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Nassim Hammoudi, Sylvain Godreuil, Amar Bouam, Michel Drancourt, Dezemon Zingue, Anselme Millogo, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Universitaire Souro Sanou [Bobo-Dioulasso] (CHUSS), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre Muraz [Bobo-Dioulasso, Burkina Faso], Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Aissatou Toure Balde, Cheikh Sokhna, Fode Diop, Joseph Faye, Adama Tall, Jean-François Trape, Philippe Saint-Pierre, Abdou Kâ Diongue, Ronald Perraut, Babacar Diouf, Oumy Niass, Nafissatou Diagne, Makhtar Niang, Michel Matar Faye, Fatoumata Diene Sarr, Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université Gaston Berger de Saint-Louis Sénégal (UGB), Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 (IMT), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de recherche pour le développement [Dakar, Sénégal] (IRD Hann Maristes), Institut de recherche pour le développement (IRD [Sénégal]), the authors thank the CEA-MITIC and the SCAC embassy of French for their grant., The authors express their gratitude to the population of Dielmo and Ndiop for their participation in the study. The healthcare workers in Dielmo and Ndiop are dully acknowledged for their cooperation in conducting this study, Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Amel Ghouila, Dhafer Laouini, Chiraz Atri, Hanène Attia, Ghada Mkannez, Rabiaa M. Sghaier, Nicholas J. Dickens, Aymen Bali, Fatma Z. Guerfali, Université de Tunis El Manar (UTM), Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections - Laboratory of Transmission, Control and Immunobiology of Infection (LR11IPT02), Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), This work was funded as part of LeiSHield consortium by contribution of the Institut Pasteur International Direction and was partly supported by a NIAID/NIH Grant Number 5P50AI074178 and by Wellcome Trust (104111) Core Funding for the WTCMP., and We are grateful to Prof. Afif Ben Salah, Mr Adel Gharbi and Mr Amor Zaatour for kindly providing us with L. major isolates from the field, all members of the Medical Epidemiology team in Institut Pasteur de Tunis for collecting these isolates and for the follow-up of lesions sizes and data collection, and the Tunisian patients for their kind help and consent.

Emilie Catherinot, Olivier Lortholary, C. Richaud, Capucine Picard, Marie-Elisabeth Bougnoux, Dea Garcia-Hermoso, Marie-Olivia Chandesris, Hélène Benzaquen-Forner, Fanny Lanternier, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Mycologie moléculaire - Molecular Mycology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals (CNRMA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines - UFR Sciences de la santé Simone Veil (UVSQ Santé), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Centre d'étude des Déficits Immunitaires, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), We thank Nicolas Hamilton, Perrine Parize, Blandine Rammaert, Arnaud Hot, and Frédéric Méchai for assistance during the study., Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris], UFR des Sciences de la Santé Simone Veil, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut Pasteur [Paris], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], and Institut Pasteur [Paris]-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]

Benoit Witkowski, Hans-Peter Fuehrer, Garib Das Thakur, Céline Barnadas, Djibrine Djalle, Michael Ramharter, Mindy Leelawong, Wasif Ali-Khan, Harald Noedl, Bouasy Hongvanthong, Mohammad Shafiul-Alam, Hypolite Muhindo-Mavoko, Abdillahi Mohamed Hassan, Judith Straimer, Nimol Khim, Kigbafori D. Silué, Kaknika Loch, Barbara H. Stokes, Maria Dorina Bustos, Laura Berne, Dylan R. Pillai, Ayola A. Adegnika, Lin Hua Tang, Rotha Eam, Saorin Kim, Alioune Dieye, Mei Li, Carole E. Eboumbou-Moukoko, Lydie Canier, Marian Warsame, Didier Menard, David A. Fidock, Yap Boum, Lyndes Wini, Abdiqani Sheikh-Omar, Patrick Tshibangu-Wa-Tshibangu, Maman Laminou Ibrahim, Mohammad Jahirul-Karim, Malen Ken, Monique A. Dorkenoo, Sócrates Herrera, Odile Mercereau-Puijalon, Lise Musset, Valentine Duru, Eric Legrand, Maniphone Khanthavong, Pascal Ringwald, Bruno Pradines, Sandrine Houzé, Rachida Tahar, Olukemi K. Amodu, Johann Beghain, Sandie Menard, Liwang Cui, Colin J. Sutherland, Jun Hu Chen, Kesara Na-Bangchang, Khin Lin, Michael Nambozi, Rithea Leang, Jean Christophe Barale, Milijaona Randrianarivelojosia, Marcus V. G. Lacerda, Sophy Chy, Frédéric Ariey, Jean-Bosco Ouédraogo, Isabelle Morlais, Maria de Fátima Ferreira-da-Cruz, Lubin Jiang, Christophe Rogier, Jun Cao, Peter G. Kremsner, Bui Quang-Phuc, Inès Vigan-Womas, Din Syafruddin, Jetsumon Sattabongkot, Shigeyuki Kano, Abebe A. Fola, Louis Collet, Karamoko Niaré, Thierry Fandeur, Sedigheh Zakeri, Sodiomon B. Sirima, Antoine Berry, Jean Baptiste Mazarati, Fe Espino, Ghulam Rahim-Awab, Chanra Khean, Offianan Andre Toure, Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Génétique et Génomique des Insectes vecteurs, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Eberhard Karls Universität Tübingen = Eberhard Karls University of Tuebingen, Centre de Recherche Médicale de Lambaréné, Albert Schweitzer, Leiden University Medical Center (LUMC), Universiteit Leiden, International Centre for Diarrhoeal Disease Research, Bangladesh (ICDDR,B), University of Ibadan, Nangarhar University, Mahidol University [Bangkok], The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research (WEHI), University of Melbourne, Papua New Guinea Institute for Medical Research (PNGIMR), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Mbarara University of Science and Technology [Mbarara] (MUST), Epicentre Ouganda [Mbarara] [Médecins Sans Frontières], Epicentre [Paris] [Médecins Sans Frontières], World Health Organization (WHO), country office for Thailand, Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), JiangSu University, National Institute of Parasitic Diseases, Center for Disease Control, China, Centre Hospitalier de Mayotte, Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System, Epidemiology and Disease Control division (EDCD), Ministry of Public Health [Nepal], Institut Pasteur de Dakar, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Institut Pasteur de Bangui, Université de Lomé [Togo], Université de Douala, Centre Pasteur du Cameroun, Research Institute for Tropical Medicine, Centre International de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), University of Gondar, Institute of Parasitology [Vienna], University of Veterinary Medicine, Vienna, World Health Organisation (WHO), country office for Somalia, Caucaseco scientific research center = Centro de Investigación Científica Caucaseco, National Center for Malariology, Parasitology and Entomology, Ministry of Health [Mozambique], Hôpital Bichat - Claude Bernard, Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 216), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre de Recherche Médicale et Sanitaire (Niamey, Niger) (CERMES), Directorate General of Health Services (DGHS), Institut Pasteur de Shanghai, Académie des Sciences de Chine - Chinese Academy of Sciences (IPS-CAS), National Center for Global Health and Medicine [Japan] (NCGM), Institut Pasteur du Laos, Instituto Leônidas e Maria Deane - Fiocruz Amazônia [Manaus, Brésil] (ILMD), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Fundação de Medicina Tropical Doutor Heitor Vieira Dourado (FMT-HVD), National Center for Malaria Control, Parasitology and Entomology, Ministry of Health of Cambodgia, Henry M. Jackson Foundation for the Advancement of Military Medicine (HJM), U.S. Naval Medical Research, The Department of Medical Research (Upper Myanmar), Rwanda Biomedical Center (RBC), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement [Yaoundé, Cameroun] (IRD [Cameroun]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), University of Kinshasa (UNIKIN), University of Antwerp (UA), Institut Pasteur de la Guyane, Thammasat University (TU), Tropical Diseases Research Center (TDRC), Université de Bamako, Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna, Institut de Recherche en Sciences de la Santé (IRSS) / Centre Muraz, Medicines for Malaria Venture (MMV), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Global Malaria Programme, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence du Paludisme, Institut Pasteur de Madagascar, Ministry of Health and Human Services [Somalia], Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Cote d'Ivoire [Abidjan] (CSRS-CI), Université Félix Houphouët-Boigny (UFHB), Groupe de recherche action en santé (GRAS), London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), University of Hasanuddin, Eijkman Institute for Molecular Biology [Jakarta], Institut Pasteur de Côte d'Ivoire, Ministry of Health and Medical Services, Institut Pasteur d'Iran, Centre National de Référence du Paludisme [Cayenne, Guyane française] (CNR - laboratoire associé), Microbiologie structurale - Structural Microbiology (Microb. Struc. (UMR_3528 / U-Pasteur_5)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), AP-HP - Hôpital Cochin Broca Hôtel Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Supported by the Institut Pasteur Paris, Institut Pasteur International Division, Institut Pasteur Cambodia, and the World Health Organization, by a grant (ANR-10-LABX-62-IBEID) from the French Government Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases', a grant from Natixis Banques, a grant (R01I109023, to Dr. Fidock) from the National Institutes of Health, grants from the Fiocruz Fundação Oswaldo Cruz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas, the Brazilian National Council for Scientific and Technological Development, the Agence Nationale de la Recherche (13-BSV3-0018-01 and11-BSV7-009-01), the Austrian Federal Ministry of Science, Research, and Econo-my, the Calgary Laboratory Services, the Centre International de Recherches Médicales de Franceville, the European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (CT-2004-31070-001), the Drugs for Neglected Diseases Initiative, the Else Kroener Fresenius Stiftung, the Holger Poehlmann Stiftung, the European Community African–European Research Initiative 'IDEA' (HEALTH-F3-2009-241642), the Fonds Wetenschappelijk Onderzoek, the Vlaamse Interuniversitaire Raad–Universitaire Ontwikkelingssamenwerking, the Belgian Technical Cooperation in Democratic Republic of Congo, the European Community Seventh Framework Program (FP7/2007-2013, 242095, and 223601), the European Commission (REGPOT-CT-2011-285837-STRONGER), the Ministère de la Santé Publique du Niger (Laboratoire National de Référence Résistance aux Antipaludiques), the Foundation of National Science and Technology Major Program (2012ZX10004-220), the French Ministry of Health (Institut National de Veille Sanitaire), the Global Fund to Fight AIDS, Tuberculosis and Malaria, the 5% Initiative program (French Ministry of Foreign Affairs, France Expertise Internationale, 12INI109), the Institut Pasteur de Madagascar, the Government of the Philippines, the Institut de Recherche pour le Développement, the Foundation des Treilles, the Délégation Générale pour l’Armement (PDH-2-NRBC-4-B1-402), the Institut Pasteur de Bangui, the International Society for Health Research and Training, the Malaria Research Initiative Bandarban, Vienna, International Centre for Diarrhoeal Disease Research, Bangladesh, the Médecins sans Frontières (Centre Opérationnel Paris, France), Medicines for Malaria Venture, the National Research Council of Thailand, the Thammasat University, the National Natural Science Foundation of China (81271870, 81361120405, and 81271863), the Natural Science Foundation of Jiangsu Province (BK20130114 and BK20150001), the Jiangsu Science and Technology Department (BM2015024), the National Institutes of Health (R01 AI11646601, AI109023, and ICEMR U19AI089702, U19AI089672), the Pasteur Institute of Iran, the Malaria Division of the Iranian Center for Diseases Management and Control, Public Health England (Malaria Reference Service Contract), the Government of Rwanda, the U.S. Department of Defense Armed Forces Health Surveillance Center, Global Emerging Infections Surveillance and Response System (P0463-14-N6), the Fogarty International Center of the National Institutes of Health training (D43 TW007393), the Mahidol-Oxford Research Unit, the Government of Japan (Science and Technology Agency, Agency for Medical Research and Development, Japan International Cooperation Agency, and Science and Technology Research Partnership for Sustainable Development), and the President’s Malaria Initiative of the U.S. Agency for International Development., The KARMA Consortium, ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-13-BSV3-0018,MALARTRES,Résistance de Plasmodium aux antipaludiques de la famille des artémisinines(2013), ANR-13-BSV7-0009,NEBEDIV,Le rôle des ennemis naturels dans la diversité béta des arbres tropicaux(2013), European Project: CT-2004-31070-001,EDCCTP, European Project: HEALTH-F3-2009-24164,IDEA, European Project: FP7/2007-2013, 24209,FP7, European Project: FP7/2007-2013, 22360,FP7, European Project: 285837,EC:FP7:REGPOT,FP7-REGPOT-2011-1,STRONGER(2011), European Project: 242095,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2009-single-stage,EVIMALAR(2009), European Project: 223601,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2007-B,MALVECBLOK(2009), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Toulouse [Toulouse], Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Genève (UNIGE), INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence du Paludisme [Cayenne, Guyane française] (CNR), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Eberhard Karls Universität Tübingen, The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, Melbourne, Australia., Centre International de Recherches Médicales de Franceville, Caucaseco scientific research center, Mère et enfant face aux infections tropicales (MERIT - UMR_D 216), National Center for Global Health and Medicine (NCGM), Instituto Leônidas e Maria Deane (ILMD), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement [Yaoundé], Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d'Ivoire, Eijkman Institute for Molecular Biology, Laboratoire de Parasitologie, Centre National de Référence du Paludisme - Région Antilles-Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-WHO Collaborating Center for Surveillance of Antimalarial Drug Resistance, Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), Van geertruyden, Jean-Pierre, and KARMA Consortium

Carola Schweynoch, Hanène Attia, Gabriele Schönian, Rabiaa M. Sghaier, Ghada Mkannez, Sadok Chlif, Tesfaye Gelanew, Dhafer Laouini, Koussay Dellagi, Fatma Z. Guerfali, Aymen Bali, Nabil Belhaj-Hamida, Université de Tunis El Manar (UTM), Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections - Laboratory of Transmission, Control and Immunobiology of Infection (LR11IPT02), Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Charité - UniversitätsMedizin = Charité - University Hospital [Berlin], Laboratoire d'Epidémiologie Médicale, Institut Pasteur de Tunis, This work was supported by an NIH/NIAID/DMID Grant Number 5P50AI074178 and the Tunisian Ministry of Higher Education and Research (LR11 IPT02) for KD and DL., and We are grateful to Prof. A. Ben Salah and Mr. A. Zaatour for kindly providing us with L. major isolates from the field. We thank Ms. R. Yazidi and Ms. S. Chaâbane for their valuable technical help. We are thankful to Dr. K. Ben-Aissa for her English and grammar corrections and to Dr. J Bettaieb for her advices on statistical analyses.

Vincent Deubel, Jing Zhang, Wei Dong, Philippe Buchy, Arnaud Fontanet, Sek Mardy, Philippe Cavailler, Jun Sheng, Wei Wang, Huajie Yan, Peijun Ren, Johann Cailhol, Key Laboratory of Molecular Virology & Immunology (LMVI), Institut Pasteur de Shanghai, Académie des Sciences de Chine - Chinese Academy of Sciences (IPS-CAS), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Pediatric Department, Shanghai Nanxiang Hospital, Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), and HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)

Corinne Sailleau, Soa Fy Andriamandimby, Jean Marc Reynes, Jean-Michel Heraud, Cyril Viarouge, Jean-Pierre Ravalohery, Amadou A. Sall, Eric Cardinale, Luciano Michaël Tantely, Nohal Elissa, Stéphan Zientara, Unité de Virologie [Antananarivo, Madagascar] (IPM), Institut Pasteur de Madagascar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité d'Entomologie Médicale [Antananarivo, Madagascar] (IPM), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), and This study was funded by an internal grant from IP Madagascar. Sera from cohort of cattle were obtained from study conducted in the frame of AnimalRisk-OI, a research program on emerging animal diseases in the Indian Ocean, funded by FEDER POCT (European Union, Regional Council of Reunion and French government). Sera from transversal study were obtained during survey of Rift valley fever funded by Word Health Organization and Food and Agriculture Organization through the Central Emergency Response Fund of the United Nations.

Andres Garchitorena, Sara Eyangoh, Philippe Le Gall, Jordi Landier, Jean-François Guégan, Gaëtan Texier, Guillaume Constantin de Magny, Arnaud Fontanet, Jean Gaudart, Laurent Marsollier, Tamara Giles-Vernick, Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Ecologie des forêts de Guyane (UMR ECOFOG), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Aix Marseille Université (AMU), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCNA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Programme d'Épigénomique, Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), We thank the staff of the Akonolinga district hospital, who provided diagnoses and delivered treatment to BU patients, and the staff of the Service de Mycobactériologie at Centre Pasteur du Cameroun, who provided laboratory confirmation of diagnoses., Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Gaudart, Jean, Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Epidémiologie des Maladies Emergentes, Pasteur-Cnam risques infectieux et émergents (PACRI), Université des Antilles (UA)-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), and Centre de Recherche en Cancérologie / Nantes - Angers (CRCNA)

Meghan M. Majorowski, Afif Ben-Salah, Hélène Carabin, Mohamed Kilani, University of Oxford [Oxford], École Nationale de Médecine Vétérinaire de Sidi Thabet, Ministère de l’Agriculture, des Ressources Hydrauliques et de la Pêche Maritime [Tunisie], Laboratoire d'Epidémiologie et d'Ecologie parasitaire, Institut Pasteur de Tunis, Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), and Meghan Majorowski was a recipient of a Marshall Scholarship for her MSc training. Hélène Carabin received personal support from the Wellcome Trust

Thomas, Jaenisch, Thomas, Junghanss, Bridget, Wills, Oliver J, Brady, Isabella, Eckerle, Andrew, Farlow, Simon I, Hay, Philip J, McCall, Jane P, Messina, Victor, Ofula, Amadou A, Sall, Anavaj, Sakuntabhai, Raman, Velayudhan, G R William, Wint, Herve, Zeller, Harold S, Margolis, Osman, Sankoh, Heidelberg University Hospital [Heidelberg], Oxford University Clinical Research Unit [Ho Chi Minh City] (OUCRU), University of Oxford [Oxford], Universitätsklinikum Bonn (UKB), Liverpool School of Tropical Medicine (LSTM), United States Army (U.S. Army), Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), World Health Organisation (WHO), Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), Centers for Disease Control and Prevention [San Juan], Centers for Disease Control and Prevention, International Network for the Demographic Evaluation of Populations and Their Health (INDEPTH Network), The expert conference on dengue in Africa in Accra, Ghana, was supported by European Union grant FP7-281803 IDAMS., Members of the Dengue in Africa Study Group: Thierry A. Ouedraogo (Nouna HDSS, Burkina Faso), Oliver J. Brady, Andrew Farlow, Simon I. Hay, Janey P. Messina, (Oxford University, Oxford, UK), Isabella Eckerle (University of Bonn Medical Centre, Bonn, Germany), Moses Gwamaka (Rufiji HDSS, Tanzania), Thomas Jaenisch, Thomas Junghanss (Heidelberg University Hospital, Heidelberg, Germany), Harold S. Margolis (Centers for Disease Control and Prevention, San Juan, Puerto Rico, USA), Philip J. McCall (Liverpool School of Tropical Medicine, Liverpool, UK), Abraham Oduro (Navrongo HDSS, Ghana), Victor Ofula (US Army Medical Research Unit–Kenya, Nairobi, Kenya), Osman Sankoh (INDEPTH Network, Accra, Ghana and University of the Witwatersrand, Johannesburg, South Africa), Anavaj Sakunthabhai (Institut Pasteur, Paris, France), Amadou A. Sall (Institut Pasteur, Dakar, Senegal), Herrmann Sorgho (Nanoro HDSS, Burkina Faso), Alfred Tiono (Sapone HDSS, Burkina Faso), Raman Velayudhan (World Health Organization, Geneva), Bridget Wills (Oxford University Clinical Research Unit, Ho Chi Minh City, Vietnam), G.R. William Wint (Environmental Research Group Limited, Oxford, UK), Hervé Zeller (European Centre for Disease Control and Prevention, Stockholm, Sweden)., European Project: 281803,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2011-single-stage,IDAMS(2011), University of Oxford, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and European Centre for Disease Prevention and Control [Stockholm, Sweden] (ECDC)

Eric Prina, Karim Aoun, Hechmi Louzir, Kathleen Victoir, Gerald F. Späth, Dhafer Laouini, Aïda Bouratbine, Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections - Laboratory of Transmission, Control and Immunobiology of Infection (LR11IPT02), Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Laboratoire de parasitologie-mycologie, parasitoses médicales, biotechnologie et biomolécules, Parasitologie moléculaire et Signalisation, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction Internationale de l'Institut Pasteur, Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Arnaud Tarantola, Patrich Lorn Try, Sophie Goyet, Sopheak Hem, Blandine Rammaert, Bertrand Guillard, Sokleaph Cheng, Charles Mayaud, Sirenda Vong, Laurence Borand, Sareth Rith, Philippe Buchy, Vantha Te, Institut Pasteur du Cambodge, Institut Pasteur du Cambodge-Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Donkeo Provincial Hospital, CHU Tenon [APHP], Rammaert B, Goyet S, Mayaud C, Buchy P, Borand L., Tarantola A, Hem S, Rith S, Cheng S, Te V, Try PL, Guillard B, Vong S, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Kampong Cham Provincial hospital, Kampong Cham Provincial hospital [Cambodia], Surveillance and Investigation of endemic situations in South-East Asia (SISEA) was funded by the French Agency for Development (Agence Française de Développement, AFD) and the US Department of Human and Health Services (US DHHS). Blandine Rammaert received a grant from the Fondation Pierre Ledoux Jeunesse Internationale and the Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française., Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), CHU Tenon [AP-HP], and Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)

Navid Dinparast Djadid, Sedigheh Zakeri, Akram Abouie Mehrizi, Rahil Mashhadi, Malaria and Vector Research Group (MVRG), Institut Pasteur d'Iran, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Biotechnology Research Center (BRC), Biology department, Khatam University, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Biotechnology Research Center (BRC)-Institut Pasteur d'Iran, and Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)

Piarroux, Martine, Piarroux, Renaud, Knapp, Jenny, Bardonnet, Karine, Dumortier, Jérôme, Watelet, Jérôme, Gerard, Alain, Beytout, Jean, Abergel, Armand, Bresson-Hadni, Solange, Gaudart, Jean, Surveillance Network, Francechino, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), service d'Hépato-gastro-entérologie, Hospices Civiles de Lyon-Hôpital Edouard Heriault, Service d'Hépato-gastro-entérologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Institut de Mécanique et d'Ingénierie de Bordeaux (I2M), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Service d'hépatologie, CHU Etaing, Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Hôpital Jean Minjoz, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Gabriel Montpied, Clermont-Ferrand, France, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, Hopital Gabriel Montpied, Clermont-Ferrand, France, Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale ( SESSTIM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -ORS PACA-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Institut de Mécanique et d'Ingénierie de Bordeaux ( I2M ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bordeaux ( UB ) -Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM), Aix Marseille Université (AMU) - ORS PACA - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Chrono-environnement (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université de Franche-Comté (UFC), Hospices Civiles de Lyon - Hôpital Edouard Heriault, Service d'Hépatogastroentérologie, CHU de Nancy-Brabois, Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 - Arts et Métiers ParisTech - Institut Polytechnique de Bordeaux - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Hépato-Gastro-Entérologie, CHU de Clermont-Ferrand - Hôpital d'Estaing, and Aix Marseille Université (AMU)

M Staahl, Mariann Chriél, Mohammad Nafi Solaiman Al-Sabi, Jenny Knapp, Heidi L. Enemark, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), and Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC )

Alan G. Barbour, Paul Cislo, Roberto Cortinas, Maria A. Diuk-Wasser, Uriel Kitron, Jean I. Tsao, Sarah A. Hamer, Michelle R. Rowland, Gwenaël Vourc’h, Forrest Melton, Robert Brinkerhoff, Graham J. Hickling, Joseph Piesman, Anne G. Hoen, Jonas Bunikis, Durland Fish, and Epidémiologie animale

P, Mbelesso, S, Mbadingaï, G L S, Laghoe Nguembe, Neuroépidémiologie Tropicale (NET), Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), and Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Cheikh Loucoubar, Anavaj Sakuntabhai, Fatoumata Diene Sarr, Jean-François Bureau, Avner Bar-Hen, Jean-François Trape, Bronner P. Gonçalves, Abdoulaye Badiane, Richard Paul, Alioune Badara Ly, Adama Tall, Aliou Diop, Cheikh Sokhna, Joseph Faye, Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mathématiques Appliquées Paris 5 (MAP5 - UMR 8145), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National des Sciences Mathématiques et de leurs Interactions (INSMI)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Paludologie afrotropicale, Institut de recherche pour le développement [Dakar, Sénégal] (IRD Hann Maristes), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Gaston Berger de Saint-Louis Sénégal (UGB), Center of Excellence for Vectors and Vector-Borne Diseases (CVVD), Mahidol University [Bangkok], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Nissaf Ben Aleya-Bouafif, Abdelkader Namane, Hechmi Louzir, Soumaya Marzouki, Melika Ben Ahmed, Thouraya Boussoffara, Nabil Bel Haj Hamida, Maha Abdeladhim, Afif Ben Salah, Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Protéomique (Plate-Forme), Institut Pasteur [Paris], NIH/NIAID grant no. SP50AI074178, and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Assal A, Pelletier B, David B, Pierre Tiberghien, EFS Rhône-Alpes, EFS, IRD, Laboratoire Traitement et Communication de l'Information (LTCI), Télécom ParisTech-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté]), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS BFC)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), and Saas, Philippe

Vuitton, Dominique Angèle, Bresson-Hadni, Solange, Giraudoux, Patrick, Bartholomot, Brigitte, Laplante, Jean-Jacques, Delabrousse, Eric, Blagosklonov, Oleg, Mantion, Georges, WHO Collaborating Center on Prevention and Treatment of Human Echinococcosis, Université de Franche-Comté ( UFC ), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC ( CEF2P / CARCINO ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), WHO Collaborating Center on Prevention and Treatment of Human Echinococcosis, SERF Unit, Mutualité sociale agricole de Franche-Comté, Mutualité sociale agricole, Dept. of Nucl. Med., Jean Minjoz Univ. Hosp., Besancon, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Médecine nucléaire, biophysique, isotopes [CHRU Besançon], and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)

Rindra Randremanana, Philippe Sabatier, Dominique J. Bicout, Vincent Richard, Fanjasoa Rakotomanana, Unité d'Epidémiologie [Antananarivo, Madagascar] (IPM), Institut Pasteur de Madagascar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), and Financial support for this work was provided by a grant from the Institut Pasteur de Madagascar.

Carme, Bernard, Ardillon, V., Girod, R., Grenier, C., Joubert, M., Djossou, Félix, Ravachol, F., Service de Parasitologie Mycologie, Faculté de Médecine des Antilles et de la Guyane-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG), Cellule Inter Régionale d'Epidémiologie des Antilles - Guyane, Institut de Veille Sanitaire (INVS), Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Service des Centres de santé, Centre Hospitalier de Cayenne, Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Unité des Maladies Infectieuses et Tropicale, Centre Hospitalier de Cayenne, Veille Sanitaire, Direction de la Santé et du Développement Social (DSDS), Direction de la Santé et du Développement Social (DSDS), and Girod, Romain

Ali Hatef Salmanian, Navid Dinparast Djadid, Akram Abouie Mehrizi, Mohammad Hossein Sanati, Sedigheh Zakeri, Malaria and Vector Research Group (MVRG), Institut Pasteur d'Iran, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Biotechnology Research Center, National Research Center for Genetic Engineering and Biotechnology, and This work was supported by a grant (no. 265) from Pasteur Institute of Iran

Igor Mokrousov, Laboratory of Molecular Microbiology [St. Petersburg], Institut Pasteur de Saint-Pétersbourg, and Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)

Olivier Cassar, Myriam Abel, Renan Duprez, Philippe V. Afonso, Antoine Gessain, Sabine Plancoulaine, Corinne Capuano, Paul M. V. Martin, Sylviane Bassot, Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale USSO, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Ministry of Health, Ministry of Health [Mozambique], and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Antoine Gessain, Renaud Mahieux, Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

B, Yacoubi, A, Zekhnini, A, Moukrim, D, Rondelaud, Université de Limoges (UNILIM), Neuroépidémiologie Tropicale et Comparée (NETEC), Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503)-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Université de Limoges (UNILIM), and Grelier, Elisabeth

Eric Nerrienet, Régis Pouillot, Christophe Pasquier, Guillaume Lachenal, Martine Dubois, Ahidjo Ayouba, Richard Njouom, Dominique Rousset, Aurélia Vessière, Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Laboratoire de Virologie [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Recherches Epistémologiques et Historiques sur les Sciences Exactes et les Institutions Scientifiques (REHSEIS (UMR_7596)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Epidémiologie et de Santé Publique, and Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)

Pierre-Marie Preux, Alessandra Nicoletti, Georges Nsengiyumva, Guilhem Frescaline, Antonia Mantella, Alessandro Bartoloni, Vito Sofia, Centre National de Référence en matière de VIH SIDA, Université de Bujumbura, Neuroépidémiologie Tropicale et Comparée (NETEC), Université de Limoges (UNILIM)-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503), Laboratoire de Biostatistique et d'Informatique Médicale, Université de Limoges (UNILIM), Service de l'Information Médicale et de l'Évaluation [CHU Limoges] (SIME), and CHU Limoges

Yang, Y. R., Craig, P. S., Ito, A., Vuitton, D. A., Giraudoux, P., Sun, T., Williams, G. M., Huang, Z., Li, Zhenyu, Wang, Y., Teng, J., Li, Y., Huang, L., Wen, H., Jones, M. K., Mcmanus, D. P., Ningxia Medical College, Biomedical Sciences Research Institute, University of Salford, Department of Parasitology, Asahikawa Medical College, WHO Collaborating Center on Prevention and Treatment of Human Echinococcosis, SERF Unit, Université de Franche-Comté ( UFC ), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC ( CEF2P / CARCINO ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Molecular Parasitology Unit, University of Queensland [Brisbane]-The Queensland Institute of Medical Research-Australian Centre for International and Tropical Health and Nutrition ( ACITH ), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), and Queensland Institute of Medical Research-University of Queensland [Brisbane]-Australian Centre for International and Tropical Health and Nutrition (ACITH)

Anna-Bella Failloux, Magda Clara Vieira da Costa-Ribeiro, Ricardo Lourenço-de-Oliveira, Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Insectes et Maladies Infectieuses, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This study was supported by the Pasteur Institute in Paris, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico and Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, Brazil., Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Ben Néfissa, Kmar, Moulin, Anne Marie, Dellagi, Koussay, Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre d'Etudes et de Documentation Economiques, Juridiques et Sociales - Le Caire/Khartoum (CEDEJ), and MIN AFF ETRANG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Pelloux, Hervé, Aznar, Christine, Bouteille, Bernard, Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes [Grenoble] (LAPM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Laboratoire Hospitalo-Universitaire de Parasitologie-Mycologie, and Université des Antilles (UA)-Coordination Régionale de la lutte contre le Virus de L'Immunodéficience Humaine (COREVIH)-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]

Edgard Brice Ngoungou, Olivier Dulac, Belco Poudiougou, Michel Druet-Cabanac, Alassane Dicko, Abdoulaye Mamadou Traore, Drissa Coulibaly, Guy Farnarier, Maryse Tuillas, Marouf Mamadou Keita, Maryvonne Kombila, Ogobara K. Doumbo, Pierre-Marie Preux, Département de Parasitologie, Mycologie et Médecine Tropicale, Faculté de Médecine-Université de Libreville, Neuroépidémiologie Tropicale et Comparée (NETEC), Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503)-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Université de Limoges (UNILIM), Unité Fonctionnelle Registre Général des Cancers du Limousin (UFRGC), CHU Limoges, Service de Santé au Travail [CHU Limoges], Service de Neurologie [CHU Limoges], Service de l'Information Médicale et de l'Évaluation [CHU Limoges] (SIME), Laboratoire de Biostatistique et d'Informatique Médicale, and Université de Limoges (UNILIM)

Xiaohui Feng, Yu Rong Yang, Dominique A. Vuitton, Hao Wen, Philip S. Craig, Xongzhou Liu, Patrick Giraudoux, Tao Sun, Magda K. Ellis, Akira Ito, Donald P. McManus, Belchis Boufana, Yunhai Wang, Brigitte Bartholomot, Zhengzhi Li, Ningxia Medical College, WHO Collaborating Center on Prevention and Treatment of Human Echinococcosis, SERF Unit, Université de Franche-Comté (UFC), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Biomedical Sciences Research Institute, University of Salford, College of Information and Electrical Engineering [Beijing] (CIEE), China Agricultural University (CAU), Xinjiang Medical University, Chinese Government, Department of Parasitology, Asahikawa Medical College, Molecular Parasitology Unit, Queensland Institute of Medical Research-University of Queensland [Brisbane]-Australian Centre for International and Tropical Health and Nutrition (ACITH), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université de Franche-Comté ( UFC ), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC ( CEF2P / CARCINO ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), College of Information and Electrical Engineering [Beijing] ( CIEE ), China Agricultural University ( CAU ), University of Queensland [Brisbane]-The Queensland Institute of Medical Research-Australian Centre for International and Tropical Health and Nutrition ( ACITH ), ProdInra, Migration, Ningxia Medical University, Queensland Institute of Medical Research, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité sous contrat biologie environnementale, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Franche-Comté (UFC)

Jacques Morvan, Patricia Tortevoye, Philippe Dussart, Renan Duprez, Pierre Couppié, Jean-François Pouliquen, Mirdad Kazanji, Antoine Gessain, Julie Vandekerkhove, Antoine Talarmin, Laboratoire de Rétrovirologie [Cayenne, Guyane française], Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de virologie [Cayenne, Guyane française], Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], French Ministry of Research (Programme de Recherche Fondamentale en Microbiologie des Maladies Infectieuses et Parasitaires), Association pour la Recherche Contre le Cancer (grants 7590 and 5700), Virus Cancer Prevention Association, Ligue Contre le Cancer (support to R.D.)., and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Siala, Emna, Khalfaoui, Moncef, Bouratbine, Aida, Hamdi, Samira, Hili, Kamel, Aoun, Karim, Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules (LR11IPT06), Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Infectious Diseases Department, Menzel Bourguiba Regional Hospital, Laboratoire de parasitologie-mycologie, parasitoses médicales, biotechnologie et biomolécules, Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules ( LR11IPT06 ), Institut Pasteur de Tunis-Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ), Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires ( I2MC ), and Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Hôpital de Rangueil-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )

Peter Deplazes, Pierre Delattre, Francis Raoul, Y Décoté, M Ordinaire, Dominique Michelat, Patrick Giraudoux, M Aubert, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Laboratoire d'études et de recherches sur la rage et la pathologie des animaux sauvages, AFSSA, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institute of Parasitology, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations ( CBGP ), and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro )

David C. Kaslow, Gina M. Engler, Hélène Jouin, Eleanor M. Riley, O. Garraud, Adama Tall, Wilfrid S Nambei, André Spiegel, Ronald Perraut, Ababacar Diouf, Thomas B. Nutman, Shirley Longacre, Odile Mercereau-Puijalon, Denise Mattei, Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Immunologie Moléculaire des Parasites, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Malaria Vaccine Section, National Institutes of Health [Bethesda] (NIH)-National Institute of Allergy and Infectious Diseases, Biologie des Interactions Hôte-Parasite, Helminth Immunology Section, Laboratory of Parasitie Diseases, Department of Infectious and Tropical Diseases (LSHTM), London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Armelle Phalipon, Voahangy Rasolofo-Razanamparany, Jean Roux, Philippe J. Sansonetti, Anne-Marie Cassel-Beraud, Institut Pasteur de Madagascar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Pathogénie Microbienne Moléculaire, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Nathalie Fouchard, Vincent Lacoste, Pierre Couppie, Michel Develoux, Philippe Mauclere, Philippe Michel, Vincent Herve, Roger Pradinaud, Giovanna Bestetti, Michel Huerre, Fredj Tekaia, Guy de Thé, Antoine Gessain, Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de dermatologie [CH andré-Rosemont, Cayenne], Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], CHU Aristide Le Dantec, Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur de Bangui, Histopathologie, Institut Pasteur [Paris], Génétique Moléculaire des Levures, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Grant sponsors: International Network of the Institut Pasteur (ACIP), Association de Recherches sur le Cancer (ARC), SIDACTION, ANRS.G.B. is the recipient of a grant from the Kaposi's Sarcoma European Concerted Action (Biomed)., We thank the clinicians who provided information and samples regarding the studied patients, especially Pr. B. N'Diaye, Dr. M.T. Dieng from Dakar and Drs. Koëler and Bertevas from Cameroon, also Dr. J.G. Judde for critical review of this manuscript., Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), and Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Mireille Hontebeyrie, Sonia Lafon, Mariano J. Levin, Christine Mariette, Christine Aznar, Pascale Liegeard, Centre de biologie médicale spécialisée (CBMS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Parasitologie Expérimentale, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratorio de Biologia Molecular de la Enfermedad de Chagas [Buenos Aires] (LaBMECH), Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular, 'Dr. Héctor N. Torres' [Buenos Aires] (INGEBI), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Facultad de Ciencias Exactas y Naturales [Buenos Aires] (FCEyN), Universidad de Buenos Aires [Buenos Aires] (UBA)-Universidad de Buenos Aires [Buenos Aires] (UBA)-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Facultad de Ciencias Exactas y Naturales [Buenos Aires] (FCEyN), Universidad de Buenos Aires [Buenos Aires] (UBA)-Universidad de Buenos Aires [Buenos Aires] (UBA), This work was partially supported by INSERM-CONICET Cooperation Programme., Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Facultad de Ciencias Exactas y Naturales [Buenos Aires] (FCEyN), and Universidad de Buenos Aires [Buenos Aires] (UBA)-Universidad de Buenos Aires [Buenos Aires] (UBA)-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)

Keith A. Jolley, Mehmet Ceyhan, Adriana M. Efron, Mignon du Plessis, Ray Borrow, Jay Lucidarme, Muhamed-Kheir Taha, Steve J. Gray, Martin C. J. Maiden, Julio A. Vázquez, Dorothea M. C. Hill, Maria Cecília Gorla, Jamie Findlow, Holly B. Bratcher, Raymond S. W. Tsang, Vaccine Evaluation Unit [Manchester], Manchester Medical Microbiology Partnership [United Kingdom] (MMMP)-Public Health England [London], Department of Zoology [Oxford], University of Oxford [Oxford], Meningococcal Reference Unit (MRU), Centre for Respiratory Diseases and Meningitis, a division of the National Health Laboratory Services, National Institute for Communicable Diseases [Johannesburg] (NICD), National Microbiology Laboratory [Winnipeg, Canada], Public Health Agency of Canada, Instituto de Salud Carlos III [Madrid] (ISC), Centre National de Référence des Méningocoques et Haemophilus influenzae - National Reference Center Meningococci and Haemophilus influenzae (CNR), Institut Pasteur [Paris], Faculty of Medicine [Hacettepe University], Hacettepe University = Hacettepe Üniversitesi, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas- ANLIS Carlos Malbrán [Buenos Aires] (INEI), Instituto Adolfo Lutz [São Paulo, Brazil], Manchester Royal Infirmary, University of Manchester [Manchester], Genome sequencing performed specifically for this project was supported by Wellcome Trust grant 087622. The Medical Research Council of South Africa funded genome sequence analysis of South African isolates.The authors thank all laboratories that made available genomic data used in this project. These data were made available via the Neisseria Multi Locus Sequence Typing website (http://pubmlst.org/neisseria/) developed by Keith Jolley and sited at the University of Oxford (Jolley & Maiden 2010, BMC Bioinformatics, 11:595). The development of this site has been funded by the Wellcome Trust and European Union. This publication also made use of the Meningitis Research Foundation Meningococcus Genome Library (http://www.meningitis.org/research/genome) developed by Public Health England, the Wellcome Trust Sanger Institute and the University of Oxford as a collaboration and funded by Meningitis Research Foundation. Genome sequencing performed specifically for this project was performed at the Oxford Genomics Centre and the Public Health England Next Generation Sequencing Service. Thank you also to Rino Rappuoli and Peter Dull of Novartis Vaccines and Diagnostics and Professor Robert Reid of the University of Southampton who granted permission to sequence 29 MenW:cc11 carriage isolates from the UK carriage study.23, 30, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, University of Oxford, and Institut Pasteur [Paris] (IP)