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International audience; La zone côtière Méditerranéenne représente un espace socio-économique et écologique important subissant de fortes pressions. Les ports représentent à la fois des zones de fortes pollutions liées à la densité d’activité mais aussi des zones de refuge pour de nombreuses espèces biologiques. A partir de novembre 2019, trois ports du Golfe d’Aigues-Mortes (Palavas, Pérols et Port-Camargue) ont mené un dragage mutualisé s'inscrivant dans le Schéma régional des dragages en Occitanie reposant sur la valorisation des sédiments dragués en distinguant les ports ayant des apports de sables d’origine éolienne ou courantologique (Port Camargue et Palavas) et les ports confrontés à des apports de sables et de vases, pouvant être contaminés par l’activité portuaire et/ ou le bassin versant (Pérols). Le suivi de la qualité chimique et microbiologique des eaux du port au cours de ces opérations de dragage nous a permis de déterminer l’impact de celles-ci sur la remise en suspension de contaminants et les éventuelles perturbations induites.

La zone côtière Méditerranéenne représente un espace socio-économique et écologique important subissant de fortes pressions. Les ports représentent à la fois des zones de fortes pollutions liées à la densité d’activité mais aussi des zones de refuge pour de nombreuses espèces biologiques. A partir de novembre 2019, trois ports du Golfe d’Aigues-Mortes (Palavas, Pérols et Port-Camargue) ont mené un dragage mutualisé s'inscrivant dans le Schéma régional des dragages en Occitanie reposant sur la valorisation des sédiments dragués en distinguant les ports ayant des apports de sables d’origine éolienne ou courantologique (Port Camargue et Palavas) et les ports confrontés à des apports de sables et de vases, pouvant être contaminés par l’activité portuaire et/ ou le bassin versant (Pérols). Le suivi de la qualité chimique et microbiologique des eaux du port au cours de ces opérations de dragage nous a permis de déterminer l’impact de celles-ci sur la remise en suspension de contaminants et les éventuelles perturbations induites., The Mediterranean coastal zone represents an important socio-economic and ecological space undergoing strong pressures. The ports represent both areas of heavy pollution related to the density of activity but also areas of refuge for many biological species. From November 2019, three ports of the Gulf of Aigues Morte (Palavas, Pérols and Port-Camargue) conducted a mutualized dredging as part of the Regional Scheme of dredging in Occitania based on the recovery of dredged sediments by distinguishing between ports with contributions of sand of wind or current origin (Port Camargue and Palavas) and ports faced with contributions of sand and silt which may be contaminated by the port activity and/or the watershed (Pérols). The monitoring of the chemical and microbiological quality of the harbour waters during these dredging operations allowed us to determine the impact of these operations on the resuspension of contaminants and the possible disturbances induced.

International audience; Little information is available on the presence of V. cholerae (VC), V. parahaemolyticus (VP) and V. vulnificus (VV) in the Amazonian region where the last cholera epidemic occurred in the early 1990s. The main objective of this study was to investigate occurrence of these vibrios in the Guajará Bay, an important estuary along the Amazonian coast where Belém, the largest city of the Amazonia is located. Water and zooplankton samples were collected in September, 2017, at five stations in the estuary along a salinity gradient, from 0 to 20‰. Temperature of the water was ca. 29°C. Enumeration of the three vibrio species was accomplished using APW enrichment and MPN-real-time PCR analysis. APW broths were spread onto CHROMagar™ Vibrio and presumptive Vibrio colonies were isolated for molecular identification. The total number of VC and VP varied from ca. 10 MPN/L to 110 MPN/L, and of VV from 4 MPN/L to 46 MPN/L. Highest levels were recorded for VC and VV when the salinity was ca. 2-4.6 ‰, and ca. 4.6 ‰, respectively. No pattern was observed for VP that could be correlated with salinity. The number of potentially pathogenic VP tdh+ and VP trh2+ varied from ca. 1 MPN/L to 4 MPN/L, and from 1 MPN/L to 2 MPN/L, respectively. The three vibrios were detected on the copepods (Acartia tonsa) and on Cirriped nauplii, depending on the sites and the salinity. Of 109 Vibrio strains isolated at the five stations included in this study, 67 were identified as V. cholerae, 27 V. parahaemolyticus, and 15 V. vulnificus. The vibrio species were widespread through the large salinity gradient of the Guajará bay, showing its relevance as a potential reservoir of these bacteria.

International audience; The Thau lagoon (French Mediterranean coast), is of economic importance due to bivalve mollusk farming (15,000 t of mussels and oysters a year). The sanitary classification, based on E. coli concentrations in shellfish, of this production area is B. Shellfish must thus be stored in a depuration system for at least 24 hours before sale. However, these sanitary controls do not apply for vibrios of human health importance which are present in this lagoon. The aim of this study was to evaluate the presence of Vibrio parahaemolyticus in oysters before and after depuration, using MPN-PCR, and to understand the depuration practices of shellfish farmers. Oysters were collected from a production area every 15 days (May-October 2017-2018). Water temperature, salinity and rainfall values were recorded simultaneously. V. parahaemolyticus was first detected when water temperature was above 20°C and showed a seasonal dynamic in oysters collected from the production area. The highest concentrations of total V. parahaemolyticus were recorded during intense autumn rainfall events (1500 MPN/g). For depurated oysters, V. parahaemolyticus was first detected in June 2018 (230 MPN/g). Between July and September (T°C in tanks > 23°C), V. parahaemolyticus concentrations (up to 1800 MPN/g) were significantly higher than those in oysters collected in the lagoon at the same period (up to 390 MPN/g). V. parahaemolyticus trh2 + was detected in depurated oysters from storage tanks in August 2017 (2.5 MPN/g). These concentrations were significantly correlated with water temperature. An investigation of the stop-sales processes and practices of the professionals in the use and maintenance of the depuration tanks was conducted with a representative sample of 81 shellfish farmers. This survey showed that depuration practices should be improved in order to limit V. parahaemolyticus presence in oysters and thus, infections and health issues in humans.

The Mediterranean shoreline receive a large number of tourists motivated by the pleasant and sunny beaches. The attractiveness and attendance to these areas are closely linked to the ability to swim. The quality of bathing water is governed by the standards set by the EC Bathing Water Directive (2006/7/EC). These standards consider fecal indicator bacteria (E. coli and intestinal enterococci) to assess the microbiological water quality. Bacteria abundance in water is controlled during the summer season under the responsibility of the Regional Health Agencies (ARS), with a frequency that varies according to the beaches.An interdisciplinary approach of bathing water quality carried out between 2016 and 2018 on three urban beaches in the city of Marseille (France), involving geographers, microbiologists and hydrologists, made it possible to address three issues:• do the operating sampling strategy developed for monitoring the health quality of bathing water lead to an appropriate assessment of the quality of bathing water on a day-to-day basis?• can bathing water quality be related to the number and behaviours of beach users?• is the public appreciation of the quality of urban beaches on the Marseilles coast agree the actual water quality?The methodology used consisted in sampling and analyzing bathing waters on an hourly basis (8am-8pm over several consecutive days), jointly with quantification of beach attendance and detailed structured user questionnaire surveys. The obtained results make it possible to assess and compare the hourly and daily variability of the microbiological quality of bathing waters with the number of users and their assessment of the quality of the beaches, as well as their management., Le tourisme estival sur le littoral Méditerranéen est en partie lié à l’existence de nombreuses plages. L’attractivité et la fréquentation de ces espaces est en lien étroit avec la possibilité de se baigner, qui dépend de la qualité des eaux de baignade régie par les normes fixées par la directive Européenne (2006/7/CE). Ces normes concernent deux paramètres microbiologiques témoins de contamination fécale, E. coli et entérocoques intestinaux. Durant la saison estivale, leur abondance dans l’eau est contrôlée sous la responsabilité des Agences Régionales de Santé (ARS), à une fréquence variable selon les plages.Une approche interdisciplinaire de la qualité des plages réalisée entre 2016 et 2018 sur les plages urbaines de la ville de Marseille (France), associant géographes, microbiologistes et hydrologues, a permis d’aborder trois questionnements :• les modes opératoires élaborés pour la surveillance de la qualité sanitaire des eaux de baignade conduisent ils à une évaluation pertinente de la qualité des eaux de baignade au jour le jour ?• la qualité des eaux de baignade peut-elle être mise en relation avec le nombre et les comportements des usagers de la plage ?• la perception de la qualité des plages urbaines du littoral Marseillais par les usagers est-elle en relation avec la qualité mesurée ?La méthodologie employée a consisté à échantillonner et analyser les eaux de baignade sur une base horaire (8h-20h sur plusieurs jours consécutifs), en parallèle à des comptages et à des enquêtes par questionnaire passés auprès des usagers. Les résultats obtenus permettent d’évaluer et de mettre en regard la variabilité horaire et journalière de la qualité microbiologique des eaux de baignade avec le nombre d’usagers et leur appréciation de la qualité des plages, ainsi que sa gestion.

International audience; Les vibriospathogènes humains sont présents dans les coquillages et les eaux des lagunes du Golfe d’Aigues Mortes, et de l’ensemble du littoral français. Ces vibrions, sensibles aux modifications du milieu (anthropisation et changement climatique), constituent un risque émergent en santé publique suite à la consommation des produits de la mer crus ou peu cuits. Des études précédentes financées par l’OHM Littoral méditerranéen ont montré le rôle majeur de la salinité dans les dynamiques de ces bactéries, et l’impact des variations climatiques sur les évènements pluvieux qui peuvent modifier les conditions du milieu sur ces dynamiques, ainsi que l’impact économique sur la contamination des huitres par ces vibriospathogènes humains.Les objectifs du projet Vulconch sont (1) de quantifier la présence des vibriosdans les huitres produites dans les lagunes du Golfe d’Aigues Mortes, avant et après traitements dans les bassins de purification, (2) analyser les facteurs qui expliquent la dynamique des vibriosdans la filière de purification et stockage des huitres (3) analyser le processus d’alerte et de décision (publique et individuelle) en réponse aux phénomènes de contamination, (4) analyser les protocoles de purification et les pratiques de conchyliculteurs pour comprendre les procédés employés pour épurer les huitres mais aussi pour les stocker, en relation avec les pratiques et les usages des conchyliculteurs, (5) explorer des pistes d’alternatives et d’actions en réponse selon deux niveaux 1 –réaction (urgence) 2 –pro-activité (adaptation et anticipation).

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Le présent document dresse le bilan de la qualité sanitaire de l'ensemble des gisements naturels suivis par l'ARS Bretagne et l'Ifremer dans le département du Finistère, sur la période 2014-2016. Ce rapport s'inscrit dans le cadre du projet RESP²ONsable, mené par l'Ifremer et l'ARS Bretagne depuis 2013 sur la communication des risques sanitaires de la pêche à pied récréative. Son support principal est un site internet mettant à disposition du public une information complète et actualisée, à l'échelle de la Bretagne.

Sur le plan conchylicole, la baie de Goulven est exclusivement concernée par les gisements de coques, aucune activité de production de coquillages n’y étant pratiquée. Le Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM), après avoir engagé une évaluation du stock de bivalves par un bureau d’études (Allain et Bernard 2015), a sollicité la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) du Finistère pour entreprendre une étude sanitaire et permettre ainsi le classement sanitaire de cette zone et son accès pour les pêcheurs à pied professionnels. Ayant répondu favorablement à cette demande de la profession, l’administration a missionné le laboratoire Ifremer de Concarneau pour mener à bien cette étude. Les résultats obtenus sur le point de suivi « Keremma » ont mis en évidence une qualité bactériologique conforme à un classement sanitaire en classe B pour la zone. Un dépassement du seuil de la classe B en août (16000 E.coli/100g) incite toutefois à la vigilance en période estivale. La qualité chimique, quant à elle, a été estimée à partir des coques et des palourdes prélevées sur la ria de Morlaix dont les résultats satisfont à la réglementation en vigueur. Ce constat implique un passage de ces coquillages dans un établissement conchylicole agréé pour en assurer la purification avant leur mise sur le marché. Au vu de ces conclusions, nous proposons un classement en B de cette zone et l’intégration du point Keremma au sein du réseau de surveillance REMI pour un suivi pérenne de sa salubrité. La réglementation européenne ne se borne pas à fixer des normes pour la production et la mise en marché des coquillages vivants. Désormais, un guide des bonnes pratiques préconise une démarche préventive du risque sanitaire. Pour ce faire, elle suggère d’œuvrer à l’élaboration d’une étude sanitaire incluant l’identification des sources potentielles de contamination d’origine humaine et animale, la détermination des variations intra-annuelles de ces contaminations ou encore la modélisation éventuelle de la circulation de ces polluants biologiques et chimiques. Les données acquises auprès des diverses administrations, collectivités territoriales ou associations suggèrent une contamination concomitante des eaux littorales, l’une générée préférentiellement par l’assainissement littoral qu’il soit collectif (station d’épuration et poste de relèvement) ou autonome (camping) et l’autre d’origine agricole en provenance du bassin versant. Sur ce dernier point, une attention particulière devrait être portée aux points d’abreuvement direct en rivière dont l’impact bactériologique a longtemps été sous-estimé. Enfin, une évaluation de qualité des rejets recensés sur le littoral apporterait des éléments utiles au diagnostic, préliminaires à l’élaboration d’un plan d’actions.

L’ostréiculture en baie de Morlaix demeure une activité emblématique du territoire qui contribue à sa notoriété ainsi qu’à son attractivité. Cette activité du secteur primaire, qui emploie 107 personnes en Equivalent Temps Plein (ETP), produit annuellement environ 7000 tonnes d’huîtres creuses et environ 90 tonnes d’huîtres plates ce qui représentent indéniablement un poids socio-économique significatif à l’échelon local. Le Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM), après avoir engagé une évaluation du stock de bivalves fouisseurs (coques et palourdes) par un bureau d’études (Allain et Bernard 2015), a sollicité la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) du Finistère pour entreprendre une étude sanitaire de cette zone et permettre ainsi le classement sanitaire des coquillages du groupe 2. Cette demande ayant fait l’objet d’une acceptation par l’administration, le laboratoire Environnement Ressources Finistère Bretagne Nord de Concarneau a été désigné pour réaliser cette étude sanitaire. Les résultats obtenus au cours de cette année d’étude ont permis d’évaluer les qualités bactériologique et chimique sur les 2 points de suivi, le point « Pointe Saint Jean » d’une part, et le point « Lann ar vern » d’autre part. L’analyse des résultats conclut au classement en salubrité B des deux points échantillonnés et donc au passage de ces coquillages dans un établissement agréé pour la purification avant toute mise sur le marché. Dans le cadre de la surveillance ultérieure de la zone conchylicole, nous avons maintenu le point « Pointe Saint Jean » comme point de référence du réseau REMI en raison de la qualité sanitaire moindre de ce dernier. En effet, un échantillon a présenté une valeur supérieure au seuil réglementaire de la classe B et la moyenne géométrique de 471 E.coli/100g est près du double du point « Lann ar vern (243 E.coli/100g). La réglementation européenne ne se borne pas à fixer des normes pour la production et la mise sur la marché des coquillages vivants. Désormais, le guide des bonnes pratiques préconise une démarche préventive du risque sanitaire. Pour ce faire, elle suggère d’œuvrer à l’élaboration d’une étude sanitaire incluant l’identification des sources potentielles de contamination d’origine humaine et animale, la détermination des variations intra-annuelles de ces contaminations ou encore la modélisation de la circulation de ces polluants biologiques et chimiques. Dans le cadre de cette nouvelle approche méthodologique, nous avons engagé l’étude sanitaire à l’échelle du bassin versant de la Penzé, afin d’identifier les sources potentielles de contamination microbiologique des eaux. Pour y parvenir, nous avons synthétisé de multiples informations obtenues auprès de diverses administrations et collectivités territoriales concernées. Cette synthèse documentaire a été complétée par une visite sur le terrain (inspection du littoral) ayant pour objectif de recenser les rejets, connus ou sauvages, sur le territoire étudié. Les données acquises accréditent l’idée d’une contamination concomitante des eaux littorales, l’une générée préférentiellement par l’assainissement collectif et l’autre d’origine agricole, en lien avec les rejets ponctuels et diffus. Les programmes de bassin versant et la création d’un SAGE sur le bassin versant de la Penzé, prenant en compte les enjeux de la restauration de la qualité de l’eau, de la protection et du développement de la conchyliculture, offre donc une perspective rassurante sur la pérennisation de cette activité traditionnelle, très dépendante de son environnement.

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Quand l'écologie pose son diagnostic. L'actualité nous le rappelle sans cesse : les maladies comme le paludisme, le Sida, ébola ou zika sont difficiles à combattre, et les maladies chroniques de type cancer, diabète ou maladies cardio-vasculaires toujours plus meurtrières. Pour la première fois de son histoire, l'humanité voit même son espérance de vie diminuer. Pour comprendre les raisons de cette crise sanitaire, l'écologie scientifique pose un autre regard sur la santé qui prend en considération les transformations de l'environnement et l'évolution de nos modes de vie. Cette nouvelle approche évolutive et écologique des problèmes de santé tente d'élucider les mécanismes en jeu dans la transmission et l'émergence de nouveaux pathogènes, mais aussi dans la résistance toujours croissante aux antibiotiques. Elle permet de mesurer l'effet des facteurs environnementaux sur la santé : concentration urbaine et industrielle et nouveaux comportements induits en matière d'alimentation et d'activités physiques. Cet ouvrage rédigé par des spécialistes issus des laboratoires du CNRS ou associés fait le point sur les recherches en écologie de la santé. Il permet à chacun de comprendre pourquoi il est essentiel de remonter aux sources environnementales et comportementales de nos maux, et de ne pas se limiter aux symptômes.

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MEDCOAST 15; International audience

La rivière de Morlaix est traditionnellement et exclusivement tournée vers la production d’huîtres creuses depuis des décennies. Dans ce contexte d’activité conchylicole, elle fait l’objet d’un classement sanitaire pour les coquillages du groupe 3 pris par arrêté préfectoral n° 2012 2361-0003 en date du 26/12/2012. Le Comité Régional de la Conchyliculture (CRC) et le Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM) ont conjointement sollicité la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) pour entreprendre une étude sanitaire sur les coquillages du groupe 2 (coques et palourdes). Cette demande s’inscrit dans un double objectif de diversification de la production conchylicole dans un contexte difficile de mortalités ostréicoles récurrentes d’une part et de l’accès à de nouveaux gisements pour les pêcheurs à pied professionnels d’autre part. Ayant répondu favorablement à cette demande de la profession, l’administration a missionné le laboratoire Ifremer de Concarneau pour mener à bien cette étude. Les résultats obtenus ont mis en évidence une qualité chimique satisfaisante des coques et des palourdes prélevées sur la ria de Morlaix. La qualité bactériologique, quant à elle, conduit à un classement sanitaire en classe B pour l’ensemble des points échantillonnés ce qui traduit une qualité microbiologique homogène des zones conchylicoles. Ce constat implique un passage de ces coquillages dans un établissement conchylicole agréé pour en assurer la purification avant leur mise sur le marché. En raison des points échantillonnés situés sur 2 zones, nous suggérons de retenir le point « La Palud » (zone 29.01.030) et Barnenez (zone 29.01.040) comme points de suivi pérenne du réseau REMI. La réglementation européenne ne se borne pas à fixer des normes pour la production et la mise en marché des coquillages vivants. Désormais, un guide des bonnes pratiques préconise une démarche préventive du risque sanitaire. Pour ce faire, elle suggère d’œuvrer à l’élaboration d’une étude sanitaire incluant l’identification des sources potentielles de contamination d’origine humaine et animale, la détermination des variations intra-annuelles de ces contaminations ou encore la modélisation éventuelle de la circulation de ces polluants biologiques et chimiques. Les données acquises auprès des diverses administrations, collectivités territoriales ou associations suggèrent une contamination concomitante des eaux littorales, l’une générée préférentiellement par l’assainissement collectif (station d’épuration et poste de relèvement) et l’autre d’origine agricole. Sur ce dernier point, une attention particulière devrait être portée aux points d’abreuvement direct en rivière dont l’impact bactériologique a longtemps été sous-estimé. Enfin, une évaluation de qualité des rejets recensés sur le littoral apporterait des éléments utiles au diagnostic, préliminaire à l’élaboration d’un plan d’actions.

L'activité conchylicole sur la rivière du Faou se résume pour l'heure à l'élevage d'huîtres creuses pour lequel d'estuaire est classé en zone de salubrité B. Suite à la sollicitation du Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM) de Bretagne pour y entreprendre une étude sanitaire sur les coquillages du groupe 2 (palourdes), l'administration départementale a donné un avis favorable et mission l'Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la MER (Ifremer) pour mener à bien cette étude. Les résultats obtenus ont mis en évidence une qualité chimique satisfaisante des palourdes et à l'opposé, une qualité bactériologique médiocre, induisant une estimation de la qualité en zone de salubrité C pour ces bivalves du groupe 2. En l'absence de différence marquée entre les deux points échantillonnés celui de Verveur vian a été identifié comme plus exposé aux sources d'apports contaminants situées en amont de la rivière du Faou. Il a donc été retenu comme point de référence dans le cadre de la surveillance ultérieure du réseau microbiologique REMI. L'analyse des données a pu déceler une différence marquée entre les niveaux de contamination moyens entre la période estivale (juin à septembre) et le reste de l'année (octobre à mai). Cependant, la fréquence élevée des concentrations bactériennes, supérieures au seuil réglementaire de 4600 E.coli/100g tout au long de l'année n'a pas permis de proposer un classement alternatif de la zone. Par ailleurs, l'absence de relation entre la pluviométrie et la contamination bactérienne souligne le rôle prépondérant des rejets ponctuels sur les rejets diffus. Dans le cadre de la réglementation européenne des zones conchylicoles et de l'approche préventive qu'elle sous-tend, nous avons entrepris l'identification des sources potentielles de contamination bactériologique à l'échelle du bassin versant. Les informations fournies par les acteurs du bassin versant (administrations, collectivités...) accréditent l'idée d'une contamination aux origines multiples (urbaine, agricole voire industrielle). Un recensement des émissaires sur le littoral estuarien a été complété par deux campagnes de prélèvements d'eaux pour apprécier les apports antrophiques. Les résultats révèlent des concentrations plus abondantes à quatre exutoires, le Faou amont, le Faou rive droite, Poulmoïc et Keronézou. Une évaluation complémentaire des flux bactériens en périodes sèches et pluvieuses permettrait de mieux appréhender l'impact respectif des sous bassins incriminés, base d'un plan d'actions approprié et hiérarchisé susceptible de restaurer la qualité sanitaire des eaux estuariennes et donc d'affirmer la vocation conchylicole de cet espace maritime.

La rivière de Morlaix est traditionnellement et exclusivement tournée vers la production d'huîtres creuses depuis des décennies. Dans ce contexte d'activité conchylicole, elle fait l'objet d'un classement sanitaire pour les coquillages du groupe 3 pris par l'arrêté préfectoral n° 2012 2361-0003 en date du 26/12/2012. Le Comité Régional de la Conchyliculture (CRC) et le Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM) ont conjointement sollicité la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) pour entreprendre une étude sanitaire sur les coquillages du groupe 2 (coques et palourdes). Cette demande s'inscrit dans un double objectif de diversification de la production conchylicole dans un contexte difficile de mortalités ostréicoles récurrentes d'une part et de l'accès à de nouveaux gisements pour les pêcheurs à pied professionnels d'autre part. Ayant répondu favorablement à cette demande de la profession, l'administration a missionné le laboratoire Ifremer de Concarneau pour mener à bien cette étude. Ce rapport préliminaire ne traite que des données bactériologiques et chimiques des coquillages acquises dans le cadre de l'étude sanitaire et ceci dans le souci d'une transmission rapide de l'information aux acteurs concernés. Le second volet de l'étude relatif aux sources potentielles de la contamination, dite étude sanitaire, plus chronophage, complétera ce document ultérieurement. Les résultats obtenus ont mis en évidence une qualité chimique satisfaisante des coques et des palourdes prélevées sur la ria de Morlaix. La qualité bactériologique, quant à elle, conduit à un classement sanitaire en classe B pour l'ensemble des points échantillonnés ce qui traduit une qualité microbiologique homogène des zones conchylicoles. En raison des points échantillonnés situés sur 2 zones, nous suggérons de retenir le point "La Palud" (zone 29.01.030) et Barnenez (zone 29.01.040) comme points de suivi pérenne du réseau REMI.

International audience; La Réunion interdisciplinaire de chimiothérapie antiinfectieuse(RICAI) est, depuis trente quatre ans, le plus important congrès européen de langue française dans le domaine de la thérapeutique antiinfectieuse globale. Elle réunit environ 1500 membres de la communauté de l’infectiologie, chercheurs et cliniciens.

International audience; Les vibrios pathogènes humains sont des bactéries autochtones des milieux marins-côtiers (littoral,estuaires, deltas, lagunes). Vibrio cholerae est le plus connu des vibrios pathogènes humains etresponsable du cholera. La majorité des cas de vibrioses humaines non cholériques est due à V.parahaemolyticus, V. vulnificus et V. cholerae non cholérique. La consommation de coquillages et deproduits de la mer, crus ou peu cuits, est la cause des gastro-entérites à vibrios non cholériques ; lecontact de plaies avec l’eau de mer est responsable d’infections cutanées qui peuvent évoluer ensepticémies. La dynamique de ces bactéries dans les milieux marins côtiers est reliée essentiellement à latempérature de l’eau de mer en surface (SST sea surface temperature) et à la salinité. La dynamique ducholera au Bengladesh a été reliée aux variations climatiques qui provoquent une augmentation de SST.De même, les variations de SST sont responsables d’épidémies à V. parahaemolyticus aux USA et enEurope. Les chutes de salinité des eaux dans des systèmes côtiers lagunaires provoquées par des pluiesbrutales et intenses induisent une forte augmentation des vibrios pathogènes humains dans cesécosystèmes. Les variations climatiques sont ainsi responsables de l’émergence de ces bactéries au niveaumondial, et du risque infectieux associé. Il devient nécessaire de modéliser les dynamiques de cesbactéries en relation avec des facteurs environnementaux afin de gérer le risque.

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L'activité conchylicole sur la rivière du Faou se résume pour l'heure à l'élevage d'huîtres creuses pour lequel l'estuaire est classé en zone de salubrité B. Suite à la sollicitation du Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM) de Bretagne pour y entreprendre une étude sanitaire sur les coquillages du groupe 2, l'administration départementale a donné un avis favorable et missionné l'Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la MER (IFREMER) pour mener à bien cette étude. Ce rapport préliminaire ne traite que les données bactériologiques et chimiques des coquillages acquises dans le cadre du suivi sanitaire et ceci dans un souci d'une transmission rapide de l'information aux acteurs concernés. Le second volet relatif aux sources potentielles de contaminations, dite étude sanitaire, plus chronophage, complétera ce document par la suite. Les résultats obtenus ont mis en évidence une qualité chimique satisfaisante des palourdes et une qualité bactériologique médiocre, induisant un classement sanitaire en zone de salubrité C pour ces bivalves du groupe 2. En l'absence de différence marquée entre les deux points échantillonnés celui de Verveur vian a été retenu comme point de référence dans le cadre de la surveillance ultérieure du réseau microbiologique REMI. L'analyse des données a décelé une différence marquée entre la période estivale (juin à septembre) et le reste de l'année (octobre à mai). Cependant, le niveau élevé de cette contamination bactériologique tout au long de l'année ne permet pas d'envisager un classement alternatif de la zone. Par ailleurs, l'absence de relation entre la pluviométrie et la contamination bactérienne souligne le rôle prépondérant des rejets ponctuels sur les rejets diffus. Les deux campagnes d'analyse d'eau menées sur le bassin versant révèlent des concentrations plus abondantes à quatre exutoires, le Faou amont, le Faou rive droite, Poulmoïc et Keronézou. Une évaluation complémentaire des flux bactériens permettrait de mieux appréhender l'impact respectif des sous bassins incriminés, base d'un plan d'actions pour une restauration de la qualité sanitaire des eaux estuariennes.

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L'activité conchylicole emblématique de l'estuaire de l'Odet était tournée pendant des décennies vers l'ostréiculture et tout particulièrement l'exploitation du gisement d'huîtres plates du Perennou. Les mortalités importantes enregistrées dans les années 70 et 80 liées à la présence des parasites Martelia et Bonamia, associées à la médiocrité de la qualité sanitaire des eaux estuariennes ont participé au déclin de cette activité primaire sur ce territoire. Une volonté locale forte au sein de la Commission Locale de l'Eau (CLE) du Schéma d'Aménagement et de Gestion des Eaux (SAGE) de réhabiliter la qualité bactériologique en priorité puis corrélativement l'activité conchylicole ont contribué au regain d'intérêt de cet estuaire manifesté par les professionnels de la conchyliculture et notamment pour l'élevage des coques ou ceratoculture. Classé en B pour les coquillages non fouisseurs (huîtres), des demandes de concession pour l'élevage de coquillages fouisseurs (coques) supposait préalablement, comme le prévoit la réglementation européenne, l'élaboration d'une étude sanitaire. Cette dernière, engagée à la demande de l'administration, inclut d'une part un suivi de la qualité bactériologique et chimique des coques et d'autre part, une identification des sources potentielles de contamination dans une démarche de gestion préventive des risques sanitaires. Les résultats obtenus au cours de cette étude ont permis d'évaluer la qualité sanitaire des coques en deux points sur la zone aval de l'estuaire et de conclure à une qualité de salubrité B également pour ces bivalves fouisseurs. Ce constat implique donc le passage de ces coquillages dans un établissement conchylicole agréé pour en assurer la purification avant leur mise sur le marché. Dans le cadre de cette nouvelle approche méthodologique, nous avons entrepris d'identifier les sources potentielles de contaminations à l'échelle du bassin versant d'une part et de la station d'épuration intercommunale de Quimper située à l'amont de l'estuaire d'autre part. Pour y parvenir nous avons analysé de multiples informations obtenues auprès de diverses administrations, des collectivités territoriales mais également du Syndicat mixte de la vallée de l'Odet (SIVALODET). L'analyse des données accumulées accrédite l'idée d'une contamination concomitante des eaux littorales, l'une générée préférentiellement par l'assainissement collectif et l'autre par l'activité agricole largement représentée dur le bassin versant. Les actions de réhabilitation des stations d'épuration, de l'assainissement non collectif et celles menées dans le cadre du SAGE (étude diagnostic de l'origine des contaminations fécales, suppression des points d'abreuvage des animaux, etc...) oeuvrent à la poursuite de la restauration de la qualité des eaux estuariennes et augurent de bonnes perspectives pour la pérennité de l'activité conchylicole sur le territoire.