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5 results on '"Métaprogramme MEM"'

1. Viral metagenomic analysis of the cheese surface: A comparative study of rapid procedures for extracting viral particles

Author

Marie-Agnès Petit, Marianne De Paepe, Stéphane Chaillou, Anne-Sophie Sarthou, Y. Fedala, Eric Dugat-Bony, Julien Lossouarn, Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires (GMPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL), and Métaprogramme MEM INRA

Subjects
Viral metagenomics, viral particles extraction procedure, Computational biology, Biology, Microbiology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, viral metagenomic, Cheese, Virology, Bacteriophages, Human virome, Membrane vesicle, Dna viral, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, 030306 microbiology, Microbiota, Virion, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, chemistry, Metagenomics, Metagenome, Chromosomal dna, Density gradient ultracentrifugation, DNA, Food Science, cheese rind
Abstract

International audience; The structure and functioning of microbial communities from fermented foods, including cheese, have beenextensively studied during the past decade. However, there is still a lack of information about both the occur-rence and the role of viruses in modulating the function of this type of spatially structured and solid ecosystems.Viral metagenomics was recently applied to a wide variety of environmental samples and standardized proce-dures for recovering viral particles from different type of materials has emerged. In this study, we adapted aprocedure originally developed to extract viruses from fecal samples, in order to enable efficient virome analysisof cheese surface. We tested and validated the positive impact of both addition of afiltration step prior to virusconcentration and substitution of purification by density gradient ultracentrifugation by a simple chloroformtreatment to eliminate membrane vesicles. Viral DNA extracted from the several procedures, as well as a vesiclesample, were sequenced using Illumina paired-end MiSeq technology and the subsequent clusters assembledfrom the virome were analyzed to assess those belonging to putative phages, plasmid-derived DNA, or even frombacterial chromosomal DNA. The best procedure was then chosen, and used to describe thefirst cheese surfacevirome, using Epoisses cheese as example. This study provides the basis of future investigations regarding theecological importance of viruses in cheese microbial ecosystems.

Published
2020
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2. New insights into cow holobiont in relation to health

Author

Nouvel, Laurent-Xavier, Morgavi, Diego, Rault, Lucie, Mariadassou, Mahendra, Schbath, Sophie, Barbey, Sarah, Launay, Frédéric, Constant, Fabienne, Sandra, Olivier, Germon, Pierre, Helloin, Emmanuelle, Lefebvre, Rachel, Le Loir, Yves, Citti, Christine, Even, Sergine, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Biologie du Développement et Reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, projet MICROCOSM financé par le métaprogramme MEM de l'INRA, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
health, holobiont, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, host genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, bovine microbiome, [INFO]Computer Science [cs], [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

International audience

Published
2018

3. Is microbial diversity of bovine mammary ecosystem correlated to mastitis susceptibility

Author

Falentin, Hélène, Bouchard, Damien, Rault, Lucie, Lassalas, Jacques, Marnet, Pierre-Guy, Le Loir, Yves, Even, Sergine, ProdInra, Archive Ouverte, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Métaprogramme MEM, projet MEUH, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
metagénomique, santé animale, prophylaxie, résistance aux antibiotiques, lutte biologique, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, probiotique, mammite, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, microbiote mammaire, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract

Inflammation and infection of bovine mammary glands, commonly known as mastitis, cause significant losses in the milk industry worldwide. To date, antibiotic treatment is the most common method to treat bovine mastitis. However it has a low cure rate during lactation for many mastitis pathogens, frequently resulting in chronic and recurrent infections. Our group explores new strategies to fight against mastitis. In the recent years, the concept of biological control has emerged as an interesting and sustainable alternative to antibiotics. The MEUH project (Milk Ecosystem and Udder Health) aims at describing bovine mammary microbiota in relation to mastitis sensitivity in cows. Cows were grouped according to their sanitary status over the past 3 years, as defined upon somatic cell counts in milk and clinical examinations. Three groups were defined: healthy, clinical mastitis sensitive, and subclinical mastitis sensitive cows. Samples (foremilk and swab) corresponding to the teat canal microbiota were collected on eight cows for each group. These samples are subjected to metagenomic pyrosequencing of bacterial 16S rRNA genes (ongoing, plateforme GEF, Rennes). We also plan to include a functional characterization of the bovine mammary microbiota through Illumina sequencing. Expected results include i) the determination of the composition of mammary microbiota according to the sanitary status (identification and proportion of each OTU), ii) the definition of a balanced versus unbalanced microbiota, and iii) the identification of marker species and functions correlated to mastitis susceptibility. These marker species will be further evaluated as candidates for the development of bovine mammary probiotics.

Published
2013

4. Données de (Meta)-génomiques et de (Meta)-transcriptomiques

Author

Guedon, Eric, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Le Métaprogramme MEM

Subjects
métagénomique, metagenomics, approche transcriptomique, métaprogramme, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Données de (Meta)-génomiques et de (Meta)-transcriptomiques . Journées d'Animation MEM

Published
2012

5. Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

Author

Hélène Falentin, Estelle Chaix, Bedis Dridi, Philippe Bessieres, Buchin, S., Stéphanie-Marie Deutsch, Magalie Weber, Robert Bossy, Sandra Derozier, Bruno Perret, Sophie Aubin, Louise Deleger, Juliette Dibie-Barthelemy, Céline Delbes, Francoise Irlinger, Florence Valence-Bertel, Serge Casaregola, Anne Thierry, Monique Zagorec, Marie-Christine Champomier-Verges, Mouamadou Ba, Arnaud Ferré, Pierre Renault, Valentin Loux, Claire Nédellec, Delphine Sicard, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité de recherches en Technologie et Analyses Laitières (URTAL), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires (GMPA), DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA-Paris), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche Fromagère (UMRF), UMR 1014 SECurité des ALIments et Microbiologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Département Microbiologie et Chaîne Alimentaire (MICA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-SECurité des ALIments et Microbiologie (SECALIM), Sciences Pour l'Oenologie (SPO), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Nouvelle-Calédonie])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Nouvelle-Calédonie])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Métaprogramme MEM, SECurité des ALIments et Microbiologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale d'ingénieurs des techniques des industries agricoles et alimentaires (ENITIAA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), and Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

Subjects
consortia bactériens, taxonomie, biodiversité bactérienne, fermented foods, produit laitier, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], alimentation durable, taxonomie bactérienne, biopréservation, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, bioconservation, collection de souches, database, phénotypr, communauté microbienne, bactérie d'intérêt alimentaire, text-mining, aliment fermenté, ferment, communauté bactérienne, extraction d'information, phénotype, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, dairy product, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], souche de levure, bactérie alimentaire, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, souche de bactérie
Abstract

Food fermentation and biopreservation processes involve the use of various species and strains of bacteria and yeast. These strains are responsible for the targeted qualities of the food products that are sanitary, organoleptic (aroma and texture) and healthy qualities. The Florilege database project aims at (i) gathering bacterial and yeast phenotypes of food product of interest that are automatically extracted from PubMed-referenced full-text litterature by using a text mining approach (ii) managing the information in a relational database (iii) enabling multi-criteria requests via a Web user-friendly interface. To date 368 phenotypes, 260 synthetised or degraded molecules, 1076 medium or food products, 1181 bacterial taxons have been acquired by a combinaison of automatic and manual annotations of text, used for training the text-mining method.Food products are automatically categorized in Florilege according to the OntoBiotope ontology that we have extended with dairy and bakery products definitions. Taxa are categorized by the NCBI taxonomy. An ontology of microbial characteristics has been specifically enriched by the Florilege project. This ontology defines microbial phenotypes (Ontobiotope-Phenotype), including intracellular characteristics of cells (such as shape, antibiotic resistance...) and microbial uses (Ontobiotope-Use) that express the microbial alteration of the external environment, food or matrix, such as aroma, vitamin or other molecule production, degradation or food coloring.A preliminary Web interface is available for querying taxa, culture medium and food products at http://genome.jouy.inra.fr/Florilege/. The public availability of Florilege database is planned for the end of 2017 with a user-friendly interface for multi-criteria requests and access to various phenotypes.Florilege will be a highly valuable tool to (i) assess phenotypic biodiversity of food microbes (ii) assign biochemical functions to each strain/species from fermented or biopreserved food products (iii) help into the development of innovative food products in particular those that involve fermentation or biopreservation processes.

Catalog

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