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Starch binding domain-containing protein 1 (Stbd1) is a carbohydrate-binding protein that has been proposed to be a selective autophagy receptor for glycogen. Here, we show that mouse Stbd1 is a transmembrane endoplasmic reticulum (ER)-resident protein with the capacity to induce the formation of organized ER structures in HeLa cells. In addition to bulk ER, Stbd1 was found to localize to mitochondria-associated membranes (MAMs), which represent regions of close apposition between the ER and mitochondria. We demonstrate that N-myristoylation and binding of Stbd1 to glycogen act as major determinants of its subcellular targeting. Moreover, overexpression of non-myristoylated Stbd1 enhanced the association between ER and mitochondria, and further induced prominent mitochondrial fragmentation and clustering. Conversely, shRNA-mediated Stbd1 silencing resulted in an increase in the spacing between ER and mitochondria, and an altered morphology of the mitochondrial network, suggesting elevated fusion and interconnectivity of mitochondria. Our data unravel the molecular mechanism underlying Stbd1 subcellular targeting, support and expand its proposed function as a selective autophagy receptor for glycogen and uncover a new role for the protein in the physical association between ER and mitochondria., Highlighted Article: The glycogen-binding protein Stbd1 is N-myristoylated and targeted to ER–mitochondria contact sites. Stbd1 loss- or gain-of-function affects ER–mitochondria association and mitochondrial morphology.

A new method to quantify cellular myristoylation at physiological levels and in response to N-myristoyltransferase inhibition is presented and validated. Sortase A is an effective tool to label protein glycine N-termini across the whole proteome, and its specificity is determined in this context. Generally applicable improvements to the biotin/avidin affinity enrichment protocol are described that effectively eliminate avidin-derived tryptic peptide contaminants., Graphical Abstract Highlights Application of Sortase A to label protein N-termini across the whole proteome.Novel gel, proteomic and ELISA-based methods to determine N-myristoylation of proteins in cells, without metabolic labelling.Side by side mass spectrometric quantification of changes in protein N-myristoylation by two complementary methods.Improved Biotin-Neutravidin affinity enrichment protocol., N-myristoylation is the covalent addition of a 14-carbon saturated fatty acid (myristate) to the N-terminal glycine of specific protein substrates by N-myristoyltransferase (NMT) and plays an important role in protein regulation by controlling localization, stability, and interactions. We developed a novel method for whole-proteome profiling of free N-terminal glycines through labeling with S. Aureus sortase A (SrtA) and used it for assessment of target engagement by an NMT inhibitor. Analysis of the SrtA-labeling pattern with an engineered biotinylated depsipeptide SrtA substrate (Biotin-ALPET-Haa, Haa = 2-hydroxyacetamide) enabled whole proteome identification and quantification of de novo generated N-terminal Gly proteins in response to NMT inhibition by nanoLC-MS/MS proteomics, and was confirmed for specific substrates across multiple cell lines by gel-based analyses and ELISA. To achieve optimal signal over background noise we introduce a novel and generally applicable improvement to the biotin/avidin affinity enrichment step by chemically dimethylating commercial NeutrAvidin resin and combining this with two-step LysC on-bead/trypsin off-bead digestion, effectively eliminating avidin-derived tryptic peptides and enhancing identification of enriched peptides. We also report SrtA substrate specificity in whole-cell lysates for the first time, confirming SrtA promiscuity beyond its recognized preference for N-terminal glycine, and its usefulness as a tool for unbiased labeling of N-terminal glycine-containing proteins. Our new methodology is complementary to metabolic tagging strategies, providing the first approach for whole proteome gain-of signal readout for NMT inhibition in complex samples which are not amenable to metabolic tagging.

Número de publicación: ES2385172 B1. Número de solicitud: 201031944., La presente invención se refiere a compuestos poliméricos con propiedades inmovilizantes sobre biomoléculas. Dichos materiales comprenden un núcleo de nanopartículas híbridas super-paramagnéticas y grupos vinilsulfona para llevar a cabo la inmovilización de las biomoléculas. Además la presente invención se refiere a un procedimiento de síntesis de dichos compuestos poliméricos., Universidad de Granada

Número de publicación: ES2351909 B1. Número de solicitud: 201001350., La presente invención describe unos compuestos derivados de vinilsulfonas que comprenden un núcleo de Pamam derivatizado con grupos alquil sulfonilo y el procedimiento de obtención de los mismos. Estos compuestos forman complejos con fragmentos de ADN que son útiles para la transfección de células, por lo que la presente invención también describe el uso de estos compuestos como agentes de transfección., Universidad de Granada

Número de publicación: ES2331783 B1. Número de solicitud: 200801474., Compuestos que comprenden una molécula etiqueta y un grupo vinilsulfona. Además, se refiere a l uso de los compuestos como agentes de etiquetado, al procesamiento de obtención de los mismos y sus usos en el marcaje de biomoléculas, y más concretamente de proteínas., Compound for labelling biomolecules based on vinylsulphone, preparation and uses, comprising a labelling molecule and a vinylsulphone group. In addition it relates to the use of the compounds as labelling agents, to the procedure of obtainment thereof and the uses thereof in marking biomolecules and, more specifically, proteins., Universidad de Granada

Número de publicación: ES2325293 B1. Número de solicitud: 200800576., Agentes de etiquetado simple basados en vinilsulfona. Agentes de etiquetado que comprenden un compuesto con una molécula etiqueta y un grupo vinilsulfona. Además, se refiere a los compuestos, el procedimiento de obtención de los mismos y sus usos en el marcaje de biomoléculas, y más concretamente de proteínas., Universidad de Granada

Número de publicación: ES2325297 B1. Número de solicitud: 200800592., Agentes de etiquetado doble basados en vinilsulfona. Agentes de etiquetado que comprenden un compuesto con dos moléculas etiqueta y un grupo vinilsulfona. Además, se refiere a los compuestos, el procedimiento de obtención de los mismos y sus usos en el marcaje de biomoléculas, y más concretamente de proteínas., Universidad de Granada

Esta Tesis Doctoral ha sido realizada gracias a una beca predoctoral concedida por el Ministerio de Educación y Ciencia (FPU‐AP‐2003‐4773) y a la financiación con cargo a fondos del grupo FQM‐208 “Química de Carbohidratos: Síntesis, Reactividad y Diseño Teórico”., Dentro del concepto de click chemistry las cicloadiciones 1,3-dipolares de azidas y alquinos terminales catalizadas por Cu(I) (CuAAC) son las que han alcanzado un mayor grado de desarrollo y aplicación y se consideran el ejemplo fundamental dentro de este concepto. Desde el descubrimiento de la catálisis de Cu(I) en el año 2002 por los grupos de Meldal y Sharpless el interés por esta reacción ha crecido exponencialmente y no sólo en síntesis orgánica, sino en otros campos como ciencias de los materiales y ciencias biomédicas. Por otro lado, las vinilsulfonas son bien conocidas por su utilidad como intermedios en síntesis orgánica. Estos compuestos han demostrado ser reactivos de síntesis muy versátiles como aceptores de Michael en adiciones conjugadas de tipo 1,4 y en reacciones de cicloadición. Además, este grupo funcional también ha mostrado su capacidad para inhibir potencialmente una variedad de procesos enzimáticos proporcionando unas propiedades únicas que se pueden explotar en el diseño de fármacos. El objetivo general de la presente Tesis Doctoral es explotar la capacidad de las reacciones de CuAAC para interconectar de forma fácil y eficiente diversas estructuras y poner de manifiesto la enorme potencialidad que esconden las vinilsulfonas como grupo reactivo en diversas aplicaciones. Específicamente se han explorado aplicaciones en el campo de las ciencias ómicas y en el campo de la eliminación de contaminantes., Tesis Univ. Granada., Ministerio de Educación y Ciencia (FPU‐AP‐2003‐4773), FQM‐208