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The discovery of nucleic acids opened new frontiers of knowledge, enabling researchers to access an enormous amount of data, through large-scale sequencing methodologies and bioinformatics tools. Amongst these new possibilities, RNA-Seq has been used to identify and quantify RNA molecules. To obtain more accurate biological responses from RNA-Seq data some questions should be considered such as experimental design, type of synthesized library, size of the fragments generated, number of biological replicates, depth, and coverage of the sequencing, species genome availability, and, the choice of software to properly perform the computational analyzes. Accurate bioinformatics analyzes allow the selection of genes with a lower error rate, increasing the validation assertiveness via RT-qPCR and thus, reducing costs. The objective of this review was to present the analysis stages of RNA-Seq data, from experimental design to system biology, considering relevant points, as well as to pointed out some software currently available to carry these analyzes out. Besides, with this review, we aimed to help the academic community to understand all steps and biases involved in RNA-Seq data analysis, from experiments with or without biological replicates. A descoberta de ácidos nucléicos abriu novas fronteiras de conhecimento, permitindo que os pesquisadores acessassem uma enorme quantidade de dados, através de metodologias de sequenciamento em larga escala e ferramentas de bioinformática. Entre essas novas possibilidades, o RNA-Seq (sequenciamento de RNA) tem sido usado para identificar e quantificar moléculas de RNA. Para obter respostas biológicas mais precisas a partir dos dados de RNA-Seq, algumas questões devem ser consideradas, como o desenho experimental, o tipo de biblioteca sintetizada, o tamanho dos fragmentos gerados, o número de repetições biológicas, a profundidade e cobertura do sequenciamento, a disponibilidade do genoma da espécie e, a escolha dos softwares para executar adequadamente as análises computacionais. Análises bioinformáticas precisas permitem a seleção de genes com menor taxa de erro, aumentando a assertividade da validação via RT-qPCR e, assim, reduzindo custos. O objetivo desta revisão foi apresentar as etapas de análise de dados de RNA-Seq, desde o projeto experimental até a biologia do sistema, considerando pontos relevantes, bem como apontar alguns softwares atualmente disponíveis para realizar essas análises. Além disso, com esta revisão, objetivamos ajudar a comunidade acadêmica a compreender todas as etapas e vieses envolvidos na análise de dados de RNA-Seq, a partir de experimentos com ou sem réplicas biológicas.

The objective of this work was to identify promising GM events in a fast and practical manner, in replacement of methodologies based in aerial pulverization in greenhouse and conventional PCR. Eight GM events and their respective conventional isolines were used. Germination and seedling length tests were performed on a paper soaked in an herbicide solution and in the control conditions. To compare the method efficiency, greenhouse tests were carried out, in which the herbicide was applied to plants in the V3 stage. Results obtained indicated that events 2Ia4, 2Oa4, 5Ha10, and 1Ea2939 showed resistance phenotype in both germination and seedling length tests, as well as in plants in the V3 developmental stage. Some GM events (2Ha11, 2Ia1, 3Pa4 and 1Ea15), even with the confirmation of gene bar, were sensible to herbicide. The differences observed in the resistance phenotype of the different GM lineages may be associated with variations in the level of expression of the bar gene, which may vary depending on the insertion position in the host genome. It was possible to conclude that the use of germination and seedling length tests in paper was efficient for selecting GM plants with confirmed results in tests performed in greenhouse with adult plants, showing to be a fast, cheap, and practical methodology, applicable in an early stage, accelerating the screening of promising plants in breeding programs. O objetivo deste trabalho foi identificar eventos GMs promissores de forma rápida e prática, em substituição às metodologias baseadas em pulverização aérea em casa de vegetação e PCR convencional. Foram utilizadas oito linhagens GMs e suas respectivas isolinhas convencionais. Foram realizados testes de germinação e comprimento de plântulas em papel de germinação umedecido com solução do herbicida e condição controle. Para verificar a eficiência do método, foram realizados, ensaios em casa de vegetação, onde o herbicida foi aplicado em plantas no estádio V3. Os resultados obtidos indicaram que as linhagens GMs 2Ia4, 2Oa4, 5Ha10 e 1Ea2939 apresentaram fenótipo de resistência tanto no teste de germinação e comprimento de plântulas, quanto em plantas em estágio V3. Algumas das linhagens GMs (2Ha11, 2Ia1, 3Pa4 e 1Ea15), mesmo sendo confirmada a presença do gene bar via PCR, foram sensíveis ao herbicida. As diferenças observadas no fenótipo de resistência das diferentes linhagens GMs podem estar associadas às variações no nível de expressão do gene bar, que pode variar conforme a posição de inserção no genoma hospedeiro. Pode-se concluir que a aplicação do teste de germinação e comprimento de plântulas em papel se mostrou eficiente na seleção de plantas resistentes ao herbicida, com resultados confirmados pelos testes com plantas em estágio V3 em casa de vegetação, mostrando-se como uma metodologia rápida, de baixo custo, prática e factível de aplicação precoce, acelerando a triagem de plantas promissoras em programas de melhoramento.