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34 results on '"Martignac, François"'

1. Hydroacoustique et poissons migrateurs amphihalins : analyse innovante de leur dynamique migratoire

Author

MARTIGNAC, François and HEMON, Audrey

Subjects
INNOVATION, HYDROACOUSTIQUE, MIGRATION, POISSONS, AMPHIHALIN, Environmental technology. Sanitary engineering, TD1-1066, Environmental sciences, GE1-350
Abstract

La mise en service d'un ouvrage hydraulique a des impacts sur le milieu aquatique et ses peuplements qu’il est nécessaire de contrôler. À partir de l'étude de suivi de la migration des saumons atlantiques nécessitée par l'installation d'un nouveau barrage fluvial en baie du Mont-Saint-Michel, cet article nous démontre comment l'esprit d’innovation et la capacité de collaboration entre acteurs du territoire, chercheurs et bureau d'études ont permis de monter un projet de recherche finalisé et de mettre en œuvre une technologie innovante.

Published
2015

4. A deep neural network for multi-species fish detection using multiple acoustic cameras

Author

Garcia, Guglielmo Fernandez, Martignac, François, Nevoux, Marie, Beaulaton, Laurent, and Corpetti, Thomas

Subjects
Computer Science - Computer Vision and Pattern Recognition
Abstract

Underwater acoustic cameras are high potential devices for many applications in ecology, notably for fisheries management and monitoring. However how to extract such data into high value information without a time-consuming entire dataset reading by an operator is still a challenge. Moreover the analysis of acoustic imaging, due to its low signal-to-noise ratio, is a perfect training ground for experimenting with new approaches, especially concerning Deep Learning techniques. We present hereby a novel approach that takes advantage of both CNN (Convolutional Neural Network) and classical CV (Computer Vision) techniques, able to detect a generic class ''fish'' in acoustic video streams. The pipeline pre-treats the acoustic images to extract 2 features, in order to localise the signals and improve the detection performances. To ensure the performances from an ecological point of view, we propose also a two-step validation, one to validate the results of the trainings and one to test the method on a real-world scenario. The YOLOv3-based model was trained with data of fish from multiple species recorded by the two common acoustic cameras, DIDSON and ARIS, including species of high ecological interest, as Atlantic salmon or European eels. The model we developed provides satisfying results detecting almost 80% of fish and minimizing the false positive rate, however the model is much less efficient for eel detections on ARIS videos. The first CNN pipeline for fish monitoring exploiting video data from two models of acoustic cameras satisfies most of the required features. Many challenges are still present, such as the automation of fish species identification through a multiclass model. 1 However the results point a new solution for dealing with complex data, such as sonar data, which can also be reapplied in other cases where the signal-to-noise ratio is a challenge.

Published
2021

5. Diadromous fish run assessment: a double-observer model using acoustic cameras to correct imperfect detection and improve population abundance estimates

Author

Boulenger, Clarisse, Roussel, Jean-marc, Beaulaton, Laurent, Martignac, François, Nevoux, Marie, Boulenger, Clarisse, Roussel, Jean-marc, Beaulaton, Laurent, Martignac, François, and Nevoux, Marie

Abstract

Introduction: Diadromous fish populations have strongly declined over decades, and many species are protected through national and international regulations. They account for less than 1% of fish biodiversity worldwide, but they are among the most perceptible linkages between freshwater and marine ecosystems. During their migration back and forth, diadromous fish species are subjected to many anthropogenic threats, among which river damming can severely limit access to vital freshwater habitats and jeopardize population sustainability. Here, we developed a method based on a double-observer modeling approach for estimating the abundance of diadromous fish during their migration in rivers. Methods: The method relies on two independent and synchronous records of fish counts that were analyzed jointly thanks to a hierarchical Bayesian model to estimate detection efficiencies and daily fish passage. We used simulated data to test model robustness and identify conditions under which the developed approach can be used. The approach was then applied to empirical data to estimate the annual silver eel run in the Touques River, France. Results: The analysis of simulated datasets and the study case gives evidence that the model can provide robust,accurate, and precise estimates of detection probabilities and total fish abundance in a set of conditions dependent on the information provided in the data (annual distribution of fish passage, annual number of observation, pairing period, etc.). Discussion: Then, the method can be applied to various species and counting systems, including nomad acoustic camera devices. We discuss its relevance for programs on river continuity restoration, notably to quantify population restoration associated with dam removals.

Published
2024
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8. Automatic detection, identification and counting of anguilliform fish using in situ acoustic camera data: Development of a cross-camera morphological analysis approach

Author

Le Quinio, Azénor, De Oliveira, Eric, Girard, Alexandre, Guillard, Jean, Roussel, Jean-marc, Zaoui, Fabrice, Martignac, François, Le Quinio, Azénor, De Oliveira, Eric, Girard, Alexandre, Guillard, Jean, Roussel, Jean-marc, Zaoui, Fabrice, and Martignac, François

Abstract

Acoustic cameras are increasingly used in monitoring studies of diadromous fish populations, even though analyzing them is time-consuming. In complex in situ contexts, anguilliform fish may be especially difficult to identify automatically using acoustic camera data because the undulation of their body frequently results in fragmented targets. Our study aimed to develop a method based on a succession of computer vision techniques, in order to automatically detect, identify and count anguilliform fish using data from multiple models of acoustic cameras. Indeed, several models of cameras, owning specific technical characteristics, are used to monitor fish populations, causing major differences in the recorded data shapes and resolutions. The method was applied to two large datasets recorded at two distinct monitoring sites with populations of European eels with different length distributions. The method yielded promising results for large eels, with more than 75% of eels automatically identified successfully using datasets from ARIS and BlueView cameras. However, only 42% of eels shorter than 60 cm were detected, with the best model performances observed for detection ranges of 4–9 m. Although improvements are required to compensate for fish-length limitations, our cross-camera method is promising for automatically detecting and counting large eels in long-term monitoring studies in complex environments.

Published
2023
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9. Efficiency of automatic analyses of fish passages detected by an acoustic camera using Sonar5-Pro

Author

Martignac François, Baglinière Jean-Luc, Ombredane Dominique, and Guillard Jean

Subjects
acoustic camera, fish detection, automatic tracking, efficiency assessment, fish length calculation, behaviour description, Aquaculture. Fisheries. Angling, SH1-691
Abstract

The acoustic camera is a non-intrusive method increasingly used to monitor fish populations. Acoustic camera data are video-like, providing information on fish behaviour and morphology helpful to discriminate fish species. However, acoustic cameras used in long-term monitoring studies generate a large amount of data, making one of the technical limitations the time spent analysing data, especially for multi-species fish communities. The specific analysis software provided for DIDSON acoustic cameras is problematic to use for large datasets. Sonar5-Pro, a popular software in freshwater studies offers several advantages due to its automatic tracking tool that follows targets moving into the detection beam and distinguishes fish from other targets. This study aims to assess the effectiveness of Sonar5-Pro for detecting and describing fish passages in a high fish diversity river in low flow conditions. The tool's accuracy was assessed by comparing Sonar5-Pro outputs with a complete manual analysis using morphological and behavioural descriptors. Ninety-eight percent of the fish moving into the detection beam were successfully detected by the software. The fish swimming direction estimation was 90% efficient. Sonar5-Pro and its automatic tracking tool have great potential as a database pre-filtering process and decrease the overall time spent on data analysis but some limits were also identified. Multi-counting issues almost doubled the true fish abundance, requiring manual operator validation. Furthermore, fish length of each tracked fish needed to be manually measured with another software (SMC). In conclusion, a combination of Sonar5-Pro and SMC software can provide reliable results with a significant reduction of manpower needed for the analysis of a long-term monitoring DIDSON dataset.

Published
2021
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11. Un Réseau Neuronal Profond pour la Détection de Poissons Multi-Espèces Utilisant un Méthode Multi-Caméras Acoustiques

Author

Garcia, Guglielmo Fernandez, Martignac, François, Nevoux, Marie, Beaulaton, Laurent, Corpetti, Thomas, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Rennes), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
FOS: Computer and information sciences, Computer Vision and Pattern Recognition (cs.CV), Computer Science - Computer Vision and Pattern Recognition, convolutional neural network, deep learning, [INFO.INFO-CV]Computer Science [cs]/Computer Vision and Pattern Recognition [cs.CV], artificial intelligence, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, fisheries management, ARIS, [SDE]Environmental Sciences, DIDSON, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, sonar cameras
Abstract

Underwater acoustic cameras are high potential devices for many applications in ecology, notably for fisheries management and monitoring. However how to extract such data into high value information without a time-consuming entire dataset reading by an operator is still a challenge. Moreover the analysis of acoustic imaging, due to its low signal-to-noise ratio, is a perfect training ground for experimenting with new approaches, especially concerning Deep Learning techniques. We present hereby a novel approach that takes advantage of both CNN (Convolutional Neural Network) and classical CV (Computer Vision) techniques, able to detect a generic class ''fish'' in acoustic video streams. The pipeline pre-treats the acoustic images to extract 2 features, in order to localise the signals and improve the detection performances. To ensure the performances from an ecological point of view, we propose also a two-step validation, one to validate the results of the trainings and one to test the method on a real-world scenario. The YOLOv3-based model was trained with data of fish from multiple species recorded by the two common acoustic cameras, DIDSON and ARIS, including species of high ecological interest, as Atlantic salmon or European eels. The model we developed provides satisfying results detecting almost 80% of fish and minimizing the false positive rate, however the model is much less efficient for eel detections on ARIS videos. The first CNN pipeline for fish monitoring exploiting video data from two models of acoustic cameras satisfies most of the required features. Many challenges are still present, such as the automation of fish species identification through a multiclass model. 1 However the results point a new solution for dealing with complex data, such as sonar data, which can also be reapplied in other cases where the signal-to-noise ratio is a challenge.

Published
2021

12. Rapport final des travaux liés à la convention 1078068

Author

Druet, Morgan, Rault, Pablo, Acou, Antony, Azam, Didier, Bardonnet, Agnes, Lasne, Emilien, Evanno, Guillaume, Feunteun, Eric, LAUNEY, Sophie, Lizé, Anne, Martignac, François, Nevoux, Marie, Prod’homme, Jordane, Emma, Robin, TEICHERT, Nils, Petit, Eric, Marchand, Frédéric, Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons (ECOBIOP), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Agence de l'Eau Seine-Normandie (AESN), dans le cadre du Programme Sélune, Agence de l'Eau Seine-Normandie, Pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)

Subjects
Sélune, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment
Published
2021

13. Dispersion et (re)colonisation du cours de la Sélune et de ses affluents : terminer un état de référence pour les poissons migrateurs amphihalins et anticiper l’expansion spatiale de l’écrevisse de Californie

Author

Druet, Morgan, Rault, Pablo, Acou, Antony, Azam, Didier, Bardonnet, Agnes, Lasne, Emilien, Evanno, Guillaume, Feunteun, Eric, Launey, Sophie, Lizé, Anne, Martignac, François, Nevoux, Marie, Prod’homme, Jordane, Emma, Robin, Teichert, Nils, Petit, Eric, Marchand, Frédéric, and NICOL, Clotilde

Subjects
Sélune, [SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment
Published
2021

14. Déplacements et utilisation des habitats par les poissons migrateurs sur la Sélune

Author

Lasne, Emilien, Chaubet, Théo, Martignac, François, Tremblay, Julien, and Beaulaton, Laurent

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract

Un des grands enjeux de la restauration de la continuité écologique dans le bassin de la Sélune est la recolonisation, par les poissons migrateurs, des secteurs situés en amont des barrages qui offrent un important potentiel d’habitat. L’hypothèse d’une recolonisation relativement rapide et massive de ces zones a été un argument fort pour motiver l’arasement étant donnée la problématique de conservation des populations, telles que celles de saumon ou d’anguille. Nous présentons dans ce rapport les résultats d’une étude visant à évaluer la faisabilité et l’intérêt d’étudier, par radio télémétrie, les déplacements et l’utilisation de l’habitat par ces deux espèces. En ce qui concerne le saumon, la principale difficulté consistait à mettre au point une méthode de capture efficace en estuaire. La combinaison d’engins de pêches (filets barrages et carrelet) et de caméra acoustique a permis de lever ce verrou, au moins pour la capture des castillons. Le suivi radio télémétrique combiné a du data logging mis en place (N=30 individus) a montré son intérêt en apportant des premières informations sur l’utilisation et l’habitat et les déplacements au sein en entre bassins versant de la Baie du Mont Saint Michel, ainsi que sur les conditions thermiques auxquelles les poissons sont potentiellement exposés pendant l’été. Le protocole pourra être reconduit et affiné dans les années suivantes et permettra d’obtenir des informations précieuses sur la réponse de la population à la reconnexion de la partie amont du bassin de la Sélune, mais également pour caractériser les menaces (thermiques, hydrologiques) que le changement climatique fait peser sur les populations. En ce qui concerne l’anguille jaune, le protocole de télémétrie mis en place a révélé la très faible mobilité estivale des anguilles jaunes (N=10) marquées à l’aval immédiat des barrages. Le marquage d’individus juste avant la reconnexion des zones aval et amont pourrait être envisagée si l’on veut évaluer la capacité de ces individus à coloniser rapidement (en quelques semaines seulement en raison de l’autonomie des batteries utilisées) les secteurs amont.

Published
2020

15. Déplacements et utilisation des habitats par les poissons migrateurs sur la Sélune: Étude de faisabilité.. Rapport d'étape_V0

Author

Lasne, Emilien, Chaubet, Théo, Martignac, François, Tremblay, Julien, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), OFB, INRAE, Institut Agro - Agrocampus Ouest, and UPPA

Subjects
[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract

Un des grands enjeux de la restauration de la continuité écologique dans le bassin de la Sélune est la recolonisation, par les poissons migrateurs, des secteurs situés en amont des barrages qui offrent un important potentiel d’habitat. L’hypothèse d’une recolonisation relativement rapide et massive de ces zones a été un argument fort pour motiver l’arasement étant donnée la problématique de conservation des populations, telles que celles de saumon ou d’anguille. Nous présentons dans ce rapport les résultats d’une étude visant à évaluer la faisabilité et l’intérêt d’étudier, par radio télémétrie, les déplacements et l’utilisation de l’habitat par ces deux espèces. En ce qui concerne le saumon, la principale difficulté consistait à mettre au point une méthode de capture efficace en estuaire. La combinaison d’engins de pêches (filets barrages et carrelet) et de caméra acoustique a permis de lever ce verrou, au moins pour la capture des castillons. Le suivi radio télémétrique combiné a du data logging mis en place (N=30 individus) a montré son intérêt en apportant des premières informations sur l’utilisation et l’habitat et les déplacements au sein en entre bassins versant de la Baie du Mont Saint Michel, ainsi que sur les conditions thermiques auxquelles les poissons sont potentiellement exposés pendant l’été. Le protocole pourra être reconduit et affiné dans les années suivantes et permettra d’obtenir des informations précieuses sur la réponse de la population à la reconnexion de la partie amont du bassin de la Sélune, mais également pour caractériser les menaces (thermiques, hydrologiques) que le changement climatique fait peser sur les populations. En ce qui concerne l’anguille jaune, le protocole de télémétrie mis en place a révélé la très faible mobilité estivale des anguilles jaunes (N=10) marquées à l’aval immédiat des barrages. Le marquage d’individus juste avant la reconnexion des zones aval et amont pourrait être envisagée si l’on veut évaluer la capacité de ces individus à coloniser rapidement (en quelques semaines seulement en raison de l’autonomie des batteries utilisées) les secteurs amont.

Published
2020

16. Mapping the kelp distribution area of the Sept-Iles marine reserve (Brittany, France) using hydroacoustics

Author

Martignac, François, Provost, Pascal, Nevoux, Marie, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Nevoux, Marie

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

17. Mode d’emploi pour l’utilisation des modèles du projet Toolbox

Author

Boulenger, Clarisse, Martignac, François, Nevoux, Marie, Beaulaton, Laurent, and Boulenger, Clarisse

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, flux de migration, modèles, Mode d'emploi, toolbox
Abstract

A travers la France, une cinquantaine de stations de comptage des migrateurs (STACOMI) a été mise en place pour obtenir des informations sur l’état qualitatif et quantitatif des populations de poissons migrateurs et leurs flux migratoires. Ces stations, bien que très informatives, ne permettent souvent d’obtenir qu’une observation partielle des flux de poissons (couverture du dispositif d’observation inférieure à la largeur/hauteur du cours d’eau, présence d’un bras de contournement ou d’un bief, efficacité du dispositif dépendante du débit ou de la turbidité). Les effectifs dénombrés sont donc plus ou moins différents des flux réels de poissons, et en l’absence d’une estimation des abondances, l’interprétation et la comparaison spatio-temporelle des données issues de ces stations de comptage est délicate. C’est dans ce contexte que notre travail s’inscrit. L’objectif de l’action AFB-INRA (projet Toolbox) est de proposer des outils pour estimer l’efficacité de détection des systèmes d’observation en place et l’abondance des poissons (stock en place ou de flux migrants). Pour cela, une approche combinant observations et modélisation a été développée. Dans un premier temps, une caméra acoustique ARIS est installée temporairement en complément de la station de comptage (à proximité immédiate). Après la période d’observation, les données issues des deux dispositifs de comptage (dispositif existant à la station de comptage et ARIS) seront couplées et utilisées dans un modèle hiérarchique bayésien pour estimer le flux de migration et la probabilité de détection du dispositif existant et de la caméra acoustique. Pour une utilisation facilitée des modèles mis en place pour cette approche, un mode d’emploi a été créé pour leurs potentiels utilisateurs.

Published
2018

18. Recommandations pour la mise en œuvre de la boite à outils pour estimer les flux de migrations des espèces diadromes

Author

Boulenger, Clarisse, Martignac, François, Nevoux, Marie, Roussel, Jean-Marc, Beaulaton, Laurent, and Boulenger, Clarisse

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, flux de migration, modele, toolbox, amphihalins
Abstract

A travers la France, une cinquantaine de stations de comptage des migrateurs (STACOMI) a été mise en place pour obtenir des informations sur l’état qualitatif et quantitatif des populations de poissons migrateurs et leurs flux migratoires. Ces stations, bien que très informatives, ne permettent souvent d’obtenir qu’une observation partielle des flux de poissons (couverture du dispositif d’observation inférieure à la largeur/hauteur du cours d’eau, présence d’un bras de contournement ou d’un bief, efficacité du dispositif dépendante du débit ou de la turbidité). Les effectifs dénombrés sont donc plus ou moins différents des flux réels de poissons, et en l’absence d’une estimation des abondances, l’interprétation et la comparaison spatio-temporelle des données issues de ces stations de comptage est délicate. C’est dans ce contexte que notre travail s’inscrit. L’objectif de l’action AFB-INRA (projet Toolbox) est de proposer des outils pour estimer l’efficacité de détection des systèmes d’observation en place et l’abondance des poissons (stock en place ou de flux migrants). Pour cela, une approche combinant observations et modélisation a été développée. Dans un premier temps, une caméra acoustique ARIS est installée temporairement en complément de la station de comptage (à proximité immédiate). Après la période d’observation, les données issues des deux dispositifs de comptage (dispositif existant à la station de comptage et ARIS) seront couplées et utilisées dans un modèle hiérarchique bayésien pour estimer le flux de migration et la probabilité de détection du dispositif existant et de la caméra acoustique. Pour une utilisation optimale de la boite à outils, des recommandations sur la mise en oeuvre de l’approche sont décrites.

Published
2018

19. Estimation des flux de poissons sur le cas d'étude 2

Author

Boulenger, Clarisse, Martignac, François, Nevoux, Marie, Roussel, Jean-Marc, Beaulaton, Laurent, and Boulenger, Clarisse

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, flux de migration, Dévalaison, anguille européenne, station de comptage, Touques
Abstract

A travers la France, une cinquantaine de stations de comptage des migrateurs (STACOMI) a été mise en place pour obtenir des informations sur l’état qualitatif et quantitatif des populations de poissons migrateurs et leurs flux migratoires. Ces stations, bien que très informatives, ne permettent souvent d’obtenir qu’une observation partielle des flux de poissons (couverture du dispositif d’observation inférieure à la largeur/hauteur du cours d’eau, présence d’un bras de contournement ou d’un bief, efficacité du dispositif dépendante du débit ou de la turbidité). Les effectifs dénombrés sont donc plus ou moins différents des flux réels de poissons, et en l’absence d’une estimation des abondances, l’interprétation et la comparaison spatio-temporelle des données issues de ces stations de comptage est délicate. C’est dans ce contexte que notre travail s’inscrit. L’objectif de l’action AFB-INRA (projet Toolbox) est de proposer des outils pour estimer l’efficacité de détection des systèmes d’observation en place et l’abondance des poissons (stock en place ou de flux migrants). Pour cela, une approche combinant observations et modélisation a été développée. Dans un premier temps, une caméra acoustique ARIS est installée temporairement en complément de la station de comptage (à proximité immédiate). Après la période d’observation, les données issues des deux dispositifs de comptage (dispositif existant à la station de comptage et ARIS) seront couplées et utilisées dans un modèle hiérarchique bayésien pour estimer le flux de migration et la probabilité de détection du dispositif existant et de la caméra acoustique. Pour une utilisation facilitée des modèles mis en place pour cette approche, un mode d’emploi a été créé pour leurs potentiels utilisateurs. Après des tests avec des données simulées pour identifier les conditions d’application de l’approche, l’approche a été testée en conditions réelles sur le site de Breuil en Auge sur la Touques pour estimer le flux de migration des anguilles dévalantes.Les résultats de cette expérimentation sont présentés ici.

Published
2018

21. Avantages et limites des dispositifs d’observations

Author

Boulenger, Clarisse, Martignac, François, Nevoux, Marie, Chapon, Pierre-Marie, Roussel, Jean-Marc, Beaulaton, Laurent, and Boulenger, Clarisse

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, flux de migration, station de comptage
Abstract

A travers la France, une cinquantaine de stations de comptage des migrateurs (STACOMI) a été mise en place pour obtenir des informations sur l’état qualitatifs et quantitatifs des populations de poissons migrateurs et leurs flux migratoires. Ces stations sont généralement situées à proximité de l’embouchure ou d’une confluence et nécessitent dans la grande majorité des cas d’être installé dans une voie de passage forcé au droit d’un ouvrage (passe à poisson). Ces stations, bien que très informatives, ne permettent souvent d’obtenir qu’une observation partielle des flux de poissons (couverture du dispositif d’observation inférieure à la largeur/hauteur du cours d’eau, efficacité du dispositif dépendante du débit ou de la turbidité). Les effectifs dénombrés sont donc plus ou moins différents des flux réels de poissons, et en l’absence d’une estimation des abondances, l’interprétation et la comparaison spatio-temporelle des données issues de ces stations de comptage est délicate. C’est dans ce contexte que notre travail s’inscrit. L’objectif de l’action AFB-INRA est de proposer des outils pour estimer l’efficacité de détection des systèmes d’observations en place et l’abondance des poissons (stock en place ou de flux migrants). Pour cela, un dispositif de comptage secondaire sera installé temporairement à proximité immédiate d’une station de comptage et les données issues de ces deux dispositifs seront couplées dans un modèle hiérarchique bayésien. Il est donc essentiel pour cela d’identifier les avantages et inconvénients des dispositifs de comptages utilisés considérant que selon les caractéristiques hydrographiques, les dispositifs de franchissement et les espèces étudiées, les dispositifs de comptages disponibles et recommandés peuvent varier. Il s’agira ensuite d’identifier une liste de systèmes d’observations et de dispositifs de comptages utilisés sur les cours d’eau français et d’interroger des experts, des utilisateurs et des données bibliographiques pour en décrire les caractéristiques. Ce travail aboutira à des recommandations quant à la possibilité de mettre en place les outils développés sur les différentes stations du réseau STACOMI pour estimer l’efficacité de détection des systèmes de comptage déjà en place.

Published
2017

22. Combining an innovative monitoring method and a hierarchical Bayesian model to estimate siadromous fish run

Author

Boulenger, Clarisse, Martignac, François, Beaulaton, Laurent, Roussel, Jean-Marc, Nevoux, Marie, pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

23. Rapport bilan 2013-2015

Author

Daroux, Aurélie, Boulenger, Clarisse, Nevoux, Marie, Martignac, François, Guillard, Jean, Ombredane, Dominique, Baglinière, Jean-Luc, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Agence de l'Eau Seine-Normandie (AESN), dans le cadre du Programme Sélune, Agence de l'Eau Seine-Normandie, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
Sélune, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment
Abstract

Ce projet s’inscrit dans le groupe Dispersion et recolonisation (du thème biocénose aquatique) et le présent rapport correspond au bilan de l’état initial pré-arasement pour la partie suivi des flux de poissons migrateurs par hydroacoustique (DIDSON). La première année du suivi pré-arasement (2013) a été essentiellement consacrée à l’acquisition de la caméra acoustique DIDSON et des dispositifs de mesures environnementales, à l’installation des dispositifs, ainsi qu’à quelques observations préliminaires (Rapport d’étape 2013). L’année 2014 a permis de mettre en place une méthodologie adaptée au « tracking » semi-automatique des saumons atlantiques et de traiter les premiers résultats (Rapport d’étape 2014). L’année 2015 a permis de poursuivre les travaux engagés en renforçant les campagnes débutées en 2013 et 2014 et de développer les travaux méthodologiques réalisés en 2014.

Published
2016

24. Rapport d'étape 2015

Author

Petit, Eric, Acou, Anthony, Azam, Didier, Bardonnet, Agnes, Barloy, Dominique, Benneveault, Yoann, Besnard, Anne-Laure, Bolliet, Valérie, Boulenger, Clarisse, Coste-Heinrich, Pascale, Coudreuse, Julie, Daroux, Aurélie, Evanno, Guillaume, Feunteun, Eric, Forget, Guillaume, Guillard, Jean, Huchet, Emmanuel, Prévost, Etienne, Lepais, Olivier, Huteau, Dominique, Launey, Sophie, Le Quilliec, Patricia, Marchand, Frédéric, Martignac, François, Nevoux, Marie, Oger, Adrien, Ombredane, Dominique, Paillisson, J.M., Poupelin, Maxime, Réveillac, Elodie, Rault, Pablo, Rives, Jacques, Baglinière, Jean-Luc, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons (ECOBIOP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Agence de l'Eau Seine-Normandie (AESN), dans le cadre du Programme Sélune, Agence de l'Eau Seine-Normandie, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Unité Experimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), and Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Sélune, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment
Abstract

Ce rapport reprend les principaux objectifs du projet d'étude de la recolonisation de la Sélune et de ses affluents. Ces rappels sont suivis d'une synthèse des résultats obtenus en 2015, année qui a été écourtée du fait de la signature tardive de la convention de recherche entre l'INRA et l'AESN : il s'agit de ce fait d'un rapport d'étape sur les actions prévues pour 2015, et non d'un rapport final.

Published
2016

25. Utilisation de deux outils hydroacoustiques pour analyser la dynamique migratoire du saumon atlantique (Salmo salar L.) dans deux fleuves de la baie du Mont-Saint-Michel

Author

Martignac, François, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Agrocampus Ouest, Dominique Ombredane, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
Atlantic salmon, continuité écologique, acquisitions haute fréquence, Migration dynamic, caméra acoustique, high-Frequency recording data, ecological continuity, innovation technologique, technological innovation, saumon atlantique, hydroacoustic, DIDSON, acoustic camera, hydroacoustique, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Dynamique migratoire
Abstract

The Atlantic salmon (Salmo salar) is as emblematic as in a global decline, as most of the diadromous fish species. Dams have direct consequences on the river ecological continuity and indirect effects, such as the modification of the hydrological and hydrosedimentary dynamics which affects these populations. In Normandy (France), the Couesnon River’s estuary flood-gate dam has recently been replaced by a new dam proceeding to water releases at low tide stall. This functioning may decrease the salmon abundance or disturb their migration dynamic on this river. To study the dam influence, a split-beam echosounder has been settled upstream the dam and has recorded Philippe BOëTpermanently the salmon migrations during the summer period from 2010 to 2014. The hydroacoustic methods, non-intrusive and independent from the turbidity conditions, provide useful information, neither available nor quantifiable with other existing monitoring technics. To evaluate the disturbance of the estuarine damthe migration dynamic of the same species has also been monitored on a nearby river, the Sélune River, whose estuary is free-flowing. The hydroacoustic tool settled on this river, a DIDSON, belongs to the acoustic camera generation and benefits from recent technological improvements. The defined methodologies highlight the advantages and limits of both tools, revealing the information gain brought by the acoustic cameras. A dam functioning influence on the Atlantic salmon migration has been revealed, but no negative impact has been described on the salmon annual recruitment level. This study; Le saumon atlantique (Salmo salar) est une espèce tant emblématique que menacée à l’échelle internationale, au même titre que la plupart des espèces de poissons diadromes. La présence de barrages, en entraînant une rupture de la continuité écologique des cours d’eau, participe à ce déclin. Le remplacement du barrage en porte à flot sur l’estuaire du Couesnon (Normandie, France) par un barrage procédant à des lâchers d’eau à l’étale de basse mer, est susceptible d’impacter l’abondance et la dynamique migratoire des saumons. Pour étudier les remontées de saumons adultes sur ce fleuve, un échosondeur à faisceau partagé a été installé en amont du barrage et a enregistré en continu tous les passages de saumons lors des périodes estivales de 2010 à 2014. L’hydroacoustique, méthode non intrusive et indépendante des conditions de turbidité de l’eau, permet l’acquisition d’informations difficilement accessibles par d’autres techniques. Pour évaluer la réelle influence du barrage sur les migraticours d’eau voisin dont l’estuaire est libre, à l’aide d’un outil hydroacoustique bénéficiant de larges innovations technologiques, une caméra acoustique DIDSON. Les méthodologies développées soulignent les avantages et les limites des deux outils, mettant en lumière le gain d’information apporté par les caméras acoustiques. L’interprétation des résultats met en évidence que si le fonctionnement du barrage n’impacte pas le maintien de la population sur ce fleuve, la dynamique migratoire des saumons y est modifiée. Cette étude souligne les grandes capacités d’adaptation des saumons atlantique

Published
2016

26. Dispersion et (re)colonisation, suivi Didson

Author

Daroux, Aurélie, Boulenger, Clarisse, Nevoux, Marie, Martignac, François, Guillard, Jean, Ombredane, Dominique, Baglinière, Jean-Luc, and Thomas, Alban

Subjects
Sélune, [SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment
Abstract

Ce projet s’inscrit dans le groupe Dispersion et recolonisation (du thème biocénose aquatique) et le présent rapport correspond au bilan de l’état initial pré-arasement pour la partie suivi des flux de poissons migrateurs par hydroacoustique (DIDSON). La première année du suivi pré-arasement (2013) a été essentiellement consacrée à l’acquisition de la caméra acoustique DIDSON et des dispositifs de mesures environnementales, à l’installation des dispositifs, ainsi qu’à quelques observations préliminaires (Rapport d’étape 2013). L’année 2014 a permis de mettre en place une méthodologie adaptée au « tracking » semi-automatique des saumons atlantiques et de traiter les premiers résultats (Rapport d’étape 2014). L’année 2015 a permis de poursuivre les travaux engagés en renforçant les campagnes débutées en 2013 et 2014 et de développer les travaux méthodologiques réalisés en 2014.

Published
2016

28. A : Dynamique fluviale : Flux hydriques, sédimentaires et chimiques et Géormorphologie -B : Biocénoses aquatiques : Suivi des flux migratoires de poissons par Hydroacoustique (DIDSON) et Caractérisation biologique et toxicologique de la population de poissons dans la retenue de Vezins[Rapport d'étape annuel 2014 - Programme Sélune Phase pré-arasement]

Author

Le Gonidec, Claude, Grimaldi, C., Crave, Alain, Rollet, Anne-Julia, Beauchamp, Axel, Lespez, Laurent, Martignac, François, Saxer, S., Daroux, Aurélie, Forget, Guillaume, Côte, J., Baglinière, Jean-Luc, Ombredane, Dominique, Guillard, Jean, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Géosciences Rennes (GR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre Armoricain de Recherches en Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Asconit Consultants, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Agence de l'Eau Seine-Normandie (AESN), dans le cadre du Programme Sélune, Agence de l'Eau Seine-Normandie, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre Armoricain de Recherches en Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest

Subjects
Sélune, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Les barrages constituent une barrière physique affectant diversement les flux hydriques, sédimentaires et chimiques, ainsi que la géomorphologie du fleuve Sélune. Une bonne connaissance des flux, actuels et futurs, permettra de mettre en évidence par comparaison l’intensité des perturbations apportées par l’ouverture des barrages. Cette connaissance passe par une quantification des flux mesurés, mais aussi par la compréhension de leur dynamique (origine des flux, processus de transfert et conditions hydrodynamiques, variabilité saisonnière et événementielle) afin de distinguer leurs déterminants climatiques, des conséquences de l’arasement des barrages. L’impact des barrages sur la géomorphologie de la Sélune ne se réduit pas à la zone ennoyée. Leur rôle dans la régulation des débits et du transport solide a des conséquences directes, particulièrement à l’aval, sur les processus fluviaux et les structures sédimentaires grossières, qui façonnent la morphologie actuelle du lit.Le thème Dynamique fluviale du programme s’articule en trois volets interdépendants :1. L’étude des flux hydriques, sédimentaires et chimiques2. L’étude de la géomorphologie dynamique de la rivière à deux échelles de temps (contemporaine et temps longs)3. La caractérisation des habitats aquatiques et leur relation avec les volets précédentsLa première année du programme (2013) a été essentiellement consacrée à l’acquisition de matériels, à l’installation des dispositifs de mesures, ainsi qu’à quelques observations préliminaires (Rapport d’étape 2013). L’année 2014 a permis de recueillir les premiers résultats qui correspondent à la phase de suivi pré-arasement du programme, essentiellement concernant les volets 1 et 2. Le présent rapport établit le bilan de cette deuxième année. On notera que pour le volet 3, plus transversal et pluridisciplinaire, les actions à mener sont en cours de réflexion.

Published
2015

29. Mise au point des méthodes de caractérisation de l'état du peuplement de poissons et espèces assimilées sur la Sélune [Rapport d’étape 3ème année - Décembre 2014]

Author

Forget, Guillaume, Martignac, François, Marchand, Frédéric, Daroux, Aurélie, Guillard, Jean, Ombredane, Dominique, Nevoux, Marie, Richard, Arnaud, Baglinière, Jean-Luc, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Asconit Consultants, Unité Experimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA), Ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, ONEMA, INRA, AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
camera DIDSON, suivi des communautés, Mise au point de méthodes, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Peuplement pisciaire, Bassin versant de la Sélune
Abstract

Mise au point des méthodes de caractérisation de l'état du peuplement de poissons et espèces assimilées sur la Sélune Rapport d'étape 2 ème année

Published
2014

30. A : Biocénose : suivi des flux migratoires de poissons par hydroacoustique (DIDSON)B : Géomorphologie, flux (sédimentaires, hydriques et chimiques) et relation avec les habitats[Rapport d'étape annuel 2014 - Programme Sélune Phase pré-arasement]

Author

Martignac, François, Le Gonidec, Claude, Daroux, Aurélie, Guillard, Jean, Baglinière, Jean-Luc, Grimaldi, C., Crave, Alain, Asconit Consultants, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Géosciences Rennes (GR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre Armoricain de Recherches en Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence de l'Eau Seine-Normandie (AESN), dans le cadre du Programme Sélune, Agence de l'Eau Seine-Normandie, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre Armoricain de Recherches en Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Sélune, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Published
2014

31. Mise au point des méthodes de caractérisation de l'état du peuplement de poissons et espèces assimilées sur la Sélune [Rapport d’étape 2ème année - Décembre 2013]

Author

Forget, Guillaume, Martignac, François, Marchand, Frédéric, Daroux, Aurélie, Thieulle, Laurent, Guillard, Jean, Paillisson, J.M., Acou, Anthony, Feunteun, Eric, Baglinière, Jean-Luc, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Asconit Consultants, Unité Experimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), ONEMA (Office National de l'Eau et des Milieux Aquatiques), INRA, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
camera DIDSON, suivi des communautés, Mise au point de méthodes, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Peuplement pisciaire, Bassin versant de la Sélune
Abstract

Partenariat 2013-Domaine : Fonctionnement des écosystèmes aquatiques et changements globaux Action : Mise au point des méthodes de caractérisation de l'état du peuplement de poissons et espèces assimilées sur la Sélune; Mise au point des méthodes de caractérisation de l'état du peuplement de poissons et espèces assimilées sur la Sélune Rapport d'étape 2 ème année

Published
2013

32. Mise au point des méthodes de caractérisation de l'état du peuplement de poissons et espèces assimilées sur la Sélune [Rapport d’étape décembre 2012]

Author

Forget, Guillaume, Martignac, François, Marchand, Frédéric, Daroux, Aurélie, Thieulle, Laurent, Guillard, Jean, Baglinière, Jean-Luc, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Asconit Consultants, Unité Experimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, ONEMA (Office National de l'Eau et des Milieux Aquatiques), INRA, AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
camera DIDSON, suivi des communautés, Mise au point de méthodes, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Peuplement pisciaire, Bassin versant de la Sélune
Abstract

Partenariat 2012-Domaine : Fonctionnement des écosystèmes aquatiques et changements globaux Action : Mise au point des méthodes de caractérisation de l'état du peuplement de poissons et espèces assimilées sur la Sélune

Published
2012

34. The use of acoustic cameras in shallow waters: new hydroacoustic tools for monitoring migratory fish population. A review of DIDSON technology.

Author

Martignac, François, Daroux, Aurélie, Bagliniere, Jean‐Luc, Ombredane, Dominique, and Guillard, Jean

Subjects
*MIGRATORY fishes, *UNDERWATER acoustics, *FISH population measurement, *FISH morphology, *FISH physiology
Abstract

European Union legislation, through the Water Framework Directive (2000/60/ EC), as well as national legislation, such as the 'Grenelle Environnement' (2007) in France, requires restoration of ecological connectivity in streams to improve free circulation of migratory fish. Different methods (e.g. capture by trap or net, telemetry, hydroacoustics) are used to evaluate the efficiency of fish passes to estimate the migratory species abundance and analyse changes in their within-river distributions. Among these methods, hydroacoustics is non-intrusive, allowing long-term observation and description of fish populations based on physical properties of sound in water. However, the main limit to hydroacoustic tools is their difficulty in identifying species. Initially designed for military purposes, dual-frequency identification sonar ( DIDSON) has been used in environmental management for a decade. This acoustic camera uses higher frequencies and more sub-beams than common hydroacoustic tools, which improves image resolution and then enables observation of fish morphology and swimming behaviour. The ability to subtract static echoes from echograms and directly measure fish length improve the species-identification process. However, some limits have been identified, such as automatic dataset recording and the low range of the detection beam, which decreases accuracy, but efficient tools are now being developed to improve the accuracy of data recording (morphology, species identification, direction and speed). The new technological properties of acoustic cameras, such as the video-like visualization of the data, have greatly improved monitoring of diadromous fish populations (abundance, distribution and behaviour), helping river and fisheries managers and researchers in making decisions. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2015
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