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Supplemental Figure 1 contains the variant distribution across the five M. roreri SMRT-reads assemblies, Supplemental Figure 2 contains the phylogeny between M. roreri isolates based on shared structural variants, Supplemental Figure 3contains the breakdown of non-single copy genes shared between the different isolates, Supplemental Figure 4 contains the shared orthogroups between the 22 M. roreri isolates, Supplemental Figure 5 contains the counts of genes affected by variants categorized by gene function, Supplemental Figure 6 contains the function distribution of the genes affected by SNPs and structural variants in MrC26, Supplemental Table 1 contains the geographic origin of the Moniliophthora roreri isolates used in this study, Supplemental Table 2 contains the complete statistics for the assembly results, Supplemental Table 3 reports the genomes assembly completeness assessment, Supplemental Table 4 reports the results of the RNAseq and differential expression analysis, Supplemental Table 5 reports the count and expression analysis results for the secretome genes, Supplemental Table 6 contains the secretome gene cluster analysis results.

The first objective of this study was to assess and optimize somatic embryo production in a genetically diverse range of cacao genotypes. The primary and secondary somatic embryogenesis response of eight promising cacao clones and a positive control was evaluated using modified versions of standard protocols. The second objective was to optimize the efficiency of primary somatic embryogenesis for a commercially important cacao clone, CCN 51, which has proven to be quite recalcitrant to standard protocols, relative to CCN 10, a clone also included in our analysis. The efficiency of the overall process was assessed by determining the number of somatic embryos produced per starting somatic tissue explant, as well as the quality of embryos (normal vs. abnormal) produced. Donor floral explants were subjected to five tissue culture steps, each 15-25 days in duration. Although all studied genotypes produced primary somatic embryos, most of them originated only from brown or brown-white callus. Overall, flower petals performed better than staminodes, and our best performing genotype yielded an average of 7-10 embryos produced in brown callus explants with embryogenic response during primary somatic embryogenesis procedures. In conclusions our analysis from a pilot in a small-scale are: 1) it is possible to achieve a high production of plants by somatic embryogenesis, although the efficiency is highly genotype-dependent; it is therefore necessary to optimize hormone balance and hormone type, as well as the explant type for each genotype, 2) through the use of secondary somatic embryogenesis, it is possible to increase somatic embryogenesis production at least ten-fold, and 3) the observed response variation between genotypes may reflect differences in endogenous and exogenously-supplied hormones. The importance of adapting the tissue culture protocol to the genotype is discussed. Key words: Somatic embryogenesis, 2,4-D, cellular competence, propagation, abnormalities, ethylene, cacao.

Le CIRAD et l'IRAD ont mené une étude conjointe sur l'effet au champ des clones résistants du cacao (Theobroma cacao L.) et sur l'épidémiologie et l'évolution des populations de Phytophthora megakarya. Cet exposé ne présente que les résultats ayant trait aux caractérisations des souches et à leur impact sur l'épidémiologie de la maladie. Des essais ont été menés en suivant un dispositif de randomisation totale et en utilisant les clones SNK10 (sensible), SNK413 (résistant), ICS84 (moyennement résistant) et UPA134 (moyennement résistant), plantés en 1982 à Barombi-Kang, au Cameroun. Durant trois saisons de pousse, de 1999 à 2001, on a observé un maximum de 50 fruits par arbre sur 20 arbres par clone. L'isolation du pathogène a été effectuée sur chaque cabosse noire et toutes les souches ont été envoyées au CIRAD, à Montpellier, pour des tests de caractérisation génétique et physiologique. La pathogénicité des souches a été mesurée sur les quatre clones plantés à Barombi-Kang et sur les 12 autres clones résistants à la maladie de la pourriture brune à l'aide de tests d'inoculation sur disques de feuilles à Montpellier et sur des cabosses détachées au Cameroun. Seulement 2 génotypes de P. megakarya et 1 génotype de P. palmivora ont été caractérisés génétiquement sur ce champ de clones (sur les 432 souches obtenues à Montpellier). La structure spatiale et temporelle de la population de ces 3 génotypes était identique durant les trois années de l'étude, ce qui suggérait que la stabilité de la structure de population est essentiellement due à la reproduction asexuée des deux pathogènes présents (toutes les souches de P. megakarya étaient du mating type A1 et toutes les souches de P. palmivora étaient du mating type A2). Alors que le génotype 1 du P. megakarya a été isolé à des niveaux similaires des quatre différents clones, le génotype 2 était présent principalement sur les cabosses du clone sensible SNK10. Les 5 isolats de P. palmivora ont seulement été obtenus dans les cabosses du SNK10 et du UPA134. On a aussi trouvé qu'il y avait une forte spécialisation des génotypes P. megakarya sur les clones de cacao dans ce champ, particulièrement entre le ICS84 et le génotype 1. Les tests de pathogénicité et de caractérisation génétique nous ont permis d'améliorer les tests d'inoculation sur disques de feuilles ou sur cabosses détachées. Ces résultats, ainsi que les résultats obtenus dans le cadre de l'étude d'épidémiologie ont fait l'objet de discussions et nous ont fourni des informations utiles concernant l'impact des conditions environnementales sur la résistance du cacao et sur la pathogénicité des souches de Phytophthora au Cameroun.

Le CIRAD et l'IRAD ont mené une étude conjointe sur l'effet au champ des clones résistants du cacao (Theobroma cacao L.) et sur l'épidémiologie et l'évolution des populations de Phytophthora megakarya. Cet exposé ne présente que les résultats ayant trait aux caractérisations des souches et à leur impact sur l'épidémiologie de la maladie. Des essais ont été menés en suivant un dispositif de randomisation totale et en utilisant les clones SNK10 (sensible), SNK413 (résistant), ICS84 (moyennement résistant) et UPA134 (moyennement résistant), plantés en 1982 à Barombi-Kang, au Cameroun. Durant trois saisons de pousse, de 1999 à 2001, on a observé un maximum de 50 fruits par arbre sur 20 arbres par clone. L'isolation du pathogène a été effectuée sur chaque cabosse noire et toutes les souches ont été envoyées au CIRAD, à Montpellier, pour des tests de caractérisation génétique et physiologique. La pathogénicité des souches a été mesurée sur les quatre clones plantés à Barombi-Kang et sur les 12 autres clones résistants à la maladie de la pourriture brune à l'aide de tests d'inoculation sur disques de feuilles à Montpellier et sur des cabosses détachées au Cameroun. Seulement 2 génotypes de P. megakarya et 1 génotype de P. palmivora ont été caractérisés génétiquement sur ce champ de clones (sur les 432 souches obtenues à Montpellier). La structure spatiale et temporelle de la population de ces 3 génotypes était identique durant les trois années de l'étude, ce qui suggérait que la stabilité de la structure de population est essentiellement due à la reproduction asexuée des deux pathogènes présents (toutes les souches de P. megakarya étaient du mating type A1 et toutes les souches de P. palmivora étaient du mating type A2). Alors que le génotype 1 du P. megakarya a été isolé à des niveaux similaires des quatre différents clones, le génotype 2 était présent principalement sur les cabosses du clone sensible SNK10. Les 5 isolats de P. palmivora ont seulement été obtenus dans les cabosses du SNK10 et du UPA134. On a aussi trouvé qu'il y avait une forte spécialisation des génotypes P. megakarya sur les clones de cacao dans ce champ, particulièrement entre le ICS84 et le génotype 1. Les tests de pathogénicité et de caractérisation génétique nous ont permis d'améliorer les tests d'inoculation sur disques de feuilles ou sur cabosses détachées. Ces résultats, ainsi que les résultats obtenus dans le cadre de l'étude d'épidémiologie ont fait l'objet de discussions et nous ont fourni des informations utiles concernant l'impact des conditions environnementales sur la résistance du cacao et sur la pathogénicité des souches de Phytophthora au Cameroun.

Theobroma cacao is currently under serious threat due to various diseases, of which Phytophthora pod rot, commonly called 'black pod' is one of the most economically important. Four fungal species of the same genus are primarily responsible for this disease: P. palmivora, P. megakarya, P. capsici and P. citrophthora. Among these, P. palmivora is the most common, being present in most cacao producing countries. P. palmivora can cause yield losses of 20-30% and tree mortality of 10% annually. P. megakarya occurs only in West African countries, but is the most virulent among the four species. In Africa it causes 30-90% annual crop losses and thus it poses a severe threat to the cacao industry and to producers in Africa. Both in vitro pod husk inoculation assays and in planta pod inoculation assays verified that P. megakarya was more aggressive. Studies suggest effective early penetration by P. megakarya makes it a more destructive pathogen. Since the Phytophthora species that cause disease on cacao differ so much in their virulence, we developed specific primers for QPCR identification of each species. At the same time we characterized the genetic diversity of P. palmivora and P. megakarya in Ghana, a major producer. Through further genetic analysis, we estimate the genome size of P. megakarya to be 116.9 Mb and the P. palmivora genome size to be 100 Mb. P. palmivora appears to be tetraploid whereas P. megakarya, despite its larger genome, is not. Comparative genome analysis between these two species shows that both species carry large numbers of plant-pathogen interaction proteins including the RxLR effectors. An in-depth comparative analysis of genomics and transcriptomics between these two closely related species is being carried out to highlight the molecular mechanism behind their virulence and support the development of effective control measures. This is critical since Phytophthora spp. in general and P. megakarya specifically, represent a significant threat to cacao production and the chocolate industry worldwide. (Texte intégral)