21 results on '"Lagunavičius, Arūnas"'
Search Results
2. Site-directed chemical modification of archaeal Thermococcus litoralis Sh1B DNA polymerase: Acquired ability to read through template-strand uracils
- Author
-
Gaidamaviciute, Edita, Tauraite, Daiva, Gagilas, Julius, and Lagunavicius, Arunas
- Published
- 2010
- Full Text
- View/download PDF
3. The Metal-independent Type IIs Restriction Enzyme BfiI is a Dimer that Binds Two DNA Sites but has Only One Catalytic Centre
- Author
-
Lagunavicius, Arunas, Sasnauskas, Giedrius, Halford, Stephen E, and Siksnys, Virginijus
- Published
- 2003
- Full Text
- View/download PDF
4. Novel Subtype of Type IIs Restriction Enzymes: BfiI ENDONUCLEASE EXHIBITS SIMILARITIES TO THE EDTA-RESISTANT NUCLEASE Nuc OF SALMONELLA TYPHIMURIUM
- Author
-
Sapranauskas, Rimantas, Sasnauskas, Giedrius, Lagunavicius, Arunas, Vilkaitis, Giedrius, Lubys, Arvydas, and Siksnys, Virginijus
- Published
- 2000
- Full Text
- View/download PDF
5. Analysis of DNA Methylation and Hydroxymethylation in the Genome of Crustacean Daphnia pulex
- Author
-
Strepetkaitė, Dovilė, primary, Alzbutas, Gediminas, additional, Astromskas, Eimantas, additional, Lagunavičius, Arūnas, additional, Sabaliauskaitė, Rasa, additional, Arbačiauskas, Kęstutis, additional, and Lazutka, Juozas, additional
- Published
- 2015
- Full Text
- View/download PDF
6. Fast and convenient 5-hydroxymethylcytosine enrichment workflow for next-generation sequencing
- Author
-
Kaniušaitė, Milda, primary, Astromskas, Eimantas, additional, Alzbutas, Gediminas, additional, Bružaitė, Renata, additional, and Lagunavičius, Arūnas, additional
- Published
- 2015
- Full Text
- View/download PDF
7. Restrikcijos endonukleazių EcoRII, BfiI ir Bse634I struktūriniai ir funkciniai tyrimai
- Author
-
Klimašauskas, Saulius, Sasnauskas, Kęstutis, Shakked, Zippora, Lubys, Arvydas, Lagunavičius, Arūnas, Venclovas, Česlovas, Merkienė, Eglė, Vilnius University, Golovenko, Dmitrij, Klimašauskas, Saulius, Sasnauskas, Kęstutis, Shakked, Zippora, Lubys, Arvydas, Lagunavičius, Arūnas, Venclovas, Česlovas, Merkienė, Eglė, Vilnius University, and Golovenko, Dmitrij
- Abstract
Restrikcijos endonukleazės (REazės) – tai fermentai, kurie dėl savo ypatingo specifiškumo DNR taikiniui sulaukė plataus pritaikymo kaip DNR manipuliacijų in vitro ir genų inžinerijos įrankis. Kristalografiniais metodais nustatomos trimatės REazių atomų koordinačių struktūros (toliau – struktūros) padeda atskleisti, kaip skirtingos struktūrinės sanklodos yra pritaikytos restrikcijos endonukleazių funkcijai atlikti. Disertacijoje pristatomo darbo tikslas – kristalografiniais bei biocheminiais metodais ištirti specifiškumo-struktūros sąryšį PD-(D/E)XK ir fosfolipazių D (PLD) superšeimoms priklausantiems restrikcijos fermentams. Savo darbo objektais pasirinkome PD-(D/E)XK superšeimos Cfr10I/NgoMIV/Bse634I pogrupiui priklausančias REazes Bse634I ir EcoRII, bei PLD superšeimos fermentą BfiI. Disertacijoje pristatomos REazės Bse634I mutanto R226A komplekso su alternatyviais taikiniais 5'-ACCGGT ir 5'-GCCGGC struktūros atskleidė, kad Bse634I specifiškumą RCCGGY taikiniui lemia tiesioginio bei netiesioginio atpažinimo mechanizmai. REazės EcoRII N- ir C-galinių domenų kompleksų su specifine DNR struktūros iliustruoja du skirtingus taikinio 5'-CCWGG atpažinimo mechanizmus. EcoRII C-galinis domenas (EcoRII-C) išsuka centrinius A/T nukleotidus iš DNR duplekso. Ši deformacija leidžia fermentui panaudoti Cfr10I/NgoMIV/Bse634I REazių pogrupiui būdingus simetrinius konservatyvius struktūrinius elementus 5'-CCGG sekos atpažinimui. EcoRII N-galinio domeno (EcoRII-N) struktūra yra pirmas B3... [toliau žr. visą tekstą], Due to their unique specificity, restriction endonucleases (REases) have gained widespread application as indispensable tools for in vitro manipulation and cloning of DNA. Delineation of the repertoire of the protein folds, providing three-dimensional portraits of the REases by crystallographic methods, should reveal how different folds are tailored to function as restriction enzymes. The major goal of this work was to explore the specificity‑structure relationships within PD‑(D/E)XK and phospholipase D superfamily enzymes using a combination of the crystallographic and biochemical methods. More specifically, we have focused on the Bse634I and EcoRII restriction enzymes belonging to the Cfr10I/NgoMIV/Bse634I branch of PD‑(D/E)XK superfamily, and BfiI REase of PLD superfamily. Dissertation presents the crystal structure of the Bse634I REase mutant (R226A) complexed with two alternative target sites 5'‑ACCGGT and 5'‑GCCGGC, respectively. The analysis of the crystal structures revealed for the first time that the degenerate base pairs recognition by Bse634I is achieved through the combination of direct and indirect readout mechanisms. The crystal structures of the N‑ and C‑terminal domains of EcoRII solved in the DNA bound form revealed different structural mechanisms used for the recognition of the same target sequence 5'‑CCWGG. The first structural evidence has been provided that the C‑terminal domain of EcoRII (EcoRII-C) flips out the central nucleotides A/T while interacting... [to full text]
- Published
- 2012
8. Structural and functional studies of restriction endonucleases EcoRII, BfiI and Bse634I
- Author
-
Klimašauskas, Saulius, Sasnauskas, Kęstutis, Shakked, Zippora, Lubys, Arvydas, Lagunavičius, Arūnas, Venclovas, Česlovas, Merkienė, Eglė, Vilnius University, Golovenko, Dmitrij, Klimašauskas, Saulius, Sasnauskas, Kęstutis, Shakked, Zippora, Lubys, Arvydas, Lagunavičius, Arūnas, Venclovas, Česlovas, Merkienė, Eglė, Vilnius University, and Golovenko, Dmitrij
- Abstract
Due to their unique specificity, restriction endonucleases (REases) have gained widespread application as indispensable tools for in vitro manipulation and cloning of DNA. Delineation of the repertoire of the protein folds, providing three-dimensional portraits of the REases by crystallographic methods, should reveal how different folds are tailored to function as restriction enzymes. The major goal of this work was to explore the specificity-structure relationships within PD-(D/E)XK and phospholipase D superfamily enzymes using a combination of the crystallographic and biochemical methods. More specifically, we have focused on the Bse634I and EcoRII restriction enzymes belonging to the Cfr10I/NgoMIV/Bse634I branch of PD-(D/E)XK superfamily, and BfiI REase of PLD superfamily. Dissertation presents the crystal structure of the Bse634I REase mutant (R226A) complexed with two alternative target sites 5'-ACCGGT and 5'-GCCGGC, respectively. The analysis of the crystal structures revealed for the first time that the degenerate base pairs recognition by Bse634I is achieved through the combination of direct and indirect readout mechanisms. The crystal structures of the N- and C-terminal domains of EcoRII solved in the DNA bound form revealed different structural mechanisms used for the recognition of the same target sequence 5'-CCWGG. The first structural evidence has been provided that the C-terminal domain of EcoRII (EcoRII-C) flips out the central nucleotides A/T while interacting... [to full text], Restrikcijos endonukleazės (REazės) – tai fermentai, kurie dėl savo ypatingo specifiškumo DNR taikiniui sulaukė plataus pritaikymo kaip DNR manipuliacijų in vitro ir genų inžinerijos įrankis. Kristalografiniais metodais nustatomos trimatės REazių atomų koordinačių struktūros (toliau – struktūros) padeda atskleisti, kaip skirtingos struktūrinės sanklodos yra pritaikytos restrikcijos endonukleazių funkcijai atlikti. Disertacijoje pristatomo darbo tikslas – kristalografiniais bei biocheminiais metodais ištirti specifiškumo-struktūros sąryšį PD-(D/E)XK ir fosfolipazių D (PLD) superšeimoms priklausantiems restrikcijos fermentams. Savo darbo objektais pasirinkome PD-(D/E)XK superšeimos Cfr10I/NgoMIV/Bse634I pogrupiui priklausančias REazes Bse634I ir EcoRII, bei PLD superšeimos fermentą BfiI. Disertacijoje pristatomos REazės Bse634I mutanto R226A komplekso su alternatyviais taikiniais 5'-ACCGGT ir 5'-GCCGGC struktūros atskleidė, kad Bse634I specifiškumą RCCGGY taikiniui lemia tiesioginio bei netiesioginio atpažinimo mechanizmai. REazės EcoRII N- ir C-galinių domenų kompleksų su specifine DNR struktūros iliustruoja du skirtingus taikinio 5'-CCWGG atpažinimo mechanizmus. EcoRII C-galinis domenas (EcoRII-C) išsuka centrinius A/T nukleotidus iš DNR duplekso. Ši deformacija leidžia fermentui panaudoti Cfr10I/NgoMIV/Bse634I REazių pogrupiui būdingus simetrinius konservatyvius struktūrinius elementus 5'-CCGG sekos atpažinimui. EcoRII N-galinio domeno (EcoRII-N) struktūra yra pirmas B3... [toliau žr. visą tekstą]
- Published
- 2012
9. Analysis of DNA Methylation and Hydroxymethylation in the Genome of Crustacean Daphnia pulex.
- Author
-
Strepetkaitė, Dovilė, Alzbutas, Gediminas, Astromskas, Eimantas, Lagunavičius, Arūnas, Sabaliauskaitė, Rasa, Arbačiauskas, Kęstutis, and Lazutka, Juozas
- Subjects
DNA methylation ,DAPHNIA pulex ,ANIMAL genetics research ,NUCLEOTIDE sequencing ,G protein coupled receptors ,GENE expression - Abstract
The aim of our study was to analyze the presence of 5-methyl-cytosine (5-mC) and 5-hydroxymethyl-cytosine (5-hmC) in the genome of crustacean Daphnia pulex. First, the presence of 5-mC and 5-hmC in genomic DNA was demonstrated by using antibodies specific to either 5-mC or 5-hmC. Then, analysis of 5-mC and 5-hmC using pairs of restriction enzymes with different sensitivity to methylation and hydroxymethylation confirmed the presence of both modifications in selected regions of three genes (Cox4, Cand2 and Ephx1). To get a detailed picture of 5-hmC distribution over the D. pulex genome, we performed 5-hmC enrichment and sequenced the enriched fraction using next generation sequencing and non-enriched library (input) as a control. Comparison of input and enriched libraries showed that 5-hmC in exons is twice as frequent as in introns. Functional analysis indicated that 5-hmC abundance is associated with genes that are involved in the adenylate cyclase-activating G-protein-coupled receptor signaling pathway, molting cycles, morphogenesis and cell fate determination. Genes that lack 5-hmC tend to be involved in the regulation of the transforming growth factor beta receptor signaling pathway and in many mRNA-related processes. Our results suggest that epigenetic modifications are present in the genome of D. pulex and most likely are involved in the regulation of gene expression of this crustacean. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2016
- Full Text
- View/download PDF
10. Žmogaus baltymo p14.5 geno struktūra bei funkcija normaliose ir onkoproliferuojančiose ląstelėse
- Author
-
Pozdniakovaitė, Natalija, dr. Lagunavičius, Arūnas, prof. habil. dr. Žemaitaitis, Algirdas, dr. Navakauskienė, Rūta, dr. Sereikaitė, Jolanta, dr. Žvirblienė, Aurelija, dr. Gedvilaitė, Alma, prof. habil. dr. Kulys, Juozas, Vilnius Gediminas Technical University, Dr Sereikaitė, Jolanta, Prof Dr Habil Žemaitaitis, Algirdas, Dr Gedvilaitė, Alma, Dr Žvirblienė, Aurelija, Prof Dr Habil Kulys, Juozas, Dr Navakauskienė, Rūta, and Dr Lagunavičius, Arūnas
- Subjects
P14.5 baltymas ,P14.5 protein ,P14.5 genas ,Chemical Engineering ,P14.5 gene ,eye diseases - Abstract
Human p14.5 perchloric acid-soluble protein (PSP) is a member of family (YER057c/YJGF family) of small proteins. The highly conserved throughout evolution proteins are characterized as multifunctional proteins comprised of ~ 80 homologues exhibiting varying degrees of sequence homology from 38% to 93%. The proteins involved in different cellular pathways of lower and higher eukaryotes. The biological role of these proteins is not yet well characterized. Human p14.5 protein is homologue of UK114 protein extracted from goat liver and characterized as tumor antigen. Antibodies against UK114 mediate in vitro complement-depended cytolysis of human cancer cells. This suggests that the expression of human p14.5 protein on the cells membrane might be an event related to neoplasmic transformation. The involvement of PSP into cellular growth and proliferation was discussed in several recent studies. All presented research findings demonstrate that human p14.5 gene acts as human cancer antigen and is involved into cellular proliferation events. Human p14.5 gene has been characterized by a differentiation-dependent mRNA and protein expression based on the observation of a low expression in a variety of liver and kidney tumor cells and a high expression in fully differentiated cells. At the beginning of the research study only kDNA sequence of human p14.5 gene was available. No data were available about human p14.5 gene full structure, coding protein p14.5 structure, biological functions... [to full text]
- Published
- 2006
11. Fermentinės reakcijos ant kietų paviršių
- Author
-
Miliauskas, Gytis and Lagunavičius, Arūnas
- Subjects
equipment and supplies ,human activities - Abstract
Immobilized enzymes are a common tool in modern biotechnology and diagnostics. Such enzymes often have a wider pH and temperature limits of operation and enhanced thermostability. They are easy to use and can be adapted for multiple use, for that reason their market is rapidly growing. Another widely used tool in biotechnology - magnetic particles. Their synthesis is easy, the produced particles are homogeneous and correct size. Magnetic particles used in the experiments had differently modified hydrophobic and hydrophilic surfaces. Direct coupling - enzyme immobilization onto the magnetic particles through the tosyl or epoxy groups, which results in a covalent bond between the magnetic bead and the primary amine of the enzyme (https://tools.thermofisher.com/content/sfs/brochures/Surface_Activated_Dynabeads.PDF). Indirect coupling – immobilization of biotinylated enzyme on magnetic particles coated with streptavidin, which comprises a non-covalent complex (https://tools.thermofisher.com/content/sfs/brochures/Dynabeads_Streptavidin_Products_and_Applications.pdf). Polymerase and nuclease were selected for the experiments. Specific and functional activities, multi-use of coupled enzymes were studied during the experiments. It was found that bound enzymes show significantly lower specific activity. Nuclease is more likely directly couple to magnetic beads with hydrophobic surface, and polymerase – indirectly to magnetic beads with hydrophilic surface. Nuclease retained specific activity after re-use, while polymerase lost it.
- Published
- 2017
12. RNR ir DNR specifinis žymėjimas panaudojant metiltransferazes
- Author
-
Tomkuvienė, Miglė, ŠIKŠNYS, VIRGINIJUS, BORUTAITĖ, VILMANTĖ, JARMALAITĖ, SONATA, TAMULAITIENĖ, GIEDRĖ, LAGUNAVIČIUS, ARŪNAS, URBONAVIČIUS, JAUNIUS, SUŽIEDĖLIS, KĘSTUTIS, Klimašauskas, Saulius, and Vilnius University
- Subjects
Click chemistry ,Metiltransferazė ,food and beverages ,RNA ,RNR ,"click" chemija ,DNA ,Biomolecule labeling ,biomolecule labeling ,methyltransferase ,click chemistry ,DNR ,Biomolekulių žymėjimas ,Biochemistry ,Methyltransferase - Abstract
Investigation of RNA and DNA function often requires sequence-specific incorporation of various reporter and affinity probes. This can be achieved using AdoMet-dependent methyltransferases (MTases) as they can be active with synthetic AdoMet analogues equipped with transferable chains larger than the methyl group. These chains usually carry reactive groups that can be further chemically appended with required reporters. For this, azide-alkyne 1,3-cycloaddition (AAC), also called “click”, reaction is particularly attractive. This work shows that the HhaI cytosine-5 DNA MTase (variant Q82A/Y254S/N204A) catalyzes efficient sequence-specific transfer of hex-2-ynyl side chains containing terminal alkyne or azide groups from synthetic cofactor analogues to DNA. Both the enzymatic transfer and subsequent “click” coupling of a fluorophore can be performed even in cell lysates. For RNA labeling, the activity of an archaeal RNA 2‘-O-MTase C/D ribonucleoprotein complex (RNP) with synthetic cofactors was investigated. It was shown that synthetically reprogrammed guide RNA sequences can be used to direct the C/D RNP-dependent transfer of a prop-2-ynyl group to predetermined nucleotides in substrate RNAs. Followed by AAC this can be used for programmable sequence-specific labeling of a variety of RNA substrates in vitro. These new possibilities for specific labeling of nucleic acids can be adopted in biochemistry, biomedical, nanotechnology, etc. research. Tiriant DNR ir RNR, neretai svarbu prijungti įvairius reporterinius ar giminingumo žymenis griežtai apibrėžtose (sekos) vietose – t.y. specifiškai. Tam galima pasitelkti fermentus metiltransferazes (MTazes). Natūraliai jos naudoja kofaktorių AdoMet, tačiau gali būti aktyvios ir su sintetiniais jo analogais, turinčiais ilgesnes nei metil- pernešamas grandines. Jei šios grandinės turi galines funkcines grupes, prie jų vėliau cheminių reakcijų pagalba galima prijungti norimus žymenis. Tam itin patogi azidų-alkinų cikloprijungimo (AAC), dar vadinama „click“, reakcija. Šiame darbe parodyta, kad DNR citozino-5 MTazė HhaI (variantas Q82A/Y254S/N204A) efektyviai katalizuoja sekai specifinę heks-2-inil- grandinių, turinčių galines alkinil- arba azido- grupes, pernašą nuo sintetinių kofaktorių ant DNR. Naudojant šią MTazės-kofaktorių sistemą bei AAC, visą specifinio DNR žymėjimo procesą galima atlikti netgi ląstelių lizate. RNR žymėjimui ištirtas archėjų RNR 2‘-O-MTazės C/D ribonukleoproteininio komplekso aktyvumas su sintetiniais kofaktoriais. Parodyta galimybė sintetiškai keičiant kreipiančiąją RNR, prop-2-inilgrupės pernašą nukreipti į norimas įvairių substratinių RNR sekos vietas ir po to AAC reakcijos pagalba prijungti fluoroforą. Taigi, sukurtas naujas molekulinis įrankis, leidžiantis be suvaržymų pasirinkti norimą pažymėti RNR seką. Šios naujos specifinio nukleorūgščių žymėjimo galimybės gali būti pritaikytos biochemijos, biomedicinos, nanotechnologijų ir kitose tyrimų srityse... [toliau žr. visą tekstą]
- Published
- 2013
13. Methyltransferases as Tools for Sequence-Specific Labeling of RNA and DNA
- Author
-
Tomkuvienė, Miglė, Klimašauskas, Saulius, ŠIKŠNYS, VIRGINIJUS, BORUTAITĖ, VILMANTĖ, JARMALAITĖ, SONATA, TAMULAITIENĖ, GIEDRĖ, LAGUNAVIČIUS, ARŪNAS, URBONAVIČIUS, JAUNIUS, SUŽIEDĖLIS, KĘSTUTIS, and Vilnius University
- Subjects
Metiltransferazė ,Click chemistry ,RNA ,food and beverages ,RNR ,"click" chemija ,DNA ,Biomolecule labeling ,DNR ,biomolecule labeling ,methyltransferase ,click chemistry ,Biomolekulių žymėjimas ,Biochemistry ,Methyltransferase - Abstract
Tiriant DNR ir RNR, neretai svarbu prijungti įvairius reporterinius ar giminingumo žymenis griežtai apibrėžtose (sekos) vietose – t.y. specifiškai. Tam galima pasitelkti fermentus metiltransferazes (MTazes). Natūraliai jos naudoja kofaktorių AdoMet, tačiau gali būti aktyvios ir su sintetiniais jo analogais, turinčiais ilgesnes nei metil- pernešamas grandines. Jei šios grandinės turi galines funkcines grupes, prie jų vėliau cheminių reakcijų pagalba galima prijungti norimus žymenis. Tam itin patogi azidų-alkinų cikloprijungimo (AAC), dar vadinama „click“, reakcija. Šiame darbe parodyta, kad DNR citozino-5 MTazė HhaI (variantas Q82A/Y254S/N204A) efektyviai katalizuoja sekai specifinę heks-2-inil- grandinių, turinčių galines alkinil- arba azido- grupes, pernašą nuo sintetinių kofaktorių ant DNR. Naudojant šią MTazės-kofaktorių sistemą bei AAC, visą specifinio DNR žymėjimo procesą galima atlikti netgi ląstelių lizate. RNR žymėjimui ištirtas archėjų RNR 2‘-O-MTazės C/D ribonukleoproteininio komplekso aktyvumas su sintetiniais kofaktoriais. Parodyta galimybė sintetiškai keičiant kreipiančiąją RNR, prop-2-inilgrupės pernašą nukreipti į norimas įvairių substratinių RNR sekos vietas ir po to AAC reakcijos pagalba prijungti fluoroforą. Taigi, sukurtas naujas molekulinis įrankis, leidžiantis be suvaržymų pasirinkti norimą pažymėti RNR seką. Šios naujos specifinio nukleorūgščių žymėjimo galimybės gali būti pritaikytos biochemijos, biomedicinos, nanotechnologijų ir kitose tyrimų srityse... [toliau žr. visą tekstą] Investigation of RNA and DNA function often requires sequence-specific incorporation of various reporter and affinity probes. This can be achieved using AdoMet-dependent methyltransferases (MTases) as they can be active with synthetic AdoMet analogues equipped with transferable chains larger than the methyl group. These chains usually carry reactive groups that can be further chemically appended with required reporters. For this, azide-alkyne 1,3-cycloaddition (AAC), also called “click”, reaction is particularly attractive. This work shows that the HhaI cytosine-5 DNA MTase (variant Q82A/Y254S/N204A) catalyzes efficient sequence-specific transfer of hex-2-ynyl side chains containing terminal alkyne or azide groups from synthetic cofactor analogues to DNA. Both the enzymatic transfer and subsequent “click” coupling of a fluorophore can be performed even in cell lysates. For RNA labeling, the activity of an archaeal RNA 2‘-O-MTase C/D ribonucleoprotein complex (RNP) with synthetic cofactors was investigated. It was shown that synthetically reprogrammed guide RNA sequences can be used to direct the C/D RNP-dependent transfer of a prop-2-ynyl group to predetermined nucleotides in substrate RNAs. Followed by AAC this can be used for programmable sequence-specific labeling of a variety of RNA substrates in vitro. These new possibilities for specific labeling of nucleic acids can be adopted in biochemistry, biomedical, nanotechnology, etc. research.
- Published
- 2013
14. Tymų viruso hemagliutinino baltymo brendimo procesų mielių S. cerevisiae ir P. pastoris ląstelių sekreciniame kelyje tyrimas ir mielių humanizavimas
- Author
-
Čiplys, Evaldas, Žvirblis, Gintautas, Jakubauskas, Artūras, Lagunavičius, Arūnas, Žvirblienė, Aurelija, Vilkaitis, Giedrius, Sruoga, Aniolas, Gedvilaitė, Alma, Slibinskas, Rimantas, Sasnauskas, Kęstutis, and Vilnius University
- Subjects
Citoplazminis nesusivyniojusių baltymų atsakas ,Measles virus hemaglutinin ,Mielių humanizavimas ,yeast S. cerevisiae and P. pastoris ,cytoplasmic unfolded protein response ,humanization of yeast ,Tymų viruso hemgaliutininas ,Mielės S. cerevisiae ir P. pastroris ,Yeast S. cerevisiae and P. pastoris ,Cytoplasmic unfolded protein response ,Biochemistry ,Humanization of yeast - Abstract
The aims of the study were to determine the reasons for unsuccessful expression of measles virus hemaglutinin (MeH) in the yeast cells and to generate a stable yeast strains with integrated genes of protein secretory pathway of human cells and to examine influence of coded human proteins on MeH maturation. For the firs time, overexpression of MeH in yeast S. cerevisiae and P. pastoris was described. It was demonstrated that mechanisms of cotranslational translocation into the endoplasmic reticulum (ER) and protein maturation in the ER of yeast cells are not adapted to deal with for such complex virus glycoproteins. Proteomic analysis revealed, that overexpression of human virus surface protein precursors induces cytosolic unfolded protein response (UPR-cyto) in the yeast S. cerevisiae. A key feature of this response is the formation of extremely large aggregates involving macromolecular structures of eEF1A. Efficient mammalian like cotranslational translocation pathway was attempted to reconstitute in yeast cells by transferring human SRP, Sec61 complexes and TRAM1 protein. Human chaperones BiP, clanexin, calreticulin, ERp57 and PDI were transferred to the yeast cells to create suitable environment for maturation of MeH in the ER. Even though yeast strains, able to produce biologically active MeH protein, were not generated during this study, results show, that humanization of yeast secretory pathway, designed for producing active virus glycoproteins, is possible. Baigiamojo darbo tikslai – nustatyti neefektyvios žmogaus virusų glikobaltymų raiškos mielėse priežastis ir sukurti mielių kamienus su integruotais žmogaus ląstelių sekrecinio kelio genais bei ištirti jų įtaką glikobaltymų sintezei ir brendimui mielėse. Darbo eigoje pirmą kartą buvo aprašytos tymų viruso hemagliutinino (TVH) sintezės galimybės mielėse Saccharomyces cerevisiae ir Pichia pastoris. Parodyta, kad mielių ko-transliacinio baltymų perkėlimo į endoplazminį tinklą (ET) ir ET baltymų sulankstymo mechanizmai nėra pritaikyti sudėtingų virusinių baltymų brendimui, todėl klasikinės mielių rūšys ir standartiniai rekombinantinių baltymų raiškos ir gryninimo protokolai nėra tinkami diagnostikai ir vakcinų kūrimui reikalingo TVH baltymo gavimui. Proteominė S. cerevisiae ląstelių, sintetinančių TVH baltymą, analizė leido nustatyti kad, TVH sintezė mielėse sukelia neseniai literatūroje aprašytą citoplazminį nesusivyniojusių baltymų atsaką (UPR-cyto). Pagrindinis šiame darbe aprašyto atsako į stresą požymis yra ypatingai didelių baltymų agregatų, kurių šerdį sudaro TVH ir mielių eEF1A baltymai, susidarymas. Žmogaus tipo ko-transliacinį baltymų pernešimą į ET mielių ląstelėse bandyta atkurti perkeliant žmogaus SRP, Sec61 kompleksų ir TRAM1 baltymus, o siekiant sukurti tinkamas TVH baltymo brendimui sąlygas, mielių ląstelių ET buvo sintetinami pagrindiniai žmogaus ląstelių ET šaperonai – BiP, kalretikulinas, kalneksinas, PDI ir ERp57. Nors šiame darbe nepavyko sukurti mielių... [toliau žr. visą tekstą]
- Published
- 2011
15. Analysis of maturation of measles virus hemaglutinin in yeast S. cerevisiae and P. pastoris secretory pathway and humanization of yeast cells
- Author
-
Čiplys, Evaldas, Slibinskas, Rimantas, Žvirblis, Gintautas, Jakubauskas, Artūras, Lagunavičius, Arūnas, Žvirblienė, Aurelija, Vilkaitis, Giedrius, Sruoga, Aniolas, Gedvilaitė, Alma, Sasnauskas, Kęstutis, and Vilnius University
- Subjects
Citoplazminis nesusivyniojusių baltymų atsakas ,Mielių humanizavimas ,Measles virus hemaglutinin ,yeast S. cerevisiae and P. pastoris ,cytoplasmic unfolded protein response ,humanization of yeast ,Tymų viruso hemgaliutininas ,Mielės S. cerevisiae ir P. pastroris ,Yeast S. cerevisiae and P. pastoris ,Cytoplasmic unfolded protein response ,Biochemistry ,Humanization of yeast - Abstract
Baigiamojo darbo tikslai – nustatyti neefektyvios žmogaus virusų glikobaltymų raiškos mielėse priežastis ir sukurti mielių kamienus su integruotais žmogaus ląstelių sekrecinio kelio genais bei ištirti jų įtaką glikobaltymų sintezei ir brendimui mielėse. Darbo eigoje pirmą kartą buvo aprašytos tymų viruso hemagliutinino (TVH) sintezės galimybės mielėse Saccharomyces cerevisiae ir Pichia pastoris. Parodyta, kad mielių ko-transliacinio baltymų perkėlimo į endoplazminį tinklą (ET) ir ET baltymų sulankstymo mechanizmai nėra pritaikyti sudėtingų virusinių baltymų brendimui, todėl klasikinės mielių rūšys ir standartiniai rekombinantinių baltymų raiškos ir gryninimo protokolai nėra tinkami diagnostikai ir vakcinų kūrimui reikalingo TVH baltymo gavimui. Proteominė S. cerevisiae ląstelių, sintetinančių TVH baltymą, analizė leido nustatyti kad, TVH sintezė mielėse sukelia neseniai literatūroje aprašytą citoplazminį nesusivyniojusių baltymų atsaką (UPR-cyto). Pagrindinis šiame darbe aprašyto atsako į stresą požymis yra ypatingai didelių baltymų agregatų, kurių šerdį sudaro TVH ir mielių eEF1A baltymai, susidarymas. Žmogaus tipo ko-transliacinį baltymų pernešimą į ET mielių ląstelėse bandyta atkurti perkeliant žmogaus SRP, Sec61 kompleksų ir TRAM1 baltymus, o siekiant sukurti tinkamas TVH baltymo brendimui sąlygas, mielių ląstelių ET buvo sintetinami pagrindiniai žmogaus ląstelių ET šaperonai – BiP, kalretikulinas, kalneksinas, PDI ir ERp57. Nors šiame darbe nepavyko sukurti mielių... [toliau žr. visą tekstą] The aims of the study were to determine the reasons for unsuccessful expression of measles virus hemaglutinin (MeH) in the yeast cells and to generate a stable yeast strains with integrated genes of protein secretory pathway of human cells and to examine influence of coded human proteins on MeH maturation. For the firs time, overexpression of MeH in yeast S. cerevisiae and P. pastoris was described. It was demonstrated that mechanisms of cotranslational translocation into the endoplasmic reticulum (ER) and protein maturation in the ER of yeast cells are not adapted to deal with for such complex virus glycoproteins. Proteomic analysis revealed, that overexpression of human virus surface protein precursors induces cytosolic unfolded protein response (UPR-cyto) in the yeast S. cerevisiae. A key feature of this response is the formation of extremely large aggregates involving macromolecular structures of eEF1A. Efficient mammalian like cotranslational translocation pathway was attempted to reconstitute in yeast cells by transferring human SRP, Sec61 complexes and TRAM1 protein. Human chaperones BiP, clanexin, calreticulin, ERp57 and PDI were transferred to the yeast cells to create suitable environment for maturation of MeH in the ER. Even though yeast strains, able to produce biologically active MeH protein, were not generated during this study, results show, that humanization of yeast secretory pathway, designed for producing active virus glycoproteins, is possible.
- Published
- 2011
16. Synthesis of paramyxoviridae nucleoproteins in yeast Saccharomyces cerevisiae and their application in viral diagnostics
- Author
-
Juozapaitis, Mindaugas, Šikšnys, Virginijus, Sruoga, Aniolas, Vilkaitis, Giedrius, Lagunavičius, Arūnas, Ražanskienė, Aušra, Kanopka, Arvydas, Jakubauskas, Artūras, and Vilnius University
- Subjects
Nucleocapsid protein ,viruses ,Mielės Saccharomyces cerevisiae ,virus diseases ,Biochemistry ,Paramyxoviridae šeimos virusai ,Synthesis ,Nukleokapsidės baltymas ,Paramyxoviridae viruses ,Sintezė ,Diagnostika ,nucleocapsid protein ,synthesis ,yeast Saccharomyces cerevisiae ,diagnostics ,Yeast Saccharomyces cerevisiae ,Diagnostics - Abstract
Baigiamojo darbo tikslas – ištirti Paramyxoviridae šeimos virusų nukleokapsidės baltymų sintezės mielėse Saccharomyces cerevisiae galimybes ir nustatyti ar mielėse susintetintus nukleokapsidės baltymus galima taikyti Paramyxoviridae šeimos virusų infekcijų serologinei diagnostikai. Tikslas pasiektas ištyrus Paramyxoviridae šeimos Sendai, žmogaus parainfluenza, žmogaus respiracinio sincitinio, Nipah, Hendra ir Menangle virusų nukleokapsidės baltymų sintezę mielių Saccharomyces cerevisiae kamiene 214∆pep4. Nustatyta, kad mielėse susintetinti nukleokapsidės baltymai pasižymi natyviems analogiškų virusų nukleokapsidės baltymams būdingomis savybėmis: yra tirpūs, formuoja virusų nukleokpsidę primenančias daleles, kurios nespecifiškai įjungia ribonukleorūgštis, pasižymi antigeninėmis savybėmis, būdingomis natyviems analogiškų virusų nukleokapsidės baltymams. Taip pat mielėse susintetinti nukleokapsidės baltymai išgryninti juos centrifuguojant per tankų sacharozės tirpalo sluoksnį ir CsCl tankio gradiente. Įsitikinta, kad mielėse Saccharomyces cerevisiae susintetinti Paramyxoviridae šeimos virusų nukleokapsidės baltymai reaguoja su atitinkamais šios šeimos virusais užsikrėtusių žmonių ir gyvūnų kraujo serumo antikūnais, todėl tinka šių virusų infekcijų serologinės diagnostikos sistemų kūrimui. Naudojant mielėse susintetintus nukleokapsidės baltymus buvo gauti specifiniai monokloniniai antikūnai reaguojantys su natyviais virusų nukleokapsidės baltymais. Įvertinos gautų monokloninių... [toliau žr. visą tekstą] The aims of this study was to investigate synthesis of SeV, hPIV1, hPIV3, hRSV, NiV, HeV and MenV nucleocapside (N) proteins in yeast Saccharomyces cerevisiae, to determine properties of recombinant N proteins and evaluate the feasibility to use them in diagnostics. In this study it was demonstrated, that yeast S.cerevisiae is an excellent host for a high-level production of proteins SeV, hPIV1, hPIV3, hRSV, NiV, HeV and MenV N proteins as virus nukleokapsid-like particles (vNLP). The yeast-expressed hPIV1, hPIV3, hRSV, NiV, HeV and MenV vNLPs represent useful tools for the development of new virus detection systems and demonstrate the effectiveness of yeast as a host for generation of recombinant proteins organized in complex structures like human virus NLPs.
- Published
- 2011
17. A directed evolution design of target specificity and kinetic analysis of conformational transitions in the HhaI methyltransferase
- Author
-
Gerasimaitė, Rūta, Mildažienė, Vida, Borutaitė, Vilmantė, Matulis, Daumantas, Meškys, Rolandas, Tamulaitis, Gintautas, Čėnas, Narimantas, Lagunavičius, Arūnas, Klimašauskas, Saulius, and Vilnius University
- Subjects
DNA methyltransferase ,specificity ,base flipping ,Specificity ,Specifiškumas ,Base flipping ,Biochemistry ,DNR metiltransferazės ,Bazės išsukimas - Abstract
DNR citozino-5 metiltransferazės (MTazės) atpažįsta specifines DNR sekas ir katalizuoja metilgrupės pernešimą nuo kofaktoriaus AdoMet ant taikinyje esančio citozino. Šiame darbe nagrinėjami abu MTazių veikimo mechanizmo aspektai. Baltymų inžinerijos ir kryptingos evoliucijos metodais pašalinant vienos iš dviejų taikinio atpažinimo kilpų funkciją, MTazės HhaI atpažįstamas taikinys GCGC pakeistas į GCG. Dėl įvestų struktūros pakeitimų nauja unikalaus specifiškumo MTazė efektyviai katalizuoja ne tik metilo, bet ir didesnių grupių pernešimą nuo sintetinių kofaktoriaus analogų, ir gali tapti naudingu molekulinės biologijos įrankiu. Katalitinės reakcijos metu MTazės kilpa užsidaro, apglėbdama surištą DNR, o taikinio citozinas išsukamas iš DNR spiralės ir aktyvuojamas, kovalentiškai prisijungiant katalitiniam cisteinui. Šiems greitiems prieškatalitiniams procesams tirti buvo panaudotas naujas metodas, leidžiantis realiu laiku stebėti M.HhaI sąlygotą citozino išsukimą bei kovalentinę aktyvaciją, registruojant mažus UV absorbcijos pokyčius gamtinį substratą atitinkančioje DNR. Pirmą kartą parodyta, kad M.HhaI katalizuojamoje reakcijoje citozino išsukimas ir katalitinės kilpos užsidarymas vyksta sinchroniškai, o kovalentinė citozino aktyvacija ir metilgrupės pernešimas yra kinetiškai netapačios katalitinio ciklo stadijos. Kadangi naujasis metodas remiasi fundamentine nukleorūgščių savybe – hiperchrominiu efektu, todėl jis gali būti naudojamas ir kitų DNR bazę išsukančių baltymų... [toliau žr. visą tekstą] DNA cytosine-5 methyltransferases (MTases) recognize short DNA sequences and catalyze the transfer of the methyl group from the cofactor AdoMet to the C5-position of a target cytosine. In this work both these aspects of the MTase mechanism have been addressed. First, using rational protein design and directed evolution approaches the specificity of the HhaI MTase, GCGC, has been changed to GCG by functional elimination of one of the two target recognition elements. In addition, the introduced structural changes endowed the MTase with the ability to transfer extended groups from synthetic cofactor analogs, providing the first example of a dual specificity change in a DNA MTase. Second, the kinetics of fast pre-catalytic conformational transitions in the MTase and DNA has been investigated. A new method to follow the target cytosine flipping and its subsequent covalent activation has been proposed, which allows a direct real-time observation of these processes by monitoring associated UV absorbance changes in a chemically unperturbed DNA. These studies for the first time demonstrate that the flipping of the target cytosine and the closure of the catalytic loop in the enzyme occur simultaneously, whereas the covalent activation of the target cytosine and the transfer of the methyl group are temporally distinct steps in the catalytic cycle of M.HhaI. Since the new method is based on the general phenomenon of hyperchromicity, it is thus applicable for studies of other systems... [to full text]
- Published
- 2011
18. Interaction of Hepatitis B virus core protein and its mutant forms with human liver proteins
- Author
-
Ražanskas, Raimundas, Žvirblienė, Aurelija, Sruoga, Aniolas, Lagunavičius, Arūnas, Vilkaitis, Giedrius, Slibinskas, Rimantas, Gedvilaitė, Alma, Jakubauskas, Artūras, and Vilnius University
- Subjects
Hepatitis B virus ,Baltymų sąveika ,Core protein ,Protein interaction ,Šerdies baltymas ,Dviejų hibridų metodas ,Žmogaus baltymai ,hepatitis B virus ,core protein ,protein interaction ,two-hybrid method ,human proteins ,virus diseases ,Hepatito B virusas ,Two-hybrid method ,Biochemistry ,Human proteins - Abstract
Hepatitis B virus (HBV) is a major human pathogen, but up to now little is known about its core protein (HBc) interactions with host proteins. The role of mutated HBc proteins in enhanced pathogenicity of mutant viruses is also unclear. In this work, the yeast two-hybrid system was employed to find human proteins interacting with HBV core mutants HBc1 and HBc2, as well as with the wild-type core protein. All HBc variants strongly and specifically interacted with human proteins GIPC1 and GIPC2. Common protein interaction domain PDZ in both GIPC1 and GIPC2 was identified as the region interacting with the C-end of HBc. A putative PDZ-interacting motif was identified at the C-end of the HBc protein, and variation of this sequence influenced determined interactions. Human proteins FLJ20850 and IKKγ (NEMO) strongly and specifically interacted with mutants HBc1 and HBc2 only. Gene structure and expression FLJ20850 protein, which was never before described in scientific literature, were analyzed bioinformatically. Detailed analysis of interacting protein pairs revealed regions, responsible for discovered interactions. IKKγ is known as an important regulator of transcription factor NF-kB, therefore HBc1 influence on NF-kB activity in human cells was evaluated experimentally. Determined protein interactions potentially add to understanding of HBV replication and pathogenicity and could serve as targets for developing of new antivirals. Hepatito B virusas (HBV) yra plačiai paplitęs žmogaus patogenas, bet iki šiol mažai ištirta jo šerdies baltymo (HBc), o ypač natūraliai aptinkamų mutantinių formų įtaka viruso dauginimuisi ir patogeniškumui. Šiame darbe mielių dviejų hibridų metodu atrinkti žmogaus kepenų baltymai, sąveikaujantys su laukinio tipo baltymu bei mutantais HBc1 ir HBc2. Su visomis tirtomis HBc atmainomis stipriausiai ir specifiškiausiai sąveikavo žmogaus baltymai GIPC1 ir GIPC2. Detaliau tiriant šias sąveikas nustatyta, kad HBc baltymo C-galas sąveikauja su GIPC1 ir GIPC2 baltymų PDZ domenais. HBc baltymo C-gale aptiktas PDZ domenų atpažįstamos sekos motyvas ir parodyta, kad šios sekos pokyčiai įtakoja HBc sąveiką su GIPC1 ir GIPC2. Vien su mutantais HBc1 ir HBc2 stipriausiai ir specifiškiausiai sąveikavo žmogaus baltymai FLJ20850 ir IKK (NEMO). Anksčiau netyrinėto nežinomos funkcijos žmogaus baltymo FLJ20850 raiška ir geno struktūra apibūdinta naudojantis bioinformatinėmis duomenų bazėmis. Detaliau tiriant mutantų sąveikas su FLJ20850 ir IKK buvo nustatytos baltymų sritys, apsprendžiančios tarpusavio sąveiką. IKK baltymas reguliuoja transkripcijos veiksnio NF-κB aktyvumą, todėl buvo tiriama ir mutanto HBc1 įtaka NF-κB aktyvumui žmogaus ląstelėse. Aptiktos baltymų sąveikos gali padėti geriau suprasti HBV dauginimosi ciklą bei patogeniškumą ir tapti naujų antivirusinių vaistų taikiniais.
- Published
- 2010
19. Hepatito B viruso šerdies baltymo ir jo mutantinių formų sąveika su žmogaus kepenų baltymais
- Author
-
Ražanskas, Raimundas, Žvirblienė, Aurelija, Sruoga, Aniolas, Lagunavičius, Arūnas, Vilkaitis, Giedrius, Slibinskas, Rimantas, Gedvilaitė, Alma, Jakubauskas, Artūras, and Vilnius University
- Subjects
Baltymų sąveika ,Hepatitis B virus ,Core protein ,Šerdies baltymas ,Protein interaction ,Dviejų hibridų metodas ,Žmogaus baltymai ,hepatitis B virus ,core protein ,protein interaction ,two-hybrid method ,human proteins ,virus diseases ,Hepatito B virusas ,Two-hybrid method ,Biochemistry ,Human proteins - Abstract
Hepatito B virusas (HBV) yra plačiai paplitęs žmogaus patogenas, bet iki šiol mažai ištirta jo šerdies baltymo (HBc), o ypač natūraliai aptinkamų mutantinių formų įtaka viruso dauginimuisi ir patogeniškumui. Šiame darbe mielių dviejų hibridų metodu atrinkti žmogaus kepenų baltymai, sąveikaujantys su laukinio tipo baltymu bei mutantais HBc1 ir HBc2. Su visomis tirtomis HBc atmainomis stipriausiai ir specifiškiausiai sąveikavo žmogaus baltymai GIPC1 ir GIPC2. Detaliau tiriant šias sąveikas nustatyta, kad HBc baltymo C-galas sąveikauja su GIPC1 ir GIPC2 baltymų PDZ domenais. HBc baltymo C-gale aptiktas PDZ domenų atpažįstamos sekos motyvas ir parodyta, kad šios sekos pokyčiai įtakoja HBc sąveiką su GIPC1 ir GIPC2. Vien su mutantais HBc1 ir HBc2 stipriausiai ir specifiškiausiai sąveikavo žmogaus baltymai FLJ20850 ir IKK (NEMO). Anksčiau netyrinėto nežinomos funkcijos žmogaus baltymo FLJ20850 raiška ir geno struktūra apibūdinta naudojantis bioinformatinėmis duomenų bazėmis. Detaliau tiriant mutantų sąveikas su FLJ20850 ir IKK buvo nustatytos baltymų sritys, apsprendžiančios tarpusavio sąveiką. IKK baltymas reguliuoja transkripcijos veiksnio NF-κB aktyvumą, todėl buvo tiriama ir mutanto HBc1 įtaka NF-κB aktyvumui žmogaus ląstelėse. Aptiktos baltymų sąveikos gali padėti geriau suprasti HBV dauginimosi ciklą bei patogeniškumą ir tapti naujų antivirusinių vaistų taikiniais. Hepatitis B virus (HBV) is a major human pathogen, but up to now little is known about its core protein (HBc) interactions with host proteins. The role of mutated HBc proteins in enhanced pathogenicity of mutant viruses is also unclear. In this work, the yeast two-hybrid system was employed to find human proteins interacting with HBV core mutants HBc1 and HBc2, as well as with the wild-type core protein. All HBc variants strongly and specifically interacted with human proteins GIPC1 and GIPC2. Common protein interaction domain PDZ in both GIPC1 and GIPC2 was identified as the region interacting with the C-end of HBc. A putative PDZ-interacting motif was identified at the C-end of the HBc protein, and variation of this sequence influenced determined interactions. Human proteins FLJ20850 and IKKγ (NEMO) strongly and specifically interacted with mutants HBc1 and HBc2 only. Gene structure and expression FLJ20850 protein, which was never before described in scientific literature, were analyzed bioinformatically. Detailed analysis of interacting protein pairs revealed regions, responsible for discovered interactions. IKKγ is known as an important regulator of transcription factor NF-kB, therefore HBc1 influence on NF-kB activity in human cells was evaluated experimentally. Determined protein interactions potentially add to understanding of HBV replication and pathogenicity and could serve as targets for developing of new antivirals.
- Published
- 2010
20. Rekombinantinio žmogaus granulocitų kolonijas stimuliuojančio faktoriaus pasiskirstymas ir renatūracija vandens dvifazėse sistemose, dalyvaujant chelatuotiems metalų jonams
- Author
-
Zaveckas, Mindaugas, Maruška, Audrius, Sereikaitė, Jolanta, Žvirblienė, Aurelija, Matulis, Daumantas, Meškys, Rolandas, Pesliakas, Henrikas, Kulys, Juozas, Lagunavičius, Arūnas, Vidžiūnaitė, Regina, and Vilnius Gediminas Technical University
- Subjects
Metal chelates ,Vandens dvifazės sistemos ,fungi ,Aqueous two-phase systems ,Proteins ,Afininė chromatografija ,Chemical Engineering ,Baltymų renatūracija ,Giminingumo chromatografija ,Protein refolding ,Affinity chromatography ,Baltymai ,Metalų chelatai - Abstract
The contribution of Cys17 and surface-exposed histidine residues in rhG-CSF interaction with Cu(II), Ni(II) and Hg(II) ions chelated by Light Resistant Yellow 2KT-polyethylene glycol derivative was evaluated in aqueous two-phase systems composed of polyethylene glycol (PEG) and dextran. It was determined that His43, His52, His156 and His170 residues are involved in protein interaction with chelated Cu(II) ions. Protein interaction with chelated Ni(II) is governed by His52 and His170 residues, though Cys17 is also involved. The contribution of Cys17 side chain is dominant in the interaction between rhG-CSF and chelated Hg(II) ions. The direct interaction between chelated Hg(II) ions and the –SH group of protein was determined for the first time. Based on the study of the interaction between rhG-CSF and chelated metal ions, rhG-CSF was successfully refolded from inclusion bodies in aqueous two-phase systems PEG-dextran containing chelated Ni(II) or Hg(II) ions for the first time. The refolding of rhG-CSF (C17S) in these systems was more effective compared to that of intact rhG-CSF. The dependence of refolding efficiency of rhG-CSF (C17S) in two-phase systems containing chelated metal ions on the number of histidine mutations was evaluated. It was determined that the refolding efficiency of protein in the systems containing chelated Ni(II) is inversely proportional to the number of histidine mutations. The affinity of purified rhG-CSF (C17S) and its histidine mutants for... [to full text]
- Published
- 2005
21. Direct conjugation of peptides and 5-hydroxymethylcytosine in DNA.
- Author
-
Serva S and Lagunavičius A
- Subjects
- 5-Methylcytosine analogs & derivatives, Amino Acid Sequence, Cytosine chemical synthesis, Cytosine chemistry, Cytosine metabolism, DNA metabolism, DNA-Cytosine Methylases metabolism, Models, Molecular, Peptides chemical synthesis, Peptides metabolism, Spiroplasma enzymology, Cytosine analogs & derivatives, DNA chemistry, Peptides chemistry
- Abstract
Recent discovery of functional 5-hydroxymethylcytosine in vertebrate genomes prompted for elaboration of methods to localize this modification at the nucleotide resolution level. Among several covalent modification-based approaches, atypical activity of cytosine-5 DNA methyltransferases to couple small molecules to 5-hydroxymethylcytosine stands out for acceptance of broad range of ligands. We went further to explore the possibility for methyltransferase-maintained coupling of compounds possessing autonomous functions. Functionalization of DNA was achieved by direct conjugation of chemically synthesized peptides of regular structure. Sequence, residue, and position-specific coupling of DNA containing 5-hydroxymethylcytosine and different peptides has been demonstrated, with the nature of the resulting conjugates confirmed by protease treatment and mass spectrometry. Coupling products were compatible with affinity-driven separation from the unmodified DNA. This approach highlights an emerging avenue toward the enzymatic, sequence-specific DNA functionalization, enabling a single step merge of the DNA and peptide moieties into a bifunctional entity.
- Published
- 2015
- Full Text
- View/download PDF
Catalog
Discovery Service for Jio Institute Digital Library
For full access to our library's resources, please sign in.