Search

Your search keyword '"Lefebvre, Rachel"' showing total 127 results
Start Over Author "Lefebvre, Rachel"
127 results on '"Lefebvre, Rachel"'

9. Standardized Whole Blood Assay and Bead-Based Cytokine Profiling Reveal Commonalities and Diversity of the Response to Bacteria and TLR Ligands in Cattle

Author

Lesueur, Jérémy, primary, Walachowski, Sarah, additional, Barbey, Sarah, additional, Cebron, Nathan, additional, Lefebvre, Rachel, additional, Launay, Frédéric, additional, Boichard, Didier, additional, Germon, Pierre, additional, Corbiere, Fabien, additional, and Foucras, Gilles, additional

Published
2022
Full Text
View/download PDF

13. New insights into cow holobiont in relation to heath

Author

Even, Sergine, Mariadassou, Mahendra, Nouvel, Xavier, Constant, Fabienne, MORGAVI, Diego, Rault, Lucie, Barbey, Sarah, Helloin, Emmanuelle, Rué, Olivier, Schbath, Sophie, Launay, Frederic, Sandra, Olivier, Lefebvre, Rachel, Le Loir, Yves, Germon, Pierre, Citti, Christine, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie de la Reproduction, Environnement, Epigénétique & Développement (BREED), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility (MIGALE), Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), and Université de Tours-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

16. Selection on mastitis resistance in Holstein and Normande breeds: genetic and immune responses

Author

Lefebvre, Rachel, Barbey, Sarah, Germon, Pierre, Rainard, Pascal, Foucras, Gilles, Boichard, Didier, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

17. Sequence -based GWAS for milk production traits, udder health and morphology in French dairy cattle

Author

Tribout, Thierry, Croiseau, Pascal, Lefebvre, Rachel, Barbat, Anne, Boussaha, Mekki, Fritz, Sébastien, Boichard, Didier, Hozé, Chris, Sanchez, Marie-Pierre, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Allice

Subjects
[SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

18. Genetic relationship between body reserves mobilisation and feed intake in Holstein cows?

Author

Lefebvre, Rachel, Faverdin, Philippe, Barbey, Sarah, Tribout, Thierry, Martin, Pauline, Boichard, Didier, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), EAAP, ANR-15-CE20-0014,Deffilait,Améliorer l'efficacité alimentaire des vaches laitières : comprendre les déterminants grace à de nouveaux outils de phénotypage pour mieux l'évaluer et élaborer des stratégies de sélection génétique en fonction des conditions d'élevage(2015), Boichard, Didier, and Améliorer l'efficacité alimentaire des vaches laitières : comprendre les déterminants grace à de nouveaux outils de phénotypage pour mieux l'évaluer et élaborer des stratégies de sélection génétique en fonction des conditions d'élevage - - Deffilait2015 - ANR-15-CE20-0014 - AAPG2015 - VALID

Subjects
[SDV.BA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology
Abstract

International audience; The dairy cow faces large changes in nutritional requirements after calving. As feed intake adjusts only gradually to the strong increase in nutritional needs due to milk production, body mobilisation cannot be avoided in the beginning of the lactation. Excessive body mobilisation increases the risk of low fertility, of several diseases, and of poorer longevity, decreasing the animal robustness. Although body mobilisation is associated to milk yield, the potential for uncoupling production from body mobilisation remains largely unknown. The aim of this study was to estimate the correlations between feed intake, milk production and body mobilisation trajectories according to body condition score breeding value. This study involved 330 Holstein cows from three experimental facilities. Cows were genotyped and characterised by their direct genomic value for body condition. Their milk production, feed intake and body weight were recorded daily all along their lactation and body condition was scored monthly. Blood metabolites were also measured. Trajectories were found to be dependent on body condition breeding values (BCg). In the beginning of lactation, BCg did not affect feed intake but milk production was lower (-1.5 kg), and body weight and body condition were higher for animal with high BCg (+19.7 kg and +0.2 points per BCg genetic standard deviation, respectively). Contrarily, after 4 months of lactation, cows with high BCg showed more daily feed intake (+4 kg), production (+1.4 kg milk) and less body weight (-13 kg). These trajectories were therefore quite different: low BCg seems to be more favourable short term but at the expense of the mid-term feed intake and persistency. This study is part of the Deffilait project funded by ANR (ANR-15-CE20-0014-03) and ApisGene.

Published
2020

19. Halofuginone inhibits [T.sub.H]17 cell differentiation by activating the amino acid starvation response

Author

Sundrud, Mark S., Koralov, Sergei B., Feuerer, Markus, Calado, Dinis Pedro, Kozhaya, Aimee ElHed, Rhule-Smith, Ava, Lefebvre, Rachel E., Unutmaz, Derya, Mazitschek, Ralph, Waldner, Hanspeter, Whitman, Malcolm, Keller, Tracy, and Rao, Anjana

Subjects
Cell differentiation -- Research, Autoimmunity -- Research, Science and technology
Abstract

A central challenge for improving autoimmune therapy is preventing inflammatory pathology without inducing generalized immunosuppression. T helper 17 ([T.sub.H]17) cells, characterized by their production of interleukin-17, have emerged as important and broad mediators of autoimmunity. Here we show that the small molecule halofuginone (HF) selectively inhibits mouse and human [T.sub.H]17 differentiation by activating a cytoprotective signaling pathway, the amino acid starvation response (AAR). Inhibition of [T.sub.H]17 differentiation by HF is rescued by the addition of excess amino acids and is mimicked by AAR activation after selective amino acid depletion. HF also induces the AAR in vivo and protects mice from [T.sub.H]17-associated experimental autoimmune encephalomyelitis. These results indicate that the AAR pathway is a potent and selective regulator of inflammatory T cell differentiation in vivo.

Published
2009

20. New insights into cow holobiont in relation to health

Author

Mariadassou, Mahendra, Nouvel, Laurent-Xavier, Morgavi, Diego, Rault, Lucie, Schbath, Sophie, Barbey, Sarah, Launay, Frédéric, Sandra, Olivier, Germon, Pierre, Helloin, Emmanuelle, Lefebvre, Rachel, Le Loir, Yves, Citti, Christine, Even, Sergine, Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Conception, modélisation et évaluation des systèmes d’élevage d’herbivores (COMETE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Haras du Pin, Biologie de la Reproduction, Environnement, Epigénétique & Développement (BREED), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), L’organisation de JOBIM est pilotée par la SFBI, avec l’implication forte d’un comité d’organisation local et d’un comité de programme scientifique national, et un partenariat avec l’IFB et le GDR-BIM., This work is part of the MICROCOSM project funded by the INRAE Metaprogramme MEM., and Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, animal health, cow holobiont, Infectious diseases, microbiome cattle, genetic
Abstract

International audience; Infectious diseases have been traditionally considered as the result of the bipartite interaction between a given pathogen and its host. Recent advances in high-throughput sequencing technology have uncovered the complexity of the various microbiomes associated with the host and symbiotic microbiota have emerged as a main player of the infectious process. In cattle, major efforts have been devoted to the characterization of the microbiome associated to different anatomical sites in relation to animal performance and health. However, these have mainly focused on the comparison of microbiomes of healthy versus diseased animals. Issues that remained to be addressed include the role in disease development of the microbiome associated to the affected organ as well as the impact of microbiome located at remote body sites. Here, we propose to explore the structure, diversity and dynamics of microbiomes associated to 4 anatomical sites in cows before and after calving. The interdependence of these microbiomes in relation to animal health and genetics will also be investigated. 2.Material and methods Over one thousand samples were collected from 45 primiparous prim’ Holstein cows selected from two divergent lineages that are respectively more or less susceptible to mastitis. Sampling were performed at 4 time points from 1week pre-partum to 7 months post-partum and from 4 anatomic sites: nasal, genital, buccal (as a proxy for rumen), and foremilk (as a proxy for internal teat microbiome). For each sample, we performed 16S and ITS metabarcoding sequencing and used DADA2 [1] to characterize the communities using Amplicon Sequence Variant (ASV, analogue of OTU) table. We then performed diversity analyses on the ASV count table using Phyloseq [2]. 3.Results We first show that the 4 sites harbor different microbiota both in terms of richness and ASV repertoire. We then use alpha- and beta-diversity analyses to show how the composition evolves in time and differs between lineages. Finally, we will also present the results obtained while performing differential abundance analysis within each site to identify the differentially abundant taxa, i.e. taxa whose abundances that differ between lineages.

Published
2020

23. Developing a baseline assessment battery: balancing patient time burden with essential clinical and research monitoring *

Author

Gastfriend, David R., Donovan, Dennis, Lefebvre, Rachel, and Murray, Kelly T.

Subjects
Addiction Research Foundation, Alcoholism -- Research, Drinking of alcoholic beverages -- Research, Health, Psychology and mental health, Research
Abstract

Objective: Baseline assessment in a multisite alcohol-dependence treatment study has several purposes: addressing inclusion/exclusion criteria and characterizing participants to illuminate subsequent efficacy and safety patterns of the interventions. Combination pharmacotherapy and behavioral therapy trials, however, require more complex assessments than single-modality studies. Medication trials require measures of initial safety for study drug as well as for subsequent side-effect and adverse-effect monitoring (e.g., physical examination, laboratory markers, somatic symptoms, medical conditions and concomitant medications). Behavioral therapy trials (and in some cases medication trials) warrant baseline measurement of mediators of therapy effect (e.g., prior treatment history, motivation for change, self-efficacy, other psychiatric conditions, treatment expectations and network supports). Measures may be needed to interpret interactions that may be discovered between these modalities. Method: The National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism COMBINE Study evaluated the potentially overwhelming number of candidate instruments through an iterative process, using the following sequence to finalize a rational baseline assessment battery: key constructs, representative measures, determination of duration of assessment, risk of assessment reactivity, goal priorities, necessity for measure 'pruning' and order of measure presentation. After selecting the draft battery, feasibility was evaluated in a pilot study prior to the main trial. Results: The battery was feasible to administer and avoided unintended selection bias. Dropout was substantial, however, and differences across sites in baseline assessment completion rates reflected a tendency of a central intake model to function as an initial filter of dropouts, compared with a direct recruitment model. Conclusions: This process holds several potentially useful lessons for investigators., THE BASELINE assessment is the foundation for any treatment research data gathering because the opportunity for measuring change over time is determined by the variables gathered at the outset. Multisite [...]

Published
2005

27. Characterization of Holstein and Normande whole milk miRNomes highlights breed specificities

Author

Le Guillou, Sandrine, Leduc, Arlette, Laubier, Johann, Barbey, Sarah, Rossignol, Marie-Noëlle, Lefebvre, Rachel, Marthey, Sylvain, Laloë, Denis, Le Provost, Fabienne, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
Epigenomics, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:R, Age Factors, lcsh:Medicine, food and beverages, Computational Biology, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Breeding, Article, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, MicroRNAs, fluids and secretions, Milk, Species Specificity, Next-generation sequencing, Animals, lcsh:Q, Cattle, Gene expression, lcsh:Science, Transcriptome, Genetic Background
Abstract

International audience; The concept of milk as a healthy food has opened the way for studies on milk components, from nutrients to microRNAs, molecules with broad regulatory properties present in large quantities in milk. Characterization of these components has been performed in several species, such as humans and bovine, depending on the stages of lactation. Here, we have studied the variation in milk microRNA composition according to genetic background. Using high throughput sequencing, we have characterized and compared the milk miRNomes of Holstein and Normande cattle, dairy breeds with distinct milk production features, in order to highlight microRNAs that are essential for regulation of the lactation process. In Holstein and Normande milk, 2,038 and 2,030 microRNAs were identified, respectively, with 1,771 common microRNAs, of which 1,049 were annotated and 722 were predicted. The comparison of the milk miRNomes of two breeds allowed to highlight 182 microRNAs displaying significant differences in the abundance. They are involved in the regulation of lipid metabolism and mammary morphogenesis and development, which affects lactation. Our results provide new insights into the regulation of molecular mechanisms involved in milk production.

Published
2019

28. Influence of genetic background to the bovine milk microRNA composition

Author

Le Guillou, Sandrine, Laubier, Johann, Leduc, Antoine, Launay, Frédéric, Barbey, Sarah, Lefebvre, Rachel, Rossignol, Marie-Noëlle, Marthey, Sylvain, Laloë, Denis, Le Provost, Fabienne, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

29. Cows selected for resistance to mastitis show contrasted immune responses compared to mastitis susceptible cows

Author

Germon, Pierre, Barbey, Sarah, Lefebvre, Rachel, Boichard, Didier, Foucras, Gilles, Rainard, Pascal, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, BOVIMUNE, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours

Subjects
bovin, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, food and beverages, génétique, mammite
Abstract

International audience; Mastitis remains an important disease in dairy farming nowadays. Genetic selection of animals for increased resistance to mastitis is a relevant strategy to reduce the burden that mastitis entails on dairy cows. A divergent selection scheme based on somatic cell counts and clinical mastitis records was set-up on Prim’Holstein cows at the INRA experimental unit of Le Pin-au-Haras. In order to better define the mechanism underlying genetic resistance to mastitis, inflammatory challenges as well as immunization with a model antigen were performed on cows from these two different lines. LPS was infused in one healthy udder quarter of each cow approx. 1 month post-partum. Milk was collected 4, 8, 12 and 24h post-infusion. Somatic cells recruited in milk were counted and the cytokines/chemokines CXCL8, IL-6 and IL-1β were measured by ELISA. For adaptive response studies, cows were immunized 15 days before dry-off with ovalbumin and the response was evaluated 15 days after dry-off. Response to immunization was evaluated by measuring IFNγ and IL-17A and upon antigen stimulation in whole blood assays. Although LPS triggered mastitis in all infused quarters, mastitis resistant cows (n= 16) showed decreased inflammatory response compared to more susceptible cows (n= 25) at t=8h post-infusion. No differences were observed between the two groups in terms of response to immunization. Altogether, these results suggest that, in response to intra-mammary LPS challenge, cows selected for resistance to mastitis are better able to control the inflammatory response.

Published
2019

30. Moins de mammites avec la génétique!

Author

Germon, Pierre, Barbey, Sarah, Lefebvre, Rachel, Boichard, Didier, Foucras, Gilles, Rainard, Pascal, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, BOVIMUNE, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT)

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, bovin, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, génétique, mammite
Abstract

National audience

Published
2019

31. Characterization of Holstein and Normande whole milk miRNomes highlights breed specificities

Author

Leduc, Arlette, Laubier, Johann, Barbey, Sarah, Rossignol, Marie-Noelle, Lefebvre, Rachel, Marthey, Sylvain, Laloë, Denis, Le Provost, Fabienne, and Le Guillou, Sandrine

Subjects
composant du lait, fluids and secretions, origine génétique, variabilité génétique animale, micro arn, food and beverages, race holstein, race normande
Abstract

The concept of milk as a healthy food has opened the way for studies on milk components, from nutrients to microRNAs, molecules with broad regulatory properties present in large quantities in milk. Characterization of these components has been performed in several species, such as humans and bovine, depending on the stages of lactation. Here, we have studied the variation in milk microRNA composition according to genetic background. Using high throughput sequencing, we have characterized and compared the milk miRNomes of Holstein and Normande cattle, dairy breeds with distinct milk production features, in order to highlight microRNAs that are essential for regulation of the lactation process. In Holstein and Normande milk, 2,038 and 2,030 microRNAs were identified, respectively, with 1,771 common microRNAs, of which 1,049 were annotated and 722 were predicted. The comparison of the milk miRNomes of two breeds allowed to highlight 182 microRNAs displaying significant differences in the abundance. They are involved in the regulation of lipid metabolism and mammary morphogenesis and development, which affects lactation. Our results provide new insights into the regulation of molecular mechanisms involved in milk production.

Published
2019

32. Cows selected for resistance to mastitis show contrasted immune responses compared to mastitis susceptible cows

Author

Barbey, Sarah, Lefebvre, Rachel, Boichard, Didier, Foucras, Gilles, Rainard, Pascal, and Germon, Pierre

Subjects
Médecine vétérinaire et santé animal, mammite bovine, vache, réponse immunitaire, food and beverages, Veterinary medicine and animal Health, résistance génétique, mammite, bovin, génétique
Abstract

Mastitis remains an important disease in dairy farming nowadays. Genetic selection of animals for increased resistance to mastitis is a relevant strategy to reduce the burden that mastitis entails on dairy cows. A divergent selection scheme based on somatic cell counts and clinical mastitis records was set-up on Prim’Holstein cows at the INRA experimental unit of Le Pin-au-Haras. In order to better define the mechanism underlying genetic resistance to mastitis, inflammatory challenges as well as immunization with a model antigen were performed on cows from these two different lines. LPS was infused in one healthy udder quarter of each cow approx. 1 month post-partum. Milk was collected 4, 8, 12 and 24h post-infusion. Somatic cells recruited in milk were counted and the cytokines/chemokines CXCL8, IL-6 and IL-1β were measured by ELISA. For adaptive response studies, cows were immunized 15 days before dry-off with ovalbumin and the response was evaluated 15 days after dry-off. Response to immunization was evaluated by measuring IFNγ and IL-17A and upon antigen stimulation in whole blood assays. Although LPS triggered mastitis in all infused quarters, mastitis resistant cows (n= 16) showed decreased inflammatory response compared to more susceptible cows (n= 25) at t=8h post-infusion. No differences were observed between the two groups in terms of response to immunization. Altogether, these results suggest that, in response to intra-mammary LPS challenge, cows selected for resistance to mastitis are better able to control the inflammatory response.

Published
2019

33. Development of a bovine/ovine cytokine 15-plex assay for immunoprofiling of the cellular response in ruminants

Author

Lesueur, Jérémy, Barbey, Sarah, CEBRON, Nathan, WALACHOWSKI, Sarah, Lefebvre, Rachel, Germon, Pierre, Boichard, Didier, Corbiere, Fabien, and Foucras, Gilles

Subjects
Médecine vétérinaire et santé animal, bovin, outil de diagnostic, Immunologie, Immunology, cytokine, profil d'expression, Veterinary medicine and animal Health, ruminant, immunité, test sanguin, multiplex
Abstract

Evaluation of the immune status must be assessed in highly controlled conditions to be amenable for reproducibility. Furthermore, whereas the cellular response plays a major role, immunity has been measured for a long time through antibody production. For the purpose of assessing immune cell responsiveness in ruminants, we developed and validated a whole blood assay coupled to a high-throughput multiplex cytokine assay using the Luminex technology. A custom Milliplex assay was developed with MERCKMillipore company for the measurement of 15 bovine/ovine cytokines of both the innate and adaptive immunity, and chemokines. Whole blood samples were collected from 110 dairy cows in an INRA experimental unit, and immediately stimulated during 24 hours with heat-killed bacteria (Escherichia coli, Staphylococcus aureus, and Streptococcus uberis), Toll-like receptor ligands (FSL-1 for TLR2, LPS for TLR4, and Gardiquimod for TLR7-8), or soluble anti-CD3/CD28 monoclonal antibodies. Cytokine secretion was determined and compared with a sample prepared in the same condition but without any stimulant. Using ANOVA and data mining methods (PCA, clustering…), we showed that the protocol is able to detect differences between bacteria, with S. uberis being the most potent to induce a response, compared to S. aureus and E. coli that were distinct but more closely related to each other. Similarly, TLR ligands could be distinguished, and Gardiquimod was significantly different from the MyD88- associated TLR2/4-activating ligands. LPS and E. coli provided very similar response profiles confirming previous data indicating that a large part of the E. coli response is mediated through LPS signaling. A high variability of response was detected amongst cattle suggesting environmental and genetic variations of the cytokine response. Altogether, results indicate that cytokine profiling in cattle is achievable and can be used in further work to delineate more precisely the responsiveness of cattle in various situations, including variability of the genetic background.

Published
2019

34. Réponse à une sélection divergente sur la résistance aux mammites et la mobilisation corporelle en races Holstein et Normande

Author

Lefebvre, Rachel, Barbey, Sarah, Launay, Frédéric, Boichard, Didier, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, bovin, [SDV]Life Sciences [q-bio], mammites, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

36. L’efficacité alimentaire des bovins laitiers, un exemple d’expérimentations multi équipes, multi disciplines

Author

Barbey, Sarah, Lefebvre, Rachel, Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

37. Influence des races bovines sur la composition en microARN du lait

Author

Le Guillou, Sandrine, Laubier, Johann, Leduc, Antoine, Gallard, Yves, Barbey, Sarah, Lefebvre, Rachel, Rossignol, Marie-Noelle, Marthey, Sylvain, Laloë, Denis, Le Provost, Fabienne, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

38. Response to selection on mastitis resistance and body reserve mobilization in Holstein and Normande breeds

Author

Lefebvre, Rachel, Barbey, Sarah, Launay, Frédéric, Germon, Pierre, Boichard, Didier, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, ANR-15-CE20-0014,Deffilait,Améliorer l'efficacité alimentaire des vaches laitières : comprendre les déterminants grace à de nouveaux outils de phénotypage pour mieux l'évaluer et élaborer des stratégies de sélection génétique en fonction des conditions d'élevage(2015), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT)

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, bovine, breeding, mastitis resistance, food and beverages, divergent selection, body condition
Abstract

International audience; A divergent selection experiment on mastitis resistance of Holstein and Normande cows was carried out at Le Pin, the INRA experimental farm. Two lines, one resistant to mastitis and one control, were produced by using bulls with contrasted breeding values for a combination of somatic cell score (SCS) and clinical mastitis (CM). In Holstein, the same population was also split into two groups diverging for body condition score (BCS) and obtained by selecting the sires on their BCS breeding values. This paper presents the first results on the observed differences between lines based on data of 268 cows. Overall differences in SCS, CM, infectious status (assessed by bacteriological PCR tests) and BCS were in agreement with genomic predictions. Within-breed differences were similar, but sometimes not significant for udder health traits. These cows support extensive phenotyping for explanatory traits to explain the biological pathways involved in these differences.

Published
2018

39. New insights into cow holobiont in relation to health

Author

Nouvel, Laurent-Xavier, Morgavi, Diego, Rault, Lucie, Mariadassou, Mahendra, Schbath, Sophie, Barbey, Sarah, Launay, Frédéric, Constant, Fabienne, Sandra, Olivier, Germon, Pierre, Helloin, Emmanuelle, Lefebvre, Rachel, Le Loir, Yves, Citti, Christine, Even, Sergine, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Biologie du Développement et Reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, projet MICROCOSM financé par le métaprogramme MEM de l'INRA, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
health, holobiont, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, host genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, bovine microbiome, [INFO]Computer Science [cs], [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

International audience

Published
2018

40. Genetic evaluation for stillbirth in French beef cattle breeds

Author

Lefebvre, Rachel, Leclerc, Hélène, Phocas, Florence, Ducrocq, Vincent, Boichard, Didier, MATTALIA, SOPHIE, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), and Institut de l'élevage (IDELE)

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

41. Milk microRNA composition depends on dairy cow breed

Author

Le Guillou, Sandrine, Laubier, Johann, Leduc, Antoine, Gallard, Yves, Barbey, Sarah, Lefebvre, Rachel, Krupova, Zuzana, Rossignol, Marie-Noelle, Marthey, Sylvain, Laloë, Denis, Le Provost, Fabienne, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Excilone [Elancourt], and International Milk Genomics Consortium (IMGC).

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

42. Déterminisme génétique des caractères de production laitière en réponse à la monotraite chez la vache laitière

Author

Larroque, Helene, Charton, Clémentine, Lefebvre, Rachel, Barbey, Sarah, Gallard, Yves, Boichard, Didier, Guinard-Flament, Jocelyne, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
Animal biology, prédicteur, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, race holstein, monotraite, paramètre génétique, génétique, vache laitière, Biologie animale, composition du lait, race normande, production, fréquence de traite, production de lait
Abstract

National audience; La pratique de la monotraite s’accompagne d’une baisse importante de la production laitière ainsi que de changements dans la composition du lait et d’effets rémanents, après 3 semaines, lors du retour à deux traites par jour. De nombreuses études ont montré que les niveaux de production laitière durant la monotraite ainsi que les pertes de production laitière lors du passage à la monotraite varient entre races, et d’une vache à une autre intra race laissant supposer une origine génétique. Dans ce contexte, notre étude visait à estimer les paramètres génétiques de la production laitière et de la composition du lait pendant une phase de monotraite ainsi que des réponses de la production laitière à la monotraite (perte lors du passage à la monotraite et regain au retour à 2 traites par jour), et à identifier des prédicteurs de ces réponses. Notre étude portait sur 430 vaches croisées Holstein X Normande et comprenait 3 périodes: une semaine contrôle à 2 traites par jour, 3 semaines de monotraite et enfin 2 semaines de retour à 2 traites par jour. L’application des 3 semaines de monotraite a diminué la production laitière de 27,5%, les vaches ont récupéré en moyenne 57% du lait perdu lors du retour à 2 traites par jour. Les héritabilités estimées lors de la période contrôle et des 3 semaines de monotraite étaient de 0,41 et 0,35 pour la production laitière, de 0,66 et 0,61 pour le taux butyreux, 0,60 et 0,80 pour le taux protéique, 0,66 et 0,36 pour le taux de lactose et 0,20 et 0,15 pour les scores de cellules somatiques. La production laitière et la composition du lait pendant les périodes de monotraite et de bitraite étaient génétiquement proches avec des corrélations toutes supérieures à 0,80 intra caractère, mais moins qu’entre périodes à même fréquence de traite. Les héritabilités de la perte de lait observée en passant les vaches en monotraite étaient modérées et du même ordre que celle de la production laitière (0,39 et 0,34 respectivement pour la perte de production laitière exprimée en kg/jour et en %). Le regain de production laitière lors du retour à 2 traites par jour était un caractère de forte héritabilité (0,63). La production laitière ainsi que la composition du lait lors de la période contrôle étaient génétiquement corrélées aux réponses mais pas suffisamment pour être considérées comme des prédicteurs des réponses à 3 semaines de monotraite. Les pertes observées lors du premier jour de monotraite étaient corrélées génétiquement à 0,98 et 0,96 avec les pertes de production laitière lors des 3 semaines de monotraite (en kg/jour et en %), et pourraient être ainsi considérées comme des prédicteurs plus précis des pertes de production sur 3 semaines de monotraite.

Published
2017

43. La génétique, un des leviers d’action pour maîtriser les mammites

Author

Lefebvre, Rachel, Minery, Stéphanie, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), and Institut de l'élevage (IDELE)

Subjects
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, bovin, [SDV]Life Sciences [q-bio], mammite, génétique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2017

44. Mortalité des veaux : analyse phénotypique et étude de la composante génétique

Author

Leclerc, Helene, Lefebvre, Rachel, Douguet, Michel, Phocas, Florence, Mattalia, Sophie, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Département Génétique, Institut de l'élevage (IDELE), and Institut de l'Elevage

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

La baisse de la mortalité des veaux est un enjeu majeur pour les filières bovines. Le projet FGE MORPHE, visait à quantifier l’impact génétique sur la mortalité des veaux et des génisses entre leur naissance et leur mise en reproduction et à définir des phénotypes pertinents pour de nouvelles évaluations génétiques. L’analyse phénotypique de la mortalité a été réalisée sur 9 races laitières et 10 races allaitantes à partir des déclarations de naissance et de mortalité des veaux entre 2005 et 2011. Entre 0 et 6 mois, le taux moyen de mortalité est variable selon les races (entre 10,5 et 19,2% en races laitières et entre 5,1 et 13,7% en races allaitantes). Il dépend également du sexe du veau (+3% de mortalité chez les mâles), du rang de vêlage de la mère (moindre mortalité chez les multipares), de la taille des élevages (moindre mortalité dans les petits troupeaux en races laitières), et de la période de naissance (mortalité plus importante des veaux laitiers naissant entre décembre et mars). Sur la période 3-180 jours, le taux de mortalité des veaux présente une variabilité phénotypique importante entre pères, allant de moins de 5% pour les meilleurs à 10 voire 15% pour les moins bons. En races allaitantes, l’étude génétique de la mortinatalité (0-2 jours) a été prioritaire. Ce caractère est décomposé en un effet direct et un effet maternel. 4 modèles ont été testés sur 3 races (Charolaise, Limousine et Parthenaise), afin de mesurer l’impact de la déconnexion entre troupeaux et du caractère discontinu du phénotype. Les héritabilités sont faibles et cohérentes entre modèles, de l’ordre de 1 à 2%. Les écarts de moyennes phénotypiques des taureaux évalués dans les classes extrêmes sont importants. La comparaison des valeurs génétiques estimées avec les 4 modèles montre l’importance de la prise en compte de la déconnexion entre troupeaux. Le modèle pourrait probablement être amélioré en intégrant des variances hétérogènes intra troupeau. Dans les races laitières, l’héritabilité de la mortalité entre 3 et 180 jours a été estimée avec un modèle à seuil à différents stades de vie pour les races Holstein, Montbéliarde, Normande, Simmental et Brune. Elle est généralement comprise entre 0,1 et 0,9% pour les stades de vie définis au cours du 1 er mois et entre 0,3 et 2,1% entre 1 et 6 mois. Ce niveau faible reste cependant compatible avec la mise en œuvre d’une évaluation génétique, dans la perspective d’une prise en compte de ces caractères en sélection génomique., The decrease in calf mortality is a major issue for the cattle sector. The MORPHE project, funded by France Genetique Elevage was aimed at quantifying the genetic impact on calves and heifer mortality from birth to reproduction period and to define relevant phenotypes for new genetic evaluations. The phenotypic analysis of mortality was carried out on nine dairy breeds and 10 beef breeds from birth and death events reported in the national information system between 2005 and 2011. Between zero and six months, the average mortality rate depended on the breeds (from 10.5 to 19.2% in dairy breeds and from 5.1 to 13.7% in beef breeds). It also depended on the sex of the calf (+ 3% mortality for males), calving rank of dam (lower mortality in multiparous), farm size (lower mortality in small herds for dairy breeds) and birth period (higher calf mortality for birth between December and March for dairy breeds). The calf mortality rate between three and 180 days had a high phenotypic variability between sires, ranging from less than 5% for the best bulls to 10 or even 15% for the worse ones. In beef breeds, the genetic study of stillbirth (0-2 days) was a priority. This trait was split into a direct and a maternal effects. Four models were tested on three breeds (Charolaise, Limousine, and Parthenaise) to measure the impact of disconnection between herds and the discrete nature of the phenotype. Heritabilities were low (from 1 to 2%) but consistent between models. The differences of stillbirth for bulls evaluated in extreme classes were important. The comparison of breeding values estimated with the four models showed the importance of connectedness between herds. The model could probably be improved by integrating within herd heterogeneous variances. In dairy breeds, heritability of mortality was estimated with a threshold model at different life stages for Holstein, Montbeliarde, Normandy, Simmental and Brown Swiss breeds. It ranged between 0.1 and 0.9% for the first month of life and between 0.3 and 2.1% between 1 and 6 months of age. Despite these low heritability estimates, the implementation of a genetic

Published
2016

48. French genomic experience: genomics for all ruminant species

Author

Barbat, Anne, Boichard, Didier, Croiseau, Pascal, Ducrocq, Vincent, Lefebvre, Rachel, Phocas, Florence, Sanchez, Marie Pierre, Tribout, Thierry, Vinet, Aurélie, Fouilloux, Marie-Noëlle, Govignon Gion, Armelle, Launay, Amandine, Promp, Julie, Barbat, Marine, Baur, Aurélia, Hoze, Chris, Fritz, Sébastien, Saintilan, Romain, Carillier, Céline, Larroque, Hélène, Legarra, Andres, Palhière, Isabelle, Robert Granié, Céline, Rupp, Rachel, Tortereau, Flavie, Astruc, J.M., Clément, V., Loywyck, V., Boulesteix, P., Mattalia, Sophie, and Venot, Eric

Subjects
sélection génomique, ruminants
Published
2016

49. Identification de régions chromosomiques affectant la santé de la mamelle par analyse d’association sur la séquence du génome dans les races Holstein, Montbéliarde et Normande

Author

Barbat, Marine, Govignon-Gion, Armelle, Launay, Amandine, Tribout, Thierry, Lefebvre, Rachel, Allice, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut de l'élevage (IDELE)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], séquence, association, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, mamelle
Abstract

National audience

Published
2015

50. Genetic parameters for stillbirth in French beef cattle breeds

Author

Lefebvre, Rachel, Leclerc, Helene, Phocas, Florence, Mattalia, Sophie, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Genetic Department, Institut de l'élevage (IDELE), and European Federation of Animal Science (EAAP). INT.

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2015

Catalog

Books, media, physical & digital resources
See catalog results