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The objective of this study was to compare different techniques for counting mould filaments in industrialized tomato sauces available on the Brazilian market. In order to do so, 42 samples of the product “traditional tomato sauce” (from 21 different brands), sold in supermarkets in the municipality of the city of Bauru, Brazil, were collected during the period from April to June, 2016. The mycelial moulds were counted by the Howard method according to the official methodology recommended by the Association of Official Analytical Chemists (AOAC), applying techniques 965.41 and 945.92. Notably, the application of technique 945.92 using sodium hydroxide (NaOH) to eliminate the starch in the samples, facilitated counting of the hyphae and, consequently, the percentages of positive fields observed were significantly higher (median = 10%) when compared with the percentages obtained after using technique 965.41 (median = 6%) (p < 0.001). The present findings reveal the need to expand the discussion concerning the application of different techniques for the counting of mould filaments in industrialized tomato sauces, especially in Brazil and in other countries that do not prohibit the addition of starch to this kind of product. Resumo O objetivo do presente estudo foi comparar diferentes técnicas para a contagem de fungos filamentosos em molhos de tomate industrializados, comercializados no Brasil. Para isso, foram colhidas 42 amostras do produto do tipo “molho de tomate tradicional”, de 21 marcas diferentes, comercializadas em supermercados do município de Bauru-SP, no período de abril a junho de 2016. A contagem de filamentos micelianos pelo método de Howard foi realizada segundo a metodologia oficial, recomendada pela Association of Official Analytical Chemists (AOAC), aplicando-se as técnicas 965.41 e 945.92. Notadamente, a aplicação da técnica 945.92, que utiliza hidróxido de sódio (NaOH) para eliminar o amido presente nas amostras, facilitou a contagem das hifas e, consequentemente, as porcentagens de campos positivos observadas foram significativamente maiores (mediana = 10%), quando comparadas com as porcentagens obtidas após a utilização da técnica 965.41 (mediana = 6%) (p < 0,001). Nossos achados apontam a necessidade de se ampliar a discussão sobre a aplicação de diferentes técnicas para a contagem de fungos filamentosos em molhos de tomate industrializados, especialmente no Brasil e em outros países que não proíbem a adição de amido nesse tipo de produto.