonPublished

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La problématique de la contamination des sols urbains et agricoles par les éléments traces métalliques (ETM) est un enjeu majeur en termes de santé publique et de protection de l’environnement. Dans le contexte de l’expansion de l’agriculture urbaine et des jardins communautaires souvent localisés sur des sites contaminés, il existe un intérêt fort pour le développement de méthodes de décontamination moins coûteuses que les méthodes de remédiation conventionnelles et qui préservent l’intégrité et la fertilité du sol. La phytoextraction est une technique écologique de remédiation des sols contaminés en ETM qui repose sur l’utilisation de plantes accumulatrices de métaux pour diminuer les concentrations en ETM dans le sol. La crucifère européenne Noccaea caerulescens (tabouret calaminaire), hyperaccumulatrice de zinc (Zn), cadmium (Cd) et nickel (Ni), s’est imposée comme plante phytoextractrice modèle vu ses étonnantes capacités d’accumulation in natura. Cependant, les conditions de culture optimales de N. caerulescens sont largement méconnues.L’optimisation de la phytoextraction du Cd et du Zn avec N. caerulescens a donc constitué l’objectif principal de ce travail. Nous avons mené des essais de terrain à Bruxelles sur des sites dont les sols sont modérément contaminés en ETM. Le premier objectif était de comparer l’efficacité d’extraction des populations calaminaires du Sud de la France (CAL-SF) et des populations non-métallicoles luxembourgeoises (NMET) de N. caerulescens. En parallèle, un deuxième objectif était de tester l’effet de plusieurs pratiques de culture sur la croissance et l’accumulation afin de développer un itinéraire technique performant. Un dernier objectif était d’étudier l’influence des paramètres édaphiques sur l’efficacité de la phytoextraction. Nous avons mis en évidence pour la première fois sur le terrain que les populations NMET sont nettement plus efficaces pour l’extraction du Zn que les populations CAL-SF et qu’elles combinent à la fois u, Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Coffee bean extracts are consumed all over the world as beverage and there is a growing interest in coffee leaf extracts as food supplements. The wild diversity in Coffea (Rubiaceae) genus is large and could offer new opportunities and challenges. In the present work, a metabolomics approach was implemented to examine leaf chemical composition of 9 Coffea species grown in the same environmental conditions. Leaves were analyzed by LC-HRMS and a comprehensive statistical workflow was designed. It served for univariate hypothesis testing and multivariate modeling by PCA and partial PLS-DA on the Workflow4Metabolomics infrastructure. The first two axes of PCA and PLS-DA describes more than 40% of variances with good values of explained variances. This strategy permitted to investigate the metabolomics data and their relation with botanic and genetic informations. Finally, the identification of several key metabolites for the discrimination between species was further characterized., SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published

Urban soil contamination with trace metals is a major obstacle to the development of urban agriculture as crops grown in urban gardens are prone to accumulate trace metals up to toxic levels for human consumption. Phytoextraction is considered as a potentially cost-effective alternative to conventional methods such as excavation. Field trials of phytoextraction with Noccaea caerulescens were conducted on urban soils contaminated with Cd, Cu, Pb, and Zn (respectively around 2, 150–200, 400–500, and 400–700 μg g−1 of dry soil). Metallicolous (Ganges population) and non-metallicolous (NMET) populations were compared for biomass production and trace metal uptake. Moreover, we tested the effect of compost and fertilizer addition. Maximal biomass of 5 t ha−1 was obtained with NMET populations on some plots. Compared to Ganges— the high Cd-accumulating ecotype from South of France often used in phytoextraction trials— NMET populations have an advantage for biomass production and for Zn accumulation, with an average Zn uptake of 2.5 times higher. The addition of compost seems detrimental due to metal immobilization in the soil with little or no effect on plant growth. In addition to differences between populations, variations of growth and metal accumulation were mostly explained by soil Cd and Zn concentrations and texture. Our field trials confirm the potential of using N. caerulescens for both Cd and Zn remediation of moderately contaminated soils—with uptake values of up to 200 g Cd ha−1 and 47 kg Zn ha−1—and show the interest of selecting the adequate population according to the targeted metal., SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published

This PhD thesis studies the evolution of the peculiar mitochondrial DNA (mtDNA) in the mollusc Melarhaphe neritoides. We measured mtDNA diversity and elucidated the evolutionary forces that shape the evolution of the organelle.The mtDNA in M. neritoides harbours a remarkable amount of polymorphism at selectively neutral nucleotide sites (π_syn = 6.8 %), called hyperdiversity when above the threshold of 5 %. We revealed that an elevated mutation rate (µ = 5.8 × 10-5 per site per year at the COI locus), which is 1000 fold higher than in other metazoans, is likely the primary force generating mtDNA hyperdiversity. Such mtDNA hyperdiversity may be more common across other phyla and more frequently linked to high µ values, than currently appreciated.Natural selection is a second force, which shapes mtDNA hyperdiversity. Positive selection influences the overall mtDNA polymorphism in the 16S, COI and Cytb genes, including synonymous sites at which mtDNA hyperdiversity is calculated. Therefore, synonymous sites in M. neritoides are not neutral but possibly positively selected. Strong purifying selection maintains a low non-synonymous polymorphism in the 13 protein-coding genes of the mitogenome, so that a very few changes in nucleotide sequence induce changes in amino acid sequence. The effective population size of this planktonic-dispersing species is surprisingly small in the North East Atlantic (Ne = 1303), likely biased by selection, and for this reason, Ne is a poor indicator of mtDNA hyperdiversity.Migration is a third force, which homogenises the gene pool of the species through high rates of gene flow, predominantly eastward, and results in high connectivity and panmixia over the entire North East Atlantic.Genetic drift, the fourth force, is not sufficient in M. neritoides to lower mtDNA diversity, and populations show no differentiation.This thesis also highlights an important pitfall. The use of hyperdiverse markers may easily lead to erroneous interpretations of, Doctorat en Sciences, info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Noccaea caerulescens (Brassicaceae) is a major pseudometallophyte model for the investigation of the genetics and evolution of metal hyperaccumulation in plants. We studied the population genetics and demographic history of this species to advance the understanding of among-population differences in metal hyperaccumulation and tolerance abilities. Sampling of seven to 30 plants was carried out in 62 sites in Western Europe. Genotyping was carried out using a combination of new chloroplast and nuclear neutral markers. A strong genetic structure was detected, allowing the definition of three genetic subunits. Subunits showed a good geographic coherence. Accordingly, distant metallicolous populations generally belonged to distinct subunits. Approximate Bayesian computation analysis of demographic scenarios among subunits further supported a primary isolation of populations from the southern Massif Central prior to last glacial maximum, whereas northern populations may have derived during postglacial recolonization events. Estimated divergence times among subunits were rather recent in comparison with the species history, but certainly before the establishment of anthropogenic metalliferous sites. Our results suggest that the large-scale genetic structure of N. caerulescens populations pre-existed to the local adaptation to metalliferous sites. The population structure of quantitative variation for metal-related adaptive traits must have established independently in isolated gene pools. However, features of the most divergent genetic unit (e.g. extreme levels of Cd accumulation observed in previous studies) question the putative relationships between adaptive evolution of metal-related traits and subunits isolation. Finally, admixture signals among distant metallicolous populations suggest a putative role of human activities in facilitating long-distance genetic exchanges., SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published

Recent field inventories and taxonomic research in Central Africa have resulted in the discovery of many new orchid species. Five specimens of an apparently new Angraecum species were collected in Gabon and Cameroon. They stand out for their hanging habit and short zig-zag stem. Morphology of leaves and habit is somewhat comparable to A. cultriforme and A. stolzii, two species from East Africa. Flowers of the novelty share the general morphology of A. pyriforme from which the new species is distinguished by being smaller and with a different lip-spur ratio. Here we show that these five specimens represent a new species, described here as Angraecum lanceolatum. The distinguishing traits include thin lanceolate leaves, convolute distally, with a rhombic lip shape. Dichotomous key to four Central African species of sect. Conchoglossum and a table of the diagnostic characters of the seven related Continental African Angraecum taxa are included here. A preliminary assessment of the conservation status of A. lanceolatum is provided, using the IUCN Red List Categories and Criteria., SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published

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La diversité végétale exceptionnelle des forêts tropicales a toujours suscité une part d’incompréhension chez les scientifiques qui tentent de comprendre les processus à l’origine de cette diversité, ainsi que les mécanismes expliquant les changements spatiaux de composition spécifique. Une des clés de ce dernier mystère résiderait dans l’influence de la différentiation des niches écologiques, mais aussi de la dispersion limitée des graines et d’événements stochastiques (purement aléatoires et non prévisibles). La niche d’une espèce contraint celle-ci à s’établir dans un habitat présentant des gammes de conditions bien délimitées en termes de propriétés du sol (disponibilité en nutriments et toxicité de certains éléments) et d’intensité lumineuse. Par exemple, certaines espèces sont plus tolérantes à l’ombrage (espèces « sciaphiles ») que d’autres qui ne peuvent s’établir que dans des trouées forestières offrant suffisamment de lumière (espèces « héliophiles »). En Afrique centrale, les communautés d’arbres sont aujourd’hui en grande partie composées de ces espèces dites « héliophiles », alors que les ouvertures forestières naturelles sont rares. Il est fortement suspecté que la dominance de ces espèces soient la conséquence de trouées générées par l’homme qui, jusqu’au début de la période coloniale (vers 1900), occupait de vastes surfaces de forêt où il pratiquait l’agriculture sur brûlis. Cependant, peu d’études ont jusqu’à présent déterminé dans quelle mesure ces pratiques agricoles ont influencé la composition spécifique des forêts à l’échelle régionale comme à l’échelle locale.L’objectif du présent travail est de faire la lumière sur l’impact de ces perturbations humaines mais aussi plus généralement sur l’influence relative de la niche écologique des espèces d’arbres par rapport à d’autres facteurs (dispersion limitée et facteurs stochastiques) sur leur distribution spatiale. Pour cela nous avons utilisé des données botaniques et environnementales provenant, Doctorat en sciences, Spécialisation biologie végétale, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Aims: Evaluate the genetic and environmental variability of metal concentration and metal mass of Noccaea caerulescens, from metalliferous (MET), non metalliferous (NMET) and serpentine (SERP) soils. Methods: 18 populations were cultivated in 18 different growth conditions, such as a soil mine tailing, soils amended with zinc (Zn), cadmium (Cd) and nickel (Ni) salts (in mixtures or in monometallic salts) and a hydroponic solution with two Zn concentrations. Results: MET populations had Zn concentrations lower than NMET and SERP in the different soils but higher Cd mass (the product of aerial biomass and foliar metal concentration). SERP had the highest Ni concentration and Ni mass values. The addition of Cd or Ni to a Zn-contaminated soil significantly decreases Zn concentration. In hydroponics, MET and NMET had equivalent Zn concentrations but these were three times higher than those obtained in soil experiments. Zn mass of NMET was significantly lower than MET with the latter having Zn mass values largely above those obtained in mine soil. Conclusions: Results showed a large heterogeneity of responses among populations depending on the substrate used, and it was not possible to correctly assign a single population to its accurate origin with only one experiment. Finally, data on metal concentration obtained in culture soils are closer to those in field soils than those from hydroponics so that they could give a more accurate information on the accumulating capacity of Noccaea caerulescens and its use in phytoextraction of metals in field conditions. © 2013 Springer Science+Business Media Dordrecht., SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published

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Le genre Rumina Risso, 1926 (Subulinidae) est constitué de gastéropodes terrestres, hermaphrodites et capables de réaliser de l’autofécondation ainsi que de la fécondation croisée. Plusieurs espèces ont été décrites sur base de subtiles différences morphologiques telles que la forme et la taille de la coquille et la coloration du corps. Trois espèces sont actuellement toujours reconnue dans la littérature: Rumina decollata (Linnaeus, 1758), R. saharica Pallary, 1901 et R. paivae (Lowe 1861). Cependant, uniquement le statut spécifique de R. decollata et R. saharica a été confirmé par la morphologie de la coquille et l'anatomie génitale. L’objectif de la thèse est de clarifier la taxonomie du genre Rumina par une approche de taxonomie intégrative en associant des caractères moléculaires, morphologiques et anatomiques ainsi que les méthodes issues de la génétique des populations. Quatre gènes mitochondriaux et deux gènes nucléaires ont été séquencés pour reconstruire la phylogénie de Rumina. Les résultats confirment le statut d’espèce de R. saharica, excluent R. paivae en tant qu’espèce et proposent une nouvelle classification pour R. decollata en 6 espèces phylogénétiques. R. saharica est aussi confirmé en tant qu’espèce morphologique suite à une étude morphomètrique, cependant les nouvelles espèces de R. decollata n’ont pas pu être différenciées ni par les variables morphologiques testées, ni par des particularités dans l’anatomie génitale. Néanmoins, deux des espèces de R. decollata correspondent à deux morphotypes (clair et foncé) auparavant décrits et étudiés dans la région de Montpellier. L’étude de ces deux espèces phylogénétiques avec des microsatellites et allozymes permettent de confirmer le statut spécifique des deux morphotypes et révèlent que R. decollata pratique l’autofécondation croisée à un taux supérieur à celui rapporté dans la littérature, défiant ainsi la règle selon laquelle les hermaphrodites pratiqueraient exclusivement l’autofécondation ou excl, Doctorat en Sciences, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Contrary to the other forest ecosystems in the Democratic Republic of Congo (D.R. Congo), semi-deciduous forests have so far attracted little attention and studies regarding their ecological aspects remain sketchy. Yet semi-deciduous forests are among the most important non-flooded ecosystems in the Congo Basin and their importance is high, both ecologically and economically. They are home to a variety of species, some of them being exploited for timber by forest companies acting in the region. There is a constant need to focus on their composition and diversity, and to understand factors shaping their communities.Using a sampling method broadly inspired from the synusial phytosociology approach, we examined plant communities within each of the forest layers composing the overstorey (canopy and emergent trees) and the understorey (shrub and herbaceous layers). The role of edaphic heterogeneity on plant communities in the considered semi-deciduous forests was examined. We mainly focused on:- Floristic parameters within these ecosystems;- Spatial structure of edaphic variables;- Species responses to edaphic heterogeneity;- Distance decay in the considered ecosystems;- Phylogenetic patterns within plant communities.Some of the species found in the considered semi-deciduous forests are more related to a type of soil than another, defining some “edaphic specialists” species while many others can be considered “generalists”. Spatial distance effect in the considered plant communities is marked by a decrease of floristic similarity with the geographical distance and all the forest layers showed a pattern of spatial phylogenetic clustering meaning that species cohabiting within a same plot are more related than species from distant plots., Doctorat en Sciences, info:eu-repo/semantics/nonPublished