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Introduction: the Ministry of Public Health in Cuba is making numerous efforts to embed an informatics infrastructure in all its process where professionals with a high level of knowledge on the subject it´s essential. The National School of Public Health implements the Master's Degree in Health Informatics, aimed at the sector's managers who are involving in the informatics process. However, the current program does not focus on developing the technical skills of computer specialists. Objective: to design the academic program of the Master's Degree in Applied Medical Informatics and to evaluate its impact on the informatics process of Cuban public health. Method: a mixed approach, descriptive, retrospective and non-experimental design, and cross-sectional study, was carried out. A documentary analysis was conducted to support the design of the program and a questionnaire was applied to evaluate its impact on the informatics process of Cuban public health, with a sample randomly selected (n=63). Results: the academic program for the Master's Degree in Applied Medical Informatics was designed with a structure of 78 credits. Created in mutual collaboration between the Universidad de las Ciencias Informáticas (UCI) and the National School of Public Health. In addition, its impact on the informatics process of Cuban Public Health was evaluated on the basis of statistical analysis of data obtained. Conclusions: the program implemented is advisable and its successfully impact on the informatics process of Cuban public health, was reflected in the statistics of the first ongoing edition of the master's program., Introdução: o Ministério de Saúde Pública de Cuba realiza numerosos esforços para garantir a informatização de seus processos, onde o aperfeiçoamento profissional representa um elo fundamental. A Escola Nacional de Saúde Pública implementa o Mestrado em Informática em Saúde, destinado a gestores do setor que participam no processo de informatização. No entanto, o programa atual não se concentra no desenvolvimento de habilidades técnicas de especialistas em informática. Objetivo: desenhar o programa acadêmico do Mestrado em Informática Médica Aplicada e avaliar seu impacto no processo de informatização da saúde pública cubana. Método: estudo com abordagem mista, âmbito descritivo, tipo retrospectivo e desenho não experimental, transversal. Foi realizada uma análise documental para subsidiar o desenho do programa acadêmico do mestrado e aplicado um questionário para avaliar seu impacto no processo de informatização da saúde pública cubana, com amostra aleatória (n=63). Resultados: foi elaborado o programa acadêmico do Mestrado em Informática Médica Aplicada, com uma estrutura de 78 créditos. Foi coordenado pela Universidade de Ciências Informáticas em colaboração com a Escola Nacional de Saúde Pública. Além disso, avaliou-se seu impacto no processo de informatização da saúde pública cubana com base em análises estatísticas com os dados obtidos. Conclusões: o programa implantado é relevante e impacta o processo de informatização da saúde pública cubana, exemplo disso são as estatísticas da primeira edição em andamento do mestrado., Introducción: el Ministerio de Salud Pública de Cuba realiza numerosos esfuerzos por garantizar la informatización de sus procesos, donde la superación profesional representa un eslabón fundamental. La Escuela Nacional de Salud Pública implementa la Maestría en Informática en Salud, dirigida a los directivos del sector que participan en el proceso de informatización. Sin embargo, el programa actual no se enfoca hacia el desarrollo de habilidades técnicas de los especialistas informáticos. Objetivo: diseñar el programa académico de la Maestría en Informática Médica Aplicada y evaluar su impacto en el proceso de informatización de la salud pública cubana. Método: estudio con enfoque mixto, alcance descriptivo, de tipo retrospectivo y diseño no experimental, de corte transversal. Se realizó un análisis documental para fundamentar el diseño del programa académico de la maestría y se aplicó un cuestionario para evaluar su impacto en el proceso de informatización de la salud pública cubana, con una muestra aleatoria (n=63). Resultados: se diseñó el programa académico de la Maestría en Informática Médica Aplicada, con una estructura de 78 créditos. Es coordinado por la Universidad de las Ciencias Informáticas en colaboración con la Escuela Nacional de Salud Pública. Además, se evaluó su impacto en el proceso de informatización de la Salud Pública Cubana a partir de análisis estadísticos con los datos obtenidos.Conclusiones: el programa implementado es pertinente e impacta en el proceso de informatización de la salud pública cubana, muestra de ello lo constituye las estadísticas de la primera edición en curso de la maestría.