29 results on '"Leite, Fernanda Cristina Bezerra"'
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2. Potential for biofuels from the biomass of prickly pear cladodes: Challenges for bioethanol and biogas production in dry areas
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Santos, Taciana do Nascimento, Dutra, Emmanuel Damilano, Gomes do Prado, Adelson, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, de Souza, Raquel de Fátima Rodrigues, dos Santos, Djalma Cordeiro, Moraes de Abreu, Cesar Augusto, Simões, Diogo Ardaillon, de Morais Jr, Marcos Antonio, and Menezes, Rômulo Simões Cezar
- Published
- 2016
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3. Glutamine: a major player in nitrogen catabolite repression in the yeast Dekkera bruxellensis
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Cajueiro, Danielli Batista Bezerra, Parente, Denise Castro, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, de Morais Junior, Marcos Antonio, and de Barros Pita, Will
- Published
- 2017
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4. Production of ethanol fuel from enzyme-treated sugarcane bagasse hydrolysate using d-xylose-fermenting wild yeast isolated from Brazilian biomes
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de Fátima Rodrigues de Souza, Raquel, Dutra, Emmanuel Daminiano, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, Cadete, Raquel Miranda, Rosa, Carlos Augusto, Stambuk, Boris Ugarte, Stamford, Tânia Lúcia Montenegro, and de Morais, Jr., Marcos Antônio
- Published
- 2018
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5. 5-Hydroxymethylfurfural induces ADH7 and ARI1 expression in tolerant industrial Saccharomyces cerevisiae strain P6H9 during bioethanol production
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Sehnem, Nicole Teixeira, da Silva Machado, Angela, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, de Barros Pita, Will, de Morais, Marcos Antonio, Jr., and Ayub, Marco Antônio Záchia
- Published
- 2013
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6. Oxygen-limited cellobiose fermentation and the characterization of the cellobiase of an industrial Dekkera/Brettanomyces bruxellensis strain
- Author
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Reis, Alexandre Libanio Silva, de Fátima Rodrigues de Souza, Raquel, Baptista Torres, Rochane Regina Neves, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, Paiva, Patrícia Maria Guedes, Vidal, Esteban Espinosa, and de Morais, Jr, Marcos Antonio
- Published
- 2014
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7. The ability to use nitrate confers advantage to Dekkera bruxellensis over S. cerevisiae and can explain its adaptation to industrial fermentation processes
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de Barros Pita, Will, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, de Souza Liberal, Anna Theresa, Simões, Diogo Ardaillon, and de Morais, Jr, Marcos Antonio
- Published
- 2011
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8. Biological diversity of carbon assimilation among isolates of the yeast Dekkera bruxellensis from wine and fuel-ethanol industrial processes
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da Silva, Jackeline Maria, primary, da Silva, Gilberto Henrique Teles Gomes, additional, Parente, Denise Castro, additional, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, additional, Silva, Carolina Santos, additional, Valente, Patrícia, additional, Ganga, Angélica Maria, additional, Simões, Diogo Ardaillon, additional, and de Morais Jr, Marcos Antonio, additional
- Published
- 2019
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9. On the catabolism of amino acids in the yeastDekkera bruxellensisand the implications for industrial fermentation processes
- Author
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Parente, Denise Castro, primary, Cajueiro, Danielli Batista Bezerra, additional, Moreno, Irina Charlot Peña, additional, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, additional, De Barros Pita, Will, additional, and De Morais, Marcos Antonio, additional
- Published
- 2017
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10. Construction of integrative plasmids suitable for genetic modification of industrial strains of Saccharomyces cerevisiae
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Leite, Fernanda Cristina Bezerra, dos Anjos, Rute Salgues Gueiros, Basilio, Anna Carla Moreira, Leal, Guilherme Felipe Carvalho, Simões, Diogo Ardaillon, and de Morais, Marcos A., Jr.
- Published
- 2013
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11. On the catabolism of amino acids in the yeast <italic>Dekkera bruxellensis</italic> and the implications for industrial fermentation processes.
- Author
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Parente, Denise Castro, Cajueiro, Danielli Batista Bezerra, Moreno, Irina Charlot Peña, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, De Barros Pita, Will, and De Morais, Jr, Marcos Antonio
- Abstract
Abstract: In the last years several reports have reported the capacity of the yeast Dekkera (Brettanomyces) bruxellensis to survive and adapt to the industrial process of alcoholic fermentation. Much of this feature seems to relate to the ability to assimilate limiting sources of nutrients, or somehow some that are inaccessible to Saccharomyces cerevisiae, in particular the sources of nitrogen. Among them, amino acids (AA) are relevant in terms of beverage musts, and could also be important for bioethanol. In view of the limited knowledge on the control of AA, the present work combines physiological and genetic studies to understand how it operates in D. bruxellensis in response to oxygen availibility. The results allowed separation of the AA in three groups of preferentiality and showed that glutamine is the preferred AA irrespective of the presence of oxygen. Glutamate and aspartate were also preferred AA in anaerobiosis, as indicated by the physiological data. Gene expression experiments showed that, apart from the conventional nitrogen catabolic repression mechanism that is operating in aerobiosis, there seems to be an oxygen‐independent mechanism acting to overexpress key genes like GAP1, GDH1, GDH2 and GLT1 to ensure adequate anaerobic growth even in the presence of non‐preferential nitrogen source. This could be of major importance for the industrial fitness of this yeast species. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2018
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12. Fisiologia molecular da levedura Dekkera bruxellensis
- Author
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Leite, Fernanda Cristina Bezerra, Morais Júnior, Marcos Antonio de, and Simões, Diogo Ardaillon
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cultivos em quimiostato ,Dekkera bruxellensis ,repressão catabólica por glicose ,expressão gênica por PCR em tempo real ,fisiologia de levedura - Abstract
FACEPE A levedura Dekkera bruxellensis tem sido identificada como principal contaminante do processo industrial de produção de álcool combustível e em vinícolas, mas estudos recentes mostraram que linhagens desta espécie podem apresentar rendimentos em etanol comparáveis aos mostrados por Saccharomyces cerevisiae, o principal microrganismo fermentador. Apesar de ter se mostrado um microrganismo bastante atrativo para aplicações industriais, poucos trabalhos têm sido dedicados ao estudo de sua fisiologia. Este trabalho teve por objetivo descrever a fisiologia da linhagem industrial da levedura D. bruxellensis GDB 248 quanto ao seu metabolismo de açúcares e o efeito repressor que a glicose exerce sobre o metabolismo do carbono. Foram realizados cultivos em frascos em diferentes fontes de carbono e em quimiostatos limitados em glicose ou sacarose. Nos experimentos em frascos com hexoses ou dissacarídeos, valores para taxas de crescimento e rendimentos em etanol e acetato foram calculados e nenhuma formação de piruvato, succinato ou glicerol foi observada. A análise elementar da biomassa de D. bruxellensis resultou na composição elementar CH1.754O0.583N0.149e o grau de redução (Nox) para esta biomassa se mostrou muito próximo ao descrito para a biomassa de S. cerevisiae. Nos experimentos em regime de quimiostato, o metabolismo desta levedura foi completamente respiratório e todo o açúcar consumido (glicose ou sacarose) foi convertido em apenas biomassa atingindo rendimento cerca de 25% maior que o observado para S. cerevisiae. Além disso, pulsos de glicose foram aplicados aos quimiostatos limitados em glicose ou sacarose e os resultados mostraram que as células de D. bruxellensis apresentam o efeito Crabtree observado pela rápida produção de etanol, mesmo em presença de oxigênio. No pulso de glicose aplicado ao quimiostato limitado em sacarose, foi observado o acúmulo de sacarose no reator, indicando a presença de mecanismo de repressão catabólica por glicose nestas células. Para avaliar o efeito repressor da glicose, a expressão relativa do gene DbFBP1 foi analisada por PCR em tempo real e foi observado que este gene está sujeito a uma forte regulação repressora exercida pela proteína quinase A em resposta a disponibilidade de glicose. Os dados deste trabalho possibilitaram uma melhor compreensão acerca da capacidade de conversão de diferentes açúcares a etanol, apesar da tendência ao metabolismo respiratório apresentado pelas células de D. bruxellensis e ainda foram gerados os primeiros dados a cerca do efeito repressor da glicose sobre o metabolismo destas fontes de carbono. Por fim, diante da escassez de dados genômicos para esta espécie, foi realizado um estudo para validar genes de referência para normalização de dados de ensaios de expressão gênica por PCR em tempo real. Os resultados mostraram que os genes DbEFA1, DbEFB1 e DbYNA1 são suficientemente estáveis para esta aplicação e que o método geNorm é, de fato, o mais adequado para esta análise.
- Published
- 2012
13. Construção de vetores para modificação genética de linhagens industriais de Saccharomyces cerevisiae
- Author
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LEITE, Fernanda Cristina Bezerra and MORAIS JÚNIOR, Marcos Antônio de
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Vetores seleção limpa ,Linhagem industrial ,DNA ribossomal ,Transformação ,Saccharomyces cerevisiae - Abstract
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Sistemas de expressão heteróloga em Saccharomyces cerevisiae têm sido descritos, porém apresentam algumas desvantagens quando utilizados em linhagens industriais: (1) a marca de seleção é baseada em supressão de auxotrofia ou resistência a compostos químicos; (2) a marca de seleção nem sempre é excisável; (3) o alvo de integração geralmente não é multicópia; (4) os vetores ainda possuem seqüência bacteriana. Neste trabalho, construímos um novo sistema para modificação de linhagens industriais de S. cerevisiae que obedecem aos requisitos para utilização de OGM s na indústria: linhagem modificada sem marca de resistência a antibióticos, não portadora de seqüências de origem bacteriana e seqüências integradas derivadas de organismos GRAS (Generally recognized as safe). Este sistema pFB, composto por dois vetores pFB-LAC4 e pFB-LAC12, combina o método de seleção por complementação metabólica para lactose com a utilização do DNA ribossomal como alvo de integração por recombinação homóloga resultando num sistema de modificação com seleção limpa (ecologicamente correta), de integrações estáveis e re-utilizável numa mesma linhagem. Este sistema permite a modificação genética de linhagens industriais de S. cerevisiae para expressão heteróloga e/ou modificações de vias metabólicas permitindo o melhoramento ou introdução de vias bioquímicas nestas linhagens.
- Published
- 2008
14. Production of sensory compounds by means of the yeastDekkera bruxellensisin different nitrogen sources with the prospect of producing cachaça
- Author
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Parente, Denise Castro, primary, Vidal, Esteban Espinosa, additional, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, additional, de Barros Pita, Will, additional, and de Morais, Marcos Antonio, additional
- Published
- 2014
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15. The influence of nitrate on the physiology of the yeastDekkera bruxellensisgrown under oxygen limitation
- Author
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de Barros Pita, Will, primary, Tiukova, Ievgeniia, additional, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, additional, Passoth, Volkmar, additional, Simões, Diogo Ardaillon, additional, and de Morais, Marcos Antonio, additional
- Published
- 2013
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16. A new set of reference genes for RT-qPCR assays in the yeast Dekkera bruxellensis
- Author
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de Barros Pita, Will, primary, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, additional, de Souza Liberal, Anna Theresa, additional, Pereira, Luciana Filgueira, additional, Carazzolle, Marcelo Falsarella, additional, Pereira, Gonçalo Amarante, additional, and de Morais, Marcos Antonio, additional
- Published
- 2012
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17. Quantitative aerobic physiology of the yeastDekkera bruxellensis, a major contaminant in bioethanol production plants
- Author
-
Leite, Fernanda Cristina Bezerra, primary, Basso, Thiago Olitta, additional, Pita, Will de Barros, additional, Gombert, Andreas Karoly, additional, Simões, Diogo Ardaillon, additional, and de Morais, Marcos Antonio, additional
- Published
- 2012
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18. Production of sensory compounds by means of the yeast Dekkera bruxellensis in different nitrogen sources with the prospect of producing cachaça.
- Author
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Castro Parente, Denise, Vidal, Esteban Espinosa, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, Barros Pita, Will, and Morais, Marcos Antonio
- Abstract
The distilled spirit made from sugar cane juice, also known as cachaça, is a traditional Brazilian beverage that in recent years has increased its market share among international distilled beverages. Several volatile compounds produced by yeast cells during the fermentation process are responsible for the unique taste and aroma of this drink. The yeast Dekkera bruxellensis has acquired increasing importance in the fermented beverage production, as the different metabolites produced by this yeast may be either beneficial or harmful to the end-product. Since D. bruxellensis is often found in the fermentation processes carried out in ethanol fuel distillation in Brazil, we employed this yeast to analyse the physiological profile and production of aromatic compounds and to examine whether it is feasible to regard it as a cachaça-producing microorganism. The assays were performed on a small scale and simulated the conditions for the production of handmade cachaça. The results showed that the presence of aromatic and branched-chain amino acids in the medium has a strong influence on the metabolism and production of flavours by D. bruxellensis. The assimilation of these alternative nitrogen sources led to different fermentation yields and the production of flavouring compounds. The influence of the nitrogen source on the metabolism of fusel alcohols and esters in D. bruxellensis highlights the need for further studies of the nitrogen requirements to obtain the desired level of sensory compounds in the fermentation. Our results suggest that D. bruxellensis has the potential to play a role in the production of cachaça. Copyright © 2014 John Wiley & Sons, Ltd. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2015
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19. The influence of nitrate on the physiology of the yeast Dekkera bruxellensis grown under oxygen limitation.
- Author
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Barros Pita, Will, Tiukova, Ievgeniia, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, Passoth, Volkmar, Simões, Diogo Ardaillon, and Morais, Marcos Antonio
- Abstract
A previous study showed that the use of nitrate by Dekkera bruxellensis might be an advantageous trait when ammonium is limited in sugarcane substrate for ethanol fermentation. The aim of the present work was to evaluate the influence of nitrate on the yeast physiology during cell growth in different carbon sources under oxygen limitation. If nitrate was the sole source of nitrogen, D. bruxellensis cells presented slower growth, diminished sugar consumption and growth-associated ethanol production, when compared to ammonium. These results were corroborated by the increased expression of genes involved in the pentose phosphate (PP) pathway, the tricarboxylic acid (TCA) cycle and ATP synthesis. The presence of ammonium in the mixed medium restored most parameters to the standard conditions. This work may open up a line of investigation to establish the connection between nitrate assimilation and energetic metabolism in D. bruxellensis and their influence on its fermentative capacity in oxygen-limited or oxygen-depleted conditions. Copyright © 2013 John Wiley & Sons, Ltd. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2013
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20. Quantitative aerobic physiology of the yeast Dekkera bruxellensis, a major contaminant in bioethanol production plants.
- Author
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Leite, Fernanda Cristina Bezerra, Basso, Thiago Olitta, de Barros Pita, Will, Gombert, Andreas Karoly, Simoes, Diogo Ardaillon, and de Morais Jr, Marcos Antonio
- Subjects
- *
QUANTITATIVE research , *HEXOSES , *DISACCHARIDES , *AEROBIC bacteria , *BRETTANOMYCES , *ETHANOL fuel industry , *BIOMASS , *GLUCOSE - Abstract
Dekkera bruxellensis has been described as the major contaminant yeast of industrial ethanol production, although little is known about its physiology. The aim of this study was to investigate the growth of this yeast in diverse carbon sources and involved conducting shake-flask and glucose- or sucrose-limited chemostats experiments, and from the chemostat data, the stoichiome-try of biomass formation during aerobic growth was established. As a result of the shake-flask experiments with hexoses or disaccharides, the specific growth rates were calculated, and a different behavior in rich and mineral medium was observed concerning to profile of acetate and ethanol production. In C-limited chemostats conditions, the metabolism of this yeast was completely respiratory, and the biomass yields reached values of 0.62 gDW gS-1. In addition, glucose pulses were applied to the glucose- or sucrose-limited chemostats. These results showed that D. bruxellensis has a short-term Crabtree effect. While the glucose pulse was at the sucrose-limited chemostat, sucrose accumulated at the reactor, indicating the presence of a glucose repression mechanism in D. bruxellensis. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2013
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21. The ability to use nitrate confers advantage to Dekkera bruxellensis over S. cerevisiae and can explain its adaptation to industrial fermentation processes.
- Author
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Barros Pita, Will de Barros, Leite, Fernanda Cristina Bezerra, Souza Liberal, Anna Theresa de, Simões, Diogo Ardaillon, and Morais, Marcos Antonio de
- Abstract
The yeast Dekkera bruxellensis has been regarded as a contamination problem in industrial ethanol production because it can replace the originally inoculated Saccharomyces cerevisiae strains. The present study deals with the influence of nitrate on the relative competitiveness of D. bruxellensis and S. cerevisiae in sugar cane ethanol fermentations. The industrial strain D. bruxellensis GDB 248 showed higher growth rates than S. cerevisiae JP1 strain in mixed ammonia/nitrate media, and nitrate assimilation genes were only slightly repressed by ammonia. These characteristics rendered D. bruxellensis cells with an ability to overcome S. cerevisiae populations in both synthetic medium and in sugar cane juice. The results were corroborated by data from industrial fermentations that showed a correlation between high nitrate concentrations and high D. bruxellensis cell counts. Moreover, the presence of nitrate increased fermentation efficiency of D. bruxellensis cells in anaerobic conditions, which may explain the maintenance of ethanol production in the presence of D. bruxellensis in industrial processes. The presence of high levels of nitrate in sugar cane juice may be due to its inefficient conversion by plant metabolism in certain soil types and could explain the periodical episodes of D. bruxellensis colonization of Brazilian ethanol plants. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2011
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22. Estudo do perfil de genes de reparo do DNA em pacientes com a doença de Parkinson
- Author
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CÂNDIDO, Samantha Amorim, SOUZA, Paulo Roberto Eleutério de, MAIA, Maria de Mascena Diniz, CADENA, Pabyton Gonçalves, LEITE, Fernanda Cristina Bezerra, and ASANO, Nadja Maria Jorge
- Subjects
Genes ,Estresse oxidativo ,Polimorfismos ,DNA ,MEDICINA VETERINARIA [CIENCIAS AGRARIAS] ,Doença de Parkinson ,Epidemiologia ,Fisiopatologia - Abstract
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2023-02-03T22:37:18Z No. of bitstreams: 1 Samantha Amorim Candido.pdf: 1264611 bytes, checksum: 4f9ab7280706c83746eae48d232b5ff9 (MD5) Made available in DSpace on 2023-02-03T22:37:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Samantha Amorim Candido.pdf: 1264611 bytes, checksum: 4f9ab7280706c83746eae48d232b5ff9 (MD5) Previous issue date: 2020-08-24 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES Parkinson's disease (PD) is the second most common neurodegenerative disorder among an elderly population, it has no cure and gold therapy for motor symptoms of the disease is levodopa (L-DOPA). In the long term, L-DOPA can lead to adverse symptoms, such as motor fluctuation, dyskinesia and visual hallucinations. And studies show a possible association between oxidative stress (OE) and L-DOPA therapy. The base excision repair (BER) pathway is responsible for controlling the damage caused by OE, the APE1 and XRCC1 proteins being fundamental in this process. Variations in the genes that encode these proteins can affect the efficiency of the repair, making the brain susceptible to damage caused by OE. Thus, the present study aimed to evaluate the relationship between the presence of polymorphisms in the Asp148Glu and Arg399Gln genes of the APE1 and XRCC1 genes, respectively, with the appearance of motor fluctuation, dyskinesia and visual hallucinations with response of the pharmacological response to L-DOPA, in PD patients. 110 patients were obtained from L-DOPA therapy over a period of 5 years. Patients were stratified into two groups according to the daily dosage of L-DOPA, group I taking ≤ 600mg / day and group II taking> 600mg / day. The Asp148Glu and Arg399Gln polymorphisms of the APE1 and XRCC1 genes were performed using the qPCR and PCR-RFLP technique, respectively. The analysis of logistic regression association with longer duration of therapy with L-DOPA (PR 1.1; CI -1.1-1.19; p = 0.001), appearance of motor fluctuation (PR 1.7; CI 1.3-2 , 2; p = 0.001) and the presence of the polymorphic genotype AA of the XRCC1 gene (PR 1.54; CI 1.04-2.27; p = 0.028). In addition to the presence of the GA genotype for the XRCC1 gene providing protection in patients treated with high doses of L-DOPA (PR 0.7; CI 0.5-0.9; p = 0.022). Our data occurred that this variation in the XRCC1 gene can influence the pharmacological response of L-DOPA in patients with PD, whereas the variation in the APE1 gene does not seem to influence the treatment. doença de Parkinson (DP) é a segunda desordem neurodegenerativa mais comum entre a população idosa, não possui cura e a terapia ouro para os sintomas motores da doença é a levodopa (L-DOPA). A longo prazo a L-DOPA pode levar ao surgimento de sintomas adversos, como flutuação motora, discinesia e alucinações visuais. E estudos demonstram uma possível associação entre o estresse oxidativo (OE) e a terapia com L-DOPA. A via de reparo por excisão de bases (BER) é responsável por controlar os danos causados pelo OE, sendo as proteínas APE1 e XRCC1 fundamentais neste processo. Variações nos genes que codificam estas proteínas podem influenciar na eficiência do reparo, tornando o cérebro suscetível aos danos causados pelo OE. Desta forma, o presente estudo objetivou avaliar a relação entre a presença dos polimorfismos nos genes Asp148Glu e Arg399Gln dos genes APE1 e XRCC1, respectivamente, com o surgimento de flutuação motora, discinesia e alucinações visuais decorrentes da resposta farmacológica a L-DOPA, em pacientes com a DP. Foram avaliados 110 pacientes submetidos à terapia com L-DOPA por um período de 5 anos. Os pacientes foram estratificados em dois grupos de acordo com a dosagem diária de L-DOPA, grupo I tomando ≤ 600mg/dia e o grupo II tomando >600mg/dia. Os polimorfismos Asp148Glu e Arg399Gln dos genes APE1 e XRCC1, foram analisados através da técnica de qPCR e PCR-RFLP, respectivamente. A análise de regressão logística demonstrou associação com maior duração da terapia com L-DOPA (PR 1,1; IC -1,1-1,19; p = 0,001), surgimento de flutuação motora (PR 1.7; IC 1,3- 2,2; p = 0,001) e a presença do genótipo polimórfico AA do gene XRCC1 (PR 1,54; IC 1,04-2,27; p = 0,028). Além da presença do genótipo GA para o gene XRCC1 conferindo proteção em pacientes tratados com altas doses de L-DOPA (PR 0,7; IC 0,5-0,9; p =0,022). Nossos dados sugerem que esta variação no gene XRCC1 pode influenciar na resposta farmacológica da L-DOPA em pacientes com a DP, enquanto que a variação no gene APE1 não parece influenciar no tratamento.
- Published
- 2020
23. Genética do metabolismo de fontes de nitrogênio na levedura Dekkera bruxellensis
- Author
-
PARENTE, Denise Castro, MORAIS JÚNIOR, Marcos Antônio de, SIMÕES, Diogo Ardaillon, and LEITE, Fernanda Cristina Bezerra
- Subjects
Leveduras ,Expressão gênica ,Aminoácidos - Abstract
CAPES O interesse pela levedura Dekkera bruxellensis tem aumentado na última década pela sua capacidade de instalação e manutenção no processo fermentativo industrial de produção de etanol combustível, chegando a superar a população de Saccharomyces cerevisiae, a principal levedura usada como fermento. Essa capacidade está relacionado a assimilação de nutrientes presentes no caldo de cana, como por exemplo as fontes de nitrogênio, sendo indispensáveis para o crescimento celular. Diante desse desempenho competitivo e fermentativo demonstrado pela D. bruxellensis, há um interesse em esclarecer de que forma acontece o sucesso dessa levedura no ambiente industrial. Este trabalho tem como objetivo avaliar a inflluência de diferentes fontes de nitrogênio na taxa específica de crescimento, bem como na fisiologia e expressão de genes de células de D.bruxellensis cultivadas na presença ou ausência de oxigênio. Para isso, foram feitos cultivos na presença de aminoácidos, nitrato ou amônio como fonte de nitrogênio em condições aeróbicas e anaeróbicas, aliados a análise fisiológica feitas em HPLC e genética através de expressão gênica por PCR em tempo real. Os resultados gerados nesse trabalho relatam que a disponibilidade de oxigênio influência a preferência de assimilação de cada um dos aminoácidos bem como, a expressão de genes e permeases envolvidos no metabolismo central do nitrogênio da levedura D. bruxellensis. A glutamina é o aminoácido preferencial independente da concentração de oxigênio, no entanto em anaerobiose aspartato e glutamato também foram consideradas preferências. Os dados também mostram que a maquinaria catabólica no meio contendo todos aminoácidos e no meio contendo nitrato é mais eficiente na ausência de oxigênio. Além disso, apontam para a importância do nitrato como aceptor de elétrons na ausência de oxigênio, tal como observado em processos de fermentação industrial. Por fim, os resultados contribuem para uma melhor descrição de aspectos fisiológicos relacionados as fontes de nitrogênio pela levedura D. bruxellensis e revelam a influência negativa do oxigênio sobre a assimilação do nitrato, além de oferecer estratégias que ajudam a favorecer o seu crescimento, contribuindo para uma futura aplicação biotecnológica dessa levedura. The interest in the Dekkera bruxellensis yeast has increased in the last decade due to its capacity of installation and maintenance in the industrial fermentation process of ethanol fuel production, surpassing the population of Saccharomyces cerevisiae, the main yeast used as ferment. This capacity is related to the assimilation of nutrients present in sugarcane juice, such as nitrogen sources, which are indispensable for cell growth. Given this competitive and fermentative performance demonstrated by D. bruxellensis, there is an interest in clarifying the success of this yeast in the industrial environment and how it happens. This work aims to evaluate the influence of different nitrogen sources on the specific growth rate, as well as on the physiology and expression of D.bruxellensis cells grown in the presence or absence of oxygen. For this, cultures were made in the presence of amino acids, nitrate or ammonia as a source of nitrogen under aerobic and anaerobic conditions, allied to the physiological analysis done in HPLC and genetics through gene expression by real-time PCR. The results generated in this work report that the oxygen availability influences the assimilation preference of each of the amino acids as well as the expression of genes and permeases involved in the central nitrogen metabolism of the D. bruxellensis yeast. Glutamine is the preferred amino acid regardless.The oxygen concentration, however, there were also preferences considered in anaerobic aspartate and glutamate. The data also shows that the catabolic machinery in the medium containing all amino acids and in the medium containing nitrate is more efficient in the absence of oxygen. In addition, they point to the importance of nitrate as an electron acceptor in the absence of oxygen, as observed in industrial fermentation processes. Finally, the results contribute to a better description of the physiological aspects related to nitrogen sources by the D. bruxellensis yeast and reveal the negative influence of oxygen on the assimilation of nitrate, besides offering strategies that help to promote its growth, contributing to biotechnological application of this yeast.
- Published
- 2017
24. Diversidade da assimilação de fontes de carbono em isolados industriais de Dekkera bruxellensis
- Author
-
SILVA, Jackeline Maria da, MORAIS JUNIOR, Marcos Antonio de, SIMÕES, Diogo Ardaillon, and LEITE, Fernanda Cristina Bezerra
- Subjects
Leveduras (fungos) - Abstract
FACEPE Dekkera bruxellensis pertence à família Saccharomycetaceae e é considerado um parente distante de Saccharomyces cerevisiae. Esta levedura, principalmente na sua forma anamorfa Brettanomyces bruxellensis, é um importante contaminante da produção de vinho. O objetivo deste estudo foi comparar a fisiologia de linhagens da levedura Dekkera bruxellensis isoladas da produção de vinho e de álcool combustível quanto ao metabolismo de diferentes açúcares potencialmente utilizados como substrato industrial. Para isso, 30 isolados de Dekkera bruxellensis foram avaliados quanto à habilidade de assimilação respiratória e fermentativa de monossacarídeos e dissacarídeos, a diversidade fenotípica relacionada à repressão catabólica pela glicose, e a assimilação de diferentes açúcares, tais como glicose, sacarose e celobiose sob condição anaeróbica. Diferenças entre os perfis de assimilação respiratória foram observadas para cada isolado. As mais altas velocidades de crescimento foram encontradas em meio com glicose, frutose e sacarose 0,32 h⁻¹, 0,30 h⁻¹ e 0,30 h⁻¹, respectivamente, em aerobiose pelos isolados de destilaria. Em maltose e galactose, as maiores taxas de crescimento foram respectivamente, 0,21 h⁻¹ e 0,27 h⁻¹, alcançadas por isolados de destilaria e de vinícola, e em celobiose e lactose, as maiores taxas foram respectivamente, 0,20 h⁻¹e 0,15 h⁻¹, alcançados pelos isolados de destilaria. A presença do repressor catabólico 2-deoxiglicose no meio com galactose e maltose inibiu o crescimento de todos os isolados de vinho, diferentemente de alguns isolados de etanol que apresentaram resistência a este composto. A adição de Antimicina A nos meios de cultura alterou o crescimento apenas dos isolados de vinícola. Em anaerobiose estrita, os isolados de destilaria alcançaram velocidades de crescimento iguais a 0,44 h⁻¹; 0,40 h⁻¹e 0,26 h⁻¹ em glicose, sacarose e celobiose, respectivamente. A capacidade de assimilação de diferentes açúcares pelos isolados de D. bruxellensis frente às diversas condições testadas mostram a diversidade fenotípica encontrada dentro desta espécie. Além disso, os dados podem colaborar para explicação da capacidade adaptativa dessa espécie em diferentes ambientes industriais cujas fontes alternativas de carbono estejam presentes. Do ponto de vista biotecnológico, estudos com isolados de D. bruxellensis podem ser voltados para a produção de etanol de segunda geração, cujo um dos substratos é a celobiose, açúcar dos quais linhagens selvagens de S. cerevisiae não são capazes de assimilar. Dekkera bruxellensis belongs to the family Saccharomycetaceae and is considered a distant relative of Saccharomyces cerevisiae. This yeast, mainly in its anamorphic form Brettanomyces bruxellensis, is an important contaminant of wine production. The aim of this study was to compare the physiology of strains Dekkera bruxellensis yeast isolated from wine production and ethanol on the metabolism of different sugars potentially used as industrial substrate. To this, 30 isolates of Dekkera bruxellensis were assessed for fermentative and respiratory assimilation ability monosaccharides and disaccharides, phenotypic diversity related to catabolite repression by glucose and the assimilation of different sugars, such as glucose, sucrose and cellobiose under anaerobic conditions. Differences between the profiles of respiratory assimilation were observed for each isolate. The highest growth rates were found in glucose, fructose and sucrose 0.32 h⁻¹, 0.30 h⁻¹and 0.30 h⁻¹, respectively, in aerobiosis by distillery isolates. In maltose and galactose, the highest growth rates were respectively 0.21 h⁻¹ and 0.27 h ⁻¹, reached by distillery and wine isolates, and in cellobiose and lactose, the highest rates were 0, 20 h⁻¹ and 0.15 h⁻¹, reached by distillery isolates. The presence of the 2-deoxyglucose catabolic repressor in the medium with galactose and maltose inhibited the growth of all the wine isolates, unlike some ethanol isolates were resistant to this compound. The addition of Antimycin A in the culture media altered the growth of only the wine isolates. In strict anaerobiosis the isolates of distillery reached growth rates equal to 0.44 h ⁻¹; 0.40 h ⁻¹ and 0.26 h ⁻¹ in glucose, sucrose and cellobiose, respectively. The capacity of assimilation of different sugars by D. bruxellensis isolates against the different conditions tested shows the phenotypic diversity found within this species. Moreover, the data can corroborate to explain the adaptive capacity of this species in different industrial environments whose alternative carbon sources are present. In biotechnological point of view, studies with isolated D. bruxellensis may be facing a second-generation ethanol, which one of the substrates is a cellobiose, sugar from which wild strains of S. cerevisiae are not able to assimilate
- Published
- 2017
25. Estudo de associação de polimorfismos nos genes CCR2 e CCR5 com o desenvolvimento de lesões cervicais induzidas pelo HPV
- Author
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SANTOS, Erinaldo Ubirajara Damasceno dos, SOUZA, Paulo Roberto Eleutério de, MAIA, Maria de Mascena Diniz, GOMES FILHO, Manoel Adrião, ALMEIDA, Anna Carolina Soares, LEITE, Fernanda Cristina Bezerra, and ANJOS, Rute Salgues Gueiros dos
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Human papillomavirus ,Câncer cervical ,Cervical cancer ,Papillomavírus humano ,MEDICINA VETERINARIA [CIENCIAS AGRARIAS] ,Polymorphism ,Polimorfismo - Abstract
Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-06-17T13:30:57Z No. of bitstreams: 1 Erinaldo Ubirajara Damasceno dos Santos.pdf: 5711027 bytes, checksum: 05684bbb6abc042b66317984510ed3df (MD5) Made available in DSpace on 2016-06-17T13:30:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Erinaldo Ubirajara Damasceno dos Santos.pdf: 5711027 bytes, checksum: 05684bbb6abc042b66317984510ed3df (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 Cervical cancer (CC) affects about half a million women each year worldwide. The main etiological agent that can lead to the development of the CC is the human papillomavirus (HPV). However, not all women infected with HPV will have a progression to cancer, since the neoplastic development involves immune, genetic and environmental factors. Chemokine receptors play an important role in immune response, and progression of cervical intraepithelial neoplasia (CIN) for CC. Genetic variations related to the genes of these receptors may lead to the formation of cervical neoplasia. This study aimed to associate polymorphisms in genes of CCR2-64I chemokine receptor (rs1799864) and CCR5-Δ32 (rs333) with susceptibility to the development of cervical lesions (CIN or CC) in women from the State of Pernambuco, Brazil. The study population consisted of 139 women with cervical lesions (patients) and 151 healthy women (controls). The CCR2-64I and CCR5-Δ32 polymorphisms were analyzed by the technique of PCR-RFLP. The HPV detection was performed using the standard PCR technique. A protective effect for individuals carriers of a mutant genotypes (GA or AA) for individuals with cervical injury to the polymorphism in CCR2-64I gene (OR = 0.37, p = 0.0008). The same was observed for the A allele (OR = 0.39, P = 0.0002). In contrast, no association to the polymorphism in the CCR5-Δ32 gene was observed (p> 0.05). The prevalence of HPV types showed that 38.8% of patients were infected with HPV16; 22.3% HPV 18; HPV31 2.9%; 3.6% HPV 33; and 14.4% for other types of HPV. For multiple infection 18% of patients were co-infected with types 16 and 18. When we analyzed the association of HPV type with CCR2-64I polymorphism in the gene between individuals of the group of patients there is an effect protector of infection for HPV 16 (OR = 0.35, p = 0.0184). Moreover, when patients were stratified according to the severity of cervical lesions, 28.78% (40/139) had CIN I (low grade lesion), 62.58% (87/139) had CIN II or III (high-grade lesions) and 8.63% (12/139) had CC. In summary, our study showed CCR2-64I polymorphism protective effect of both susceptibility to infection with HPV 16 and for the development of cervical lesions (CIN and CC). O câncer cervical (CC) afeta cerca de meio milhão de mulheres a cada ano em todo o mundo. O principal agente etiológico que pode levar ao desenvolvimento do CC é a infecção por Papillomavírus humano (HPV). Porém, nem todas as mulheres infectadas pelo HPV terão uma progressão para o câncer, visto que, o desenvolvimento neoplásico envolve fatores imunológicos, genéticos e ambientais. Os receptores de quimiocinas desempenham um importante papel na resposta imunológica e progressão de neoplasia intraepitelial cervical (NIC) para o CC. Variações genéticas relacionados com os genes destes receptores podem levar a formação de neoplasia cervical. O presente estudo teve como objetivo associar polimorfismos nos genes receptores das quimiocinas CCR2-64I (rs1799864) and CCR5-Δ32 (rs333) com a susceptibilidade para o desenvolvimento de lesão cervical (NIC ou CC) em mulheres residentes no Estado Pernambuco-Brasil. A população de estudo consistiu de 139 mulheres com lesões cervicais (pacientes) e 151 mulheres saudáveis (controles). Os polimorfismos CCR2-64I e CCR5-Δ32 foram analisados pela técnica da PCR-RFLP. A detecção do HPV foi realizada através da técnica de PCR convencional. Um efeito protetor foi observado para indivíduos carreadores de um dos genótipos mutantes (GA ou AA) em relação aos indivíduos com lesão cervical para o polimorfismo no gene CCR2-64I (OR = 0,37, p= 0,0008). O mesmo foi observado para o alelo A (OR = 0,39, P = 0,0002). Contrariamente, nenhuma associação para o polimorfismo no gene CCR5-Δ32 foi observada (p> 0,05). A prevalência dos tipos de HPV mostrou que 38,8% dos pacientes estavam infectados pelo HPV16; 22,3% HPV 18; 2,9% HPV31; 3,6% HPV 33; e 14,4% por outros tipos de HPV. Em relação a infecção múltipla, 18% dos pacientes foram co-infectados pelos tipos 16 e 18. Quando analisada a associação do tipo de HPV com o polimorfismo no gene CCR2-64I, entre os indivíduos do grupo de pacientes, observou-se um efeito protetor da infecção para o HPV 16 (OR = 0,35, p = 0,0184). Além disso, quando os pacientes foram estratificados de acordo com a gravidade das lesões cervicais, 28,78% (40/139) apresentaram NIC I (lesão de baixo grau), 62,58% (87/139) tinham NIC II ou III (lesão de alto grau) e 8,63% (12/139) tiveram CC. Em resumo, nosso estudo mostrou um efeito protetor do polimorfismo CCR2-64I tanto para susceptibilidade para a infecção pelo HPV 16 como para o desenvolvimento de lesões cervicais (CIN e CC).
- Published
- 2016
26. Ecologia da levedura Dekkera bruxellensis no ambientação da fermentação alcoólica industrial
- Author
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SILVA, Teresa Cristina Domingos da, MORAIS JUNIOR, Marco Antonio de, and LEITE, Fernanda Cristina Bezerra
- Subjects
fermentação alcoólica ,Ecologia de D. bruxellensis ,contaminação - Abstract
CNPq A levedura Dekkera bruxellensis foi identificada como principal contaminante dos processos de fermentação alcoólica em destilaria de vários países, com destaque para as encontradas no nordeste brasileiro. A presença dessas leveduras pode resultar em uma diminuição na produtividade do etanol combustível, causando grande prejuízo econômico. Atualmente, vários estudos estão sendo realizados para um melhor entendimento sobre a fisiologia dessa espécie e pouco se sabe sobre como essa levedura contaminante se instala no processo industrial. Assim, esse trabalho se propõe a investigar os possíveis pontos de surgimento desta levedura em destilarias do estado da Paraíba, no Nordeste Brasileiro, a partir de amostras coletadas da água de lavagem da cana-de-açúcar, do caldo misto da fermentação e da vinhaça, um resíduo industrial. As leveduras foram isoladas usando meios seletivos com WLN e YNB-Nit e posteriormente identificadas a partir de sequenciamento de DNA. Foram isoladas 157 espécimes de D. bruxellensis. Estes isolados estavam presentes nos três pontos de coletas em ambas as destilarias, mas com diferentes percentuais de distribuição. Na destilaria A o surgimento das leveduras foi ditribuido em 33.9% nas amostras de caldo misto, 13,1% nas de água e 53% nas de vinhaça. Na destilaria B as percentagens foram 19,8% para caldo misto, 33,4% para água de lavagem e 46,8 para vinhaça Este estudo mostra que a levedura D. bruxellensis está presente em todas as amostras analisadas e em quantidade significantes, sendo o nitrato presente nessas amostras o possível responsável poe essa presença. Entretanto, mais estudos acerca da presença de nitrato e a presença da levedura nessas amostras são necessários para confirmar a adaptação de D. bruxellensis em diferentes nichos ecológicos. The Yeast Dekkera bruxellensis was identified as the main contaminant of fermentation processes in distillery many countries, especially those found in northeastern Brazil. The presence of these yeasts can result in a decrease in fuel ethanol productivity, causing great economic damage. Currently, several studies are being conducted to a better understanding of the physiology of this species and little is known about how this contaminant yeast settles in the industrial process. Thus, this study aims to investigate the possible points of emergence of this yeast in distilleries in the state of Paraíba, in Northeastern Brazil, from samples collected wash sugarcane water, the mixed fermentation broth and vinasse , an industrial residue. The yeasts were isolated using selective media with WLN and YNB-Nit and later identified from DNA sequencing. They were isolated 157 specimens of D. bruxellensis. These isolates were present in the three collection points in both distilleries, but with different percentage distribution. The distillery in the emergence of yeast was ditribuido at 33.9% in mixed juice samples, 13.1% water and 53% in the vinasse. In distillery percentages were 19.8% for mixed juice, 33.4% for wash water and 46.8 for vinasse This study shows that the yeast D. bruxellensis is present in all samples and in significant quantity, and the nitrate present in these samples the possible responsible poe this presence. However, more studies about the presence of nitrate and the presence of yeast in these samples are needed to confirm the adaptation of D. bruxellensis in different ecological niches.
- Published
- 2015
27. Associação dos Genes IL-10 e TNF-α com a susceptibilidade às doenças cervicais
- Author
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SILVA, Alex Paulino da, SOUZA, Paulo Roberto Eleutério de, MAIA, Maria de Mascena Diniz, GOMES FILHO, Manoel Adrião, and LEITE, Fernanda Cristina Bezerra
- Subjects
Colo uterino ,Câncer ,MEDICINA VETERINARIA [CIENCIAS AGRARIAS] ,Polymorphism ,Cervical Cancer ,Polimorfismo - Abstract
Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-06-09T13:34:24Z No. of bitstreams: 1 Alex Paulino da Silva.pdf: 1396065 bytes, checksum: da02f6043581303f3bb054d24fced4ae (MD5) Made available in DSpace on 2016-06-09T13:34:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alex Paulino da Silva.pdf: 1396065 bytes, checksum: da02f6043581303f3bb054d24fced4ae (MD5) Previous issue date: 2015-02-12 Cervical cancer (CC) is a disease that affects approximately 1.5 million women in the world and has as a causing agent the human papillomavirus (HPV). Proteins associated with the immune response are essential for viral elimination. However, variations in their genes, such as IL-10 [(A-1082G) (rs1800896)] and TNF-α [(G-308A) (rs1800629)] may predispose individuals to various diseases such as lupus, rheumatoid arthritis, AIDS, as well as some forms of cancer. In the present study, we aimed to investigate the possible association of the single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the regions rs1800896 and rs1800629 with the predisposition to develop cervical squamous intraepithelial lesions and cervical adenocarcinoma. In addition, we wanted to match them with sociodemographic profiles and different habits of the patients. We used DNA samples from 240 women with HPV infection (168 vaginal secretion samples and 72 paraffin-embedded samples) and 169 healthy control DNA samples (HPV negative). Analysis of each polymorphism was performed by ARMS-PCR. Our results showed a positive association of the polymorphism rs1800896 of the IL-10 gene with susceptibility to develop cervical disease (p < 0.05). However, there was no association in relation to the polymorphism rs1800629 on the TNF-α gene (p > 0.05). On the other hand, for the latter SNP, a positive correlation was found for the following characteristics: age > 35 years, early age of first sexual intercourse, use of oral contraceptive, smoking, African ancestry and co-infection by Chlamydia trachomatis (p < 0.05). Our study showed that the IL-10 and TNF-α genes are strong candidates to be used as molecular biomarkers in the preventive screening of patients susceptible to cervical disease in the study population. O câncer cervical (CC) é uma doença que acomete aproximadamente 1,5 milhões de mulheres no mundo e possui como agente etiológico o Papilomavirus humano (HPV). Proteínas ligadas à resposta imune são essenciais para a eliminação viral. Entretanto, as variações em seus genes, tais como IL-10 [(A-1082G) (rs1800896)] e TNF-α [(G-308A) (rs1800629)] podem predispor os indivíduos ao surgimento de várias doenças como lúpus, artrite reumatoide, AIDS, assim como algum tipo de câncer. No presente estudo, objetivamos investigar a possível associação dos polimorfismos de base única (SNP) nas regiões rs1800896 e rs1800629 com a susceptibilidade ao desenvolvimento de lesões escamosas cervicais e adenocarcinoma uterino. Além disso, associá-los com dados clínicos das pacientes. Foram utilizadas 240 amostras de DNA de mulheres infectadas por HPV (168 de secreção vaginal, oriundas de lesão cervical escamosa, e 72 de material parafinado, proveniente de adenocarcinoma uterino) e 169 amostras de DNA de controle saudável (HPV e lesões negativas). A análise do polimorfismo foi realizada pela técnica ARMS-PCR. Nossos resultados mostraram associação do polimorfismo rs1800896 do gene IL-10 com a susceptibilidade às doenças cervicais (p0,05). Por outro lado, em relação a este último, encontramos associação dos genótipos GA/GG somados com as características: idade >35anos, idade precoce da coitarca, uso de contraceptivos orais, fumo, derivação africana e co-infecção por Chlamydia trachomatis (p
- Published
- 2015
28. On the catabolism of amino acids in the yeast Dekkera bruxellensis and the implications for industrial fermentation processes.
- Author
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Parente DC, Cajueiro DBB, Moreno ICP, Leite FCB, De Barros Pita W, and De Morais MA Jr
- Subjects
- Dekkera enzymology, Fermentation, Food Industry, Gene Expression Regulation, Enzymologic, Gene Expression Regulation, Fungal, Amino Acids metabolism, Dekkera metabolism
- Abstract
In the last years several reports have reported the capacity of the yeast Dekkera (Brettanomyces) bruxellensis to survive and adapt to the industrial process of alcoholic fermentation. Much of this feature seems to relate to the ability to assimilate limiting sources of nutrients, or somehow some that are inaccessible to Saccharomyces cerevisiae, in particular the sources of nitrogen. Among them, amino acids (AA) are relevant in terms of beverage musts, and could also be important for bioethanol. In view of the limited knowledge on the control of AA, the present work combines physiological and genetic studies to understand how it operates in D. bruxellensis in response to oxygen availibility. The results allowed separation of the AA in three groups of preferentiality and showed that glutamine is the preferred AA irrespective of the presence of oxygen. Glutamate and aspartate were also preferred AA in anaerobiosis, as indicated by the physiological data. Gene expression experiments showed that, apart from the conventional nitrogen catabolic repression mechanism that is operating in aerobiosis, there seems to be an oxygen-independent mechanism acting to overexpress key genes like GAP1, GDH1, GDH2 and GLT1 to ensure adequate anaerobic growth even in the presence of non-preferential nitrogen source. This could be of major importance for the industrial fitness of this yeast species., (Copyright © 2017 John Wiley & Sons, Ltd.)
- Published
- 2018
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29. The influence of nitrate on the physiology of the yeast Dekkera bruxellensis grown under oxygen limitation.
- Author
-
de Barros Pita W, Tiukova I, Leite FC, Passoth V, Simões DA, and de Morais MA Jr
- Subjects
- Citric Acid Cycle, Dekkera growth & development, Ethanol metabolism, Fermentation, Pentose Phosphate Pathway, Dekkera metabolism, Nitrates metabolism, Oxygen metabolism
- Abstract
A previous study showed that the use of nitrate by Dekkera bruxellensis might be an advantageous trait when ammonium is limited in sugarcane substrate for ethanol fermentation. The aim of the present work was to evaluate the influence of nitrate on the yeast physiology during cell growth in different carbon sources under oxygen limitation. If nitrate was the sole source of nitrogen, D. bruxellensis cells presented slower growth, diminished sugar consumption and growth-associated ethanol production, when compared to ammonium. These results were corroborated by the increased expression of genes involved in the pentose phosphate (PP) pathway, the tricarboxylic acid (TCA) cycle and ATP synthesis. The presence of ammonium in the mixed medium restored most parameters to the standard conditions. This work may open up a line of investigation to establish the connection between nitrate assimilation and energetic metabolism in D. bruxellensis and their influence on its fermentative capacity in oxygen-limited or oxygen-depleted conditions., (Copyright © 2013 John Wiley & Sons, Ltd.)
- Published
- 2013
- Full Text
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