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Ce projet, organisé en trois actions, avait pour objectif de mieux évaluer les risques d’eaux colorées vertes se produisant sur le secteur côtier situé au large de la Loire et de la Vilaine, en termes (i) de fréquence de ces épisodes, (ii) d’abondance et (iii) de localisation des zones à risque. Action 1 : Amélioration du recensement des eaux vertes à L. chlorophorum Action 2 : Optimisation de l’estimation des abondances de L. chlorophorum Action 3 : Identification des zones à risque au large de la Loire et de la Vilaine.

Activités d’observation, de surveillance de la qualité des eaux littorales du Morbihan, Pays de la Loire et Nord Vendée et résultats des projets de recherche 2019

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2019 du département du Morbihan. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Sur 54 zones classées et suivies en 2019, 40 ont un classement sanitaire concordant avec l’estimation de leur qualité, 10 ont un classement sanitaire qui ne concorde pas avec l’estimation de leur qualité et 4 ont un nombre de données insuffisant pour estimer leur qualité. Ces estimations de la qualité des zones prennent en compte les résultats de la période 2017-2019, voire 2016-2019 pour quelques zones. Sur les 10 zones dont le classement sanitaire ne concorde pas avec l’estimation de la qualité, 9 sont classées en A alors que leur qualité est estimée en B, et 1 est classée en B alors que sa qualité est estimée en A. La qualité chimique est satisfaisante pour tous les points suivis.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats, ce rapport décrit les résultats obtenus en 2018 pour le réseau de surveillance de la contamination microbiologique REMI et du réseau d’observation de la contamination chimique ROCCH du département de Loire–Atlantique. Il présente l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées.

Activités d’observation, de surveillance de la qualité des eaux littorales du Morbihan, Pays de Loire et Nord Vendée et résultats des projets de recherche 2018

Ce rapport décrit le contexte hydrologique du littoral côtier du Morbihan, Pays de Loire et Nord Vendée, sous l’influence de la Loire et de la Vilaine, durant l’année 2017. Il s’appuie sur les suivis environnementaux réalisés dans le cadre des réseaux REPHY et de la DCE, complétés des données acquises en haute fréquence sur la bouée MOLIT (réseau COAST-HF).

As human population increases worldwide, water quality will become increasingly problematic, and food consumed raw may be of higher risk. This is already evident for oysters grown in coastal areas - despite regulations based on bacterial indicators, oysters are still implicated in food-borne outbreaks worldwide. The pathogens most frequently detected are human noroviruses, which are shed at high concentrations in human excreta and are very resistant to environmental conditions. Sewage treatment plants usually apply a variety of steps such as activated sludge treatment, chlorine or UV disinfection to eliminate contaminants, these processes have variable efficacy. This study demonstrates the impact of replacing an old lagoon-based sewage treatment plant with a new membrane bioreactor sewage treatment plant on human norovirus levels in treated sewage and oysters. While comparable norovirus concentrations were detected in the influent samples, a clear difference was observed in effluent quality, as norovirus was only detected in one sample after treatment in the new membrane bioreactor system, confirming the efficiency of such technology. As a direct impact, oysters located close to the membrane bioreactor sewage outfall were less frequently contaminated by norovirus, and showed lower concentrations compared to the first period of the study when they were exposed to sewage effluent from the lagoon outfall. Shellfish located upstream showed comparable contamination levels suggesting that there are also other sources of norovirus contamination in the estuary. Considering the health benefits of shellfish consumption, improving wastewater quality will make an important contribution to enhancing the safety of shellfish and international food security.

Suivi hydrologique L’année 2017 s’est caractérisée par des températures élevées et un déficit en précipitation sur le bassin versant de la Loire, ce qui la classe parmi les années sèches exceptionnelles avec les années 2003, 2011 et 2015. Les débits de la Loire ont été largement déficitaires. L’ensoleillement soutenu en début d’année et en automne a été toutefois plus faible sur les mois de juillet et septembre. Suivi microbiologique Parmi les 41 stations de surveillance, 9 ont présenté une bonne qualité microbiologique, 31 une qualité moyenne, et une seule station est de mauvaise qualité. Comparativement à l'année 2016, le nombre de stations présentant une tendance à l'amélioration est en augmentation : 4 stations présentent une tendance à l'amélioration en 2017 contre une seule en 2016. Les autres stations ne présentent aucune tendance significative sur les dix dernières années. Suivi du phytoplancton et des phycotoxines La station « Basse Michaud » est suivie depuis janvier 2016. Aucun bloom phytoplanctonique exceptionnel n’a été observé en 2017. L’espèce Leptocylindrus sp. a été l’espèce la plus représentée sur les deux stations « Basse Michaud » et « Bois de la chaise large ». Même si le genre « pseudo–nitzschia » a été fortement présent à la station « Basse Michaud », les abondances n’ont jamais dépassé les seuils d’alerte de 100 000 cellules par litre pour le groupe des Pseudo ‐ niztschia autres et de 300 000 cellules par litre pour le groupe des Pseudo ‐ nitzschia fines. Les analyses de toxines lipophiles sont réalisées dès l’observation de cellules du genre Dinophysis dans les prélèvements d’eau de mer depuis août 2016. C’était déjà le cas pour les stations du large « Ile Dumet (a) » et « Ile d’Yeu est ». Le genre Dinophysis a été présent sur tous les secteurs jusqu’à fin octobre. Cependant les résultats des analyses de toxines sont restés inférieurs au seuil sanitaire toute l’année sauf sur la station de « Ile Dumet (a) ». Il est remarquable de n’avoir eu que deux résultats audessus du seuil en été et que ce soit resté au‐dessus du seuil de début octobre à mi‐novembre. La situation est inverse à celle de 2016. Suivi des contaminants chimiques Les concentrations en métaux pour l’année 2017 sont globalement stables voire en baisse sur tous les secteurs de Loire‐Atlantique et du nord Vendée. Les trois métaux réglementaires (Plomb, Cadmium et Mercure) présentent sur tous les secteurs des niveaux inférieurs aux seuils sanitaires. Toutefois, les concentrations en cuivre aux stations de « La Sennetière » et de « Bourgneuf–Coupelasse » dépassent largement les concentrations de la médiane nationale. Suivi de la croissance et de la mortalité des huîtres La croissance des lots d’huîtres creuses de naissain et de juvéniles (18 mois) a été médiocre en 2017 à la Coupelasse et significativement inférieure à celle des années précédentes. Le lot de naissain a été particulièrement affecté par les mortalités en 2017 comme en 2016 (environ 68%). Les classes d’âge de juvéniles (18 mois) et d’adultes (30 mois) ont présenté des mortalités faibles respectivement de 5% et 4%. En conclusion, l’année 2017 est une année marquée par un mauvais rendement et de faibles croissances à mettre peut être en relation avec la production phytoplanctonique annuelle assez faible.

The evolution of eutrophication (i.e., phytoplankton biomass) during recent decades was examined in the coastal waters of Vilaine Bay (VB, France) in relation to those in their main external nutrient sources, the Loire and Vilaine Rivers. Dynamic Linear Models, corroborated by the Mann-Kendall test, were used to study long-term trends and seasonality of dissolved inorganic nutrient and chlorophyll a concentrations (Chl a) in rivers and coastal waters between 1980 and 2013. The reduction in dissolved riverine inorganic phosphorus concentrations (DIP) from the early 1990s led to the decrease in their Chl a levels. However, dissolved inorganic nitrogen concentrations (DIN) decreased only slightly in the Vilaine and actually increased in the Loire, especially during summer. Simultaneously, phytoplankton in the VB has undergone profound changes with: (1) increase in biomass, (2) change in the position of the annual peak from spring to summer, and (3) increase in diatom:dinoflagellate ratios, especially in summer. The increase in phytoplankton biomass in VB, particularly in summer, was probably due to increased DIN loads from the Loire, sustained by internal regeneration of DIP and dissolved silicate from sediments. This long-term ecosystem-scale analysis reports the consequence of nutrient management scenarios focused solely on P reduction. Freshwater ecosystems upstream reveal successful recoveries through the control of P alone, while eutrophication continues to increase downstream, especially during the period of N limitation. Therefore, nutrient management strategies, paying particular attention to diffuse N-sources, are required to control eutrophication in receiving coastal waters.

Afin de répondre aux objectifs de la Directive Cadre sur l’eau, l’Ifremer met en oeuvre, en appui à l’Agence de l’eau Loire Bretagne, la surveillance de l’élément de qualité phytoplancton. Le suivi sur des points fixes et à une fréquence mensuelle ne permet pas de suivre l’ensemble des masses d’eau du bassin Loire Bretagne. C’est pourquoi l’évaluation de l’indicateur phytoplancton a été complétée par une évaluation à partir des images satellite, notamment sur les masses d’eau non suivies. L’indice biomasse (représenté par le percentile 90 de la Chl-a) a pu être calculé à partir des données satellite pour la quasi-totalité des masses d’eau côtières RCS et non RCS, c’est-à-dire 34 masses d’eau sur 39. Pour les cinq masses d’eau restantes, les limites liées à l’acquisition des données (proximité et morphologie de la côte) n’ont pas permis l’évaluation de l’indice Chl-a à partir des données satellite. Deux méthodes de calcul de la métrique DCE à partir des données satellite ont été testées : la méthode globale et la méthode par pixel. Les résultats ont montré une bonne cohérence entre les deux méthodes de calcul de la métrique DCE à partir des données satellite ainsi qu’entre les données in situ et satellite. Les résultats ont montré, sur près de 20 ans de données, une bonne cohérence entre les données in situ et satellite sur deux stations Rephy utilisées pour la DCE (Men Er Roué et Ouest Loscolo). Les résultats satellite mettent en évidence une répartition spatiale hétérogène des concentrations en Chl-a de certaines masses d’eau. L’approche, qualitative et cartographique, utilisée dans cette étude, ne suffit pas pour remettre en cause les limites géographiques de la masse d’eau définies dans le cadre de la DCE. Elle devrait être complétée par une approche quantitative, temporelle et tenir compte de l’ensemble des paramètres suivis par la DCE. La bonne cohérence des résultats in situ / satellite montrée dans cette étude, nous encourage à poursuivre l’utilisation des données satellite Chl-a pour compléter les futures évaluations DCE des masses d’eau. Elles pourront aussi alimenter une éventuelle réflexion sur les limites géographiques de certaines masses d’eau.

Etude de la qualité microbiologique et chimique du gisement naturel de tellines « Sud Pont d’Yeu », St Jean de Monts et St Hilaire de Riez – groupe 2. Département de Vendée. Rapport final 2017. L’étude de zone 85.05 « Sud Pont d’Yeu » conduite pour le groupe 2 avait pour objectifs de déterminer la qualité de la zone et de définir la stratégie d’échantillonnage à appliquer dans le cadre de la surveillance REMI. Le bassin versant se restreint à la plage, les principales sources de contamination potentielles sont essentiellement diffuses et liées aux activités à proximité très immédiate de la plage. Aucun exutoire (eaux pluviales ou usées) pouvant impacter la qualité microbiologique de la zone de production n’a pu être identifié. Il existe cependant des toilettes publiques en haut de plage et quelques postes de relèvements du réseau des eaux usées sur le secteur de la Grande Plage. Les trois points de prélèvements ont été positionnés en fonction de la répartition spatiale du stock de tellines (D. trunculus) et des sources de contaminations potentielles, et ont été échantillonnés à fréquence bimensuelle de janvier à décembre 2016 : "Davière", "Golf" et "Cale 17".

Demande des données de salinité moyenne de l’eau de mer suite à un problème de corrosion sur les menuiseries et garde-corps extérieurs d'une habitation.

Pinctada margaritifera mollusc is cultivated in French Polynesia for the production of black pearls. For this study, the colour of juvenile samples (48 days old) was investigated in the visible range spectra (430–700 nm) using spectrophotometry. A first measurement was done with the soft parts still inside the shell (entire animal). Then, the soft parts were removed in order to do a second measurement on the growing edge of the shell. Comparison of the two measurements shows that the estimation of the living animal colour with unaided eye is strongly influenced by the colour of the soft parts. The use of the International Commission on Illumination (ISI) chromaticity diagram shows that at this growth stage, the shells are “white”; i.e. present no absorptions to the visible part. Multivariate statistical analyses based on the intensities of 6 wavelengths show that the shell colour is less variable than the colours of the entire animals. Wavelength intensities of the shells are similar, so no colour trend is visible. On the other hand, the colours of the entire animals are darker, and more variable. At this growth stage, the shell colour is not predictable for a potential selection of receiver or donor.

Pearl oyster grafting is a complex surgical operation that should lead to pearl formation after approximately eighteen months. Although this technique has been used for many years in French Polynesia, the grafting process is still not standardised. While studies have been carried out in order to improve graft performance and yield, these remain highly variable due to post-grafting mortality, nucleus rejection and unreliable pearl quality, all of which constrain pearl farm profitability. The present study uses histological analysis to monitor oysters that either rejected or retained their nuclei. Both groups of oysters are compared in terms of evolution of the graft, which could influence retention, and the development of a pearl sac in cases where grafting was successful. Data show that rejection phenomena are linked to a number of causes, notably an inflammatory reaction in the "receiving" oyster, the presence of numerous tissue lesions and the quality of the grafted tissue. These results suggest that study is needed on the different concomitant elements of the grafting process: the graft "donor" oysters, the nucleus and the "receiving" oyster and their interactions.

Les herbiers de zostères forment des écosystèmes particuliers, sensibles aux variations de leur environnement. Ils ont été intégrés au dispositif d’évaluation de la qualité biologique des eaux littorales pour la DCE. Les 9 herbiers de zostères marines et les 7 herbiers de zostères naines retenus pour le suivi de la qualité biologique des eaux littorales de Loire – Bretagne depuis 2007 sont, depuis plusieurs années, dans un état majoritairement bon. Seule l’abondance (ou densité) montre une grande variabilité d’un site à l’autre et d’une année à l’autre.

Les norovirus (NoV) sont responsables des épidémies hivernales de gastroentérites aiguës dans la population. Ils sont excrétés dans les fèces humains, puis se retrouvent, après épuration insuffisante, dans le milieu marin naturel où ils peuvent contaminer des coquillages, qui à leur tour risquent de déclencher des gastroentérites chez les consommateurs. Cette étude vise à améliorer les connaissances sur la contamination des coquillages en élevage en rivière d’Auray par les NoV, en lien avec les bactéries témoins de contamination fécale Escherichia coli (E. coli). L’objectif est de suivre les flux de NoV et d’E. coli apportés par différents rejets (dont une station d’épuration) impactant la zone conchylicole et leur influence sur la qualité des coquillages en élevage. Le projet de remplacer la station d’épuration de Kerran (56) de type lagunage aéré par une nouvelle station à filtration membranaire a permis de réaliser un suivi des concentrations en NoV et E. coli dans les eaux et les coquillages, l’année précédant et l’année suivant le changement de filière de traitement, afin de vérifier si ce changement induit une amélioration de la qualité microbiologique des coquillages. La nouvelle station d’épuration à boues activées et réacteur membranaire a permis d’améliorer considérablement la qualité microbiologique (E.coliet NoV) du rejet. L’abattement sur le paramètre E. coli passe de 4 unités Log pour la filière lagunaire, à plus de 6 unités Log pour la filière membranaire. Pour les NoV, l’abattement passe de 3 unités Log à plus de 4,6 unités Log. Sur les 13 échantillons analysés en sortie de filière membranaire, un seul s’est révélé supérieur au seuil de détection de la méthode. Les apports en NoV des autres exutoires étudiés sont plus difficiles à quantifier en raison de la stratégie d’échantillonnage (prélèvements ponctuels) et de problèmes analytiques dus à la présence d’inhibiteurs dans les échantillons. Cependant, les résultats de quantification de NoV obtenus au cours de la première phase dans les différents exutoires montrent des concentrations de niveau équivalent à celles observées en sortie des lagunes. Les résultats positifs obtenus dans les échantillons d’eau ne sont pas préférentiellement obtenus durant la période épidémique GEA dans la population. Dans les coquillages, les contaminations sont relativement homogènes sur l’ensemble de la zone et les concentrations en E.coli ne sont pas statistiquement différentes entre les différents points de prélèvement ni entre les deux phases. L’effet de l’amélioration du rejet de la station d’épuration ne peut pas être mis en évidence. Pour les NoV, les concentrations dans les coquillages se situent également à des niveaux homogènes sur tous les points. Au cours de la seconde année de suivi, on observe une baisse à la fois du nombre d’échantillons positifs et du niveau de contamination des coquillages en NoV. Ce résultat peut être lié aux caractéristiques de l’épidémie de gastroentérites dans la population, plus courte dans le temps. Cependant, la présence de NoV dans les coquillages au cours de cette seconde année, en l’absence de rejet de NoV par la nouvelle station de traitement membranaire, confirme que cette station d’épuration n’est pas la seule source d’apport de NoV vers la zone conchylicole. La modélisation hydrodynamique des flux de NoV de la première phase confirme les résultats dans les coquillages en démontrant par exemple l’impact du rejet du Reclus sur l’ensemble de la zone étudiée.

We assayed European flat oyster, Ostrea edulis, hemocyte parameters, circulating and tissue-infiltrating hemocyte densities, circulating hemocyte type distribution and lysosomal enzyme contents, to possibly relate these hematological parameters to Bonamia ostreae infection. Circulating hemocyte densities were not statistically different between infected and uninfected oysters. In contrast, the number of tissue-infiltrating hemocytes increased with infection intensity suggesting a recruitment process at the site of infection and a possibility for cells to migrate from circulatory system to connective tissues. Lysosomal enzymes were localized mainly in granulocytes both infected and uninfected, and mean of alpha-naphtyl butyrate esterase activity decreased with increasing B. ostreae infection level. The main response observed was a change in hemocyte type distribution between uninfected and infected oysters and greater tissue-infiltrating hemocytes with increased infections. These results suggest that the decrease of circulating granulocytes, and, consequently of some cell enzyme activities may be related with B. ostreae infection.

'Present IJddre55: IfREMER, Laboratoire d'Aquaculture Tropicale, SP 7004, 98719 Tuavao, french Polynesla ABSTRACT: Microcell·type parasites of oysters are assodated with a complex of diseases in different oyster species around the world. The etiologicaJ agents are prolists of very small sue that are very dif· ficult to characterize taxonomieaUy. Assodaled lesions rnay vary according to the hasl spedes, and their occurrence rnay be relaled to variations in tissue structure. Lesion morphology eannot be used 10 distinguish the different agents involved. UltrastructuraJ observations on Mikrocytos rOlJghleyi reveaJed similarities with Bonamiaspp., particularly in regard la the presence of electron-dense hap. losporosomes and mitochondria, wh05e absence from M. mackini also indieate thal M. rougbleyi and M. macldnj are not congeneric. A partial small subunit Issu) rRNA gene sequenee of M. roughJeyi was delennined. This partiaJ sequence, 951 nudeotides in length. has 95.2 and 98.4 % sequence sim· ilarities with B. ostreaeand B. e1dUoslJs ssu rONA sequences, respectively. Polymorpblsms among the 55U rDNA sequences of B. ostreae, B. e1dUosus and M. roughleyi allowed identification 01 restriction enzyme digestion patterns diagnostic for each species. Pbylogenetie anaJysis based on the ssu rONA data suggested thal M. roughleyi belongs in the phylum Hapl05poridia and thal il is dosely relaled to Bonamia spp. On the basis of ultrastructural and molecular considerations, M. roughleyi should be considered a putative member of the genus Bonamja.

The protistan parasite Mikrocytos mackini, the causative agent of Denman Island disease in the oyster Crassostrea gigas in British Columbia, Canada, is of wide concern because it can infect other oyster species and because its life cycle, mode of transmission, and origins are unknown. PCR and fluorescent in situ hybridization (FISH) assays were developed for M. mackini, the PCR assay was validated against standard histopathological diagnosis, and a preliminary phylogenetic analysis of the M. mackini small-subunit ribosomal RNA gene (SSU rDNA) was undertaken. A PCR designed specifically not to amplify host DNA generated a 544 bp SSU rDNA fragment from M. mackini-infected oysters and enriched M. mackini cell isolates, but not from uninfected control oysters. This fragment was confirmed by FISH to be M. mackini SSU rDNA. A M. mackini-specific PCR was then designed which detected 3 to 4x more M. mackini infections in 1056 wild oysters from Denman Island, British Columbia, than standard histopathology. Mikrocytos mackini prevalence estimates based on both PCR and histopathology increased (PCR from 4.4 to 7.4%, histopathology from 1.2 to 2.1%) when gross lesions were processed in addition to standard samples (i.e. transverse sections for histopathology, left outer palp DNA for PCR). The use of histopathology and tissue imprints plus PCR, and standard samples plus observed gross lesions, represented a 'total evidence' approach that provided the most realistic estimates of the true prevalence of M. mackini. Maximum parsimony and evolutionary distance phylogenetic analyses suggested that M. mackini may be a basal eukaryote, although it is not closely related to other known protistan taxa.

Mollusca evolutionary success can be attributed partly to their efficiency to sustain and protect their soft body with an external biomineralized structure, the shell. Current knowledge of the protein set responsible for the formation of the shell microstructural polymorphism and unique properties remains largely patchy. In Pinctada margaritifera and Pinctada maxima , we identified 80 shell matrix proteins, among which 66 are entirely unique. This is the only description of the whole “biomineralization toolkit” of the matrices that, at least in part, is thought to regulate the formation of the prismatic and nacreous shell layers in the pearl oysters. We unambiguously demonstrate that prisms and nacre are assembled from very different protein repertoires. This suggests that these layers do not derive from each other.

Producing high quality cultured black pearls from Pinctada margaritifera is one of the major challenges for the "pearl oyster" industry in French Polynesia. In order to assess donor effect on cultured pearl quality, wild Pinctada margaritifera originating from the Tuamotu Archipelago were used in a duplicated grafting experiment. After 12 months of culture, nucleus retention was assessed and seven pearl quality traits recorded on the 454 cultured pearls harvested from the experiment. The traits scored were nacre thickness and pearl weight, surface defects, lustre, grade, and the colour components: 1) darkness of cultured pearl colour, and 2) visual perception of colour class (bodycolor and/or overtone). Our results demonstrate for the first time that individual wild donors of implanted mantle grafts significantly affect these seven quality traits in P. margaritifera cultured pearls. This finding was repeated in two series of grafts made by different professional grafters. The wild donors could be ranked from "best" (e. g., the donor whose grafts produced the cultured pearl with the maximum lustre) to the "worst". Moreover, we showed strong correlations between: 1) cultured pearl nacre thickness and grade, with grade A showing the greatest nacre thickness on average compared with grade D and rejects; and 2) nacre thickness/cultured pearl weight and colour components (darkness and visual "colour categories"), with the palest cultured pearls (i.e. white cultured pearls) being the smallest (lowest nacre thickness and weight). Thus, one way of enhancing P. margaritifera foundation stocks for a selective breeding program could be to select the "best" donors, using appropriate molecular tools. Generation of selected donor lines from these stocks through hatchery production would be one way to increase the quality of cultured pearl farming of P. margaritifera in French Polynesia.

11 pages; International audience; The shell of pearl oysters is organized in multiple layers of CaCO(3) crystallites packed together in an organic matrix. Relationships between the components of the organic matrix and mechanisms of nacre formation currently constitute the main focus of research into biomineralization. In this study, we characterized the pearlin protein from the oyster Pinctada margaritifera (Pmarg); this shares structural features with other members of a matrix protein family, N14/N16/pearlin. Pmarg pearlin exhibits calcium- and chitin-binding properties. Pmarg pearlin transcripts are distinctively localized in the mineralizing tissue responsible for nacre formation. More specifically, we demonstrate that Pmarg pearlin is localized within the interlamellar matrix of nacre aragonite tablets. Our results support recent models for multidomain matrix protein involvement in nacreous layer formation. We provide evidence here for the existence of a conserved family of nacre-associated proteins in Pteriidae, and reassess the evolutionarily conserved set of biomineralization genes related to nacre formation in this taxa.

Background The shell of the pearl-producing bivalve Pinctada margaritifera is composed of an organic cell-free matrix that plays a key role in the dynamic process of biologically-controlled biomineralization. In order to increase genomic resources and identify shell matrix proteins implicated in biomineralization in P. margaritifera, high-throughput Expressed Sequence Tag (EST) pyrosequencing was undertaken on the calcifying mantle, combined with a proteomic analysis of the shell. Results We report the functional analysis of 276 738 sequences, leading to the constitution of an unprecedented catalog of 82 P. margaritifera biomineralization-related mantle protein sequences. Components of the current "chitin-silk fibroin gel-acidic macromolecule" model of biomineralization processes were found, in particular a homolog of a biomineralization protein (Pif-177) recently discovered in P. fucata. Among these sequences, we could show the localization of two other biomineralization protein transcripts, pmarg-aspein and pmarg-pearlin, in two distinct areas of the outer mantle epithelium, suggesting their implication in calcite and aragonite formation. Finally, by combining the EST approach with a proteomic mass spectrometry analysis of proteins isolated from the P. margaritifera shell organic matrix, we demonstrated the presence of 30 sequences containing almost all of the shell proteins that have been previously described from shell matrix protein analyses of the Pinctada genus. The integration of these two methods allowed the global composition of biomineralizing tissue and calcified structures to be examined in tandem for the first time. Conclusions This EST study made on the calcifying tissue of P. margaritifera is the first description of pyrosequencing on a pearl-producing bivalve species. Our results provide direct evidence that our EST data set covers most of the diversity of the matrix protein of P. margaritifera shell, but also that the mantle transcripts encode proteins present in P. margaritifera shell, hence demonstrating their implication in shell formation. Combining transcriptomic and proteomic approaches is therefore a powerful way to identify proteins involved in biomineralization. Data generated in this study supply the most comprehensive list of biomineralization-related sequences presently available among protostomian species, and represent a major breakthrough in the field of molluskan biomineralization.