Search

Background: The 2011/2012 season in Portugal, was characterized by an excess mortality and influenza vaccine failures. Predominant influenza A(H3) viruses with new antigenic properties were associated with potential host immune evasion. The aim of this study was to determine possible viral genetic causes that may be associated with cases of vaccine failure by performing a whole genome-based comparison of viruses detected in vaccinated (vacc) and unvaccinated (unvacc) individuals in 2011/2012 season. Methods: In 2011/12 season, 678 nasopharyngeal swabs from ILI cases were analyzed by the Portuguese NIC. Were detected 260 influenza A(H3) and 6 B/Yamagata viruses. For whole genome sequencing (WGS) 25 A(H3) positive samples, 20 from vacc and 5 from unvacc individuals, were selected. Each of the influenza genomic segments was submitted to standard or multiplex PCR amplification. WGS was performed on a MiSeq platform. Multiple alignments, phylogenetic and mutational analysis were performed using MEGA software 6.0. Results: Influenza A(H3) viruses clustered into different genetic clades, reflecting the clades circulating in Portugal, in2011/2012. 20 viruses belonged to clade 6 (reference strain A/Iowa/19/2010) and 5 viruses have clustered in the clade 3: 1 from clade 3A (A/Stockholm/18/2011), a second from clade 3B (A/England/259/2011) and 3 viruses from clade 3C (A/Victoria/361/2011). Viral genomes were highly similar at nucleotide level, ranging 98.2% – 100.0% of similarity. Matrix and nucleoprotein genomic segments were the most conserved, whereas the highest number of substitutions leading to amino acid changes was observed in hemagglutinin and neuraminidase segments (comparisons performed against the vaccine strain A/Perth/16/2009). The deduced amino acid sequences of viral proteins did not reveal any particular feature assigned to the group of vacc or unvacc individuals. Conclusions: In all 8 genomic segments of studied viruses no particular amino acid substitution was found to be associated with the vacc or unvacc cases. The observed differences were associated with the genetic distances between the clades to which viruses belong rather than with vaccine failure. Still, WGS in influenza surveillance is a powerful tool for monitoring the overall evolution of viral genome and establishment of molecular markers for, disease severity and drug resistance. This study points that a full evaluation of influenza vaccine failures should integrate not only data on virus characteristics, but also on host genetic polymorphisms related to immunity and serosurveys in order to better evaluate interindividual variation in influenza vaccine-induced immune responses. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Os antivirais têm também uma longa e extensa história no tratamento e prevenção da gripe, sendo hoje uma importante opção para o tratamento da doença, bem como a medida de prevenção de eleição numa fase inicial de uma pandemia. O reduzido número de medicamentos autorizados para o tratamento da gripe levanta algumas preocupações, particularmente no que diz respeito às resistências aos antivirais, sendo, por isso, fundamental o estudo dos mecanismos de resistência aos antivirais inibidores da neuraminidase. Este é o mais recente estudo retrospetivo sobre a resistência do vírus da gripe aos antivirais, conduzido no âmbito do Programa Nacional de Vigilância da Gripe, depois da pandemia de 2009, e reúne a informação de um elevado número de estirpes do vírus da gripe, detetados em doentes da comunidade e hospitalizados, de todo o território nacional e durante as últimas cinco épocas gripais. Neste trabalho pretendeu-se descrever o perfil de suscetibilidade dos vírus da gripe do tipo A e B aos antivirais inibidores da neuraminidase (NAI), oseltamivir e zanamivir, em doentes com quadro clínico de síndroma gripal (SG), diagnosticados e notificados no âmbito do Programa Nacional de Vigilância da Gripe entre 2009 e 2014. As notificações clínicas dos casos SG e as amostras biológicas foram enviadas ao INSA, entre 2009 e 2014, pela Rede de Médicos Sentinela, Rede de Serviços de Urgência/Obstetrícia, médicos participantes no projeto EuroEva/I-MOVE e Rede Portuguesa de Laboratórios para o Diagnóstico da Gripe, que integram o Programa Nacional de Vigilância da Gripe. A avaliação da suscetibilidade aos NAI foi realizada no Laboratório Nacional de Referência para o Vírus da Gripe e Outros Vírus Respiratórios, aplicando métodos de referência que incluem os testes fenotípicos para a determinação do IC50, ensaio de inibição da neuraminidase, utilizando um substrato fluorescente, [2´-(4-methyllumbelliferyl)-a-D-N-acetylneuraminic acid, (MUNANA)], e testes genotípicos, que incluíram a sequenciação genómica da região codificante do gene da neuraminidase (NA) e a pesquisa da substituição H275Y no gene da NA, no vírus influenza A(H1)pdm09, por RT-PCR em tempo real. Durante o período do estudo foram avaliadas 357 estirpes dos vírus da gripe (206 influenza A e 151 influenza B) pelo ensaio fenotípico para a determinação da suscetibilidade ao oseltamivir e zanamivir. Foram pesquisadas, em 170 estirpes virais, as substituições associadas à resistência aos NAI. Em 643 amostras positivas para o vírus influenza A(H1)pdm09 foi pesquisada a substituição H275Y, por RT-PCR em tempo real. Os vírus estudados refletem a prevalência do tipo/subtipo em cada inverno. Os vírus influenza do tipo A e B apresentam diferente suscetibilidade aos NAI. O vírus influenza A é mais suscetível aos NAI que o influenza B. Influenza A(H3) mais suscetíveis ao oseltamivir. Influenza B e A(H1)pdm09 são mais suscetveis ao zanamivir. Influenza B/Yamagata têm maior suscetibilidade ao oseltamivir que a linhagem B/Victoria. Entre 2009-2014, foram detetados 4 vírus A(H1)pdm09 com elevada redução da suscetibilidade ao oseltamivir (substituição H275Y no gene NA). Resistência ao oseltamivir esteve associada a doentes com terapêutica antiviral, doença imunossupressora e num dos casos verificou-se durante o período de gravidez. Os vírus da gripe do tipo A e B são na sua maioria suscetíveis ao oseltamivir e zanamivir. A percentagem de vírus influenza A(H1)pdm09 com elevada diminuição da suscetibilidade ao oseltamivir é reduzida e encontra-se dentro dos valores observados ao nível Europeu.

Introdução: O Programa Nacional de Vigilância da Gripe tem como objetivos: recolha, análise e divulgação da informação sobre a atividade gripal em Portugal. A vigilância clínica e laboratorial possibilita a determinação semanal das taxas de incidência de síndroma gripal (SG), identificação/ caracterização do vírus influenza, deteção de surtos, vírus emergentes com potencial pandémico e risco para a saúde pública. Foi analisada e descrita a atividade gripal em Portugal, na época de 2013/2014. Materiais e Métodos: Em 2013/2014, colaboraram: a Rede de Médicos-Sentinela (Rede MS), possibilitando o cálculo da taxa de incidência da síndroma gripal. Na componente laboratorial, colaboram Rede MS, Rede de Serviços-Urgência, médicos projeto-EuroEVA e Rede Portuguesa Laboratórios Diagnóstico Gripe com envio de amostras respiratórias para pesquisa/caraterização do vírus influenza. Resultados: Em 2013/2014, a atividade gripal foi moderada. O período epidémico ocorreu entre as semanas 1/2014 e 8/2014, valor máximo 80,7 casos SG / 100000 habitantes na semana 4/2014. A análise laboratorial a 869 exsudados-nasofaringe permitiu a identificação do vírus influenza em 467 (54%) casos de SG. Destes, 460 (98,5%) do tipo A: 279 (32%) do subtipo A(H1)pdm09 e 181 (21%) do subtipo AH3. Foram detetados 7 vírus influenza do tipo B. Discussão e Conclusão: Na época 2013/2014, a atividade gripal foi moderada com taxas de incidência semelhantes às 2012/2013. O período epidémico ocorreu mais cedo em relação a 2012/2013 e foi de menor duração. O vírus influenza do tipo A foi predominante com co-circulação dos dois subtipos: A(H1)pdm09 e A(H3). Os vírus detetados são genética e antigenicamente semelhantes às estirpes vacinais e sensíveis ao oseltamivir e zanamivir.

A Rede Portuguesa de Laboratórios para o Diagnóstico da Gripe (RPLDG) integra, atualmente, 15 laboratórios maioritariamente hospitalares e é coordenada pelo Laboratório Nacional de Referência para o Vírus da Gripe (LNRVG) do Departamento de Doenças Infecciosas do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, I.P. A RPLDG realiza o diagnóstico laboratorial do vírus da gripe assim como de outros vírus respiratórios, permitindo um conhecimento mais preciso da etiologia das infeções respiratórias, particularmente em casos hospitalizados de infeção respiratória aguda grave, constituindo um complemento valioso para o PNVG. Os casos de SG provenientes de emergências hospitalares e casos de Infecção Respiratória Aguda Grave, incluindo casos com internamento em unidade de cuidados intensivos, foram notificados pelos laboratórios da Rede ao LNRVG. Dos 15 laboratórios da Rede, 13 notificaram casos de doença respiratória durante a época de 2013/2014. Os dados recolhidos foram inseridos em suporte informático tendo as bases de dados sido agregadas numa base de dados comum submetida a um processo de validação de congruência de dados. Os dados analisados correspondem ao período que decorreu entre a semana 38 de 2013 e a semana 21 de 2014. Foram notificados pelos Laboratórios da Rede um total de 3790 casos de infeção respiratória. O maior número de notificações foi observado no mês de janeiro e fevereiro (semanas 2/2014 a 8/2014), com um pico de ocorrência na semana 4/2014 com a notificação de 454 casos de infeção respiratória. O vírus da gripe foi detetado em 822 casos de infeção respiratória. O vírus influenza A foi identificado em 807 (98,2%) dos casos positivos, destes 403 (49,0%) pertencem ao subtipo A(H1)pdm09, 98 (12,0%) ao subtipo A(H3) e 306 (37,0%) vírus influenza A não foram subtipados. O vírus influenza B foi detetado em 14 (2,0%) casos. Foi identificada 1 infecção mista por vírus influenza A(H1)pdm09 e A(H3) (0,1%). A maior percentagem de casos de gripe foi observada em indivíduos entre os 15 e os 64 anos sendo o vírus influenza A(H1)pdm09 o predominantemente detetado. Nas crianças com menos de 4 anos o vírus influenza foi detetado numa proporção reduzida, apenas em 8,8% dos casos analisados laboratorialmente, sendo o agente mais detetado neste grupo etário, o vírus sincicial respiratório (dados não mostrados). A Rede Portuguesa de Laboratórios para o Diagnóstico da Gripe permitiu a deteção dos vírus da gripe em meio hospitalar, incluindo doentes em internamento e UCI. Os vírus influenza A foram predominantes e detetados em maior percentagem nos jovens e adultos.

The antigenic drift of circulating influenza viruses requires a continuous monitoring of their antigenic and genetic properties in order to detect any changes that may justify the selection of different vaccine candidates, as well as changes in antiviral recommendations. Since its emergence in 2009, A(H1)pdm09 viruses show a constant antigenic pattern. However, genetically, in the post pandemic seasons these viruses revealed an increasing diversity. From the 2009 pandemic until the end of the 2013/2014 season, the Portuguese NIC has detected 1214 influenza A(H1)pdm09 viruses in the scope of the Portuguese Influenza Surveillance Programme. 416 viruses were isolated and characterised antigenically by HI assays. The HA1 genetic characterisation was performed for 135 viruses. All A(H1)pdm09 revealed no antigenic diversity, being antigenically similar to the vaccine strain A/California/7/2009. In the pandemic season viruses showed a very small genetic diversity belonginig to genetic group 1 (A/Hong Kong/2212/2010). In the 2010/2011 season, Portuguese pandemic viruses showed some genetic diversity, being distributed by 3 genetic groups: 4 (A/Christchurch/16/2010), 5 (A/Astrakhan/1/2011) and 6 (A/St. Petersburg/27/2011). In the following 2011/2012 season, the only one A(H1)pdm09 virus detected, belonged to group 7 (A/St. Petersburg/100/2011). The pandemic viruses circulating in 2012/2013 belonged to this group and to the group 6 (subgroup 6C). Viruses detected in 2013/2014 clustered also into the group 6 (but into the subgroup 6B). Since its emergence in 2009, the majority of pandemic H1 viruses, was antigenically similar to the vaccine strain A/California/7/2009, however, in the studied period, the H1 pandemic viruses revealed an increasing genetic diversity. In Portugal, A(H1)pdm09 viruses represented different genetic groups in circulation over the 5 last seasons. The virological surveillance of influenza A(H1)pdm09 highlights the importance of the genetic characterisation to understand possible pathways of evolution and antigenic drift of these viruses.