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Le changement climatique joue un rôle considérable dans la modification des conditions environnementales qui contrôlent la répartition et la survie des écosystèmes. A ce jour, les principaux changements attendus au sein des lagunes méditerranéennes seraient une augmentation de la température moyenne et du niveau moyen de la mer ainsi qu’une augmentation de la fréquence et de l’intensité des Évènements Climatiques Extrêmes (ECEs) tels que les vagues de chaleur, les périodes de sécheresse et de crues. Dans ce contexte, ce document présente un outil d’observation, résolument centré aujourd’hui sur la température et les herbiers de phanérogames, permettant d’interpréter les changements structurels et fonctionnels observés dans les lagunes méditerranéennes françaises en lien avec les évolution du climat. Cet observatoire couvrira 21 lagunes de la façade méditerranéenne française et débutera en avril 2022.

After having been eutrophied until the 2000s, the Thau lagoon has been now on an ecological restoration trajectory according to the oligotrophisation process. However, 2018 appeared to be a turning point in its ecological functioning due to its disturbed hydroclimatic context with the appearance of an unprecedented phenomenon of green water significantly impacting the oyster farming sector in its productivity and socio-economy. Already described in the 1980s in the Leucate lagoon, this phenomenon had never been observed in Thau and the need to observe in order to understand led to the carrying out of environmental monitoring from January 2019 to January 2020 on 3 stations. The description of the spatio-temporal dynamics of phytoplankton and of the species causing green water was associated with the biogeochemistry of lagoon waters (nitrogen, phosphorus and silicate nutrients) and the dynamics of autotrophic and heterotrophic eukaryotic communities. This monitoring was completed by a diagnosis of macrophytes (including macroalgae and seagrass beds) carried out in 2019 in order to measure the impact of disturbances on this compartment. The hypothesis of a link between the remarkable hydroclimatic context of 2018 and this green water phenomenon was put forward. Our results showed that the hydroclimatic context of the Thau Basin has evolved with a trend towards an increase in annual average water temperatures (+1.6°C over 20 years between 2000 and 2019), with an increase in annual average salinities (+2 PSU between 2000 and 2019) and more intense periods of oversalinity (up to 110 days in 2012 and maximums of 42.9 in 2016). Winter storms, spring thunderstorms, summer heatwave, anoxy and autumn Mediterranean episodes of intense precipitation make 2018 an atypical year. This succession of extreme events resulted in the phenomenon of green water. This project helped to find the origin: a bloom of Picochlorum, a picophytoplankton known to be thermotolerant and halotolerant. Picochlorum dominated the phytoplankton from December 2018 to April 2019 followed by minor developments until August 2019. The return to more typical phytoplankton communities occurred in September 2019 until the end of monitoring in February 2020. This bloom could be linked to massive inputs of nitrogen and phosphate nutrients linked successively to heavy rainfall in spring, to the summer anoxy and to the autumn rainfall of the Mediterranean episodes. The population dynamics of Picochlorum was controlled by nutrients but probably also by a parasitoid predator of the Aphelidium type that was identified in a preliminary way. The precise identification of this parasitoid remains a prospect. The impacts of the malaigue and green water phenomena on the macrophytes have led to a decrease in the total macrophyte cover. The relative cover of reference species, such as eelgrass, has also decreased, with a greater impact on the western part of the basin. The extreme hydroclimatic events of 2018 induced a cascade of ecological effects with changes in phytoplankton communities. It took one year after the 2018 anoxy to return to the previous state, as in the case of the green waters of the Leucate lagoon in the 1980s. Mediterranean lagoon systems represent high-stakes areas with ecological, environmental, societal and economic issues. The ecological restoration of Mediterranean lagoons and the associated goods and services requires an understanding of the dynamics of the various physical, chemical, biological and societal compartments, in order to support the marine culture sectors and anticipate their future trajectories, particularly in a context of anthropisation and global change., Après avoir été eutrophisée jusque dans les années 2000, la lagune de Thau est depuis sur une trajectoire de restauration écologique selon le processus d’oligotrophisation. Cependant, l’année 2018 est apparue comme une année de bascule dans son fonctionnement écologique par son contexte hydroclimatique perturbé avec l’apparition d’un phénomène inédit d’eaux vertes impactant significativement la filière ostréicole dans sa productivité et sa socio-économie. Déjà décrit dans les années 1980 dans la lagune de Leucate, ce phénomène n’avait jamais été observé dans Thau et le besoin d’observer pour comprendre a abouti à la réalisation d’un suivi environnemental de janvier 2019 à janvier 2020 sur 3 stations. La description de la dynamique spatio-temporelle du phytoplancton et de l’espèce à l’origine d’eaux vertes a été associée à la biogéochimie des eaux lagunaires (nutriments azotés, phosphorés et silicatés) et à la dynamique des communautés eucaryotes autotrophes et hétérotrophes. Ce suivi a été complété par un diagnostic des macrophytes (incluant les macroalgues et les herbiers) réalisé en 2019 afin de mesurer l’impact des perturbations sur ce compartiment. L’hypothèse du lien entre le contexte hydroclimatique remarquable de l’année 2018 et ce phénomène d’eaux vertes a été posée. Nos résultats ont montré que le contexte hydroclimatique du bassin de Thau a évolué avec une tendance à l’augmentation des moyennes annuelles de températures de l’eau (+1.6°C sur 20 ans entre 2000 et 2019), avec l’augmentation des moyennes annuelles de salinités (+2 PSU entre 2000 et 2019) et des périodes de sursalinités plus intenses (jusqu’à 110 jours en 2012 et des maximums à 42,9 en 2016). Les tempêtes hivernales, les orages printaniers, la canicule estivale, la malaïgue et les épisodes méditerranéens automnaux de précipitations intenses font de l’année 2018, une année atypique. Cette succession d’évènements extrêmes a eu pour conséquence le phénomène d’eaux vertes. Ce projet a permis d’en trouver l’origine : une efflorescence de Picochlorum, picophytoplancton connu pour être thermotolérant et halotolérant. Picochlorum a dominé le phytoplancton de décembre 2018 à avril 2019 suivi de développements mineurs jusqu’en aout 2019. Le retour à des communautés phytoplanctoniques plus typiques s’est fait en septembre 2019 jusqu’à la fin du suivi en février 2020. Cette efflorescence a pu être reliée à des apports massifs en nutriments azotés et phosphatés liés successivement à des précipitations fortes au printemps, à la malaïgue estivale et aux précipitations automnales des épisodes méditerranéens. La dynamique de population du Picochlorum a été contrôlée par les nutriments mais probablement aussi par un prédateur parasitoïde de type Aphelidium identifié de façon préliminaire. L’identification précise de ce parasitoïde reste une perspective. Les impacts des phénomènes de malaïgue et d’eaux vertes sur les macrophytes ont induit une diminution du recouvrement total en macrophytes. Le recouvrement relatif en espèce de référence, comme les zostères, a également diminué avec un impact plus important sur la partie ouest du bassin. Les évènements extrêmes hydroclimatiques de 2018 ont induit une cascade d’effets écologiques avec changement de communautés phytoplanctoniques. Il aura fallu une année après la malaïgue de 2018 pour voir le retour à l’état antérieur, comme dans le cas des eaux vertes de la lagune de Leucate dans les années 1980. Les systèmes lagunaires méditerranéens représentent des zones à forts enjeux avec des problématiques écologiques, environnementales, sociétales et économiques. La restauration écologique des lagunes méditerranéennes et des biens et services associés nécessite de comprendre la dynamique des différents compartiments physiques, chimiques, biologiques et sociétaux, pour accompagner les filières des cultures marines et d’anticiper leurs trajectoires futures, en particulier dans un contexte d’anthropisation et de changement global.

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la baie de Bourgneuf, mais aussi la rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent avec succès le captage, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur l’étang de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau VELYGER. Créé en 2008 sur fonds européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2014 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des observations acquises par d’autres réseaux régionaux et nationaux. Il détaille toutes les caractéristiques par secteur du cycle de reproduction de l’huitre creuse : maturation et fécondité des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2014 par secteur et à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2014, on retiendra les faits majeurs suivants : • Sur le plan hydro-climatique, cette année se caractérise par un hiver et un printemps particulièrement doux et humides, avec des épisodes de crues marquées sur la façade atlantique suivis d’un été ensoleillé et relativement chaud (mais sans épisode caniculaire). On observe des dessalures importantes en fin d’hiver, puis un retour dans les normales au printemps. Le phytoplancton est relativement abondant de la rade de Brest aux pertuis Charentais et plutôt déficitaire dans le bassin d’Arcachon et la lagune de Thau. • En termes de biologie, ces conditions hydro-climatiques se sont traduites, chez les populations d’huîtres adultes, par des indices de condition généralement élevés, avec toujours l’existence d’un gradient Nord-Sud observé chaque année, corrélativement à la concentration en phytoplancton. En outre, l’excédent thermique enregistré depuis l’hiver et tout au long du printemps s’est traduit par une ponte dés la mi juillet sur l’ensemble des écosystèmes de la côte atlantique et encore plus précocement dans la lagune de Thau. • Grâce à des températures très favorables en juillet et encore favorables en août, la plupart des cohortes larvaires observées ont eu une survie normale à bonne (e.g. 0.2 à 1.4 %), ce qui s’est généralement traduit par un captage modéré à excellent voire exceptionnel dans certains cas bien précis : la baie de Bourgneuf et le bassin d’Arcachon. Par contre, en rade de Brest, le captage est en deçà des valeurs auxquelles on aurait pu s’attendre, et la question de l’effet de certaines algues toxiques présentes en abondance au cours de cette saison de reproduction est posée. C’est aussi le cas dans la lagune de Thau, mais sur cet écosystème sans marée les aspects zootechniques liés à la gestion des collecteurs (localisation par rapport aux tables ostréicoles et technique d’exondation) constituent le facteur déterminant des performances du captage. • En conséquence, l’année 2014, se caractérise par un captage très variable géographiquement : « faible à modéré » en rade de Brest et dans la lagune de Thau (1 à 30 naissains/coupelle), modéré dans les pertuis Charentais (~200 naissains/coupelle) et excellent à exceptionnel dans le bassin d’Arcachon et en baie de Bourgneuf (de 200 à 2000 naissains/coupelle).

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la baie de Bourgneuf, mais aussi la rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent avec succès le captage, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur l’étang de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau VELYGER. Créé en 2008 sur fonds européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2013 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des observations acquises par d’autres réseaux régionaux et nationaux. Il détaille toutes les caractéristiques par secteur du cycle de reproduction de l’huitre creuse : maturation et fécondité des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2013 par secteur et à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2013, on retiendra les faits majeurs suivants : • L’année 2013 a été très contrastée. Un printemps particulièrement frais et généralement humide (mois de juin inclus) a fait suite à un hiver tardif alors que l’été a été ensoleillé et plutôt chaud. Les concentrations en phytoplancton ont été dans les normes avec toujours l’existence d’un gradient Nord-Sud : elles sont plutôt élevées en rade de Brest, baie de Bourgneuf et bassin de Marennes Oléron et plutôt faible dans le bassin d’Arcachon et l’étang de Thau. En outre, tout au long du printemps et jusqu’au mois de juillet, les températures de l’eau ont été toujours inférieures aux normales (excepté dans l’étang de Thau). • Ces conditions hydro-climatiques ont imprimé un gradient dans la maturation et la fécondité des huitres adultes avec un indice de condition très élevé en rade de Brest, en baie de Bourgneuf, et dans le bassin de Marennes Oléron et plutôt faible dans le bassin d’Arcachon et l’étang de Thau. En outre, le déficit thermique marqué jusqu’en juillet s’est traduit par une ponte très tardive sur l’ensemble des écosystèmes de la côte atlantique : par exemple, elle est survenue au 25 août en baie de Bourgneuf, ce qui constitue une valeur record. Malgré tout, quelques pontes partielles et asynchrones ont été observées sur certains écosystèmes en juillet. • Grâce à des températures très favorables en juillet et favorables en août, la plupart des cohortes larvaires présentes à cette période (rade de Brest, bassin d’Arcachon et étang de Thau) ont eu une survie normale à bonne (e.g. 0.2 à plus de 1 %), ce qui s’est traduit par un captage bon à excellent, avec une forte variabilité dans l’étang de Thau (cf paragraphe ci-dessous). Par contre, pour la baie de Bourgneuf et les pertuis Charentais, l’arrivée trop tardive des larves à la fin août dans une eau fraiche (< 20°C) n’a pas permis une survie favorable (autour de 0.01 %) ce qui s’est traduit par un captage tout juste modéré, faible voir nul selon les secteurs. • En conséquence, l’année 2013, se caractérise par un captage très variable géographiquement : « bon voire excellent » en rade de Brest (de 138 à 245 naissains/coupelle) et dans le bassin d’Arcachon (de 177 à 429 naissains/coupelle), modéré dans le bassin de Marennes-Oléron (de 25 à 52 naissains/coupelle) et faible en baie de Bourgneuf (< 5 naissains/coupelle). Ce rapport montre aussi que l’étang de Thau joue un rôle d’exception. Malgré une ponte d’intensité normale, des abondances de larves élevées et une bonne survie des cohortes, le captage 2013 y est très variable ce qui positionne l’étang de Thau en dehors du modèle de fonctionnement admis pour le cycle de reproduction de l’huître creuse sur la façade atlantique. Il semble que, sur ce site, la métamorphose constitue un verrou biologique qui peut être levé en utilisant des pratiques zootechniques adaptées à ce site particulier. Cette optimisation des pratiques zootechniques fait l’objet d’un projet régional : le projet PRONAMED.

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le Bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la Baie de Bourgneuf, mais aussi la Rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent avec succès le captage, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur l’Etang de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau Velyger. Créé en 2008 sur fonds européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2012 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des observations acquises par d’autres réseaux. Il détaille toutes les caractéristiques par secteur du cycle de reproduction de l’huitre creuse : maturation des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2012 par secteur et à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2012, on retiendra les faits majeurs suivants : • Après une année 2011 particulièrement sèche, l’année 2012 s’avère plutôt humide à partir du printemps avec un gradient Nord-Sud marqué. Ce gradient se retrouve dans les concentrations phytoplanctoniques : elles sont élevées en Rade de Brest et Baie de Bourgneuf, normales à faibles du Bassin de Marennes Oléron à l’Etang de Thau. En outre, jusqu’au mois de juillet, les températures de l’air et de l’eau sont tout justes dans les normes voire déficitaires pour les sites les plus au nord. • Ces conditions hydro-climatiques ont imprimé un gradient dans la maturation et la fécondité des huitres adultes avec un indice de condition très élevé en Rade de Brest, élevé en Baie de Bourgneuf, normal à faible du Bassin de Marennes Oléron à l’Etang de Thau. En outre, le manque de chaleur jusqu’en juillet s’est traduit par une ponte plutôt tardive sur l’ensemble des écosystèmes de la côte atlantique, à l’exception de la ponte en Baie de Bourgneuf qui a été très précoce compte tenu des conditions. A contrario, le Bassin d’Arcachon enregistre la ponte la plus tardive jamais observée sur ce secteur (au-delà du 15 août). A ce titre, le mécanisme du déclenchement de la ponte mériterait une attention particulière dans les années à venir. • Cela dit, grâce à un mois d’août favorable sur le plan thermique, les cohortes larvaires présentes à cette période ont eu une survie normale à bonne (e.g. 0.3 à 0.8 %), ce qui s’est traduit par un captage modéré à bon sur l’ensemble des secteurs de la façade atlantique. Il convient cependant de noter que la ponte trop précoce en Baie de Bourgneuf, qui s’est déroulée dans des eaux fraîches, n’a pas permis une bonne évolution de la cohorte larvaire (survie de 0.03 %) et le captage reste, sur ce secteur, faible à modéré en 2012. • En conséquence, l’année 2012, très différente de l’année 2011, se caractérise par un captage qualifié de « bon » dans le Bassin d’Arcachon (~230 naissains/coupelle), modéré dans le Bassin de Marennes-Oléron (~ 180 naissains/coupelle) et en Rade de Brest (~ 100 naissains/coupelle), modéré à faible en Baie de Bourgneuf (15 naissains/coupelle) et faible à nul dans l’étang de Thau (~ 5 naissains/coupelle). Ce rapport montre aussi que l’étang de Thau joue un rôle d’exception. Malgré une ponte d’intensité normale, des abondances de larves élevées et une bonne survie des cohortes, le captage 2012 y est très faible ce qui positionne l’étang de Thau en dehors du modèle de fonctionnement admis pour le cycle de reproduction de l’huître creuse sur la façade atlantique. Il semble que, sur ce site, la métamorphose constitue un verrou biologique qu’il convient d’étudier.

OBJECTIF DU PROGRAMME - L’objectif de ce projet sur la réimplantation d’herbiers de phanérogames est d’étudier la faisabilité technique et la définition des conditions optimales de réimplantation des herbiers, à petite échelle dans un premier temps (14 m2par site). Les conclusions de cette étude permettront d’étudier la pertinence de poursuivre sur une seconde phase à plus grande échelle. Trois lagunes, caractérisées par un niveau d’eutrophisation compatible avec la réimplantation d’herbiers, ont été sélectionnées pour le projet : l’étang d’Ingril, l’étang de Thau et l’étang de Bages-Sigean .

Les travaux présentés dans le présent rapport finalisent l’étude engagée dans le cadre de l’Axe 1 : « Amélioration des connaissances et compréhension des processus concernant le fonctionnement et le devenir du littoral méditerranéen » de la Convention Cadre entre l’Ifremer et l’Agence de l’Eau Rhône Méditerranée et Corse portant sur le « Développement de modèle hydrodynamiques et hydrosédimentaires sur les masses d’eau de transition ». Au terme de cette étude, nous disposons d’une méthode de jaugeage des débits en canal, opérationnelle dans la majorité des configurations de profils verticaux de courant rencontrées. Le chenal portuaire de Port-La-Nouvelle, unique voie de communication entre la lagune de Bages-Sigean et la Méditerranée, a été retenu comme site pilote pour la mise au point de la méthode. La définition d’un protocole de déploiement des appareils de mesures, la mise à jour des besoins en terme de stratégie d’échantillonnage et la chaine de traitement automatisée des données acquises sont aujourd’hui disponibles et font que cette méthode est applicable sur d’autres sites lagunaires. Cette étude à également mis à jour les ordres de grandeur des volumes journaliers entrants (23 m3s-1 en moyenne) et sortants (29 m3s-1 en moyenne) de la lagune de Bages-Sigean sous différents régimes hydro-climatiques. En particulier, une première estimation des temps de renouvellement à montrer que l’événement pluvieux exceptionnel du début d’année 2006 serait susceptible de renouveler la totalité des eaux de la lagune (73 Mm3 exportés en quinze jours pour un volume lagunaire de 60 Mm3). L’acquisition de connaissances et de données sur le fonctionnement des échanges hydriques entre une lagune et la mer, ainsi que le développement de méthodes robustes et applicables en routine d’acquisition de données de débits dans les graus des lagunes présentent, dans les contextes européen (Directive Cadre sur l’Eau) et régional (Réseau de Suivi Lagunaire), un intérêt indéniable. Ainsi, l’Agence de l’Eau, la Région Languedoc-Roussillon et l’Ifremer ont lancé une nouvelle étude visant à construire puis évaluer, sur les lagunes méditerranéennes identifiées par la DCE comme masses d’eau de transition, des indicateurs hydro-morphologiques ou plus précisément selon la terminologie DCE, « des facteurs physiques ayant un impact potentiel sur la structure et la composition des peuplements biologiques ». Les connaissances et données maintenant disponibles sur la lagune de Bages-Sigean viendront largement alimenter cette étude.

En 2009, 24 classements sanitaires en A, 11 en B et 3 en C étaient définis par arrêtés préfectoraux dans les départements de l’Hérault et du Gard. Peu de données fiables sont disponibles sur la production de coquillages en Languedoc-Roussillon. Selon les informations récoltées auprès des organisations professionnelles et de la DDTM la production annuelle dans l’Hérault et le Gard se situeraient en 2009 entre 11 600 tonnes et 8 400 tonnes d’huîtres, autour de 85 tonnes de tellines, aucune donnée n’étant disponible pour les palourdes et les coquillages du groupe 1. En 2009, 20 points de prélèvements de coquillages filtreurs, répartis dans 11 zones de production ont été échantillonnés dans l’Hérault et le Gard. Les résultats acquis sur la période 2007-2008-2009 permettent d’estimer la qualité microbiologique selon les seuils microbiologiques définis par le règlement européen (CE) n°854/2004, modifié par le règlement (CE) 1021/2008, en B pour 8 zones, en C pour une zone, en D pour une zone et en A pour une zone. Ces estimations ne sont pas conformes aux classements sanitaires pour 4 des 11 zones suivies. En 2009, les teneurs en métaux réglementés suivis dans le cadre du réseau d'observation de la contamination chimique (ROCCH sanitaire), en 8 points de prélèvements représentatifs de ces zones de production, sont inférieures aux seuils fixés par le règlement modifié (CE) n°466/2001. En 2009, 33 alertes ont été déclenchées dans l’Hérault et le Gard, donnant lieu à quatre mesures de gestion des zones de production de coquillages par le Préfet de l’Hérault. Plusieurs Toxi-Infections Alimentaires Collectives (TIAC) impliquant les coquillages de la zone d’élevage de la lagune de Thau ont été déclarées par les services de l’Etat en février 2009

Persistent organic pollutants (POPs) present in the airshed of a given environment may participate in exchange / deposition processes that will determine their inputs to the terrestrial or aquatic ecosystems. In addition, physico-chemical properties of POPs may favour long range atmospheric transport to other areas, even reaching remote zones. It is therefore important to determine the airshed POPs concentration in order to evaluate the potential amounts that may participate in the mentioned processes. Coastal lagoons are characterized by a high biodiversity and intense primary production leading to both ecological and economical considerable importance. Thau lagoon seems to be under intense anthropogenic pressure (urban, industrial, agricultural and shell farming activities). Moreover, indications of an important role of the atmosphere in the accumulation of some POPs families in the lagoon were found in a previous study based on results from a short sampling campaign. In this follow up study we present results on polychlorinated dibenzo-p-dioxins and dibenzofurans (PCDD/Fs), polychlorinated biphenyls (PCB) and polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) ambient air concentrations and occurrence from a one year sampling campaign (2007-2008). ∑2,3,7,8-PCDD/Fs total (gas+particulate phases) air concentrations ranged from 67 to 1700 fg m-3, being the higher levels obtained mainly during the winter months. ∑7indicator PCBs total concentrations varied from 11 to 90 pg m-3 whereas ∑DL (dioxin-like)-PCBs ranged from 2 to 8 pg m-3. ∑8 PBDEs total air concentrations varied from 158 to 230 pg m-3. Air masses back trajectories calculations were used to investigate the occurrence of these contaminants in the area. In addition, seasonal variation and congener patterns are also discussed

Crassostrea gigas and Mytilus edulis are reared in four areas along the eastern coast of Cotentin (Normandy). Every five years, a stock assessment survey, based on a stratified random sampling is carried out using aerial photographs. During September 2000, oysters bags and mussel banks random samplings have been weighed on leasing grounds and in random sampled farms in order to evaluate the overall total gross and net weights breeded (oysters 40 000 and mussels 17 000 metric tons, net weights). Age compositions of each stock in each rearing area have been computed. This last stock assessment showed that cultural regulations are less and less observed in Normandy's breeding areas. A strong increase in bag densities has been noticed since 1995. As stock levels remained stable, decreases in yields have been noticed. As a consequence of this report, farmers and Official Authorities should adopt recommendations on cultural practices in Normandy in order to improve shellfish culture management., Comme tous les cinq ans, une étude de stock a été réalisée en 2000 par photographies aériennes de l'ensemble des concessions ostréicoles normandes. La lecture de ces documents a été conduite après stratification des différents bassins sur la base des travaux précédents. Pour les huîtres, des pesées aléatoires de poches sur parcs et dans les ateliers conchylicoles ont été faites. Pour les moules, le calcul des biomasses a nécessité une évaluation du taux d'exploitation des bouchots et du volume moyen de moules qu'ils supportent (moyennes par pieu, par bouchot et par ligne). La composition en âge de ces stocks (moules de un an ou de deux ans, naissain, demi-élevage ou huîtres de taille commerciale) a été calculée bassin par bassin. Les stocks totaux normands ont été évalués à 17 000 t pour les moules et 40 000 t d'huîtres. Une mention particulière a été faite concernant le respect des Schéma Départementaux des structures par les professionnels. De fortes dérives récentes ont été constatées quant aux densités de mollusques en élevage. Malgré cet effort de production supplémentaire, le niveau des stocks est resté parfaitement stable depuis 1995. La dégradation des rendements en produits commerciaux, par unité de surface (huîtres) ou de longueur (moules) est la conséquence directe de cette tendance. En ce qui concerne les huîtres, plus particulièrement, une baisse générale du poids de mollusque vivant, par poche, a été relevée. L'impact des mortalités anormales qui ont affecté la Baie des Veys est également mis en évidence. Une perte d'environ 1800 t a été évaluée. L'ensemble de ces observations devrait conduire la Profession à faire des choix drastiques de gestion collective des différents bassins.

Since recent decades, nutrient-related eutrophication, originating from agricultural use of fertilizer and population enhancement, can be considered worldwide as the main disturbance for coastal lagoons. Since coastal lagoons are very shallow and enclosed, their functioning is tightly linked to meteorological conditions. The aim of this study is to compare different rainfall levels and eutrophication response on coastal lagoons of the Languedoc-Roussillon (Western Mediterranean coast), subject to different nutrient loads from their watershed, in order to check the possibility to distinguish the effects of watershed management or rainfall conditions on water quality (waste water treatment plant improvement, decrease of fertilizer spreading).

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2020 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival en 2020 du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2015-2020 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; (2) appliquer des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la variabilité de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2020 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2015-2020 pour 6 masses d’eau en ce qui concerne les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau et pour 5 masses d’eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton. Quatre masses d’eau atteignent le bon état pour les deux compartiments colonne d’eau et phytoplancton (Bages-Sigean, Ayrolle, Thau et Berre). Une masse d’eau est concernée par une perte de classe qualité (La Palme en état moyen pour l’état physico-chimique) pour la période 2015-2020 par rapport à la période 2013-2018 et deux masses d’eau par des gains de classe de qualité (Berre en très bon état physico-chimique et en bon état pour le phytoplancton ; Canet en état médiocre pour le phytoplancton). L’application de méthodes statistiques adaptées (bootstrap, tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis) sur les données acquises de 2015 à 2020 ont permis :  d’évaluer la confiance accompagnant les diagnostics DCE des masses d’eau,  de mettre en évidence une tendance à l’augmentation au cours de la période 2015-2020 des concentrations en nutriments sur 2 masses d’eau (La Palme et Thau) et une tendance à la diminution sur une masse d’eau (Palavasiens-Est),  de mettre en évidence une tendance à l’augmentation au cours de la période 2015-2020 de la biomasse de phytoplancton sur une masse d’eau (La Palme). Les indicateurs fournis permettent ainsi de détecter des changements de façon précoce et d’attirer l’attention sur des nouveaux signes de dégradation ou de restauration de l’état des lagunes.

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2016 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2011-2016 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; (2) construire un ou des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la variabilité de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2016 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2011-2016 pour 4 masses d’eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton et pour 7 masses d’eau en ce qui concerne les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau. L’application de méthodes statistiques (bootstrap, tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis) sur les données de biomasse phytoplanctonique acquises de 2000 à 2016 sur les étangs Palavasiens a permis de montrer l’intérêt du développement d’indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE. La méthode de boostrap proposée est pertinente pour évaluer la confiance accompagnant le diagnostic DCE. Par ailleurs, les tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis sont efficaces et complémentaires pour détecter précocement des tendances d’évolution et des années particulières au sein des plans de gestion. La détection des changements dans les écosystèmes doit pouvoir se faire à des échelles spatio-temporelles qui sont pertinentes pour les décisions. Du fait de l’inertie des indicateurs DCE et des enjeux vis-à-vis des enjeux de gestion des milieux, il semble nécessaire de maintenir un rythme annuel de suivi et d’évaluation des tendances d’évolution pour la colonne d’eau et le phytoplancton.

After having been eutrophied until the 2000s, the Thau lagoon has been now on an ecological restoration trajectory according to the oligotrophisation process. However, 2018 appeared to be a turning point in its ecological functioning due to its disturbed hydroclimatic context with the appearance of an unprecedented phenomenon of green water significantly impacting the oyster farming sector in its productivity and socio-economy. Already described in the 1980s in the Leucate lagoon, this phenomenon had never been observed in Thau and the need to observe in order to understand led to the carrying out of environmental monitoring from January 2019 to January 2020 on 3 stations. The description of the spatio-temporal dynamics of phytoplankton and of the species causing green water was associated with the biogeochemistry of lagoon waters (nitrogen, phosphorus and silicate nutrients) and the dynamics of autotrophic and heterotrophic eukaryotic communities. This monitoring was completed by a diagnosis of macrophytes (including macroalgae and seagrass beds) carried out in 2019 in order to measure the impact of disturbances on this compartment. The hypothesis of a link between the remarkable hydroclimatic context of 2018 and this green water phenomenon was put forward. Our results showed that the hydroclimatic context of the Thau Basin has evolved with a trend towards an increase in annual average water temperatures (+1.6°C over 20 years between 2000 and 2019), with an increase in annual average salinities (+2 PSU between 2000 and 2019) and more intense periods of oversalinity (up to 110 days in 2012 and maximums of 42.9 in 2016). Winter storms, spring thunderstorms, summer heatwave, anoxy and autumn Mediterranean episodes of intense precipitation make 2018 an atypical year. This succession of extreme events resulted in the phenomenon of green water. This project helped to find the origin: a bloom of Picochlorum, a picophytoplankton known to be thermotolerant and halotolerant. Picochlorum dominated the phytoplankton from December 2018 to April 2019 followed by minor developments until August 2019. The return to more typical phytoplankton communities occurred in September 2019 until the end of monitoring in February 2020. This bloom could be linked to massive inputs of nitrogen and phosphate nutrients linked successively to heavy rainfall in spring, to the summer anoxy and to the autumn rainfall of the Mediterranean episodes. The population dynamics of Picochlorum was controlled by nutrients but probably also by a parasitoid predator of the Aphelidium type that was identified in a preliminary way. The precise identification of this parasitoid remains a prospect. The impacts of the malaigue and green water phenomena on the macrophytes have led to a decrease in the total macrophyte cover. The relative cover of reference species, such as eelgrass, has also decreased, with a greater impact on the western part of the basin. The extreme hydroclimatic events of 2018 induced a cascade of ecological effects with changes in phytoplankton communities. It took one year after the 2018 anoxy to return to the previous state, as in the case of the green waters of the Leucate lagoon in the 1980s. Mediterranean lagoon systems represent high-stakes areas with ecological, environmental, societal and economic issues. The ecological restoration of Mediterranean lagoons and the associated goods and services requires an understanding of the dynamics of the various physical, chemical, biological and societal compartments, in order to support the marine culture sectors and anticipate their future trajectories, particularly in a context of anthropisation and global change., Après avoir été eutrophisée jusque dans les années 2000, la lagune de Thau est depuis sur une trajectoire de restauration écologique selon le processus d’oligotrophisation. Cependant, l’année 2018 est apparue comme une année de bascule dans son fonctionnement écologique par son contexte hydroclimatique perturbé avec l’apparition d’un phénomène inédit d’eaux vertes impactant significativement la filière ostréicole dans sa productivité et sa socio-économie. Déjà décrit dans les années 1980 dans la lagune de Leucate, ce phénomène n’avait jamais été observé dans Thau et le besoin d’observer pour comprendre a abouti à la réalisation d’un suivi environnemental de janvier 2019 à janvier 2020 sur 3 stations. La description de la dynamique spatio-temporelle du phytoplancton et de l’espèce à l’origine d’eaux vertes a été associée à la biogéochimie des eaux lagunaires (nutriments azotés, phosphorés et silicatés) et à la dynamique des communautés eucaryotes autotrophes et hétérotrophes. Ce suivi a été complété par un diagnostic des macrophytes (incluant les macroalgues et les herbiers) réalisé en 2019 afin de mesurer l’impact des perturbations sur ce compartiment. L’hypothèse du lien entre le contexte hydroclimatique remarquable de l’année 2018 et ce phénomène d’eaux vertes a été posée. Nos résultats ont montré que le contexte hydroclimatique du bassin de Thau a évolué avec une tendance à l’augmentation des moyennes annuelles de températures de l’eau (+1.6°C sur 20 ans entre 2000 et 2019), avec l’augmentation des moyennes annuelles de salinités (+2 PSU entre 2000 et 2019) et des périodes de sursalinités plus intenses (jusqu’à 110 jours en 2012 et des maximums à 42,9 en 2016). Les tempêtes hivernales, les orages printaniers, la canicule estivale, la malaïgue et les épisodes méditerranéens automnaux de précipitations intenses font de l’année 2018, une année atypique. Cette succession d’évènements extrêmes a eu pour conséquence le phénomène d’eaux vertes. Ce projet a permis d’en trouver l’origine : une efflorescence de Picochlorum, picophytoplancton connu pour être thermotolérant et halotolérant. Picochlorum a dominé le phytoplancton de décembre 2018 à avril 2019 suivi de développements mineurs jusqu’en aout 2019. Le retour à des communautés phytoplanctoniques plus typiques s’est fait en septembre 2019 jusqu’à la fin du suivi en février 2020. Cette efflorescence a pu être reliée à des apports massifs en nutriments azotés et phosphatés liés successivement à des précipitations fortes au printemps, à la malaïgue estivale et aux précipitations automnales des épisodes méditerranéens. La dynamique de population du Picochlorum a été contrôlée par les nutriments mais probablement aussi par un prédateur parasitoïde de type Aphelidium identifié de façon préliminaire. L’identification précise de ce parasitoïde reste une perspective. Les impacts des phénomènes de malaïgue et d’eaux vertes sur les macrophytes ont induit une diminution du recouvrement total en macrophytes. Le recouvrement relatif en espèce de référence, comme les zostères, a également diminué avec un impact plus important sur la partie ouest du bassin. Les évènements extrêmes hydroclimatiques de 2018 ont induit une cascade d’effets écologiques avec changement de communautés phytoplanctoniques. Il aura fallu une année après la malaïgue de 2018 pour voir le retour à l’état antérieur, comme dans le cas des eaux vertes de la lagune de Leucate dans les années 1980. Les systèmes lagunaires méditerranéens représentent des zones à forts enjeux avec des problématiques écologiques, environnementales, sociétales et économiques. La restauration écologique des lagunes méditerranéennes et des biens et services associés nécessite de comprendre la dynamique des différents compartiments physiques, chimiques, biologiques et sociétaux, pour accompagner les filières des cultures marines et d’anticiper leurs trajectoires futures, en particulier dans un contexte d’anthropisation et de changement global.

Microbes regularly contaminate Thau lagoon shellfish. Between 1997 and 2007, 18% of the analyses carried out in dry weather recorded more than 230 Escherichia coli / 100 g of bivalves (Ifremer French microbial monitoring network), leading the administration to restrict the shellfish harvest area, including suspension of production. This study aims to determine, the contribution of seabirds, which roost at night on the Thau lagoon shellfish growing frames, to shellfish faecal pollution in dry weather.Data were collected in 2008 from both the drainage area (pollution input) and the lagoon (water quality and microbial monitoring, seabird counts) in dry weather. The data showed that, with no watershed input or lagoon resurgence, microbial contaminants were present in shellfish under oyster farming structures used by seabirds, particularly at night, as roosting areas. Shellfish contamination levels were higher under roosting areas than under control structures. Initial results of F+ specific RNA bacteriophage genotyping in shellfish samples suggested contamination of animal origin.

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2018 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival en 2018 du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2013-2018 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; (2) appliquer des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la variabilité de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2018 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2013-2018 pour 7 masses d’eau en ce qui concerne les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau et pour 4 masses d’eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton. Quatre masses d’eau atteignent le bon état pour les deux compartiments colonne d’eau et phytoplancton (La Palme, Bages-Sigean, Ayrolle et Thau). L’application de méthodes statistiques adaptées (bootstrap, tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis) sur les données acquises de 2013 à 2018 ont permis : · d’évaluer la confiance accompagnant les diagnostics DCE des masses d’eau, · de mettre en évidence une tendance à l’augmentation des concentrations en nutriments sur 4 masses d’eau et une tendance à la diminution sur deux masses d’eau, · de mettre en évidence une tendance à l’augmentation des abondances de phytoplancton sur une masse d’eau et une tendance à la diminution sur une masse d’eau. Les indicateurs fournis permettent ainsi de détecter des changements de façon précoce et d’attirer l’attention sur des nouveaux signes de dégradation ou de restauration de l’état des lagunes.

Ce travail a permis de construire et de valider un indicateur d'évaluation du risque lié à la présence de pesticides dans les lagunes méditerranéennes françaises. Cet indicateur, le Quotient de Risque (QR) s'appuie sur une stratégie de suivi globale, adaptée au contexte des lagunes, de leurs fortes dilutions et de leur dynamique complexe, tout en prenant en compte l'effet des mélanges de pesticides dans les eaux. Pour cela, la liste des pesticides à rechercher en priorité pour les lagunes, ainsi que le mode, les sites et les fréquences d'échantillonnage ont été définis et discutés au regard des résultats du suivi annuel des étangs de Thau et de l'Or, réalisé en 2015-16 par échantillonneurs intégratifs POCIS. 90 pesticides prioritaires pour les lagunes ont été choisis grâce à la synthèse des données les plus récentes en matière de contamination (soit directement dans la lagune, soit sur les cours d'eau tributaires de lagunes), et au croisement de ces dernières avec les listes d'intérêt régional. Le mode d'échantillonnage intégratif par POCIS a été décrit et sa pertinence pour les suivis en lagune, au niveau des points DCE, confirmée. Le suivi annuel Thau/Or a permis de proposer une fréquence de suivi des pesticides hydrophiles adaptée aux lagunes, en soulignant : i) la contamination 4 à 5 fois plus importante sur l'étang de l'Or que sur Thau, caractérisée par des "cocktails" de pesticides présents toute l'année dans les eaux, qui évoluent au fil des saisons et des usages sur les bassins versants (usages phytosanitaires variés sur l'Or, et usages mixtes, phytosanitaires et biocides sur Thau), ii) les 3 périodes importantes à suivre vis-à-vis de ces différents usages de pesticides autour et dans les lagunes (mars-avril, juin-juillet et septembre-octobre), iii) l'importance de prendre en compte la pluviométrie dans le positionnement temporel des POCIS à minima au cours de la période s'étalant de mai à septembre afin d'obtenir un diagnostic plus représentatif de l'exposition réelle aux pesticides hydrophiles et du risque annuel induit pour les lagunes. L'indicateur de risque QR a ensuite été adapté aux lagunes, sur la base des concepts fondamentaux de la toxicité des mélanges. Le QR permet ainsi de respecter le cadre strict de la DCE en ce qui concerne la toxicité des substances individuelles mais aussi d'aller au-delà de l'évaluation classique molécule par molécule de la DCE en prenant en compte l'effet du mélange de pesticides présents dans l'eau. Une grille de diagnostic a été développée pour les lagunes et appliquée au jeu de données du suivi sur Thau et Or. Le risque est considéré comme fort, toute l'année sur l'étang de l'Or, uniquement en été sur l'étang de Thau. Si quelques substances individuelles dépassent leurs valeurs seuils, le QR apporte des éléments nouveaux en matière d'évaluation du risque, et confirme que l'effet des mélanges de pesticides doit être considéré à l'avenir comme un facteur de risque majeur pour les lagunes méditerranéennes.

Le Réseau de Suivi Lagunaire (RSL), qui permettait d’évaluer l’état vis-à-vis de l’eutrophisation des lagunes du Languedoc-Roussillon, a pris fin en 2013. Une campagne DCE d’évaluation de l’état des masses d’eau côtières et de transition de la façade méditerranéenne est programmée en 2015. Ce rapport rend compte des suivis réalisés par Ifremer en 2014 sur 22 masses d’eau lagunaires du bassin Rhône-Méditerranée et Corse (financement AERMC). Un diagnostic de l’état des masses d’eau, intégrant l’état physico-chimique de la colonne d’eau et l’état du phytoplancton est établi pour les 22 masses d’eau (dont 4 oligo-mésohalines), à partir des données acquises sur la période 2009-2014, selon les critères et les grilles DCE. Trois masses d’eau (Thau, Palavasiens-Ouest et Ponant) font également l’objet d’un diagnostic de l’état des macrophytes selon les méthodes DCE. En complément à ces diagnostics, des prélèvements de sédiments ont été réalisés sur la lagune de Thau afin d’évaluer les teneurs en azote total, phosphore total et en matière organique. Les diagnostics établis selon les grilles DCE pour les lagunes poly-euhalines méditerranéennes, permettent de qualifier deux tiers des 18 masses d’eau suivies en « bon » ou « très bon » état pour le compartiment « phytoplancton » sur les périodes estivales de 2009 à 2014. Les paramètres physico-chimiques « de soutien » mesurés dans la colonne d’eau pour les 18 masses d’eau poly-euhalines sur la période 2009-2014 sont plus déclassants, avec seulement 8 masses d’eau au-dessus du seuil du bon état. Les états du phytoplancton et des paramètres physico-chimiques des quatre masses d’eau oligo-mésohalines (Campignol, Vendres, Bagnas et Marette), interprétés à titre indicatif au regard des grilles de diagnostic DCE en vigueur pour les lagunes poly-euhalines, conduisent à qualifier ces lagunes en état médiocre à mauvais. Les évolutions à venir des outils de diagnostic des lagunes oligo-mésohalines permettront de mieux situer la qualité de ces masses d’eau par rapport à l’objectif de bon état DCE. Une étude Onema/Ifremer/Tour du Valat/UM doit fournir, pour fin 2015, des indicateurs et grilles de diagnostic pour la colonne d’eau et le phytoplancton adaptés à ce type de masses d’eau lagunaires. L’état du compartiment « macrophytes », évalué en 2014 au regard des critères DCE permet de mettre en évidence une tendance à l’amélioration sur les Palavasiens-Ouest et sur Thau par rapport au diagnostic précédent. Les deux masses d’eau affichent encore un état moyen du compartiment macrophytes en 2014, mais le bon état sur Thau est quasiment atteint. En revanche, l’état des macrophytes sur Ponant est qualifié de médiocre au regard des grilles DCE et les suivis ne permettent pas de mettre en évidence d’amélioration depuis le diagnostic de 2010.