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215 results on '"Montarry, Josselin"'

1. The quasi-universality of nestedness in the structure of quantitative plant-parasite interactions

Author

Moury, Benoît, Audergon, Jean-Marc, Baudracco-Arnas, Sylvie, Ben Krima, Safa, Bertrand, François, Boissot, Nathalie, Buisson, Mireille, Caffier, Valérie, Cantet, Mélissa, Chanéac, Sylvia, Constant, Carole, Delmotte, François, Dogimont, Catherine, Doumayrou, Juliette, Fabre, Frédéric, Fournet, Sylvain, Grimault, Valérie, Jaunet, Thierry, Justafré, Isabelle, Lefebvre, Véronique, Losdat, Denis, Marcel, Thierry C., Montarry, Josselin, Morris, Cindy E., Omrani, Mariem, Paineau, Manon, Perrot, Sophie, Pilet-Nayel, Marie-Laure, and Ruellan, Youna

Subjects
Archaeology, CC1-960, Science
Abstract

Understanding the relationships between host range and pathogenicity for parasites, and between the efficiency and scope of immunity for hosts are essential to implement efficient disease control strategies. In the case of plant parasites, most studies have focused on describing qualitative interactions and a variety of genetic and evolutionary models has been proposed in this context. Although plant quantitative resistance benefits from advantages in terms of durability, we presently lack models that account for quantitative interactions between plants and their parasites and the evolution of these interactions. Nestedness and modularity are important features to unravel the overall structure of host-parasite interaction matrices. Here, we analysed these two features on 32 matrices of quantitative pathogenicity trait data gathered from 15 plant-parasite pathosystems consisting of either annual or perennial plants along with fungi or oomycetes, bacteria, nematodes, insects and viruses. The performance of several nestedness and modularity algorithms was evaluated through a simulation approach, which helped interpretation of the results. We observed significant modularity in only six of the 32 matrices, with two or three modules detected. For three of these matrices, modules could be related to resistance quantitative trait loci present in the host. In contrast, we found high and significant nestedness in 30 of the 32 matrices. Nestedness was linked to other properties of plant-parasite interactions. First, pathogenicity trait values were explained in majority by a parasite strain effect and a plant accession effect, with no or minor parasite-plant interaction term. Second, correlations between the efficiency and scope of the resistance of plant genotypes, and between the host range breadth and pathogenicity level of parasite strains were overall positive. This latter result questions the efficiency of strategies based on the deployment of several genetically-differentiated cultivars of a given crop species in the case of quantitative plant immunity.

Published
2021
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5. The carrot cyst nematode <italic>Heterodera carotae</italic>: a major plant-parasitic nematode requiring more investigation.

Author

Montarry, Josselin, Biget, Marine, Chereau, Sylvain, Lebreton, Lionel, Grenier, Eric, and Fournet, Sylvain

Subjects
*PLANT exudates, *MOLECULAR phylogeny, *CARROTS, *POPULATION genetics, *FUMIGANTS, *ARACHNOID cysts, *SOYBEAN cyst nematode
Abstract

The present study reviews the knowledge to date on the carrot cyst nematode Heterodera carotae, which has become the primary threat to the carrot sector following the withdrawal of the last chemical soil fumigants in Europe. A keyword co-occurrence network was used to structure this review into five research areas: i) biology and epidemiology of H. carotae; ii) molecular identification and phylogeny; iii) population genetics and genomics; iv) control methods and strategies; and v) root exudates and hatching stimulation. Our findings indicate that H. carotae is an under-studied plant-parasitic nematode species, with several identified alternative control methods that require further investigation. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2024
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7. Combining Masculinizing Resistance, Rotation, and Biocontrol to Achieve Durable Suppression of the Potato Pale Cyst Nematode: A Model.

Author

Tankam Chedjou, Israël, Montarry, Josselin, Fournet, Sylvain, and Hamelin, Frédéric M.

Subjects
*GOLDEN nematode, *GLOBODERA pallida, *AGRICULTURE, *PEST control, *NON-target organisms
Abstract

The pale cyst nematode, Globodera pallida, is a pest that poses a significant threat to potato crops worldwide. The most effective chemical nematicides are toxic to nontarget organisms and are now banned. Alternative control methods are therefore required. Crop rotation and biological control methods have limitations for effectively managing nematodes. The use of genetically resistant cultivars is a promising alternative, but nematode populations evolve, and virulent mutants can break resistance after just a few years. Masculinizing resistances, preventing avirulent nematodes from producing females, might be more durable than blocking resistances, preventing infection. Our demo‐genetic model, tracking both nematode population densities and virulence allele frequencies, shows that virulence against masculinizing resistance may not be fixed in the pest population under realistic agricultural conditions. Avirulence may persist despite the uniform use of resistance. This is because avirulent male nematodes may transmit avirulent alleles to their progeny by mating with virulent females. Additionally, because avirulent nematodes do not produce females themselves, they weaken the reproductive rate of the nematode population, leading to a reduction in its density by at least 20%. This avirulence load can even lead to the collapse of the nematode population in theory. Overall, our model showed that combining masculinizing resistance, rotation, and biocontrol may achieve durable suppression of G. pallida in a reasonable time frame. Our work is supported by an online interactive interface allowing users (i.e., growers, plant health authorities, researchers) to test their own control combinations. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2024
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11. Multiple infections influence the resistance of potato cultivars to late blight and potato cyst nematodes

Author

Andrivon, Didier, primary, Bouchek‐Mechiche, Karima, additional, Boulard, Frédéric, additional, Le Boulch, Pauline, additional, Fournet, Sylvain, additional, Fouville, Didier, additional, Glais, Laurent, additional, Hervet, Marie, additional, Kerlan, Marie‐Claire, additional, Mabon, Romain, additional, Martin, Rafaela Lopes, additional, Pasco, Claudine, additional, Pellé, Roland, additional, Val, Florence, additional, and Montarry, Josselin, additional

Published
2022
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14. Multiple infections influence the resistance of potato cultivars to late blight and potato cyst nematodes.

Author

Andrivon, Didier, Bouchek‐Mechiche, Karima, Boulard, Frédéric, Le Boulch, Pauline, Fournet, Sylvain, Fouville, Didier, Glais, Laurent, Hervet, Marie, Kerlan, Marie‐Claire, Mabon, Romain, Martin, Rafaela Lopes, Pasco, Claudine, Pellé, Roland, Val, Florence, and Montarry, Josselin

Subjects
LATE blight of potato, CYST nematodes, POTATOES, ARACHNOID cysts, POTATO virus Y, GLOBODERA pallida, INTEGRATED pest control
Abstract

Each season, crops face simultaneous or successive multiple infections. Yet cultivar resistance is often bred against one pest at a time, and screened under single infections. This raises the question of resistance expression bred under mono‐infections when exposed to multiple infections. We tackled this question by measuring the level of quantitative resistance of potato cultivars to either Globodera pallida or Phytophthora infestans under single or multiple infections, using potato virus Y (PVY) or Rhizoctonia solani as the co‐infector. Overall, co‐infection resulted in less multiplication of the target pathogen compared to single infection, although this reduction did not always reach statistical significance. A preliminary assessment of defence gene expression in plants infected with P. infestans alone or together with PVY or R. solani suggested that P. infestans repressed defence genes previously triggered by PVY, but boosted the expression of these genes when primed by R. solani. Together, these data support the view that resistance expression is impacted by co‐infection, and that it should be screened under multiple infection situations to be best assessed and exploited as a component of Integrated Pest Management strategies. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2023
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15. Une structure emboîtée universelle pour les interactions quantitatives entre les plantes et leurs parasites ?

Author

Moury, Benoît, Audergon, Jean-Marc, Baudracco-Arnas, Sylvie, Ben Krima, Safa, Bertrand, François, Boissot, Nathalie, Buisson, Mireille, Caffier, Valérie, Cantet, Melissa, Chanéac, Sylvia, Constant, Carole, Delmotte, Francois, Dogimont, Catherine, Doumayrou, Juliette, Fabre, Frédéric, Fournet, Sylvain, Grimault, Valérie, Jaunet, Thierry, Justafré, Isabelle, Lefebvre, Véronique, Losdat, Denis, Marcel, Thierry C., Montarry, Josselin, Morris, Cindy E., Omrani, Mariem, Paineau, Manon, Perrot, Sophie, Pilet-Nayel, Marie-Laure, Ruellan, Youna, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Laboratoires ASL, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bayer seeds SAS, Gautier semences, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Takii France SAS, Sakata Vegetables Europe, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Unité expérimentale du GEVES, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), HM. CLAUSE [France], Vilmorin, Rijk Zwaan, and Partenaires INRAE

Subjects
[SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

National audience

Published
2021

16. Many different recipes but one flavor: A universal nested structure of quantitative interactions between plant genotypes and their parasites, including viruses

Author

Moury, Benoît, Audergon, Jean-Marc, Baudracco-Arnas, Sylvie, Ben Krima, Safa, Bertrand, François, Boissot, Nathalie, Buisson, Mireille, Caffier, Valérie, Cantet, Melissa, Chanéac, Sylvia, Constant, Carole, Delmotte, François, Dogimont, Catherine, Doumayrou, Juliette, Fabre, Frédéric, Fournet, Sylvain, Grimault, Valérie, Jaunet, Thierry, Justafré, Isabelle, Lefebvre, Véronique, Losdat, Denis, Marcel, Thierry C., Montarry, Josselin, Morris, Cindy E., Omrani, Mariem, Paineau, Manon, Perrot, Sophie, Pilet-Nayel, Marie-Laure, Ruellan, Youna, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Laboratoires ASL, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), bayer seeds, Gautier semences, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Takii France SAS, Sakata Vegetables Europe, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Unité expérimentale du GEVES, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), HM. CLAUSE [France], Vilmorin, Rijk Zwaan, Partenaires INRAE, INRAE, and CIRAD

Subjects
[SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

National audience

Published
2021

18. R Markdown script for analyses and raw data presented in the Manuscript Moury et al. 2021

Author

Moury, Benoit, Audergon, Jean-Marc, Baudracco-Arnas, Sylvie, Ben Krima, Safa, Bertrand, François, Boissot, Nathalie, Buisson, Mireille, Caffier, Valérie, Cantet, Mélissa, Chanéac, Sylvia, Constant, Carole, Delmotte, François, Dogimont, Catherine, Doumayrou, Juliette, Fabre, Frédéric, Fournet, Sylvain, Grimault, Valérie, Jaunet, Thierry, Justafre, Isabelle, Lefebvre, Veronique, Losdat, Denis, Marcel, Thierry, Montarry, Josselin, Morris, Cindy E., Omrani, Mariem, Paineau, Manon, Perrot, Sophie, Pilet-Nayel, Marie-Laure, and Ruellan, Youna

Abstract

R Markdown script for analyses and raw data presented in the Manuscript Moury et al. 2021, doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.03.433745

Published
2021
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21. Evolution expérimentale et génétique des populations au service de la gestion durable des résistances des plantes

Author

Montarry, Josselin, Montarry, Josselin, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Ecole doctorale EGAAL, Philippe VANDENKOORNHUYSE, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], Experimental evolution, Génétique des populations, Population genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], Résistance végétale, Evolution expérimentale, Plant resistance, Adaptation
Published
2019

22. Adaptation du nématode à kyste aux variétés résistantes

Author

Fournet, Sylvain, Eoche-Bosy, Delphine, Kerlan, Marie-Claire, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Grenier, Anne-Sophie, Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2020

23. Development of innovative tools for the durable management of the risks associated with nematodes for seed potato production and other crops in rotation

Author

Le Roux, Anne-Claire, Neveux, M-S, Huchet, E., Dewaegeneire, Pauline, Berton, L., Demey’, l., Gobert, Virginie, Lehingrat, Y., Ollivier, François, Chappé, A-M, Hotte, H., Montarry, Josselin, Fournet, Sylvain, Esquibet, Magali, Fouville, Didier, Mille, B., Kerlan, Marie-Claire, Coléno, François-Christophe, Iachia, Catherine, Mulet, K.., Grenier, Eric, Castagnone, Philippe, Folcher, Laurent, Fédération Nationale des Producteurs de Plants de Pomme de Terre (FN3PT), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), ministère de l’agriculture via le compte d’affectation spéciale « Développement agricole et rural » dans le cadre de l’appel à projets Recherche Technologique., Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS)

Subjects
alternative control methods, detection, Analyse de risques phytosanitaires, waste disinfection, détection, nématodes, méthodes alternatives de lutte, Pest risk analysis (PRA), plantes de service, nematodes, [SDE]Environmental Sciences, sanitizing plants, désinfection de déchets
Abstract

Nematools project aimed at reinforcing prophylactic methods to prevent introduction and disseminationof regulated phytoparasites nematodes Meloidogyne chitwoodi, M. fallax, Globodera pallida and G.rostochiensis which are serious threats for potato crops and to improve the control strategies in order to preserve the privileged health status of the French territory. This project made it possible to developnew molecular tools for the detection of root-knot nematodes in soil samples, and later their validationon a collection of nematode populations established during the project. The risk analysis on thedissemination of nematodes related to agricultural practices have led firstly to the development of aconceptual model for the identification of management strategies for the use of agricultural equipment atrisk and on the other hand to highlight and to quantify the importance of cyst nematodes dispersal bythe soil practices and by soil-adhering to agricultural machinery at the field and at the farm scale. Theactions carried out in partnership with industrials and with experimental stations made it possible toproduce a user-friendly risk analysis tool characterizing the critical phases of different waste and effluenttreatment processes and providing answers on the sanitizing performances of different decontaminationprocesses such as composting, lagooning, anaerobic digestion, chlorination, and heat treatment. Thisproject also allowed to screen, under controlled conditions, plant species which are not conducive to thedevelopment and propagation of root-knot nematodes such as M. chitwoodi and M. fallax and may beproposed as rupture plants on contaminated sites; Les actions conduites dans le cadre du projet de recherche Nematools visaient à renforcer lesméthodes prophylactiques pour prévenir l’introduction et la dissémination des nématodesphytoparasites réglementés Meloidogyne chitwoodi, M. fallax, Globodera pallida et G. rostochiensis.Ces nématodes constituent des menaces sérieuses pour diverses cultures, dont la pomme de terre, etconduisent à repenser les stratégies de lutte afin de préserver l’état sanitaire privilégié du territoirenational. Le projet a permis le développement de nouveaux outils moléculaires de détection desnématodes à galle dans des échantillons de sol, outils validés sur une collection de populations denématodes constituée pendant la durée du projet. Les travaux portant sur l’analyse du risque dedissémination des nématodes, associés aux pratiques agricoles, ont conduit (1) à l’élaboration d’unmodèle conceptuel permettant d’identifier les stratégies de gestion du matériel agricole à risque et (2) àmettre en évidence et à quantifier l’importance de la dispersion des nématodes à kyste par les travauxdu sol et par le matériel agricole à l’échelle parcellaire et inter-parcellaire. Les travaux menés enpartenariat avec des industriels ainsi qu’en stations expérimentales ont permis la production d’un outilinteractif d’analyse de risque caractérisant les phases critiques de différents process de traitements desdéchets et d’effluents. Il apporte des éléments de réponse sur les performances d’assainissement dedifférents procédés de décontamination comme le compostage, le lagunage, la méthanisation, lachloration et le traitement thermique. Ce projet a aussi permis de cribler, en conditions contrôlées, desespèces végétales non favorables à la multiplication des nématodes à galle M. chitwoodi et M. fallax etpouvant être proposées comme plantes de rupture sur des sites contaminés.

Published
2020
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26. Hatching Induction of Cyst Nematodes in Bare Soils Drenched With Root Exudates Under Controlled Conditions

Author

Ngala, Bruno, primary, Mariette, Nicolas, additional, Ianszen, Mélina, additional, Dewaegeneire, Pauline, additional, Denis, Marie-Christine, additional, Porte, Catherine, additional, Piriou, Christophe, additional, Robilliard, Emilie, additional, Couetil, Antoine, additional, Nguema-Ona, Eric, additional, Yvin, Jean-Claude, additional, Gobert, Virginie, additional, Beury, Amélie, additional, Le Roux, Anne-Claire, additional, Montarry, Josselin, additional, and Fournet, Sylvain, additional

Published
2021
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28. Hatching of Globodera pallida Induced by Root Exudates Is Not Influenced by Soil Microbiota Composition

Author

Gautier, Camille, primary, Martinez, Lisa, additional, Fournet, Sylvain, additional, Montarry, Josselin, additional, Yvin, Jean-Claude, additional, Nguema-Ona, Eric, additional, Guillerm-Erckelboudt, Anne-Yvonne, additional, Piriou, Christophe, additional, Linglin, Juliette, additional, Mougel, Christophe, additional, and Lebreton, Lionel, additional

Published
2020
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31. Plant Health in a One Health world: missing links and hidden treasures.

Author

Andrivon, Didier, Montarry, Josselin, and Fournet, Sylvain

Subjects
*PLANT health, *WORLD health, *SCIENTIFIC literature, *PESTICIDE resistance, *PESTICIDE residues in food, *EMERGING infectious diseases, *COVID-19
Abstract

The One Health conceptual framework was designed and developed to highlight and investigate the interconnections between human and animal health, and to understand their dependence on the state of their environment (e.g., Gebreyes et al., 2014). HIDDEN TREASURES AND OPEN QUESTIONS IN AN EXTENDED ONE HEALTH FRAMEWORK Hidden treasures Considering plants and plant health as a component of One Health equivalent to medical or veterinary health offers several advantages. REPRESENTING ONE HEATH: FROM SIMPLE TRIANGLE TO NESTED TETRAHEDRONS Plant pathologists are familiar with a form of disease representation known as the disease triangle, which in a way mirrors the One Health triad. We believe that extending One Health boundaries to include plant pathology as a core factor (in the same way as human and veterinary medicine), and investigating the deep relationships between plant, human, and animal health will strengthen and expand this very rich conceptual framework, and will eventually provide a truly holistic view of heath interactions and interdependence in the biosphere: a true One Health approach. [Extracted from the article]

Published
2022
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32. Peut-on se passer du cuivre en protection des cultures biologiques ?

Author

Andrivon, Didier, Bardin, Marc, Bertrand, Cédric, Brun, Laurent, Daire, Xavier, Fabre, Frédéric, Gary, Christian, Montarry, Josselin, Nicot, Philippe C., Reignault, Philippe, Tamm, Lucius, Savini, Isabelle, ProdInra, Migration, Andrivon, Didier, and Savini, Isabelle

Subjects
[SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

Le cuivre est utilisé pour contrôler diverses maladies fongiques ou bactériennes, principalement sur vigne, en productions fruitières et en cultures légumières. Il constitue la seule substance active à effet fongicide fort et gamme d’action large homologuée en agriculture biologique. Or la mise en évidence d’effets environnementaux négatifs du cuivre, notamment sur les organismes du sol, a conduit à des restrictions réglementaires d’usage (plafonnement des doses autorisées), et même à son interdiction comme pesticide dans certains pays d’Europe du Nord. De ces restrictions croissantes à l’emploi du cuivre, qui posent des difficultés notamment aux producteurs qui ne peuvent recourir à des fongicides de synthèse, découle une demande récurrente d’« alternatives ». De nombreux travaux expérimentaux ont ainsi été menés pour identifier et tester d’autres techniques : l’emploi de variétés résistantes aux maladies, l’application de substances d’origine naturelle à effet biocide et/ou stimulant les défenses naturelles des plantes, l’utilisation d’agents microbiologiques de lutte, l’adoption de conduites des peuplements cultivés à visée prophylactique, l’installation de protections physiques. Les résultats restent toutefois dispersés et ces méthodes de lutte peu mises en œuvre sur le terrain. Issu d’une expertise scientifique collective, cet ouvrage est une synthèse pluridisciplinaire et critique des connaissances disponibles sur le sujet. Il présente et étudie les différentes techniques potentiellement efficaces contre les agents pathogènes contrôlés par les traitements cupriques, et la nécessité de les combiner dans des systèmes intégrés de protection des cultures.

Published
2019

33. Does the soil microbiota diversity influence the interactions between Brassica napus and its bioagressors ?

Author

Lebreton, Lionel, Chaminade, Valérie, Cortesero, Anne Marie, Daval, Stéphanie, Fournet, Sylvain, Gazengel, Kévin, Guillerm-Erckelboudt, Anne-Yvonne, Lachaise, Tom, Linglin, Juliette, Manzanares-Dauleux, Maria, Montarry, Josselin, Poinsot, Denis, Mougel, Christophe, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

34. Génotypage par séquençage : GBS (Genotyping By Sequencing)

Author

Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

35. Populations of the Beet Cyst Nematode Heterodera schachtii Exhibit Strong Differences in Their Life-History Traits Across Changing Thermal Conditions

Author

Fournet, Sylvain, Pellan, Lucile, Porte, Catherine, Piriou, Christophe, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST

Subjects
Vegetal Biology, analyse de viabilité de population, specialist/generalist, influence de la température, lcsh:QR1-502, hetérodéra schachtii, adaptation, genetic diversity, Microbiology, survival, hatching, lcsh:Microbiology, diversité génétique, genetic variation, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Biologie végétale, Original Research, nématode à kyste
Abstract

International audience; It is widely accepted that climate has an essential influence on the distribution of species and that temperature is the major abiotic factor that affects their life-history traits. Species with very restricted active dispersal abilities and a wide geographical distribution are thus expected to encompass distinct populations adapted to contrasted local conditions. The beet cyst nematode Heterodera schachtii is a good biological model to study temperature adaptation in populations collected from different environments. Here, we tested the effect of temperature on H. schachtii life-history traits using seven field populations from Morocco, Spain, France, Germany, Austria, Poland and Ukraine. We tested hatching and multiplication rates of each population at different temperatures, as well as hatching rates of each population after storage at different temperatures – simulating survival conditions during the inter-cropping period. Results showed a strong temperature effect on the life-history traits explored. Temperature impact on hatching (at different temperatures and after storage at different temperatures) depended on the origin of populations, separating southern from northern ones. Surprisingly, low temperatures influenced hatching less in southern populations. However, for these populations, a storage period at low temperatures strongly reduce subsequent hatching. Conversely, nematode multiplication was not differentially affected by temperatures, as favorable conditions for the host are also favorable for the parasite. Finally, a significant correlation between the genetic diversity and the level of specialization showed that the less diverse populations were more specialized than the more diverse ones..

Published
2018
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36. Does the soil microbiota modulate the interactions between Brassica napus and its bioagressors?

Author

Lebreton, Lionel, Cortesero, Anne-Marie, Daval, Stéphanie, Fournet, Sylvain, Gazengel, Kévin, Guillerm-Erckelboudt, Anne-Yvonne, Lachaise, Tom, Linglin, Juliette, Manzanares-Dauleux, Maria, Montarry, Josselin, Poinsot, Denis, Porte, Catherine, Mougel, Christophe, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

37. Can organic agriculture give up copper as a crop protection product? Summary of the scientific assessment report

Author

Andrivon, Didier, Bardin, Marc, Bertrand, Cédric, Brun, Laurent, Daire, Xavier, Fabre, Frédéric, Gary, Christian, Montarry, Josselin, Nicot, Philippe C., Reignault, Philippe, Tamm, Lucius, Savini, Isabelle, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Expérimentale Recherches Intégrées - Gotheron (UERI), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Research Institute of Organic Agriculture - Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Commanditaire : Institut Technique de l'Agriculture Biologique (France), Partenaires : Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

Rapport de l’Expertise scientifique collective réalisée par l’INRA à la demande du métaprogramme INRA "Gestion durable de la santé des cultures" et de l'Institut technique de l'agriculture biologique

Published
2018

38. Limiter le cuivre en bio (2ème partie): Intégrer les leviers dans des systèmes de protection repensés

Author

Andrivon, Didier, Montarry, Josselin, Grenier, Anne-Sophie, Decognet, Véronique, Savini, Isabelle, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

National audience

Published
2018

39. Fig. S1;Fig. S2;Table S1 from Exploring the causes of small effective population sizes in cyst nematodes using artificial Globodera pallida populations

Author

Montarry, Josselin, Bardou-Valette, Sylvie, Mabon, Romain, Pierre-Loup Jan, Fournet, Sylvain, Grenier, Eric, and Petit, Eric J.

Abstract

Likelihood surfaces showing estimated θ and C values with 95 and 99% confidence envelopes (internal and external envelopes of the highest likelihoods, visualized as grey shades, respectively) for (A) the seven initial G. pallida populations, (B) the 23 final G. pallida populations showing significant heterozygote deficits. θ and C are represented on the x-axis and y-axis, respectively.;Probability of fixation of an allele (P(A)), with an initial frequency of 1%, according to its selection coefficient (s) for a diploid population showing either an effective population size (Ne) of 58 individuals (black line) or a census size (N) of 25,740 individuals (grey line). The dotted lines indicate P(A) according to s for the min Ne (25 individuals) an the max Ne (228 individuals).;Number of cysts from each of the four Peruvian G. pallida populations (P83_otuzco1, P252_cusco3, P286_puno1 and P298_amantani2) used to construct the 24 initial populations (Pi_01 to Pi_24).

Published
2018
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40. Peut-on se passer du cuivre en protection des cultures biologiques ? Résumé de l'expertise scientifique collective

Author

Andrivon, Didier, Bardin, Marc, Bertrand, Cédric, Brun, Laurent, Daire, Xavier, Fabre, Frédéric, Gary, Christian, Montarry, Josselin, Nicot, Philippe C., Reignault, Philippe, Tamm, Lucius, Savini, Isabelle, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Expérimentale Recherches Intégrées - Gotheron (UERI), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Research Institute of Organic Agriculture - Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Commanditaire : Institut Technique de l'Agriculture Biologique (France), Partenaires : Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)

Subjects
résistance variétale, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Phytopathology and phytopharmacy, pratique agronomique, stimulateur de défense des plantes, lutte biologique, champignon phytopathogène, biocide, Phytopathologie et phytopharmacie, Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, produit phytosanitaire, agriculture biologique, cuivre, variété résistante, méthode de lutte, impact environnemental, mildiou de la vigne, phytophthora infestans, pathologie végétale, tavelure du pommier, agent de lutte biologique, Sciences agricoles
Abstract

Rapport de l’Expertise scientifique collective réalisée par l’INRA à la demande du métaprogramme INRA "Gestion durable de la santé des cultures" et de l'Institut technique de l'agriculture biologique

Published
2018

41. Peut-on se passer du cuivre en protection des cultures biologiques ? Synthèse du rapport d'expertise scientifique collective

Author

Andrivon, Didier, Bardin, Marc, Bertrand, Cédric, Brun, Laurent, Daire, Xavier, Fabre, Frédéric, Gary, Christian, Montarry, Josselin, Nicot, Philippe C., Reignault, Philippe, Tamm, Lucius, Savini, Isabelle, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Expérimentale Recherches Intégrées - Gotheron (UERI), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Research Institute of Organic Agriculture - Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Commanditaire : Institut Technique de l'Agriculture Biologique (France), Partenaires : Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV)

Subjects
résistance variétale, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Phytopathology and phytopharmacy, pratique agronomique, stimulateur de défense des plantes, lutte biologique, champignon phytopathogène, biocide, Phytopathologie et phytopharmacie, Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, produit phytosanitaire, agriculture biologique, cuivre, variété résistante, méthode de lutte, impact environnemental, mildiou de la vigne, phytophthora infestans, pathologie végétale, tavelure du pommier, agent de lutte biologique, Sciences agricoles
Abstract

Rapport de l’Expertise scientifique collective réalisée par l’INRA à la demande du métaprogramme INRA "Gestion durable de la santé des cultures" et de l'Institut technique de l'agriculture biologique

Published
2018
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46. Peut-on se passer du cuivre en protection des cultures biologiques ? Synthèse de l'expertise scientifique collective

Author

Andrivon, Didier, Bardin, Marc, Bertrand, Cédric, Brun, Laurent, Daire, Xavier, Fabre, Frédéric, Gary, Christian, Montarry, Josselin, Nicot, Philippe C., Reignault, Philippe, Tamm, Lucius, Savini, Isabelle, Andrivon, Didier, Bardin, Marc, Bertrand, Cédric, Brun, Laurent, Daire, Xavier, Fabre, Frédéric, Gary, Christian, Montarry, Josselin, Nicot, Philippe C., Reignault, Philippe, Tamm, Lucius, and Savini, Isabelle

Published
2018

47. Peut-on se passer du cuivre en protection des cultures biologiques ? Rapport d'expertise scientifique collective

Author

Andrivon, Didier, Bardin, Marc, Bertrand, Cédric, Brun, Laurent, Daire, Xavier, Decognet, Véronique, Fabre, Frédéric, Gary, Christian, Grenier, Anne-Sophie, Montarry, Josselin, Nicot, Philippe C., Reignault, Philippe, Tamm, Lucius, Andrivon, Didier, Bardin, Marc, Bertrand, Cédric, Brun, Laurent, Daire, Xavier, Decognet, Véronique, Fabre, Frédéric, Gary, Christian, Grenier, Anne-Sophie, Montarry, Josselin, Nicot, Philippe C., Reignault, Philippe, and Tamm, Lucius

Published
2018

48. Quantitative resistance to plant pathogens in pyramiding strategies for durable crop protection

Author

Moury, Benoit, Caffier, Valerie, Montarry, Josselin, Kerlan, Marie-Claire, Fournet, Sylvain, Durel, Charles Eric, Delourme, Regine, and Pilet-Nayel, Marie-Laure

Subjects
Vegetal Biology, Phytopathology and phytopharmacy, résistance quantitative, Virologie, durabilité des méthodes de lutte, mécanisme de résistance, food and beverages, quantitative trait loci, major R genes, durability, resistance mechanisms, marker-assisted-selection, Phytopathologie et phytopharmacie, Agricultural sciences, durabilité des résistances, qtl de résistance, Virology, résistance génétique, gène majeur, pathologie végétale, Sciences agricoles, Biologie végétale, sélection assistée par marqueurs
Abstract

Quantitative resistance has gained interest in plant breeding for pathogen control in low-input cropping systems. Although quantitative resistance frequently has only a partial effect and is difficult to select, it is considered more durable than major resistance (R) genes. With the exponential development of molecular markers over the past 20 years, resistance QTL have been more accurately detected and better integrated into breeding strategies for resistant varieties with increased potential for durability. This review summarizes current knowledge on the genetic inheritance, molecular basis, and durability of quantitative resistance. Based on this knowledge, we discuss how strategies that combine major R genes and QTL in crops can maintain the effectiveness of plant resistance to pathogens. Combining resistance QTL with complementary modes of action appears to be an interesting strategy for breeding effective and potentially durable resistance. Combining quantitative resistance with major R genes has proven to be a valuable approach for extending the effectiveness of major genes. In the plant genomics era, improved tools and methods are becoming available to better integrate quantitative resistance into breeding strategies. Nevertheless, optimal combinations of resistance loci will still have to be identified to preserve resistance effectiveness over time for durable crop protection.

Published
2017

49. Quantitative resistance to plant pathogens in pyramiding strategies for durable crop protection

Author

Pilet-Nayel, Marie-Laure, Moury, Benoît, Caffier, Valérie, Montarry, Josselin, Kerlan, Marie-Claire, Fournet, Sylvain, Durel, Charles-Eric, Delourme, Régine, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Terres Innovia, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, 'PeaMUST' project ANR-11-BTBR-0002, CTPS grant C07-01-pomme de terre, from the French Government, INRA metaprogram SMaCH, project 'ARAMIS', project 'Take control', ANR-11-BTBR-0002,PeaMUST,Adaptation multistress et régulations biologiques pour l'amélioration du rendement et de la stabilité du pois protéagineux(2011), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA)

Subjects
[SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, Mini Review, quantitative trait loci, major R genes, food and beverages, durability, Plant Science, resistance mechanisms, marker-assisted-selection, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

International audience; Quantitative resistance has gained interest in plant breeding for pathogen control in low-input cropping systems. Although quantitative resistance frequently has only a partial effect and is difficult to select, it is considered more durable than major resistance (R) genes. With the exponential development of molecular markers over the past 20 years, resistance QTL have been more accurately detected and better integrated into breeding strategies for resistant varieties with increased potential for durability. This review summarizes current knowledge on the genetic inheritance, molecular basis, and durability of quantitative resistance. Based on this knowledge, we discuss how strategies that combine major R genes and QTL in crops can maintain the effectiveness of plant resistance to pathogens. Combining resistance QTL with complementary modes of action appears to be an interesting strategy for breeding effective and potentially durable resistance. Combining quantitative resistance with major R genes has proven to be a valuable approach for extending the effectiveness of major genes. In the plant genomics era, improved tools and methods are becoming available to better integrate quantitative resistance into breeding strategies. Nevertheless, optimal combinations of resistance loci will still have to be identified to preserve resistance effectiveness over time for durable crop protection.

Published
2017
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50. The hidden diversity of the potato cyst nematode Globodera pallida in the south of Peru.

Author

Thevenoux, Romain, Folcher, Laurent, Esquibet, Magali, Fouville, Didier, Montarry, Josselin, and Grenier, Eric

Subjects
GOLDEN nematode, GLOBODERA pallida, CYST nematodes, SOYBEAN cyst nematode, NEMATODES, POPULATION differentiation, GENETIC distance
Abstract

Our knowledge of the diversity of potato cyst nematodes in their native areas still remains patchy and should be improved. A previous study based on 42 Peruvian Globodera pallida populations revealed a clear south to north phylogeographic pattern, with five well‐supported clades and maximum diversity observed in the south of Peru. In order to investigate this phylogeographic pattern more closely, we genotyped a larger collection of Peruvian populations using both cathepsin L gene sequence data and a new set of 13 microsatellite loci. Using different genetic analyses (STRUCTURE, DAPC), we consistently obtained the same results that led to similar conclusions: the presence of a larger genetic diversity than previously known suggesting the presence of cryptic species in the south of Peru. These investigations also allowed us to clarify the geographic borders of the previously described G. pallida genetic clades and to update our knowledge of the genetic structure of this species in its native area, with the presence of additional clades. A distance‐based redundancy analysis (dbRDA) was also carried to understand whether there was a correlation between the population genetic differentiation and environmental conditions. This analysis showed that genetic distances observed between G. pallida populations are explained firstly by geographic distances, but also by climatic and soil conditions. This work could lead to a revision of the taxonomy that may have strong implications for risk assessment and management, especially on a quarantine species. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2020
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