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Epigenetics is a field of research in the genetic area in which the expression of genes is studied, not only those that are inherited from the father and mother, but those that are triggered from the baby's experiences during the gestation period, arising from the experiences of the mother and that can be expressed and modify the genome. This fact can occur not only during pregnancy, but also due to the experiences of each human being, from newborn to adult. In this context, epigenetics came to break the line of reasoning that the gene is “immutable”, the factor called epigenome, which are “chemical marks” can be changed according to external factors, such as the use of drugs before and during pregnancy, stress hormones and possible traumas that generate mood disorders in vulnerable individuals and that can have hereditary effects, thus modulating gene regulation and expression. The impact of psychopathologies and maternal mood disorders and throughout life allow newborns to be psychologically vulnerable to the effects of these factors arising from the mother during development, in addition to difficult temperament, and psychiatric disorders are currently shown more frequently among women. pregnant women, increasing the risk of behavioral and mental health disorders later in the children's lives. La epigenética es un campo de investigación del área genética en el que se estudia la expresión de los genes, no sólo los que se heredan del padre y de la madre, sino los que se desencadenan a partir de las vivencias del bebé durante el período de gestación, derivados de las experiencias de la madre y que pueda expresarse y modificar el genoma. Este hecho puede ocurrir no solo durante el embarazo, sino también por las vivencias de cada ser humano, desde recién nacido hasta adulto. En este contexto, la epigenética vino a romper la línea de razonamiento de que el gen es “inmutable”, el factor llamado epigenoma, que son “marcas químicas” puede cambiar según factores externos, como el uso de medicamentos antes y durante el embarazo, hormonas del estrés y posibles traumas que generan trastornos del estado de ánimo en individuos vulnerables y que pueden tener efectos hereditarios, modulando así la regulación y expresión génica. El impacto de las psicopatologías y los trastornos anímicos maternos y a lo largo de la vida permiten que los recién nacidos sean psicológicamente vulnerables a los efectos de estos factores derivados de la madre durante el desarrollo, además del temperamento difícil, y los trastornos psiquiátricos se presentan actualmente con mayor frecuencia entre las mujeres embarazadas, aumentando el riesgo de trastornos de salud mental y del comportamiento más adelante en la vida de los niños. A epigenética é um campo de pesquisa da área genética na qual é estudado a expressão de genes, não só daqueles que são herdados do pai e da mãe, mas dos que são desencadeados a partir de experiências vindas do bebê no período de gestação, advindas das vivências da mãe e que podem ser expressos e modificar o genoma. Este fato pode ocorrer não só na gestação, mas também devido às experiências de cada ser humano, desde recém-nascido até a fase adulta. Neste contexto, a epigenética veio para quebrar a linha de raciocínio de que o gene é “imutável”, o fator chamado epigenoma, que são “marcas químicas” pode ser alterado de acordo com os fatores externos, como o uso de medicamentos antes e durante a gestação, hormônios do estresse e possíveis traumas que geram transtornos de humor em indivíduos vulneráveis e que podem trazer efeitos hereditários, assim, modulando a regulação e expressão gênica. O impacto de psicopatologias e transtornos de humor materno e ao decorrer da vida permitem que recém-nascidos, estejam psicologicamente vulneráveis aos efeitos desses fatores advindos da mãe durante o desenvolvimento, além de temperamento difícil, e transtornos psiquiátricos são mostrados atualmente com maior frequência entre as gestantes, aumentando o risco de transtornos comportamentais e de saúde mental em períodos futuros na vida de crianças.

Chagas disease, caused by the protozoan Trypanosoma cruzi, is an endemic parasitic disease of Latin America, affecting 7 million people. Although most patients are asymptomatic, 30% develop complications, including the often-fatal Chronic Chagasic Cardiomyopathy (CCC). Although previous studies have demonstrated some genetic deregulations associated with CCCs, the causes of their deregulations remain poorly described. Based on bulk RNA-seq and whole genome DNA methylation data, we investigated the genetic and epigenetic deregulations present in the moderate and severe stages of CCC. Analysis of heart tissue gene expression profile allowed us to identify 1407 differentially expressed transcripts (DEGs) specific from CCC patients. A tissue DNA methylation analysis done on the same tissue has permitted the identification of 92 regulatory Differentially Methylated Regions (DMR) localized in the promoter of DEGs. An in-depth study of the transcription factors binding sites (TFBS) in the DMRs corroborated the importance of TFBS’s DNA methylation for gene expression in CCC myocardium. TBX21, RUNX3 and EBF1 are the transcription factors whose binding motif appears to be affected by DNA methylation in the largest number of genes. By combining both transcriptomic and methylomic analysis on heart tissue, and methylomic analysis on blood, 4 biological processes affected by severe CCC have been identified, including immune response, ion transport, cardiac muscle processes and nervous system. An additional study on blood methylation of moderate CCC samples put forward the importance of ion transport and nervous system in the development of the disease.

H19 is a long noncoding RNA (lncRNA) expressed only from the maternal allele by imprinting. H19 transcription is controlled by the Imprinting Control Region (ICR) of the Differentially Methylated Region (DMR) H19DMR mediated by the protein CTCF. H19 regulates several physiological functions and can act both as an oncogene and tumor suppressor in many neoplasias, suggesting a promising target for therapies, especially in very heterogeneous diseases such as Myelodysplastic Syndrome (MDS). The main challenge in MDS has been the discovery of biomarkers to differentiate between mutations in normal hematopoietic progenitor cells and those that lead to neoplastic development, enabling the study of new specific target drugs that increase patient survival. In this study, we evaluated the expression levels of H19, by RT-qPCR, the methylation pattern of the H19DMR region by DNA sequencing technique after modification with sodium bisulfite, and protein expression of CTCF by immunohistochemistry, in 70 patients with SMD classically considered as lowrisk (SMD with ring sideroblast/SF3B1 mutation - SMD-RS), high-risk (SMD with excess blasts - SMD-EB), 11 patients with AML secondary to SMD (AML sec) and 8 healthy controls. We identified increased H19 expression levels in the healthy control group compared to the SMD-RS patients (p=0.004), in addition to increased expression in the SMDRS group compared to the SMD-EB (p=0.006) and AML sec (p=0.049) groups. Patients with AML sec showed increased methylation of the H19DMR region (p=0.022), which was also observed in MDS patients older than 60 years (p=0.031). Increased H19 expression was found in individuals aged less than 60 years (p=0.614), normal karyotype (p=0.003), and platelet count higher than 100,000/mm³ (p=0.019), both associated with good prognosis in MDS. Patients with MDS and increased H19 expression had longer overall survival (p=0.379). The results suggest an association of H19 expression with a more favorable clinical presentation for MDS with an increase of its methylation in the evolution of the disease, possibly functioning as a tumor suppressor gene for Myelodysplastic Syndrome, an extremely heterogeneous disease. O H19 é um RNA longo não codificante (lncRNA) que possui expressão monoalélica materna controlada por imprinting. A transcrição do H19 é controlada pela Região Controladora de Imprinting (ICR, do inglês Imprinting Control Regions) contida na Região Diferencialmente Metilada (DMR, do inglês Differentialy Methylated Regions) H19DMR e mediada pela proteína CTCF. O H19 regula diversas funções no organismo e desempenha funções tanto como oncogene quanto supressor de tumor nas mais diversas neoplasias, o que o torna um possível alvo para terapias, principalmente em doenças muito heterogêneas, como a Síndrome Mielodisplásica (SMD). O principal desafio na SMD tem sido a descoberta de biomarcadores que facilitem a diferenciação entre mutações nas células progenitoras hematopoiéticas (CPH) normais e às que levam ao desenvolvimento neoplásico, possibilitando o estudo de novos fármacos alvo específicos que prolonguem a sobrevida dos pacientes. Nesse estudo, avaliamos os níveis de expressão do H19, por RT-qPCR, o padrão de metilação da região H19DMR pela técnica de sequenciamento após modificação do DNA com bissulfito de sódio e expressão proteica do CTCF por imunohistoquímica, em 70 pacientes com SMD considerados classicamente como de baixo risco (SMD com sideroblasto em anel/mutação do SF3B1 – SMD-SA), de alto risco (SMD com excesso de blastos – SMD-EB), 11 pacientes com LMA secundária a SMD (LMA sec) e 8 controles saudáveis. Identificamos um aumento dos níveis de expressão do H19 no grupo controle saudável, quando comparados com os pacientes com SMD-SA (p=0,004), além do aumento da expressão no grupo de SMD-SA, em relação aos grupos SMD-EB (p=0,006) e LMA sec (p=0,049). Os pacientes com LMA sec apresentaram aumento da metilação da região H19DMR (p=0,022), que também foi observado em pacientes com SMD com idade superior a 60 anos (p=0,031). O aumento da expressão do H19 foi encontrado em indivíduos com idade inferior a 60 anos (p=0,614), cariótipo normal (p=0,003) e contagem de plaquetas superior a 100 mil/mm³ (p=0,019), ambos associados ao prognóstico favorável na SMD. Os pacientes com SMD que com aumento da expressão do H19 apresentaram maior sobrevida global (p=0,379). Os resultados sugerem uma associação da expressão de H19 com uma apresentação clínica de comportamento mais favorável para SMD com um aumento de sua metilação na evolução da doença, possivelmente funcionado com um gene supressor tumoral para a Síndrome Mielodisplásica, uma doença extremamente heterogênea.

Gastric cancer is a major public health problem, considered the fifth most frequently diagnosed cancer worldwide. Peritoneal metastasis is the main causes of mortality related to gastric cancer. The hypermethylation of tumor suppressors genes is a promising factor for the development of predictive biomarkers. In gastric tumors, reduced expression of CDH1 suppressor gene contributes to tumor invasion and triggering metastasis. We aim to evaluate the promoter region methylation profile of the CDH1 gene as a peritoneal metastasis indicator in patients with gastric cancer. CDH1 methylation profile were evaluate in 47 samples of peritoneal washes from patients with gastric cancer by bisulfite sequencing PCR (BSP). Thirty-three CpGs sites in the CDH1 promoter region were individually evaluated. Samples with ≥ 10% of methylated CpGs sites were considered hypermethylated. Statistical analysis was performed by Fisher's Exact test using R-Studio program (p≤0.05). Twenty-nine (62%) samples showed hypermethylation in the promoter region of CDH1, with preferential methylation at the CpGs sites located in the region 5' upstream from gene. Statistical analysis showed that CDH1 hypermethylation was significantly different in patients with advanced stages of tumor depth of invasion (p=0.03). Our results suggest that CDH1 gene methylation analysis is a useful tool in predicting tumor progression and invasiveness in gastric cancer patients and could have a major impact for the field of precision cancer medicine. El cáncer gástrico es un importante problema de salud pública, considerado el quinto cáncer más diagnosticado en el mundo. La metástasis peritoneal es una de las principales causas de mortalidad relacionada con el cáncer gástrico. La hipermetilación de los genes supresores de tumores es un factor prometedor para el desarrollo de biomarcadores predictivos. En los tumores gástricos, la expresión reducida del gen supresor CDH1 contribuye a la invasión tumoral y al desencadenamiento de metástasis. Nuestro objetivo fue evaluar el perfil de metilación de la región promotora del gen CDH1 como indicador de metástasis peritoneal en pacientes con cáncer gástrico. El perfil de metilación de CDH1 se evaluó en 47 muestras de lavado peritoneal de pacientes con cáncer gástrico mediante PCR de secuenciación con bisulfito (BSP). Treinta y tres sitios CpG en la región promotora de CDH1 se evaluaron individualmente. Las muestras con ≥ 10 % de sitios CpG metilados se consideraron hipermetiladas. El análisis estadístico se realizó mediante la prueba exacta de Fisher, utilizando el programa R-Studio (p≤0.05). Veintinueve (62%) muestras mostraron hipermetilación en la región promotora de CDH1, con metilación preferencial en los sitios CpG ubicados en la región 5' aguas arriba del gen. El análisis estadístico mostró que la hipermetilación de CDH1 fue significativamente diferente en pacientes con estadios avanzados de profundidad de invasión tumoral (p = 0,03). Nuestros resultados sugieren que el análisis de la metilación del gen CDH1 es una herramienta útil para predecir la progresión tumoral y la invasividad en pacientes con cáncer gástrico y podría tener un gran impacto en el campo de la medicina oncológica de precisión. O câncer gástrico é um importante problema de saúde pública, considerado o quinto câncer mais diagnosticado no mundo. A metástase peritoneal é uma das principais causas de mortalidade relacionadas ao câncer gástrico. A hipermetilação de genes supressores de tumor é um fator promissor para o desenvolvimento de biomarcadores preditivos. Em tumores gástricos, a expressão reduzida do gene supressor CDH1 contribui para a invasão tumoral e desencadeamento de metástases. Nosso objetivo foi avaliar o perfil de metilação da região promotora do gene CDH1 como indicador de metástase peritoneal em pacientes com câncer gástrico. O perfil de metilação de CDH1 foi avaliado em 47 amostras de lavados peritoneais de pacientes com câncer gástrico por PCR de sequenciamento de bissulfito (BSP). Trinta e três sítios CpGs na região do promotor CDH1 foram avaliados individualmente. Amostras com ≥ 10% de sítios CpGs metilados foram consideradas hipermetiladas. A análise estatística foi realizada pelo teste Exato de Fisher, utilizando o programa R-Studio (p≤0,05). Vinte e nove (62%) amostras apresentaram hipermetilação na região promotora de CDH1, com metilação preferencial nos sítios CpGs localizados na região 5' a montante do gene. A análise estatística mostrou que a hipermetilação de CDH1 foi significativamente diferente em pacientes com estágios avançados de profundidade de invasão do tumor (p=0,03). Nossos resultados sugerem que a análise de metilação do gene CDH1 é uma ferramenta útil na predição de progressão e invasividade tumoral em pacientes com câncer gástrico e pode ter um grande impacto para o campo da medicina de precisão do câncer.

Background Beef tenderness is a complex trait of economic importance for the beef industry. Understanding the epigenetic mechanisms underlying this trait may help improve the accuracy of breeding programs. However, little is known about epigenetic effects on Bos taurus muscle and their implications in tenderness, and no studies have been conducted in Bos indicus. Results Comparing methylation profile of Bos indicus skeletal muscle with contrasting beef tenderness at 14 days after slaughter, we identified differentially methylated cytosines and regions associated with this trait. Interestingly, muscle that became tender beef had higher levels of hypermethylation compared to the tough group. Enrichment analysis of predicted target genes suggested that differences in methylation between tender and tough beef may affect signal transduction pathways, among which G protein signaling was a key pathway. In addition, different methylation levels were found associated with expression levels of GNAS, PDE4B, EPCAM and EBF3 genes. The differentially methylated elements correlated with EBF3 and GNAS genes overlapped CpG islands and regulatory elements. GNAS, a complex imprinted gene, has a key role on G protein signaling pathways. Moreover, both G protein signaling pathway and the EBF3 gene regulate muscle homeostasis, relaxation, and muscle cell-specificity. Conclusions We present differentially methylated loci that may be of interest to decipher the epigenetic mechanisms affecting tenderness. Supported by the previous knowledge about regulatory elements and gene function, the methylation data suggests EBF3 and GNAS as potential candidate genes and G protein signaling as potential candidate pathway associated with beef tenderness via methylation.

Myelodysplastic syndrome (MDS) is defined as a heterogeneous group of hematopoietic progenitor cell clonal diseases characterized by cytopenias and bone marrow dysplasia with a risk of progressing to acute myeloid leukemia. Its etiology is mainly related to age, but one of the risk factors is exposure to pesticides that can lead to aberrant reprogramming of the genome by DNA methylation. The present study has as main objective to evaluate the methylation profile of DNA repair genes in three study groups: a group with a risk factor for the disease, characterized by farmers; a second group composed of patients with MDS; a third group composed of healthy people and not exposed to pesticides at any time in life. In addition to methylation analyzes, this work associates methylation results with gene expression data obtained in previous studies. The methylation profile of genes related to the simple DNA strand repair mechanism (CSA, CSB, XPA, XPC and XPG) was evaluated with the pyro-sequencing technique using bone marrow samples from the three groups and we performed the karyotype analysis of bone marrow cells by G-Band to investigate cytogenetic changes. In the analysis of the methylation profile of the groups of farmers, it was observed that the group of ecological agriculture presented a higher percentage of methylation of the XPA gene compared to the exposed groups. Regarding the variables of SMD, patients under the age of 60 years showed a higher percentage of methylation for the XPA and CSB gene compared to patients aged equal or above. Patients classified in the initial forms of SMD showed a higher percentage of methylation compared to the advanced forms for the XPA gene. Furthermore, in the risk classification of the R-IPSS, low-risk patients showed a higher percentage of methylation compared to patients classified in the high-risk group. Regarding the analyzes between the groups, there was a higher percentage of methylation in the SMD group compared to exposed farmers and the control group. The SMD group was subdivided into its initial and advanced forms and methylation was evaluated in relation to exposed farmers and the control group. A higher percentage of methylation was observed in the initial forms group compared to the advanced forms group and the exposed farmers group, as well as the initial forms also showed a higher percentage of methylation compared to the control group. The correlation analyzes between expression and methylation of both farmers and patients with MDS were not correlated, suggesting that the change in the expression of these genes is not motivated by the DNA methylation mechanism. A síndrome mielodisplásica (SMD) é definida como um grupo heterogêneo de doenças clonais das células progenitoras hematopoiéticas caracterizada por citopenias e displasia na medula óssea com risco de evolução para a leucemia mieloide aguda. Sua etiologia está principalmente relacionada a idade, mas apresenta como um dos fatores de risco a exposição aos agrotóxicos que podem levar a uma reprogramação aberrante do genoma pela metilacao do DNA. O presente estudo tem como principal objetivo avaliar o perfil de metilação dos genes de reparo do DNA em três grupos de estudo: um grupo com fator de risco para a doença, caracterizado pelos agricultores; um segundo grupo composto de pacientes com SMD; um terceiro grupo composto por pessoas saudáveis e não expostas a agrotóxicos em nenhum momento da vida. Além das análises de metilação, este trabalho associa os resultados de metilação a dados de expressão gênica obtidos em estudos prévios. Foi avaliado o perfil de metilação de genes relacionados ao mecanismo de reparo de fita simples do DNA (CSA, CSB, XPA, XPC e XPG) com a técnica de pirossequenciamento a partir de amostras de medula óssea dos três grupos e realizamos a análise do cariótipo das células da medula óssea pela Banda-G para pesquisa das alterações citogenéticas. Na análise do perfil de metilação dos grupos de agricultores, observou-se que o grupo da agricultura ecológica apresentou maior porcentagem de metilação do gene XPA frente aos grupos expostos. Em relação às variáveis de SMD, pacientes com idade inferior a 60 anos mostraram maior porcentagem de metilação para o gene XPA e CSB em relação aos pacientes com idade igual ou superior. Pacientes classificados nas formas iniciais da SMD mostraram maior porcentagem de metilação frente as formas avançadas para o gene XPA. Ademais, na classificação de risco do RIPSS pacientes de baixo risco mostraram maior porcentagem de metilação do gene XPA em relação aos pacientes classificados no grupo alto risco. No que se refere às análises entre os grupos, observou-se maior porcentagem de metilação do grupo SMD frente aos agricultores expostos e ao grupo controle para o gene XPA. O grupo SMD foi subdividido em suas formas iniciais e avançadas e avaliada a metilação em relação aos agricultores expostos e o grupo controle. Observou-se maior porcentagem de metilação do grupo formas iniciais frente ao grupo formas avançadas e o grupo dos agricultores expostos, assim como as formas iniciais também mostraram maior porcentagem de metilação frente ao grupo controle também para o gene XPA. As análises de correlação entre a expressão e a metilação tanto dos agricultores quanto dos pacientes com SMD não se mostraram correlacionáveis, sugerindo que a alteração na expressão desses genes não é motivada pelo mecanismo de metilação do DNA.

Efficient acquisition and use of available phosphorus from the soil is crucial for plant growth, development, and yield. With an ever-increasing acreage of croplands with suboptimal available soil phosphorus, genetic improvement of sorghum germplasm for enhanced phosphorus acquisition from soil is crucial to increasing agricultural output and reducing inputs, while confronted with a growing world population and uncertain climate. Sorghum bicolor is a globally important commodity for food, fodder, and forage. Known for robust tolerance to heat, drought, and other abiotic stresses, its capacity for optimal phosphorus use efficiency (PUE) is still being investigated for optimized root system architectures (RSA). Whilst a few RSA-influencing genes have been identified in sorghum and other grasses, the epigenetic impact on expression and tissue-specific activation of candidate PUE genes remains elusive. Here, we present transcriptomic, epigenetic, and regulatory network profiling of RSA modulation in the BTx623 sorghum background in response to limiting phosphorus (LP) conditions. We show that during LP, sorghum RSA is remodeled to increase root length and surface area, likely enhancing its ability to acquire P. Global DNA 5-methylcytosine and H3K4 and H3K27 trimethylation levels decrease in response to LP, while H3K4me3 peaks and DNA hypomethylated regions contain recognition motifs of numerous developmental and nutrient responsive transcription factors that display disparate expression patterns between different root tissues (primary root apex, elongation zone, and lateral root apex). Made available in DSpace on 2022-06-01T11:20:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sorghum-root-epigenetic-landscape.pdf: 8369979 bytes, checksum: b77e871f577990e15b4fec564eb6de62 (MD5) Previous issue date: 2022

O objetivo deste artigo foi revisar a literatura em busca de possíveis inter-relações entre as alterações epigenéticas no câncer e na doença periodontal, alertando sobre uma potencial plausibilidade biológica. Para isso, realizou-se uma revisão narrativa da literatura por meio de uma pesquisa nas bases de dados LILACS, PubMed e SciELO pelos descritores “Epigenetic AND Periodontal disease”, “Epigenetic AND Oral cancer”, e “Epigenetic AND Periodontal disease AND Oral cancer”. A partir dessa busca, foram selecionados 56 artigos sobre o tema. As evidências científicas demonstram que a inflamação crônica ocasionada pela presença das bactérias periodontopatogênicas no biofilme dental é capaz de produzir modificações epigenéticas, como metilação do DNA e modificações de histonas. Essas alterações podem inibir genes supressores de tumor e ativar oncogenes, que contribuem para o desenvolvimento e a progressão do câncer de boca. Portanto, há indícios de que o mecanismo fisiopatológico envolvido nas alterações epigenéticas no câncer e na doença periodontal são semelhantes. Conclui-se que existe uma relação positiva entre essas duas doenças, sugerindo que a doença periodontal pode ser um potencial fator de risco para o câncer de boca. This study aimed to understand the association between epigenetic alterations in cancer and periodontal disease, verifying a potential biological plausibility. To this end, a narrative literature review was conducted in the LILACS, PubMed and SciELO databases for the descriptors “Epigenetic AND Periodontal disease,” “Epigenetic AND Oral cancer,” and “Epigenetic AND Periodontal disease AND Oral cancer”. The search returned 56 articles. Scientific evidence shows that chronic inflammation resulting from the presence of periodontopathogenic bacteria in the dental biofilm can lead to epigenetic modifications such as DNA methylation and histone. These changes can inhibit tumor suppressor genes and activate oncogenes, contributing to the development and progression of oral cancer. This indicates that epigenetic modifications in cancer and periodontal disease present similar pathophysiological mechanisms, thus pointing to a positive association between these two diseases and suggesting that periodontal disease may be a potential risk factor for oral cancer.

Aberrant activation of telomerase in human cancer is achieved by various alterations within the TERT promoter, including cancer-specific DNA hypermethylation of the TERT hypermethylated oncological region (THOR). However, the impact of allele-specific DNA methylation within the TERT promoter on gene transcription remains incompletely understood. Using allele-specific next-generation sequencing, we screened a large cohort of normal and tumor tissues (n = 652) from 10 cancer types and identified that differential allelic methylation (DAM) of THOR is restricted to cancerous tissue and commonly observed in major cancer types. THOR-DAM was more common in adult cancers, which develop through multiple stages over time, than in childhood brain tumors. Furthermore, THOR-DAM was especially enriched in tumors harboring the activating TERT promoter mutations (TPMs). Functional studies revealed that allele-specific gene expression of TERT requires hypomethylation of the core promoter, both in TPM and TERT WT cancers. However, the expressing allele with hypomethylated core TERT promoter universally exhibits hypermethylation of THOR, while the nonexpressing alleles are either hypermethylated or hypomethylated throughout the promoter. Together, our findings suggest a dual role for allelespecific DNA methylation within the TERT promoter in the regulation of TERT expression in cancer. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Introduction: Understanding the participation and real role of protocadherins (PCDH) is essential for a better understanding of carcinogenesis, especially oral carcinogenesis, and possibly to identify new predictive markers for Oral Epithelial Dysplasia (OED) and Oral Squamous Cell Carcinoma (OSCC), providing a better understanding of the clinical course of these injuries. So far, there are no works that have carried out similar research. Objective: This thesis has two chapters, whose main objectives are: to summarize the scientific evidence on the methylation profile of PCDHs in the carcinogenesis of human malignancies (chapter 1) and to investigate the immunomolecular profile of PCDH10 in oral carcinogenesis (chapter 2). Methods: In chapter 1, a Systematic Review (SR) with meta-analysis was conducted according to the PRISMA checklist and the search was performed in LILACS, PubMed, Science Direct, Scopus and Web of Science databases, from manually and without restriction of date or language. In chapter 2, an immunomolecular study was performed by means of immunohistochemical evaluation, with antibodies to PCDH10, 5-methylcytosine (5-mC) and 5-hydroxymethylcytosine (5-hmC) in OSCC, OED and Normal Oral Mucosa (NOM). The immunoexpression analysis was performed quantitatively, counting the number of immunomarked cells and then categorized by the score of the percentage of immunomarked cells (0 to 3), and qualitatively through subjective assessment based on staining intensity (0 = absent; 1 = mild; 2 = moderate; 3 = intense). A histoscore was obtained and immunoexpression levels were categorized as negative (0), low (1 to 4), and high (histoscore 5 to 12). The methylation analysis of PCDH10 was performed using digested (HpaII and MspI) and undigested genomic DNA amplified in the real-time polymerase chain reaction system (RTPCR) in cases of OSCC, OED and NOM. Results: In SR, 41 articles were selected, of which 26 were used in the meta-analysis. The most studied PCDH in the literature were: PCDH10, PCDH17 and PCDH8, with an association between methylation and studied cancers of 26.08 (95%CI 15.42 – 44.13). In the immunomolecular study, a total of 48 cases (18 of CCEO, 20 of DEO and 10 of MON) were submitted to immunohistochemical analysis. Loss of PCDH10 membrane marking was observed in OSCC; low nuclear and cytoplasmic immunoexpression in OSCC, OED and NOM (p

Orientador: Ana Paula de Souza Pardo Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba Resumo: A associação entre inflamação e câncer vem sendo há tempo estudada, havendo atualmente fortes evidências que mostram o microambiente inflamatório como fator de risco para tumorigênese. Dentre os tipos de câncer mais frequentes, o câncer de boca ocupa a sexta colocação como maior causa de óbitos em todo o mundo. Os fatores que levam ao aparecimento do câncer oral são variados, entretanto existe dependência de um acúmulo de mutações as quais levam a alterações genéticas e epigenéticas das células afetadas, sendo que estas alterações influenciam diretamente no prognóstico da doença. Nos últimos anos, o estudo das alterações epigenéticas relacionadas aos diversos tipos de câncers vem se destacando, havendo marcadores epigenéticos já descritos para diferentes tipos de tumores. Dentre as alterações epigenéticas mais estudadas está a metilação do DNA que acontecem normalmente em regiões com grandes concentrações de citocina que precedem guanina (CpG). Estas regiões ricas em dinucleotídeos CpGs são denominadas ilhas CG. Ilhas CG são frequentes em regiões promotoras dos genes, sendo a metilação um mecanismo de controle do nível transcricional. Ilhas CGs metiladas na região promotora são esperadas em genes pouco expressos, podendo haver até mesmo o completo silenciamento da expressão do gene. No caso de genes supressores de tumor, pode provocar o aparecimento e o descontrole no crescimento tumoral. Assim, o objetivo deste estudo foi analisar o padrão de metilação do DNA em sequências LINE1 e nos genes supressores tumorais: SFRP1, SFRP2 e TP73, em amostras de gengiva coletadas de pacientes, pacientes com periodontite crônica e pacientes diagnosticados com carcioma espinocelular (CEC). A metilação do DNA foi analisada utilizando-se a metodologia COmbined Bisulfite Restriction Analysis (COBRA) em tecidos homogeneizados e microdissecados. A análise de expressão gênica dos genes foi realizada pela técnica qPCR amostras de tecido gengival e CEC. Os resultados obtidos pelas análises COBRA evidenciaram um desequilíbrio no estado de metilação todo DNA anto nos tecidos inflamados quanto nos tumorais. Entretanto, as regiões CpG analisadas não demonstraram estar diretamente relacionadas com o nível de expressão gênica. Adicionalmente, os resultados das análises da metilação global (LINE1) do tecido homogeneizado em comparação com as amostras microdissecadas indicam que os dados obtidos podem ser contraditórios aos reais podendo interferir no prognóstico do paciente. Esta contradição possivelmente se deve a contaminação do tecido tumoral por tecidos adjacentes a ele. As análises estatísticas dos resultados foram realizadas pelos testes Kruskall-Wallis e correlação de Pearson ao nível de significância de 5%. Alterações no padrão de metilação do DNA dos genes estudados são encontradas tanto em tecidos inflamados quanto em amostras de câncer bucal. A metodologia de escolha para análise destes tecidos pode influenciar nos resultados obtidos, gerando falsos negativos e consequentemente comprometendo o tratamento da doença Abstract: The association between inflammation and cancer has always been sought by researchers. Nowadays, there are evidences of the role of the inflammatory microenvironment in tumorigenesis. Among the most common types of cancer, oral cancer is the sixth type that causes more deaths worldwide. The factors that lead to the development of an oral cancer are varied, depending on an accumulation of mutations that lead to genetic and epigenetic alterations of the affected cells, and these changes directly influence the prognosis of the disease. In recent years epigenetic have been widely studied in this field of researchs, and several genes have been described as markers for different types of tumors. Among the most studied epigenetic changes there is the DNA methylation in areas with large concentrations of the cytokine that precedes guanine (CpG), these regions are called CpG islands. GpC islands are fairly common in the promoter regions of the genes, being the methylation a control mechanism of gene level transcripts and it can even silence the expression of a gene. In the case of tumor suppressor genes this silencing can lead to uncontrolled tumor growth. The aim of this study was to analyse the DNA methylation status of LINE1 sequences and specific genes (SFRP1, SFRP2 e TP73) from human tissue collected from gingival normal tissue from patients underwent aesthetic surgery, patients with cronic periodontitis and patients with oral squamous cell carcinoma (OSCC). The extracted DNA was analysed by Combined Bisulfite Restriction Analysis (COBRA) submitting the DNA to bisulfite conversion by MethylSEQrBisulfiteConversion Kit from homogenized and microdissected tissues. Through qPCR technique, samples from gingival tissue and OSCC were subjected to RNA expression analysis of candidate genes. The results of COBRA analysis of genes exhibited an imbalance in methylation state of inflamed and tumor tissues. However, the CpG regions analyzed have not shown to be directly related to the level of expression of these genes. The results of the analysis of the global methylation (LINE1) of the homogenized tissue compared with microdissected samples showed that the obtained data may be contradictory to the real one and may interfere in the prognosis of the patient. This inconsistency is probably due to contamination of tumor tissue by adjacent tissues. Statistical analysis of results was performed by Kruskal-Wallis test and Pearson correlation at the 5% confidence level. Changes in DNA methylation pattern of the genes studied are found in both inflamed tissues as oral cancer samples. The choice of methodology for the analysis of these tissues can influence results, and consequently generating false negative results affecting the treatment of disease Doutorado Histologia e Embriologia Doutora em Biologia Buco-Dental CNPQ 140522/2011-5

Background Adrenocortical carcinomas (ACC) are rare and aggressive cancer. Our previous study has revealed that the transcription factor 21, TCF21, is downregulated in ACC and regulates steroidogenic factor 1 (SF-1) binding to the SF-1 E-box promoter. In addition, it could be found that TCF21 is a predictor of overall survival (OS) in adult carcinomas. Methods In this study, it was investigated the correlation between TCF21 expression and the promoter methylation status in adrenocortical tumor cells, carcinomas and adenoma. The biological function and potential molecular mechanism of TCF21 restoration in migration and invasion of ACC cells was examined. Results We could be demonstrated a negative correlation between the level of TCF21 expression and methylation of its promoter in adenoma and carcinoma cells indicating the epigenetic control of TCF21 expression. It was also demonstrated that the expression of TCF21 inhibits migration and invasion in the ACC cell line, H295R cells, using plasmid transfection to express TCF21. Furthermore, it could be investigated the TCF21 function as tumor suppressor probably through Kisspeptin 1 (KISS-1) expression and epithelial–mesenchymal transition (EMT) reversion, as well as the modulation of several metalloproteinases in ACC cells. Conclusions Our results suggest that enhancement of TCF21 expression levels may be a potential strategy to revert invasive abilities in adrenocortical carcinomas.

Orientador: Marcelo Lima Ribeiro Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: A infecção por Helicobacter pylori e usualmente adquirida durante a infância e persiste durante toda a vida caso não seja tratada. A bactéria induz uma resposta inflamatória crônica, que esta associada com alterações hipergenéticas em oncogenes, genes supressores tumorais, e genes de reparo ao DNA. O Objetivo deste estudo foi avaliar a influencia da infecção por H. pylori no padrão de metilação de genes envolvidos na carcinogenese gástrica. O perfil de metilação de 106 genes foi caracterizado em biopsias provenientes de 5 pacientes adultos (1 Helicobacter pylori negativo, 3 com gastrite crônica infectados com linhagens de diferentes toxicidades e 1 com câncer gástrico) e em DNA proveniente de células epiteliais gástricas infectadas por H. pylori. Para estas analises foram utilizados o Promoter methylation array system, e o Gastric Cancer Methyl--Profiler DNA PCR Array. Os resultados destas análises mostraram que 20 % dos genes se encontravam metilados na amostra de câncer gástrico e 16 % dos genes na amostra de gastrite crônica, entretanto a analise comparativa entre estas amostras mostrou que compartilhavam 8,5 % dos genes metilados. A analise de metilação apos cocultura mostrou 12% dos genes metilados. Entre estes genes foram selecionados os seguintes: THBS1, HIC1, GATA--4, GATA--5 e MLH1 e MGMT, os quais foram avaliados em 239 amostras de biopsias gástricas, provenientes de 50 crianças e 97 adultos infetados ou não pela bactéria e de 92 adultos com câncer gástrico. O padrão de metilação foi avaliado por metilação PCR especifica (MSP--PCR). Os resultados obtidos neste trabalho mostraram que não houve metilação da região promotora de MLH1, MGMT e HIC1, nas amostras provenientes de crianças, independente do estado de infecção. Os maiores níveis de metilação entre as amostras oriundas de adultos com gastrite crônica infectados foram observados em GATA--4 e THBS1 (p

Myelodysplastic syndrome (MDS) is characterized by a heterogeneous group of hematopoietic progenitor cell clonal diseases, identified by insufficient bone marrow and increased apoptosis, which leads to inefficient hematopoiesis and cytopenia in the peripheral blood of one or more strains. The pathogenesis of MDS involves epigenetic, cytogenetic and / or gene mutations in up to 80% of cases and it is believed that these changes are due to DNA damage, after exposure to endogenous, exogenous / environmental, physical, chemical and biological agents, that cause genomic instability. The altered DNA methylation appears as a participant in the molecular pathophysiology of the disease, activating or inactivating the genes involved in growth, differentiation and apoptosis. The objectives of this study were to evaluate the global profile of DNA methylation and hydroxymethylation (5-methylcytokine and 5-hydroxymethylcytosine) in patients with myelodysplastic syndrome (MDS) and to correlate the levels of 5-hydroxymethylcytosine and 5-methylcytosine with the levels of expression of genes related to the cell cycle and mitotic spindle (AURKA, AURKB, MAD2, CDC20, TPX2), DNA repair (ATM, RAD51, LIG 4, BRCA1, BRCA2 XRCC5, XRCC6, XPA, XPC, XPG, CSA and CSB ) and polymerases with translesion activity (REV3L, REV1, POLI, POLH, POLL, POLK, POLQ, POLN and PCNA). 73 patients with MDS diagnosed at a tertiary referral hospital and 10 controls were evaluated. For the cytogenetic study, the karyotype exam was performed by G-Band and for the global DNA methylation analysis, immunohistochemistry of the global methylation markers 5-methylcytosine (5mC) and 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) was performed, in biopsy of marrow (BM). The scoring of marked bone marrow hematopoietic cells was performed and the association of global DNA methylation with the findings of chromosomal changes, clinical and laboratory variables, gene expressions and patient survival was made, looking for new biomarkers and / or possible targets treatments for MDS. We identified an increase in levels of 5mC in patients with altered karyotype (p = 0.022) and a decrease of 5hmC in patients older than 60 years (p = 0.044) with an increase in the 5mC / 5hmC ratio (p = 0.017). Comparing patients with MDS and healthy controls, we observed an increase in the ratio of 5mC / 5mC in the group with MDS (p = 0.039). Additionally, patients with MDS were divided into initial (SMD-CRDU, SMD-CRDM and SMD-SA) and advanced (SMD-EB 1 and 2) forms based on the 2016 WHO classification and we observed that the ratio of 5mC / 5hmC was higher in patients classified as advanced forms (p = 0.040). Regarding bone marrow cellularity, we found that patients with hypercellular marrow had an increase in the ratio of 5hmC / 5mC (p = 0.011). When carrying out gene expression correlations and global methylation levels, we found that the polymerase genes with traslesion activity (TLS) were found to have moderate correlations for the REV1 (p = 0.049), POLK (p = 0.036), POLQ ( p = 0.001) and PCNA (p = 0.020) where we found that when methylcytosine standards were high when expression was reduced. These results support the importance of the regulation of global DNA methylation as a participant in maintaining the genomic stability of hematopoietic stem cells, promoting a better understanding of the etiology, diagnostic and prognostic stratification of the Myelodysplastic Syndrome, demonstrating that deregulation in this process may be involved in the pathogenesis and evolution of the disease. A síndrome mielodisplásica (SMD) caracteriza-se por um grupo heterogêneo de doenças clonais da célula progenitora hematopoiética caracterizada por citopenias, displasias de uma ou mais linhagens celulares, hematopoese ineficaz e risco de progressão para leucemia mieloide aguda. A patogênese da SMD envolve alterações epigenéticas, citogenéticas e/ou mutações gênicas em até 80% dos casos e acredita-se que estas alterações sejam decorrentes de lesões no DNA, após exposição a agentes endógenos, exógenos/ambientais, físicos, químicos e biológicos, que causam instabilidade genômica. A metilação do DNA alterada aparece como participante na fisiopatologia molecular da doença, ativando ou inativando os genes envolvidos no crescimento, diferenciação e apoptose. Os objetivos desse estudo foram avaliar o perfil global de metilação e hidroximetilação do DNA (5-metilcitocina e 5-hidroximentilcitosina) em pacientes portadores de síndrome mielodisplásica (SMD) e correlacionar os níveis de 5-hidroximetilcitosina e 5-metilcitosina com os níveis de expressão gênica dos genes relacionados ao ciclo celular e fuso mitótico (AURKA, AURKB, MAD2, CDC20, TPX2), ao reparo do DNA (ATM, RAD51, LIG 4, BRCA1, BRCA2 XRCC5, XRCC6, XPA, XPC, XPG, CSA e CSB) e polimerases com atividade de translesão (REV3L, REV1, POLI, POLH, POLL, POLK, POLQ, POLN e PCNA). Foram avaliados 73 pacientes com SMD diagnosticados em hospital terciário de referência e 10 controles. Para o estudo citogenético foi realizado o exame de cariótipo por Banda-G e para a análise de metilação global do DNA foi feita a imuno-histoquímica dos marcadores de metilação global 5-metilcitosina (5mC) e 5-hidroximetilcitosina (5hmC), em biopsia de medula (BM). Foi realizada a avaliação de escore de células hematopoiéticas da medula óssea marcadas e feita a associação da metilação global do DNA com os achados de alterações cromossômicas, variáveis clínico-laboratoriais, expressões gênicas e à sobrevida dos pacientes, buscando novos biomarcadores e/ou possíveis alvos terapêuticos para a SMD. Identificamos aumento dos níveis de 5mC em pacientes com cariótipo alterado (p = 0,022) e uma diminuição de 5hmC em pacientes com mais de 60 anos (p = 0,044) com um aumento do ratio 5mC/5hmC (p = 0,017). Comparando pacientes com SMD e controles saudáveis, observamos um aumento do ratio de 5mC/5mC no grupo com SMD (p = 0,039). Adicionalmente, os pacientes com SMD foram divididos em formas inicial (SMD-DU, SMD-DM e SMD-SA) e avançada (SMD-EB 1 e 2) com base na classificação da OMS de 2016 e observamos que o ratio de 5mC/5hmC apresentou-se maior nos pacientes classificados nas formas avançadas (p = 0,040). Com relação a celularidade da medula óssea verificamos que pacientes com medula hipercelular apresentavam aumento do ratio de 5hmC/5mC (p=0.011). Ao realizar as correlações de expressão gênicas e os níveis de metilação global, verificamos que os genes das polimerases com atividade de traslesão(TLS) foram encontradas moderadas correlações para os genes REV1 (p = 0.049), POLK (p = 0.036), POLQ (p = 0.001) e PCNA (p=0.020) onde verificamos que quando os padrões de metilcitosina estavam altos quando a expressão apresentava-se diminuída. Estes resultados suportam a importância da regulação da metilação global do DNA como participante na manutenção da estabilidade genômica das células tronco hematopoiéticas promovendo um melhor entendimento da etiologia, estratificação diagnóstica e prognóstica da Síndrome Mielodisplásica, demostrando que a desregulação nesse processo pode estar envolvida na patogênese e evolução da doença.

O cuidado materno negligente, a falta de afeto e a dificuldade de interagir socialmente estao relacionadas com o desequilibrio neurofisiologico da ocitocina, neurormonio com papel importante de modulacao dos comportamentos sociais. Em seres humanos existem ligacoes conhecidas entre o estresse pre-natal e perinatal e transtornos psiquiatricos e de desenvolvimento. O objetivo deste estudo foi revisar o conceito de epigenetica com foco no efeito a longo prazo do cuidado materno negligente e sua relacao com alteracoes do sistema ocitocinergico baseado em estudos com animais e humanos. Uma revisao narrativa da literatura foi realizada entre junho/2017 e janeiro/2019 atraves da busca de estudos na base PUBMED, com foco nos resultados qualitativos das relacoes epigeneticas com a negligencia infantil, doencas psiquiatricas e sitema ocitocinergico. Os estudos referidos demonstram que o cuidado materno negligente e um fator de risco para o desenvolvimento de transtornos mentais, principalmente os que incluem sintomas de desordem social. A ocitocina, por ser um neurormonio que age como um potente mediador das interacoes sociais, confianca e controle da ansiedade, parece ter papel fundamental neste contexto. A notoria transgeracionalidade dos transtornos encontrados em proles de maes negligentes parece estar envolvida com mecanismos epigeneticos que inativam genes especificos do sistema ocitocinergico no sistema nervoso central. Palavras chaves: Comportamentos sociais; ocitocina; metilacao; transtornos mentais

Os cascudos são peixes pertencentes à família Loricariidae que apresentam distribuição em toda região Neotropical. Hypostomus ancistroides (Loricariidae: Hypostominae) é considerado um complexo de espécies crípticas, visto que diversos morfotipos já foram encontrados em diferentes bacias em toda sua área de distribuição, em especial na bacia do Alto rio Paraná. Este complexo de espécies possui representantes com variações relacionadas à morfologia e principalmente, à macroestrutura cariotípica. São observados polimorfismos quanto ao número diploide, fórmulas cariotípicas, localização de genes ribossomais e presença de sistemas cromossômicos sexuais. Uma população do rio Paranapanema, Hypostomus aff. ancistroides, apresenta características peculiares: número cromossômico reduzido, pequenas diferenças morfológicas, monofiletismo quando comparada às outras populações e ainda, a existência de um sistema cromossômico sexual simples único para o grupo, o que sugere tratar-se de um novo táxon. O objetivo deste trabalho foi investigar, sob uma abordagem evolutiva e utilizando ferramentas da genômica, as características que distinguem duas espécies do complexo de espécies crípticas “Hypostomus ancistroides” (Hypostomus aff. ancistroides e Hypostomys ancistroides). Os objetivos específicos foram identificar e comparar os genomas mitocondriais completos, os padrões de metilação de DNA e os satelitomas duas espécies, assim como validar e identificar fisicamente os DNAs satélites encontrados. Os genomas mitocondriais apresentaram organização semelhante aos dados disponíveis para peixes e vertebrados, entretanto, a região D-loop em H. ancistroides é composta por 321 pb a mais que H. aff. ancistroides. Além disso, a topologia da árvore filogenética utilizando os 13 genes codificadores de proteínas mostra localização em ramos diferentes das duas espécies, refletindo a diferenciação entre elas. Foram observadas diferenças no número de sequências repetitivas entre os satelitomas, sendo muitas destas exclusivas de cada espécie. Na hibridação com satDNAs, alguns hibridaram nas duas espécies e outros apresentaram-se como espécie- específicos. Não foram encontrados sítios em nenhum dos cromossomos sexuais, provavelmente por serem compostos em grande parte por eucromatina. Quanto ao padrão de metilação do DNA, H. ancistroides apresentou relação entre regiões compostas por heterocromatina e metiladas. Já indivíduos de H. aff. ancistroides, demonstraram marcações positivas por quase todos os cromossomos do complemento, com o macho apresentando padrão mais hipermetilado. Os cromossomos X e Y foram identificados como praticamente metilados, sugerindo inativação de genes. Com base em todos os dados apresentados, reforça-se que H. aff ancistroides é uma nova espécie do complexo, pois apresenta diferenças morfológicas, citogenéticas, moleculares, mitocondriais e genômicas em relação à H. ancistroides, sendo necessário ser formalmente descrita e nomeada como uma espécie taxonomicamente válida. Palavras-chave: Cascudo. DNA repetitivo. Evolução. Metilação. Mitogenoma. Satelitoma. Armoured catfishes are fish belonging to the Loricariidae family that are distributed throughout the Neotropical region. Hypostomus ancistroides (Loricariidae: Hypostominae) is considered a complex of cryptic species, since several morphotypes have already been found in different basins throughout their range, especially in the Upper Paraná River basin. This species complex has representatives with variations related to morphology and mainly, to the karyotype macrostructure. Polymorphisms are observed in terms of diploid number, karyotype formulas, location of ribosomal genes and presence of sex chromosome systems. A population of the Paranapanema river, Hypostomus aff. ancistroides, has peculiar characteristics: reduced chromosome number, small morphological differences, monophyletism when compared to other populations, and the existence of a simple sexual chromosome system unique to the group, which suggests that it is a new taxon. The aim of this work was to investigate, under an evolutionary approach and using genomic tools, the characteristics that distinguish two species from the cryptic species complex “Hypostomus ancistroides” (Hypostomus aff. ancistroides and Hypostomys ancistroides). The specific objectives were to identify and compare the complete mitochondrial genomes, the DNA methylation patterns and the two species satellites, as well as to validate and physically identify the satellite DNAs found. The mitochondrial genomes showed an organization similar to the available data for fish and vertebrates, however, the D-loop region in H. ancistroides is made up of 321 bp more than H. aff. ancistroides. In addition, the topology of the phylogenetic tree using the 13 protein-coding genes shows location in different branches of the two species, reflecting the differentiation between them. Differences in the number of repetitive sequences were observed between satellitomas, many of which are unique to each species. In the hybridization with satDNAs, some hybridized in the two species and others presented themselves as species-specific. No sites were found on any of the sex chromosomes, probably because they are largely composed of euchromatin. As for the DNA methylation pattern, H. ancistroides showed a relationship between heterochromatin and methylation regions. H. aff. ancistroides, showed positive markings on almost all complement chromosomes, with the male showing a more hypermethylated pattern. The X and Y chromosomes were identified as practically methylated, suggesting inactivation of genes. Based on all the data presented, it is reinforced that H. aff ancistroides is a new species of the complex, as it presents morphological, cytogenetic, molecular, mitochondrial and genomic differences in relation to H. ancistroides, being necessary to be formally described and named as a taxonomically valid species. Keywords: Armoured catfish. Evolution. Methylation. Mitogenome. Repetitive DNA. Satelitome.

Submitted by Leandro Dalolio Ramire (leandroramire@yahoo.com.br) on 2020-03-04T01:25:33Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Mestrado - Leandro Dalolio Ramire.pdf: 2343359 bytes, checksum: 5077754121c9feddb0cfa4caef50d26f (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2020-03-05T12:46:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ramire_ld_me_bot.pdf: 2343359 bytes, checksum: 5077754121c9feddb0cfa4caef50d26f (MD5) Made available in DSpace on 2020-03-05T12:46:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ramire_ld_me_bot.pdf: 2343359 bytes, checksum: 5077754121c9feddb0cfa4caef50d26f (MD5) Previous issue date: 2020-02-20 Os tumores do Sistema Nervoso Central (SNC), embora considerados raros, contribuem de forma significativa para a morbidade e mortalidade mundial. Dentre os tumores do SNC, o glioblastoma multiforme (GBM) apresenta o pior prognóstico, com altas taxas de proliferação, invasão e difícil excisão cirúrgica completa. Atualmente, os microRNAs (miRNAs) têm sido considerados importantes na gênese e progressão do câncer, uma vez que participam da regulação de diversos processos biológicos como o controle da proliferação, diferenciação celular e apoptose. O miR-34a é ativado por TP53 e atua no controle pós transcricional da expressão de genes envolvidos na proliferação celular. A sub-expressão do miR-34a já foi associada à progressão do câncer em vários tipos celulares. Esse microRNA pode ser silenciado tanto por mutações no TP53 ou deleção da região cromossômica 1p36 quanto por metilação na sua região promotora. Nesse contexto, esse estudo teve como objetivos definir o perfil de metilação da região promotora e a expressão relativa do miR-34a em amostras de glioblastoma multiforme, quando comparados com o tecido glial normal. A maioria dos casos (82.5%) exibiu subexpressão de miR-34a, contudo, poucos casos apresentaram metilação na região promotora da transcrição. 32 Concluímos que a metilação, em nosso estudo, parece não ser o principal mecanismo envolvido no silenciamento do miR-34a, mas sua significante sub-expressão sugere que esse microRNA representa ser um importante supressor tumoral, como potencial biomarcador no diagnóstico e prognóstico, além do potencial uso adjuvante como molécula terapêutica em GBM. Tumors of the Central Nervous System (CNS), although considered rare, contribute significantly to global morbidity and mortality. Among CNS tumors, glioblastoma multiforme (GBM) has the worst prognosis, with high rates of proliferation, invasion and difficult complete surgical excision. Currently, microRNAs (miRNAs) have been considered important in the genesis and progression of cancer, since they participate in the regulation of several biological processes such as the control of proliferation, cell differentiation and apoptosis. MiR-34a is activated by TP53 and acts in the post transcriptional control of the expression of genes involved in cell proliferation. The under-expression of miR-34a has already been associated with cancer progression in several cell types. This microRNA can be silenced either by mutations in TP53 or deletion of the chromosomal region 1p36 or by methylation in its promoter region. In this context, this study aimed to define the methylation profile of the promoter region and the relative expression of miR-34a in samples of glioblastoma multiforme, when compared with normal glial tissue. Most of the cases (82.5%) exhibited underexpression of miR-34a, however, few cases presented methylation in the transcription-promoting region. 32 We conclude that methylation, in our study, does not seem to be the main mechanism involved in the silencing of miR-34a, but its significant under-expression suggests that this microRNA represents an important tumor suppressor, as a potential biomarker in diagnosis and prognosis, in addition to potential adjuvant use as a therapeutic molecule in GBM.

Objective. Odontogenic keratocysts (OKCs) are cystic lesions of the jaw and tend to recur after treatment. Marsupialization is an effective preliminary treatment for large OKCs. This procedure induces epithelial lining changes in association with reduc- tion of Bcl-2 protein expression, but the underlying mechanisms remain unknown. The purpose of our study was to compare the methylation profile of the apoptosis-related genes of OKCs before and after marsupialization. Study Design. We assessed the methylation percentages of the promoter region of 22 apoptosis-related genes in 13 OKCs, both marsupialized and nonmarsupialized lesions, by using methylation quantitative polymerase chain reaction array. We validated the expression of genes that showed the greatest differences in methylation percentages between the 2 groups. Results. LTBR and BCLAF1 showed higher DNA methylation percentages in the marsupialized OKCs, but this difference did not affect gene expression ( P > .05). The other 20 genes showed similar DNA methylation in both OKC groups. Conclusions. OKCs show a distinct methylation profile after marsupialization, but this is not followed by gene expression alterations. (Oral Surg Oral Med Oral Pathol Oral Radiol 2017;124:483–489)

In child populations of the developing world, physical and cognitive development impairment are highly prevalent and are accompanied by altered small intestinal (SI) morphology. Such problems occur in an environment of malnutrition, a context where micronutrient deficiency plays a major role. Based on the above, the objective of this study was to investigate the effect of the deficiency of methyl donors (folate and choline) in vivo on the structure of the small intestine, verifying the impact of those nutrients on the intestinal stem cell (ISC) dynamics in vitro. We randomized pregnant dams to one of four different diets: control diet CD- and CD+; isocaloric methyl donor deficient diet, MDD- and MDD+. +/- means presence or absence of sulfamethoxazole in the formulation. We weaned pups to their dam's diet and measured growth, folate status and SI crypt morphology. Following the sacrifice, enteroids were cultured from the isolated intestinal crypt to assess ISC dynamics. Our results reveal a prominent reduction in weight and growth of the animals exposed to the MDD as well as significant increase of crypt depth in the jejunum and ileum segments of those animals. Such alterations were associated with significant reductions in serum folate and increase in red blood cell size mainly in animals exposed to a deficient antibiotic diet (MDD+). Enteroids from animals exposed to deficient diet showed reduced number of crypt domain and lower survival rate associated with reduced amount of EdU-tagged proliferative cells. PCR-arrray showed a significant increase of Atoh1 suggesting expansion of the pool of progenitors compromised with the secretory lineage. Reduction of the transcriptional of Lrig1, Ascl2 and Sox9, a subset of Wnt signaling target genes suggest that pathway is impaired. The impaired ISC function found in the enteroids from MDD- can be explained by the reduction of the quiescent ICS markers while Lgr5, the main marker for high cycling ICS, was intact. In comparison to the control, methylation of DNA in the ISC showed that enteroids cultivated in medium with low levels of methyl donors presented lower percentile of methylation of the genes involved in the production of intestinal mucin B4Galnt1 and Phospho1 in the 3'CGI, an epigenetic alteration associated to lower expression of those genes. From the above, we conclude that in the model used the deficiency of methyl donors is a sufficient causal condition to induce at the tissue level intestinal histological alterations associated with weight and growth impairment. At the cellular level, such alterations are related to impaired ISC function, also altering the cellular composition in the crypt-villus axis with greater predominance of the secretory progenitor lineage. At the molecular level the alterations found were related to the reduction of DNA methylation in genes involved with mucin production. In general, all the changes found harmonize with the well-delineated role of folate and other methyl donors as essential cofactors for synthesis, maturation and methylation of DNA. Em populações infantis de países em desenvolvimento a alta prevalência de déficit de desenvolvimento físico e cognitivo são associadas com alterações histológicas encontradas no intestino delgado. Tais problemas estão inseridos num ambiente de desnutrição, onde a deficiência de micronutrientes desempenha grande relevância. Com base no exposto o presente trabalho teve por objetivo investigar o efeito da deficiência de doadores de metil in vivo sobre a microestrutura do intestino delgado, verificando como estes afetam a dinâmica da célula tronco intestinal (CTI) in vitro. Camundongos grávidas foram randomizadas em grupos que foram expostos a uma das quatro diferentes dietas: dietas controle CD- e CD+; dietas isocalóricas deficiente em doadores, MDD- e MDD+. +/- indica presença/ausência de sulfametoxazol na formulação. Os filhotes foram amamentados pelas respectivas mães e registrou-se consumo de alimentos, peso, crescimento, folato sérico e morfologia da cripta intestinal. Após sacrifício, cultivou-se enteróides a partir da cripta intestinal isolada. Resultados revelaram proeminente redução de peso e crescimento dos animais expostos a dieta deficiente de doadores metil (MDD+ e MDD-) em relação aos controle (p

Submitted by Carolina Miziara Nogueira (carolina.nogueira@unesp.br) on 2019-12-16T19:52:55Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Carol Mestrado ULTIMO.pdf: 2006918 bytes, checksum: 55ab64263b1b51326243b24f4cd1ce70 (MD5) Approved for entry into archive by Laudicélia Martins Arantes (lm.arantes@unesp.br) on 2019-12-17T12:57:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 miziara_c_me_jabo.pdf: 2013812 bytes, checksum: fa93cc85c744bd8edfe9faac97cef67f (MD5) Made available in DSpace on 2019-12-17T12:57:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 miziara_c_me_jabo.pdf: 2013812 bytes, checksum: fa93cc85c744bd8edfe9faac97cef67f (MD5) Previous issue date: 2019-10-14 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) As tecnologias de reprodução assistida ou ARTs (“Assisted Reproductive Technology”) são amplamente utilizadas na reprodução humana e animal. Para estes procedimentos, gametas e embriões são expostos a um ambiente artificial que mimetiza o trato reprodutivo. Um dos fatores mais discrepantes neste contexto é a atmosfera gasosa, visto que in vivo a concentração de O2 encontrada no trato reprodutivo é menor do que a utilizada no ambiente in vitro, sendo comumente utilizada a concentração de 20% de oxigênio neste sistema artificial. Altas concentrações deste gás provocam estresse oxidativo e aumento das concentrações de espécies reativas de oxigênio (EROs) e, consequente maior proporção de células apoptóticas em oócitos e embriões. Entretanto, pouco se sabe sobre as consequências da mudança de atmosfera gasosa durante as fases iniciais da produção in vitro de embriões e as possíveis consequências no remodelamento epigenético. Para validar a hipótese de que diferentes concentrações de oxigênio durante a maturação e a fecundação in vitro modulam a transcrição de genes envolvidos no estresse oxidativo e modeladores epigenéticos em oócitos, células do cumulus e embriões bovinos. Além disso, o estresse oxidativo gerado nos embriões exerce efeito sobre os níveis globais de metilação do DNA e marcas de histonas, cinco experimentos foram realizados com objetivo de investigar o papel da atmosfera gasosa nos passos iniciais da produção in vitro de embriões bovinos. Para diferenciar os efeitos da tensão de oxigênio nas etapas iniciais da PIVE o desenvolvimento embrionário foi analisado, testando a tensão de oxigênio atmosférica (20% O2) e a baixa tensão de oxigênio (5% O2) na maturação e fecundação in vitro de embriões bovinos. Os grupos formados foram: baixa tensão de O2 na maturação e fecundação in vitro (M5F5), baixa tensão de O2 na maturação e alta tensão na fecundação in vitro (M5F20), alta tensão de O2 na maturação e fecundação in vitro (M20F20) e alta tensão de O2 na maturação e baixa tensão na fecundação in vitro (M20F5). No primeiro experimento, analisou-se o efeito da tensão de oxigênio na maturação in vitro por meio da análise da metáfase II, quantificação da concentração intracelular de EROs e glutationa reduzida (GSH), assim como expressão de mRNAs relacionados a vias de resposta ao estresse oxidativo e remodelamento epigenético em oócitos e células do cumulus. Os resultados iniciais indicaram que oócitos maturados em alta e baixa tensão de O2 não apresentam diferença na maturação nuclear. Oócitos maturados em alta tensão de O2 geram maior concentração de EROs e GSH comparado ao ambiente de baixa tensão de oxigênio. As células do cumulus de oócitos submetidos a alta tensão de oxigênio na maturação in vitro, apresentaram níveis de transcritos maiores para o gene SOD1 relacionado a via de resposta ao estresse oxidativo celular. No segundo experimento, analisou-se o efeito da tensão de oxigênio na fecundação in vitro por meio da análise da taxa de fecundação. A partir dos dados obtidos neste experimento, foi constatado que zigotos expostos a um ambiente de baixa tensão de O2 na FIV não resultam em maior taxa de polispermia. Todos os presumíveis zigotos foram cultivados em baixa tensão de oxigênio até atingirem o estágio de blastocisto. No terceiro experimento, avaliou-se o efeito da tensão de oxigênio na maturação e fecundação in vitro e sua influência no desenvolvimento embrionário. Na taxa de blastocisto, quando houve interação entre ambos os fatores (tensão de oxigênio na MIV e FIV) (one way ANOVA, p≥0.05), a produção de embriões demonstrou que o grupo M20F20 apresentou uma maior produção (50.63 ± 4.55) em relação aos grupos M20F5 (29.66 ± 2.81), M5F5 (32.00 ± 3.27) e M5F20 (31.88 ± 3.99). No entanto, na análise dos efeitos dos fatores (two way ANOVA, p≤0.05), a alta tensão de oxigênio mostrou um efeito benéfico na MIV e FIV através das taxas de desenvolvimento. Na análise de expressão gênica dos blastocistos não houve interação (p>0.05), de modo que os efeitos principais de MIV (p 0.05), so that the main effects of IVM (p

A Transferência Nuclear de Células Somáticas (TNCS-Clonagem) é uma técnica que se baseia na produção de indivíduos geneticamente idênticos. A TNCS possui potencial aplicação em várias áreas, como na transgênese, na preservação de animais em extinção, na produção animal, nas ciências básicas e na medicina humana. No entanto, sua eficiência ainda é baixa. As taxas de nascimento variam em torno de 0 a 10%. Estudos sugerem que a principal causa dessa baixa eficiência da técnica seja uma reprogramação epigenética inadequada nos estágios iniciais do desenvolvimento. Os genes IGF2 e H19 são genes imprinted, ou seja, caracterizados pela expressão monoalélica e dependente da origem parental do alelo. Esses genes estão relacionados ao desenvolvimento embrionário, da placenta e crescimento fetal. O objetivo desse trabalho foi caracterizar o padrão de metilação de uma região do éxon 10 do gene IGF2 e da Região Controladora de Imprinting (ICR) do gene H19 na placenta de animais clonados. Para a execução do trabalho foram selecionados clones bovinos fêmeas e machos, apresentando diferentes fenótipos. O DNA da placenta desses animais foi extraído, e em seguida foi tratado com bissulfito de sódio e amplificado para os loci ICR/H19 e IGF2. Os produtos da PCR foram clonados em bactérias competentes e por fim sequenciados. Foi encontrada uma diferença significativa entre os controles e os clones com fenótipos saudáveis para a região da ICR/H19. Nesta região, os controles tiveram um padrão hemimetilado, como previsto pela literatura, devido essa região ser imprinted. Enquanto os clones encontravam-se menos metilados. Para a região do éxon 10 do IGF2, não foi encontrada diferença significativa entre controles e clones, e entre clones com fenótipos aberrantes e saudáveis. Estes resultados sugerem que as diferentes regiões do genoma podem se reprogramar independente umas das outras e que falhas na reprogramação do padrão de metilação do DNA de genes imprinted podem ser uma das causas da baixa eficiência da TNCS. Somatic Cell Nuclear Transfer (SCNT- Cloning) is a technique that is based on the production of genetically identical individuals. SCNT has potential application in several areas, such as transgenesis, preservation of endangered animals, animal production, basic sciences and human medicine. However, its efficiency is still low. Birth rates range from 0 to 10%. Studies suggest that the main cause of this low efficiency of the technique is an inadequate epigenetic reprogramming in the early stages of development. IGF2 and H19 genes are imprinted genes that are characterized by monoallelic expression and dependent on the allele's parental origin. These genes are related to embryonic development, placenta and fetal growth. The objective of this study was to characterize the methylation pattern of an exon 10 region of the IGF2 gene and the H19 gene Imprinting Control Region (ICR) in the placenta of cloned animals. For this study female and male cloned calves presenting different phenotypes were used. Genomic DNA from placenta of these animals was isolated, then treated with sodium bisulfite and amplified to the ICR/H19 and IGF2 loci. PCR products were cloned into competent bacteria and finally sequenced. A significant difference was found between controls and clones with healthy phenotypes for the ICR/H19 region. In this region controls showed a hemimethylated pattern, as predicted in the literature due to this region has an imprinted control, while clones were showed less methylated. For the IGF2, no significant differences were found between controls and clones, and between clones with aberrant and healthy phenotypes. These results suggest that different genomic regions in the genome may be independently reprogrammed and that failures in reprogramming the DNA methylation patterns of imprinted genes may be one of the causes of the low efficiency of SCNT. Dissertação (Mestrado)

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior A clonagem via transferência nuclear de células somáticas (TNCS) é uma biotécnica de reprodução assistida em uso comercial, com várias aplicações. Ainda assim é uma técnica de baixa eficiência, possivelmente em consequência do perfil epigenético do genoma somático da célula doadora de núcleo, o que dificulta a reprogramação correta após a transferência nuclear. A memória epigenética da célula diferenciada resulta em alterações na expressão de genes importantes durante o desenvolvimento embrionário. Nesse estudo, analisamos o perfil de metilação do DNA e de expressão gênica de fibroblastos bovinos cultivados in vitro com drogas desmetilantes de DNA, S-Adenosil-L-Homocisteína e procaína. Com relação ao perfil epigenético, foram quantificados os níveis globais de metilação do DNA, bem como os níveis de metilação em uma região de DNA repetitivo. Além disso, foram produzidos embriões e avaliados os níveis de metilação destes para duas regiões repetitivas satélites. Quanto ao perfil de expressão gênica, determinamos os níveis de mRNA para os genes DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2, TET3 e OCT4, os quais estão relacionados à reprogramação da metilação do DNA e estado de pluripotência. Células tratadas com as substâncias desmetilantes apresentaram níveis menores de metilação do DNA, tanto a nível global quanto para a região satélite I. Os embriões clones produzidos a partir de células tratadas apresentaram menores níveis de metilação em relação aos embriões controles para a região Satelite I. Quanto ao perfil transcricional, verificamos que células tratadas com SAH+procaína, apresentaram redução geral nos níveis de DNMTs. Por outro lado, para a enzima TET3 foi observado maior nível de transcritos em comparação ao controle. Nossos resultados mostraram que o uso desses agentes desmetilantes em células doadoras de núcleo foi capaz de alterar os níveis de metilação do DNA, além de alterar o perfil transcricional dos genes envolvidos na maquinaria epigenética. Portanto, sugere-se que o uso dessas substâncias possa contribuir para que o ovócito consiga reprogramar o núcleo doador de uma forma mais eficiente após a transferência nuclear. Assim, sugerimos que o uso de agentes moduladores de cromatina nos protocolos de cultivo celular para uso na clonagem por transferência nuclear possa contribuir para melhorar a eficiência da técnica. Somatic cell nuclear transfer (SCNT) is a commercially available technique of assisted reproductive technology with broad applications. It is still a low-efficiency technique, possibly as a consequence of the epigenetic profile of the somatic genome of the donor cell, which carries characteristic marks of differentiated cells, which hampers correct reprogramming after nuclear transfer. This differentiated cell memory leads to changes in DNA methylation patterns as well as changes in the gene expression profile of important genes during embryonic development. In this study, we analyzed the DNA methylation and gene expression profile of bovine fibroblasts cultured in vitro with DNA toxicity drugs of low toxicity, SAH and procaine. Regarding the epigenetic profile, the global levels of DNA methylation were quantified as well as the levels of methylation in a satellite repetitive region of the treated cells. In addition, embryos were produced and their methylation levels were evaluated for two repetitive satellite regions. Regarding the gene expression profile, we determined the mRNA levels for the DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2, TET3 and OCT4 genes, which are related to the reprogramming of DNA methylation and pluripotency state. Cells treated with DNA demethylating substances showed lower levels of DNA methylation, both globally and in the satellite region. The embryonic clones produced from treated cells had lower levels of methylation compared to control embryos for the Satelite I region. Regarding the transcriptional profile, we observed that in cells treated with SAH + procaine, they presented a general reduction in the levels of DNMTs. On the other hand, for the TET3 enzyme, a higher level of transcripts was observed in comparison to the control. Our results showed that the use of demethylating agents in nucleating donor cells is capable of altering their epigenetic profile, in order to modify at the transcriptional level the production of enzymes related to methylation, which can lead the cell to a state of less differentiation. We have discussed, in this research study, the use of chromatin modulating agents as a perspective for use in cloning, medical research in cancer and other diseases. Tese (Doutorado)

Made available in DSpace on 2019-10-31T18:13:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PerfilEpigeneticoETranscricional.pdf: 2945964 bytes, checksum: 078b8cb08bb2226c0f3a664f1636a3a2 (MD5) Previous issue date: 2019 Tese (Doutorado em Genética e Bioquímica) - Universidade Federal de Uberlândia, MG. Orientador: Maurício Machaim Franco, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.

Background: Psychiatric symptomatology during late childhood and early adolescence tends to persist later in life. In the present longitudinal study, we aimed to identify changes in genome-wide DNA methylation patterns that were associated with the emergence of psychopathology in youths from the Brazilian High-Risk Cohort (HRC) for psychiatric disorders. Moreover, for the differentially methylated genes, we verified whether differences in DNA methylation corresponded to differences in mRNA transcript levels by analyzing the gene expression levels in the blood and by correlating the variation of DNA methylation values with the variation of mRNA levels of the same individuals. Finally, we examined whether the variations in DNA methylation and mRNA levels were correlated with psychopathology measurements over time. Methods: We selected 24 youths from the HRC who presented with an increase in dimensional psychopathology at a 3-year follow-up as measured by the Child Behavior Checklist (CBCL). The DNA methylation and gene expression data were compared in peripheral blood samples (n = 48) obtained from the 24 youths before and after developing psychopathology. We implemented a methodological framework to reduce the effect of chronological age on DNA methylation using an independent population of 140 youths and the effect of puberty using data from the literature. Results: We identified 663 differentially methylated positions (DMPs) and 90 differentially methylated regions (DMRs) associated with the emergence of psychopathology. We observed that 15 DMPs were mapped to genes that were differentially expressed in the blood; among these, we found a correlation between the DNA methylation and mRNA levels of RB1CC1 and a correlation between the CBCL and mRNA levels of KMT2E. Of the DMRs, three genes were differentially expressed: ASCL2, which is involved in neurogenesis; HLA-E, which is mapped to the MHC loci; and RPS6KB1, the gene expression of which was correlated with an increase in the CBCL between the time points. Conclusions: We observed that changes in DNA methylation and, consequently, in gene expression in the peripheral blood occurred concurrently with the emergence of dimensional psychopathology in youths. Therefore, epigenomic modulations might be involved in the regulation of an individual’s development of psychopathology.

Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas. CIPHARMA, Escola de Farmácia, Universidade Federal de Ouro Preto. Inicialmente foi realizado um estudo descritivo da positividade da esquistossomose mansônica, por meio de exames parasitológicos de fezes, realizados utilizando o método de Kato-Katz, no período de 2011 a 2015 no município de Mariana, Minas Gerais, Brasil. As áreas endêmicas foram localizadas por meio de mapas de distribuição. Concluiu-se que a maioria dos indivíduos infectados tinha entre 16 e 30 anos de idade; e crianças e adolescentes de 0 a 15 anos representam uma parte importante desse cenário. A maioria das pessoas infectadas apresentou uma baixa carga parasitária refletida pelo número predominante, de 0 e 4 ovos, encontrados nos exames realizados utilizando a técnica de Kato-Katz. Paralelamente, padronizou-se a metodologia de extração de miRNAs a partir de sangue, soro ou plasma de camundongos experimentalmente infectados com 100 cercárias de S. mansoni. Posteriormente o sangue total e o soro de 30 indivíduos infectados com S. mansoni e 30 não infectados, pertencentes a distritos do Município de Mariana, Minas Gerais, foram utilizados para a extração de miRNAs. Apesar de até o momento não temos uma visão consolidada do perfil de miRNA em indivíduos infectados, na esquistosomose murina detectou-se um enriquecimento dos seguintes miRNAs: Bantan, miR-2c-3p e miR190 nas amostras sequenciadas, independente do tempo e tratamento da infecção nas amostras. Nesse trabalho foi investigado se a metilação do DNA hepático, no modelo de esquistossome murina seria alterado em resposta à infecção por S. mansoni. Para investigar essa hipótese, foi avaliado: (i) a expressão dos genes DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2 e TET3 (ii) o conteúdo global de metilação e (iii) se haveria correlação entre número de ovos presente no fígado e a expressão dos genes que codificam as enzimas que metilam e desmetilam o DNA. Foi observado um aumento de expressão das enzimas TET1, TET2 e TET3 em resposta à infecção por S. mansoni e na expressão das enzimas envolvidas na metilação de novo do DNA, que não apresentou correlação direta com o conteúdo global de metilação do DNA hepático. Verificou-se que a interferência epigenética ocorreu e tem particular relevância no contexto da expressão gênica e da manifestação fenotípica. Investigações adicionais explorando como as interações modulam os mecanismos de de regulação da expressão gênica ao nível epigenético no parasita, podem revelar novas estratégias dirigidas para o controle da esquistossomose. Initially, a descriptive study of the positivity of schistosomiasis mansonica was carried out through parasitological stool examinations performed using the Kato-Katz method from 2011 to 2015 in the municipality of Mariana, Minas Gerais, Brazil. The endemic areas were located through distribution maps. It was concluded that most infected individuals are between 16 and 30 years old; and children and adolescents from 0 to 15 years old represent an important part of this scenario. Most infected people had a low parasitic load reflected by the predominant number of 0 and 4 eggs found in the examinations performed using the Kato-Katz technique. At the same time, we standardized the methodology for miRNA extraction from blood, serum or plasma using mice experimentally infected with 100 S. mansoni cercariae. Subsequently, whole blood and serum from 30 individuals infected with S. mansoni and 30 uninfected, belonging to districts of Mariana, Minas Gerais, were used for the extraction of miRNAs. Although so far we have no consolidated view of the miRNA profile in infected individuals, murine schistosomiasis has revealed an enrichment of the following miRNAs: bantan, miR-2c-3p and miR190 in sequenced samples, regardless of time and treatment of infection. in the samples. In this work we investigated whether liver DNA methylation in the murine schistosome model would be altered in response to S. mansoni infection. To investigate this hypothesis, it was evaluated: (i) the expression of the genes DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2 and TET3 (ii) the global methylation content and (iii) if there would be correlation between number of eggs present in the liver and expression of the genes that encode the enzymes that methylate and demethylate DNA. Increased expression of TET1, TET2 and TET3 enzymes was observed in response to S. mansoni infection and expression of the enzymes involved in de novo DNA methylation, which did not correlate directly with the overall hepatic DNA methylation content. Epigenetic interference has been found to have particular relevance in the context of gene expression and phenotypic manifestation. Further investigations exploring how host-parasite interactions modulate gene expression regulation mechanisms at the parasite epigenetic level may reveal new strategies aimed at controlling schistosomiasis.

Man ages at a constant chronological rate while their biological aging rate is extremely variable. Interventions to improve, or to slow the rate of biological aging are the subject of several research. The broad spectrum of molecules and its intricate role from the biological point of view and its relation with environmental factors are being investigated. Recently, researchers have been putting its efforts to understand the epigenetic mechanisms and how it can interfere with alterations in gene expression that leads to predisposition and, or pathological outcome. Some of these investigations have shed light about how one can determine the biological age from a simple blood sample, just by detecting the epigenetic alterations on only three CpGs sites with a reasonable certainty. Also, the enzymes inhibitors that can interfere with methylation and demethylation were effective to reverse the epigenetic mechanisms. Other studies have shown how the environmental changes since from early life can affect these alterations on the epigenome. Taking all together, some biomolecular markers are already available to determine the genetic background of an individual and this information can be used to guide the lifestyle in order to prevent some future diseases development and/or improve the quality of later life. El hombre envejece a una tasa cronológica constante, mientras que su tasa de envejecimiento biológico es extremadamente variable. Las intervenciones para mejorar o disminuir la tasa de envejecimiento biológico son objeto de várias investigaciones. Se está investigando el amplio espectro de moléculas y su intrincado papel desde el punto de vista biológico y su relación con los factores ambientales. Recientemente, los investigadores han estado poniendo sus esfuerzos para comprender los mecanismos epigenéticos y cómo puede interferir con las alteraciones en la expresión génica que conducen a la predisposición y/o al resultado patológico. Algunas de estas investigaciones han arrojado luz sobre cómo se puede determinar la edad biológica a partir de una muestra de sangre simple, simplemente detectando las alteraciones epigenéticas en solo tres sitios CpG con una certeza razonable. Además, los inhibidores de enzimas que pueden interferir con la metilación y la desmetilación fueron efectivos para revertir los mecanismos epigenéticos. Otros estudios han demostrado cómo los cambios ambientales desde la vida temprana pueden afectar estas alteraciones en el epigenoma. En conjunto, algunos marcadores biomoleculares ya están disponibles para determinar el origen genético de un individuo y esta información se puede utilizar para guiar el estilo de vida a fin de prevenir el desarrollo de enfermedades futuras y / o mejorar la calidad de la vida posterior. O homem envelhece a uma taxa cronológica constante, enquanto a taxa de envelhecimento biológico é extremamente variável. Intervenções para melhorar ou reduzir a taxa de envelhecimento biológico tem sido objeto de várias pesquisas. O amplo espectro de moléculas e suas complexas funções biológicas, bem como sua relação com os fatores ambientais tem sido investigado e os pesquisadores tem se dedicado a compreensão dos mecanismos epigenéticos e como podem interferir nas alterações de expressão gênica que leva a predisposição ou a um desfecho patológico. Algumas dessas investigações identificou como podemos determinar a idade biológica a partir de uma simples amostra de sangue, por meio da detecção de alterações epigenéticas em somente três ilhas CpGs com ampla margem de segurança. Igualmente, os inibidores das enzimas que atuam nos processos de metilação e desmetilação foram eficazes na reversão dos mecanismos epigenéticos. Outros estudos mostraram como as alterações ambientais, desde o início da vida, podem afetar o epigenome. Resumindo, alguns marcadores moleculares para determinar o perfil genético de um indivíduo já estão disponíveis e esta informação poderá ser usada para orientar o estilo de vida visando a prevenção e/ou desenvolvimento de futuras doenças melhorando a qualidade de vida do ser humano na idade mais avançada.

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico A maioria dos tumores mamários caninos são malignos, fazendo com que o animal venha a óbito. Um dos fatores envolvidos nessa patogênese é a alteração no nível de expressão do gene P21, que codifica uma proteína que pode inibir a iniciação e a progressão tumoral. Um evento que pode afetar o nível celular da proteína p21 e o perfil de metilação desse gene, podendo ocasionar um silenciamento gênico ou uma superexpressão dele. Considerando a importância funcional desse gene, este estudo tem o objetivo de avaliar o perfil de metilação e expressão do gene P21 em tumores mamários de cadelas do estado do Pará, com o intuito de identificar marcadores moleculares de diagnóstico precoce, sobrevida e prognóstico. Para isso, 83 amos-tras de tecidos tumoral e não tumoral foram coletadas no Hospital Universitário Mário Dias Teixeira, em Belém. O DNA e RNA de cada amostra foram extraídos utilizando kits específi-cos. Para as análises de metilação, o DNA obtido foi submetido ao processo de modificação, com posterior técnica de Bisulfite Sequencing PCR, utilizando iniciadores específicos para re-gião e posterior visualização em gel de agarose 2%. Os resultados do sequenciamento foram analisados no software BiQ Analyzer a fim de avaliar o padrão de metilação. Para análise de expressão gênica, foi realizada a quantificação do mRNA do gene-alvo utilizando a técnica de PCR em tempo real, utilizando como controles constitutivos os genes GAPDH e HPRT1. Com análise estatística feita por meio dos testes Exato de Fisher, Odds Ratio e Mann-Whitney no programa GraphPad Prism, considerando os resultados significativos quando p ≤0.05, com in-tervalo de confiança 95%. Para avaliação do perfil de metilação, foi realizada a caracterização das ilhas CpGs do gene P21, sendo que a ilha 1 está localizada em um íntron e possui 34 sítios CGs, enquanto que a ilha 2 foi identificada no éxon 2, com 22 sítios CGs. Na ilha 1 não foi detectada metilação, enquanto que a ilha 2 estava metilada, contudo o perfil de metilação não foi diferente entre as amostras tumorais, não tumorais e controles, não sendo possível correla-cionar os valores de metilação com os dados clínicos e de expressão. Os níveis de expressão das amostras tumorais foram baixos quando comparados com as amostras não tumorais e con-trole, demostrando que o papel de p21 nesses tumores pode se apresentar alterado. No entanto, nenhuma correlação estatisticamente significativa foi observada entre a expressão e os dados clínicos e histopatológicos dos pacientes. Apesar disso, foi observada uma expressão reduzida em animais com sobrevida >1 ano de idade, e uma expressão elevada em animais com sobrevida < 1 ano de idade, sugerindo a influência de p21 como um marcador de prognóstico. Ainda são necessários estudos mais detalhados do gene P21 para verificar se essas alterações poderão ser utilizadas como marcadores moleculares, e assim colaborar no prognóstico e detecção do câncer na espécie. The most of canine mammary tumors are malignant and associated with the animal death. One of the factors involved in this pathogenesis is the change in the expression level of the gene P21, which in turn encodes a protein that can inhibit tumor initiation and tumor progression. The methylation profile of gene can affect the cellular level of p21 and lead gene silencing or overexpression. Whereas the functional importance of the P21 gene, this study aimed to evalu-ate the methylation profile and expression in mammary tumors of dogs, in order to identify molecular markers of early diagnosis, survival and prognosis. Therefore, 83 tumor and non-tumor tissue samples were collected from dogs, undergoing surgery at the Veterinary Hospital "Mário Dias Teixeira”, in Belém -Pará. the DNA and RNA from each sample were submitted to extraction using a commercial kit. For the methylation analyzes, the obtained DNA was sub-mitted to the modification process, with a subsequent technique of Bisulfite Sequencing PCR, using region-specific primers and subsequent visualization in 2% agarose gel. The sequencing results were analyzed in BiQ Analyzer software in order to evaluate the methylation pattern. For gene expression analysis, the target gene mRNA was quantified using the real-time PCR technique using the GAPDH and HPRT1 genes as constitutive controls. Statistical data was performed using the Fisher Exact, Odds Ratio and Mann-Whitney tests in the GraphPad Prism program, considering the significant results when p ≤0.05, with a 95% confidence inter-val. In order to evaluate the methylation profile, the CpG islands of the P21 gene were characterized. The island 1 is located in an intron with 34 CGs, while an island 2 was identified in the exon, with 22 CGs. Both amplified generating a fragment of ~ 300bp. At island 1 no methylation was detected, whereas island 2 was methylated, but the island methylation profile was not different between the tumor, non-tumor and control samples. With these results was impossible compare the methylation values with clinical and expression data, suggesting that these regions are not altered. The expression levels of the tumor samples were low when compared to the non-tumor samples and control, with p (0.0001), show that the role of p21 in these tumors may be altered but not statistically significant when correlated with clinical histopathological data of patients. However, a reduced expression in the survival of animals> 1 year of age was observed, and a high expression in animals with survival

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2018 Submitted by Sofia Amador (sofiamador@fm.ul.pt) on 2020-02-18T13:36:37Z No. of bitstreams: 1 BarbaraSaraiva.pdf: 2184899 bytes, checksum: 5a2029c58c54155091232c2f959fe8d6 (MD5) Made available in DSpace on 2020-02-18T14:52:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 BarbaraSaraiva.pdf: 2184899 bytes, checksum: 5a2029c58c54155091232c2f959fe8d6 (MD5) Previous issue date: 2018

Background: Aberrant methylation is a frequent event in oral cancer. Methods: In order to better characterize these alterations, a search for genes downregulated by aberrant methylation in oral squamous cell carcinoma (OSCC) was conducted through the mining of ORESTES dataset. Findings were further validated in OSCC cell lines and patients? samples and confirmed using TCGA data. Differentially expressed genes were identified in ORESTES libraries and validated in vitro using RT-PCR in HNSCC cell-lines and OSCC tumor samples. Further confirmation of these results was performed using mRNA expression and methylation data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) data. Results: From the set of genes selected for validation, CA3 and FHL1 were downregulated in 60% (12/20) and 75% (15/20) of OSCC samples, respectively, and in HNSCC cell lines. The treatment of cell lines JHU-13 and FaDu with the demethylating agent 5'-aza-dC was efficient in restoring CA3 and FHL1 expression. TCGA expression and methylation data on OSCC confirms the downregulation of these genes in OSCC samples and also suggests that expression of CA3 and FHL1 is probably regulated by methylation. The downregulation of CA3 and FHL1 observed in silico was validated in HNSCC cell lines and OSCC samples, showing the feasibility of integrating different datasets to select differentially expressed genes in silico. Conclusions: These results showed that the downregulation of CA3 and FHL1 data observed in the ORESTES libraries was validated in HNSCC cell lines and OSCC samples and in a large cohort of samples from the TCGA database. Moreover, it suggests that expression of CA3 and FHL1 could probably be regulated by methylation having an important role the oral carcinogenesis. Made available in DSpace on 2020-01-07T18:10:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 APInVitroFelipe.pdf: 1315888 bytes, checksum: ea33d6217f7d184bc536baa3eee21e68 (MD5) Previous issue date: 2018 Article number: 193.

Tese de mestrado, Biologia Molecular e Genética, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2018 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2019-01-30T11:43:50Z No. of bitstreams: 1 ulfc124858_tm_Laura_Domingues.pdf: 1320232 bytes, checksum: 96b7b1262e91903fa572b021365368ef (MD5) Made available in DSpace on 2019-01-30T11:43:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc124858_tm_Laura_Domingues.pdf: 1320232 bytes, checksum: 96b7b1262e91903fa572b021365368ef (MD5) Previous issue date: 2018

Study 1 aimed to produce a methylation profile in genome in both populations, and to identify differential epigenetic signatures between high motility (HM) and low motility (LM) sperm. Study 2 aimed to characterize the metabolic pathways associated to early lactation in Holstein cows using RNA-seq data obtained from subcutaneous fat tissue samples collected at three time points: at 2 (T0), 30 (T1) and 90 (T3) days postpartum. In study 1, we explored the methylation of cytosine-guanine dinucleotides (CpGs) in HM and LM sperm populations in Bos taurus separated by Percoll. Methylation patterns of high and low motility sperm were investigated by bisulphite sequencing. The comparison between the populations of HM and LM sperm revealed that the variation of methylation affects the genes involved in the organization of chromatin and that methylation occurred in genes associated with the remodeling of the DNA structure, as well as in a repetitive element BTSAT4 in pericentromeric regions. Thus, it is suggested that the maintenance of chromosome structure through epigenetic regulation is crucial for the correct functionality of sperm. For study 2, total RNA was extracted from subcutaneous adipose tissue on the day of birth (D0), 30 days postpartum (D30) and ninety days postpartum (D90) and comparisons were made between the groups mentioned. A total of 12.294 genomes were identified and subjected to a filtering, identifying a total of 405.435.505 genes, in which differentially expressed genes were analyzed using the False Discovery Rate (FDR = 0.05). Metabolic pathways associated to the early lactation in Holstein cows were characterized using RNA-seq data obtained from subcutaneous fat tissue samples collected at three time points: at 2 (T0), 30 (T1) and 90 (T3) days postpartum. The enrichment analysis identified 142 metabolic pathways. The most significative were insulin secretion, oxytocin signaling, glycolysis/gluconeogenesis, pyruvate metabolism, insulin resistance, calcium signalling, GnRH (Gonadotropin releasing hormone), MAPK (mitogen-activated protein kinase), adipocytokine signaling, and the renin−angiotensin system. All these pathways are important metabolic routes in lactating dairy cattle. O estudo 1 teve como objetivo produzir um perfil de metilação em todo o genoma e identificar assinaturas epigenéticas diferenciais entre espermatozoides de alta motilidade (AM) e baixa motilidade (BM). O estudo 2 teve como objetivo caracterizar as vias metabólicas associadas ao início da lactação em vacas Holandesas utilizando dados de RNA-seq obtidos de amostras de tecido adiposo subcutâneo coletadas em três momentos: em 2 (T0), 30 (T1) e 90 (T3) dias após o parto. No estudo 1 foi explorado a metilação de dinucleotídeos citosina-guanina (CpGs) em populações de espermatozoides de AM e BM de Bos taurus separados por Percoll. Padrões de metilação de espermatozoides de alta e baixa motilidade foram investigados por sequenciamento de bissulfito. A comparação entre as populações desses espermatozoides revelou que a variação da metilação afeta os genes envolvidos na organização da cromatina, no qual houve metilação em genes associados à remodelação da estrutura do DNA, bem como em um elemento repetitivo BTSAT4 em regiões pericentroméricas. Desta forma, sugere-se que a manutenção da estrutura cromossômica através da regulação epigenética seja crucial para a funcionalidade correta do espermatozoide. Para o estudo 2, o RNA total foi extraído a partir do tecido adiposo subcutâneo no dia do parto (T0), 30 dias após o parto (T1) e noventa dias após o parto (T3), e comparações foram feitas entre os grupos mencionados. Um total de 12.294 genomas foram identificados e submetidos a uma filtragem, identificando um total de 405.435.505 genes, nos quais os genes diferencialmente expressos foram analisados através do False Discovery Rate (FDR = 0,05). As vias metabólicas associadas ao início da lactação em vacas holandesas foram caracterizadas utilizando dados de RNA-seq obtidos de amostras de tecido adiposo subcutâneo coletadas em três momentos: aos 2 (T0), 30 (T1) e 90 (T3) dias pós-parto. A análise de enriquecimento identificou 142 vias metabólicas. Os mais significativos foram: secreção de insulina, sinalização da ocitocina, glicólise / gliconeogênese, metabolismo do piruvato, resistência à insulina, sinalização de cálcio, GnRH (hormônio liberador de gonadotropina), MAPK (proteína quinase mitogênica), sinalização de adipocitocinas e o sistema renina-angiotensina. Todas essas vias representam importantes rotas metabólicas em bovinos leiteiros em lactação.

Mestrado em Biomedicina Molecular Breast cancer growth is dependent on stimulation by the ovarian hormone estrogen. Estrogen activates estrogen receptora (ERa) which is a ligandactivated transcription factor. Estrogen-bound ERa transactivates genes which stimulate proliferation and survival. Hormonal therapy is an effective strategy to treat hormone-related breast cancer. However, it is associated with endocrine resistance and recurrence. Activation of growth factors signaling pathways and alterations on ERα protein have been propossed as resistance mechanisms. ERa protein stability and activation of transcription is regulated by post transcriptional modifications such as methylation and by proteasome degradation. SETD7 is a methyltransferase which targets histones and others non-histone proteins important for cellular proliferation, including ERa. Methylation of ERa seems to contribute to ERa stability and activity; this would lead to an increase in cell survival. However, previous results from our lab indicate that SETD7 inhibits mammary epithelial cell proliferation. Therefore, in this project, we intent to study the co-regulation between ERa and SETD7 as well as the subsequent effects on proliferation in response to different mitogenic stimuli, with focus on estrogen. For this purpose, we used a SETD7 activity inhibitor known as R-PFI. In this study, we show that SETD7 levels decrease when cells are stimulated to proliferate. Inhibition of SETD7 activity by R-PFI leads to an increase in cell number. However, when cells were co-treated with R-PFI and estrogen the increase was not significant once cells suffer a cell cycle arrest. In the presence of R-PFI, we show an increase of ERa protein levels, identical to the levels obtained when ERa degradation is impaired by blocking the proteasome, suggesting that SETD7 may control ERa protein levels at this level. However, this increase of ERa levels did not translate into an increase of ERa activity. Thus, SETD7 can be dispensable for ERa activity. Our findings suggest an inhibitory role of SETD7 in breast cells growth in the absence of estradiol. But, on the other hand, our results do not support studies previously reported in relation to ERa regulation. Therefore, further studies are needed to establish SETD7 function in ERα- induced proliferation. O crescimento e progressão do cancro da mama é maioritariamente dependente da estimulação hormonal, nomeadamente pela hormona ovariana estrogénica. Esta hormona liga-se e ativa o recetor de estrogénio a (ERα) que culmina na transativação de genes que por sua vez gera uma resposta celular ao nível da proliferação e sobrevivência celular. Uma das terapias para cancros dependentes de estrogénio é a terapia hormonal. Porém, apesar de eficaz, a longo tempo gera mecanismo de resistência endócrina e até recorrência. A ativação de vias de sinalização dependentes de fatores de crescimento e outras vias de sinalização alteram a estrutura do ERα, a sua estabilidade e função. Estes mecanismos são os propostos para explicar a resistência endócrina. A estabilidade e atividade do ERαsão processos regulados por modificações pós traducionais bem como a degradação da proteína mediada pelo proteossoma. A metilação do ERαpela SETD7 parece contribuir para a estabilidade e atividade transcricional do recetor. Tal, traduzir-se-ia num aumento de sobrevivência celular. Contudo, resultados anteriores do laboratório indicam que a SETD7 inibe a proliferação celular de células epiteliais mamárias. Assim, este estudo tem como objetivo principal estudar a regulação do ERα pela SETD7 e vice-versa, bem como os efeitos desta regulação ao nível da proliferação celular mediada por diversos estímulos mitogénicos, e com foco nos efeitos dos estrogénios. Para tal, realizámos vários estudos utilizando um inibidor da atividade da SETD7, RPFI. Neste estudo mostrámos que os níveis de SETD7 diminuem quando as células são estimuladas a proliferar. A inibição da atividade da SETD7 pelo R-PFI origina um aumento do número de células. Contudo, quando combinado com estrogénio, o aumento deixa de ser significativo devido a uma paragem no ciclo celular. Na presença de R-PFI, pudemos observar um incremento dos níveis proteicos de ERa idênticos aos que se verificam quando o proteossoma está inibido, sugerindo um controlo dos níveis proteicos de ERa pela SETD7 poderia estar associado ao controlo da degradação do ERα. Contudo, este aumento dos níveis de ER não se traduz num aumento de atividade do recetor, pelo que a SETD7 parece ser dispensável para a atividade do ERα. Os resultados obtidos sugerem um papel inibitório da SETD7 sobre o crescimento de células mamárias na ausência de estradiol. Por outro lado, os nossos resultados não estão de acordo com estudos já publicados, pelo que será necessário aprofundar os estudos para esclarecer qual a função da SETD7 na regulação da proliferação mediada pelo ERα.

IntroductionPseudohypoparathyroidism is a genetically heterogeneous condition characterized by hypocalcemia and hyperphosphatemia resulting from end-organ resistance to parathyroid hormone (PTH). It is classified into several distinct entities (type Ia, Ib, Ic, type II), according to the molecular causes and clinical features of the patients.Case reportWe report a symptomatic case of a pediatric patient with hypocalcaemia, hyperphosphatemia, hypomagnesaemia and an elevated serum PTH level that presented with tetany. The molecular genetic test revealed a GNAS gene methylation defect of the A/B promoter, which confirms the diagnosis of a sporadic form of pseudohypoparathyroidism type Ib.

O câncer de colo uterino é causado pela infecção persistente por HPV de alto risco oncogênico. Em adição, as alterações genéticas e epigenéticas como o silenciamento dos genes inibidoresda via de sinalização Wnt parecem ser essenciais para o desenvolvimento e progressão da doença. Esse estudo teve como objetivo analisar a prevalência de infecções por genótipos específicos de HPV em câncer de colo uterino e verificar as associações entre a idade, tipo histológico, o grau de diferenciação tumoral e a presença da metilação na região promotora dos genes DKK3, SOX17 e SFRP2. Trata-se de um estudo de corte transversal incluindo casos de câncer de colo uterino, distribuídos em diagnósticos de carcinomas de células escamosas e adenocarcinomas. As amostras foram testadas para 25 genótipos de HPV utilizando o kit INNOLipa®, em seguida foram submetidas a M-PCR para identificar a presença da metilação na região promotora dos genes DKK3, SOX17 e SFRP2. Os resultados da pesquisa mostraram que a idade é significativamente menor em mulheres com adenocarcinomas cervicais comparadas com aquelas com diagnóstico de carcinoma de células escamosas. A infecção por genótipos 18 e 45 foram positivamente associadas ao diagnóstico de adenocarcinomas em mulheres com idade menor que 50 anos. A metilação dos inibidores da via de sinalização Wnt e as infecções por HPV 16, 18 e 45 são eventos frequentes durante a carcinogênese em várias etapas, no entanto, apenas foi observada associação significativa com a metilação de SFRP2. A metilação da região promotora de SOX17 foi relacionada com menor gravidade do câncer de colo uterino, mas não com tipos de HPV. Os adenocarcinomas apresentaram associação significativa com infecções por HPV 16, 18 e 45, além de demonstrar uma associação limítrofe com a metilação de DKK3 e SOX17. Em resumo, resultados do presente estudo contribuem para o melhor entendimento da carcinogêneses do colo uterino na região Centro-Oeste do Brasil. Cervical cancer is caused by persistent high-risk HPV infection. In addition, genetic and epigenetic changes such as the silencing of Wnt signaling pathway inhibitor genes appear to be essential for the development and progression of the disease. This study aimed to analyze the prevalence of HPV infections in cervical cancer and to verify the associations between age, histological type, degree of tumor differentiation and the presence of methylation DKK3, SOX17 and SFRP2. This is a cross-sectional study including cases of cervical cancer, distributed in diagnoses of squamous cell carcinomas and adenocarcinomas. The samples were assayed for 25 HPV genotypes using the INNOLipa® kit, then performed M-PCR to identify the presence of methylation in the promoter region of the genes DKK3, SOX17 and SFRP2. The results of the research showed that the age is significantly lower for women with cervical adenocarcinomas compared to those with a diagnosis of squamous cell carcinoma. Infections with genotypes 18 and 45 were associated with the diagnosis of adenocarcinomas in women younger than 50 years. Methylation of inhibitors of the Wnt signaling pathway and HPV infections 16, 18 and 45 are frequent events during multistage carcinogenesis, however, only a significant association with SFRP2 methylation was observed. The methylation of gene promoter SOX17 was related to lower cervical cancer severity but not to HPV types. Adenocarcinomas were significantlyassociated with HPV infections 16, 18 and 45, and demonstrated a borderline association with DKK3 and SOX17 methylation. In summary, the results of the present study contribute to a better understanding of carcinogenesis of the cervix in the Center-West of Brazil. Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior O complexo Polycomb (PcG) é constituído por fatores multiproteicos que medeiam a repressão de diversos genes no organismo. As proteínas PcG são divididas em dois complexos distintos, PRC1 e PRC2, sendo que PRC1 tem atividade ligase E3, catalisando a mono-ubiquitinação da histona H2A nos resíduos de lisina na posição 119 (H2AK119ub), enquanto PRC2 tem atividade metiltransferase, mediando a mono, di, e trimetilação na histona H3 nos resíduos de lisina na posição 27 (H3K27me2/3). Sabe-se que PRC1 é subdivido em complexos não canônicos e canônicos, sendo este último composto por proteínas CBX (CBX2, CBX4, CBX6, CBX7 ou CBX8). Já PRC2, compreende três proteínas centrais: SUZ12, EED e EZH1 ou EZH2, que é a proteína metiltransferase responsável por conferir a principal atividade enzimática ao complexo PRC2. Sabe-se que a desregulação das proteínas PcG pode alterar vias relacionadas ao desenvolvimento, ocasionando um aumento desordenado de proliferação celular, inibição da apoptose, e aumento das células tumorais. Dentre os tumores com alteração na expressão de PcG, estão os tumores mamários. Em caninos, este tipo de tumor é a neoplasia mais frequente em cadelas. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo avaliar o padrão de metilação e expressão dos genes CBX2 e CBX7 (PRC1), e EED, EZH2 e SUZ12 (PRC2) em tumores de mama em cadelas do estado do Pará. Para isso, foram avaliadas 83 amostras de tecido neoplásico e não-neoplásico, provenientes de 40 animais, coletadas no Hospital Veterinário da Universidade Federal Rural da Amazônia. Para a análise do padrão de metilação, as amostras foram convertidas por ação do bissulfito de sódio e submetidas à técnica de Bissulfite sequence PCR para detecção das possíveis áreas metiladas. Para a análise da expressão de RNA, foi feita a conversão a cDNA e posterior quantificação dos transcritos usando a detecção por sonda Taqman. A emissão da fluorescência foi captada com o auxílio do ABI PRISM 7500 Sequence Detection System. As análises estatísticas foram realizadas pelos testes Kruskal-Wallis e Teste T Mann Whitnae, para avaliar as associações dos padrões de metilação com os níveis de expressão, e destes com progressão tumoral e demais características clinicopatológicas, sendo os resultados considerados significativos quando p< 0,05. The Polycomb complex (PcG) consists of multiprotein factors that mediate the repression of various genes in the body. PcG proteins are divided into two distinct complexes, PRC1 and PRC2, with PRC1 having E3 ligase activity, catalyzing the mono-ubiquitination of histone H2A at lysine residues at position 119 (H2AK119ub), while PRC2 has methyltransferase activity, mediating mono, di, and trimethylation on histone H3 at lysine residues at position 27 (H3K27me2 / 3). It is known that PRC1 is subdivided into non-canonical and canonical complexes, the latter being composed of CBX proteins (CBX2, CBX4, CBX6, CBX7 or CBX8). Already PRC2, it comprises three central proteins: SUZ12, EED and EZH1 or EZH2, which is the methyltransferase protein responsible for conferring the main enzymatic activity to the PRC2 complex. It is known that deregulation of PcG proteins may alter developmental pathways, causing a disordered increase in cell proliferation, inhibition of apoptosis, and increase of tumor cells. Among the tumors with altered expression of PcG are mammary tumors. In canines, this type of tumor is the most frequent neoplasm in bitches. Thus, the objective of this study was to evaluate the methylation and expression pattern of the CBX2 and CBX7 (PRC1), and EED, EZH2 and SUZ12 (PRC2) genes in breast tumors in dogs from the state of Pará. Samples of neoplastic and non-neoplastic tissue from 40 animals collected at the Veterinary Hospital of the Federal Rural University of Amazônia. For the analysis of the methylation pattern, the samples were converted by sodium bisulfite and submitted to the Bissulfite sequence PCR technique to detect possible methylated areas. For analysis of RNA expression, cDNA conversion and subsequent quantification of transcripts were performed using Taqman probe detection. Fluorescence emission was captured with the aid of the ABI PRISM 7500 Sequence Detection System. Statistical analyzes were performed using the Kruskal-Wallis test and the Mann Whitnae test to evaluate the associations of methylation patterns with expression levels, and those with tumor progression and other clinicopathological characteristics. The results were considered significant when p