Search

Mateo, Mathieu, Hortion, Jimmy, Perthame, Emeline, Picard, Caroline, Reynard, Stéphanie, Journeaux, Alexandra, Germain, Clara, Carnec, Xavier, Baillet, Nicolas, Borges-Cardoso, Virginie, Pietrosemoli, Natalia, Vallve, Audrey, Barron, Stéphane, Jourjon, Ophélie, Lacroix, Orianne, Duthey, Aurélie, Dirheimer, Manon, Daniau, Maïlys, Legras-Lachuer, Catherine, Jouvion, Gregory, Carbonnelle, Caroline, Raoul, Hervé, Baize, Sylvain, Biologie des Infections Virales Émergentes - Biology of Emerging Viral Infections (UBIVE), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire P4 - Jean Mérieux, Centre Européen de Virologie/Immunologie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ViroScan3D SAS [Trévoux, France], Dynamic Microbiology - EA 7380 (DYNAMIC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est (UPE)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), MATEO, MATHIEU, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), and Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité)

Droillard, Clément, Lemaitre, Evelyne, Amelot, Michel, Blanchard, Yannick, Keita, Alassane, Eterradossi, Nicolas, Le Gall-Reculé, Ghislaine, Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), ANR-14-ANWA-0004,ECALEP,Emergence of highly pathogenic CAliciviruses in LEporidae through species jumps involving reservoir host introduction.(2014), and European Project: 291815,EC:FP7:KBBE,FP7-ERANET-2011-RTD,ANIHWA(2012)

Yeh, Shih-Chia, Strilets, Tania, Tan, Wei-Lian, Castillo, David, Medkour, Hacene, Rey-Cadilhac, Félix, Serrato-Pomar, Idalba, Rachenne, Florian, Chowdhury, Avisha, Chuo, Vanessa, Azar, Sasha, Singh, Moirangthem Kiran, Hamel, Rodolphe, Missé, Dorothée, Kini, R, Kenney, Linda, Vasilakis, Nikos, Marti-Renom, Marc a, Nir, Guy, Pompon, Julien, Garcia-Blanco, Mariano, Duke-NUS Medical School [Singapore], The University of Texas Medical Branch (UTMB), Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM), National University of Singapore (NUS), Department of Computer and Information Science [Pennsylvania] (CIS), University of Pennsylvania, Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), ICREA Infection Biology Laboratory (Department of Experimental and Health Sciences), University of Texas Medical Branch at Galveston, Support for this research came from a fellowship from the McLauglin Family Foundation to TS, scholarships from the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM project SPF202110013925) to HM, from the Institut Méditerranéen Hospitalier (IHU, Marseille) to IMSP and from the graduate school French Ministry of Higher Education and Research to FRC and FR, UTMB start-up funds and Cancer Prevention & Research Institute of Texas grant RP200650 to LJK and MKS, the Ministerio de Ciencia e Innovación (PID2020-115696RB-I00) to MAM-R, Cancer Prevention & Research Institute of Texas grant ID RR210018 to GN, Ministry of Education (Singapore) Tier3 grant (MOE2015-T3-1-003) to RMK and JP, a National Medical Research Council (Singapore) ZRRF grant (ZRRF/007/2017) to JP, a French Agence Nationale de la Recherche grant (ANR-20-CE15-0006) to JP, and the Duke-NUS Signature Research Programme funded by the Agency for Science Technology and Research (A*Star Singapore) and NIH/NIAID P01 AI150585 to MAGB. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., and ANR-20-CE15-0006,VirSalivaEnhancer,Amplificateur de transmission d'origine flavivirale dans la salive de moustique(2020)

Jared C, Nigg, Vanesa, Mongelli, Hervé, Blanc, Maria-Carla, Saleh, Virus et Interférence ARN - Viruses and RNA Interference, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by the European Research Council (FP7/2013-2019 ERC CoG 615220), the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (grant ANR-10-LABX-62-IBEID), and DIM One Health (Projet no. R17043DJ – Allocation no. RPH17043DJA) to MCS., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), and European Project: ERC CoG 615220,H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC),MoDeLLiver(2020)

Jean-François Eléouët, Monika Bajorek, Luis Checa Ruano, Marie Galloux, Jenna Fix, Charles-Adrien Richard, Hortense Decool, Olivier Sperandio, Irina Gutsche, Benjamin Bardiaux, Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Molécules Thérapeutiques in silico (MTI), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), ANR-19-CE11-0017, Agence Nationale de la Recherche, ANR, This work was carried out with the financial support of the French Agence Nationale de la Recherche, specific program ANR DecRisP, grant no. ANR-19-CE11-0017. We declare that we have no conflicts of interest with the contents of this article., and ANR-19-CE11-0017,DecRisP,Décrypter les synthèses d'ARN par les pneumovirus(2019)

Benoît Arragain, Quentin Durieux Trouilleton, Florence Baudin, Jan Provaznik, Nayara Azevedo, Stephen Cusack, Guy Schoehn, Hélène Malet, Groupe Imagerie microscopique d'assemblages complexes / Microscopic Imaging of complex Assemblies group (IBS MICA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), EMBL Heidelberg, European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), EMBL Eukaryotic Expression facility, IBS Electron Miroscopy Platform, EMBL GeneCore, Institut Universitaire de France, ANR-19-CE11-0024,HiPathBunya,Caractérisation des machineries de réplication de Bunyavirus hautement pathogènes par une approche de biologie structurale intégrée(2019), and European Project: FDT202012010396

Jeffrey J. DeStefano, Frédéric Iseni, Nicolas Tarbouriech, Maryland Pathogen Research Institute, Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)

Wickenhagen, A, Sugrue, E, Lytras, S, Kuchi, S, Noerenberg, M, Turnbull, ML, Loney, C, Herder, V, Allan, J, Jarmson, I, Cameron-Ruiz, N, Varjak, M, Pinto, RM, Lee, JY, Iselin, L, Palmalux, N, Stewart, DG, Swingler, S, Greenwood, EJD, Crozier, TWM, Gu, Q, Davies, EL, Clohisey, S, Wang, B, Trindade Maranhão Costa, F, Freire Santana, M, de Lima Ferreira, LC, Murphy, L, Fawkes, A, Meynert, A, Grimes, G, Da Silva Filho, JL, Marti, M, Hughes, J, Stanton, RJ, Wang, ECY, Ho, A, Davis, I, Jarrett, RF, Castello, A, Robertson, DL, Semple, MG, Openshaw, PJM, Palmarini, M, Lehner, PJ, Baillie, JK, Rihn, SJ, Wilson, SJ, ISARIC4C Investigators, Carson, G, Alex, B, Bach, B, Barclay, WS, Bogaert, D, Chand, M, Cooke, GS, Docherty, AB, Dunning, J, da Silva Filipe, A, Fletcher, T, Green, CA, Harrison, EM, Ho, AYW, Horby, PW, Ijaz, S, Khoo, S, Klenerman, P, Law, A, Lim, WS, Mentzer, AJ, Merson, L, Meynert, AM, Noursadeghi, M, Moore, SC, Paxton, WA, Pollakis, G, Price, N, Rambaut, A, Russell, CD, Sancho-Shimizu, V, Scott, JT, de Silva, T, Sigfrid, L, Solomon, T, Sriskandan, S, Stuart, D, Summers, C, Tedder, RS, Thomson, EC, Thompson, AAR, Thwaites, RS, Turtle, LCW, Gupta, RK, Palmieri, C, Swann, OV, Zambon, M, Dumas, M-E, Griffin, JL, Takats, Z, Chechi, K, Andrikopoulos, P, Osagie, A, Olanipekun, M, Liggi, S, Lewis, MR, Dos Santos Correia, G, Sands, CJ, Takis, P, Maslen, L, Hardwick, H, Donohue, C, Griffiths, F, Oosthuyzen, W, Donegan, C, Spencer, RG, Norman, L, Pius, R, Drake, TM, Fairfield, CJ, Knight, SR, Mclean, KA, Murphy, D, Shaw, CA, Dalton, J, Girvan, M, Saviciute, E, Roberts, S, Harrison, J, Marsh, L, Connor, M, Halpin, S, Jackson, C, Gamble, C, Plotkin, D, Lee, J, Leeming, G, Wham, M, Hendry, R, Scott-Brown, J, Greenhalf, W, Shaw, V, McDonald, SE, Keating, S, Ahmed, KA, Armstrong, JA, Ashworth, M, Asiimwe, IG, Bakshi, S, Barlow, SL, Booth, L, Brennan, B, Bullock, K, Catterall, BWA, Clark, JJ, Clarke, EA, Cole, S, Cooper, L, Cox, H, Davis, C, Dincarslan, O, Dunn, C, Dyer, P, Elliott, A, Evans, A, Finch, L, Fisher, LWS, Foster, T, Garcia-Dorival, I, Gunning, P, Hartley, C, Jensen, RL, Jones, CB, Jones, TR, Khandaker, S, King, K, Kiy, RT, Koukorava, C, Lake, A, Lant, S, Latawiec, D, Lavelle-Langham, L, Lefteri, D, Lett, L, Livoti, LA, Mancini, M, McDonald, S, McEvoy, L, McLauchlan, J, Metelmann, S, Miah, NS, Middleton, J, Mitchell, J, Murphy, EG, Penrice-Randal, R, Pilgrim, J, Prince, T, Reynolds, W, Ridley, PM, Sales, D, Shaw, VE, Shears, RK, Small, B, Subramaniam, KS, Szemiel, A, Taggart, A, Tanianis-Hughes, J, Thomas, J, Trochu, E, van Tonder, L, Wilcock, E, Zhang, JE, Flaherty, L, Maziere, N, Cass, E, Carracedo, AD, Carlucci, N, Holmes, A, Massey, H, Wrobel, N, McCafferty, S, Morrice, K, MacLean, A, Adeniji, K, Agranoff, D, Agwuh, K, Ail, D, Aldera, EL, Alegria, A, Allen, S, Angus, B, Ashish, A, Atkinson, D, Bari, S, Barlow, G, Barnass, S, Barrett, N, Bassford, C, Basude, S, Baxter, D, Beadsworth, M, Bernatoniene, J, Berridge, J, Berry, C, Best, N, Bothma, P, Chadwick, D, Brittain-Long, R, Bulteel, N, Burden, T, Burtenshaw, A, Caruth, V, Chambler, D, Chee, N, Child, J, Chukkambotla, S, Clark, T, Collini, P, Cosgrove, C, Cupitt, J, Cutino-Moguel, M-T, Dark, P, Dawson, C, Dervisevic, S, Donnison, P, Douthwaite, S, Drummond, A, DuRand, I, Dushianthan, A, Dyer, T, Evans, C, Eziefula, C, Fegan, C, Finn, A, Fullerton, D, Garg, S, Garg, A, Gkrania-Klotsas, E, Godden, J, Goldsmith, A, Graham, C, Hardy, E, Hartshorn, S, Harvey, D, Havalda, P, Hawcutt, DB, Hobrok, M, Hodgson, L, Hormis, A, Jacobs, M, Jain, S, Jennings, P, Kaliappan, A, Kasipandian, V, Kegg, S, Kelsey, M, Kendall, J, Kerrison, C, Kerslake, I, Koch, O, Koduri, G, Koshy, G, Laha, S, Laird, S, Larkin, S, Leiner, T, Lillie, P, Limb, J, Linnett, V, Little, J, Lyttle, M, MacMahon, M, MacNaughton, E, Mankregod, R, Masson, H, Matovu, E, McCullough, K, McEwen, R, Meda, M, Mills, G, Minton, J, Mirfenderesky, M, Mohandas, K, Mok, Q, Moon, J, Moore, E, Morgan, P, Morris, C, Mortimore, K, Moses, S, Mpenge, M, Mulla, R, Murphy, M, Nagel, M, Nagarajan, T, Nelson, M, Norris, L, O'Shea, MK, Otahal, I, Ostermann, M, Pais, M, Panchatsharam, S, Papakonstantinou, D, Paraiso, H, Patel, B, Pattison, N, Pepperell, J, Peters, M, Phull, M, Pintus, S, Singh Pooni, J, Planche, T, Post, F, Price, D, Prout, R, Rae, N, Reschreiter, H, Reynolds, T, Richardson, N, Roberts, M, Roberts, D, Rose, A, Rousseau, G, Ruge, B, Ryan, B, Saluja, T, Schmid, ML, Shah, A, Shanmuga, P, Sharma, A, Shawcross, A, Sizer, J, Shankar-Hari, M, Smith, R, Snelson, C, Spittle, N, Staines, N, Stambach, T, Stewart, R, Subudhi, P, Szakmany, T, Tatham, K, Thompson, C, Thompson, R, Tridente, A, Tupper-Carey, D, Twagira, M, Vallotton, N, Vancheeswaran, R, Vincent-Smith, L, Visuvanathan, S, Vuylsteke, A, Waddy, S, Wake, R, Walden, A, Welters, I, Whitehouse, T, Whittaker, P, Whittington, A, Papineni, P, Wijesinghe, M, Williams, M, Wilson, L, Winchester, S, Wiselka, M, Wolverson, A, Wootton, DG, Workman, A, Yates, B, Young, P, Division of Computational and Systems Medicine, Imperial College London, London, SW7 2AZ, UK, Imperial College London - National Heart and Lung Institute, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MRC - University of Glasgow Centre for Virus Research, University of Kent [Canterbury], University of Glasgow, National Institute for Health Research, UK Research and Innovation, UKRI MRC COVID-19 Rapid Response Call, Mentzer, AJ, Investigators, ISARIC4C, Lee, J, and Angus, B

Mathieu Hubert, Jérémy Dufloo, Rémy Robinot, Hugo Mouquet, Olivier Schwartz, Ludivine Grzelak, Nell Saunders, Elodie Bishop, Françoise Porrot, Delphine Planas, Maaran Michael Rajah, Julian Buchrieser, Lisa A. Chakrabarti, Marija Zivaljic, Alice Bongers, Stacy Gellenoncourt, Florence Guivel-Benhassine, Cyril Planchais, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Cité (UPCité), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Sorbonne Université (SU), Neurobiologie intégrative des Systèmes cholinergiques / Integrative Neurobiology of Cholinergic Systems (NISC), Institut Pasteur [Paris]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecole doctorale Cerveau Cognition et Comportement [Paris] (ED 158 - 3C), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Work in OS lab is funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur, ANRS, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Fondation Pour la Recherche Médicale (FRM), Labex IBEID (ANR-10-LABX62-IBEID), ANR/FRM Flash Covid PROTEO-SARS-CoV-2, ANR CoronaMito AAP RA-COVID-19 V14, and IDISCOVR. Work in UPBI is funded by grant ANR-10-INSB-04-01 and Région Ile-de-France program DIM1-Health. MMR and MZ are supported by the Pasteur-Paris University (PPU) International Doctoral Program. MMR is also supported by Institut Pasteur Department of Virology 'Bourse de Soudure' fellowship. DP is supported by the Vaccine Research Institute. LG is supported by the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation. EB is supported by the Medecine-Sciences ENS-PSL Program. HM laboratory is funded by the Institut Pasteur, the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69- 01), the INSERM, REACTing, EU (RECOVER), and Fondation de France (#00106077) grants., We thank members of the Virus and Immunity Unit for helpful discussions, Dr. Nicoletta Casartelli for her critical reading of the manuscript, and Nathalie Aulner and the UtechS Photonic BioImaging (UPBI) core facility (Institut Pasteur), a member of the France BioImaging network, for image acquisition and analysis support., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0059,PROTEO-SARS-CoV-2,Protéomique du SARS-CoV-2(2020), ANR-21-CO14-0007,CoronaMito,Conséquences de l'infection par le SRAS-CoV-2 sur la fonction mitochondriale(2021), ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Ziani, Isma, Laboratoires d'excellence - Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute - - VRI2010 - ANR-10-LABX-0077 - LABX - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Protéomique du SARS-CoV-2 - - PROTEO-SARS-CoV-22020 - ANR-20-COVI-0059 - COVID-19 - VALID, Conséquences de l'infection par le SRAS-CoV-2 sur la fonction mitochondriale - - CoronaMito2021 - ANR-21-CO14-0007 - COVID-19 - VALID, Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - - France-BioImaging2010 - ANR-10-INBS-0004 - INBS - VALID, and Laboratoires d'excellence - GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE - - MILIEU INTERIEUR2010 - ANR-10-LABX-0069 - LABX - VALID

Jeanne Chiaravalli, Marius Walter, Edward Emmott, Emma Sierecki, Stacy Gellenoncourt, Philip Brownridge, Arturas Grauslys, Andrew R. Jones, Fabrice Agou, Charles S. Craik, Marco Vignuzzi, Yann Gambin, Patrick A. Eyers, Lisa A. Chakrabarti, Eric Verdin, Leonard A. Daly, Bjoern Meyer, Dominic P. Bryne, Claire E. Eyers, Populations virales et Pathogenèse - Viral Populations and Pathogenesis, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Criblage chémogénomique et biologique (Plateforme) - Chemogenomic and Biological Screening Platform (PF-CCB), Institut Pasteur [Paris] (IP), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), University of Liverpool, Buck Institute for Research on Aging, University of California [San Francisco] (UC San Francisco), University of California (UC), University of New South Wales [Sydney] (UNSW), This work was supported by the Laboratoire d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (grant ANR-10-LABX-62-IBEID) to M.V. S.G. is the recipient of a MESR/Ecole Doctorale BioSPC ED562, Université de Paris fellowship. L.A.C. is supported by Institut Pasteur TASK FORCE SARS COV-2 (Tropicoro project), DIM ELICIT Region Ile-de-France, and ANRS. E.E. is supported by startup funding from the University of Liverpool, as well as a Wellcome Trust ISSF Interdisciplinary & Industry Award. E.E. is grateful for the support of GoFundMe donors for sponsoring SARS-CoV-2 research in his laboratory., and ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

Marie-Line Joffret, Maël Bessaud, Marco Vignuzzi, Francis Delpeyroux, Alice Mac Kain, Populations virales et Pathogenèse - Viral Populations and Pathogenesis, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and Figures 1-3 and 5-7 were created with BioRender.com

Robinot, Rémy, Hubert, Mathieu, de Melo, Guilherme Dias, Lazarini, Françoise, Bruel, Timothée, Smith, Nikaïa, Levallois, Sylvain, Larrous, Florence, Fernandes, Julien, Gellenoncourt, Stacy, Rigaud, Stéphane, Gorgette, Olivier, Thouvenot, Catherine, Trébeau, Céline, Mallet, Adeline, Duménil, Guillaume, Gobaa, Samy, Etournay, Raphaël, Lledo, Pierre-Marie, Lecuit, Marc, Bourhy, Hervé, Duffy, Darragh, Michel, Vincent, Schwartz, Olivier, Chakrabarti, Lisa, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lyssavirus, épidémiologie et neuropathologie - Lyssavirus Epidemiology and Neuropathology, Institut Pasteur [Paris], Perception et Mémoire / Perception and Memory, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), BioImagerie Photonique – Photonic BioImaging (UTechS PBI), Hub d'analyse d'images - Image Analysis Hub (Platform) (IAH), Institut de l'Audition [Paris] (IDA), Plateforme technologique Biomatériaux et Microfluidique - Biomaterials and Microfluidics technologic Platform, Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), This work was supported by: Institut Pasteur TASK FORCE SARS COV2 (TROPICORO project), the Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur (COROCHIP project), DIM ELICIT Region Ile-de-France, and Agence Nationale de Recherche sur le SIDA et les Maladies Infectieuses Emergentes (ANRS, project 19052) (L.A.C.), the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), ANRS, Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French National Research Agency (ANR, projects 'TIMTAMDEN' ANR-14-CE14-0029, 'CHIKV-Viro-Immuno' ANR-14-CE14-0015-01), the Gilead HIV cure program, ANR/Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) Flash Covid PROTEO-SARS-CoV-2 and IDISCOVR (O.S.), Institut Pasteur TASK FORCE SARS COV2 and ANR Flash Covid CoVarImm (D.D.), Institut Pasteur TASK FORCE SARS COV2 (Neuro-Covid project) (H.B.). The Lledo lab is supported by the life insurance company 'AG2R-La-Mondiale'. The UtechS Photonic BioImaging (Imagopole) and the UtechS Ultrastructural BioImaging (UBI) are supported by the ANR (France BioImaging, ANR-10–INSB–04, Investments for the Future). R.R. is the recipient of a Sidaction fellowship, N.S. of a Pasteur-Roux-Cantarini fellowship, and St.G. of a MESR/Ecole Doctorale B3MI, Université de Paris fellowship. S.L. is supported by FRM (fellowship ECO201906009119) and by 'Ecole Doctorale FIRE—Programme Bettencourt'., We thank Florence Guivel-Benhassine for help with virus titration, Charlotte Calvet for help with sample preparation for scanning electron microscopy, Sylvie Van der Werf for the SARS-CoV-2 isolate used in this study, and Nicolas Escriou for the gift of a SARS-CoV-2 spike antibody., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Vougny, Marie-Christine, Laboratoires d'excellence - Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute - - VRI2010 - ANR-10-LABX-0077 - LABX - VALID, Appel à projets générique - Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue - - TIMTAMDEN2014 - ANR-14-CE14-0029 - Appel à projets générique - VALID, and Appel à projets générique - Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya - - CHIKV-Viro-Immuno2014 - ANR-14-CE14-0015 - Appel à projets générique - VALID

Olivia Blake, Arnaud Droit, Alexandre Nicolas, Jérôme Estaquier, Alexandra Tauzin, Armando Espinosa Ortiz, Jacques Dutrieux, Calaiselvy Soundaramourty, Fabrizio Mammano, Charles Joly-Beauparlant, Toxicité environnementale, cibles thérapeutiques, signalisation cellulaire (T3S - UMR_S 1124), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique et Ecologie des Virus, Génétique des Virus et Pathogénèse des Maladies Virales, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Laval [Québec] (ULaval), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Mammano, Fabrizio, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)

Andrés Pizzorno, Julien Lemaitre, Nathalie Dereuddre-Bosquet, Flora Donati, Raphael Ho Tsong Fang, Xavier de Lamballerie, Pauline Maisonnasse, Nidhal Kahlaoui, Olivier Terrier, Romain Marlin, Vanessa Contreras, Thibaut Naninck, Caroline Solas, Mélanie Albert, Bruno Hoen, Franck Touret, Antonio Gonçalves, Bruno Lina, Roger Le Grand, Catherine Chapon, Vincent Enouf, Angela Brisebarre, Sylvie van der Werf, Jeremie Guedj, Manuel Rosa Calatrava, Sylvie Behillil, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes (IMVA-HB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Institut Pasteur [Paris], Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virpath-Grippe, de l'émergence au contrôle -- Virpath-Influenza, from emergence to control (Virpath), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Plateforme de Microbiologie Mutualisée (PIBnet) - Mutualized Platform for Microbiology (P2M), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), This work was funded by the French national research agency (ANR) through the TheraCoV ANR-20-COVI-0018 (JG) and also by the Bill & Melinda Gates Foundation through INV-017335 (JG)., ANR-20-COVI-0018,TheraCoV,Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales(2020), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon] (CNR - laboratoire associé), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Donati, Flora, and Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales - - TheraCoV2020 - ANR-20-COVI-0018 - COVID-19 - VALID

Michael Blatzer, Raphaël Gaillard, Gérard Friedlander, Fabien Vinckier, David Attali, Etienne Simon-Loriere, Jeanne Chiaravalli, Anne-Cécile Petit, Laurine Levillayer, Matthieu Prot, Marion Plaze, Fabrice Chrétien, Florent Perin-Dureau, Arnaud Cachia, CCSD, Accord Elsevier, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs - - INCEPTION2016 - ANR-16-CONV-0005 - CONV - VALID, GHU Paris Psychiatrie et Neurosciences, Université Paris Cité (UPCité), Physique pour la médecine (PhysMed Paris), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris] (IP), Neuropathologie expérimentale / Experimental neuropathology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique fonctionnelle des maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Criblage chémogénomique et biologique (Plateforme) - Chemogenomic and Biological Screening Platform (PF-CCB), Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rothschild [Paris], Laboratoire de psychologie du développement et de l'éducation de l'enfant (LaPsyDÉ - UMR 8240), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de psychiatrie et neurosciences de Paris (IPNP - U1266 Inserm), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), This study has received funding from Institut Pasteur (covid-therap), from the French Government's Investissement d'Avenir programme and as a recognition as a Laboratoire d'Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ (Grant No. ANR-10-LABX-62-IBEID). ESL acknowledges funding from the INCEPTION programme (Investissements d'Avenir Grant ANR-16-CONV-0005)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), Université de Paris (UP), Physique pour la médecine (UMR 8063, U1273), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Université de Paris (UP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)

Kraemer Mug., Christophe Fraser, Oliver G. Pybus, Benjamin J. Cowling, Simon Cauchemez, Andrew Rambaut, University of Oxford, Royal Veterinary College [London], University of London [London], Modélisation mathématique des maladies infectieuses - Mathematical modelling of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), University of Edinburgh, and The University of Hong Kong (HKU)

Scoca, Viviana, Di Nunzio, Francesca, Département de Virologie - Department of Virology, Institut Pasteur [Paris], École Doctorale Bio Sorbonne Paris Cité [Paris] (ED BioSPC), Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université de Paris (UP), The authors were supported by the Pasteur Institute and by the ANRS (Agence Nationale de Recherche sur le SIDA) grant ECTZ88162 with a nominative PhD student fellowship ECTZ88177 for Viviana Scoca., Institut Pasteur [Paris] (IP), École Doctorale Bio Sorbonne Paris Cité [Paris] (ED562 - BioSPC), and Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Cité (UPCité)

Cyril Barbezange, Sylvie van der Werf, Yves Jacob, Caroline Demeret, Elise Biquand, Natalia Pietrosemoli, Marwah Karim, Marion Declercq, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Union Seventh Framework Program (FP7/2007–2013) [278433-PREDEMICS: Preparedness, Prediction and Prevention of Emerging Zoonotic Viruses with Pandemic Potential using Multidisciplinary Approaches], LabEx Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases [10-LABX-0062], Ministère de l’Education Nationale, de la Recherche et de Technologie [PhD fellowships from Université Paris Diderot/Université de Paris to M.D. and E.B.], Fondation pour la Recherche Médicale [Programme Fin de thèse FDT201805005278 to M.D.], Marie Skłodowska-Curie European Union Horizon 2020 research and innovation program [665850 to M.K.]. Funding for open access charge: Unité Génétique Moléculaire des Virus à ARN, UMR3569 CNRS, Université de Paris, Département de Virologie, Institut Pasteur, Paris, France., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 278433,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2011-two-stage,PREDEMICS(2011), European Project: 665850,H2020,H2020-MSCA-COFUND-2014,INSPIRE(2015), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Maria-Carla Saleh, Sergio Villordo, Maria A. Morales, Cintia Fabri, Horacio M. Pallarés, Annabelle Henrion-Lacritick, Luana de Borba, Fernando Merwaiss, Guadalupe S. Costa Navarro, María Mora González López Ledesma, Andrea V. Gamarnik, Diego Sebastian Ojeda, Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET), Fundación Instituto Leloir [Buenos Aires], Virus et Interférence ARN - Viruses and RNA Interference, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas- ANLIS Carlos Malbrán [Buenos Aires] (INEI), This work was supported by NIH (NIAID) grants R01.AI095175 and PICT-2017-1717, NIH grant PICT-2015-2555 to A.V.G. and the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (grant ANR-10-LABX-62-IBEID) to M.C.S., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Chaker El Kalamouni, Wissal Harrabi, Jonathan Turpin, Pascale Krejbich-Trotot, Wildriss Viranaicken, Philippe Desprès, Juliano G. Haddad, Etienne Frumence, Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IRD-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de La Réunion (UR)

Elise Delaforge, Damien Maurin, Sigrid Milles, Nicola Salvi, Martin Blackledge, Stephen Cusack, Darren J. Hart, Malene Ringkjøbing Jensen, Aldo Camacho Zarco, Sissy Kalayil, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL), HFSP fellowship LT001544/2017, ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), and European Project: 796490

Julie Lucifora, Marion Delphin, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Fran Robson, Palma Rocchi, Sinem Demirbag, Thi Khanh Le, Khadija Shahed Khan, Clément Paris, Peter Barfuss, Wai-Lung Ng, University of Bristol [Bristol], The Chinese University of Hong Kong [Hong Kong], Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Hanoi University of Science and Technology (HUST), Sabanci University, Nanotechnology Research and Application Center, Sabanci University [Istanbul], Université Paris-Est (UPE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Rocchi, Palma

Slim Fourati, Rozenn Brillet, Flora Donati, Abdelhakim Ahmed-Belkacem, Vanessa Démontant, Alexandre Soulier, Guillaume Gricourt, Lila Poiteau, Sabah Hamadat, Christophe Rodriguez, Nazim Ahnou, Stéphane Chevaliez, Jean-Michel Pawlotsky, CHU Henri Mondor, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris-Est (UPE), and This work has been funded by the National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) under project number ECTZ73330.

Gillian Butler-Browne, Jim Zoladek, Ingo Riederer, Quentin Giai Gianetto, Philippe Roingeard, Patricia Jeannin, Julien Burlaud-Gaillard, Pierre-Emmanuel Ceccaldi, Mariette Matondo, Valérie Choumet, Thibault Chaze, Vincent Legros, Vincent Mouly, Philippe V. Afonso, Antoine Gessain, Mariela-Natacha Gonzàlez, Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes (EPVO (UMR_3569 / U-Pasteur_3)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours), Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Plateforme IBISA de Microscopie Electronique [CHRU de Tours] (UNIV Tours), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS)-Université de Tours, Spectrométrie de Masse pour la Biologie – Mass Spectrometry for Biology (UTechS MSBio), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Ressources et de Recherche Technologique - Center for Technological Resources and Research (C2RT), Institut Pasteur [Paris]-Institut Pasteur [Paris], Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Myologie, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Sorbonne Université (SU), Centre de recherche en myologie, Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks (ERI), Institut Pasteur [Paris], This work was supported by a Pasteur-Fiocruz grant. VL was supported by a fellowship from the 'Fondation pour la Recherche Médicale' (FRM), IR and MG by CNPq/Ciências sem Fronteiras program, CNPq/Brazilian National Institute of Science and Technology on Neuroimmunomodulation (INCT-NIM). FOCEM - Mercosur Structural Convergence Fund 03/11. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes / Oncogenic Virus Epidemiology and Pathophysiology (EPVO (UMR_3569 / U-Pasteur_3)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut Pasteur [Paris] (IP), Matondo, Mariette, Institut Pasteur [Paris]-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UMRS974, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre de Recherche en Myologie, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ)

Beate M. Kümmerer, Laura Pezzi, Mohamed Lamine Hafirassou, Lucie Gueneau, Constance Delaugerre, Gisèle Bonne, Thibaud Goupil, Vasiliya Kril, Monsef Benkirane, Julien Burlaud-Gaillard, Lucie Bonnet-Madin, R. Juntas-Morales, Anne Bertrand Legout, Thérèse Couderc, Laurent Meertens, Etienne Simon-Loriere, Philippe Roingeard, Ali Amara, Marc Lecuit, Rabah Ben Yaou, Sophia Rafasse, Alexis Brugier, Xavier de Lamballerie, Pierre-Olivier Vidalain, Cécile Doyen, Athena Labeau, Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques (GenCellDi (U944 / UMR7212)), Collège de France (CdF (institution))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Universität Bonn = University of Bonn, Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris] (IP), Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité des Virus Emergents (UVE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Modélisation et Immunologie pour la Thérapie (CBMIT), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques (GenCellDi (UMR_S_944)), Collège de France (CdF (institution))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Bonn, Institut Pasteur [Paris], Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), DIAKITE, andrée, Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), and Centre de Recherche en Myologie

João Diogo Dias, Nazim Sarica, Axel Cournac, Romain Koszul, Christine Neuveut, Institut de génétique humaine (IGH), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Régulation spatiale des Génomes - Spatial Regulation of Genomes, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and This research was funded by Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales (ANRS), grant number EZT88522. J.D.D. was supported by ANRS.

Aurore Fablet, Cindy Kundlacz, Juliette Dupré, Edouard Hirchaud, Lydie Postic, Corinne Sailleau, Emmanuel Bréard, Stéphan Zientara, Damien Vitour, Grégory Caignard, Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

James M. Billingsley, Erica H. Parrish, Frank Kirchhoff, Thalia Garcia-Tellez, Nicolas Huot, Guido Silvestri, Ulrike Sauermann, Berit Neumann, Christina M. Stürzel, Gerald H. Learn, Steven E. Bosinger, Christiane Stahl-Hennig, Daniel Sauter, Beatrice H. Hahn, Dietmar Fuchs, Clement W. Gnanadurai, Michaela Müller-Trutwin, Simone Joas, Dominik Hotter, Edina Lump, Cristian Apetrei, Nicholas F. Parrish, Kerstin Mätz Rensing, Universität Ulm - Ulm University [Ulm, Allemagne], University of Pennsylvania, German Primate Centre, Innsbruck Medical University = Medizinische Universität Innsbruck (IMU), Emory University [Atlanta, GA], University of Pittsburgh (PITT), Pennsylvania Commonwealth System of Higher Education (PCSHE), HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), This work was supported by NIH grants to B.H.H. (R37 AI50529, R01 AI 120810, R01 AI 114266), G.S. (R37 AI66998), and YYY (R01 AI 120860), and the BEAT-HIV Delaney Consortium (UM1 AI 126620), DFG CRC 1279 and SPP 1923, an Advanced ERC investigator grant to F.K., and a grant from Sidaction to M.M.-T. N.H. was supported by VRI (Créteil, France) and T.G.-T. by the Pasteur-Paris University PhD program. We thank the IDMIT center for access to the stellar Imaging platform and acknowledge the Imagopole France–BioImaging infrastructure, supported by the French ANR (10-INSB-04-01, Investments for the Future), for advice and access to the CV1000 system. S.J. and E.L. were part of IGradU Ulm and S.J. was supported by the DFG RTG CEMMA., We thank K. Regensburger, M. Mayer, R. Linsenmeyer, S. Engelhart, D. Krnavek, S. Heine, and J. Hampe for technical assistance, S. Sopper, K. Töpfer, and T. Schultheiss for support with flow cytometry and Nirav Patel and Greg Tharp of the Yerkes NHP Genomics Core for microarray analysis., University of Pennsylvania [Philadelphia], Innsbruck Medical University [Austria] (IMU), HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], and Vaccine Research Institute (VRI)

Florence Larrous, Tae-Hee Kim, Yoonae Ko, Hervé Bourhy, Regis Grailhe, Benoit Besson, Jihwan Song, Sang Chul Lee, Seonhee Kim, David Shum, Lyssavirus, épidémiologie et neuropathologie - Lyssavirus Epidemiology and Neuropathology, Institut Pasteur [Paris], Cellule Pasteur, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-PRES Sorbonne Paris Cité, Institut Pasteur Korea - Institut Pasteur de Corée, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), CHA Stem Cell Institute Seongnam-si, Republic of Korea], This research was supported by the European Union Seventh Framework Program (FP7/2007-2013), PREDEMICS grant 278433. This work was also supported by a grant funded by the government of the Republic of Korea (MSIP) (NRF-2017M3A9G6068257) and by a grant funded by the National Research Foundation of Korea (NRF) individual scientist support program (NRF-2013M3A9B5076486)., European Project: 278433,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2011-two-stage,PREDEMICS(2011), and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Christine Lacabaratz, Jean-Daniel Lelièvre, Pierre Versmisse, Yves Levy, Hakim Hocini, Emile Foucat, Pascaline Tisserand, Rodolphe Thiébaut, Asier Sáez-Cirión, Henri Bonnabau, Olivier Lambotte, Cécile Lefebvre, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire de Biotechnologie et Microbiologie Appliquée (LBMA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Henri Mondor, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Infectious Diseases Models for Innovative Therapies (IDMIT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes (IMVA - U1184), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de médecine interne et maladies infectieuses, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris] (IP), This study was supported by the Investissements d’Avenir program managed by the ANR under reference ANR-10-LABX-77 and by the ANRS (National Agency for Research on AIDS and Hepatitis)., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), Vaccine Research Institute (VRI), Saez-Cirion, Asier, Laboratoires d'excellence - Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute - - VRI2010 - ANR-10-LABX-0077 - LABX - VALID, Institut Pasteur [Paris], and HIV, Inflammation et persistance

Hervé Bourhy, Florence Larrous, Dirk Jochmans, Youcef Ben-Khalifa, Johan Neyts, Sophie Rogée, Lyssavirus, épidémiologie et neuropathologie - Lyssavirus Epidemiology and Neuropathology, Institut Pasteur [Paris], Centre National de Référence de la Rage - National Reference Center Rabies (CNR), Centre collaborateur de l'OMS - Rage / World Health Organization Collaboration Centres - Rabies (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Rega Institute for Medical Research [Leuven, België], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), This project was supported by the European Union's Seventh Framework Program under grant agreement no. 260644-SILVER, European Project: 260644,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,SILVER(2010), Institut Pasteur [Paris] (IP), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO)

Bas Pennings, Pascal Miesen, Gijs J. Overheul, Alfred W. Bronkhorst, Rob Vogels, Valérie Gausson-Dorey, Ronald P. van Rij, Radboud Institute for Molecular Life Sciences [Nijmegen, the Netherlands], Virus et Interférence ARN - Viruses and RNA Interference, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was financially supported by a fellowship from the Radboud Institute for Molecular Life Sciences (Radboud University Medical Center) and by a Consolidator Grant from the European Research Council (ERC) under the European Union’s Seventh Framework Programme (ERC CoG 615680). Sequencing was performed by the GenomEast platform, a member of the 'France Génomique' consortium (ANR-10-INBS-0009)., We thank current and past members of the laboratory for fruitful discussions, especially Koen van Cleef for advice on gene deletion in DNA viruses. We thank Carla Saleh (Pasteur Institute) for hosting Drosophila injections in her laboratory, and Kathryn Rozen-Gagnon (Rockefeller University) for discussions., ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), European Project: 615680,EC:FP7:ERC,ERC-2013-CoG,VIVARNASILENCING(2014), and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Solène Besson, Marie Claire Dagher, Charles Vragniau, Pascal Fender, Emilie Vassal-Stermann, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Génomique et Évolution des Microorganismes (TIMC-IMAG-GEM ), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), ANR-18-CE11-0001,Ad-Cadh,Mécanisme d'interaction des adenovirus du sous-groupe B2 à la cadhérine desmosomale DSG2 et ses applications(2018), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Génomique et Évolution des Microorganismes (TIMC-GEM ), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC ), IMAG-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA)-IMAG-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), and Thérapeutique Recombinante Expérimentale (TIMC-TheREx )

Sandie Munier, Jaime Martín-Benito, José María de la Rosa-Trevín, Nadia Naffakh, Juan Ortín, Carlos Oscar S. Sorzano, Rocío Coloma, Rocío Arranz, Diego Carlero, Centro Nacional de Biotecnología [Madrid] (CNB-CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the Spanish Ministry of Science, Innovation and Universities (Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades) grant nos. BFU2017-90018-R and BFU2011-25090/BMC (J.M.-B.) and Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases LabEx grant no. 10-LABX-0062 (N.N.)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (España), Sorzano, Carlos Óscar S., Ortín, Juan, Martín-Benito, Jaime, Sorzano, Carlos Óscar S. [0000-0002-9473-283X], Ortín, Juan [0000-0002-6200-4678], Martín-Benito, Jaime [0000-0002-8541-4709], and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Kazuaki Takahashi, Sheikh Mohammad Fazle Akbar, François Simon, Arnaud Fontanet, Abdoulaye Seck, Muriel Vray, Yusuke Shimakawa, Babacar Ndiaye, Anna L. Funk, Sarah Maylin, Shunji Mishiro, Fatou Ndiaye, Raymond Bercion, Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Tokyo-Shinagawa Hospital, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), and HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)

Christopher M. Ziegler, Florian Mueller, Emily A. Bruce, Philip Eisenhauer, Daniel Zenklusen, Benjamin R. King, Aubin Samacoits, Christophe Zimmer, Jason Botten, University of Vermont [Burlington], Imagerie et Modélisation - Imaging and Modeling, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montréal (UdeM), We also gratefully acknowledge funding support from NIH grants T32 HL076122-10 (B.R.K.), T32 AI055402 (C.M.Z.), R21 AI088059 (J.B.), and P20RR021905 and P30GM118228 (Immunobiology and Infectious Disease COBRE awards) (J.B.). D.Z. is supported by the Canadian Institute for Health Research (project grant-366682), the Fond de Recherche du Quebec (Chercheur-boursier Junior 2), and the Canadian Foundation for Innovation. C.Z., F.M., and A.S. were supported by the Institut Pasteur and the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM). B.R.K. was supported by a Chateaubriand fellowship from the Office for Science and Technology at the Embassy of France in the United States. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript, We gratefully acknowledge J. Lindsay Whitton for providing us with LCMV strain Arm53b and Samir Rahman, Philippe Clerc, Christian Weber, and Sophie Abélanet for technical assistance. We thank Pablo Navarro and Jason Stumpff for graciously offering the use of their microscopy equipment and for providing their expertise and Jean-Michel Arbona and Wei Ouyang for helpful discussions., and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Louis Lambrechts, Maria-Carla Saleh, Sophie Lanciano, Marco Vignuzzi, Hyelee Loyd, Lorena Tomé-Poderti, Hervé Blanc, Valérie Gausson, Enzo Z. Poirier, Bertsy Goic, Lionel Frangeul, Thomas Vallet, Laura I. Levi, Sarah H. Merkling, Susan Carpenter, Marie Mirouze, Chloé Baron, Jeremy Boussier, Virus et Interférence ARN - Viruses and RNA Interference, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Populations virales et Pathogenèse - Viral Populations and Pathogenesis, Cellule Pasteur, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-PRES Sorbonne Paris Cité, Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Iowa State University (ISU), Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Work was supported by the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (grant ANR-10-LABX-62-IBEID to L.L., M.V., and M.-C.S.), the European Research Council (FP7/2013-2019 ERC CoG 615220 to M.-C.S.), and the DARPA INTERCEPT program managed by Dr. Jim Gimlett and administered though DARPA Cooperative Agreement #HR0011-17-2-0023 to M.V. and M.-C.S. (the content of the information does not necessarily reflect the position or the policy of the U.S. government, and no official endorsement should be inferred). L.L. was supported by the City of Paris Emergence(s) program in Biomedical Research (grant DASES 2013-33) and by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under ZikaPLAN grant agreement No. 734584. L.T.-P. is a Marie Skłodowska-Curie actions fellow (H2020 MSCA-IF 656398-DDRR)., We thank the Saleh and Vignuzzi labs, especially V. Mongelli, L. Carrau, and G. Moratorio for scientific advice, and B. tenOever for discussions. We thank Jean-Luc Imler for the various fly strains. We thank Catherine Lallemand for mosquito rearing and Alongkot Ponlawat for field collection of mosquitoes, ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 615220,EC:FP7:ERC,ERC-2013-CoG,RNAIMMUNITY(2015), European Project: 734584,ZikaPLAN, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)

Jacques Dutrieux, François Clavel, Anne de Verneuil, Allan J. Hance, Sébastien Gallien, Julie Migraine, Hugo Mouquet, Jean-Michel Molina, Fabrizio Mammano, Génétique et Ecologie des Virus, Génétique des Virus et Pathogénèse des Maladies Virales, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Pasteur [Paris] (IP), Mammano, Fabrizio, and Institut Pasteur [Paris]

Nadia Echebli, Nicolas Tchitchek, Stéphanie Dupuy, Christine Bourgeois, Roger Le Grand, Benoit Favier, Nathalie Bosquet, Bruno Vaslin, Caroline Peireira Bittencourt Passaes, Rémi Cheynier, Timothée Bruel, Olivier Lambotte, Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes (IMVA - U1184), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Immunologie - Immunopathologie - Immunothérapie [CHU Pitié Salpêtrière] (I3), CHU Charles Foix [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Service de Médecine Interne - Immunologie Clinique [AP-HP Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), This work was supported by the Agence Nationale de Recherches sur le SIDA et les hépatites virales (www.anrs.fr). NE, SD and CPBP benefited from ANRS post-doctoral fellowships. This work was also supported by Agence Nationale de Recherches sur le SIDA et les hépatites virales (ANRS) through research project grant 11360 attributed to BV, by the agence Nationale de la Recherche (http://www.agence-nationale-recherche.fr) 'Programme d’Investissements d’Avenir' (PIA) under Grant ANR-11-INBS-0008, that funds the Infectious Disease Models and Innovative Therapies (IDMIT, Fontenay-aux-Roses, France) infrastructure, and PIA grant ANR-10-EQPX-02-01 that funds the FlowCyTech facility (project investigator RLG)., ANR-11-INBS-0008,IDMIT,Infrastructure nationale pour la modélisation des maladies infectieuses humaines(2011), ANR-10-EQPX-0002,FlowCyTech,Plateforme de phénotypage en Mass cytométrie pour l'analyse multiparamétrique de biomarqueurs complexes de l'efficacité de nouvelles stratégies thérapeutiques ou vaccinales(2010), Passaes, Caroline, Infrastructures - Infrastructure nationale pour la modélisation des maladies infectieuses humaines - - IDMIT2011 - ANR-11-INBS-0008 - INBS - VALID, and Equipements d'excellence - Plateforme de phénotypage en Mass cytométrie pour l'analyse multiparamétrique de biomarqueurs complexes de l'efficacité de nouvelles stratégies thérapeutiques ou vaccinales - - FlowCyTech2010 - ANR-10-EQPX-0002 - EQPX - VALID

Katja R. Richert-Pöggeler, Emmanuelle Muller, Neil E. Olszewski, Michael Tristem, Pierre-Yves Teycheney, Benham E Lockhart, Balázs Harrach, Hanu R. Pappu, Jens Mayer, Andrew D. W. Geering, Jan Kreuze, John M. Coffin, Robert J. Gifford, Jonathan P. Stoye, James E. Schoelz, Hung Fan, Mikhail M. Pooggin, Livia Stavolone, Susan Seal, Hélène Sanfaçon, Sead Sabanadzovic, Jens H. Kuhn, Carlos Llorens, Welkin E. Johnson, Eugene V. Koonin, Dirk Lindemann, Indranil Dasgupta, Mart Krupovic, Jonas Blomberg, Roger Hull, Biologie Moléculaire du Gène chez les Extrêmophiles (BMGE), Institut Pasteur [Paris], Uppsala University, Tufts University School of Medicine [Boston], University of Delhi, University of California [Irvine] (UCI), University of California, University of Queensland [Brisbane], University of Glasgow, Hungarian Academy of Sciences (MTA), John Innes Centre [Norwich], Boston College (BC), International Potato Center [Lima] (CIP), Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR), Institute of Virology [Dresden], Technische Universität Dresden = Dresden University of Technology (TU Dresden), Universitat de València (UV), University of Minnesota [Twin Cities] (UMN), University of Minnesota System, Saarland University [Saarbrücken], Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Washington State University (WSU), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Julius Kühn-Institut - Federal Research Centre for Cultivated Plants (JKI), Mississippi State University [Mississippi], Agriculture and Agri-Food [Ottawa] (AAFC), University of Missouri [Columbia] (Mizzou), University of Missouri System, University of Greenwich, International Institute of Tropical Agriculture, Imperial College London, National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), This work was supported in part through Battelle Memorial Institute's prime contract with the U.S. National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID, contract no. HHSN272200700016I, J.H.K.). E.V.K. is supported by intramural funds from the U.S. Department of Health and Human Services (to the National Library of Medicine). S.S. acknowledges support from SRI Funds from Mississippi Agriculture and the Forestry Experiment Station of Mississippi State University. J.F.K. is supported by the CGIAR Research Program on Roots, Tubers and Bananas (RTB) and supported by CGIAR Fund Donors (http://www.cgiar.org/aboutus/our-funders/). M.K. is supported by l’Agence Nationale de la Recherche (France) project ENVIRA., M. Krupovic, B. Harrach, S. Sabanadzovic, H. Sanfaçon, and J. H. Kuhn were members of the 2014–2017 International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) Executive Committee. J. Blomberg, J. M. Coffin, H. Fan, R. Gifford, W. Johnson, D. Lindemann, J. Mayer, J. P. Stoye, and M. Tristem were members of the 2014–2017 ICTV Retroviridae Study Group. I. Dasgupta, A. D. Geering, R. Hull, J. F. Kreuze, B. Lockhart, E. Muller, N. Olszewski, H. R. Pappu, M. Pooggin, K. R. Richert-Pöggeler, J. E. Schoelz, S. Seal, L. Stavolone, and P.-Y. Teycheney were members of the 2014–2017 ICTV Caulimoviridae Study Group. R. Hull is retired from the John Innes Centre, Norwich, Norfolk, United Kingdom, ANR-17-CE15-0005,ENVIRA,Remodelage de la membrane cytoplasmique par les virus enveloppés d'archées(2017), International Potato Center, Technische Universität Dresden (TUD), University of Minnesota [Twin Cities], Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Julius Kühn Institute (JKI), University of Missouri [Columbia], Institut Pasteur [Paris] (IP), University of California [Irvine] (UC Irvine), University of California (UC), Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), Agriculture and Agri-Food (AAFC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)

Daniela Benati, Moran Galperin, Jamie Rossjohn, Lisa Ciacchi, Amandine Decroos, Lisa A. Chakrabarti, Hugh H. Reid, Dhilshan Jayasinghe, Stephanie Gras, Madhura Mukhopadhyay, Li Lynn Tan, C. Farenc, Pathogénie Virale, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], Monash University [Clayton], Cardiff University, L.A.C. is supported by grants from Sidaction (AI25-1-02345), Agence Nationale de Recherche sur le SIDA et les Hépatites Virales (ANRS 16186), and Agence Nationale de la Recherche (ANR 14 CE16). M.G. is the recipient of a postdoctoral fellowship from ANR. M.M. is the recipient of a doctoral fellowship from ANRS. This work was supported by the Australian Research Council (ARC) and the National Health and Medical Research Council (GNT1106756). J.R. is supported by an ARC Laureate Fellowship. S.G. is a Monash Senior Research Fellow., We thank M. Heemskerk and B. Maillère for the gift of cell lines, O. Schwartz and P. Charneau for the gift of plasmids, the teams of the Center of Human Immunology and of the Flow Cytometry Platform of the Pasteur Institute for help with flow cytometry, and Etablissement Français du Sang anonymous blood donors. pNL4-3-deltaE-EGFP (catalog no. 11100) was obtained from H. Zhang, Y. Zhou, and R. Siliciano through the NIH AIDS Reagent Program, Division of AIDS, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH. We thank H. Halim, S. Scally, A. Nguyen, T. Josephs, K. Campbell, the Monash Macromolecular Crystallization Facility staff, and the staff at the Australian synchrotron for technical assistance, ANR-14-CE16-0029,PD1VAX,Une nouvelle stratégie de vaccination par vecteur ADN PD1 pour mimer les réponses spécifiques de Gag trouvées chez les contrôleurs spontanés du VIH(2014), Pathogénie Virale - Viral Pathogenesis, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), JEANNOT, FLORENCE, and Appel à projets générique - Une nouvelle stratégie de vaccination par vecteur ADN PD1 pour mimer les réponses spécifiques de Gag trouvées chez les contrôleurs spontanés du VIH - - PD1VAX2014 - ANR-14-CE16-0029 - Appel à projets générique - VALID

Jose Carlos Valle-Casuso, Anastassia Mikhailova, Asier Sáez-Cirión, HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris], HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Sung-Keun Rhee, Joo-Han Gwak, Mario López-Pérez, Virginija Cvirkaite-Krupovic, Jang-Cheon Cho, Jong-Geol Kim, Woon-Jong Yu, Mart Krupovic, Francisco Rodriguez-Valera, So-Jeong Kim, Chungbuk National University, Korea Institute of Geoscience and Mineral Resources, Virologie des archées - Archaeal Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP), Département de Microbiologie - Department of Microbiology, Universidad Miguel Hernández [Elche] (UMH), Inha University, This research was supported by National Research Foundation of Korea (NRF) grants (Mid-Career Researcher Program [NRF-2018R1A2B6008861], Basic Research Laboratory Program [NRF-2015R1A4A1041869], and C1 Gas Refinery Program [NRF-2015M3D3A1A01064881]) funded by the Ministry of Science, Information and Communication Technology, and Future Planning. M.K. was supported by a grant from l'Agence Nationale de la Recherche (#ANR-17-CE15-0005-01)., The authors would like to thank Thibault Chaze and Mariette Matondo (Pasteur Proteomics Platform) for help with the proteomics analyses. M.L.-P. was supported by a postdoctoral fellowship (Juan de la Cierva) from the Spanish Ministerio de Economía y Competitividad (IJCI-2017-34002). F.R.-V. was supported by grant CGL2016-76273-P (Agencia Estatal de Investigación/European Development Regional Fund [FEDER], EU), (cofounded with FEDER funds) from the Spanish Ministerio de Economía, Industria y Competitividad., ANR-17-CE15-0005,ENVIRA,Remodelage de la membrane cytoplasmique par les virus enveloppés d'archées(2017), and Institut Pasteur [Paris]

Raquin, Vincent, Merkling, Sarah, Gausson, Valérie, Moltini-Conclois, Isabelle, Frangeul, Lionel, Varet, Hugo, Dillies, Marie-Agnès, Saleh, Maria-Carla, Lambrechts, Louis, Interactions Virus-Insectes (IVI), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virus et Interférence ARN - Viruses and RNA Interference, Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI), Centre de Recherche et Innovation Technologique (CITECH), Institut Pasteur [Paris], This work was supported by the Institut Pasteur Transversal Research Program (grant PTR-410 to LL and MCS), the French Government's Investissement d'Avenir program, Laboratoire d'Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (grant ANR-10-LABX-62-IBEID to LL and MCS), the City of Paris Emergence(s) program in Biomedical Research (to LL), and the European Research Council (FP7/2013-2019 ERC CoG 615220 to MCS)., We are grateful to Catherine Lallemand for assistance with mosquito rearing. We thank Jean-Yves Coppée and the staff of Institut Pasteur Transcriptome & Epigenome facility for technical support with RNA-Seq and Christian Mitri for expert guidance with gene knockdown assays. We are grateful to Alongkot Ponlawat and Thanyalak Fansiri for the initial field collection of mosquitoes in Thailand, and to Veasna Duong for the initial field collection of mosquitoes in Cambodia. We acknowledge helpful discussions with Geneviève Milon, Reda Zenagui and all members of the Lambrechts lab., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 615220,EC:FP7:ERC,ERC-2013-CoG,RNAIMMUNITY(2015), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Françoise Porrot, Léa Richard, Nicoletta Casartelli, Lise Chauveau, Daniel A. Donahue, Timothée Bruel, Olivier Schwartz, Blandine Monel, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHIKV-Viro-Immuno (ANR-14-CE14-0015-01) and TIMTAMDEN (ANR-14-CE14-0029) projects, the Labex IBEID program (ANR-10-IHUB-0002), the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77-01), the Gilead HIV Cure program, and Institut Pasteur., ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-IAHU-0002,MIX-Surg,Institut de Chirurgie Mini-Invasive guidée par l'Image(2010), Virus et Immunité - Virus and immunity, and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

R. Keith Reeves, Nicolas Huot, Thalia Garcia-Tellez, Yoann Madec, Michaela Müller-Trutwin, Mickaël J.-Y. Ploquin, Beatrice Jacquelin, Philippe Rascle, Nathalie Derreudre-Bosquet, HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Institut Pasteur [Paris], Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Beth Israel Deaconess Medical Center [Boston] (BIDMC), Harvard Medical School [Boston] (HMS), Immunologie des Maladies Virales et Autoimmunes (IMVA - U1184), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), This work was supported by the Investissements d'Avenir program managed by the National Agency of Research (ANR) under reference ANR-10-LABX-77, the ANRS and the L'Oréal Foundation. The Infectious Disease Models and Innovative Therapies (IDMIT) center in Fontenay-aux-Roses, France, was funded by the French government's Investissements d'Avenir program for infrastructures (PIA) under grant ANR-11-INBS-0008, the PIA grant ANR-10-EQPX-02-01 funding the FlowCyTech facility at IDMIT. R.K.R. was supported by National Institutes of Health (NIH) grant RO1 DE026014. The anti-IL-15 monoclonal antibody was a gift from the NIH Nonhuman Primate Reagent Resource, supported by AI126683 and OD010976. N.H. and M.J.P. were recipients of postdoctoral fellowships from the French Vaccine Research Institute (Créteil, France) and Sidaction, respectively. P.R. and T.G.-T. received a PhD fellowship from the University Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité (BIOSPC), and the Pasteur-Paris University PhD program supported by the Institut Carnot Pasteur Microbes et Santé, respectively., We are grateful to the veterinarians and the staff of the IDMIT animal facility, in particular V. Contreras, B. Delache, J.-M. Helies, V. Monnet, J. Morin and C. Joubert, for their excellent work. We thank L. Irbah, T. Kortulewski and C. Chapon for access to the stellar IDMIT imaging core facility as well as C. Cassan, S. Guenounou and A. Cosma for access to the state-of-the-art IDMIT FlowCyTech core facility., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-11-INBS-0008,IDMIT,Infrastructure nationale pour la modélisation des maladies infectieuses humaines(2011), ANR-10-EQPX-0002,FlowCyTech,Plateforme de phénotypage en Mass cytométrie pour l'analyse multiparamétrique de biomarqueurs complexes de l'efficacité de nouvelles stratégies thérapeutiques ou vaccinales(2010), Institut Pasteur [Paris] (IP), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HIV, Inflammation et persistance, Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), BIDAULT, Brigitte, Laboratoires d'excellence - Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute - - VRI2010 - ANR-10-LABX-0077 - LABX - VALID, Infrastructures - Infrastructure nationale pour la modélisation des maladies infectieuses humaines - - IDMIT2011 - ANR-11-INBS-0008 - INBS - VALID, and Equipements d'excellence - Plateforme de phénotypage en Mass cytométrie pour l'analyse multiparamétrique de biomarqueurs complexes de l'efficacité de nouvelles stratégies thérapeutiques ou vaccinales - - FlowCyTech2010 - ANR-10-EQPX-0002 - EQPX - VALID

Louis Marie Bloyet, Sonia Longhi, Denis Gerlier, Stefano Gianni, Architecture et fonction des macromolécules biologiques ( AFMB ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Department of Chemistry [Cambridge, UK], University of Cambridge [UK] ( CAM ), Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunobiologie des infections virales – Immunobiology of Viral Infections, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CNR, Dipartimento di Scienze Biochimiche, Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' [Rome]-Istituto di Biologia e Patologia Molecolari, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Immunobiologie des infections virales – Immunobiology of Viral Infections (IbIV), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome]-Istituto di Biologia e Patologia Molecolari, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome] (UNIROMA)-CNR Istituto di Biologia e Patologia Molecolari [Roma] (CNR | IBPM), and National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR)-National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR)

Mathy Froeyen, Leen Delang, Stéphanie Beaucourt, Bruno Canard, Ana Theresa Silveira de Morais, Isabelle Imbert, Johan Neyts, Marco Vignuzzi, Hervé Blanc, Pieter Leyssen, Rana Abdelnabi, Rega Institute for Medical Research [Leuven, België], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Populations virales et Pathogenèse - Viral Populations and Pathogenesis, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the BELVIR project from BELSPO (IUAP), the EU-FP7/2011-2014 Project SILVER (GA 260644), and the EU-H2020 Innovative Training Network ANTIVIRALS (GA 642434). A.T.S.D.M. was supported by a postdoctoral fellowship from CNPq (Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico—Brasil). L.D. was supported by a postdoctoral fellowship from the FWO (Fund for Scientific Research of Flanders, Belgium)., European Project: 260644,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,SILVER(2010), European Project: 642434,H2020,H2020-MSCA-ITN-2014,ANTIVIRALS(2015), Pfeiffer, Julie K, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Bruno Canard, Etienne Decroly, Baptiste Martin, Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)