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O Programa de Medicamentos Excepcionais, do Ministério da Saúde, provê, ao tratamento de doenças, medicamentos de alto valor unitário, ou que, em caso de uso crônico ou prolongado, configurem um tratamento de custo elevado. Com o objetivo de descrever o perfil demográfico e epidemiológico dos pacientes atendidos pelo programa, realizou-se um relacionamento probabilístico-determinístico de dados provenientes de registros do Datasus: Autorizações de Procedimentos de Alta Complexidade/Alto Custo (Apac/SIA) e Sistema de Informação sobre Mortalidade (SIM). A coorte formada pelo pareamento das bases de dados identificou 611.419 indivíduos que iniciaram o tratamento no período de 2000-2004. As análises foram desagregadas por sexo, região de residência, diagnósticos e medicamentos mais utilizados. A construção desta coorte histórica propiciou a descrição das características demográficas, epidemiológicas e de utilização de medicamentos dos usuários do programa. Além disso, o banco de dados gerado viabiliza uma série de análises específicas por doenças, que podem contribuir para avaliações de efetividade e eficiência de alternativas terapêuticas constantes nos protocolos clínicos, com o objetivo de fornecer subsídios aos tomadores de decisão no que tange ao planejamento das ações e oferta de medicamentos de alto custo pelo SUS. El Programa de Medicamentos Excepcionales del Ministerio de Salud tiene como objetivo satisfacer la demanda de medicamentos de alto valor unitario, o de aquellos empleados en enfermedades crónicas que impliquen un tratamiento de costo elevado. Con el objetivo de describir el perfil demográfico y epidemiológico de los pacientes incluidos en el programa, se realizó una vinculación probabilística-determinística de datos provenientes de registros del DATASUS (Banco de Datos del Sistema Único de Salud): Autorizaciones de Procedimientos de Alta Complejidad/Alto Costo (Apac/SIA) y Sistema de Información sobre Mortalidad (SIM). La cohorte formada a partir de la vinculación de las bases de datos identificó a 611.419 individuos que comenzaron el tratamiento en el período 2000-2004. Los análisis se han separado por sexo, región de residencia, diagnóstico y medicamentos más utilizados. La construcción de esta cohorte histórica permitió la descripción de las características demográficas, epidemiológicas y de utilización de medicamentos de los usuarios del programa. Además, el banco de datos generado hace posible la realización de una serie de análisis específicos para determinación de enfermedades, que pueden contribuir a evaluaciones de eficacia y eficiencia de las alternativas terapéuticas incluidas en los protocolos clínicos, con el objetivo de proporcionar subsidios a quienes toman decisiones con respecto a la planificación de las acciones y la oferta de medicamentos de alto costo por parte del SUS. The Program for High-Cost Medicines of the Brazilian Health Ministry was set up to respond to the demand for high unit-cost medication or for medication used for chronic diseases that imply a high overall cost for treatment. To describe the epidemiological and demographic profiles of patients enrolled in the program, a probabilistic-deterministic connection was made between data in sections of the Health Ministry's databases (DATASUS), namely, the Outpatient Information System (APAC/SIA) and the Mortality Information System (SIM). The cohort formed by linking databases identified 611,419 individuals who began treatment between 2000 and 2004. The analyses were disaggregated by sex, region of residence, diagnoses and most widely used drugs.The construction of this historical cohort made possible a description of the epidemiological characteristics and drugs used by the program's users. The database generated can also provide analyses for specific diseases, with results that can contribute to evaluations of effectiveness and efficiency of clinical protocols, in order to better inform decision-makers regarding the planning and supplying of high-cost medication by the Brazilian Health Ministry.