Search

Resumen El diagnóstico de COVID-19 se basa tanto en aspectos clínicos como en pruebas de detección, pero los síntomas y signos clínicos de los pacientes infectados son altamente atípicos y, por lo tanto, las pruebas moleculares son indispensables para su diagnóstico. La reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-qPCR) se lleva a cabo en laboratorios nivel BSL II; asimismo, los principales blancos moleculares para la detección viral son el gen E (envoltura), y el gen RdRP (ARN polimerasa dependiente de ARN). Los falsos negativos en este diagnóstico se deben a la calidad y cantidad de la muestra, condiciones de transporte, almacenamiento, y manejo de estas antes y después de la extracción (el ARN es termolábil y abundantes las RNasas), fase de la infección, mutaciones del virus y presencia de inhibidores de la PCR. En estos casos, se recomienda una nueva toma de muestra, especialmente de vías respiratorias bajas, para aumentar la carga viral. Se debe tener en cuenta la sensibilidad analítica de la RT-qPCR (5,2 copias de ARN/reacción) y que, una vez el RNA se extrae, se va degradando progresivamente afectando la sensibilidad diagnóstica de la prueba. Un diagnóstico oportuno permite optimizar el manejo (aislamiento y tratamiento) y monitorización de los pacientes, así como la aplicación de medidas de prevención y control de la expansión, y la vigilancia epidemiológica de la enfermedad. ABSTRACT COVID-19 diagnosis is based on both clinical aspects and screening tests. However, clinical symptoms and signs in infected patients are highly atypical; hence, molecular tests are essential for diagnosis. RT-qPCR is carried out at BSL II level laboratories; the main molecular targets for viral detection are E gene (envelope), and RdRP gene (RNA-dependent RNA polymerase). False negatives in this diagnosis are due to sample quality and quantity, transport conditions, storage and handling before and after extraction (RNA is heat-labile and RNases are abundant); infection phase; virus mutations and presence of CRP inhibitors. Taking into account analytical sensitivity of RT-qPCR (5.2 copies of RNA / reaction) and the fact that once RNA it is extracted, it progressively degrades and affects test diagnostic sensitivity, a new sample -specifically taken from the lower respiratory tract in order to increase viral load- is recommended in the abovementioned cases. Timely diagnosis allows optimizing management (isolation and treatment), patient monitoring, implementing prevention and control measures as well as epidemiological surveillance of the disease.

Objetivo. Comparar el comportamiento de tres genes diana 16S ADNr, polA, y TpN47, para la detección de T. pallidum subsp. pallidum. Métodos. Se usaron técnicas moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa en muestras de cordón umbilical. Mediante PCR convencional, PCR anidada y PCR en tiempo real se amplificaron blancos moleculares del microorganismo. Resultados. Se evidenció que con los tres genes por PCR convencional se obtienen similares resultados, pero por con PCR anidada y PCR en Tiempo Real, el gen TpN47 tiene mayor sensibilidad en comparación con los genes polA y 16S ADNr. Se concluye que el gen TpN47 se puede usar como blanco molecular para el diagnóstico oportuno de sífilis congénita por medio de PCR anidada y en tiempo real, ya que alcanzó la máxima sensibilidad y especificidad en este estudio. Objective. To compare the behavior of the three target genes (16S rDNA, polA, and TpN47) for the detection of T. pallidum subsp. Pallidum. Methods. Molecular techniques such as polymerase chain reaction were used on samples of an umbilical cord. Molecular targets of the microorganism were amplified by means of conventional PCR, nested PCR and real-time PCR. Results. Similar results for the three genes were obtained by conventional PCR; but in the case of nested PCR and real-time PCR, the gen TpN47 exhibited higher sensitivity in comparison to the genes polA and 16S rDNA. In conclusion, the gen TpN47 can be used as a molecular target for the prompt diagnosis of congenital syphilis through nested PCR and real-time PCR due to its high sensitivity and specificity shown in this study.