Search

Source at https://nofima.no/en/pub/1207702/. Mikroorganismer antas å påvirke utviklingen av lukt og smak i tørrfisk, men det er lite er kjent om hvilke organismer som dominerer under tørkeprosessen. Samtidig er mikrobielle forhold er også antatt å være essensielle for utviklingen av mucoso, som er en kvalitetsfeil i tørrfisk der deler av fiskemuskelen blir oppløst og slimaktig. Slike partier må skjæres bort under bløtingsprosessen. Denne undersøkelsen tok sikte på å studere og sammenligne bakterieveksten i mucoso-muskel med muskel uten mucoso fra samme fisk. Torsk ble hengt til tørk på Røst og 5 fisk tatt ned i 4 omganger utover i tørkeperioden (etter 19, 32, 46 og 67 dager). Under tørkeprosessen ble det ikke registrert utvikling av mucoso i nevneverdig grad for prøvefisken (kun ved første uttak), men det ble analysert på muskel fra områder der mucoso vanligvis dannes. Kimtallsverdiene stabiliserte seg på rundt 107 bakterier per g for alle muskelprøver etter om lag 5 ukers tørking, og høyeste verdier ble målt i prøver tatt fra mucoso-områdene. Av 17 tilfeldige isolater fra begge typer vev ble hele 15 identifisert som Psychrobacter. Denne slekten synes derfor å være et sentralt innslag i floraen i sein fase av tørkingen og kan være nøkkelorganismer både for dannelsen av smak/lukt-komponenter og mucoso. Microbial growth is believed to influence on the characteristic smell and taste of stockfish, but may also lead to unwanted quality reduction of the fish, such as mucoso, which is a quality error causing tissue degradiation. The aim of this trial was to study microbial changes in stockfish during a natural drying process. Tissue samples were collected during the drying process from areas where mucoso usually occurs and from normal tissue. Bacterial counts levelled off at about 107 per g after approximately 32 days of drying, with the highest values in samples from areas of the muscle where mucoso commonly occur. Fifteen out of 17 random isolates were identified as the genus Psychrobacter. The highest values were found in areas where mucoso usually occurs

Som en del av Barents Sea Drill Cuttings Research Initiative (BARCUT) fokuserte denne masteroppgaven på å avdekke om bakteriesammensetningen i sedimentet rundt en borebrønn påvirkes av boreavfallsdeponeringer. Under tokt med M/S «Njord Viking» 30. november – 3. desember 2013 ble det hentet opp kjerneprøver ved en letebrønn i Brønnlokaliteten. Dette ble gjort samtidig med at Akvaplan-niva gjennomførte havbunnsundersøkelser på samme lokalitet. Det ble tatt prøver fra i alt seks ulike stasjoner, hvor det på halvparten av disse ble hentet opp to paralleller. I min oppgave ble kun de tre stasjonene hvor man hentet opp paralleller undersøkt. Disse lå i et transekt fra 30 til 210 m østover fra brønnen. DNA ble ekstrahert fra sedimentprøvene og genet for bakterielt 16S ribosomalt RNA ble oppkopiert med PCR ved bruk av universelle primere. Diversiteten av dette genet i de forskjellige PCR-produktene gir da et speilbilde av bakteriediversiteten i de tilsvarende prøvene. PCR-produktene ble sekvensert ved bruk av Next-Generation-sekvenseringsteknologi (Illumina MiSeq) ved Barents BioCentre Lab, Forskningsparken i Tromsø. De totalt 15,6 millioner råsekvensene som ble produsert ble sammenstilt og filtrert ut fra flere kvalitetskriterier. Det gjenværende sekvensmaterialet ble så analysert med bioinformatiske og statistiske verktøy.

Bioaktive forbindelser påvist hos marine invertebrater ses ofte å ha strukturelle likheter med bakterielle sekundærmetabolitter og antas derfor å være produsert av mikrobielle symbionter. Målet med oppgaven var å screene småskala kulturfiltrater fra marine bakterieisolater fra svamper og sjøpungen Synoicum pulmonaria for å identifisere mulige produsenter av sekundærmetabolitter ved sammenligning av LC-MS kromatogrammer. Totalekstrakter av ti isolater fra S. pulmonaria ble også screenet for forbindelsene synoxazolidinon A-C, tidligere isolert fra denne arten. Ekstrakter av kulturfiltrater og bakteriekulturer ble analysert ved en kombinasjon av væskekromatografi og massespektrometri (LC-MS). Sammenligninger av resulterende spektre ble utført for å identifisere topper som kunne representere sekundærmetabolitter. For påvisning av synoxazolidinon A-C ble det utført søk etter de spesifikke m/z-verdiene for disse forbindelsene. Ved å benytte en etablert LC-MS metode for screening av kulturfiltrater ble et stort antall m/z-ioner registrert og sammenlignet. Det ble observert store variasjoner i tilstedeværelse av m/z-ioner innen de ulike fylogenetiske gruppene som ble analysert. Av de 81 analyserte bakterieisolatene ble unike m/z-ioner påvist i kromatogrammer fra 11. Det er imidlertid usikkert om disse unike m/z-ionene faktisk representerer reelle sekundærmetabolitter. Ved oppskalering av de 11 bakterieisolatene ble det på grunn av store påvirkninger av endret mediesammensetning ikke mulig å teste reproduserbarheten til metabolittene eller gjøre videre analyse for å fastslå de enkelte metabolittenes identitet. De spesifikke m/z-verdier for synoxazolidinon A-C ble ikke gjenfunnet ved kromatografianalysen av totalekstrakter. Da flere biologiske og miljømessige faktorer kan påvirke syntesen av sekundærmetabolitter, kunne det ikke trekkes en klar konklusjon om hvem som er den sanne produsenten av disse forbindelsene – sjøpungen selv eller mikroorganismene. Ved molekylær-fylogenetisk basert identifisering ble ett isolat sett å tilhøre en gruppe γ- Proteobacteria som hittil ikke er etablert som eget takson. Med sikte på registrering som en ny art ville det være av stor interesse med en grundigere karakterisering både genetisk og fenotypisk av dette isolatet.

En forsøksgruppe av oppdrettet atlantisk torsk (Gadus morhua L.) ble i forkant av slakting utsatt for stressende aktivitet ved hjelp av O2-sjokk, mens en kontrollgruppe ble avlivet direkte med med slag mot hodet. Fra begge grupper ble foretatt prøver gjennom en fullstendig fersklagringsperiode, fra tidspunkt 0 (umiddelbart post mortem) og fram til 10 døgn. Særlig vekt ble lagt på den tidligste lagringsfasen, med hyppige uttak det første døgnet post mortem. Ved bruk av HPLC-analyser av perklorsyreektrakter av muskel fra de ulike prøveuttakene var det mulig å følge degraderingen av ATP gjennom hele perioden. Ut fra de molare konsentrasjonene av ATP og dets degraderingsprodukter, beregnet på grunnlag av HPLC-analysen, ble det beregnet en ferskhetsindeks, K-verdi, for hvert prøveuttak i lagringsperioden. Målsetningen var å se på dynamikken av nedbrytningen til ATP for å klarelegge om K-verdien kunne brukes som en ferskhetsindiktator i tiden før mikrobielle endringer gjør seg gjeldende. Det ble også undersøkt om stressingen av fisk i forkant av slakting ville påvirke nedbrytningsdynamikken til ATP og K-verdien. I tillegg ble pH i de enkelte prøvene logget for å se om stressingen ga noen effekt på pH-verdien. K-verdien viste en markant, og tilnærmet linær økning fra aller første prøveuttak og ut hele islagringsperioden. Det kunne derimot ikke pekes på forskjeller mellom den stressa og ustressa gruppa som var store nok til å kunne konkludere at stressingen hadde noen effekt på nedbrytningsdynamikken for ATP generelt eller K-verdien spesielt. For pH ble det observert en forventet lavere pH for den stressa fisken i prøveuttaket umiddelbart etter avliving. Overraskende nok vedvarte denne forskjellen ut hele lagringstida, uten at det kunne pekes på noen åpenbar årsak til dette.

Boknafisk er et halvtørket fiskeprodukt, fortrinnsvis av torsk (Gadus morhua), som er i ferd med å bli introdusert til restaurantsegmentet og detaljhandelen gjennom firmaet Spindaj. For å avklare en del viktige forhold knyttet til kvaliteten ble det gjennomført forsøk med produksjon og kjølelagring av boknafisk. Under produksjonen ble rotskjært torsk (2-5 kg) hengt på hjell i 12 dager til den nådde en gjennomsnittlig restvekt på 50%. Forskjeller i tørketid til denne grensen mellom den største og den minste fisken ble beregnet til 7-9 dager. I sluttproduktet var det en markert gradient mellom en relativt tørr overflate og en kjerne med liten grad av uttørring. Ved de vedvarende minusgraderne (0ºC - ÷7ºC) som rådde under tørkingen, ble det ikke observert bakteriell vekst i fisken. Tre varianter av forbehandling og pakkemetode for porsjonstykkerstykker av boknafisk (ikke-utvannet luftpakket fisk, utvannet luftpakket fisk og utvannet, modifisert atmosfærepakket (30% CO2/70%N2) fisk) ble lagret ved 5ºC i inntil 10 dager. Mikrobiell kvalitet ble analysert ved totalt kimtall og sulfidproduserende bakterier og kjemisk ved total flyktig nitrogen. Det ble påvist klar hemming i utviklingen av totalt kimtall og sulfidproduserende bakterier hos fisk pakket i modifisert atmosfære sammenlignet med luftpakket. Utvannet, luftpakket fisk hadde det høyeste nivået av totalt kimtall og sulfidproduserende bakterier, mens ikke-utvannet fisk hadde høyere totalt kimtall enn fisk pakket i modifisert atmosfære, men mindre enn utvannet, luftpakket fisk. Holdbarheten til produktene, i forhold til anbefalte grenseverdier for sulfidproduserende bakterier i ferskfisk, var 3-4 dager for utvannet, luftpakket fisk og 6-7 dager for modifisert atmosfærepakket fisk. For ikke-utvannet fisk var det mer usikkert, men totalt kimtall tyder på en holdbarhet i antall dager mellom modifisert atmosfærepakket fisk og utvannet, luftpakket fisk. Klassifisering av 9 bakterieisolater, hvorav 5 var sulfidproduserende, ble gjort fra fisk lagret i 8 dager. Ut fra 16S-rRNA gensekvens viste de dominerende bakteriene på fisk pakket i modifisert atmosfære seg å være var Shewanella putrifaciens, mens det i luftpakket utvannet fisk etter alt å dømme var et stort innslag av Psycrobacter ciberius som sulfidprodusent. Psycrobacter-arter er ikke tidligere rapportert å være sulfidproduserende. Ikke-utvannet fisk syntes ikke-sulfidproduserende Psychrobacter og Pseudomonas å være dominerende innslag.