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Similarly to other populations across the Americas, Argentinean populations trace back their genetic ancestry into African, European and Native American ancestors, reflecting a complex demographic history with multiple migration and admixture events in pre- and post-colonial times. However, little is known about the sub-continental origins of these three main ancestries. We present new high-throughput genotyping data for 87 admixed individuals across Argentina. This data was combined to previously published data for admixed individuals in the region and then compared to different reference panels specifically built to perform population structure analyses at a sub-continental level. Concerning the Native American ancestry, we could identify four Native American components segregating in modern Argentinean populations. Three of them are also found in modern South American populations and are specifically represented in Central Andes, Central Chile/Patagonia, and Subtropical and Tropical Forests geographic areas. The fourth component might be specific to the Central Western region of Argentina, and it is not well represented in any genomic data from the literature. As for the European and African ancestries, we confirmed previous results about origins from Southern Europe, Western and Central Western Africa, and we provide evidences for the presence of Northern European and Eastern African ancestries.

La región no recombinante del cromosoma Y ha sido exitosamente utilizada para reconocer la estructura genética de los linajes paternos de poblaciones humanas. Este trabajo se integra al proyecto multidisciplinario “De las historias étnicas a la prehistoria en el Gran Chaco”, involucra el estudio de individuos de diversa filiación étnica y se propone reconocer la estructuración en la fracción nativa de los linajes paternos. Tal información dará cuenta de la dinámica poblacional y de los patrones de distribución aportando así, elementos clarificadores de la compleja configuración de las poblaciones chaqueñas. En los 118 individuos analizados se identificaron 82 linajes, de los cuales 22% estuvieron presentes en más de un individuo dentro de una población o entre poblaciones, en ocasiones distantes geográficamente. El coeficiente de diferenciación entre poblaciones fue el mayor encontrado (FST = 21%) en linajes autóctonos de poblaciones de Argentina (FST = 3%). La red de haplotipos demuestra que los linajes presentan una subestructuración en 3 ramas principales, en cada una de las mismas participan linajes de distintos grupos, reflejando la ausencia de aislamiento entre los mismos y planteando interesantes interrogantes a la luz de los datos arqueológicos y etnolingüísticos.