The objective of this thesis is to analyze and understand the dynamics of the institutions underlying the system of public research/industry cooperation in France. The proposed conceptual framework is divided into three levels. The macro-economic level is the "public/European integration" level, and will be considered as a datum of the study. At the micro-economic level, a process of the "objective-constraining-selection-arrangement-feedback" type is proposed, defining the characteristics of the coordination of actors and the dynamics of their cooperation. Emphasis is placed on aspects relating to learning and proximity of actors. The meso-economic conceptual approach is based, on the one hand, on the concepts defined in the theory of institutional change (D.C. North) to explain the different forms of intermediation linked to the evolution of institutions (hybrid organizations, contractual arrangements) and, on the other hand, on the "triple helix" model (Leydesdorff and Etzkowitz), whose concepts of integration, translation, institutional differentiation between universities/industry/governance make it possible to model the interaction between institutional and organizational dynamics while cooperating. The study on the electronic transport systems sector within the Midi-Pyrénées regional innovation system has helped to support the proposals. It has two components: one on the analysis from databases (inspec 1 publications in electronics, protocol/contracts in engineering sciences for CNRS, INPI/industrial patents), and the other on the interventions of actors of the regional innovation system. This work is a reflection on the relationship between the public and private spheres within the framework of public research/industry cooperation, in particular on the role of governance. On a theoretical level, it contributes to the enrichment of the triple helix model by showing that beyond the communicational aspects of cooperation, the characteristics of the coordination of actors (proximity, learning, trust, reputation, duration, etc.) and institutions (incentives, mediation, dissemination) contribute to the emergence of new organizations and to the dynamics of the system., L'objectif de cette thèse est d'analyser et de comprendre la dynamique des institutions qui sous-tendent le système des coopérations recherche publique / industrie en France. Le cadre conceptuel propose se décline en trois niveaux. Le niveau macro-économique est le niveau « public/d'intégration européenne », il sera considéré comme une donnée de l'étude. Au niveau micro-économique il est proposé un processus de type « objectif-contrainte-sélection-arrangement-rétroaction », définissant les caractéristiques de la coordination d'acteurs et la dynamique de leurs coopérations. L'accent est mis sur les aspects touchant aux apprentissages et à la proximité des acteurs. L'approche conceptuelle méso-économique s'appuie d'une part, sur les concepts définis dans la théorie du changement institutionnel (D.C. North) pour expliquer les différentes formes d'intermédiation liées aux évolutions des institutions, (organisations hybrides, arrangements contractuels) et d'autre part sur le modèle de la « triple hélice » (Leydesdorff et Etzkowitz) dont les concepts d'intégration, de traduction, de différenciation institutionnelle entre universités/industrie/gouvernance permettent de modéliser l'interaction entre les dynamiques institutionnelles et organisationnelles dans les coopérations. L'étude sur le secteur des systèmes électroniques de transport au sein du système régional d'innovation de Midi-Pyrénées a permis d'étayer les propositions. Elle comprend deux volets : l'un sur l'analyse à partir de bases de données (inspec 1 publications en électronique, protocole / contrats en sciences pour l'ingénieur du CNRS, l'INPI / brevets industriels), l'autre sur des interviens d'acteurs du système régional d'innovation. Ce travail est une réflexion sur le rapport entre la sphère publique et la sphère privée dans le cadre des coopérations recherche publique/industrie, notamment sur le rôle des gouvernances. Il participe sur le plan théorique à l'enrichissement du modèle de la triple hélice en montrant qu'au-delà des aspects communicationnels dans les coopérations, les caractéristiques de la coordination d'acteurs (proximité, apprentissages, confiance, réputation, durée,...) Et les institutions (incitations, médiations, diffusion) participent à l'émergence de nouvelles organisations et à la dynamique du système