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Le programme d'amélioration génétique du cacaoyer en Côte d'Ivoire est jusqu'ici fondé sur la création d'hybrides du type Haut-Amazonien x Amelonado ou Haut-Amazonien x Trinitario, les Guyanais étant inconnus à l'époque. Les hybrides issus de ces premiers croisements, très appréciés des producteurs pour leurs performances agronomiques, ont été largement distribués en Côte d'Ivoire. Dans la perspective de créer d'autres hybrides plus performants, un programme de sélection récurrente et réciproque a été entrepris depuis 1990, avec pour objectif d'assurer des progrès génétiques continus sur les nouveaux critères tels que la production, le rapport production/vigueur et la résistance à Phytophthora palmivora et aux mirides. Ainsi, deux essais de brassage intra population incluant l'un, des Hauts amazoniens et l'autre, des Bas amazoniens et Trinitario ont été mis en place à la Station de Recherche du CNRA de Divo. Ce programme de sélection récurrente est depuis 2000 à son deuxième cycle et des hybrides candidats à la vulgarisation ont été identifiés. En marge de ces essais, un troisième essai de 25 familles a été mis en place en 2001 sur la même Station. Ces familles incluent quatre croisements révélés résistants à Phytophthora palmivora par le test d'inoculation sur feuille, deux croisements représentant des témoins en commun avec un essai de brassage du premier cycle, six croisements intergroupes entre certains des meilleurs individus du premier cycle, dix croisements avec des clones Guyanais et trois croisements témoins. Les arbres ont été plantés suivant un dispositif en randomisation totale de parcelles mono arbre. Trois caractères ont été évalués sur le cumul de sept campagnes de récoltes : la production, le rapport production/vigueur et le taux de cabosses pourries. Des différences significatives ont été observées entre les 25 familles pour tous les caractères. Les croisements impliquant un parent Guyanais ont tous présenté un bon comportement au champ vis-à-vis de la pourriture brune. Pour la productivité mesurée par le potentiel de production, les croisements impliquant un clone Guyanais ont été pour la plupart supérieurs aux témoins. Cinq des neuf meilleures familles pour le rapport production/vigueur sont des croisements avec un parent Guyanais. Les sept meilleurs hybrides pour les trois caractères étudiés (la productivité, la résistance à la pourriture brune et le rapport production/vigueur) sont les familles 1, 2, 9, 10, 13, 14 et 200. Ces familles ont une productivité de 122 % à 145 % de la meilleure famille témoin 203, qui est un des meilleurs hybrides actuellement vulgarisés. Trois de ces sept familles comportent des géniteurs Guyanais. D'ors et déjà, une évaluation sur plusieurs sites est à envisager pour identifier les meilleurs de ces sept hybrides comme candidats à la vulgarisation. Cette étude permet aussi d'envisager l'introduction des géniteurs Guyanais dans le programme à long terme d'amélioration génétique en Côte d'Ivoire, en particulier pour la productivité et pour la lutte génétique contre la pourriture brune des cabosses.

La sélection récurrente réciproque est une méthode développée pour améliorer simultanément les performances de deux populations à caractères complémentaires. Son application à la sélection du cacaoyer a commencé par la mise en place de deux populations de base dont l'une est composée de cacaoyers Haut-amazoniens (HA0) et l'autre d'un mélange de Bas-amazoniens et de Trinitario (BA0). Après le premier cycle de sélection récurrente intra population, la présente étude a évalué la diversité des différentes populations. L'analyse moléculaire portant sur les données fournies par 12 couples d'amorces microsatellites a montré dans l'ensemble une diversité intra population élevée (Hs =0.643) et une faible différenciation génétique entre les populations (Gst =0.0403). La diversité génétique est plus élevée dans la population des haut-amazoniens. La sélection intra population a conduit à une réduction des paramètres de diversité mais l'apport de génotypes supplémentaires a sensiblement augmenté la diversité des populations améliorées. Toutefois, les valeurs sont restées inférieures à celles des populations de base.

Depuis 1990, la stratégie d'amélioration génétique du cacaoyer en Côte d'Ivoire est fondée sur la sélection récurrente et réciproque avec comme critères de sélection, la production, le rapport production / vigueur, la résistance au Phytophthora et aux mirides, et la qualité technologique. Ce schéma de sélection, basé sur l'amélioration de deux populations de base constituées, d'une part de Forastero Haut-amazoniens (HA) et d'autre part de Forastero Bas-amazoniens (BA) et de Trinitario (T), vise à accroître les gains génétiques sur ces caractères, tout en maintenant une indispensable variabilité génétique. Le premier cycle de sélection clôturé en 1999 a permis d'identifier sept croisements prometteurs en essai de confirmation. Pour le second cycle, le choix des géniteurs a été réalisé par une sélection de type " individus/famille ". Les familles ont été sélectionnées sur leurs performances, mais aussi sur la base du comportement des géniteurs du premier cycle (femelles et mâles) pour les caractères suivants : productivité cumulée élevée, rapport production / vigueur élevé, taux de cabosses pourries au champ faible, bon résultat du test feuille vis-à-vis de Phytophthora palmivora et poids moyen d'une cabosse élevé. Les individus, dans les familles retenues, ont été sélectionnés sur les mêmes critères que pour les familles, auxquels s'ajoutent deux autres, les dégâts cumulés de mirides et l'appréciation visuelle du sélectionneur. Dans chaque population de base (HA et BA+T), 40 géniteurs " améliorés " ont été choisis. Un factoriel incomplet 20 x 20 dans lequel, chaque géniteur a été croisé de manière déconnectée avec 4 autres, a ainsi été mis en place en 2000 pour chaque population, à la station de recherche du CNRA à Divo. Les arbres dans chaque essai ont été plantés suivant un dispositif en randomisation totale de parcelles mono arbre. Après cinq années de collecte de données dans les deux essais, un premier bilan est présenté. Les progrès génétiques obtenus en passant du premier au second cycle de brassage à l'intérieur de chaque population ont été évalués : ils sont particulièrement"importants d'une part, pour le taux de cabosses pourries au champ (- 56,2 %) dans le groupe des HA et d'autre part, pour le poids moyen de cabosse (16,7 %) dans le groupe des BA+T, suggérant que la sélection récurrente est efficace pour améliorer la résistance au champ à Phytophthora dans les HA et la taille des fruits dans les BA+T. Après une estimation des paramètres génétiques (aptitudes à la combinaison, héritabilités et progrès génétiques attendus) des caractères observés dans chaque population (HA et BA+T), un index de sélection combinant les critères de production, de résistance, de vigueur et de qualité, est construit dans l'objectif d'améliorer l'efficacité de la sélection. La liste des croisements prometteurs au sein de chaque population est fournie pour un taux de sélection de 1 %. Des essais multilocaux de confirmation sont proposés dans la perspective de réaliser des sorties variétales.

Plusieurs centaines de nouveaux marqueurs microsatellites (SSR) ont été identifiés dans des séquences d'ADNc produites après le séquençage de plusieurs bibliothèques d'ADNc établies par le CIRAD dans le cadre du projet GENOSCOPE. Après annotation des séquences d'ADNc, il a été possible d'identifier des marqueurs microsatellites dans des gènes de cacao homologues à une fonction connue des gènes et potentiellement impliqués dans des caractères intéressants pour la sélection du cacao, comme des gènes de défense ou de résistance, des facteurs de transcription, des gènes impliqués dans les voies métaboliques importantes pour les caractères de qualité du cacao, etc. Cent cinquante nouveaux microsatellites dérivés de séquences EST ont été cartographiés dans la carte de référence, fournissant une nouvelle carte avec 615 marqueurs codominants. La cartographie de tels gènes candidats pourrait permettre d'obtenir une meilleure connaissance des mécanismes génétiques et moléculaires qui sous-tendent les caractères intéressants dans #T. cacao#.

Le cacaoyer (Theobroma cacao L.) est une culture pérenne pour laquelle la sélection des caractères intéressants exige plusieurs décennies de travail de sélection traditionnelle. Dans ce végétal, les marqueurs moléculaires pourraient accélérer l'amélioration des caractères intéressants par une sélection assistée par marqueurs. Dans ce but, une détection de QTL a été effectuée sur 3 descendances hybrides dérivées des croisements suivants : (P7 x ICS100) x C1, (P7 x ICS95) x C1 et (SCA6 x H) x C1, mis en place en 1997 et 1996, respectivement, à la station de recherche du CNRA à Bingerville-Côte d'Ivoire. P7 et SCA6 sont des clones résistants de Forastero Upper Amazon tandis que C1, le parent mâle commun, est un clone sensible Forastero Lower Amazon, de type Amelonado. ICS100 et ICS95 sont deux clones Trinitario modérément sensibles ; H est un Trinitario. Les descendances comprenaient respectivement 173, 183 et 179 individus. Les plants ont été suivis individuellement pendant trois périodes de récolte (2003 à 2006) par rapport au rendement, à la pourriture brune des cabosses de Phytophthora (PPR) dans des conditions naturelles d'infection et au poids des cabosses. De plus, pour les deux premières descendances, les caractéristiques suivantes ont été mesurées : fèves fraîches et sèches, poids de la cabosse vide, épaisseur de la paroi de la cabosse, nombre de fèves par cabosse, poids des fèves normales par cabosse, poids de 100 fèves sèches, caractéristiques liées à la vigueur du plant -circonférence du tronc, hauteur de la jorquette, taille de la canopée, nombre de branches) et résistance à Phytophthora évaluée par essai sur disques de feuilles. On a également procédé à un génotypage des plants avec 3 ensembles différents de marqueurs SSR. Des QTL liés à la résistance à Phytophthora, au rendement, aux caractéristiques de la cabosse et des fèves, au nombre de fèves et à d'autres caractères ont été détectés. Certains d'entre eux étaient communs aux trois descendances ; certains autres étaient spécifiques à chaque descendance. Par ailleurs, certains de ces QTL pour des caractères particuliers comme la résistance à Phytophthora, le rendement et les composantes du rendement, étaient situés dans les mêmes régions chromosomiques que ceux qui avaient été identifiés dans les travaux précédents. Nos résultats mettent l'accent sur la relation entre la résistance à Phytophthora obtenue par des méthodes d'inoculation artificielle et des infections naturelles. En effet, un QTL commun a été identifié pour les deux méthodes d'évaluation de la résistance dans 2 ensembles d'individus de la même descendance (SCA6 x H) x C1) analysés indépendamment à 2 périodes différentes. En outre, nos résultats ouvrent la voie à l'application pratique de la sélection assistée par marqueurs (SAM) ou par sélection récurrente assistée par marqueurs (SRAM) en Côte d'Ivoire.

Cocoa breeding in Côte-d'Ivoire was initially based on the creation and selection of bi-parental crosses (hybrid varieties) with yield as the main criterion. Since the introduction of Upper Amazon (UA) materials in 1954, hundreds of "single pair" crosses between different groups have been made and the best crosses, mainly of the UA x Lower Amazon (LA) type (Amelonado), have been selected and distributed to farmers. This breeding strategy uses only part of the genetic diversity available and does not lead to the continuous genetic advancement required to improve resistance to pest and disease traits. From 1990 onward, a reciprocal recurrent selection (RRS) scheme was adopted in Côte d'Ivoire based on two complementary genetic groups: selected UA (providing good combining ability for early yield, adaptation, and for resistance to Phytophthora pod rot) and a mixture of Trinitario (T) and LA (providing good yield potential, self-compatibility, large beans and good flavour). Most of the second cycle parental clones were selected as single trees in the first cycle intra-group crosses, but also some additional parental clones were included. Based on data obtained from 12 microsatellite primers, the genetic diversity and genetic distances of the parental populations used in the first and second selection cycles were studied. More recently, some QTLs for resistance to Phytophtora have been identified for marker assisted selection on progenies from crosses that involved SCA6 and P7. Molecular markers are also being used for preventive breeding against frosty pod and witches' broom. In order to enlarge the local collection, the Centre National de Recherche Agronomique (CNRA) is engaged in a farmers' participatory approach for selecting new cocoa varieties and importing new germplasm from the international cocoa quarantine of Reading University. (Texte intégral)

La culture du cacaoyer en Côted'Ivoire est assurée par des milliers de paysans qui s'adressent rarement aux fournisseurs officiels de semences pour les extensions de leurs plantations. Les sources d'approvisionnement en semences sont variées. Par conséquent, la diversité du matériel existant dans le milieu pays an est mal connue. Dans cette étude, la diversité génétique de 554 individus issus des plantations paysannes des six zones de culture suivantes a été étudiée : Abengourou, Aboisso, Divo, Gagnoa, Daloa et Soubré. Les arbres analysés ont été sélectionnés par les paysans selon les critères de production, de résistance à la pourriture brune des cabosses et de résistance aux insectes. Les paramètres de diversité génétique ont été calculés à partir des données moléculaires issues de 13 loci microsatellites. Les résultats obtenus ont montré que les zones d'Abengourou et d'Aboisso sont les plus riches en allèles. L'hétérozygotie observée est dans l' ensemble très élevée. Les plus fortes valeurs ont été observées dans les zones de Gagnoa et de Soubré et la plus faible valeur d'hétérozygotie a été observée dans la zone de Divo. Dans l'ensemble, les populations des différentes zones ont présenté une grande ressemblance. Les populations d'Aboisso et de Divo sont génétiquement proches. Il en est de même pour celles de Gagnoa et de Daloa.

Productivity is a primordial selection criterion for new varieties of cocoa. Evaluation at the research station by the usual methods is restrictive and requires a lot of work. The aim of this work was to evaluate the efficiency of simple methods which are applicable to cocoa selection. To do this, the "classical" method of harvesting from individual trees (based on counting and weighing fruits on a monthly basis) has been compared with counting and visually scoring, on a scale of 0 to 5, of the quantity of fruits on the tree before the main harvest and before the mid-crop during two agricultural years (Septemeber 2002 to June 2004). The number of peduncles and fruit-bearing cushions were also counted and visually scored at the end of the one campaign (June 2003). Black pod infection level was estimated with the same methods as applied for pod yield during one harvesting campaign (2003/04). Highly significant correlations have been established between the first three methods to assess pod yield (i.e. "classical" method, counting and scoring the number of fruits). The use of counting and especially scoring the pod load before the main harvesting periods would make it possible to significantly reduce staff requirements and to still be able to obtain good quality information, useful for selection of individual trees and hybrid families. Counting and scoring of rotten pods before harvest campaigns seemed to be informative for the actual degree of infection during the harvest campaign, especially at the level of mean family values. On the other hand, the simplified method is less well correlated with the cumulated degree of infection over several years. The counting and scoring of active flower cushions at the end of the mid crop (Methods 4 and 5) appeared also to be promising for estimating average family pod production for the same harvesting campaign and for cumulated pod production (r = 0.78 to 0.89). However, the correlation at individual tree level was much lower (r = 0.49 to 0.61). This would suggest that the error variance at individual tree level for scoring of active flower cushions is larger than for family means. The results suggest that simplified methods can be efficient in the evaluation of relative pod production, as well as for the estimation of the proportion of diseased pods (in our case this was Phytophthora, but the same may apply to other diseases such as monilia and witches' broom). This would allow for savings of up to 80% of time and of financial resources to select new varieties in hybrid or clone trials, or to select promising trees within segregating populations. The use of simple and cost-efficient methods will be especially of interest in the evaluation of trials established at distant sites (such as on-farm trials), for which it is very difficult to collect yield data at monthly intervals. (Texte integral)

A survey was conducted among 280 cocoa farmers from 2001-2003, in six main cocoagrowing regions of Côte d'Ivoire (Abengourou, Aboisso, Divo, Gagnoa, Daloa and Soubré). The survey sought to determine farmers' knowledge, preferences, selection and the use of cacao planting material. Farmers were able to identify the presence of outstanding individual trees on their holdings as high-yielding, with tolerance to cocoa mirids (identified by farmers as with low incidence on pods) and to Phytophthora pod rot (Ppr), and were willing to share their material with breeders. Outstanding trees were collected for use in future breeding activities. Farms in Côte d'Ivoire contain a significant level of non-selected materials, despite the availability of improved varieties. Seventy-one percent of the farmers surveyed used non-selected materials from their best performing trees as open pollinated seedlings. Twenty-three percent of farms have been established using selected plant material and 6 % combined selected and non-selected plant materials. Old farms (over 30 years) were most commonly found in East and Middle West regions and less commonly in the South. The main disease in the Abengourou region was black pod reported in 65 % of the farms surveyed. The most common pest was mirids. However, the stem-borer is spreading from east to west. The farmers' own preference was for heavy-bearing trees, large beans and high number of beans per pod. They appreciated the current improved varieties for their early production and lower incidence of Ppr.

Cocoa breeding in Côte d'Ivoire started in the early 1960s as soon as Upper Amazon populations were introduced into Côte d'Ivoire from Ghana. The first crosses with Amelonado and Trinitario genotypes generated a number of selected hybrids that have been distributed to farmers from 1975 onward. In 1990, the need to change the breeding scheme arose in order to better account for resistance traits and to allow for continuous progress in the breeding programme. A reciprocal recurrent selection programme was seen as the best way to accumulate yield resistance traits into progenies. Clones were chosen to be used as parents to create two complementary base populations using information available on the combining ability of the genotypes. Three hundred and ten intra-populations crosses were made and planted in the field from 1991 to 1993. After selecting the best families, individual tree data on yield, yield efficiency and percentage of Phytophthora pod rot allowed trees to be selected that were used to create populations of the second cycle of recurrent selection. This second cycle started in 2000. Candidate hybrids from the first cycle, including intra-group and inter-group crosses, are being tested in comparative hybrid trials aiming at possible commercial release.

The CFC/ICCO/IPGRI project on "Cocoa Germplasm Utilization and Conservation: a Global Approach" (1998-2003) has significantly increased international collaboration on evaluation, selection and conservation of cocoa germplasm with the aim of producing better varieties. National research institutes in ten cocoa-producing countries, the Cocoa Research Unit (CRU) in Trinidad, the Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD), France, the University of Reading, UK, and the International Plant Genetic Resources Institute (IPGRI) have participated in the activities. These were characterization, evaluation and selection of promising cocoa genotypes (clones and hybrids), improvement and enhancement of germplasm populations, exchange of information and of selected germplasm accessions between project sites, and transfer and adoption of improved cocoa selection and breeding technologies. Emphasis in the evaluation and selection process has been on disease and pest resistance. Standardized working procedures for cocoa germplasm evaluation and selection, including disease and pest resistance screening methods, were agreed upon and adopted by the project. Approximately 94 ha of new variety trials (clones and hybrids) have been established at the different project sites. An International Clone Trial was established in nine cocoa-producing countries, permitting the evaluation worldwide of the stability of economically important traits of 20 selected and diverse accessions. Resistance of the "international clones" to the three major species of Phytophthora proved to be generally stable in relation to more than 20 fungal isolates from the ten cocoa-producing countries involved. New sources of resistance to black pod disease (Phytophthora pod rot or Ppr), witches' broom disease and cocoa mirids have been identified in most cocoa collections. Germplasm enhancement for resistance to Phytophthora pod rot has been successfully carried out in Trinidad and Tobago, using the genetic diversity present in the International Cocoa Genebank, Trinidad (ICG,T). The large efforts on germplasm evaluation and information exchange have allowed the identification of an international working collection, called "CFC/ICCO/IPGRI Project Collection", which contains 110 accessions possessing valuable agronomic traits and wide genetic diversity. Distribution of this collection to user countries, through the intermediate quarantine facility at the University of Reading, UK, has been initiated. The positive effects of the project include increased human capacity building, more effective and coordinated use of limited resources, increased collaboration between cocoa conservation and utilization efforts, and enhanced sustainability of cocoa breeding programmes. The achievements in the current project have permitted the partners to foster further international collaboration and to involve the farmers directly in the process of developing new varieties within the framework of the new CFC/ICCO/IPGRI project on "Cocoa Productivity and Quality Improvement: a Participatory Approach", that was initiated in June 2004.

A study was conducted to identify sources of mirid resistance in cocoa. Cocoa clones of diverse origins were evaluated for antixenosis, antibiosis and/or tolerance. Antixenosis assessment was based on the number of feeding lesions on twig segments in a choice test. Antibiosis was measured through survival of young mirid nymphs on shoots and on pods, whereas tolerance was assessed through the reaction of the twigs to fresh mirid feeding punctures. Significant differences (P

La cacaoyère ivoirienne est constituée d'une part d'Amelonado locaux introduits de longue date en Côte d'Ivoire et considérés comme du matériel traditionnel non amélioré ,et d'autres part de divers hybrides dont des hybrides de type F1 créés dans le cadre d'un programme d'amélioration et diffusés à partir de 1975 à travers des champs semenciers utilisant les pollinisations naturelles, de leurs descendances de types F2 issues de pollinisations libres des hybrides F1 ainsi que d'hybrides F1 obtenus par pollinisations contrôlées. Afin d'évaluer le gain en productivité ainsi que les acquis réalisés au niveau du programme d'amélioration du cacaoyer, un essai a été mis en place contenant les types de matériel végétal cultivés en Côte d'Ivoire. Il s'agit de ceux cités plus haut mais aussi de nouveaux hybrides créés mais non encore largement diffusés. Les données collectées de 1995 à 2001 concernent la production en cabosses saines, en nombre totale de cabosses ainsi qu'en poids de fèves fraîches. La résistance au champ face au Phytophthora palmivora a aussi été évaluée pour les différentes variétés en présence. Les résultats obtenus indiquent que le cacao traditionnel, constitué par l'Amelonado est beaucoup moins productif que toutes les autres variétés. Un rapport de 1 à 4,5 est observé entre la productivité de l'Amelonado et celle des variétés améliorées. En outre au niveau de la résistance au Phytophthora palmivora définie par le taux de cabosses pourries en champ, l'Amelonado est le moins intéressant. Au niveau des variétés améliorées, les hybrides issus de pollinisations naturelles en champs semenciers sont moins intéressants que ceux obtenus par pollinisations manuelles. Les résultats sont discutés par rapport à leur incidence sur la production globale du cacao en Cote d'Ivoire, par rapport à la diffusion de matériel végétal et aussi par rapport aux acquis de la recherche.

Deux cent vingt microsatellites nouvellement mis au point ont été produits à partir d'une banque génomique, enrichis en séquence répétée en tandem (SSR) et intégrés dans une carte de liaison moléculaire haute densité existante. Les marqueurs microsatellites (SSR) ont été couramment utilisés pour de nombreuses espèces de cultures du fait de leur abondance, de leur degré élevé de polymorphisme, de leur spécificité de locus, de leur reproductibilité, de la faible quantité d'ADN nécessaire et de leur hérédité codominante. Les microsatellites ont été cartographiés sur 135 individus issus de la même population de cartographie que celle utilisée pour établir la carte de référence. Cette descendance était issue d'un croisement entre deux clones de cacao hétérozygotes: un Upper amazon Forastero (UPA 402) et un Trinitario (UF 676). Les nouveaux marqueurs microsatellites ont été attribués aux dix groupes de liaison différents qui correspondent aux dix chromosomes gamétiques du cacao. La cartographie des nouveaux marqueurs ainsi que des microsatellites précédemment décrits a permis une couverture génomique complète des 10 chromosomes, avec une distance moyenne de 1 SSR pour 3 cM. Seuls les marqueurs codominants ont été conservés pour l'établissement de la nouvelle carte de référence du cacao. Cette nouvelle carte comprend 176 RFLP, 270 marqueurs microsatellites et 5 isoenzymes. Elle constituera un outil utile pour l'identification et la comparaison entre plusieurs descendances des régions les plus importantes dans la variation des caractères d'intérêt agronomique et pour développer des stratégies de Sélection assistée par marqueurs.

The genetic diversity of a germplasm collection of kola trees (Cola nitida (Vent.) Schott and Endl.) maintained in Cote d'Ivoire and consisting of accessions originating from Cote d'Ivoire, Guinea and Nigeria, was assessed using 6 en­zyme systems and 11 loci. These enzyme systems were GPI with 3 loci and 17 al­leles, PGM (2loci,4 alleles), IDH (2loci, 3 alleles), EST (l locus, 3 alleles),ACP (1 lo­cus, 2 alleles) and MDH (2 loci, 5 alleles). Nine of the 11 loci were polymorphic. A hierarchical ascendant classification (cluster analysis) revealed that the total population was structured into three ge­netically distinct and di versified groups: A, Band C. The fixation index (F) and the inbreeding coefficient within sub­population (F;) were found to be +0.20 and -0.15, respectively. The three groups (A, B and C) differ at allele f of the locus Gpi-2 and the alleles e,f and g of the locus Gpi-3. Each group is heterogeneous and contained both Ivorian, Guinean and Nigerian genotypes. The originality of these groups was confirmed by a facto­rial discriminant analysis. The results led to the conclusion that the three popula­tions studied would have had a common centre of dispersion.

Cette étude porte sur une analyse génétique de la résistance à P. palmivora examinée dans un essai factoriel 4 x 2 installé au champ en 1988. Les deux caractères étudiés sont, d'une part la résistance sur disques foliaires à P. palmivora, mesurée par des notations réalisées au laboratoire, et d'autre part, la résistance au champ à la pourriture brune des cabosses, évaluée par des pourcentages de pourriture. Les résultats obtenus montrent une séparation entre les huit descendances de l'essai éprouvées par chacune des deux méthodes. Les aptitudes générales à la combinaison constituent la principale source de variation. L'héritabilité au sens strict de la résistance est de 0,55 pour les notations sur disques foliaires et de 0,42 pour les pourcentages de pourriture au champ. L'existence de corrélations génétique et phénotypique positives et significatives entre ces 2 caractères de résistance montre que le test sur disques foliaires peut efficacement être utilisé pour prédire la réaction des cabosses en condition d'infection naturelle au champ.

La productivité constitue pour la plupart des pays producteurs de cacao un critère primordial de sélection. Son évaluation en station de recherche par les méthodes habituelles est contraignante et demeure pratiquement inexistante en milieu paysan. Le but de ce travail est de rechercher une méthode simple et fiable d'évaluation de ce caractère qui soit applicable aux plantations paysannes. Après une brève description de la méthode basée sur le comptage des fruits souvent utilisé pour l'évaluation de la production, nous présentons une nouvelle méthode basée sur des notations visuelles quantifiant grossièrement le nombre de fruits sur les arbres. L'emploi de cette méthode, pour laquelle des corrélations hautement significatives ont été établies avec la méthode antérieure, permettrait de réduire considérablement tant les besoins en personnel qu'en temps de travail dans les parcelles "randomisées" et d'obtenir une information de qualité utilisable en sélection cacaoyère.

Le projet mené conjointement par le CFC (Fonds commun pour les produits de base), l'ICCO et l'IPGRI sur "L'utilisation et la conservation du matériel génétique - approche globale" (1998-2003) a remarquablement renforcé la collaboration internationale dans le domaine de l'évaluation, de la sélection et de la conservation du matériel génétique du cacao notamment la production de variétés améliorées. Les instituts nationaux de recherche de dix pays producteurs, le CRU, le CIRAD, l'Université de Reading et l'IPGRI ont participé aux activités du projet. Le projet a été financé conjointement par le Fonds Commun pour les produits de base, supervisé par l'Organisation Internationale du Cocoa (ICCO) et coordonné par l'IPGRI, en collaboration avec le CIRAD. Les activités concernent l'évaluation et la sélection de nouveaux génotypes du cacaoyer (clones et hybrides), l'amélioration et le développement du matériel génétique, l'échange d'informations et d'accessions entre les différents sites, le transfert et l'adoption de technologies améliorées pour la sélection et la multiplication variétale. Les processus d'évaluation et de sélection se sont concentrés sur la résistance aux maladies et aux nuisibles du cacaoyer. Des procédures d'évaluation et de sélection du matériel génétique, ainsi que des méthodes d'identification des maladies et des nuisibles ont été établies, publiées et adoptées dans le cadre du projet. Environ 85 hectares de nouvelles variétés (clones et hybrides) ont été établis dans les différents sites du projet. Un "Essai de clones international" a été mis en place dans neuf pays producteurs de cacao. Celui-ci a permis, à l'échelle mondiale, d'évaluer la stabilité de caractéristiques importantes sur le plan rendement économique de 20 différentes accessions. La résistance des "clones internationaux" aux trois principales souches pathogènes de Phytophthora s'est dans l'ensemble révélée stable dans le cas de plus de 20 isolats fongiques dans les 10 pays producteurs de cacao participant au projet. De nouvelles sources de résistance à la pourriture brune, à la maladie du balai de sorcière et aux mirides du cacaoyer ont été identifiées dans la plupart des collections de matériel génétique. Les résultats des essais menés à Trinité et Tobago, en utilisant le matériel de la International Cocoa Genebank, Trinité (ICG, T), portant sur l'amélioration de la résistance à Phytophthora (maladie de la pourriture brune), ont été positifs. Les importantes activités d'évaluation de matériel génétique et d'échange d'informations ont permis de constituer une collection internationale - la "Collection du projet CFC" - qui contient 110 accessions représentant une grande variété génétique et possèdant des caractéristiques agronomiques très utiles. La distribution de matériel de cette collection aux pays utilisateurs, par l'intermédiaire du centre de quarantaine de l'université de Reading, R-U, a été entreprise. Le projet a eu plusieurs effets positifs: renforcement des ressources humaines, utilisation et coordination plus efficaces de ressources limitées, meilleure coordination des activités de conservation et d'utilisation du matériel génétique et gestion plus efficace des programmes de sélection. Les réalisations du projet actuel permettront aux partenaires d'élargir la collaboration au niveau international et d'impliquer les cacaoculteurs directement dans le processus de développement de nouvelles variétés dans le cadre d'un nouveau projet qui aura pour thème "L'amélioration du rendement des cacaoyers et l'amélioration de la qualité du cacao - approche participative". Une brève description de cette nouvelle proposition est également présentée.

The study presented in this paper consisted of three comparisons between the performances of 23 clones evaluated in five clonal trials and their performances as progenitors in three progeny trials in Côte d'Ivoire, for yield, vigour and yield efficiency. Some significant correlations were observed in the case of two of the three progeny trials, but the sense of the correlations changed according to the genotypes under study, making the results inconclusive. Additional studies should be carried out, with much larger numbers of genotypes and in different environments, in order to obtain a clear appreciation of the possible use of clone values to predict combining ability.

Des méthodes d'électrophorèse enzymatique appliquées au colatier Cola nitida ont permis de révéler 10 loci issus de 6 systèmes enzymatiques sur les 9 testés. Les organes présentant une bonne activité enzymatique et une bonne résolution sont les cotylédons et le tégument pour l'alcool déshydrogénase (ADH). Les jeunes feuilles constituent les organes où l'activité des enzymes phosphoglucose isomérase (PGI), phosphoglucomutase (PGM), estérases (EST), isocitrate déshydrogénase (IDH), phosphatase acide (ACP) et malate déshydrogénase (MDH) est présente. Tous les gènes sont codominants. Huit des dix gènes présentent une ségrégation mendélienne. Deux loci Pgi-1 et Idh-1) sont monomorphes alors que 8 autres loci Pgi-2, Pgi-3, Pgm-1, Pgm-2, Est, Idh-2, Mdh-1 et Mdh-2) sont polymorphes. Les gènes Pgm-1, Pgm-2, Est, Idh-2 et Mdh-2 ont une structure quaternaire monomérique alors que Pgi-2, Pgi-3 et Mdh-1 sont dimériques. L'étude de la liaison entre les gènes indique que seuls Pgi-2 et Pgi-3 sont liés.

Le colatier Cola nitida (Vent.) Schott et Endl. est une plante originaire de l'Afrique de l'Ouest. Elle produit des fruits dont les graines appelées encore noix de cola (figure) sont employées en Afrique occidentale et centrale pour des usages traditionnels (mariages, funérailles, gages d'amitié, sacrifices rituels, etc.). Elles inter-viennent dans l'industrie pharmaceutique et alimentaire pour la fabrication de stimulants cardiaques, laxatifs, sédatifs et boissons gazeuses. Malgré son importance socio-économique, cette espèce est menacée de disparition à cause de l'abattage des arbres lors de l'établissement de grandes exploitations agricoles (cacaoyers, caféiers, palmiers à huile, hévéas, etc.). Cela a conduit à la collecte de génotypes par bouturage à travers trois pays d'Afrique (Côte d'Ivoire, Nigeria, Guinée) et à la mise en place d'une collection en Côte d'Ivoire au Centre national de recherche agronomique. La caractérisation par marqueurs biochimiques (enzymatiques) et une étude de diversité génétique ont été entreprises pour une bonne gestion des ressources génétiques de l'espèce C. nitida. Nos travaux ont mis en évidence trois groupes génétiques, A, B e t C, avec respectivement 49, 20 et 10 génotypes. Le groupe minoritaire C est le plus éloigné génétiquement des deux autres. La différenciation entre ces groupes se situe essentiellement au niveau de l'enzyme PGI et de l'allèle f du locus Pgi-2 et des allèles e, f et g de Pgi-3. La répartition des génotypes dans ces trois groupes est indépendante de leurs provenances géographiques. Cela indique que ces aires de collecte ne constituent pas des centres de dispersion indépendants de cette plante. Elle met en évidence une dispersion humaine récente de cette culture. Il existe une importante diversification génétique intergroupe (Fst = + 0,20). La structuration présente dans la collection pourrait être utilisée dans une stratégie de sélection comme la sélection récurrente pour améliorer le colatier. II existe un déficit d'hétérozygotie intra-groupe élevé (Fis = - 0,15). Cela suggère de nouvelles prospections dans des aires plus diversifiées, ce qui permettra d'augmenter la diversité génétique de la collection. (Texte intégral)

Two hundred and twenty newly developed microsatellites were produced from a genomic library enriched in SSR and integrated into an existing high density molecular linkage cocoa map. Microsatellites or simple sequence repeat (SSR) markers have been widely used in many crop species due to their abundance, high degree of polymorphism, locus specificity, reproductibility, low amount of DNA required and codominance heredity. The microsatellites were mapped on 135 individuals from the same mapping population used to establish the reference map. This progeny resulted from a cross between two heterozygous cocoa clones: an Upper amazon Forastero (UPA 402) and a Trinitario (UF 676). The new microsatellite markers were assigned to the ten different linkage groups that correspond to the ten gametic chromosomes of cocoa. Mapping of the new markers as well as previously reported microsatellites provided genome-wide coverage of the 10 chromosomes, with an average distance of 1 SSR per 3 cM. Only codominant marker were conserved to establish the new cocoa reference map. This new map includes 176 RFLP, 270 microsatellites markers and 5 isoenzymes. It will be a useful tool to identify and compare between several progenies the most important regions involved in the variation of the traits of interest and to develop Marker Assisted Selection program. (Texte intégral)

Parmi les facteurs qui influencent la durabilité des cultures pérennes, l'apport du matériel végétal est envisagé dans les cas du cacaoyer, du caféier et du cocotier. L'apport du matériel végétal amélioré se situe au niveau de l'aptitude à l'établissement, de la résistance aux aléas biotiques et abiotiques, du potentiel de production et de la possibilité d'évolution de ce matériel. Ces avantages sont déterminants dans le contexte actuel de disparition des fronts pionniers et de la replantation après jachère. Ils justifient l'investissement de la recherche pour la création de variétés d'une part et celui des planteurs pour leur acquisition d'autre part. Cependant, l'accessibilité des planteurs à ce matériel devrait être facilitée. Par ailleurs, les techniques culturales adaptées à ce matériel devraient faire l'objet d'une vulgarisation renforcée.

Une distribution à grande échelle d'hybrides aux planteurs en Côte d'Ivoire est faite depuis 1975 à l'aide des jardins de semences bi-clonaux où les clones femelles sont considérés comme auto-incompatibles. Les marqueurs d'izozyme ont révélé que les descendances issues des jardins de semences contiennent une grande proportion de plants auto-fécondés. Pour évaluer les performances des descendances d'auto-fécondation provenant de ces jardins, une expérimentation a été conduite à Bingerville n 1989 en vue de comparer les vraies descendances hybrides issues de la pollinisation témoin, aux descendances produites dans les jardins de semences. Les conclusions montrent que deux types de descendances sont produits dans les jardins de semences et que les descendances auto-fécondées sont inférieures pour beaucoup de caractères aux plantes obtenues par pollinisation manuelle. Les performances du matériel à planter obtenu des jardins de semences des performances intermédiaires entre celles des deux types de matériel produits dans les jardins de semences

Le Phytophthora palmivora provoque la pourriture des cabosses, une maladie sévère du cacaoyer, répandue dans toutes les régions de production. Pour comprendre le déterminisme génétique de la résistance à P. palmivora une étude a été menée sur deux descendances dérivées de croisements entre un clone Forastero hétérozygote modérément résistant, T60/887, et deux clones Forastero génétiquement proches et très sensibles, l'un complètement homozygote, IFC2, l'autre partiellement hétérozygote, IFC5. La taille cumulée des deux descendances est de 112 individus. Les plants sont soumis à des inoculations naturelles et artificielles de P. palmivora en Côte d'Ivoire. Les cartes génétiques de T60/887 et de IFC5 ont été construites à l'aide de marqueurs AFLPs et microsatellites. La carte de T60/887 comprend 198 marqueurs réunis en 11 groupes de liaison et représente une taille de 793 cM. La carte de IFC5 comprend 55 marqueurs AFLP (polymorphisme de longueur des fragments amplifiés) rassemblés en six groupes de liaison représentant une longueur totale de 244 cM. Le pourcentage de fruits pourris sous infection naturelle a été mesuré pour chaque arbre pendant deux récoltes. Les inoculations artificielles ont été conduites sur feuilles et cabosses. Celles-ci sont faiblement corrélées aux taux de pourriture au champ. Cinq loci de caractère quantitatifs (QTLs) ont été détectés pour T60/887 mais aucun n'est commun entre les trois caractères mesurés. La stabilité et la fiabilité des procédures expérimentales sont discutées et révèlent la difficulté d'utiliser les tests artificiels sur arbres adultes pour prédire le taux de pourriture au champ des arbres.

Le développement récent de cartes génétiques à partir de diverses descendances de Theobroma cacao L à permis d'entreprendre l'identification de régions du génome impliquées dans des caractères d'intérêt. Le but de cet article est de présenter les principaux résultats de cartographie de QTLs de caractères liés au rendement, à la vigueur, à la résistance à P. palmivora et aux fèves. Trois géniteurs femelles, un Forastero haut amazonien : IMC78 et deux Trinitario : DRI et S52, croisés par un même géniteur mâle Catongo, constituent les populations étudiées. Chacune des descendances a été assimilée à un croisement de type test cross compte tenu du caractère homozygote du géniteur Catongo. La cartographie a été réalisée à l'aide de marqueurs moléculaires de type RFLP, microsatellites et AFLP. Les analyses de QTLs ont été effectuées en Composite Interval mapping (CIM). Des QTLs associés au rendement ont été identifiés à partir d'observations effectuées sur neuf années de récoltes consécutives. Certains de ces QTLs peuvent être considérés comme relativement stables, d'autres sont spécifiques d'une année. Les QTLs du rendement détectés, expliquent chacun entre 8 à 19% de la variation phénotypique. Des co-localisations ont été mise en évidence entre les QTLs du rendement et QTL de la vigueur. Chez DRI et IMC78, une co-localisation entre un QTL du poids moyen d'une cabosse et un QTL du pourcentage de cabosses pourries, a été identifiés dans une même région du chromosome 4. Cette co-localisation suggère une relation génétique entre les caractéristiques de la cabosse et l'action de l'agent pathogène (P. palmivora) dans les conditions du champ. En relation avec une étude sur la diversité des Trinitario, les allèles favorables de QTL de caractères détectés uniquement chez les Trinitario ont pu être identifiés. Les perspectives d'utilisation des marqueurs moléculaires afin d'optimiser les programmes d'amélioration génétique du cacaoyer, sont proposées.

Une approche basée sur la cartographie du génome a été développée dans le cadre d'un projet CAOBISCO pour connaître les bases génétiques de la résistance du cacaoyer au Phytophthora. Plusieurs descendances situées à Trinidad, au Cameroun, en Côte d'Ivoire et à Montpellier ont été analysées pour leur résistance à P. palmivora, P. megakarya ou P. capsici. Parmi elles, 5 descendances, plantées au Cameroun et en Côte d'Ivoire, et ayant produit pendant plusieurs années, ont permis d'analyser la résistance évaluée simultanément par le taux de pourriture au champ et par des tests d'inoculation artificielle sur cabosses ou sur feuilles. De nouvelles descendances ont aussi été mises en place à Trinidad et à Montpellier pour étudier, par tests sur feuilles, la résistance d'autres géniteurs importants. Le taux de pourriture au champ, évalué chez plusieurs descendances a permis d'analyser la resistance au champ de plusieurs géniteurs: ICS 84, UPA 134, SNK413, SNK10, IMC67 (pour Phytophthora megakarya) et UF676, UPA 402, T60/887, DR1, S52, IMC78 (pour Phytophthora palmivora). De 0 à 2 QTLs impliqués dans la résistance au champ ont été mis en évidence pour chaque géniteur. On peut observer des zones de QTLs communs entre plusieurs géniteurs, situées sur les chromosomes 1, 4 et 9 en particulier et des zones non communes. Les résultats des tests feuille faits sur arbres adultes montrent qu'ils sont fortement dépendants des effets de l'environnement. Ceci se traduit par une mauvaise répétabilité dans l'identification des QTL. Au sein d'une même descendance plantée en champ, les QTLs de résistance évaluée par test feuille ne coïncident généralement pas avec les QTLs de taux de pourriture au champ. Les tests feuilles réalisées sur jeunes descendances en serre ou pépinière donnent des résultats plus répétables et plus significatifs, ce qui sembleraient montrer une plus grande fiabilité du test feuille réalisé sur jeunes plants et dans des conditions plus homogènes. Des QTL de résistance communs vis à vis de plusieurs espèces de Phytophthora en même temps que des QTL spécifiques à chacune des espèces testées ont été mis en évidence. Ces résultats sont particulièrement importants pour mettre en place les stratégies d'amélioration de la résistance des cacaoyers vis a vis de plusieurs espèces de Phytophthora. Une approche "gènes candidats" a par ailleurs été développée en clonant chez le cacaoyer et en cartographiant des homologues de gènes de résistance connus afin de rechercher des marqueurs localisés dans les gènes de résistance directement impliqués. Plusieurs colocalisations ont par ailleurs été mises en évidence entre QTL de résistance et homologues de gènes de résistance et de défense clonés chez le cacaoyer. L'ensemble des résultats obtenus par l'analyse de ces dix descendances montre donc une grande diversité de gènes de résistance au Phytophthora au sein de l'espèce T. cacao et ouvre donc la possibilité d'améliorer la résistance des cacaoyers en cumulant des gènes de résistance différents avec l'aide des marqueurs moléculaires.

En Côte d'Ivoire, l'amélioration génétique du cacaoyer a longtemps reposé sur des essais comparatifs d'hybrides de clones (en dispositifs "single-pair"), avec un critère de sélection primordial, la productivité. Pour ce critère, les croisements de formule : Forastero Haut-Amazonien x Forastero Bas-Amazonien Amelonado, ont donné les meilleurs résultats. Cependant, pour satisfaire aux contraintes d'un second critère de sélection, la taille des fèves, des géniteurs Trinitarios (par ex. des clones UF) ont parfois remplacé les Amelonados. Le matériel hybride créé, largement distribué en Côte d'Ivoire à partir de 1974, est globalement bien apprécié des planteurs pour sa précocité, sa productivité et sa vigueur, en particulier lors de la phase juvénile. Sa tolérance vis-à-vis des mirides est nettement améliorée par rapport au matériel ancien, de type Amelonado. Actuellement, pour diverses raisons, la résistance aux aléas parasitaires est devenue un objectif prioritaire. En 1990, un programme de sélection récurrente et réciproque a été lancé, pour assurer des gains génétiques continus sur les nouveaux critères de sélection retenus, tout en maintenant une indispensable variabilité génétique. Les deux populations de base ont été constituées par des croisements entre Forasteros Haut-Amazoniens d'une part (plus quelques Criollos), puis entre des Forasteros Bas-Amazoniens et Trinitarios d'autre part. Dans chaque population, les géniteurs ont été choisis sur leur comportement connu (valeur propre et/ou valeur en croisement) et suivant l'information disponible à l'époque sur la structuration génétique des groupes de cacaoyers et la position des clones dans les divers groupes. L'ensemble des parcelles du dispositif, soit 5,6 ha, a été planté entre 1991 et 1993, à Divo, et suivi jusqu'en 1999. Après un rappel des populations et géniteurs impliqués, ainsi que des dispositifs, les contraintes rencontrées et les résultats du premier cycle sont exposés, de même que la stratégie de sélection des géniteurs du second cycle. Pour le second cycle, la première population améliorée a été réduite aux seuls Forasteros Haut-Amazoniens. Le choix des géniteurs du second cycle a été réalisé par une sélection de type "individu-famille". Les familles ont été sélectionnées sur leurs performances, mais aussi et surtout, en raison des effectifs faibles, sur la base du comportement des géniteurs du premier cycle (femelles et mâles) pour les critères de sélection suivants : productivité cumulée, rapport production / vigueur, pourcentage de cabosses pourries au champ, résultat du test-feuille vis-à-vis de Phytophthora palmivora et poids moyen d'une cabosse. Les individus, dans les familles retenues, ont eux été sélectionnés sur les critères de : productivité cumulée, rapport production/vigueur, pourcentage de cabosses pourries, poids moyen d'une cabosse, dégâts cumulés de mirides et appréciation visuelle globale du sélectionneur. Dans chaque population de base, 40 nouveaux géniteurs "améliorés" ont ainsi été choisis, en majorité dans les parcelles du premier cycle, mais également dans certains essais plus anciens. Les croisements de type Haut-Amazoniens x Criollo, ou Criollo x Criollo, ont pu être utilisés pour la sélection de clones, ou même pour la sortie variétale de nouveaux hybrides, à introduire en essais multilocaux de confirmation.

L'objectif de cette étude est de mieux connaître les bases du déterminisme génétique de la résistance des cacaoyers à trois espèces de Phytophthora (P. palmivora, P. megakarya, P. capsici) en localisant les différentes régions du génome impliquées dans le caractère de résistance (QTLs). L'étude a été réalisée sur une descendance créée en Côte d'Ivoire avec comme parent femelle un individu hybride de Scavina 6, sélectionné au champ pour son niveau élevé de résistance et comme parent mâle l'Amelonado IFC1 relativement sensible.151 individus plein-frères ont été élevés en serre à Montpellier. Le niveau de résistance a été évalué par inoculation sur feuilles avec 2 isolats différents pour chacune des 3 espèces. Des différences significatives du niveau de résistance ont été observées entre les individus pour les 3 espèces. Dix groupes de liaison correspondant aux 10 chromosomes de T. cacao ont été identifiés avec 213 marqueurs. Ces loci correspondent à 190 marqueurs AFLP et à 23 microsatellites. La longueur totale de la carte atteint 682 cM et la distance moyenne entre marqueurs est de 3,2 cM. Des QTLs ont été identifiés pour chaque isolat de Phytophthora. Au total 11 QTLs ont été détectés, 3 sur le chromosome 5 et 2 sur les chromosomes 1, 3, et 6 et un pour les chromosomes 4 et 7. Pour P. palmivora, 6 QTLs sont significatifs et expliquent 57% de la variation pour un des isolats et 4 QTLs expliquent 35% de la variation pour l'autre isolat. Pour P. megakarya, 4 QTLs sont significatifs et expliquent 21.7% de la variation. Pour P. capsici, 2 QTLs sont significatifs et expliquent 19,6% de la variation. Trois QTLs significatifs sont communs à plus d'une espèce, il existe egalement des QTLS spécifiques à un isolat d'une seule espèce. Cette étude révèle plusieurs zones du génome impliquées dans la résistance au Phytophthora. Le pourcentage élevé de la variance expliqué par ces QTLs permet d'envisager une sélection assistée par marqueur.

L'amélioration génétique pour la résistance à la pourriture brune doit d'une part exploiter la variation du niveau de résistance du matériel cultivé et des clones répertoriés dans les collections, et d'autre part créer de nouveaux genotypes par des croisements contrôlés entre clones résistants ou sensibles. L'évaluation de la résistance des clones des collections est encore très incomplète et la plupart des variétés hybrides existantes ont été généralement choisies en fonction de leur niveau d'hétérosis. Les niveaux de résistance obtenus jusqu'à présent avec la sélection classique de familles hybrides sont donc souvent insuffisants en raison de l'utilisation de parents "sauvages" peu résistants dans ces croisements et de la ségrégation des caractères dans la descendance (croisements entre hétérozygotes). Pour assurer un gain génétique significatif, deux stratégies sont aujourd'hui mises en oeuvre. La première consiste à améliorer les parents des variétés hybrides en cumulant au préalable les gènes favorables : d'une part par des recombinaisons entre génotypes sélectionnés pour leur niveau de résistance au cours de plusieurs cycles successifs et d'autre part par des autofécondations pour fixer les allèles favorables. Le projet Caobisco a permis de réaliser de tels croisements en Côte d'Ivoire, au Cameroun et à Trinidad. La deuxième consiste à sélectionner les individus les plus performants au sein des descendances hybrides, optimisant ainsi les gains génétiques. Ces génotypes seront ensuite confirmés comme variétés clonales. Ce type de sélection a été réalisé au Cameroun, en Côte d'Ivoire et à Montpellier. Dans cet article sont présentés les résultats de sélection obtenus en évaluant la résistance par le test précoce d'inoculations sur feuilles en Côte d'Ivoire, au Cameroun et à Montpellier. Le matériel végétal ainsi sélectionné devra être mis au champ afin de valider la méthode de sélection en comparant avec les performances obtenues en infection naturelle.

The genetic structure of 175 genotypes of Theobroma cacao L. was investigated using 27 RFLP/cDNA loci. The number of alleles per locus was never higher than four and a high genetic diversity was found. Criollo genotypes appeared differentiated from Forastero genotypes. A deficiency of heterozygotes was found in all populations and some alleles were fixed in some populations. Within population gene diversity was high. When four morphological groups were considered, Upper Amazon Forastero was the most polymorphic and diverse population. Almost all the alleles of the whole species could be found within this group. Observed heterozygosity was the highest within Criollo and Trinitario populations but a certain proportion of homozygous genotypes was present in all groups.

The purpose of the international trials is to generate practical useful information on the genotype tested for the breeders, either for use as planting material or as a source of germplasm in the breeding program. As far as possible, the observations made or the measurements taken should be simple, accurate and inexpensive to collect.

Le test feuille est une méthode d'évaluation précoce de la résistance des cacaoyers aux diverses espèces de Phytophthora. Après une mise au point méthodologique, ce test a permis de cribler plusieurs génotypes de cacaoyers et a par ailleurs montré un niveau de répétabilité acceptable. Dans la présente étude, ce test a été utilisé pour mesurer l'héritabilité de la résistance à P. palmivora dans deux plans de croisements mis en place en Côte d'Ivoire : un diallèle 5 x 5 localisé dans une pépinière et un factoriel 4 x 2, installé au champ. Les résultats obtenus révèlent des effets principalement additifs au champ et, en pépinière, en plus des effets d'additivité, des effets de dominance non négligeables. D'autre part, la comparaison entre les résultats des tests feuille appliqués sur le matériel végétal en champ et les taux de pourriture observés sur ces arbres indique une corrélation positive et significative aussi bien au niveau des familles qu'au niveau des arbres individuels. Les gains génétiques estimés à partir de ces deux essais au taux de sélection de 5 % sont satisfaisants et permettent d'envisager une sélection efficace des génotypes prometteurs dès le stade pépinière.

Différents types de marqueurs moléculaires ont été utilisés durant le projet pour réaliser des cartes génétiques des diverses descendances étudiées et localiser les QTLs. Afin d'obtenir un grand nombre de marqueurs disponibles pour comparer les cartes génétiques, on a essayé de produire et de cartographier des marqueurs micro-satellites sur la carte de référence. Ces marqueurs sont très polymorphes, co-dominants et ne nécessitent que peu d'ADN. Quatre différentes banques enrichies en micro-satellites ont été obtenues (86 % des clones contiennent un micro-satellite). Le laboratoire Biotrop fut assisté par le Centre National français de Séquençage dans l'établissement des séquences des fragments d'ADN nécessaires pour la production de marqueurs micro-satellites. 280 fragments ont été séquencés et 141 séquences uniques ont été isolées et sont exploitables pour l'isolement des micro-satellites. Jusqu'à présent 40 nouveaux micro-satellites polymorphes ont été isolés et 33 micro-satellites peuvent être cartographiés. 19 autres micro-satellites fournis par Nestlé peuvent être cartographiés sur la carte de référence. Maintenant, 69 micro-satellites sont cartographiés sur la carte de référence.

In the framework of a CAOBISCO sponsored project the genetic bases of resistance to several species of Phytophthora have been studied. Different significative QTL identified make it possible to accumulate various resistance genes to improve varietal resistance. Markers closely linked to QTL could allow to control at early stages the presence of resistance alleles in progenies. Several applications or strategies using QTL analyses could be considered to improve resistance level. Creation of genotypes homozygous for resistance alleles.The most resistant clones, as SCA6 and SNK413, could have the resistance genes in an homozygous condition. The identification of a QTL means a heterozygous condition of the resistance gene identified in the parent studied. By selfing the genotypes and using Marker Assisted Selection (MAS), it is possible to produce and screen selfed progenies having homozygous resistance alleles. These clones will have a higher resistance level and a better combining ability to produce resistant hybrids. Accumulation of various resistance genes and other genes of interest Various resistance genes could be accumulated using MAS by crossing clones for which different QTL of resistance have been identified. It is also possible to use MAS to break linkage between favourable and unfavourable alleles located in the same chromosome region. Early selection for resistance and other traits. Increased selection efficiency in pre-breeding, at the nursery stage, would be possible by applying MAS on a limited number of resistance QTL (stronger QTL, QTL for resistance to several Phytophthora species...) and to have available more plants to apply selection for other traits of interest in the field. Combine use of marker information and phenotypic selection to constitute a selection index. Information.,; on a larger number of QTL could be combined with phenotypic selection related to resistance traits (intrinsic resistance revealed by leaf tests) or other traits of interest to constitute a selection index. Apply MAS at other sites than those where QTL have been identified. It is possible to accumulate QTL identified at- different sites for diseases not present in the country (examples : screening in Montpellier for resistance to P. palmivora, P. megakarya, P. capsici, or possible selection of field resistance to P. megakarya on the basis of QTL identified in Cameroon). The first results obtained in the CAOBISCO project allow to put in place several experiments to test MAS strategies (selfing clones to fix resistance genes in homozygous condition, accumulating various resistance genes). However the identification of QTL in important Other resistant ciones has to be continued to identify the all major sources of resistance to Phytophthora in cocoa.

Theobroma cacao is mainly cultivated by small farmers and production is concentrated in Africa. The sustainability of the productivity of the culture passes partially by the capacity of the breeding programs to accumulate in new varieties favorable alleles for the main agronomic traits. The spectacular development of the molecular marker research allows today to have more direct access to the genotype. During the last ten years, studies were carried out to map QTL for agronomic traits on several plant species. In cacao, ten progenies were mapped and several QTL detected especially for the resistance to Phytophthora spc and yield components. The comparison of the different maps is possible through specific markers (RFLP and microsatellites) mapped on the reference map of cacao, containing 473 markers. The purpose of this article is to analyze results on QTL detection of yield and vigor traits and co-location these QTL identified on the available genetic maps. Methodological approaches to QTL's detection are also presented. The further research perspectives on mapping of yield and vigor traits and possible use of molecular markers in selection of these traits in cacao are discussed.

The genetic bases of resistance to Phytophthora palmivora was studied in Côte d'Ivoire by the analysis of five different progenies and using three methods of resistance evaluation: % rotten pods in the field, artificial leaf tests made on adult trees, artificial pod tests on two of them. The following progenies were studied : UPA402 x UF676, T60/887 x Amelonado, IMC78 x Catongo, DR1 x Catongo, S52 x Catongo.

Depuis de nombreuses années, différents essais génétiques ont été installés dans des zones de cacaoculture atteintes par la pourriture des cabosses. Dans cette étude, un bilan de plusieurs essais conduits au Cameroun et en Côte d'Ivoire est présenté. Des analyses génétiques sur les taux de pourriture observés en champs sont effectuées. Au Cameroun, le travail a porté sur un essai diallèle complet à 6 géniteurs; en Côte d'Ivoire les données sont issues d'un plan factoriel dans lequel 16 parents femelles haut amazoniens sont croisés avec 4 parents mâles bas amazoniens. Des observations conduites au Togo dans un essai diallèle triangulaire à 12 géniteurs permettent de relier les résultats du Cameroun et de Côte d'Ivoire. L'analyse de ces différents plans de croisements permet de tirer des conclusions sur l'héritabilité de la résistance à Phytophthora. Ainsi, le taux de pourriture observé au champ a une héritabilité principalement additive dans tous les essais étudiés. Il est donc possible de classer les géniteurs suivant leur aptitude générale à la combinaison et de cumuler les caractères de résistance dans le cadre d'un schéma de sélection récurrent. Dans les différents pays, les Trinitario présentent de plus fortes attaques que les Forastero. Le classement des géniteurs utilisés en Côte d'Ivoire est cohérent avec celui obtenu au Togo, bien que les agents pathogènes soient différents (P. palmivora en Côte d'Ivoire, P. megakarya au Togo). Une sélection combinée individus-familles sur valeur génétique totale est donc envisagée dans la perspective de diffuser ultérieurement du matériel clonal. Il s'agit d'une sélection multicaractère sur un index combinant les deux principaux caractères cibles : la production et la résistance à Phytophthora évaluée par le taux de cabosses pourries par arbre. Cette sélection a été effectuée sur les plans de croisements précédents, au Cameroun et en Côte d'Ivoire. Un index de sélection est construit pour réaliser un bon compromis entre les gains génétiques espérés sur chacun des caractères cibles pris en compte. La liste des arbres sélectionnés est fournie pour un taux de sélection de 1%. Les arbres sélectionnés au seuil de 1% dans le diallèle du Cameroun ont été plantés dans un essai de confirmation.

Dans cet article, une synthèse générale est présentée des génotypes qui ont été sélectionnés durant ce projet. Ces sélections ont été effectuées d'une part, sur des arbres au champ à partir de l'observation du taux de pourriture naturelle ou d'un index de sélection faisant intervenir plusieurs caractères agronomiques, et d'autre part en pépinière sur des jeunes semenceaux en utilisant le test précoce d'inoculations sur feuilles. Des clones internationaux et locaux présents dans les collections ont ainsi été classés au Cameroun, à Trinidad et à Montpellier. Des arbres hybrides provenant de croisements contrôlés installés en essais comparatifs ont été choisis au champ au Cameroun et en Côte d'Ivoire Enfin de jeunes semenceaux créés à partir de plans de croisements ont été triés en pépinière à Trinidad, en Côte d'Ivoire et à Montpellier. Différentes valorisations de ce matériel sont prévues : la confirmation en essai clonal après multiplication par greffage des meilleurs génotypes, la confirmation en essai d'hybrides des meilleures familles et l'utilisation des génotypes sélectionnés au champ comme géniteur pour réaliser des nouveaux plans de croisements afin de cumuler les gènes de résistance.

13 clones de cacaoyers ont été croisés avec deux testeurs Haut Amazoniens, l'un à faible vigueur (PA 150) et l'autre à forte vigueur (IMC67), afin d'étudier leurs aptitudes à la combinaison. Différents caractères on été étudiés au jeune age adulte. La vigueur des plantes mesurée par l'accroissement du diamètre au collet au jeune âge est plus forte pour les familles ayant comme géniteurs IMC67. A l'âge adulte, les familles les plus productives sont généralement issues de PA150 qui a par ailleurs une meilleure aptitude générale à la combinaison que IMC67. Les Relations entre vigueur et production, entre vigueur et distances génétiques ainsi qu'entre distances génétiques et production ont été analysées.

Les progammes d'amélioration du cacaoyer sont basés le plus souvent sur la création d'hybrides entre clones d'origine géographique différente et la sélection des meilleures combinaisons sur la valeur moyenne des descendances. Ce schéma qui exploite la variabilité naturelle du cacaoyer présente des limites: il ne garantit pas un progrès génétique continu et ne permet pas d'exploiter la variabilité intrahybride souvent importante due au niveau d'hétérozygotie élevé des parents. En Côte d1voire, une sélection phénotypique d'individus a été réalisée dans un essai d'hybrides. Ces arbres sélectionnés ont été multipliés par boutures pour être confirmés dans un essai comparatif clonal mis en place en 1986. Les analyses portent sur l'évaluation de ces clones pour la production, la vigueur et la résistance à la pourriture brune. L'homogénéité intraclonale et la comparaison des performances avec celles des pieds mère sont présentés. L'efficacité de la sélection d'arbres individuels pour la productivité et la résistance à la pourriture brune est discutée. Aujourd'hui une sélection plus précise basée sur L'estimation de la valeur génétique individuelle est appliquée en Côte d'Ivoire sur un grand nombre de descendances hybrides. Elle permet grâce à un index, de prévoir les gains génétiques obtenus pour plusieurs caractères à la fois. La sélection de clones au sein des familles hybrides devrait apporter une amélioration rapide de certains caractères en particulier du niveau de résistance aux maladies. Les génotypes ainsi sélectionnés seront utilisés soit directement comme clones, soit comme nouveaux géniteurs dans le programme de sélection récurrente.