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Palynology is a field of interest for many disciplines. It has multiple applications such as chronological dating, climatology, allergy treatment, and even honey characterization. Unfortunately, the analysis of a pollen slide is a complicated and time-consuming task that requires the intervention of experts in the field, which is becoming increasingly rare due to economic and social conditions. So, the automation of this task is a necessity. Pollen slides analysis is mainly a visual process as it is carried out with the naked eye. That is the reason why a primary method to automate palynology is the use of digital image processing. This method presents the lowest cost and has relatively good accuracy in pollen retrieval. In this work, we propose a system combining recognition and grouping of pollen. It consists of using a Logistic Model Tree to classify pollen already known by the proposed system while detecting any unknown species. Then, the unknown pollen species are divided using a cluster-based approach. Success rates for the recognition of known species have been achieved, and automated clustering seems to be a promising approach.

Following the global trend of deforestation and degradation, tropical dry forests in the Mascarenes archipelago on Reunion has undergone harsh reduction and fragmentation within 3 centuries of human occupation. We investigated the genetic diversity, mating system, and gene flow in fragmented populations of the native tree Foetidia mauritiana (Lecythidaceae) on Reunion, using microsatellite genotyping of adults (in- and ex situ) and seed progenies (in situ only). To test genetic isolation be-tween the Mascarene islands, we also genotyped conspecific adults on Mauritius, and trees of Foetidia rodriguesiana on Rodrigues. We found a high genetic diversity among the trees on Reunion, but no population structure (G'ST: 0.039–0.090), and an increase of the fixation index (FIS) from adults to progenies. A subsequent analysis of mating systems from progeny arrays revealed selfing rates > 50%in fragmented populations and close to 100% in lone trees. A paternity analysis revealed pollen flow ranging from 15.6 to 296.1 m within fragments. At broader scale, the populations of F. mauritiana on Reunion and Mauritius are genetically differentiated. The morphologically allied taxa F. rodriguesiana and F. mauritiana are clearly isolated. Therefore, this case study shows that genetic diversity may persist after deforestation, especially in long-lived tree species, but the reproductive features may be deeply altered during this process. This would explain the low seed production and the absence of recruitment in F. mauritiana. Restoration programs should take into account these features, as well as the importance that trees ex situ represent in restoring and conserving diversity.

The Mastrevirus genus (family Geminiviridae) contains circular single-stranded DNA viruses transmitted by leafhopper vectors to a wide range of plants, including monocots and dicots. The most studied mastreviruses are those circulating in Africa and infecting monocots. This group of mastrevirus, referred to as the African streak viruses (AfSV), comprises 13 species infecting cultivated and wild Poaceae species. Three decades of mastreviruses research in La Réunion demonstrates the presence of six of these species on the island. Interestingly, these species were probably introduced at different time and present with putative distinct host range. Understanding how this virus community operates remains an essential question in the understanding of virus ecology, evolution and emergence. Therefore, to elucidate the diversity, host ranges and structure of mastrevirus communities in La Réunion, we undertook an extensive survey in a single sampling site of one acre including crop fields, orchards and uncultivated areas. After four sampling campaigns, 2889 samples of 28 cultivated and uncultivated Poaceae species were collected, with most samples apparently symptomless. Total plant DNA was isolated and circular viral genomes were amplified by a sequence-independent amplification procedure combining rolling circle amplification, a random amplification tagging (RCA-RA) and high-throughput sequencing (Illumina HiSeq). For every sample, mastrevirus reads were classified using phylogenetic placement within species and strains. Mastrevirus species were confirmed by cloning and Sanger sequencing.Besides uncovering previously undescribed mastrevirus species, our results provide an exhaustive view of the mastrevirus-host association network within an agrosystem. The topology of this network suggests (1) the co-existence of viruses ranging from generalist to specialist and (2) that certain hosts may act as hub of viruses. The impact of such a structure over the functioning of communities (co-infections frequencies, degree of recombination and rates of adaptation) will be discussed.

The Mastrevirus genus (Geminiviridae family) contains circular single-stranded DNA viruses transmitted by leafhoppers (in the Cicadellidae family) to a wide range of either monocotyledonous or dicotyledonous host species. Most of the known monocot-infecting mastreviruses have been identified either in Africa or surrounding islands. This group of mastreviruses have collectively been called the “African streak viruses” (AfSV). Of the 13 AfSV species infecting cultivated and wild Poaceae species, six have been identified on Reunion Island. Interestingly, these species were probably introduced at different time and they present with putatively distinct host ranges. Understanding how this virus community operates remains an essential question in the understanding of virus ecology, evolution and emergence. Therefore, to elucidate the diversity, host ranges and structure of mastrevirus communities on Reunion Island, we undertook an extensive survey in a single sampling site of one acre including crop fields, orchards and uncultivated areas. After four sampling campaigns, 2917 samples of 30 cultivated and uncultivated Poaceae species were randomly collected, regardless of their health status. Total plant DNA was isolated and circular viral genomes were amplified by a sequence-independent amplification procedure combining rolling circle amplification, a random amplification tagging (RCA-RA) and high-throughput sequencing (Illumina HiSeq). For every sample, mastrevirus reads were classified using phylogenetic placement within species and strains. Mastrevirus species were confirmed by cloning and Sanger sequencing. Besides uncovering previously undescribed mastrevirus species, our results provide an exhaustive view of the mastrevirus-host association network within an agroecosystem. The topology of this network suggests (1) the co-existence of viruses ranging from generalist to specialist and (2) that certain hosts may act as hubs of virus infection and transmission.

Mastreviruses are single stranded DNA viruses belonging to the family Geminiviridae. These viruses are transmitted by leafhoppers mostly to monocotyledonous plants species. As for most plant viruses, research have been traditionnally focused on the fraction of the viruses that causes disease on crops despite uncultivated Poaceae plants being well established as mastreviruses hosts. Nevertheless, the demonstration of the emergence of the maize streak virus-strain A (MSV-A, the most devasting mastrevirus) through recombination between strains originating from uncultivated grasses shed lights on the importance to obtain a better understanding of the diversity and structure of virus communities at the scale of the agro-ecosystems. In our preliminary study, 144 samples of uncultivated species of Poaceae were collected from the agro-ecosystems interfaces in Reunion. A sequence-independent amplification procedure, that combined rolling circle amplification with a random amplification tagging (RCA-RA) and high-throughput sequencing (Illumina HiSeq), was then applied on full DNA extracts of plants. Several viruses reads belonging to the Mastrevirus genus were reported from twelve of the 144 samples (~8%). Beside multiple MSV variants and the maize streak Reunion virus strains, at least two species of viruses related to the Axonopus compressus streak virus and the Switchgrass mosaic streak virus were identified on multiple plant species. Cloning and Sanger sequencing procedure were carried out to obtain full viral genomes and further confirm the assignation of these isolates. Our preliminary results demonstrate that mastreviruses diversity in Reunion is larger than previsouly suspected and confirm the importance to characterize their diversity at the scale of the full agro-ecosystems. They strongly suggest that the unique mastrevirus community present in the volcanic Island of Reunion results from multiple introduction events. The study of the evolution imprints within the virus genomes will certainly be informative on the process of adaptation that operates in the evolutionary history of this viral community.

International audience; no abstract

Les 40 espèces de lianes recensées en culture de canne à sucre à La Réunion comptent parmi les adventices les plus redoutées des planteurs réunionnais. Toutes les espèces ne sont pas également distribuées, et n'ont pas la même nuisibilité. Les plus fréquentes en canne à sucre sont la margose Momordica charantia, la liane poc-poc Cardiospermum halicacabum, la liane toupie Ipomoea obscura, l'amourette Ipomoea hederifolia, le liseron fleur bleue Ipomoea nil et le grenadier marron Passiflora foetida, les plus abondantes étant la margose et l'amourette. Les lianes, élevées parfois au rang de fléau agricole par la presse locale, semblent en nette augmentation depuis une quarantaine d'année, avec davantage d'espèces et des infestations plus fortes. L'abondance des oiseaux et le développement de l'irrigation par aspersion (reposoirs pour oiseaux) favorisent la dissémination des espèces à fruits charnus (margose et grenadier marron). La mécanisation des récoltes favorise les espèces à grosses graines (ipomées et autres convolvulacées). Le 2,4-D reste le pivot de la lutte contre les lianes, pas ou peu maîtrisées - voire favorisées - par les herbicides de pré-levée actuels. Enfin, l'accroissement global de la concentration de l'air en dioxyde de carbone est aussi de nature à avantager certaines lianes par rapport aux autres végétaux. Une investigation plus ample visant à cerner les facteurs et les conditions de la prégnance montante des lianes grimpant sur la canne est nécessaire.

Le projet LIFE+COREXERUN dont la finalité est d'améliorer l'état de conservation des hatbitats semi-xérophiles du massif de la Montagne prévoit de reconstituer 9 hectares de ce milieu et d'en restaurer 30 autres. La synthèse bibliographique réalisée dès le début du projet met en évidence le manque connaissances sur la compostion floristique et la fonctionnalité de ce milieu. Auss, une étude précise l'état de conservation de chaque zone retenue pour le projet est nécessaire

Des relevés floristiques réalisés sur une cinquantaine de parcelles de canne a sucre à La Réunion, au cours de deux campagnes agricoles (2006/2007, 2007/2008) ont permis de mesurer l'effet de l'époque de la coupe sur la composition floristique et la dynamique de développement de I'enherbement. Cette étude prend en compte les 4 zones agroécologiques d'enherbement identifiées à La Réunion, à trois époques de coupe de la canne (juillet, octobre, décembre), ainsi que les diverses pratiques de désherbage des agriculteurs. La flore de l'étude comporte 155 espèces réparties en 116 genres appartenant à 43 familles botaniques. Les monocotylédones représentent 22% de la flore avec notamment Cyperus rotundus; la famille des Poaceae se distingue en regroupant à elle seule 15% de la flore, avec comme espèces majeures Panicum maximum et Cynodon dactylon. Les espèces lianescentes occupent une place importante de la flore de cette étude, avec 26 espèces recensées, dont les plus fréquentes sont Momordica charantia, Coccinia grandis, lpomoea spp. et Passiflora spp. Les suivis d'enherbement mettent en évidence le retard de la mise en oeuvre des opérations de désherbage, notamment pour les premières parcelles coupées. Les producteurs canniers attendent la fin de la récolte de la canne, pour commencer les opérations de désherbage. Certaines parcelles restent donc enherbées durant la phase critique de développement de la culture correspondant aux 4 premiers mois après la récolte. Sur les 48 parcelles suivies, seules 12 conservent un enherbement inférieur à 30% de recouvrement durant les 4 mois qui suivent la coupe. Cette étude montre également l'importance croissante des adventices lianescentes en culture cannière.

Au cours de deux campagnes (2006/2007, 2007/2008) à La Réunion, l'enherbement d'une cinquantaine de parcelles de canne à sucre a été suivi par des relevés floristiques effectués tous les quinze jours à partir de la récolte de la culture pour trois époques de coupe de la canne (juillet, octobre, décembre). Ces parcelles sont réparties sur les quatre zones agroécologiques d'enherbement identifiées. A chacune des observations, les différents stades phénologiques présentés par les individus de la population de chaque espèce d'adventice sont notés. Sur les 169 espèces de l'étude, seule une quinzaine est suffisamment bien représentée pour établir un cycle de développement. Les principales espèces sont: Momordica charantia, Panicum maximum, Amaranthus dubius, Euphorbia heterophylla, Ageratum conyzoides, Solanum americanum, etc. La caractérisation du cycle biologique des adventices permettra d'adapter le désherbage à la situation de la parcelle.

Les étendues d'eau douce littorale de la Réunion, sont soumises à un envahissement régulier par certaines plantes aquatiques, notamment les plantes aquatiques flottantes comme la jacinthe d'eau (Eichhornia crassipes) et la laitue d'eau (Pistia stratiotes). A la suite de l'analyse réalisée sur l'envahissement de l'Etang du Gol par ces espèces à la demande du Conservatoire du des Espaces Littoraux et Rivages Lacustres, la Direction de l'Environnement et de l'Energie du Conseil Général de la Réunion a sollicité le Cirad (UMR PVBMT) pour l'analyse de l'invasion des étendues d'eau douces littorales de la Réunion par les plantes aquatiques et les possibilités de régulation de ces invasions notamment par des moyens biologiques compatibles avec la conservation de la biodiversité et le respect de l'environnement. Nous présenterons dans cette étude une analyse de la situation d'invasion par ces plantes aquatiques sur les différentes étendues d'eau douce littorale de la Réunion, les contraintes qu'elles représentent et les enjeux de régulation de ces populations. Nous proposerons ensuite les moyens de lutte à mettre en oeuvre pour une régulation à long terme de ces populations, notamment par la mise en oeuvre de programmes de lutte biologiques. Cette étude a eu lieu en juillet 2006 quelques mois après le passage de la dépression tropicale Diwa. C'est pourquoi les observations réalisées ne reflètent pas forcément la réalité de l'invasion des plantes aquatiques envahissantes, notamment des espèces flottantes qui ont été évacuées par la montée des eaux. Aussi nous avons interrogé les riverains et gestionnaires de milieux de façon à avoir une vision plus objective de la situation sur du long terme.

En mai 2005, le Service de la Protection des Végétaux a été sollicité par l'Association des Producteurs de Lentilles de Cilaos (APLC) à propos de l'utilisation des herbicides pour le désherbage de la lentille, en vue d'améliorer le choix d'herbicides homologués et les pratique de désherbage. La mise au point de techniques de désherbage et le choix d'herbicides appropriés nécessitent une connaissance précise des contraintes d'enherbement et de 1 composition de la flore adventice de la culture. A ce jour, aucune information précise n'existe concernant la flore adventice de la lentille à Cilaos et son itinéraire technique de désherbage . C'est pourquoi, à la demande du Service de la Protection des Végétaux et de l'APLC, nous avons réalisé une analyse de la flore adventice et des contraintes d'enherbement pour cette culture dans le cirque de Cilaos. Cette étude servira de base pour choisir les herbicides qui pourront faire l'objet du programme d'expérimentation et apportera des réflexions sur des voies possible d'amélioration des pratiques de désherbage.[résumé auteur]

La caractérisation des enherbements de la canne à sucre à La Réunion a été réalisée à partir de 314 relevés phyto-écologiques en parcelles agricoles réparties sur l'ensemble de la sole cannière de l'île. La flore adventice comprend 220 espèces. Celles-ci sont classées en fonction de leur fréquence et de leur abondance. La composition des enherbements et l'abondance des espèces majeures dépendent de la pluviométrie et de l'altitude. Quatre zones principales se différencient: 1) Est-Sud à moins de 400 m, 2) Nord-Ouest à moins de 400 m, 3) Ouest entre 400 et 600 m, 4) Est-sud au-dessus de 400 m et Ouest au-dessus de 600 m. La distribution spatiale de 3 espèces caractéristiques est étudiée par SIG, Panicum maximum, Anredera cordifolia et Siegesbeckia orientalis.

J'ai assisté à la dix-neuvième Conférence du COLUMA, qui permet d'apporter à un large public des informations sur les mauvaises herbes, leur maîtrise et les conséquences sur le milieu de l'emploi des techniques de lutte. Le COLUMA est l'occasion de présenter les progrès réalisés dans le domaine du désherbage et de faire le point sur les multiples problèmes liés à la situation actuelle de la production agricole qu'ils soient techniques, économiques, agri-environnementaux. A cette occasion, j'ai présenté une communication sur la caractérisation des enherbements en culture de canne à sucre à la Réunion. J'ai également participé à la réunion du réseau sur les herbicides de la canne à sucre, qui rassemble les équipes impliquées dans les expérimentations sur ce sujet dans chacun des DOM.